UNIVERSIDAD POLITCNICA DEL VALLE DE TOLUCA

INGENIERA EN BIOTECNOLOGA

ASIGNATURA:
FENMENOS DE TRANSPORTE II
TRANSFERENCIA DE MASA

BIOMARCADORES Y USO DE ELLOS.

HERNNDEZ APARICIO RUTH ALEJANDRA
LPEZ SNCHEZ JAIR
NAVA CONZUELO JUAN MIGUEL
RAMOS BERNAL JULIO CSAR

FACILITADOR: M.C. Q. MARA DEL CARMEN ZEPEDA MONDRAGN
5 CUATRIMESTRE GURPO: IBT 16C
TURNO: VESPERTINO

JULIO 2014

OBJETIVO:
Identificar qu es un biomarcador
Mencionar cules son sus aplicaciones as como sus ventajas y
desventajas de estos.

MARCO TERICO
Un biomarcador es una sustancia que se puede medir objetivamente y que se
utiliza, fundamentalmente, para detectar una enfermedad (marcador diagnstico),
seguir su evolucin (marcador pronstico) o elegir un tratamiento (marcador
predictivo) y monitorizarlo. La utilidad de los biomarcadores es, por tanto, mltiple,
incluyendo no slo aspectos clnicos, sino tambin su aplicacin en el desarrollo
de frmacos, al poder ser empleados como dianas teraputicas.
Silbergeld y Davis hablan de marcadores biolgicos para referirse a seales
fisiolgicas inducidas por un xenobitico que reflejan una exposicin, una
respuesta celular precoz, o una susceptibilidad inherente o adquirida,
proporcionando una estrategia para la resolucin de estos problemas.
En general los biomarcadores se clasifican en tres grupos:
De exposicin, si permiten la medida de la dosis interna mediante el anlisis
qumico del compuesto txico o un metabolito del mismo en los fluidos corporales
Los biomarcadores de efecto indican cambios bioqumicos que acontecen tras una
exposicin a xenobitico.
Los biomarcadores de susceptibilidad sirven como indicadores de la respuesta
individual frente a la agresin de un txico o grupo de txicos
Los biomarcadores se utilizan para:
Detectar la presencia de una exposicin
Determinar las consecuencias biolgicas de la exposicin
Detectar los estados iniciales e intermedios de un proceso patolgico
Identificar a los individuos sensibles de una poblacin
Fundamentar la decisin de intervenir, tanto a nivel individual como
ambiental
Permiten tratamientos ms efectivos
Los biomarcadores ms tiles son los que se pueden obtener menos
invasivamente, por eso es que se prefieren los que se encuentran en sangre.
En la mayora de las enfermedades se utilizan, para detectarlas, seguirlas y medir
las complicaciones.

ANLISIS Y COMENTARIO DE LOS ARTCULOS
A Functional Proteomic Method for Biomarker Discovery
Todos los pasos entre el ADN y las protenas, involucran ciclos de
retroalimentacin muy complejos y la mayora del tiempo incompletos (o poco
comprendidos), la mayora de las veces se trata de secuencias no lineales. Por
ejemplo, el padecimiento de sndrome de Down (provocada por una trisoma en el
gen 21) se manifiesta en diversos niveles. Estudios demuestran que daos en el
ADN se pueden amplificar en secuencias de amino cidos proteicos y producir
protenas deficientes durante la expresin proteica. Para entender
verdaderamente una enfermedad, es necesario tomar en cuenta los datos
genmicos y protemicos.
Sin embargo, entender el proteoma humano es complejo, pues es capaz de
codificar unas 38,000 protenas sin incluir isoformas, modificaciones
transnacionales y niveles de expresin. Actualmente los estudios se limitan a
estudiar las interacciones a nivel membrana de las protenas. Los mtodos
estndar de identificacin proteica incluyen el uso de biotinilacin para separar
clulas sanas de tejido canceroso, sin embargo este mtodo es caro y altamente
especializado.
Otros mtodos alternativos es el uso de clulas fagociticas como marcadores,
aptomeros o el uso de pelculas moleculares para intensificar grupos de protenas
funcionales. Este ensayo describe el uso de uno de estos mtodos de
biomarcacin por medio de fagocitos y pruebas bioqumicas posteriores. Este
mtodo fue utilizado para identificar las protenas conjugadas de 15 pptidos por
medio de una pelcula de fagos especficos para detectar el cncer pancretico.
El artculo muestra un procedimiento que para los genetistas involucrados resulta
muy sencillo y rutinario, sin embargo como estudiante, el procedimiento es
altamente complejo y especializado pues consta de numerosos pasos y sub-
pasos. Es interesante reconocer los factores que permiten realizar un
procedimiento exitoso y como estos son influidos por factores aparentemente
inocuos como lo son un cierto gradiente de temperatura o el nmero de veces que
un determinado cultivo es sometido a cierta operacin (como en el caso de los
lavados con detergentes Tween Ttritn, pues se era sumamente especifico el
nmero de veces que deba completarse dicha operacin).
El mtodo descrito es robusto, sencillo, y generalmente puede ser aplicado a una
multitud de enfermedades, tejidos e incluso a otras plataformas de monitores. En
este mtodo, los clones de fagocitos (los cuales son baratos y fciles de
reproducir) son utilizados directamente como sondas, saltando otras rutas de
identificacin. Adems, al aadir detergentes, pasos de hibridacin adicionales y
condiciones necesarias para la extraccin de protenas transmembranales, los
sitios (protenas) de hibridacin pueden ser identificadas.
Este nuevo mtodo permite llevar a cabo un anlisis de proteomica celular en la
superficie de diversos tejidos (pncreas, en el caso del informe), para ello se
utilizan fagos clonados que sondean la superficie celular y posteriormente pueden
recolectarse, lisarse y estudiar e identificar las protenas que han sido hibridadas.
Este mtodo permite muestrear las protenas mas abundantes dentro de la
membrana celular que son sobreexpresadas durante una enfermedad y que
permitirn en estudios futuros, entender el desarrollo del panorama proteico
durante el desarrollo de distintos tipos de cncer.
El estudio de la Protemica por otro lado, es una rama relativamente nueva de la
gentica. Sin embargo dada su complejidad requiere de profesionales altamente
especializados para llevar a cabo los procesos de identificacin y caracterizacin
de las numerosas protenas que componen el proteoma humano. Es de resaltar
los enormes esfuerzos que se estn realizando para concretar lo que se ha
denominado como proyecto proteoma humano y que de completarse permitira la
generacin de toda una seria de tratamientos a nivel molecular. Este campo es
sumamente interesante e invita a descubrir oportunidades de trabajo dentro del
mismo as como campos para la investigacin.

Expression Signature as a Biomarker for Prenatal Diagnosis of
Trisomy 21
Como ya hay implementaciones exitosas de biomarcadores de expresin en la
prctica clnica nos decidimos a investigar y demostrar la viabilidad de los
biomarcadores de expresin para predecir el estado de embarazo de alto riesgo
en TS21 como un modelo de embarazo de alto riesgo. El objetivo para la seleccin
TS21 como un sistema modelo es su clara correlacin genoma-fenmeno. Varios
estudios de expresin gnica global de TS21 mostraron grandes cambios en la
expresin del cromosoma 21 (HSA21) y no el cromosoma 21 (no HSA21).
En este estudio se demuestra el potencial de la firma de la expresin gnica, que
consiste de 9 genes, en la prediccin de estado TS21 en el ajuste prenatal. En
contraste con los estudios realizados con anterioridad que investigan alteraciones
transcripcionales en TS21 que se centraron principalmente en la deteccin de
alteraciones del transcriptoma o explicar la variabilidad del fenotipo DS, nuestro
principal objetivo fue identificar la firma de la expresin gnica para la
discriminacin de TS21 de euploide de estado. Se demuestra que la expresin
gentica que consiste en 9 genes podra discriminar casos TS21 de muestras
normales (estimacin rendimiento AUC alcanz 0,97 para la discriminacin de las
muestras de los controles TS21).
Se realiz la validacin especfica y una evaluacin de diagnstico de rendimiento
en un grupo ms grande de muestras de casos y controles. Inicialmente, los
perfiles transcriptmicos de 10 muestras de amniocitos cultivados con TS21 y 9
con la constitucin euploide normales se determinaron utilizando microarrays de
expresin.
Los resultados muestran que los cambios transcriptmicos potencialmente
podran ser utilizados para discriminar la trisoma del cromosoma 21 en el entorno
prenatal. Como estas alteraciones reflejan tanto, causal y los mecanismos
celulares reactivos, cambios transcriptmicos pueden por lo tanto tener futuro
potencial en el diagnstico de una amplia gama de enfermedades heterogneas
que resultan de alteraciones genticas.

Metabolic Disease Risk in Children by Salivary Biomarker Analysis
En ste estudio se evaluaron las diferencias metablicas en 744 nios aleatorios
entre 10 y12 aos de edad seleccionados de bajo peso, peso saludable normal,
sobrepeso y obesos analizando muestras de saliva en ayunas, por 20
biomarcadores.
Protena salival C-reactiva (CRP) fue 6 veces mayor, la insulina y la leptina salival
fueron 3 veces ms altos, y la adiponectina fue 30% menor en los nios obesos en
comparacin con los nios de peso normal saludables. Anlisis Categrico sugiri
que podra haber tres tipos de obesidad en los nios. Las caractersticas
claramente inflamatorias aparecieron en el 76% de los nios obesos, mientras que
en el 13% la insulina salival era alta, pero no asociada a mediadores inflamatorios.
El restante 11% de los nios obesos tenan altos niveles de insulina y la reduccin
de la adiponectina. El cuarenta por ciento de los nios no obesos se encontraron
en grupos que, basndose en las caractersticas de biomarcadores, podran estar
en riesgo de convertirse en obesos.
Se identificaron cuatro biomarcadores salivales en los nios entre 10 y 12 aos de
edad que cambian significativamente con el aumento de la obesidad; insulina, la
PCR, la adiponectina y la leptina. Los resultados de este estudio sugieren que la
obesidad puede ser caracterizada y clasificada por las concentraciones de
biomarcadores salivales. El uso de estos marcadores relativamente no invasivas,
en particular en los estudios longitudinales, para investigar el desarrollo de
enfermedades metablicas en nios y evaluar las intervenciones teraputicas se
podra utilizar para evaluar las terapias preventivas.
Niveles significativamente alterados de los biomarcadores en nios obesos de una
poblacin de alto riesgo, sugieren el potencial para el desarrollo de procedimientos
de deteccin no invasivos para identificar a los individuos-DT2 vulnerable y un
medio para probar las estrategias de prevencin.

Which Biomarkers Reveal Neonatal Sepsis?
Dentro de artculo se pretende encontrar ciertos biomarcadores los cuales sean
capaces de detectar sepsis en recin nacidos, para esto se ocupa un sistema de
puntuacin hematolgico actual fue propuesto por primera vez por Rodwell et al en
1988 y se basa en las siguientes siete cantidades: total de leucocitos (glbulos
blancos) contar neutrfilos maduros (tambin llamado Segs) recuento de
neutrfilos inmaduros, contar Inmaduros a Total de neutrfilos ratio (IT-ratio),
recuento de plaquetas (PLT), y los cambios adversos en el recuento total de
neutrfilos.aunque tambin se toma en cuenta que la temperatura corporal y la
presin sangunea estn en parmetros normales.
Los biomarcadores ocupados para su diagnstico son las protenas C-reactiva y
procalcitocina los cuales son encontrados en la sangre, aunque se correlacionan
con la sepsis se considera que ha limitado la informacin dl diagnstico del
padecimiento sin embargo, un biomarcador prometedor para la deteccin
temprana de la sepsis es la protena la CD64 de neutrfilos tambin encontrado en
la sangre.
Para la validacin de los biomarcadores es necesario realizar un anlisis
exhaustivo para poder determinar que sean ptimos y eficientes para luego poder
tomar una decisin y saber cul biomarcador es adecuado para la deteccin de la
sepsis y para tomar dicha decisin se ocup la siguiente ecuacin .
Donde se encontr que
los mejores
biomarcadores eran el WBC, Ptl, Segs, Bands y CD64 de entre muchos que se
probaron.
Para el diagnstico de Sepsis en neonatos fue necesario tomar muestras de
sangre y medirse la hemoglobina, as como el cultivo de muestras sanguneas
para la deteccin positiva microbiana.
Al final de la evaluacin, se definieron tres grandes grupos donde se clasificaron a
los pacientes. Grupo 1 consisti en 37 evaluaciones con un hemocultivo positivo.
Grupo 2 con '' sospecha de sepsis'' consisti en 290 evaluaciones, cuando los
pacientes tenan un hemocultivo creciendo positivamente pero el diagnstico
clnico no pudo descartar una infeccin bacteriana. Grupo 3 consisti
347 evaluaciones, el cultivo de sangre o clnica diagnstico no mostr evidencia
de infeccin.


CUESTIONARIO
1. Qu diferencia hay entre el proteoma y el genoma?
R. Protemica es el estudio a gran escala de las protenas, en particular de su
estructura y funcin.1 2 Las protenas son partes vitales de los organismos vivos,
ya que son los componentes principales de las rutas metablicas de las clulas. El
trmino Protemica fue acuado en 19973 como una analoga con genmica, el
estudio de los genes. El proteoma es la dotacin completa de protenas,4
incluyendo las modificaciones hechas a un conjunto particular de protenas,
producidas por un organismo o sistema. Esto vara con el tiempo y con requisitos
diferentes, o debido al estrs, que sufre una clula o un organismo.
La Protemica es considerada el siguiente paso en el estudio de un sistema
biolgico, luego de la genmica. Es ms complicada que la genmica porque
mientras que el genoma de un organismo es ms o menos constante, el proteoma
difiere de una clula a otra y de un momento a otro. Estos se deben a que en los
distintos tipos de clulas se expresan genes distintos, lo que implica que se debe
determinar hasta el conjunto bsico de protenas producido en una clula. Un
factor adicional de complejidad son las modificaciones que puede sufrir la
estructura o secuencia bsica de la protena, esto es, aquella que aparece
codificada en el genoma.

2. Cules son las tcnicas de identificacin que se utilizan actualmente
para el tratamiento del cncer?
R. La enorme complejidad (varios miles de protenas diferentes) del proteoma de
la mayor parte de los organismos vivos obliga al empleo de diversas tcnicas para
separar las protenas. Entre las tcnicas ms comunes se encuentran la
electroforesis mono y bidimensional as como la cromatografa lquida en sus
distintas variantes.
La tcnica ms extendida es la electroforesis en geles de poliacrilamida (llamada
SDS-PAGE por sus siglas en ingls "Sodium Dodecyl Sulfate PolyAcrylamide Gel
Electrophoresis"). Se trata de una electroforesis en gel de poliacrilamida al que se
le aade el detergente dodecilsulfato sdico con el fin de desnaturalizar las
protenas, asegurar que todas se encuentren cargadas y por tanto puedan migrar
en un campo elctrico en funcin de su masa molecular relativa (Mr).
Una variante de este tipo de electroforesis es la electroforesis bidimensional o 2D-
PAGE, en la que el fraccionamiento en geles SDS-PAGE es precedido por una
separacin basada en el punto isoelctrico de las protenas. La electroforesis 2D-
PAGE permite alcanzar una mayor resolucin y es por tanto utilizada en el anlisis
de proteomas muy complejos. Una vez realizado el fraccionamiento, distintos
mtodos de tincin (Azul Coomassie, tincin de plata, tincin Sypro Rubi, etc)
permiten visualizar las protenas separadas.
La cromatografa lquida tambin se emplea en el fraccionamiento y separacin de
proteomas complejos. Las distintas variantes existentes permiten separar las
protenas en funcin de su hidrofobicidad (cromatografa de fase reversa), carga
elctrica (cromatografa de intercambio catinico/aninico) y tamao
(cromatografa de exclusin molecular).

3. Qu piensas sobre la tcnica de biomarcacin planteada en el artculo?
Crees que algn da lleve a un avance significativo en el tratamiento de
cncer pancretico?
R. La mayor parte de las tcnicas que se usan actualmente se basan en una alta
especificidad para conseguir la hibridacin con las protenas de inters. Sin
embargo, la tcnica que plantea el artculo tiene la ventaja de poder hibridar con
una serie de protenas que son caractersticas de los tipos ms severos de
carcinoma. Si bien no se trata de una cura milagrosa, si es posible determinar a
tiempo la aparicin y evolucin de un carcinoma a partir del uso de esta tcnica de
biomarcacin.