ESTRUCTURA DE PROTEINAS: COMENTARIOS A NIVELES DE ORGANIZACION

A propsito de una pregunta hecha en clase.

Alfredo Uribe

1. PROTEINAS: ESTRUCTURA Y FUNCION

Existen 20 aminocidos comunes en todas las clulas. Son sintetizados a partir de precursores
ms sencillos o absorbidos como nutrientes. Todos los aminocidos tienen por lo menos dos
grupos funcionales; Un grupo amino y un grupo carboxilato. Estos grupos se condensan
durante la sntesis de protenas para formar un enlace peptdico, (la base fundamental de la
estructura primaria de las protenas), esto da como resultado la unin extremo a extremo de
los aminocidos para formar un polipptido o una protena.
Las protenas son macromolculas que consisten en polmeros lineales, o cadenas, de
aminocidos. Todos los organismos utilizan los mismos 20 aminocidos como bloques de
construccin para ensamblar las molculas de protena. Por tanto, estos 20 aminocidos se
mencionan con frecuencia como los aminocidos estndar o comunes. A pesar del nmero
limitado de tipos de aminocidos, las variaciones en el orden en el cual se conectan y en el
nmero de aminocidos por protena permiten una variedad prcticamente ilimitada de
protenas.
Sobre la base, tanto de sus caractersticas fsicas como de sus funciones, las protenas se
pueden clasificar en dos clases importantes, fibrosas, y globulares. Estas dos clases, difieren
de manera notoria en su comportamiento: unas son casi siempre estticas, y las otras,
dinmicas. Las protenas fibrosas son insolubles en agua y por lo general son fsicamente
resistentes. Son ellas las que proporcionan apoyo mecnico a las clulas del individuo y a los
organismos por entero. Es caracterstico que las protenas fibrosas se construyan sobre una
estructura sencilla, repetitiva, la cual las conjunta en cables o en cadenas. Son ejemplos de las
protenas fibrosas la queratina, el componente principal del cabello y de las uas, y el
colgeno, el componente protenico principal de los tendones, la piel, los huesos, y los dientes.
Las protenas globulares son, por lo comn macromolculas compactas, aproximadamente
esfricas, cuyas cadenas polipeptdicas estn plegadas apretadamente. La mayor parte de las
protenas globulares solubles se localizan en el citosol, en las regiones acuosas de los
organismos, o en los lquidos extracelulares. Otras protenas globulares estn fijas o son parte
de las membranas biolgicas. Es caracterstico que las protenas globulares tengan un interior
hidrofbico y una superficie hidroflica. Tienen indentaciones o hendiduras, las cuales
interactan de modo especfico con otros compuestos, reconocindolos o fijndose en forma
transitoria a ellos. Por una fijacin selectiva a otras molculas, las protenas globulares sirven
como agentes dinmicos de accin biolgica. Las protenas globulares incluyen las enzimas,
los catalizadores biolgicos celulares, y un gran nmero de protenas que desempean
funciones no catalticas.
Las cadenas peptdicas asumen un nmero restringido de conformaciones. La actividad
biolgica de una protena depende de su conformacin general o de su forma despus de su

plegamiento. Una conformacin es un acomodamiento espacial que depende de la rotacin de

uno o de varios enlaces. As, a diferencia de la configuracin de una molcula, la conformacin
de una protena puede cambiar sin ruptura de los enlaces. Considerando las rotaciones
posibles de cada enlace, el nmero de conformaciones potenciales para una molcula
protenica es astronmico. Sin embargo, bajo condiciones fisiolgicas, la protena asume una
forma nica, estable, que se conoce como conformacin nativa.

2. PROTENAS: ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL

Existen cuatro niveles de estructura en las protenas. De acuerdo a su complejidad, una
protena se puede describir diciendo que tiene cuatro niveles de estructura. La estructura
primaria, que es la secuencia de los residuos de aminocidos enlazados covalentemente,
describe la estructura lineal, unidimensional de una protena. Los otros niveles, que describen
la estructura tridimensional de una protena, incluyen la estructura secundaria, que se refiere a
las regularidades de las conformaciones locales; la estructura terciaria, la estructura
biolgicamente activa, tridimensional de un polipptido complejo; y, para algunas protenas, la
estructura cuaternaria, organizacin de dos o ms cadenas de polipptidos que forman una
protena de muchas subunidades. Estos cuatro niveles de estructura se muestra con mayor
claridad evidente en las protenas globulares.

ESTRUCTURA PRIMARIA
En 1953, Frederick Sanger determin la secuencia de aminocidos de la insulina, una
hormona proteica. Este trabajo constituye un hito en la bioqumica porque demuestra por vez
primera que una protena tiene una secuencia de aminocidos definida con precisin. Adems
demuestra que la insulina consta nicamente de L-aminocidos unidos mediante enlaces
peptdicos entre los grupos -amino y -carboxilo. Este resultado estimul a muchos cientficos
a realizar estudios de secuencias en una amplia variedad de protenas. Hoy da conocemos la
secuencia completa de aminocidos de ms de 10.000 protenas diferentes. El hecho ms
llamativo es que cada protena tiene una nica secuencia de aminocidos definida con
precisin. Una serie de estudios incisivos, realizados desde finales de los aos 50 a principios
de los 60, revelaron que las secuencias de aminocidos de las protenas estaban determinadas
genticamente. La secuencia de nucletidos del DNA, la molcula de la herencia, codifica una
secuencia complementaria de nucletidos en el RNA, la cual, a su vez, determina la secuencia
de aminocidos de la protena. En particular, cada uno de los 20 aminocidos de la coleccin
est codificado por una o varias secuencias especficas de tres nucletidos. Adems las
protenas de todos los seres vivos se sintetizan a partir de sus aminocidos integrantes, por
medio de un mecanismo universal (Dogma Central).
Las secuencias de aminocidos son importantes por varias razones. En primer lugar, el
conocer la secuencia de una protena es de gran ayuda, prcticamente esencial, para
determinar su mecanismo de accin (p. ej., el mecanismo cataltico un enzima). Variando la
secuencia de estructuras proteicas conocidas se pueden generar protenas con propiedades
nuevas. En segundo lugar, el anlisis de las relaciones mutuas entre secuencia de
aminocidos y estructura tridimensional de las protenas permite descubrir las leyes que
rigen el plegamiento de las cadenas polipeptdicas. En realidad la secuencia de
aminocidos es la conexin entre el mensaje gentico escrito en el DNA y la configuracin
tridimensional que perfila la funcin biolgica de la protena. En tercer lugar, la determinacin

de la secuencia forma parte de la patologa molecular, un rea floreciente de la medicina

actual. Las alteraciones en la secuencia de aminocidos producen con frecuencia anomalas
funcionales y enfermedades. Enfermedades muy graves, tales como la anemia falciforme o
hemofilia, pueden resultar debidas a un solo cambio de un aminocido en una protena. En
cuarto lugar, la secuencia de una protena revela su historia evolutiva. Las protenas se
parecen una a otra slo cuando tienen un precursor comn. En consecuencia, los sucesos
moleculares de la evolucin pueden averiguarse a partir de secuencias de aminocidos; la
Paleontologa Molecular constituye otra rea floreciente de investigacin.
La estructura primaria se refiere entonces, exclusivamente a la secuencia de aminocidos que
componen la protena. Aunque esta estructura no hace referencia a su conformacin espacial,
toda la informacin referente a la protena nativa se encuentra en ella y en consecuencia, la
elucidacin de la secuencia es paso indispensable para concretar la base estructural de su
funcin biolgica.
ESTRUCTURA SECUNDARIA

La hlice y la lmina son las estructuras secundarias comunes. A principios de la dcada

de los 50 a partir de estudios cristalogrficos con rayos X de compuestos simples como son
los aminocidos Linus Pauling, (Premio Nobel en Qumica, 1954), y Robert Corey propusieron
varios tipos de estructuras secundarias. Sus propuestas tomaban en consideracin las posibles
restricciones estricas y las oportunidades de estabilizacin por la formacin de puentes de
hidrgeno. Ahora sabemos que dos de estas estructuras propuestas (La hlice y la lmina)
son las estructuras secundarias principales de muchas protenas fibrosas y globulares.
Puede plegarse una cadena peptdica en una estructura repetitiva regular? Para contestar a
esta pregunta Pauling y Corey evaluaron una serie de conformaciones potenciales de
polipptidos con modelos moleculares precisos de todos ellos. Se centraron concretamente en
los ngulos de enlace observados y en las distancias de los aminocidos y pequeos
pptidos. En 1951, propusieron dos estructuras peridicas polipeptdicas llamadas la -hlice
y la hoja plegada-.
La -hlice es una estructura semejante a un cilindro. La cadena
polipeptdica principal estrechamente enroscada forma la parte interior del cilindro y las
cadenas laterales se extienden hacia afuera en una disposicin helicoidal. La -hlice queda
estabilizada por puentes de hidrgeno entre los grupos NH y CO de la cadena principal. El
grupo CO de cada aminocido est enlazado por un puente de hidrgeno al grupo NH del
aminocido situado cuatro residuos ms adelante en la secuencia lineal. El sentido de la hlice
puede ser dextrgiro (sentido de las agujas del reloj) o levgiro (sentido opuesto); las hlices
alfa que se encuentran en las protenas son dextrgiras.
El contenido de -hlice en la estructura tridimensional de las protenas conocidas es muy
variable, desde prcticamente cero hasta casi el 100%. As, por ejemplo, la enzima digestiva
quimiotripsina carece virtualmente de -hlice. Por el contrario, la mioglobina y la hemoglobina
tienen un 75% de -hlice. Se ha observado que dos o ms -hlice pueden enroscarse
mutuamente originando estructuras muy estables. Tales helicoides de -hlice enroscadas se

encuentran en la miosina y tropomiosina del msculo, en la fibrina de los cogulos sanguneos

y en la queratina del cabello. Los cables helicoidales de estas protenas ejercen una funcin
mecnica en la formacin de haces de fibras, como las pas del puercoespn. El citoesqueleto
(armazn interno) de las clulas es rico en filamentos intermediarios, que son tambin
helicoides enroscadas de -hlice. La estructura de la -hlice fue deducida por Pauling y
Corey seis aos antes de que realmente fuera vista en la reconstruccin por rayos X de la
estructura de la mioglobina. El descubrimiento de la estructura de la -hlice fue un hito en la
biologa molecular porque demostr que la conformacin de una cadena polipeptdica puede
ser predicha si las propiedades de sus componentes se conocen con rigor y precisin.
Pauling y Corey descubrieron otro motivo estructural peridico que llamaron hoja plegada-
porque fue la segunda estructura que ellos dilucidaron, habiendo sido la primera la -hlice. La
hoja plegada- difiere profundamente de la anterior en que es una lmina en lugar de un
cilindro. La cadena polipeptdica en la hoja plegada- est casi completamente extendida en
vez de estar estrechamente enrollada como en la hlice-. Una particularidad de la lamina
plegada- es permitir la asociacin de dos o ms cadenas dispuestas una al lado de la otra,
que logran su estabilidad mediante puentes de hidrgeno (fuerza de atraccin), entre los
grupos amida y carbonilo del enlace peptdico entre cadenas adyacentes.

ESTRUCTURA SUPERSECUNDARIA DE LAS PROTENAS?

Bueno, la pregunta sobre un posible bucle Loop que pudiera generar con un mismo
polipptido un contacto - en forma paralela, trae necesariamente la discusin a un nivel de
especializacin del las estructuras secundarias de los elementos polipeptdicos y son las
estructuras supersecundarias.
Las Estructuras Supersecundarias son combinaciones de las estructuras secundarias y
tambin reciben el nombre de motivos. Estas unidades conformacionales pueden tener una
funcin determinada, o solo ocurren como parte de una unidad funcional mayor, que recibe el
nombre de dominio. Unidades supersecundarias similares pueden tener funciones diferentes
en protenas distintas. Una de las estructuras supersecundarias ms sencillas es la hlicebucle-hlice (Bucle = giro). Este tipo de estructura se presenta en varias protenas fijadoras de
calcio, donde el bucle proporciona el sitio donde fijar el calcio. En ciertas protenas fijadoras de
DNA, esta estructura se llama hlice-bucle-hlice debido a que el bucle es por lo regular de
solo unos pocos residuos de longitud (ver figura) y por lo general es la Glicina el principal
invitado a esta torcin proteica.

La unidad es una estructura supersecundaria que consiste en dos cadenas paralelas

unidas por dos bucles a una hlice- intermedia.

Esta configuracin es consistente con el cuestionamiento de laminas beta paralelas en un

mismo polipptido, solo que deben precederles configuraciones alfa-helice, porque unidas solo
por un Loop (bucle) son de muy baja frecuencia. La figura que se muestra, corresponde a una
estructura supersecundaria denominada alfa-beta Barril y corresponde a la Piruvato
decarboxilasa, cuya estructura total, puede observarse a continuacin.

Una cadena en horquilla consiste en dos cadenas -antiparalelas, adyacentes, conectadas por
un bucle en horquilla.

La llave griega (o greca), la cual toma su nombre de un diseo que se encuentra en la

cermica griega clsica, es una estructura supersecundaria comn que enlaza cuatro o ms
cadenas - antiparalelas, que cuando es una estructura planar totalmente y mayor a cuatro
giros hablamos de meandro-

Conexin de laminas Beta-paralelas por Loop u Horquilla, que es de muy baja frecuencia. (Este
modelo se acomoda al cuestionamiento de la clase)

Finalmente, queda la conformacin

ejemplifica el tipo Beta.

Barril

que puede se /

La siguiente figura

Pero continuando con el enfoque global Los elementos estructurales secundarios de las
protenas globulares se pueden acomodar en la estructura terciaria y cuaternaria. Un
polipptido que contiene regiones de hlice- de lmina- ambas se puede plegar en una
forma globular formando un paquete apretado. Algunas veces los polipptidos globulares estn
adems organizados en agregados bien definidos. Estos dos niveles de organizacin son la
estructura terciaria y la cuaternaria, respectivamente. Los trminos estructura terciaria y
cuaternaria no se aplican estrictamente a las protenas fibrosas debido a que estas
molculas filamentosas no estn dobladas en formas esfricas. Adems, se agrupan en fibras,
casi siempre en oligmeros compactos.
ESTRUCTURA TERCIARIA
La estructura terciaria es el plegado general de las cadenas polipeptdicas en dominios, se
refiere a la estructura tridimensional de la protena globular entera despus que se ha doblado
a su forma biolgicamente activa - su conformacin nativa casi esfrica -. Algunos residuos de
aminocidos que estn muy alejados en la estructura primaria de una protena quedan juntos
en la estructura terciaria. En tanto que las estructuras secundarias son estabilizadas por
puentes de hidrgeno entre grupos amido y carbonilo de la columna vertebral, la estructura
terciaria se estabiliza por interacciones no covalentes-hidrofbicas en su mayor parte entre
cadenas laterales de residuos de aminocidos. Elementos estabilizadores de la estructura
terciaria. Unidades globulares, discretas, dobladas de manera compacta, dentro de la
estructura terciaria se conocen como dominios o lbulos. Por lo regular, los dominios tienen
una funcin particular, por ejemplo la de fijarse a una molcula pequea. Los dominios
consisten en combinaciones de diversas unidades de estructura supersecundaria. Algunas
protenas tienen un dominio; otras tienen dos o ms.

ESTRUCTURA CUATERNARIA
Las protenas con estructura cuaternaria son agregados de subunidades globulares.
Realmente la estructura cuaternaria se limita a protenas con mltiples subunidades y se
refiere a su organizacin. Cada subunidad es un polipptido separado y se puede llamar
monmero o solo una cadena. De acuerdo a esta definicin una protena puede ser
monomrica, dimrica, trimrica, tetramrica pentamrica etc., dependiendo del numero de
subunidades que la componen, un buen ejemplo de estructura cuaternaria lo ofrece la
hemoglobina.