Tutorial MIKE 21 DHI Software

Description de la mthodologie suivie

pour traiter une simulation MIKE

BEI 4 | Etude de limpact des surcotes

Anne 2007 2008
Date de publication : Mars 2008
ENSEEIHT 3Hy SEE - MFN

Tutorial MIKE 21 DHI Software

SOMMAIRE

1.

RECUEIL DES DONNEES NECESSAIRES ........................................................................................... 3

1.1.

2.

TRAITEMENT......................................................................................................................................... 3

GENERATION DE LA GEOMETRIE DU MAILLAGE ....................................................................... 4

2.1.

SYSTEME DE PROJECTION...................................................................................................................... 4

2.2.

IMPORTATION DES DONNEES ................................................................................................................. 5

2.3.

TRAITEMENT DES DONNEES .................................................................................................................. 6

2.4.

CREATION DE CONDITIONS AUX LIMITES............................................................................................... 7

2.5.

DEFINITION DES ZONES A MAILLER ....................................................................................................... 8

2.6.

GENERATION DU MAILLAGE.................................................................................................................. 8

3.

CONFIGURATION DUN FICHIER DE SIMULATION.................................................................... 11

4.

CONFIGURATION DU MODULE COUPLE SPECTRAL WAVE - HD ............................................ 18

5.

LOGICIELS LIBRES ............................................................................................................................... 22

Remarques :
Lensemble des images et des valeurs indiques dans ce tutorial sont
tires du travail effectu sur lembouchure de la Gironde.
Ce travail a t ralis par des tudiants de lENSEEIHT. Il se propose
daider les utilisateurs du logiciel MIKE, cependant il ne se veut pas
exhaustif. De nombreux autres modules ne sont pas mentionns dans ce
document. Pour toute information complmentaire, se reporter au manuel
dutilisateur.

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1. Recueil des donnes ncessaires

Dfinition du modle :
donnes bathymtriques et topographiques de la cte et des cours deau
donnes explicitant le contour de la zone, c'est--dire les limites des fleuves, des ctes
et toutes autres dlimitations terre-eau prendre en compte.
Le contour peut-tre trac partir dune image go rfrenc (geoportail Image des SCAN
25 de lIGN ou google earth)
mare prdite (SHOM)
surcotes aux conditions aux limites (Mto France)
mare mesure (SHOM sur le site du SONEL)
distribution du vent et de la pression (Mto France)
rugosit du fond (SPC, LNHE )
Conseils :
-

Etre rigoureux sur la nomenclature des donnes et lorganisation des dossiers

1.1. Traitement
Rfrence temporelle :
Suivant la situation gographique, les donnes peuvent ne pas se baser sur le mme systme
temporel. Il faut donc veiller mettre lensemble des donnes la mme rfrence, par
exemple UT +0.
Rfrence hydrographique :
La plupart des donnes de hauteurs deau collectes sont mesures partir du zro
hydrographique, mais il se peut que vous en obteniez certaines mesures partir du niveau
moyen (voire mme partir dune rfrence locale). Dans ce cas, une correction devra tre
applique (cf. http://www.shom.fr)
Interpolation avec Toolbox :
Des traitements temporels sont possibles laide de la TOOLBOX de MIKE ZERO. On
pourra alors modifier le pas de temps, insrer des nouvelles valeurs pour combler des vides.
Format de fichier MIKE :
Vous devrez peut-tre confectionner des programmes pour convertir les donnes collectes au
format MIKE. Certains fichiers peuvent tre lus en mode ASCII (ouverture fichier texte).
Vous pouvez vous inspirer de cette mise en forme pour excuter vos programmes.

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2. Gnration de la gomtrie du maillage

2.1. Systme de projection
Pour la conception du maillage, il faut dterminer le systme de projection. Ce choix
influence uniquement le format des rsultats et de laffichage. Il vaut mieux le prendre
identique ceux de rsultats dj prexistants. Mais il peut tre diffrent des systmes des
donnes (bathymtrie, contours).
Lors de limportation des donnes, il faut les uniformiser par rapport au systme choisi. En
effet, les donnes sont gnralement projetes en LONG/LAT alors que lon souhaite les
avoir en projection UTM. Pour ce faire, on utilise un module de conversion disponible avec
MIKE21 :
Onglet File Options Datum Convert (ouverture du convertisseur)
File Open (ouverture du fichier traiter)

Configurer les paramtres de conversion

Comme indiqu dans lencadr prcdent, le systme A est en coordonnes gographiques

WGS_1984_UTM_Zone_30N. Ensuite, il faut configurer le systme B dans un systme de
coordonnes France II. Une fois les paramtres de changement saisis dans les cases adquates,
il faut presser le bouton Convert from A to B .

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2.2. Importation des donnes

Ouvrir Mesh Generator et choisir un systme de projection.
exemple : France II (Lambert II tendu) pour la Gironde

Onglet Data Import Boundary

Cette commande permet dimporter le contour

limite du maillage partir des donnes
transformes prcdemment (fichier *.xyz).
On obtient une gomtrie de ce type :

Onglet Data Import Scatter Data

Les donnes bathymtriques sont importes

dans le fichier de maillage ce niveau. Il faut
ensuite solliciter le bouton Add pour aller
chercher les fichiers ncessaires (fichiers *.xyz).
Ici, nous utilisons une projection LONG/LAT.
Les donnes se prsentent sous cette forme :

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2.3. Traitement des donnes

Aprs avoir import toutes ces donnes, nous allons crer un maillage. Plusieurs tapes sont
alors ncessaires llaboration dun tel projet :
liminer les irrgularits du contour : suppression des points impliqus dans des
zones singulires.
dplacer les points du contour qui ne concideraient pas avec la bathymtrie. Il est
parfois possible que certains points bathymtriques sortent des limites du contour
si les donnes ne proviennent pas de la mme source.
crer dventuels arcs afin de dlimiter des zones de maillage plus raffines.
Exemple pour la cration dun arc :
-Insrer deux nuds (points bleus Nodes) dans le contour marquant les limites de larc. Il
est possible de transformer des points de contour (rouge Vertices) en nuds (bleu) en le
slectionnant, et en utilisant laction vertices -> nodes .
-slectionner longlet cration darc
-tracer un arc reliant les nuds prcdemment cres en cliquant autant de fois que lon
souhaite avoir de points de contours.

Cration de nuds (points bleus) par rupture du contour via la gomme

Quelques clics de souris plus tard

Fin de larc, le point bleu est atteint

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Il faut ensuite fermer le contour et transformer les nuds en points de contours. Pour
ce faire, nous utilisons longlet pour slectionner les arcs. Ensuite, nous transformons les
anciens points limites, autres que les nuds, en points intrieurs de la faon suivante :
slection du point considr clic droit Nodes to Vertices
IL FAUT FAIRE ATTENTION A :
Que les contours soient bien ferms, notamment lorsquon importe une srie de ligne
Que les points de contours soient uniformment distribus
En effet, il sagit de gnrer un maillage le plus rgulier possible. Or chaque point de contours
est un nud de maillage. Dans ce but, nous procdons comme suit :
slection de larc considr clic droit Redistribute Vertices
Il est important de savoir que la rapidit de calcul sera proportionnelle la taille de la plus
petite maille du domaine : en effet, logiciel estime le nombre de courant (condition CFL) pour
chaque lment et fixe le pas de temps pour que la condition de stabilit CFL < 1 soit vrifie
partout. Or, cette condition est la plus restrictive pour la plus petite maille. Ainsi, une simple
maille anormalement petite va ralentir lensemble de la simulation dun facteur 2, voir plus.

2.4. Cration de conditions aux limites

Nous commenons par examiner les fichiers de donnes afin den extraire la position des
points o nous possdons des valeurs de conditions limites. Nous positionnons alors ces
points sur notre maillage. Ils serviront dlimiter les frontires limites.
Choix des coordonnes dun point :
cration dun point
positionnement : clic droit Properties saisie des coordonnes

Ensuite, toujours avec la fonction Draw arcs , nous relions les nuds prcdemment cres
et nous dessinons les contours de nos conditions en redistribuant les points selon notre
convenance. Il sagit alors de dfinir les groupes de points de chaque condition limite :
clic droit Properties
Nous parvenons la fentre suivante pour le segment slectionn, dont la limite est dfinie
par deux nuds (bleu) :

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rentrer une valeur pour dsigner la condition limite de larc (attention ne pas utiliser
0 ou 1 qui sont utiliss pour les frontires solides, par dfaut)
veiller ce que les nuds de dbut et de fin (correspondant aux deux nuds des
extrmits du segment) possdent des valeurs qui concident avec les valeurs des
conditions limites jouxtant larc considr.

2.5. Dfinition des zones mailler

Pour diffrencier les zones mailler des zones exclure du maillage, nous mettons en place
des points de zone (points verts) dfinissant les caractristiques de la zone concerne
(polygone). La procdure est :
cration du point de zone
clic droit Properties
Soit on exclut le polygone du maillage
Soit on dfinit une aire maximum (en m) pour les triangles qui vont mailler
lintrieur du polygone

Il faut vrifier que la distribution des points de contour concide avec laire des triangles. Par
exemple, il faut viter de trop rapprocher les points du contour lorsque laire maximum des
triangles est grande, cela raffine certaines zones de manire htrogne.

2.6. Gnration du maillage

Une fois les tapes prcdentes remplies, il suffit de slectionner les onglets suivants :

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Il faut toujours configurer la triangulation en indiquant la plus grande aire apparaissant dans le
maillage. Le polygone pour lequel les triangles ont la plus grande aire est donc considrer et
laire maximum de ses lments est reporte dans longlet de triangulation.
Les polygones qui ont t dfinis avec des points verts possderont des mailles de la taille
dfinie par les proprits du point. Les autres seront maills avec la taille inscrite dans la
fentre de triangulation.
Nous lanons la triangulation avant de lisser le maillage via la suite de manuvre :
Mesh Smooth Mesh (nous gardons les paramtres choisis par dfaut)
Nous terminons par linterpolation via la fonction interpolate pour laquelle nous
conservons galement les valeurs par dfaut. Cette tape permet de dterminer une
bathymtrie propre chaque nud du maillage.
Remarque : pensez sauvegarder ce moment car la procdure dinterpolation peut avoir pris
pas mal de temps (~10 min).
Mesh Export Mesh

Remarque : en 1re tude, il est plus judicieux de commencer par crer un maillage assez
large de la zone qui nous intresse. De cette faon, le calcul numrique est relativement court
et permet de visualiser rapidement les paramtres de configuration modifier. Grce ce
maillage grossier, nous pouvons donc caler le modle assez rapidement.

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En 2me approche, le maillage est raffin puis introduit dans le modle afin dobtenir des
rsultats plus prcis.
Ordre de grandeur :
Exemple pour le cas de la Gironde :
Nom du maillage

Nombre de nuds

Taille min de maille

Temps de calcul

en m

Tsimu /Tcalcul

Maillage XXL

770

150

500

Maillage L

3700

150

70

Maillage M

8000

100

30

Maillage S

11000

100

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3. Configuration dun fichier de simulation

Commencer par lancer le module Flow Model FM dans longlet MIKE21. La page
daccueil se prsente comme suit :

Il faut maintenant informer des paramtres de simulation. Pour ce faire, nous avancerons
progressivement en suivant les tapes de la navigation, commencer par dfinir le maillage
utilis.
Procdure :
Domain charger le maillage cr prcdemment

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Remplir ensuite longlet du temps. Il faut veiller ce que la dure de simulation soit comprise
dans lintervalle de temps des donnes utilises (donnes de vent, donnes aux limites du
domaine, ).
Longlet Module Selection permet de prendre en compte des effets de transport
sdimentaire, pollution et autres. Nous nous sommes contents de lutilisation du module
hydrodynamique.
Nous configurons ensuite longlet Hydrodynamic Module :
les paramtres de la solution technique sont pris par dfaut
les paramtres qui dfinissent les zones sches des zones humides sont choisis comme
suit :

La masse volumique reste barotropique

Lchelle de viscosit est conserve telle quelle

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Le coefficient de frottement au fond est un paramtre sur lequel nous pouvons jouer.
Dans un 1er temps, nous choisissons un coefficient de Chzy constant, gal 48m1/2/s.

Nous pouvons ensuite tester linfluence de la valeur de ce paramtre sur le rsultat de notre
simulation. Il suffit de comparer les hauteurs deau rellement mesures aux hauteurs deau
modlises pour diffrentes valeurs du nombre de Chzy.
Il est galement possible de crer un fichier de donnes variant dans lespace. Dans ce cas, le
nombre de Chzy change dans le domaine selon le type de fond rencontr. Par exemple,
quelques recherches bibliographiques nous ont fourni les informations suivantes :
Coefficient de Chzy :
45 m1/2/sec (Cf = 0.0098) pour les roches
100 m1/2/sec pour la vase (Cf = 0.002)
80 m1/2/sec (Cf = 0.003) pour le sable fin
60 m1/2/sec (Cf = 0.0056) pour le sable grossier
Cration dun domaine nombre de Chzy variable :
La cration dun tel fichier seffectue sous Data Manager . Nous importons alors un
maillage ou un fichier de rsultat afin dobtenir la gomtrie du domaine. Laxe du temps doit
imprativement tre spcifi quelque soit loption choisie (le paramtre unspecified
bloque lditeur lenregistrement du fichier).
Nous dfinissons ensuite un nom, un type et une unit pour la variable considre en cliquant
sur longlet Add item .

Le domaine apparat lcran. Il suffit ensuite de slectionner la zone dintrt et de lui

attribuer une valeur de nombre de Chzy via la procdure suivante :

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Clic droit dans le domaine Select area srie de clics gauches pour dfinir la zone
double clic pour terminer la zone

Les nuds du maillage qui dfinissent la zone slectionne apparaissent gauche de la

fentre graphique. Il faut alors leur attribuer la valeur souhaite en utilisant loutil
calculator qui permet dattribuer une valeur chaque lment slectionn. Nous ritrons
cette opration jusqu ce que le domaine soit entirement dfini selon un nombre de Chzy.
Puis nous enregistrons ce fichier nouvellement cr.
Retour sur longlet Hydrodynamic Module :
Paramtrage du forage de vent : il est possible dinclure un vent sur le domaine
dtude. Pour ce faire, on utilise un fichier de donnes 2D pralablement trait avec le
module Grid series .dfs2 . Ce fichier est alors charg comme suit.

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Loption Soft start interval permet dappliquer le vent aprs un temps fixs afin de ne pas
faire diverger le calcul lors du premier pas de temps.
Remarque : les pressions prisent en compte doivent tre en hectopascal, mme si le fichier
.dfs2 prcise une autre unit. Une divergence du calcul au premier pas de temps peut venir
dune erreur dunit.
Nous ne configurons pas de zone recouverte de glace
Loption jouant sur le potentiel de mare est laisse de ct car le domaine est trop
petit pour tre influenc par de tel phnomne.
Nous ne paramtrons pas non plus de pluie, car leurs influences sur les surcotes sont
ngligeables compar la prcision de nos calculs.
Wave radiation est inchang dans un premier temps. Il permet de prendre en
compte linteraction des vagues sur la rsolution hydrodynamique de lcoulement.
Les conditions initiales sont prcises ci-dessous :

Llvation de la surface ocanique initiale correspond la hauteur de leau des conditions

limites au premier pas de temps. Ceci permet au modle un dpart moins brutal et une
stabilisation plus rapide. Dans un 1er temps, nous utilisons cette valeur constante comme
condition initiale pour une simulation sans forage atmosphrique (pas de champ de pression

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ni de vent). Les rsultats obtenus aux premiers instants de lvnement choisi sont ensuite
intgrs dans une nouvelle simulation du mme vnement en tenant compte cette fois des
conditions atmosphriques de la zone dtude. Comme nous sommes gnralement limit sur
les dures de simulations par les plages temporelles des donnes mtos 2D, cette mthode
permet de commencer la simulation plus top et dliminer les erreurs dinitialisation du
domaine plus rapidement.
Les conditions la limite :
Aprs avoir visualis le nom associ la condition limite sur la vue gographique, il faut
paramtrer ces conditions une par une.

Condition de glissement
Niveau deau impos

Conditions de dbit

Les conditions de glissement correspondent une vitesse normale nulle

Les conditions de dbit sont charges partir des donnes recueillies auprs de la
banque Hydro. Ces donnes ont t traites au pralable par le logiciel HEC-HMS afin
dutiliser un modle donde cinmatique qui propage les dbits des points de mesures
jusqu lentrer de notre domaine.
Le niveau deau impos en limite ouest est charg partir dun fichier line
series .dfs1. Il sagit de la somme de la mare prdite par MIKE21 et de la surcote
prdite par le modle de Mto France.
Exemple des paramtres pour la frontire ouest :

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Crer des fichiers de sortie :

Nous utilisons longlet New output pour mettre en place les diffrentes sorties. La valeur
du dernier pas de temps est identique celle configure dans le module time . Les
coordonnes des points o lon souhaite obtenir les rsultats sont alors spcifies dans la
partie Point series . Ci-dessous, le paramtrage dun fichier de rsultats 2D.

Remarque : la frquence de sortie de donnes est configurer avec prcision. En effet, plus
les donnes sont crits frquemment, plus le calcul va tre entrecoup de priode dcriture

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sur le disque dur, ce qui peut ralentir la simulation considrablement. Il faut donc se contenter
dun pas de temps comparables aux valeurs mesurs sur le site (10 20 min). Pour les champs
2D, le problme peut tre lespace libre sur le disque, car ces fichiers sont volumineux.

4. Configuration du module coupl spectral wave - HD

Comme dans la partie simulation Flow Model FM , nous allons dcrire pas pas les
diffrentes informations complter.
Tout comme dans le module prcdent, il faut charger le maillage et informer les donnes de
temps.
Nous devons alors complter deux modules successifs. Tout dabord nous avons accs au
module hydrodynamique (voir chapitre 3, configuration dun fichier de simulation).
Il faut ensuite configurer le module spectral wave :
Nous prenons une formulation des basic equations complte (fully spectral
formulation) et un modle instationnaire
Nous faisons commencer les time parameter linstant initial (0).
Les paramtres de special discretization sont pris constants (avec en particulier
aucune sparation spectrale de la houle et de la mer de vent)

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les paramtres de la solution technique sont pris par dfaut

les conditions de niveau deau sont calcules partir du module hydrodynamique.
Les courants ne sont pas pris en compte
Comme dans le module prcdent il faut indiquer un fichier mto pour longlet
wind forcing , la pression ne joue pas de rle dans le module spectral wave.
Nous ne configurons pas de zone recouverte de glace
Dans longlet energy transfer nous nincluons que le quadruplet-wave
interaction
Les valeurs dans longlet wave breaking sont celles par dfaut

Le frottement au fond (bottom friction) est configur laide du modle de Nikuradse

(kn est prise constant et gale 0.04 m)

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Nous incluons dans notre calcul la prise en compte de lcrtement (white capping).
Les valeurs prises sont celle par dfaut
Pour les conditions initiales, nous prenons un spectre provenant de formules
empiriques. Le type de formule est le type JONSWAP (modle le plus utilis) et ses
valeurs sont celles par dfaut

Les conditions la limite :

Les codes 6 et 5 sont pris comme closed boudary

Les codes 4 et 2 sont pris comme lateral boundary

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Le code 3 est configur comme suit, avec des donnes de significant wave height ,
peak period et mean wave direction et spreading index . Les fichiers doivent
tre chargs partir dun fichier dfs1.

Nous ne mettons pas de soft time

Les fichiers de sortie (output) sont configurs comme dans le module prcdent en
incluant par exemple les items de sorties suivants :

Remarque : Il faut noter que ce module de couplage prend en compte linfluence de la houle
sur llvation de surface et vis versa. Les temps de calcul sont parfois longs pour ce module
de couplage et les fichiers de sortie volumineux.

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5. Logiciels libres
Voici quelques logiciels que nous avons utiliss, et qui ont lavantage dtre gratuit.
Logiciel

Utilit

HEC-HMS

Modle dhydrodynamique casier

Gimp

Traitement dimage

Crimson editor

Tableur (sans limite de ligne)

Convers

Changement de systme godsique

Source

www.telecharger.com

http://vtopo.free.fr/convers.htm