BAB 10 BEBERAPA HAL SPESIFIK TENTANG REKOMBINASI Selain rekombinasi umum (yang terjadi antara urut-urutan homolog), pada makhluk hidup terjadi pula macam rekombinasi lain, termasuk yang terjadi antara ururt-urutan yang tidak homolog. Rekombinasi lain tersebut adalah; Rekombinasi Spesifik Tapak Rekombinasi spesifik tapak adalah rekombinasi yang selalu terjadi pada tapak-tapak khusus atau pada urut-urutan molekul DNA tertentu. Mekanismenya tidak sama dengan mekanisme rekombinasi umum. Ditemukan bahwa rekombinasi spesifik tapak pada E. coli tidak membutuhkan protein recA, recB, dan recC. Contoh rekombinasi spesfifik tapak adalah integrasi DNA fag ke genom E. coli yang mana tapak attP dan attB pada genom E. coli merupakan hasil evolusi yang sangat spesifik terhadap enzim-enzim rekombinasi khusus yang dikode oleh gen int dan xis pada genom fag. Rekombinasi spesifik tapak menjamin penataan kembali DNA yang teliti. Pada beberapa kasus pindah silang, kadang terjadi perkecualian yang mana sel-sel memanfaatkan proses rekombinasi yang tertata secara teliti untuk menata kembali urut-urutan DNA. Dalam hal ini segmen-segmen DNA dapat dipindah dengan bantuan rekombinasi spesifik tapak, dan akibat yang timbul adalah sering beragam gen atau perangkat gen diekspresikan. Contoh utama dari fenomena ini adalah pembentukan demkian banyak gen antibody hasil penataan kembali DNA spesifik tapak yang terjadi atas suatu perangkat urut-urutan prekursor. Rekombinasi spesifik tapak mengatur ekspresi gen. Rekombinasi yang melibatkan 2 tapak pada suatu molekul DNA yang sama akan berakibat terlepasnya segmen antara atau terjadinya inverse segmen antara tersebut. Sel kadang memang memanfaatkan inverse hasil rekombinasi tersebut dalam rangka memilih antara dua susunan DNA yang memungkinkan dua protein atau perangkat protein untuk diekspresikan. Mekanisme ini sering mengatur protein yang tampak pada bagian luar makhluk hidup. Rekombinasi Tidak Selalu Bersifat Resiprok pada Tapak Pindah Silang Konversi Gen Rekombinasi yang tidak resiprok juga sering ditemukan. Rekombinasi tidak resiprok yang terjadi disebut sebagai konversi gen (gen conversion). Konversi gen tersebut merupakan akibat pemotongan DNA dan sintesis perbaikan DNA yang terjadi pada daerah heterodupleks selama proses pemutusan dan penyambungan. Rekombinasi Illegitimate (I llegitimate Recombination) Rekombinasi Illegitimate adalah rekombinasi yang terjadi antara molekul- molekul DNA yang non homolog. Mekanisme juga tidak sama dengan mekanisme rekombinasi umuum dan juga tidak membutuhkan fungsi protein recA, recB, dan recC pada E. coli. Contohnya adalah insersi elemen transposable (misalnya elemen Is) ke dalam suatu lokus gen yang mana akan mengakibatkan fungsi gen akan terganggu atau hilang. Rekombinasi Memperbaiki Molekul DNA yang Rusak Ada dugaan bahwa fungsi oaling vital dari pindah silang justru adalah untuk memperbaiki kerusakan DNA. Temuan ini terungkap pada penelitian terkait dengan bakteri recA serta utan defektiv rekombinasi dari khamir yang sangat mudah mati akibat radiasi maupun pengaruh berbagai zat kikia yang merusakkan DNA. Peristiwa rekombinasi berawal dari upaya penutupan suatu celah pada molekul DNA. Rekombinasi Independen terhadap Replikasi DNA Rekombinasi merupakan kejadian independen yang tidak terkait dengan peristiwa replikasi DNA. Bila dua genotip fag, misalnya a + dan b + , dalam jumlah besar secara serempak menginfeksi suatu sel inang yag tumbuh pada medium ringan, pengamatan terhadap genotip partikel fag-fag yang tidak bereplikasi menunjukkan bahwa beberapa di antaranya bergenotip ++ .
BAB 11 TRANSFORMASI BAKTERI Transformasi merupakan suatu proses transfer informasi genetic dengan bantuan potongan DNA ekstraseluler. Fragmen DNA yang berasal dari bakteri donor diambil oleh bakteri lain dengan kedudukan sebagai bakteri resepien. Jika bakteri donor dan bakteri resepien berbeda secara genetic, maka akan dihasilkan rekombinan genetic yang terbentuk melalui peristiwa pindah silang yang melibatkan fragmen DNA dari donor dan DNA atau kromosom resepien. Sel yang mengalami transformasi disebut sebagai transforman. Transformasi Alami dan Transformasi Buatan Berdasar sifat kejadiannya transformasi dibagi menjadi 2, yaitu: - Transformasi alami, yang mana bakteri mampu mengambil fragmen DNA secara alami sehingga mengalami transformasi secara genetik. - Transformasi yang direkayasa, secara genetic bakteri telah diubah terlebih dahulu agar memungkinkannya mengalami transformasi, sehingga memungkinkannya mampu mengambil fragmen DNA sehingga akhirnya secara genetic mengalami transformasi. Pengambilan molekul DNA oleh bakteri resepien adalah suatu proses aktif yang membutuhkan energi. Proses tersebut tidak mencakup peristiwa masuknya molekul DNA secara pasif melalui dinding sel maupun membr an sel yang permeable. Spesies bakteri yang dapat mengalami transformasi adalah yang memiliki mekanisme enzimatik yang terlibat pada peristiwa pengambilan fragmen DNA maupun pada proses rekombinasi. Namun, juga tidak semua sel pada suatu populasi dapat secara aktif mengambil fragmen DNA. Sel yang mampu melakukan hal tersebut sehingga memungkinkan terjadinya transformasi disebut sebagai sel kompeten. Sel ini memiliki faktor kompeten yang diduga merupakan suatu protein permukaan sel atau suatu enzim yang terlibat pengikatan atau pengambilan DNA. Proses Transformasi berlangsung dalam beberapa tahap: Tahap 1: molekul DNA unting ganda berikatan pada tapak reseptor yang terdapat di permukaan sel. Perikatan ini bersifat reversibel. Tahap 2 : pengembilan DNA donor yang bersifat irreversible. Pada saat ini, DNA donor menjadi resisten terhadap enzim DNase di dalam medium. Tahap 3 : konversi molekul DNA donor yang berupa unting ganda menjadi molekul unting tunggal melalui degradasi nukleotida terhadap salah satu unting. Tahap 4 : integrasi (insersi kovalen) seluruh atau sebagian unting tunggal DNA donor tersebut ke dalam kromosom resipien. Tahap 5 : segregasi dan ekspresi fenotipik gen donor yang telah terintegrasi Ada dugaan bahwa rincian proses rekombinasi transformasi tidak mustahil berbeda-beda pada berbagai spesies. Tiga tahap pertama (1, 2, dan 3) dari proses transformasi yang telah disebutkan tidak bersifat spesifik untuk DNA yang homolog. Sedangkan tahap keempat (integrasi) bersifat spesifik untuk DNA yang homolog.
Pemetaan Kromosom Bakteri melalui Kejadian Transformasi Rekombinasi transformasi pada bakteri dapat dimanfaatkan untuk pemetaan kromosom bakteri. Secara operasional transformasindapat digunakan untuk mengungkap pautan gen, urutan gen, serta jarak peta. Urutan gen pada kromosom bakteri dapat juga ditetapkan atas dasar data transformasi.
Pertanyaan dan Jawaban: 1. Bagaimana rekombinasi memperbaiki molekul DNA yang rusak? - Peristiwa rekombinasi dalam proses perbaikan berawal dari upaya penutupan suatu celah pada molekul DNA. Dalam hal ini celah diisi oleh DNA yang berasal dari salah satu unting pasangan homolog. Perbaikan tetap terjadi tidak bergantung kepada apakah perantara itu dipotong untuk menukar lengan samping dari kedua helix. Sekalipun suatu celah sederhana (kecil) daoat diisi oleh polymerase DNA, suatu persoalan yang lebih serius diperlihatkan oleh celah. Cacat pada molekul DNA misalnya ada timin dimer. Celah tersebut terbentuk tatkala replikasi terhenti pada tapak yang menggandeng cacat tadi, replikasi dimulai lagi beberapa saat setelah itu. Informasi genetik pada tempat cacat hilang dari kedua unting DNA dan dapat dibetulkan/dipulihkan hanya melalui cara membuangnya melalui rekombinasi dari suatu duplex homolog. 2.