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Trabalho apresentado em evento cientfico


ISSN: 2316-5200
BBR - Biochemistry and Biotechnology Reports. Edio Especial, v. 2, n. 2, jun., p. 120-122, 2013.
IV Jornada Acadmica Internacional de Bioqumica e I Semana Cientfica de Biotecnologia
Descriao do mapa farmacofrico do inibidor e da
PfHT por simulao de dinmica molecular
FONSECA, A.L.
*1
; NUNES, R.R.
1
; COMAR JNIOR, M.
1
; ALVES, R.J.
2
; VAROTTI, F.P.
1
;
TARANTO, A.G.
1
RESUMO
A malria uma doena de importncia mundial. A necessidade pela busca
de novas alternatvas teraputcas reforada devido a crescente resistncia
adquirida pelo parasito aos frmacos atuais. O transportador de hexoses de
Plasmodium falciparum (PfHT) tem apresentado suporte gentco para que
PfHT seja utlizado como alvo para o desenvolvimento de antmalricos,
podendo com isso inibir a absoro de glicose e eliminar os parasitas. Com
o objetvo de avaliar a conformao farmacofrica do ligante previamente
ancorado ao receptor antes e aps a simulao de dinmica (DM) molecular.
Desta forma foi possvel analisar que o processo de dinmica molecular
permitu ao modelo estabilidade bem como caracterstcas de viabilidade
mais prximas a sua utlizao biolgica. O que demonstra a impotncia
de ferramentas de bioinformtca em estudos de molculas bioatvas com
possvel potencial farmacolgico
Palavras-chave: anlise conformacional, antmalrico, modelagem
molecular, malria, Amber.
INTRODUO
A busca por novos frmacos para o combate malria tem se tornado
objeto de estudo em todo o mundo. O aumento da resistncia da doena
aos quimioterpicos clssicos crescente o que aumenta a necessria e
urgente busca por novos alvos moleculares
1
. Tcnicas de modelagem por
homologia foram utlizadas em estudo prvio, para elaborao do modelo
1
Universidade Federal de So Joo del-Rei-UFSJ - Campus CCO - Laboratrio de Modelagem Molecular e
Bioqumica de Parasitos Divinpolis - Minas Gerais
2
Universidade Federal de Minas Gerais-UFMG - Laboratrio de Qumica Belo Horizonte Minas Gerais
E-mail: amalufonseca@yahoo.com.br
terico da protena transportadora de hexose do Plasmodium falciparum
(PfHT), essencial ao seu ciclo de vida
2
. Essa protena tem fundamental
importncia no transporte de hexose do parasita, podendo ser considerada
um potencial alvo para o desenvolvimento de novos quimioterpicos contra
a malria
3
.
A quimioterapia de parasitas da malria limitada devido resistncia
que estes conseguem estabelecer aos frmacos existentes, sendo necessrio
buscar novas alternatvas para que seja possvel um tratamento efcaz
1
.
O transportador de hexoses de Plasmodium falciparum (PfHT)
tem se mostrado como importante alvo molecular
4
. A aplicao de
ferramentas de quimioinformtca tem sido utlizada na descoberta e
desenvolvimento de novos frmacos, apresentando grande efcincia em
vrias etapas do processo de planejamento racional baseado em estrutura
e no mecanismo de ao. Na ausncia de dados estruturais determinados
experimentalmente, os modelos tridimensionais de protenas gerados por
modelagem molecular por homologia tm oferecido um excelente suporte
no planejamento de agentes farmacolgicos
5,6
.
Dessa forma, tcnicas de modelagem por homologia foram utlizadas
em estudo prvio
7
, para elaborao do modelo terico da protena
transportadora de hexose do P. falciparum (PfHT). A seguir, o ligante,
O-(undec-10-en)-l-D-glucose foi ancorado ao receptor, a qual o mapa
farmacofrico foi tambm previamente descrito. No entanto necessrio
a anlise da trajetria de forma a identfcar a interao entre a protena e
o ligante.
O objetvo deste estudo avaliar a conformao farmacofrica do
ligante previamente ancorado ao receptor antes e aps a simulao de
dinmica (DM) molecular.

MATERIAL E MTODOS
A partr da sequncia primria da PfHT, um modelo foi previamente
construdo usando o protocolo padro usando como molde as protenas
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Trabalho apresentado em evento cientfico
ISSN: 2316-5200
BBR - Biochemistry and Biotechnology Reports. Edio Especial, v. 2, n. 2, jun., p. 120-122, 2013.
IV Jornada Acadmica Internacional de Bioqumica e I Semana Cientfica de Biotecnologia
descriao do mapa farmacofrico do inibidor e da pfht por simulao de dinmica molecular
fonseca, a.l. et al
2O7Q e 3O7Q. O ligante previamente foi ancorado usando o Autodock Vina.
A seguir, o modelo da PfHT foi submetdo a simulaes de DM utlizando
o programa Amber atravs do campo de fora f03. Os parmetros do
ligante derivado de hexose foram previamente gerados pelo campo de fora
denominado General Amber Force Field (GAFF).
8,9
.
Para a realizao do processo de Dinmica Molecular foram realizados
os seguintes passos, apresentados no esquema 1.
Figura 1. Esquema geral das etapas de Dinmica Molecular
O algoritmo SHAKE foi usado para limitar o movimento das ligaes
C-H. As velocidades foram randomicamente associadas aos tomos atravs
de um processo de aquecimento at a temperatura de 300K em uma
simulao de 160ps. A seguir, o sistema foi submetdo a uma simulao de
8 ns com o passo de tempo de 0.0008 ps. Todos os clculos foram realizados
utlizando o modelo de solvatao implcita com os parmetros descritos
por Cramer e colaboradores
10
. O raio de corte (cut-of) de 14 foi utlizado
para a interao dos tomos no ligados.
RESULTADOS E DISCUSSO
Aps a DM, foi realizada anlise da conformacional do ligante de
forma a visualizar as alteraes durante a simulao (Fig 2).Como pode ser
observado, o ligante assume majoritariamente duas conformaes onde a
cadeia lateral assumem as conformaes.
Figura 2. Alterao na conformao do ligante antes (A) e aps (B) os clculos de DM.
Figura 3. Visualizao do Modelo e interao com ligante antes dos clculos de DM.

Figura 4. Visualizao do Modelo e interao com ligante aps os clculos de DM.

Aps o processo de dinmica observou-se uma alterao na conformao
do ligante nas regies de ligao prximo as hidroxilas existentes. Os
aminocidos presentes nas regies em que foram analisadas a mudana
de conformao antes da DM foram: ASN304 e GLU340 e aps a DM foram:
ASN259, 304 e GLU340. Sendo que a conformao demonstrada em 2B
A B
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IV Jornada Acadmica Internacional de Bioqumica e I Semana Cientfica de Biotecnologia
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fonseca, a.l. et al
a mais estvel. A dinmica molecular considerada como uma ferramenta
relevante e amplamente utlizada de modelagem molecular, uma vez que
permite uma simulao, da evoluo de um determinado sistema, a fm
de avaliar suas propriedades dinmicas, diretamente relacionadas com as
interaes existentes entre o mesmo com as molculas subjacentes
6
. Desta
forma a anlise das interaes entre protena e ligante antes e aps este
processo permitem a visualizao das caracterstcas mais prximas de uma
visualizao, sendo a conformao em 2 B em equilbrio.
CONCLUSES
O modelo receptor PfHT ser empregado na metodologia de triagem
virtual e de novo design, dando contnuidade no processo de desenvolvimento
racional de frmacos contra a malria. Consequentemente, novos
compostos prottpos podero ser racionalmente planejados, os quais
podero ser capazes de se ligarem a este receptor de forma mais efetva
e seletva. Metodologias in silico so teis por descreverem as interaes
intermoleculares entre o ligante e o receptor.
REFERNCIAS
(1) JOET, T.; ECKSTEIN-LUDWIG, U.; MORIN, C.; KRISHNA, S.. Validaton of the hexose
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Development of molecular targets models for PfHT by comparatve modeling, Anais
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KRISHNA, S.. Life cycle studies of the hexose transporter of Plasmodium species and
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2010.
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estrutural. Revista Eletrnica de Farmcia. V. 4 n 3. 15-26, 2007.
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(7) FONSECA, A.L.; NUNES, R.R.; COMAR JR, M.; ALVES, R.J.; VAROTTI, F.P.; TARANTO, A.G..
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VI Brazmedchem, Gramado 2012.
(8) SILVA, G.M..Guia Foca/Linux. GNU 2007, 133 pp.
(9) CASE, D.A. et. al..Amber 11 User`s Manual. University of California 2006, 320 pp.
(10) CRAMER, C. J.; TRUHLAR, D. G., Implicit Solvaton Models: Equilibra, Structure, Spectra,
and Dynamics, Chem. Rev.,99, 2161-2200, 1999.