DETECCIN DE DOS VIRUS MIEMBROS DE LA

FAMILIA CAULIMOVIRIDAE AFECTANDO CAMOTE

[Ipomoea batatas (L.) Lam.]

Joo De Souza, Jorge Tamayo, Joab Tugume, Segundo Fuentes y Wilmer Cuellar

Laboratorio de virologa, Centro Internacional de la Papa (CIP)-Lima, Peru

Setiembre 5 - 10, 2010

SECUENCIA GENMICA COMPLETA, ANLISIS Y

1

Camote (Ipomoea batatas (L.) Lam.)

Camote: 7 cultivo en importancia mundial.

Mundo: China (78.8%)

frica (14.7%)
Sudamrica: Per (14%), Caete (30 35 t/ha)

Mnima inversin.
2

Virus en camote
Reportados: >20
ARN: mayora (Cucumovirus, Crinivirus (SPCSV),
Potyvirus, Enamovirus, Nepovirus,
Ipomovirus)

ADN: algunos (Begomovirus, Badnavirus)

Sntomas
Suaves o asintomticos: infeccin simple
Severos : infeccin mixta (sinergismo) x SPCSV

3
Enanismo, mosaico, defor. de hojas

Mosaico

Enrrollamiento de hoja

Familia Caulimoviridae
Fauquet et al., 2005

ADNdc circular: 7.2 8.3 kb.

Pararetrovirus: ARN intermediario, RT

Gneros

Morfologia
del virin

Cuerpos de
inclusin

% GC

Caulimovirus

35-40

Petuvirus

38-39

isomtrico

Soymovirus

31-34

Cavemovirus

25-27

Tungrovirus

33-34

4
baciliforme

Badnavirus

X
39-47

Organizacin
genmica
CP / MP

gag / pol

MP-CP

CP-RT
4

CP-MP

CP-----RT

MP-CP

CP-RT

Virus en estudio:
SPCV

Virus C-9

Sano
5

Atkey y Brunt, 1987

OBJETIVOS

Identificar y caracterizar parcialmente al

SPCV y al virus C-9.

Desarrollar un mtodo molecular rpido

para su
6 deteccin.

Ensayo serolgico
Extraccin ADN viral
Cortes con enzimas de restriccin

Mapa de Flujo
de Trabajo

Clonamiento
Secuenciamiento
Genomas completos

1 Objetivo

7
2 Objetivo

Anlisis de secuencia

Mapas Filogenticos
Deteccin molecular

Serologa (NCM-ELISA)
Relacin serolgica
SPCV

C-9

Sano

I KB plus DNA ladder

Extraccin del ADN viral

Cuerpos de inclusin
Covey et al., 1998
SPCV

SPCV
Eficiencia de extraccin

Extraccin ADN viral no depende de

1.8 g ADN viral/g hoja fresca
similaridad de secuencia.
Componentes lineales y circulares:
Caulimovirus (Donson y Hull,
1983;
Virus
C-9 Covey
et al., 1998)

Eficiencia de extraccin

3.6 g DNA viral/g hoja fresca

10

SPCV
PstI

Hind III

BstzI

NotI

EcoRI

I KB plus DNA ladder

SbfI

SalI

ScaI

PstI

Hind III

I KB plus DNA ladder

Cortes con enzimas de restriccin

Virus C-9

10

Genomas completos
Caja TATA

ORF putativo

Promotor putativo

35S leader?
Caja TATA

ORF 4
(Transactivator)

Promotor putativo

ORF 4
(Transactivador)

35S leader?

ORF
putativo

ORF putativo

CIP-SPCV
7723 bp

C9 CIP

ORF 1
(CP-MP)

8837 bp

ORF 1 (CP)

ORF 3 (RT)
ORF 3 (RT)
ORF 2 (MP)

Id nt = 64%
11 Son virus diferentes
Fauquet et al., 2005

11

DMV

98
94

DMV-Holland
MMV

65

65

48

FMV
LLDAV
HRLV

44

CERV

62
96

Caulimovirus

64

CaMV

Eupatorium vein clearing virus

38

SVBV
CmYLCV

46

SbCMV

65

Soymovirus

PCSV

55
62

BRRSV

87

Rudbeckia flower distortion virus

CsVMV

100

SPCV

87
98

Cavemovirus

TVCV
100

Anlisis
Filogentico

C-9
PVCV
RTBV

Petuvirus
Tungrovirus

BsCVBV
100
87

Lucky bamboo bacilliform virus

DraMV

47

98

TaBV

Coat protein
(CP)

Sweet potato badnavirus A

66
100

Sweet potato badnavirus B

Dioscorea Bacilliform Virus

CSSV

79
45

98

CYMV

Badnavirus

ComYMV
ScBIMV

100
65

ScBMV
Cycad leaf necrosis virus

79

BSMysV
90

BSGFV

57
100
98
79

BSV strain Acuminata Vietnam

BSV
BSOLV
KTSV
Retrotansposn I. batatas

0.2

aa
Neighbor
joining
Bootstrap 1000

BSV strain Acuminata Vietnam

100
39

BSV

BSGFV

87

BSOLV

98
37

KTSV

93

BSMysV

36

Cycad leaf necrosis virus

ComYMV

16

Sweet potato badnavirus A

100

Badnavirus

Sweet potato badnavirus B

Dioscorea bacilliform virus

38
75

100

CSSV

35
97

CYMV
BsCVBV
Lucky bamboo bacilliform virus

61
100

DraMV
TaBV

99

ScBIMV

Filogenia: SPCV y virus C-9 Anlisis

gnero
Filogentico
Cavemovirus.
100

ScBMV
RTBV

CsVMV

100

78

Tungrovirus

SPCV

99

Cavemovirus

TVCV

100

C-9
SbCMV

68
61

74

BRRSV

99

Soymovirus

Retrotranscriptasa
(RT)

CmYLCV
PCSV
SVBV

90
93

Rudbeckia flower distortion virus

49

Eupatorium vein clearing virus

81

HRLV

100

CaMV
LLDAV

83
48
99

51

Caulimovirus

CERV
DMV
99

DMV-Holland
99

MMV

Petuvirus

PVCV

Outgroup 2
Outgroup 1
0.2

aa
Neighbor
joining
Bootstrap 1000

FMV

56

Comparacin de genomas
ORF putativo

Caja TATA
ARNtmet

Promotor putativo

Sitio de unin al ARNtmet pararetrovirus

Caja TATA

ORF 4
(Transactivador)

ARNtmet

ORF 4
(Transactivator)

Promotor putativo

ORF putativo
ORF 1
(CP-MP)

ORF putativo

CIP-SPCV
Organizacin
genmica

C9 CIP

7723 bp

ORF 3 (RT)

SPCV: CP MP fusionado
Virus C-9: CP MP separado

8837 bp

ORF 3 (RT)

ORF 5

ORF 1 (CP)

ORF 2 (MP)
ARNtmet

%GC Cavemovirus? (de Kochko et al.,

1998)

ARNtmet

ORF 5
(Transactivador)

ORF 1 (CP)

ORF 3 (RT)

SPCV:
CsVMV 25.75%
Virus C-9: 30.15%
8159 bp

ORF 1
(CP - MP)

ORF 4
(Transactivador)

14

ORF 2

TVCV

14

7767 bp

ORF 2 (MP)
ORF 3 (RT)

Deteccin Molecular de los Virus (PCR)

*
9

16

22

35

44

*
47

71 128

129

134

RT
secuencia
pararetrovirus.

Primers: C-9 (1.3-5)

F/R

Primers: SPCaLV 2(4)

F/R

138 140

154

156

177 183 184

SPCV C-9 Sano

conservada

NFW

en

No amplificacin: variantes??
NCM-ELISA, no amplificacin.
15

Regin
amplificada
15

RT

Variabilidad
96
100

SPCV-128 Guatemala
SPCV-154 Panam
SPCV-138 Guatemala

94

SPCV

Amrica
Central

SPCV-44 Cuba
100

SPCV-183 Mxico

SPCV Madeira
SPCV A11Kenia
79

frica

SPCV A20 Uganda

99

SPCV A39 Uganda

CsVMV
0.005

C9-35
C9-128

Guatemala
Panam

C9-177

Virus C-9

C9-140

Guatemala

Amrica
Central

C9-129

16

C9-154
C9-16

16

C9-original

Repblica
Dominicana

C9-47

Jamaica

C9-9
TVCV

Islas
Caribeas

Alrededor de 205 accesiones de Sudamrica

(incluyendo Per) han sido analizadas y no se
ha detectado an (por PCR) SPCV o C-9 en
dicha regin.
17

17

Procedencia de los virus

SPCV
Virus C-9

18

18

CONCLUSIONES

Genoma de ADNdc circular.

Especies diferentes.

Corresponden al gnero Cavemovirus (segn

organizacin genmica y filogenia).

Diagnstico rpido mediante PCR (conocer

la distribucin geogrfica virus).
19

Existe variabilidad en ambos virus.

19

IMPLICANCIA
Ambos virus podran tener
importancia cuarentenaria
20

20

Sinergismos reportados
Cavemovirus

? Virus de
DNA

Carlavirus

SPCSV

Cucumovirus

Ipomovirus
21

Potyvirus

Virus de
RNA

21

Sinergismo con un crinivirus?

SPCV

Huachano sano

Huachano SPCV

Huachano
SPCSV + SPCV

Virus
C-9
22

22
Huachano sano

Huachano Virus C-9

Huachano
SPCSV + Virus C-9

Agradecimientos:
Centro Internacional de la Papa (CIP) - Lima, Per
rea

de Virologa

BBSRC / DFID
TCGEB - TWAS UNESCO

Gracias 23
por su
atencin!

23