ISSN: 2316-5200 BBR - Biochemistry and Biotechnology Reports. Edio Especial, v. 2, n. 2, jun., p. 120-122, 2013. IV Jornada Acadmica Internacional de Bioqumica e I Semana Cientfica de Biotecnologia Descriao do mapa farmacofrico do inibidor e da PfHT por simulao de dinmica molecular FONSECA, A.L. *1 ; NUNES, R.R. 1 ; COMAR JNIOR, M. 1 ; ALVES, R.J. 2 ; VAROTTI, F.P. 1 ; TARANTO, A.G. 1 RESUMO A malria uma doena de importncia mundial. A necessidade pela busca de novas alternatvas teraputcas reforada devido a crescente resistncia adquirida pelo parasito aos frmacos atuais. O transportador de hexoses de Plasmodium falciparum (PfHT) tem apresentado suporte gentco para que PfHT seja utlizado como alvo para o desenvolvimento de antmalricos, podendo com isso inibir a absoro de glicose e eliminar os parasitas. Com o objetvo de avaliar a conformao farmacofrica do ligante previamente ancorado ao receptor antes e aps a simulao de dinmica (DM) molecular. Desta forma foi possvel analisar que o processo de dinmica molecular permitu ao modelo estabilidade bem como caracterstcas de viabilidade mais prximas a sua utlizao biolgica. O que demonstra a impotncia de ferramentas de bioinformtca em estudos de molculas bioatvas com possvel potencial farmacolgico Palavras-chave: anlise conformacional, antmalrico, modelagem molecular, malria, Amber. INTRODUO A busca por novos frmacos para o combate malria tem se tornado objeto de estudo em todo o mundo. O aumento da resistncia da doena aos quimioterpicos clssicos crescente o que aumenta a necessria e urgente busca por novos alvos moleculares 1 . Tcnicas de modelagem por homologia foram utlizadas em estudo prvio, para elaborao do modelo 1 Universidade Federal de So Joo del-Rei-UFSJ - Campus CCO - Laboratrio de Modelagem Molecular e Bioqumica de Parasitos Divinpolis - Minas Gerais 2 Universidade Federal de Minas Gerais-UFMG - Laboratrio de Qumica Belo Horizonte Minas Gerais E-mail: amalufonseca@yahoo.com.br terico da protena transportadora de hexose do Plasmodium falciparum (PfHT), essencial ao seu ciclo de vida 2 . Essa protena tem fundamental importncia no transporte de hexose do parasita, podendo ser considerada um potencial alvo para o desenvolvimento de novos quimioterpicos contra a malria 3 . A quimioterapia de parasitas da malria limitada devido resistncia que estes conseguem estabelecer aos frmacos existentes, sendo necessrio buscar novas alternatvas para que seja possvel um tratamento efcaz 1 . O transportador de hexoses de Plasmodium falciparum (PfHT) tem se mostrado como importante alvo molecular 4 . A aplicao de ferramentas de quimioinformtca tem sido utlizada na descoberta e desenvolvimento de novos frmacos, apresentando grande efcincia em vrias etapas do processo de planejamento racional baseado em estrutura e no mecanismo de ao. Na ausncia de dados estruturais determinados experimentalmente, os modelos tridimensionais de protenas gerados por modelagem molecular por homologia tm oferecido um excelente suporte no planejamento de agentes farmacolgicos 5,6 . Dessa forma, tcnicas de modelagem por homologia foram utlizadas em estudo prvio 7 , para elaborao do modelo terico da protena transportadora de hexose do P. falciparum (PfHT). A seguir, o ligante, O-(undec-10-en)-l-D-glucose foi ancorado ao receptor, a qual o mapa farmacofrico foi tambm previamente descrito. No entanto necessrio a anlise da trajetria de forma a identfcar a interao entre a protena e o ligante. O objetvo deste estudo avaliar a conformao farmacofrica do ligante previamente ancorado ao receptor antes e aps a simulao de dinmica (DM) molecular.
MATERIAL E MTODOS A partr da sequncia primria da PfHT, um modelo foi previamente construdo usando o protocolo padro usando como molde as protenas 121 Trabalho apresentado em evento cientfico ISSN: 2316-5200 BBR - Biochemistry and Biotechnology Reports. Edio Especial, v. 2, n. 2, jun., p. 120-122, 2013. IV Jornada Acadmica Internacional de Bioqumica e I Semana Cientfica de Biotecnologia descriao do mapa farmacofrico do inibidor e da pfht por simulao de dinmica molecular fonseca, a.l. et al 2O7Q e 3O7Q. O ligante previamente foi ancorado usando o Autodock Vina. A seguir, o modelo da PfHT foi submetdo a simulaes de DM utlizando o programa Amber atravs do campo de fora f03. Os parmetros do ligante derivado de hexose foram previamente gerados pelo campo de fora denominado General Amber Force Field (GAFF). 8,9 . Para a realizao do processo de Dinmica Molecular foram realizados os seguintes passos, apresentados no esquema 1. Figura 1. Esquema geral das etapas de Dinmica Molecular O algoritmo SHAKE foi usado para limitar o movimento das ligaes C-H. As velocidades foram randomicamente associadas aos tomos atravs de um processo de aquecimento at a temperatura de 300K em uma simulao de 160ps. A seguir, o sistema foi submetdo a uma simulao de 8 ns com o passo de tempo de 0.0008 ps. Todos os clculos foram realizados utlizando o modelo de solvatao implcita com os parmetros descritos por Cramer e colaboradores 10 . O raio de corte (cut-of) de 14 foi utlizado para a interao dos tomos no ligados. RESULTADOS E DISCUSSO Aps a DM, foi realizada anlise da conformacional do ligante de forma a visualizar as alteraes durante a simulao (Fig 2).Como pode ser observado, o ligante assume majoritariamente duas conformaes onde a cadeia lateral assumem as conformaes. Figura 2. Alterao na conformao do ligante antes (A) e aps (B) os clculos de DM. Figura 3. Visualizao do Modelo e interao com ligante antes dos clculos de DM.
Figura 4. Visualizao do Modelo e interao com ligante aps os clculos de DM.
Aps o processo de dinmica observou-se uma alterao na conformao do ligante nas regies de ligao prximo as hidroxilas existentes. Os aminocidos presentes nas regies em que foram analisadas a mudana de conformao antes da DM foram: ASN304 e GLU340 e aps a DM foram: ASN259, 304 e GLU340. Sendo que a conformao demonstrada em 2B A B 122 Trabalho apresentado em evento cientfico ISSN: 2316-5200 BBR - Biochemistry and Biotechnology Reports. Edio Especial, v. 2, n. 2, jun., p. 120-122, 2013. IV Jornada Acadmica Internacional de Bioqumica e I Semana Cientfica de Biotecnologia descriao do mapa farmacofrico do inibidor e da pfht por simulao de dinmica molecular fonseca, a.l. et al a mais estvel. A dinmica molecular considerada como uma ferramenta relevante e amplamente utlizada de modelagem molecular, uma vez que permite uma simulao, da evoluo de um determinado sistema, a fm de avaliar suas propriedades dinmicas, diretamente relacionadas com as interaes existentes entre o mesmo com as molculas subjacentes 6 . Desta forma a anlise das interaes entre protena e ligante antes e aps este processo permitem a visualizao das caracterstcas mais prximas de uma visualizao, sendo a conformao em 2 B em equilbrio. CONCLUSES O modelo receptor PfHT ser empregado na metodologia de triagem virtual e de novo design, dando contnuidade no processo de desenvolvimento racional de frmacos contra a malria. Consequentemente, novos compostos prottpos podero ser racionalmente planejados, os quais podero ser capazes de se ligarem a este receptor de forma mais efetva e seletva. Metodologias in silico so teis por descreverem as interaes intermoleculares entre o ligante e o receptor. REFERNCIAS (1) JOET, T.; ECKSTEIN-LUDWIG, U.; MORIN, C.; KRISHNA, S.. Validaton of the hexose transporter of Plasmodium falciparum as a novel drug target. Proceedings of the Natonal Academy of Sciences. V.100. n 13. 7476-7479, 2003. (2) FONSECA, A.L.; NUNES, R.R.; COMAR JR, M.; ALVES, R.J.; VAROTTI, F.P.; TARANTO, A.G.. Development of molecular targets models for PfHT by comparatve modeling, Anais do VI Brazmedchem, Gramado 2012. (3) BAHL, A. et. al.. PlasmoDB: the Plasmodium genome resource. A database integratng experimental and computatonal data. Nucleic Acids Res, v.31. n.1, p. 212-215, 2003. (4) SLAVIC, K.; STRASCHIL, U.; REININGER, L.; DOERING, C.; MORIN, C.; TEWARI, R.; KRISHNA, S.. Life cycle studies of the hexose transporter of Plasmodium species and genetc validaton of their essentality. Molecular Microbiology. V. 75 n 6. 1402-1413, 2010. (5) SILVA, V. B.; SILVA, C.H..T.P.. Modelagem molecular de protenas-alvo por homologia estrutural. Revista Eletrnica de Farmcia. V. 4 n 3. 15-26, 2007. (6) BECKER, O.M.; MACKERELL, A.D.; ROUX, B.; WATANABE, M.; Computacional Biochemistry e Biophysics. WWB , 2001, 525 pp. (7) FONSECA, A.L.; NUNES, R.R.; COMAR JR, M.; ALVES, R.J.; VAROTTI, F.P.; TARANTO, A.G.. Development of molecular targets models for PfHT by comparatve modeling, Anais do VI Brazmedchem, Gramado 2012. (8) SILVA, G.M..Guia Foca/Linux. GNU 2007, 133 pp. (9) CASE, D.A. et. al..Amber 11 User`s Manual. University of California 2006, 320 pp. (10) CRAMER, C. J.; TRUHLAR, D. G., Implicit Solvaton Models: Equilibra, Structure, Spectra, and Dynamics, Chem. Rev.,99, 2161-2200, 1999.