Chapitre 1

De la substance aux molcules

Ce cours de chimie organique raconte lhistoire de molcules qui existent. Faute despace et de temps, il rduit le discours au comportement mais ne saurait en effacer llaboration, construite sur lexprience. Ce premier chapitre fournit quelques repres destins
incarner des objets qui demeureraient abstraits en son absence.

1.1

Du mlange au corps pur

La matire naturelle ou synthtique est le plus souvent constitue de mlanges ; ltude

autant que lutilisation des molcules ncessite ainsi une premire tape de purification.
De manire gnrale, une purification comporte trois tape :
Dispersion. Quelle implique fragmentation, concassage, broyage,. . . cette tape vise
augmenter la surface spcifique de lchantillon. Elle favorise ainsi le passage des
substances dans une autre phase (liquide le plus souvent), la fois du point de vue
thermodynamique et cintique ;
Extraction. Au cours de cette tape, on met en prsence lchantillon dispers avec
un solvant (eau, solvant organique,. . . ) afin dextraire intgralement lespce chimique recherche (rgle : Like dissolves like ou bien Qui se ressemble sassemble).
Une extraction met gnralement en jeu des processus souvent peu slectifs ; on obtient ainsi des mlanges ;
Sparation. Cette opration permet de sparer les constituants du mlange. Elle fait
intervenir deux ingrdients : une raction chimique et un champ externe. La raction
chimique dtermine la slectivit de la sparation et le champ externe dtermine
le mouvement permettant de raliser physiquement la sparation. Exemples : Distillation : raction de changement de phase liquide-gaz + gravit ; Cristallisation :
raction de changement de phase solide-liquide + gravit ; Sublimation : raction
de changement de phase solide-gaz + gravit ; Extraction liquide-liquide : raction
de partage entre phases liquides + gravit ; Chromatographie : raction chimique
+ gradient de pression ou capillarit (voir paragraphe 2.4.6).
La purification des mlanges fournit des fractions dont il sagit de caractriser la
puret. Les critres de puret les plus couramment utiliss au laboratoire pour dmontrer
quun corps est pur sont :
Les tempratures de changement dtat. On utilise souvent le point de fusion ou le
point dbullition disponibles dans des tables ;
Les constantes physiques. Dans ce cours, on introduira par exemple le pouvoir
rotatoire spcifique (voir paragraphe 2.4.6) ;

14

CHAPITRE 1. DE LA SUBSTANCE AUX MOLCULES

Les chromatographies analytiques ;
La microanalyse ou analyse centsimale (vide infra).

1.2

Du corps pur la molcule

La premire question du chimiste sur tout corps pur porte sur la nature et la quantit
des lments quil contient. La rponse est apporte grce lanalyse centsimale qui
permet datteindre la composition molaire dun corps pur. Pour cela, on prlve une
masse m dchantillon (liquide, solide ou gaz) de corps pur et on y dose llment X afin
de X mX
datteindre le pourcentage massique en lment X : %(m/m) = masse
masse totale m 100.
Lanalyse centsimale est la liste des pourcentages massiques %(m/m) des differents
lments de la classification priodique : {%(m/m)}.
Afin de dpasser la seule composition molaire pour atteindre la masse molculaire, il
est ensuite ncessaire de dterminer quelles sont les entits prsentes dans le corps pur
afin de sassurer quil est bien constitu de molcules. En principe, on peut en effet avoir
un corps pur constitu datomes (mtaux ; ex : F e), dions (solides ioniques ; ex : N aCl)
ou de molcules (liquides et solides molculaires ; ex : H2 O).
Pour un corps pur molculaire, lanalyse centsimale ne donne accs qu un multiple
de la masse molculaire. Considrons par exemple un corps pur compos, de formule brute
Cx Hy Oz et de masse molaire M = 12x + y + 16z. La donne de lanalyse centsimale ne
permet pas de discriminer Cx Hy Oz de masse molaire M = 12x + y + 16z et Cnx Hny Onz
de masse molaire nM = n (12x + y + 16z) qui donnent tous deux une mme fraction
massique en carbone, hydrogne et oxygne.
C[%(m/m)] = 100 (12x/M ) x/M = (C/12 100)
H[%(m/m)] = 100 (1y/M ) y/M = (H/100)
O[%(m/m)] = 100 (16z/M ) z/M = (O/16 100)
Une mesure complmentaire est ainsi ncessaire pour dterminer la masse molculaire
(historiquement : proprits colligatives. Exemple : abaissement cryoscopique ; aujourdhui : spectromtrie de masse). Muni de lanalyse centsimale et de la masse molculaire,
il est possible dtablir la formule brute de la molcule constituant le corps pur :
Formule brute = {XnX }
Lanalyse centsimale est un critre de puret. Lobservation exprimentale peut en
effet facilement tre compare avec la prvision thorique partir de la formule brute.
Exemple : thanol C2 H6 O
C[%(m/m)] = 100 (12x/M ) = 52, 14 x/M = 4, 345 102 2/46
H[%(m/m)] = 100 (1y/M ) = 13, 13 y/M = 13, 13 102 6/46
O[%(m/m)] = 100 (16z/M ) = 34, 73 z/M = 2, 171 102 1/46
Une formule brute ne fournit que peu dinformations sur la structure spatiale dune
molcule (vide infra). Il est cependant possible dobtenir des informations locales sur
les environnements des atomes constituant la molcule grce au caractre covalent des
liaisons qui les unissent. Il existe alors en effet des rgles prcises dassemblage et dorganisation des atomes dans une molcule de formule brute {XnX }.
La rgle du duet et de loctet impose la formule dveloppe plane (Figure 1.1). La
valence dun lment est le nombre de liaisons covalentes qui lui permet de satisfaire aux
rgles du duet et de loctet. lments monovalents : H, X (halognes : F, Cl, Br , I) ;
lments divalents : O, S ; lments trivalents : N, P ; lments ttravalents : C, Si.1
1 En chimie organique, on appelle souvent htroatomes les lments non mtalliques autres que le
carbone et lhydrogne. Les principaux sont loxygne, lazote, les halognes.

1.2. DU CORPS PUR LA MOLCULE

15
Environnements

Liaisons simples
Liaisons doubles
Liaisons triples

Ttradrique

Trigonal

Linaire

Fig. 1.1 Les environnements des atomes de la chimie organique. Dans les environnements
ttradrique, trigonal et linaire, les angles entre liaisons sont respectivement environ gaux
109, 120 et 180 degrs. Les longueurs de liaison sont de lordre de 100 pm (1 pm = 1012 m)
(C-H : 107 pm ; C-C : 154 pm ; O-H : 96 pm ; C-O : 143 pm ; C-N : 147 pm ; N-H : 100 pm ;
C=C : 135 pm ; C=O : 122 pm ; CC : 120 pm ; CN : 116 pm.
La rgle de VSEPR (Valence Shell Electron Pair Repulsion) impose quant elle
la formule dveloppe tridimensionnelle. De manire gnrale, la formule brute ne permet pas daccder la formule dveloppe tridimensionnelle ; il faut recourir des mthodes danalyse structurale (Diffraction des rayons X, Rsonance magntique nuclaire :
RMN,. . . ).

Chapitre 2

Molcules : Structure et
implications
2.1

Reprsentation des molcules

Le chimiste utilise plusieurs reprsentations des molcules afin den exprimer diffrents
points de vue.

2.1.1

Linformation de composition molculaire : la formule brute

Elle indique la nature et le nombre des atomes qui constituent la molcule. Lthanol
a pour formule brute C2 H6 O : la molcule dthanol contient 2 atomes de carbone, 6
atomes dhydrogne et un atome doxygne.

2.1.2

Linformation de topologie molculaire : la formule de

constitution

Elle indique comment les atomes dune molcule sont lis entre eux.
Les graphes des liaisons constitue une premire approche de reprsentation, formelle
et dusage limit (Tableau G.1).

C1
C2
H1
H2
H3
H4
H5
H6
O

C1

C2

H1

H2

H3

H4

H5

H6

+
+
+
+

+
+
+
+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
+
-

Tab. 2.1 Graphe des liaisons de la molcule dthanol. + et - prcisent respectivement quil
existe ou non une liaison entre les atomes concerns. Ce graphe est difficilement utilisable lorsquil sagit de se contruire rapidement une reprsentation explicite des molcules. En revanche,
il est particulirement adapt au stockage de linformation structurale dans les mmoires dordinateurs.

18

CHAPITRE 2. MOLCULES : STRUCTURE ET IMPLICATIONS

Les formules de constitution sont plus couramment employes en chimie (Figure 2.1).

C2H5-OH

H3C-CH2-O-H

OH

EtOH

Fig. 2.1 Formules de constitution de lthanol. a : Formule dveloppe plane ; b : Formules

(ou reprsentations) de Lewis. Les doublets non liants sont reprsents par une paire de points
ou un tiret ; c : Formules semi-dveloppes ; d : Formule topologique ; e : Formule compacte o
Et = thyle (th traduit la prsence de 2 atomes de carbone dans la chane alkyle).

De faon gnrale, on ne fait apparatre explicitement des liaisons dans une formule
de constitution que lorsquelles apportent une information signifiante lestimation du
comportement molculaire dans un contexte choisi.

La formule topologique est particulirement bien adapte la reprsentation des

molcules en chimie. Elle se concentre en effet sur les deux lments fondamentaux qui
caractrisent les proprits molculaires :
Le squelette qui dtermine une part importante des proprits physiques et qui
module la ractivit ;
Les fonctions qui sont essentiellement responsables de la ractivit.

Les rgles gouvernant lcriture topologique sont les suivantes :

Liaisons C C reprsentes par des lignes brises,
Chaque extrmit de segment reprsente un atome de carbone,
La multiplicit des liaisons est explicite,
Les atomes dhydrogne ne sont gnralement pas reprsents (ils sont en nombre
tels que la ttravalence du carbone est assure),
Les htroatomes (O, N, S, P, . . . ) sont indiqus ainsi que les atomes dhydrogne
auxquels ils sont lis.

2.1.3

Linformation tridimensionnelle

Les formules de constitution ne prcisent pas lorganisation spatiale des atomes autour
de latome auquel ils sont lis. Outre les modles molculaires et certains logiciels informatiques, diffrentes reprsentations sont mises en uvre afin de fournir une information
tridimensionnelle. Lthanol est nouveau utilis pour illustration.
Reprsentation de Cram
La reprsentation de Cram exprime fidlement la gomtrie molculaire ; elle fait en
effet apparatre explicitement les atomes et les liaisons de la molcule en respectant les
angles des liaisons (Figure 2.2).

2.1. REPRSENTATION DES MOLCULES

OH

19
H

H
H
OH

H3 C

H
CH2OH

Fig. 2.2 Principes de la reprsentation de Cram : i) trait normal : liaison situe dans le plan ;
ii) trait allong plein : liaison entre un atome situ dans le plan et un atome situ en avant de ce
plan ; iii) Trait allong hachur : liaison entre un atome situ dans le plan et un atome situ en
arrire de ce plan. On place gnralement la chane hydrocarbone la plus longue dans le plan
de la figure (reprsentation A).

Reprsentation de Newman
La reprsentation de Newman implique une projection (on parle ainsi parfois de projection de Newman). Cette reprsentation singularise une liaison utilise pour dfinir le
plan de projection (Figure 2.3). Elle est particulirement employe lorsquon sintresse
aux aspects conformationnels des molcules.
Plan de projection

H
H

HO

H
H

H
OH

Fig. 2.3 Principes de la reprsentation de Newman : i) la molcule est regarde dans laxe
de la liaison entre deux atomes voisins ; ii) les liaisons issues des deux atomes sont projetes sur
un plan perpendiculaire laxe de la liaison tudie. Les liaisons de latome le plus loign sont
reprsentes par des segments radiaux sarrtant la priphrie du cercle explicitant le plan de
projection, celles de latome le plus proche sont figures par des segments issus du centre du
cercle.

Reprsentation de Fischer
La reprsentation de Fischer privilgie un atome en environnement ttradrique. Cet
atome et un axe bissecteur qui le contient dfinissent le plan de projection (Figure 2.4).
Plan de projection

OH
H

HO
H
H

H
CH3

H 3C

Fig. 2.4 Principes de la reprsentation de Fischer : i) la molcule est regarde selon un axe
bissecteur ; ii) les liaisons liant latome central aux atomes situs larrire du plan de projection sont projetes sur ce plan et places verticalement ; iii) les liaisons liant latome central
aux atomes situs lavant du plan de projection sont projetes sur ce plan et places horizontalement. Initialement conue pour reprsenter certaines sries (oses, acides amins ; voir
paragraphe 2.4.5), la reprsentation de Fischer ne devrait tre utilise selon les instances internationales (International Union of Pure and Applied Chemistry ; IUPAC) quen appliquant les
deux rgles suivantes : i) disposer la chane hydrocarbone la plus longue sur laxe vertical ; ii)
placer le chanon de plus petit indice (le plus souvent associ au nombre doxydation de latome
de carbone le plus lev vers le haut ; voir paragraphe 2.3.1).

20

CHAPITRE 2. MOLCULES : STRUCTURE ET IMPLICATIONS

Reprsentation en perspective
Les reprsentations en perspective sont essentiellement mises en uvre lors de la
reprsentation de molcules cycliques (Figure 2.5). Elles sont en effet difficilement interprtables en srie linaire.
a

a
H

H
H

H
H

HO

H H

H
H

H H

a
H

a
e
a

Fig. 2.5 Reprsentation en perspective des molcules dthanol et de cyclohexane. Dans la

reprsentation de lthanol, il est difficile didentifier quelle partie de la molcule est prsente
au premier plan. Cette identification est plus aise en srie cyclique. Dans la reprsentation en
perspective du cyclohexane, on constate le paralllisme des segments associs deux liaisons
opposes du cycle six atomes de carbone. Chaque atome de carbone du cycle porte deux substituants respectivement dnomms : axial (a) et quatorial (e). Les substituants axiaux sont
perpendiculaires au plan moyen du cycle qui est dfini par les milieux des liaisons du cycle ;
ils alternent de part et dautre de ce plan moyen lorsquon parcourt le cycle. Les substituants
quatoriaux sont presque situs dans le plan moyen du cycle. Le paralllisme des liaisons observ dans le cycle sexprime aussi dans les liaisons unissant le cycle aux substituants axiaux et
quatoriaux.

2.2

Les isomries

On dfinit les isomres comme des espces chimiques de mme formule brute.
La notion disomrie est essentielle en chimie. En effet, les proprits physico-chimiques
des molcules dpendent non seulement des atomes qui les constituent, mais encore des
liaisons qui les unissent. Les proprits des isomres diffrent des degrs dpendant de
la nature de lisomrie.

2.2.1

Isomries de constitution

Les isomres de constitution diffrent par lordre ou la nature des liaisons (Figure 2.6).
OH
OH
1-Butanol
Tb(1 bar)=117,5C

OH

O
Ether dithylique
Tb(1 bar)=34,6C

2-Butanol
Tb(1 bar)=100C

2-Methyl-1-Propanol
Tb(1 bar)=108C

Fig. 2.6 Exemples disomres de constitution de formule brute C4 H10 O. Les tempratures
dbullition sont donnes pression atmosphrique (1 bar).
On distingue trois isomries de constitution.
Isomrie de fonction Les fonctions portes par le squelette diffrent. Ce sont les
isomres dont les proprits physiques et chimiques diffrent le plus. Ainsi, les alcools tels
que le 1-butanol ragissent avec le sodium (Figure 2.6). En revanche, les ther-oxydes
tels que lther dithylique ne ragissent pas avec le sodium.

2.2. LES ISOMRIES

21

Isomrie de position Les fonctions et squelette sont identiques ; seules les positions
dintroduction des fonctions sur le squelette diffrent. Exemple : les 1- et 2-butanols
(Figure 2.6).
Isomrie de squelette Les fonctions sont identiques mais les squelettes sont diffrents.
Exemple : le 1-butanol et le 2-mthyl-1-propanol (Figure 2.6).

2.2.2

Stroisomries : premire approche

Les stroisomres diffrent par la disposition des atomes dans lespace (Figure 2.7).
HOOC

COOH

COOH
COOH

Acide fumarique
Tfus=300C
HOOC

H2 N

H 2N

Deux stroisomres de l'alanine

Tfus=291C pour chacun des stroisomres

COOH

CH3
CH3

Acide malique
Tfus=140C

H
H

CH3
H
H
CH3

Deux stroisomres du butane

Fig. 2.7 Exemples de couples de stroisomres : acide fumarique et acide malique (avec
leur temprature de fusion 1 bar), deux stroisomres de configuration de lalanine, deux
stroisomres de conformation du butane.
La prise en compte du mode dinterconversion entre stroisomres permet de distinguer deux catgories de stroisomres.
Stroisomrie de conformation Deux stroisomres de conformation (conformres)
ne diffrent que par rotation(s) autour de liaison(s) (Figure 2.8). La dformation associe est gnralement peu coteuse en nergie (vide infra).

H 3C

+ 120

CH3
H

H3 C

CH3

H
H

En reprsentation de Cram,
l'interconversion entre conformres
s'effectue par rotation autour des liaisons V

H
CH3

H
CH3

H 3C

CH3
H

H
H

En reprsentation de Newman, l'interconversion

entre conformres s'effectue par permutation
circulaire sur 3 substituants
H

CH3
H

CH3
H

CH3

H
CH3

En reprsentation de Fischer, l'interconversion

entre conformres s'effectue par permutation
circulaire sur 3 substituants lis un atome central

Fig. 2.8 Illustration de la stroisomrie de conformation : lexemple du butane.

22

CHAPITRE 2. MOLCULES : STRUCTURE ET IMPLICATIONS

Stroisomrie de configuration Des stroisomres qui ne sont pas des conformres

sont stroisomres de configuration. De faon gnrale, le passage de lun lautre
ncessite des ruptures de liaisons (Figure 2.9). La dformation associe est coteuse en
nergie (vide infra).

COOH

H
NH2

COOH

H
H 2N

NH2

COOH

COOH
H

H
H

NH2

COOH

CH3 H3C
NH2

H
H

En reprsentation de Newman, l'interconversion

entre stroisomres de configuration implique
une permutation circulaire sur 2 substituants

En reprsentation de Cram,
l'interconversion entre stroisomres
de configuration s'effectue par rupture et
formation de liaisons V

COOH
H

H
NH2

En reprsentation de Fischer, l'interconversion entre

stroisomres de configuration implique une permutation
circulaire sur 2 substituants lis un atome central

Fig. 2.9 Illustration de la stroisomrie de configuration : lexemple de lalanine.

2.3
2.3.1

lments de nomenclature
Lier un nom une structure plane Nommer le squelette
et les fonctions

Trois rgles :
1. Chercher la chane hydrocarbone la plus longue contenant le groupe fonctionnel
de nombre doxydation le plus lev.1
2. Numroter les atomes de carbone de la chane de faon ce que lindice du groupe
fonctionnel de nombre doxydation le plus lev soit le plus petit.
3. Les substituants et leurs positions sur la chane sont ajouts sous forme de prfixes
ou de suffixes.
Les prfixes/suffixes des groupes fonctionnels les plus importants sont : halogno(drivs halogns ; fluoro, chloro, bromo et iodo), hydroxy- (alcools), amino- (amines),
al- (aldhydes), one- (ctones), carboxy- (acides carboxyliques). Les prfixes des radicaux hydrognocarbons les plus importants sont : mthyle (M e : CH3 ), thyle
(Et :CH2 CH3 ), propyle (P r : CH2 CH2 CH3 ), phnyle (P h : C6 H5 ). Il existe
de nombreux noms dusage courant : acide actique au lieu dthanoque, actone au lieu
de propan-2-one,. . .
1 Dans le contexte de la chimie organique, le nombre doxydation de latome de carbone dun groupe
fonctionnel est gal au nombre de liaisons existant entre cet atome de carbone et tout atome plus
lectrongatif que lui. Par exemple, ce nombre est gal un dans un alcool (dans la Figure 2.10, latome
de carbone porteur du groupe OH est li un atome doxygne, deux atomes de carbone et un
atome dhydrogne. Hydrogne et carbone ont tous deux une lectrongativit voisine et seul latome
doxygne est considr comme plus lectrongatif que latome de carbone de la fonction) et deux dans
une ctone (latome de carbone de la fonction ctone de la Figure 2.10 est li deux fois un atome
doxygne et deux fois un atome de carbone).

2.3. LMENTS DE NOMENCLATURE

23

O
1
7
6

HO

Fig. 2.10 Exemple : 5-thyl-6-hydroxy-2-mthyl-octan-3-one. La chane hydrocarbone la

plus longue contenant la fonction de nombre doxydation le plus lev (ici la fonction ctone,
de nombre doxydation gal deux) contient huit atomes de carbone que lon pourrait a priori
numroter de gauche droite de 1 8 ou bien de 8 1. Dans le premier cas, la fonction ctone
porterait lindice 6 alors quil nest que de 3 dans le second ; on adopte donc la numrotation
de 8 1 de gauche droite. Dans le nom de la molcule, on prcise finalement la position des
fonctions et radicaux ports par la chane principale en respectant lordre alphabtique.

2.3.2

Lier un nom une structure tridimensionnelle Nommer

les stroisomres : lapproche de Cahn, Ingold et Prelog

On ne donne quun seul nom la famille des conformres, en gnral insparables

temprature ambiante (voir paragraphe 3.1.3). En revanche, un problme se pose pour
les stroisomres de configuration qui ne sinterconvertissent gnralement pas dans les
conditions exprimentales utilises.
Position du problme
La nomenclature mise en place au paragraphe prcdent ne permet pas de distinguer
deux stroisomres. Il y a donc ambiguit puisque deux molcules distinctes doivent
tre associes deux noms diffrents ; il sagit donc de complter les rgles de nomenclature dj mises en place. Les principales situations dans lesquelles ce problme se pose
en chimie organique concernent des molcules contenant une double liaison C = C (Figure 2.11) et les molcules contenant un atome en environnement ttradrique porteur
de quatre substituants distincts (Figure 2.12).
A

A'

B'

Me

Me

B'

A'

Me

Me

Me

z
H

Me

Fig. 2.11 Une double liaison C = C porte quatre substituants symboliss ici par les lettres
A, A , B et B . Cette molcule possde deux stroisomres de configuration la condition :
A 6= B et A 6= B . Les molcules possdant A et A (B et B ) du mme ct de la double
liaison et A et A (B et B ) de part et dautre de la double liaison sont alors distinctes (exemple
des deux 2-butnes, respectivement (Z) et (E)). En revanche, cette molcule ne possde quun
unique stroisomre si A = B et/ou A = B (exemple du propne).

Principe du systme de nomenclature

Lutilisation de priorits entre groupes lis llment donnant lieu la stroisomrie
de configuration permet de regrouper les stroisomres en deux catgories ; elle rend

24

CHAPITRE 2. MOLCULES : STRUCTURE ET IMPLICATIONS

A
D
C

Br
F

*
H 3C

C
D

H
H 3C

A
z

F
Br

H3C

H
F
F

F
F

H3C

Fig. 2.12 Une molcule contenant un atome en environnement ttradrique portant quatre
substituants A, B, C et D comporte deux stroisomres de configuration quand les substituants
AD sont diffrents. Dans cette situation, latome ttrasubstitu est qualifi dasymtrique (ou
strogne) et est le plus souvent indiqu laide dun astrisque *. En revanche, il nexiste quun
unique stroisomre de configuration si latome ttrasubstitu porte au moins deux substituants
identiques.

possible lattribution dune configuration absolue. On considre successivement le cas de

la double liaison (Figures 2.13), et du carbone asymtrique (ou strogne) (Figures 2.14).
1'

A>B et A'>B'
A

A'

B'

2'

1'

1'

2'

A>B et A'<B'
2

2'

2'

A<B et A'<B'

A<B et A'>B'
1'

Fig. 2.13 Dans lhypothse o A 6= B et A 6= B , la dfinition dune priorit 1/2 et 1/2

parmi {A, B} et {A , B } permet de dterminer lappartenance lune des deux catgories : (Z)
et (E). Lorsque les groupes prioritaires 1 et 1 sont situs du mme ct de la double liaison,
la configuration absolue est (Z) (de la prposition allemande zusammen = ensemble) (a) ; la
configuration absolue est (E) quand les groupes prioritaires 1 et 1 se trouvent de part et dautre
de la double liaison (de la postposition allemande entgegen = oppos) (b). Il est ainsi possible
dtablir un lien univoque entre un nom et la structure tridimensionnelle du driv thylnique.

Observation

*
B

D
C

A>B>C>D B>C>A>D C>A>B>D

1
2
3

A>C>B>D B>A>C>D C>B>A>D

1
3
2

Fig. 2.14 On considre un atome asymtrique porteur de quatre substituants diffrents

{A,B,C,D}. On suppose ici que le groupe le moins prioritaire (priorit 4) est D. On effectue une
projection de Newman selon la liaison entre latome de carbone asymtrique et le substituant D
en plaant conventionnellement ce dernier vers larrire. On peut ainsi obtenir 6 arrangements
1/2/3 selon les priorits respectives des substituants {A,B,C}. Trois arrangements parcourent
la suite 1/2/3 dans le sens trigonomtrique (a) ; leur configuration absolue est (S) (du latin sinister = gauche). Trois autres dcrivent la suite 1/2/3 dans le sens des aiguilles dune montre
(b) ; leur configuration absolue est (R) (du latin rectus = droite). La dfinition dune priorit
1/2/3/4 parmi {A,B,C,D} associs la connaissance de la configuration absolue, (R) ou (S),
permettent datteindre la structure tridimensionnelle de la molcule.

2.3. LMENTS DE NOMENCLATURE

25

Les rgles de priorits de Cahn, Ingold et Prelog

Le paragraphe prcdent montre que le problme de la nomenclature des stroisomres de configuration peut se rsoudre si lon dispose de rgles de priorit. Cest tout
le mrite de Cahn, Ingold et Prelog davoir introduit au prix dun travail considrable
un ensemble de rgles permettant de donner un nom aux structures organiques les plus
diverses. Les deux rgles principales sont :
1. La priorit des atomes augmente lorsque leur numro atomique Z augmente,
2. Pour deux atomes isotopes, la priorit augmente lorsque leur masse augmente.
Exemples : Br > F > C > H (par la rgle 1), D > H (par la rgle 2).
Mise en uvre pour la dtermination de configurations absolues
Le classement par ordre de priorit seffectue par explorations concentriques partir
de latome central (attribution des configurations absolues (R),(S)) ou des atomes lis
par une double liaison (attribution des configurations absolues (Z),(E)).
H

Observation
*

H 3C
3

Br 1
F2

H3 C
3

4
H
2
H3C

3
D
OH
1

2
H
Br
1

Configuration absolue S

4
3

1
Cl

2'
CH3

2H

Cl 1'

Configuration absolue S

Configuration absolue E

Fig. 2.15 Exemples de dterminations de configurations absolues seffectuant au rang 1.

Rangs
0

H
O
C

OH

OH
*

H
H

C
C

c
C
H

d
C

H
H
H

H
C

H
H
C

H
H
H

Fig. 2.16 Exemple de dtermination de configuration absolue ne pouvant seffectuer au rang

1. La formule de la molcule de gauche peut tre crite sous forme dun graphe des liaisons
faisant apparatre les doublets non liants qui comptent pour Z=0. Par convention, la branche
issue de latome central qui est prise en compte pour la dtermination un rang donn passe
par les atomes de Z les plus levs ce rang. Ainsi : Indtermination au rang 1 ; au rang 2,
a > (c, d) > b ; au rang 3, d > c. Do : a > d > c > b. La configuration absolue recherche est
donc (R).

26

CHAPITRE 2. MOLCULES : STRUCTURE ET IMPLICATIONS

1. Dans les cas les plus simples, la dtermination des configurations absolues est possible au rang 1 (Figure 2.15).
2. Il arrive parfois que la dtermination des configurations absolues ne soit pas possible
au rang 1, par exemple parce que deux atomes identiques y apparaissent. Il est
alors ncessaire de passer au rang 2, voire aux rangs suprieurs afin de diffrencier
et dordonner les substituants (Figures 2.16 et 2.17). On construit pour cela des
graphes de liaisons dans lesquels il sagit toujours de conclure au rang minimal.
3. Dans le cas des liaisons multiples (Figures 2.18 et 2.19), le graphe de la molcule
fait intervenir des atomes rpliques nots (Z) (numro atomique Z) et des atomes
fantmes not 0 ( numro atomique gal 0 par convention) de faon complter
toutes les valences quatre ( lexception de latome dhydrogne).
*

Cl

2
MeO

*
HO

*
Cl

*1

* 1
3
*
CH3
2
4H

OH

N*
3

H4
OH

N
H
b

Fig. 2.17 a : La dtermination de la configuration absolue (R) ncessite ici une exploration
jusquau rang 3. Il faut noter que la nature de la branche permettant de raliser lattribution
1/2 change lorsque lon passe du rang 2 au rang 3 ; b : Exemple datome dazote asymtrique :
la molcule de quinine diprotone. Lattribution 2/3 repose ici sur lanalyse au rang 2. Latome
de carbone au rang 2 de la branche 2 porte deux atomes de carbone et un atome dhydrogne,
alors que latome de carbone au rang 2 de la branche 3 porte un atome de carbone et deux
atomes dhydrogne. La configuration absolue recherche est (S).

0
(C)

0
(C)

0
N

(C)

0
0

O
C

(O)

(N)

0
0

0
(N)

Fig. 2.18 Graphe des groupes aldhyde (a) et nitrile (b).

0
0

2.3. LMENTS DE NOMENCLATURE

27
OH

H
1

2'
1

2'

N
HO

1'

1'

Configuration absolue E

HO

Configuration absolue E

Dithylstilbestrol

Fig. 2.19 Exemples dapplication des graphes faisant intervenir des liaisons multiples. Le
dithylstilbestrol, plus connu sous le nom de distilbne, est une hormone de synthse dont
la structure correspond un driv thylnique de configuration (E). Il a t prescrit jusquen
1977 aux femmes pour prvenir les fausses couches et les risques de prmaturit. Ce mdicament
sest rvl nocif pour les enfants exposs in utero et surtout pour les filles. Il est notamment
responsable danomalies gnitales.

2.3.3

Autres systmes de nomenclature

Nomenclature cis-trans
Gnralement remplace par les rgles de Cahn, Ingold et Prelog dans le cas des drivs thylniques, elle est encore utilise dans les composs cycliques qui portent deux substituants R identiques. Elle repose sur la position relative des deux substituants vis--vis
du plan moyen du cycle qui est dfini par les milieux des liaisons du cycle (Figure 2.20) :2
situs dans le mme demi-espace dlimit par le plan moyen du cycle stroisomres cis,
situs de part et dautre du plan moyen du cycle stroisomres trans.
Cl

Cl

Fig. 2.20 a : cis dimthyl-1,2-cyclopropane (dans le cas dun cycle trois atomes, le plan
moyen se confond avec le plan du cycle) ; b : trans dichloro-1,3-cyclobutane (contrairement au
plan moyen du cycle, le cyclobutane quatre atomes de carbone nest pas plan).

Nomenclature D/L des oses et des -aminoacides

La nomenclature D/L est particulirement utilise dans deux sries de produits naturels : les sucres et les amino-acides. Quoique dintrt essentiellement historique, elle
est encore abondament employe, en particulier en biochimie.
la fin du dix-neuvime sicle, lanalyse de la structure molculaire des sucres (comme
celle de toutes les espces chimiques) seffectuait par mise en jeu de ractions de dgradation partir du carbone 1 fournissant de petites molcules qui taient caractrises
par comparaison avec des authentiques. Par exemple, la dgradation des glucose et mannose naturels aboutissait lobtention dun homologue infrieur, le glycraldhyde (Figure 2.21a et 2.21b).
2 La nomenclature (Z)/(E) serait tout aussi applicable dans ce cas, que dans le cas des doubles liaisons.
Le cis dimthyl-1,2-cyclopropane est ainsi de configuration (Z) et le trans dichloro-1,3-cyclobutane de
configuration (E).

28

CHAPITRE 2. MOLCULES : STRUCTURE ET IMPLICATIONS

1 CHO
H

2 *

OH

HO

3 *

4 *

OH

5 *
OH

1 CHO
2 *
H
3 *
HO
H
4 *
H
OH
5 *
H
OH

6 CH2OH

6 CH2OH

HO

CHO
H

CHO

OH

HO

CH2OH

H
CH2OH

Enantiomre R: D(+)

Enantiomre S: L(-)

Fig. 2.21 a et b : D-glucose (a) et D-mannose (b) ; c : nantiomres D- et L- du glycraldhyde de configurations absolues respectives (R) et (S ). Lorsque lon place la chane carbone la
plus longue sur un axe vertical et le groupe de nombre doxydation le plus lev (ici laldhyde)
vers le haut dans la reprsentation de Fischer, le groupe hydroxyle latral est port sur la droite
de laxe dans le D-glycraldhyde (respectivement gauche dans le L-glycraldhyde). Les glucose
et mannose naturels appartiennent la srie D puisquavec les conventions prcdentes de reprsentation (chane carbone la plus longue sur un axe vertical et groupe de nombre doxydation
le plus lev vers le haut dans la reprsentation de Fischer), le groupe hydroxyle latral le plus
loign du groupe aldhyde est port sur la droite de laxe tout comme dans le D-glycraldhyde.
On parle ainsi de D-glucose et de D-mannose.
En srie sucre, le problme de la dtermination de la formule dveloppe plane se
compliquait dun problme de chiralit. Latome de carbone 5 des molcules de glucose
et de mannose naturels est en effet un atome asymtrique et il existait ainsi a priori deux
positions possibles pour le groupement hydroxyle OH, soit droite soit gauche dans
la reprsentation de Fischer de la Figure 2.21a.
E. Fischer qui a consacr une partie de sa vie llucidation de la structure des
sucres ne disposait daucun doutil danalyse structurale lui permettant de dterminer la
configuration absolue de latome de carbone 5. La seule observation qui lui tait disponible
tait la mesure du pouvoir rotatoire spcifique (voir paragraphe 2.4.6). Cest ainsi quil a
observ que le glyceraldhyde rsultant de la dgradation des glucose et mannose naturels
tait dextrogyre (pouvoir rotatoire spcifique positif ; voir Figure 2.33).
E. Fischer avait associ les configurations absolues (R) et (S) aux chantillons des
nantiomres du glycraldhyde faisant tourner le faisceau de lumire linairement polarise respectivement vers la droite (chantillon dnomm D par E. Fischer) et vers la
gauche (chantillon L) (voir paragraphe 2.4.6). Il en a donc dduit que les atomes de
carbone 5 des glucose et mannose naturels portaient tous deux le groupement hydroxyle
OH droite dans la reprsentation de Fischer de la Figure 2.21a.
E. Fischer tait un immense savant mais il a eu beaucoup de chance ; on verra en effet
au paragraphe 2.4.6 quil nexiste aucune relation entre la configuration absolue et laction
sur la lumire polarise dune molcule. Lattribution des configurations absolues (R) et
(S) aux chantillons dextrogyre et lvogyre des nantiomres du glycraldhyde tait
totalement arbitraire. Des analyses cristallographiques effectues au milieu du vingtime
sicle ont cependant dmontr quE. Fischer avait eu raison et que son attribution de
configurations absolues tait exacte.
La nomenclature D/L est aussi employe dans la srie des acides amins. Dans un
acide amin de formule gnrique RCH(N H2 )COOH, le groupe N H2 se trouve droite
de laxe dans la reprsentation de Fischer du stroisomre D (respectivement gauche
de laxe dans la reprsentation de Fischer du stroisomre L lorsque lon place le groupe
carboxyle vers le haut et le groupe spcifique R vers le bas.3 ).
3 La

srie L est celle des acides amins naturels

2.4. RETOUR SUR LA STROISOMRIE

29

COOH
H

COOH

NH2

H2 N

CH3

CH3

Fig. 2.22 a : D-alanine ; b : L-alanine.

2.4

Retour sur la stroisomrie

Le premier critre mis en place au paragraphe 2.2.2 pour distinguer des catgories
de stroisomres repose sur la nature des dformations appliques pour passer dun
stroisomre un autre (rotation autour dune liaison/rupture dune liaison). Il existe
un second critre reposant sur des considrations de symtrie qui joue un rle prdictif
considrable lorsquon sintresse aux interactions entre molcules ou la ractivit.

2.4.1

Chiralit

La chiralit dun objet dsigne sa proprit de ne pas tre superposable son image
dans un miroir plan.
On montre en mathmatiques quun objet possdant un plan ou un centre de symtrie
est achiral (non dou de chiralit).
Exemples :
Une main est un objet chiral.
Une molcule contenant un carbone asymtrique est chirale (Figure 2.23).
Plan de symtrie
A
*
B

A
D
C

D
C

=
B

*
B

C
D

Molcule chirale, non superposable

son image dans un miroir plan

Fig. 2.23 Chiralit dune molcule contenant un atome de carbone asymtrique

Une molcule contenant plus dun carbone asymtrique nest pas ncessairement
chirale (Figure 2.24).
Plan de symtrie
H

O
N
I

Plan de symtrie
*

Fig. 2.24 Chiralit de molcules contenant plus dun atome de carbone asymtrique. a :
Molcule chirale, non superposable son image dans un miroir plan ; b : Existence dun plan de
symtrie molcule non chirale ou achirale ; c : Existence dun centre de symtrie I molcule
achirale.

30

CHAPITRE 2. MOLCULES : STRUCTURE ET IMPLICATIONS

2.4.2

nantiomrie

Cest la relation existant entre deux objets chiraux, images lun de lautre dans un
miroir plan (Figure 2.25). Ces deux objets sont dits nantiomres. Les deux nantiomres
dune molcule chirale ne contenant quun unique carbone asymtrique sont respectivement de configuration absolue (R) et (S).
Plan de symtrie
3

2
COOH
NH2
1
Configuration absolue S
4
H

2
*
* 4=
HOOC
NH2
H H
H 2N
COOH
1
Configuration absolue R

Fig. 2.25 Les deux nantiomres de lalanine.

2.4.3

Diastroisomrie

Deux stroisomres non nantiomres sont diastroisomres (Figure 2.26).

et
E
HO

Z
COOH

S *
HO

HO

COOH

et

* S

S *

OH

* R

HO

OH

Fig. 2.26 Exemples de diastroisomres.

2.4.4

Relations dnantiomrie/diastroisomrie

De manire gnrale, une molcule possdant n carbones asymtriques comporte 2n

stroisomres en relation dnantiomrie et de diastroisomrie.
Deux carbones asymtriques possdant des substituants distincts 4 stroisomres (Figure 2.27).
HO

COOH
S

* *

HO

Diastroisomrie

HO

Enantiomrie

HO

OH

* *

HO
Enantiomrie

COOH

* *

COOH
S

OH

Diastroisomrie

HO

OH
Diastroisomrie

HO

COOH
R

Diastroisomrie

HO

* *

OH

Fig. 2.27 Relations de stroisomrie dans une molcule contenant deux atomes de carbone
asymtriques (cas gnral).

2.4. RETOUR SUR LA STROISOMRIE

31

Une dgnrescence se manifeste lorsque les substituants ports par les deux carbones asymtriques sont de mme nature ; les stroisomres ((R),(S)) et ((S),(R)),
en relation dnantiomrie, sont alors identiques (Figure 2.28).

* *

HO

Diastroisomrie
R

OH

* *S

HO

Identit

OH

Enantiomrie

Diastroisomrie

* *

HO

Diastroisomrie

Diastroisomrie

OH

* *

HO

OH

Fig. 2.28 Relations de stroisomrie dans une molcule contenant deux atomes de carbone
asymtriques (cas dune molcule dont les deux atomes de carbone asymtriques sont de mme
nature).

Lespce chimique correspondante qui possde un plan de symtrie est appele

mso.

2.4.5

pimrie

De manire moins fondamentale que les relations dnantiomrie et de diastroisomrie, on particularise la relation dpimrie, particulirement utilise en srie ose. Deux
stroisomres de configuration sont pimres sils ne diffrent que par la configuration
dun seul atome asymtrique (carbone le plus souvent). titre dexemple, les D-glucose
et D-mannose reprsents dans la Figure 2.21 sont pimres.

2.4.6

Relations structure-proprits des isomres

Quelles sont les caractristiques molculaires dterminant les proprits physiques et chimiques ?
Deux facteurs sont essentiels :
La structure des molcules qui gouverne les interactions molculaires lorigine des
proprits physiques. Exemple : les grandeurs nergtiques de changement dtat
comme lenthalpie dbullition (Figure 2.29).

1
2

Fig. 2.29 Les interactions molculaires en phases condenses dpendent de la taille et de la

gomtrie des molcules ; les grandes croix interagissent plus entre elles que les petites sphres et
leur sparation (passage de la phase liquide la phase gazeuse lors de lbullition par exemple)
rclame donc plus dnergie.

Lenvironnement de chacun des groupes caractristiques qui gouverne la ractivit

(Figure 2.30).

32

CHAPITRE 2. MOLCULES : STRUCTURE ET IMPLICATIONS

OH

OH

Fig. 2.30 Les encombrements striques distincts autour du groupe OH dans les molcules
de tertiobutanol (a) et de n-butanol (b) altrent la ractivit. Ils provoquent, par exemple, un
changement de cintique de raction.
De manire gnrale, deux isomres quelconques prsentent ainsi des proprits physiques et chimiques distinctes. En particulier, deux diastroisomres se distinguent la
fois par leurs proprits physiques et chimiques. Ils ne possdent en effet ni les mmes gomtries, ni les mmes environnements autour de chacun des sites ractifs (Figure 2.31).

H3C CH3
2
HO

3
OH

HO
H

H3C CH3
2

OH
H

HO

3
OH

H
H

OH
OH

Fig. 2.31 Deux diastroisomres du butane-2,3-diol prsentent des formes distinctes et des
environnements diffrents des groupes OH ; ces environnements sont identiques au premier
rang (mmes positions des 3 autres substituants sur C2), mais diffrents au second rang (positions relatives des 3 substituants sur C3 distinctes).

CH3

CH3
H

NH2
COOH

H 2N
HOOC

Fig. 2.32 Les deux nantiomres de lalanine prsentent des formes et des environnements
identiques.

En revanche, deux nantiomres possdent les mmes gomtries et environnements

autour de chacun des sites ractifs ; ils prsentent les mmes proprits physiques et chimiques (Figure 2.32). Deux nantiomres prsentent cependant des proprits diffrentes
lorsquils interagissent avec des entits chirales ; il existe en effet alors une relation de
diastroisomrie entre les espces chimiques rsultant de linteraction (vide infra).
Situations dans lesquelles se manifestent une diffrence de comportement
entre nantiomres
Lactivit optique Une cuve faces parallles transparentes de longueur l remplie
dune solution dun nantiomre la concentration C provoque la rotation du plan de
polarisation dun faisceau de lumire polarise dun angle obissant la loi de Biot :
= [] lC

(2.1)

o dsigne la temprature et la longueur donde du faisceau lumineux. sexprime en

degrs (o ), l en dm, C en gcm3 et le pouvoir rotatoire spcifique [] en o dm1 g 1 cm3 .

2.4. RETOUR SUR LA STROISOMRIE

33

l
C

Faisceau de lumire
monochromatique

(+) ou d

(-) ou l
ID

I//

I0
Polariseur

It
Analyseur

Fig. 2.33 Principe du polarimtre. Une molcule de pouvoir rotatoire spcifique positif (respectivement ngatif) est qualifie de dextrogyre (respectivement lvogyre) et note (+) ou d
(respectivement (-) ou l ).
Deux nantiomres possdent des pouvoirs rotatoires spcifiques opposs. Un mlange racmique, cest--dire un mlange quimolaire dnantiomres, est donc inactif
par compensation (voir aussi Annexe C).
Il nexiste aucune relation entre la configuration absolue dune espce chimique et le
signe de son pouvoir rotatoire spcifique.
Les diffrences daffinit de deux nantiomres pour des sites dinteractions
chiraux Les systmes biologiques sont constitus de molcules chirales (protines, glucides, acides nucliques,. . . ). Les phnomnes de reconnaissance impliquent linteraction
de diffrentes positions de la molcule reconnue par des sites complmentaires localiss
sur des surfaces (membranes, surfaces protiques,. . . ). Deux nantiomres peuvent ne pas
prsenter simultanment de complmentarit satisfaisante (Figure 2.34).
D

B' B

B' B
D
D'

C
C'

A
D'

C
C'

Fig. 2.34 Illustration du rle des complmentarits dinteraction sur laffinit de molcules
pour des rcepteurs biologiques. On suppose que la molcule biologique possde sur sa surface
trois sites B , C et D qui exercent une interaction attractive spcifique pour les substituants
B, C et D de la molcule centre asymtrique. On cherche optimiser linteraction molcule
rcepteur. a : La complmentarit B B, C C, D D est complte interaction favorable ;
b : complmentarit incomplte (B B et C C seulement) moindre interaction.

Les rponses physiologiques des systmes biologiques dpendent ainsi de lnantiomre

considr. (Figure 2.35). Le chimiste met profit cette proprit pour raliser la synthse
dnantiomres laide denzymes (Figure 2.36).

34

CHAPITRE 2. MOLCULES : STRUCTURE ET IMPLICATIONS

NH

Odeur de citron

Odeur d'orange

NH
O

Tratogne
malformations de l'embryon

Non toxique

Fig. 2.35 Molcules dont les nantiomres dterminent des rponses biologiques distinctes.
a : thalidomide. La thalidomide a t prescrite sous forme racmique dans la fin des annes 1950
comme sdatif et anti-nauseux pour les femmes en dbut de grossesse. Il est apparu rapidement
que lnantiomre R de ce mdicament tait tratogne, et conduisait aussi la mort du ftus.
Retir du march dans la plupart des pays ds 1961, la thalidomide a bnfici dun regain
dintrt pour le traitement de la lpre, et plus rcemment du SIDA et de certains cancers ; b :
limonne.

O
HO

Pseudomonas cepacia lipase

O
HO

HO

Fig. 2.36 Une enzyme, la lipase, permet deffectuer lestrification dun seul des groupes
alcools de la molcule reprsente : un unique nantiomre est finalement obtenu.

2.4. RETOUR SUR LA STROISOMRIE

35

La sparation dnantiomres par chromatographie sur phase chirale Le principe repose sur litration de lopration de reconnaissance expose dans lalina prcdent (Figure 2.37).

HO

HO

OH

OH

OH

OHO
O

OH

OH O
HO

OH
HO

HO

O
HO

HO
O
OH

OH
HO

O
HO

OHO

OH
O HO
O

HO

*
Fig. 2.37 Sparation dnantiomres par chromatographie sur phase chirale constitue de
drivs de cyclodextrines. L-cyclodextrine reprsente ici est un tore chiral constitu de six
molcules d-D-glucose. Les constantes dquilibre de complexation des molcules sparer
avec la cyclodextrine chirale sont distinctes ; les couples hte-substrat sont en effet en relation
de diastroisomrie. On observe ainsi deux pics en chromatographie associs aux deux nantiomres de substrat (le pic marqu dun astrisque nappartient pas au substrat). Les surfaces
de ces deux pics sont identiques ce qui montre que les deux nantiomres sont en quantits
identiques : le mlange est racmique.

Ddoublement dun racmique par formation de diastroisomres Le plus

souvent, les transformations chimiques fournissant des espces chirales aboutissent lobtention de mlanges racmiques, cest--dire dun mlange quimolaire dnantiomres.
Dans un grand nombre de situations, il est nanmoins ncessaire dextraire du mlange racmique un seul des nantiomres prsents, par exemple du fait dune action biologique
spcifique lorsquil sagit dobtenir un mdicament. Il faut alors procder un ddoublement. Mais comment raliser cette opration alors que les proprits physiques et
chimiques des nantiomres sont identiques ? La solution consiste combiner le mlange
racmique avec une espce chimique chirale existant sous forme dun seul nantiomre
(produit naturel), puis profiter de la diffrence de proprits entre les diastroisomres
forms.

36

CHAPITRE 2. MOLCULES : STRUCTURE ET IMPLICATIONS

Exemple : Ddoublement dun mlange racmique de 1-phnylthanamine par lacide

tartrique (Figure 2.382.41).
Ph

HO

Ph

*
HO

NH2
+

OH
*

Ph

Raction
acido-basique

HOOC

*
NH3

Ph

COOH
OH
*

*
NH2

OOC
HO

COOH

OH

NH3

OOC

COOH

Fig. 2.38 tape 1 : Formation dun couple de diastroisomres par raction acido-basique.
a : tat initial : mlange racmique des nantiomres (S) et (R) de la 1-phnylthanamine 1
(insparables) + acide tartrique naturel ((R),(R)) 2 ; b : tat final : mlange quimolaire de
deux sels diastroisomres (sparables) : 1((S)),2((R),(R)) + 1((R)),2((R),(R)).

Ph

HO

OH

NH3 OOC

COOH

HO

Ph

Ph

HO

Ph

NH3 OOC

NH3 OOC

Sparation

OH

OH

COOH

COOH

HO

OH
*

*
NH3 OOC

COOH

Fig. 2.39 tape 2 : Sparation des diastroisomres par recristallisation. a : tat initial :
mlange quimolaire de deux sels diastroisomres 1((S)),2((R),(R)) + 1((R)),2((R),(R)) ; b :
tat final : Sels diastroisomres 1((S)),2((R),(R)) + 1((R)),2((R),(R)) spars.

Ph
*

HO

OH
+

*
NH3 OOC

Ph
2(Na+,OH-)

COOH

Raction
acido-basique

*
NH2

HO
*

Ph
*

HO

OH

NH3 OOC

COOH

Na+,-OOC

Ph
+ 2(Na+,OH-)

OH

COO-,Na+
+ 2 H2 O

NH2

Fig. 2.40 tape 3 : Rgnration des deux nantiomres de la 1-phnylthanamine. a : tat

initial : Neutralisation des sels diastroisomres 1((S)),2((R),(R)) + 1((R)),2((R),(R)) spars ;
b : tat final : nantiomres 1((S)) et 1((R)) spars + tartrate de sodium 2((R),(R)).

Au bilan, le mlange racmique des deux nantiomres de la 1-phnylthanamine

contenu dans un rcipient unique est ddoubl au prix dune neutralisation acido-basique ;
lissue des diffrentes oprations, les nantiomres (R) et (S) de la 1-phnylthanamine
sont isols dans deux rcipients spars (Figure 2.42).

2.4. RETOUR SUR LA STROISOMRIE

HO

Raction
acido-basique

OH

Na+,-OOC

HO

+ 2(H+,Cl-)

37

OH

COO-,Na+

+ 2(Na+,Cl-)

*
HOOC

COOH

Fig. 2.41 tape 4 : Rgnration de lacide tartrique utilis lors du ddoublement de la

1-phnylthanamine.
Ph

Ph

*
NH2

NH2

+ 2(Na+,OH-) + 2(H+,Cl-)

+ 2 H2O + 2(Na+,Cl-)

Ph
Ph
*
*

NH2

NH2

Fig. 2.42 Bilan du ddoublement de la 1-phnylthanamine par lacide tartrique.

Parce quelles mnent souvent des transformations compltes, les ractions acidebase sont souvent mises en uvre pour effectuer des ddoublements de mlanges racmiques. Lacide tartrique est souvent utilis lorsquil sagit de ddoubler des mlanges
racmiques damines. On emploie des alcalodes, bases naturelles nantiomriquement
pures pour ddoubler des mlanges racmiques dacides (Figure 2.43).

N
MeO
N

OH

O
N

Brucine R = OCH3
Strychnine R = H

Quinine

Fig. 2.43 Exemples dalcalodes utiliss pour raliser des ddoublements.

Induction asymtrique Dans des circonstances favorables, lexistence dun centre

asymtrique dans une molcule peut dterminer une prfrence strochimique pour un
centre asymtrique nouvellement form (Figures 2.44 et 2.45).
H CH3
HO
H 3C

Ph

2) H2O
H

H CH3

H CH3

1) CH3MgI

H3 C
HO

Ph
H

67 %

2
33 %

Fig. 2.44 Exemple dinduction asymtrique.

Linduction asymtrique est un phnomne courant dans les systmes biologiques.

H CH3
O

CH3MgI
H CH3
O

CH3MgI
Attaque de l'organomagnsien sur le
groupe carbonyle par la face avant

Attaque de l'organomagnsien sur le

groupe carbonyle par la face arrire

Interaction de l'organomagnsien avec l'atome

d'hydrogne (petit) en D lors de l'attaque sur le
groupe carbonyle

Interaction de l'organomagnsien avec le radical

mthyle (moyen) en D lors de l'attaque sur le
groupe carbonyle

Obtention prfrentielle du diastroisomre 1

Fig. 2.45 De lorigine de linduction asymtrique.

Chapitre 3

Molcules : nergie et
implications
3.1

Les molcules : des objets dformables en

mouvement

Les molcules sont des assemblages datomes sujets des changes dnergie. Elles
sont animes de mouvements incessants temprature ambiante.
Il existe deux contributions nergtiques lnergie interne dune molcule :
lnergie potentielle,
lnergie cintique.

3.1.1

Lnergie de cohsion des molcules : lnergie potentielle

r1

r2

r3

H H

HH

Ep(r1) > Ep(r2) et Ep(r3) > Ep(r2)

Fig. 3.1 Lnergie potentielle de la molcule de dihydrogne comme une fonction de la distance interatomique. Lnergie potentielle est leve lorsque les deux atomes dhydrogne sont
fortement loigns lun de lautre (distance r1 ) ; le recouvrement entre les orbitales 1s impliques
dans la liaison est en effet alors rduit. La rpulsion entre les deux noyaux des atomes dhydrogne est quant elle responsable de laugmentation de lnergie potentielle quand on rapproche
considrablement les deux atomes (distance r3 ). Le minimum dnergie potentielle correspond
la distance dquilibre entre les deux atomes dhydrogne (distance r2 = req )
Lie aux interactions entre les atomes qui constituent la molcule, elle dpend uniquement de leur position relative. Dans la molcule de dihydrogne rsultant de lassemblage
de deux atomes dhydrogne, lnergie potentielle ne dpend que de la distance entre les
deux atomes lis (Figures 3.1 et 3.2). La dformation de la molcule de dihydrogne
(vibration symtrique) est value laide de la longueur de liaison H H : r req o
req dsigne la longueur de la liaison H H.1
1 Une raction chimique saccompagne gnralement dune rupture et dune formation de liaison.
Compte tenu des ordres de grandeurs de la Figure 3.2, la ralisation dune raction chimique ncessite donc le franchissement dune barrire dnergie potentielle Ea de quelques centaines de kJmol1 .
temprature ambiante, le franchissement de cette barrire seffectue rarement lors dun choc entre

40

CHAPITRE 3. MOLCULES : NERGIE ET IMPLICATIONS

500

-1

E (kJmol )

250

tot

-250

-500
r

10

10 r (m)

Fig. 3.2 Courbe Ep (r) de la molcule de dihydrogne. Cette courbe dcrit lvolution de
lnergie potentielle de la molcule H H en rfrence la lgende de la Figure 3.1. Par
convention, on fixe zro lnergie potentielle de la molcule lorsque les deux atomes sont
infiniment loigns lun de lautre. Le minimum de la courbe correspond la distance dquilibre
req . Pour cette valeur de la distance interatomique, lnergie interne de la molcule Etot (req ) est
gale la somme de lnergie potentielle Ep (req ) et de lnergie cintique Ec (req ).

Lorsque la molcule contient plus de deux atomes, un nouveau type de dformation intramolculaire sajoute aux vibrations : les rotations internes, paramtres par un
angle (Figure 3.3). De mme que pour llongation, on peut atteindre la courbe dnergie
potentielle Ep ().
H
H

T
O

O
H

Fig. 3.3 Rotation interne paramtre par un angle : lexemple du peroxyde dhydrogne
H2 O2 .

Dune manire gnrale, on peut dfinir une courbe dnergie potentielle par mode
de dformation intramolculaire, value laide dune coordonne appele coordonne
ractionnelle.

3.1.2

lorigine des mouvements molculaires : lnergie

cintique

Echange grce aux chocs entre molcules, elle est stocke dans les diffrents modes
de dformation de la molcule (Figure 3.4).
molcules de ractifs (la probabilit correspondante varie comme exp(Ea /RT ) avec RT 5kJmol1
temprature ambiante ; elle vaut environ 1010 1016 pour la majorit des ractions de la chimie
organique). Cette remarque justifie en particulier de considrer deux stroisomres de configuration
comme des espces chimiques distinctes puisque leur interconversion ncessite rupture et formation de
liaisons covalentes.

3.1. LES MOLCULES : DES OBJETS DFORMABLES EN

MOUVEMENT

41

Translation
y

Rotation

Vibration

Fig. 3.4 Les trois contributions lnergie cintique de la molcule de dihydrogne.

Lnergie cintique augmente avec la temprature (elle est de lordre de RT par mode
de dformation ou R dsigne la constante des gaz parfaits ; R = 8, 32JK 1mol1 ).

3.1.3

Un cas gnrique de dformation molculaire : la rotation

interne de la molcule dthane
T
H
H

C1

H
H

H
1

H
H

Fig. 3.5 Molcule dthane.

Dans la molcule dthane, langle didre entre les plans H C1 C2 et C1 C2 H
est utilis comme paramtre pour valuer la variation dnergie potentielle associe la
dformation molculaire par rotation interne autour de la liaison C1 C2 (Figure 3.6).
15
e

10

-1

E (kJmol )

d
0

50

100 150 200 250 300 350

T ()
Fig. 3.6 Courbe Ep () de la molcule dthane en phase gazeuse.
La courbe Ep () est priodique (priode 120o) alternant des minimas (conformres
dcals : d) et des maximas (conformres clipss : e) (Figure 3.7).

42

CHAPITRE 3. MOLCULES : NERGIE ET IMPLICATIONS

H
H

HH

H
H

H
H

H
H

Fig. 3.7 Les conformres singuliers de la molcule dthane. d : Conformres dcals =

600 , 1800 , 3000 ; e : conformres clipss = 00 , 1200 , 2400 .
Les populations relatives des diffrents conformres dpendent de leur altitude relative. Les minima locaux de la courbe Ep () sont la mme altitude lquilibre
thermodynamique, les populations des trois conformres dcals sont identiques. Les
conformres clipss sont dnergie potentielle plus leve que les conformres dcals
lquilibre thermodynamique, la population des conformres dcals est plus importante
que celle des conformres clipss.
Langle didre dune molcule dthane donne change par sauts entre minima locaux
de la courbe Ep () au cours du temps. La frquence des sauts dpend :
de laltitude des cols de la courbe Ep (),
de la temprature.
Cette frquence crot :
quand laltitude des cols de la courbe Ep () diminue,
quand la temprature augmente.
temprature ambiante, la frquence de sauts est extrmement leve ; on dit souvent
que la molcule dthane est en libre rotation.2

3.2

Facteurs dterminant lnergie des tats

Le paragraphe 3.1 dmontre limportance de prvoir qualitativement lnergie dtats

molculaires lorsquil sagit dvaluer des populations lquilibre ou des cintiques dinterconversion. De nombreux paramtres dterminent la part signifiante de lnergie dune
molcule pour la chimie. Dans ce chapitre, on ne considre que ceux qui sont principalement mis en uvre en chimie organique.

3.2.1

Lencombrement strique

Quoique lanalyse de son origine demeure discute, il simage comme un facteur rpulsif qui tend loigner les groupes encombrants. Lencombrement strique est examin
ici dans le cadre des rotations intramolculaires par rfrence lthane prsent au
paragraphe 3.1.3.
Le butane
Exprimentalement, on trouve toujours que les conformations clipses sont dnergie potentielle plus leve que les conformations dcales. Contrairement lthane, les
conformations dcales ne sont cependant plus identiques. On distingue dsormais deux
conformres gauches (g) et un conformre anti (t) (Figure 3.8). Lnergie potentielle du
conformre dcal anti est plus faible que celle des conformres dcals gauches ; tout se
passe comme sil existait une congestion strique lorsque les deux groupements mthyle
sont au plus proche lun de lautre.
2 Cette dernire caractristique, frquemment observe en chimie organique, amne considrer des
familles de conformres quand il sagit de dfinir une espce chimique.

3.2. FACTEURS DTERMINANT LNERGIE DES TATS

H
H

CH3
CH3

g T= 60

CH3
H

H 3C
H

H
CH3

43

CH3
H
H

g T= 300

t T= 180

Fig. 3.8 Les conformres singuliers, gauches et anti, de la molcule de butane.

30
e

20
e

10

-1

E (kJmol )

d
d

50

100 150 200 250 300 350

T ()
Fig. 3.9 Courbe Ep () de la molcule de butane en phase gazeuse.
Le cyclohexane
La molcule de cyclohexane prsente de nombreuses possibilits de rotations internes
aboutissant linterconversion entre conformres. Les conformres les plus stables sont
de type chaise ; ils reprsentent environ 99% de la population totale des conformres
temprature ambiante. Les conformres de type chaise ne prsentent pas dinteraction
dclipse (Figure 3.10).

Fig. 3.10 Le cyclohexane. a : reprsentation en perspective ; b : reprsentation de Newman.

Lors dune interconversion entre deux conformres chaise, les substituants quatoriaux
deviennent axiaux, et inversement. La forme twiste est un intermdiaire de conversion
entre conformres chaise (Figure 3.11).
ae
e

a
a

a
a

a
e

ea

Chaise 1

a
ae

Forme twiste

ea
e

Chaise 2

Fig. 3.11 Interconversion entre conformres chaise du cyclohexane.

Du fait du grand nombre dinteractions dclipse, les conformres de type bateau
sont trs peu abondants sauf dans certains polycycles comme dans le camphre par
exemple (Figure 3.12).

44

CHAPITRE 3. MOLCULES : NERGIE ET IMPLICATIONS

Bateau

Chaise

Fig. 3.12 a : Interconversion entre un conformre chaise et un conformre bateau du cyclohexane ; b : reprsentation de Newman dun conformre bateau du cyclohexane ; c : molcule
de camphre.

Le mthylcyclohexane
Dans ce cas, il y a deux classes de conformres chaises dans lesquels le groupe mthyle
occupe soit la position quatoriale, soit la position axiale (Figure 3.13). Du point de vue
de lencombrement strique, le conformre chaise le plus stable est celui dans lequel le
groupe mthyle est en position quatoriale.
Interaction rpulsive entre substituants axiaux

H
H

H
Me

H
HH
H

H
H

H
H

H
Me

H
H

H
H

2 interactions gauches
dfavorables

Me

HH
H

Me
H

H
H
H

H
H

Fig. 3.13 a : Interconversion entre conformres chaise du mthylcyclohexane.

Dune manire gnrale, les conformres chaises de molcules de cyclohexanes polysubstitus les plus stables du point de vue de lencombrement strique sont ceux dont la
majorit des substituants sont en position quatoriale (Figure 3.14).

1,2,4-trimthylcyclohexane

plus stable que

Fig. 3.14 Interconversion entre conformres chaise du 1,2,4-trimthylcyclohexane.

3.2. FACTEURS DTERMINANT LNERGIE DES TATS

3.2.2

45

Leffet inductif

Il sagit dun effet qui fait intervenir llectrongativit des atomes.3

Cette proprit dtermine les comportements suivants :
une diffrence dlectrongativit entre atomes lis provoque la polarisation de la
liaison. Elle est lorigine de lapparition dun diple pouvant dterminer des interactions lectrostatiques modifiant, par exemple, les conformations molculaires
privilgies (Figures 3.15 et 3.16).
Cl

Cl

isostrique de

Polarisation des liaisons C-Cl

H 3C
Cl

G

CH3

G

G
G

Cl

Cl

Cl

g T= 60

Cl

Cl

H
H

t T= 180

Fig. 3.15 Du point de vue de lencombrement strique, la molcule de 1,2-dichlorothane est

comparable celle du butane. Toutefois, ces deux molcules diffrent en raison de la diffrence
dlectrongativit entre les atomes de carbone et de chlore. Les liaisons C Cl sont ainsi
polarises dans la molcule de 1,2-dichlorothane ce qui donne naissance une interaction diplediple qui nexiste pas dans la molcule de butane.

30

20
g

-1

E (kJmol )

40

10
t
0

50

100 150 200 250 300 350

T ()
Fig. 3.16 Courbe Ep () de la molcule de 1,2-dichlorothane en phase gazeuse. Linteraction
diple-diple dans la molcule de 1,2-dichlorothane dpend la fois de la distance et de langle
entre diples. La configuration la plus favorable est celle dans laquelle les deux diples sont ttebche. Le conformre anti est ainsi relativement plus stabilis vis--vis des conformres gauches
dans la molcule de 1,2-dichlorothane que dans celle de butane. La contribution diple-diple
explique aussi que lamplitude des variations dnergie potentielle avec langle didre est plus
importante dans la molcule de 1,2-dichlorothane que dans celle de butane (comparer lchelle
des ordonnes dans les Figures 3.9 et 3.16).

un atome manifestant un effet qualifi dinductif attracteur (souvent not I)

contribue la stabilisation dune charge ngative porte par un atome avec lequel il
est li lorsque ce dernier est moins lectrongatif que lui. Parmi les atomes inductifs attracteurs, on trouve essentiellement les halognes (F , Cl, Br, I), ainsi que
loxygne (groupes alcool OH, et ther-oxyde : OR), et lazote (groupe amine :
N R2 ). Inversement, un atome manifestant un effet qualifi dinductif donneur
(souvent not +I) contribue la stabilisation dune charge positive porte par un
atome avec lequel il est li lorsque ce dernier est plus lectrongatif que lui. En
chimie organique, les radicaux alkyle constituent les groupes inductifs donneurs
les plus importants (voir Figure 3.28).
3 Elle-mme lie lnergie des orbitales atomiques : lnergie dune orbitale atomique donne diminue
lorsque llectrongativit de latome considr augmente.

CHAPITRE 3. MOLCULES : NERGIE ET IMPLICATIONS

46

Les effets inductifs sont additifs (Figure 3.17).

< CH3

<

<

< CH2R

< CHRR'

<

< CRR'R''

R, R', R'' radicaux alkyle

Fig. 3.17 Illustration de ladditivit du caractre inductif donneur des radicaux alkyle. Le
caractre inductif donneur augmente avec le degr de substitution de latome de carbone directement li.
Les effets inductifs se communiquent au travers des liaisons chimiques. Leffet sattnue cependant ds la seconde liaison et est essentiellement inexistant au del (Figure 3.18).
> CH2-CH2OH <

> CH2OH <

> OH

Fig. 3.18 Illustration de lattnuation du caractre inductif attracteur de latome doxygne

avec la distance. Le groupe OH est fortement inductif attracteur. Le groupe CH2 OH possde
un lger caractre inductif attracteur confr latome de carbone par la polarisation induite
par latome doxygne. Ce caractre inductif attracteur est essentiellement inexistant dans le
groupe CH2 CH2 OH.

3.2.3

Leffet msomre

La molcule reprsente comme une moyenne pondre de structures limites

Du point de vue de sa reprsentation, la liaison chimique recouvre des situations
limites varies comme lillustre la Figure 3.19 dans le cas de la molcule de dihydrogne
H2 .

H- H+

H+ H-

H-H
Fig. 3.19 Molcule de dihydrogne : liaison chimique covalente et situations physiques. Le
doublet dlectrons mis en commun par les deux atomes se situe la plupart du temps entre
les deux atomes dhydrogne (a). Il arrive cependant que le doublet dlectrons sjourne au
voisinage de lun des atomes dhydrogne (b et c). La molcule de dihydrogne relle peut
tre considre comme une moyenne pondre entre les trois structures limites a-c. Dans une
liaison covalente comme celle de la molcule de dihydrogne, la structure limite neutre (ici a) est
dnergie moindre que celle des deux structures ioniques (b et c). a est ainsi plus reprsentative
de la forme msomre et la liaison covalente est reprsente par un trait, symbole appropri pour
souligner un partage symtrique des deux lectrons de liaison entre atomes lis. Dans ce cadre de
reprsentation, les notations : structures limites spares par le symbole entre crochets et H-H
sont quivalentes. La double flche employe lors de lnumration des structures limites
ne doit pas tre confondue avec un symbole quelconque dcriture de la raction chimique. Il
nexiste pas de raction de passage dune structure limite une autre ; le dplacement dlectrons
doit tre considr comme une aide pour dresser une liste, et non pas comme un processus.

3.2. FACTEURS DTERMINANT LNERGIE DES TATS

47

Aucune structure limite ne peut prtendre elle-seule reprsenter la molcule relle

qui doit tre considre comme une forme intermdiaire, dite msomre, entre trois
structures limites. Dune manire gnrale, on dcrit souvent en chimie organique les
molcules comme des formes msomres impliquant plusieurs structures limites afin de
mieux rendre compte de leurs proprits physico-chimiques (longueurs de liaison, moment
dipolaire,. . . ).
Lune des situations les plus favorables la mobilisation de ce raisonnement met en
jeu des recouvrements orbitalaires entre orbitales atomiques de type p. Il sagit dcrire
des structures limites rsultant dun dplacement dlectrons sans migration datomes,
au sein dune chane datomes qui possdent chacun une orbitale atomique de type p
dont le recouvrement latral dtermine la conjugaison. Un tel recouvrement nexiste que
lorsque les liaisons entre atomes sur lesquels se manifeste la dlocalisation sont situes
dans un mme plan (Figure 3.20).
CH2
3

CH2

CH2
a

CH2
c

Fig. 3.20 Msomrie et orbitales atomiques dans la molcule de 1,3-butadine (a) en reprsentation de Newman. Seul le conformre associ un angle didre de 180o reprsent en b
permet lcriture de structures limites rsultant de dplacements dlectrons sur la liaison
unissant les atomes de carbone 2 et 3. La perpendicularit entre les deux liaisons du conformre
associ un angle didre de 90o reprsent en c empche en effet tout recouvrement orbitalaire
aboutissant la dlocalisation dlectrons sur la liaison unissant les atomes de carbone 2 et
3.
La liaison peptidique fournit un bon exemple dapplication de la msomrie comme
cadre de reprsentation de la structure molculaire. Dans la liaison peptidique, on observe
exprimentalement que (Figure 3.21) :
Les atomes impliqus sont situs dans un mme plan,
La liaison CN est plus courte que dans les amines et que la liaison CO est plus
longue que dans les drivs carbonyls.
Ces observations suggrent que la liaison CN (respectivement CO) possde un certain
caractre de double (respectivement simple) liaison dans la liaison peptidique. La forme
msomre reprsente en b de la Figure 3.21 rend compte dune manire satisfaisante
des observations exprimentales.
Dune manire gnrale, les formes msomres impliquent les structures limites dont
les coefficients de pondration sont grands, cest--dire les plus stables. Les trois rgles
principales dvaluation des nergies des structures limites sont :
1. les structures limites respectant la rgle de loctet pour la totalit des atomes sont
les plus stables (Figure 3.21),
2. diminuer le nombre de liaisons chimiques ou provoquer une sparation de charge
conscutifs au dplacement des deux lectrons augmente lnergie de la forme considre (Figure 3.22),
3. nombre de liaisons et sparation de charges identiques, les structures limites
localisant les charges selon les prfrences lectroniques lies llectrongativit
des atomes sont les plus stables (Figure 3.23).

CHAPITRE 3. MOLCULES : NERGIE ET IMPLICATIONS

48

O
C1

C2

C1

O
N

C2

C1

O
N

C2

C1

C2

N
a

Fig. 3.21 Msomrie et liaison peptidique. a : On observe exprimentalement que i) les atomes
C1 , C, O, N, H et C2 sont situs dans un mme plan : ii) la liaison CN est plus courte quune
liaison simple ; iii) la liaison CO est plus longue que dans les drivs carbonyls. b : Afin de
rendre compte de cette observation, on cherche construire une structure limite contenant une
double liaison C = N et une simple liaison C O par dplacement de doublets lectroniques
sur le squelette plan de la liaison peptidique. On peut pour cela faire basculer le doublet non
liant de latome dazote sur la liaison C N . Afin que latome de carbone C conserve son octet,
il est alors ncessaire que le doublet dlectrons de la double liaison C = O bascule sur latome
doxygne. Au bilan, latome dazote a formellement perdu un lectron : le doublet non liant
qui lui appartenait est dsormais mis en commun entre deux atomes ; il devient positivement
charg. Latome doxygne a quant lui formellement gagn un lectron : le doublet de la liaison
dans lequel il navait investi quun seul lectron lui est dsormais acquis ; il devient ngativement
charg. On aurait pu aussi envisager de construire la structure limite reprsente en c qui contient
elle-aussi une double liaison C = N et une simple liaison C O. Cependant, les atomes doxygne
et dazote ne possdent pas leur octet dans cette structure limite de sorte que cette structure
limite, de trs haute nergie, nest pas reprsentative. La forme msomre reprsentative de la
liaison peptidique relle doit donc tre construite partir des seules structures limites N et Z
reprsentes en b.

Z1

Z2

Fig. 3.22 La msomrie dans la molcule de 1,3-butadine. Dans N : 9 liaisons simples et 2

liaisons doubles + pas de sparation de charges. Dans Z1 et Z2 : 9 liaisons simples et 1 liaison
double + sparation de charges Z1 et Z2 de stabilits identiques et de stabilit moindre que
N.
O

O
Z1

O
N

Z2

Fig. 3.23 La msomrie dans la molcule dacroline. Dans N : 7 liaisons simples et 2 liaisons
doubles + pas de sparation de charges. Dans Z1 : 7 liaisons simples et 1 liaison double +
sparation de charges (charge ngative sur latome doxygne, charge positive sur latome de
carbone). Dans Z2 : 7 liaisons simples et 1 liaison double + sparation de charges (charge
positive sur latome doxygne, charge ngative sur latome de carbone) Classement par
ordre de stabilit dcroissante : N > Z1 > Z2 (latome doxygne tant plus lectrongatif que
celui de carbone : Z1 > Z2).

La msomrie est mise en uvre essentiellement dans trois systmes gnriques :

deux doubles liaisons conjugues (Figures 3.22 et 3.23),
une double liaison et un doublet non liant conjugus (Figure 3.24),
une double liaison et une lacune lectronique conjugues (Figure 3.25).

3.2. FACTEURS DTERMINANT LNERGIE DES TATS

R
X
N

X
X = Hal, O, N

49

R
O

OMe

OMe

Exemples

Fig. 3.24 Msomrie impliquant une double liaison et un doublet non liant conjugus. On
peut remarquer dans le premier exemple que les deux structures limites utilises pour dcrire
le groupement carboxylate sont symtriques lune de lautre. Du point de vue de la msomrie,
elles sont nanmoins toutes deux prendre en compte pour discuter des effets de stabilisation.
Dans le cadre thorique de la msomrie, les deux atomes doxygne sont en effet discernables
de sorte que les deux structures limites ne sont pas identiques.
R2
A

R2

R1

R1

Exemples: stabilisation des carbocations

allyliques et benzyliques

Fig. 3.25 Msomrie impliquant une double liaison et une lacune lectronique conjugues.
Comme pour leffet inductif, on distingue des groupes :
msomres donneurs (+M ), porteurs de doublets non liants ou dune double liaison (Figure 3.26). Ces groupes sont responsables de la stabilisation des carbocations
par dlocalisation de la charge positive.
RO

R1R2N

X = Hal = (F), Cl, Br, I

Fig. 3.26 Exemples de groupes msomres donneurs.

msomres accepteurs (M ), susceptibles de dlocaliser deux lectrons sur un espace de conjugaison (Figure 3.27) ; ils peuvent stabiliser ainsi des charges ngatives.
O

O
N

NR1R2

OR

O
A

A
R

A = C, N

Fig. 3.27 Exemples de groupes msomres accepteurs.

Msomrie et stabilit
Lnergie dune forme msomre est toujours infrieure celle des structures limites
utilises pour la construire. Une molcule est par ailleurs dautant plus stable quelle est
dcrite par un nombre important de structures limites.
Dune manire gnrale, les effets msomres sont dominants lorsquun groupe prsente des effets antagonistes des points de vue inductif et msomre (Figure 3.28).

CHAPITRE 3. MOLCULES : NERGIE ET IMPLICATIONS

50

B
OMe

OMe

-I

+M

Fig. 3.28 tude de la stabilit relative de deux carbocations. Le carbocation A est stabilis
par les effets inductifs donneurs des 3 groupes mthyle. Le carbocation B est quant lui : i)
stabilis par les effets inductifs donneurs des 2 groupes mthyle mais dstabilis par effet inductif
attracteur du groupe mthoxy ; ii) stabilis par effet msomre donneur du groupe mthoxy. Du
point de vue de la stabilisation, leffet msomre est le plus souvent dominant vis--vis de leffet
inductif. Le carbocation B est ainsi plus stabilis par ses substituants que le carbocation A.

3.2.4

Laromaticit

La conjugaison est lorigine dune stabilisation grce la possibilit dcrire plusieurs

structures limites. Dans certaines circonstances, les systmes conjugus prsentent une
stabilisation supplmentaire : laromaticit. Ainsi, le benzne est plus stable que le 1,3,5hexatrine vis--vis de lhydrognation par exemple (Figure 3.29).

Fig. 3.29 a : benzne ; b : 1,3,5-hexatrine.

Pour que le surcrot de stabilit se manifeste, les lectrons dlocaliss doivent se
trouver dans un cycle plan contenant des doubles liaisons conjugues ou des doubles
liaisons et doublets non liants conjugus, tel que le nombre dlectrons dlocaliss sur le
cycle soit de la forme 4n + 2 o n est un entier naturel (Figure 3.30).
Doublet non liant dans le plan du cycle
non conjugu

Doublet non liant perpendiculaire

au plan du cycle conjugu

Fig. 3.30 valuation du caractre aromatique de quelques molcules. a : benzne. 3 doubles

liaisons alternes + cycle plan + 6 (4x1+2) lectrons dlocaliss ; le benzne est aromatique ;
b : 1,3,5-hexatrine. 3 doubles liaisons alternes + 6 (4x1+2) lectrons dlocaliss mais molcule acyclique ; le 1,3,5-hexatrine nest pas aromatique ; c : pyrrole. 2 doubles liaisons et 1
doublet non liant perpendiculaire au plan du cycle alterns + cycle plan + 6 (4x1+2) lectrons dlocaliss ; le pyrrole est aromatique ; d : imidazole. 2 doubles liaisons et 1 doublet non
liant perpendiculaire au plan du cycle alterns + cycle plan + 6 (4x1+2) lectrons dlocaliss.
Limidazole est aromatique.

Laromaticit est lorigine de nombreuses altrations de ractivit (Figure 3.31).

3.2.5

Tensions de cycles

Les espces chimiques contenant un ou plusieurs cycles hydrocarbons saturs sont

courantes en chimie organique (Figure 3.32). Les cycles cinq et six atomes de carbone
sont la fois les plus stables et les plus faciles former. Les cycles plus petits ont des nergies de liaisons plus faibles du fait du moindre recouvrement entre orbitales atomiques ;

3.2. FACTEURS DTERMINANT LNERGIE DES TATS

H2, Ni(cat)

H2, Ni(cat)

25C, 1 bar

180C, 100 bar

51

H
N

N
N
H

N
N

pKa1,298 K = 0,5

N
N

H+

H+

+
N

pKa1,298 K = 7,0

Fig. 3.31 Altrations de comportement lies laromaticit. a : Possibilit de raliser des

hydrognations slectives. Le cycle aromatique, stabilis vis--vis de la double liaison exocyclique
isole, nest hydrogn que dans des conditions exprimentales dures ; b : Le dication deux fois
proton de limidazole ImH22+ est considrablement plus acide que lammonium driv dune
amine aliphatique R1 R2 R3 N (pKa = 910). Outre une contribution lectrostatique dfavorable
lie la rpulsion entre deux charges identiques, le cycle driv de limidazole nest en effet pas
aromatique dans ImH22+ alors quil lest dans sa base conjugue ImH + . Cet effet nintervient
pas dans lamine aliphatique servant de rfrence.

ils prsentent aussi des interactions dclipse entre substituants. La dstabilisation relative des cycles plus grands est lie la fois la rduction importante du nombre de
conformations accessibles vis--vis de la chane ouverte correspondante et linteraction
rpulsive entre substituants situs sur le cycle.

Cyclopropane

Cyclobutane

Cyclopentane

Cyclooctane

Cycloheptane

Cyclohexane

Fig. 3.32 Principaux hydrocarbures cycliques saturs.

3.2.6

Un exemple de liaison spcifique : la liaison hydrogne

Il sagit dune liaison entre un atome X fortement lectrongatif (X = F, O, N ), et un

atome dhydrogne lui-mme li un atome Y fortement lectrongatif (Y = F, O, N ).
La liaison hydrogne est dautant plus forte que la colinarit des atomes X, H et Y est
ralise (Figure 3.33).
G'
G

G'

G'

G

Liaison hydrogne
forte

G'

Liaison hydrogne
faible

Fig. 3.33 Liaisons hydrogne.

La liaison hydrogne peut parfois dterminer les conformations privilgies (Figure 3.34).

CHAPITRE 3. MOLCULES : NERGIE ET IMPLICATIONS

52

HO

isostrique et isolectronique de

OH
OH
H

OH

G O

G
H

F
F

G H
O
H

H
H

H
H

H
H
F

t T= 180

g T= 60

Fig. 3.34 Conformres les plus stables des molcules de 1,2-thanediol et de 1,2difluorothane. 100o C en phase gazeuse, on observe 80% de conformre gauche et 20% de
conformre anti dans le 1,2-thanediol. Dans les mmes conditions, la proportion de conformre
gauche est infrieure 0,1% dans le 1,2-difluorothane.

3.2.7

Le solvant

Tous les raisonnements nergtiques prcdents ne sont strictement valides quen

phase gazeuse. En effet la solvatation, cest--dire linteraction de la molcule solut
avec les molcules de solvant, peut modifier les rsultats obtenus laide dune analyse
qui ne reposerait que sur les seules proprits intrinsques de lespce chimique tudie.
Ces raisonnements demeurent cependant gnralement valables lorsquon sintresse des
espces chimiques neutres. Ils peuvent en revanche subir des modifications importantes
lorsquon sintresse des ions dans des solvants polaires (cest--dire dont la molcule
possde un moment dipolaire non nul. Exemples : leau, lactone) et/ou protiques (cest-dire dont la molcule peut donner une (ou plusieurs) liaison(s) hydrogne. Exemple :
leau, les alcools) (Figure 3.35).

O
H

H
Na+ O

O
H

H
O
H

Cl-

H
H

O
H

H
H

H
O

Fig. 3.35 a : Leau, molcule polaire ; b : Solvatation dune paire dions N a+ , Cl dans
leau, solvant polaire et protique. Leau stabilise le cation par interaction ion- diple : les atomes
doxygne de leau, porteurs dune charge partielle ngative, sont orients vers le cation. Leau
stabilise lanion, plus gros que le cation, la fois par interaction ion-diple (ce sont cette fois-ci
les atomes dhydrogne qui sont orients vers lion car ils portent une charge partielle positive)
et par liaison hydrogne (pour les deux molcules indiques par une flche).