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Gntique 22 BOP
BOP S4
S4
Gntique
Gntique des
des populations
populations
Jol Cuguen
Laboratoire de Gntique et Evolution des Populations Vgtales
(UMR CNRS 8016), Bureau 101, Btiment SN2
Universit de Lille 1
59655 Villeneuve d'Ascq Cedex
Tel: 03 20 43 40 24
Fax: 03 20 43 69 79
e-mail: joel.cuguen@univ-lille1.fr
http://www.univ-lille1.fr/gepv
Enseignements
24 heures de cours
26 heures de TD d'applications (exercices)
Supports de cours conus par Xavier Vekemans, modifis par Jol Cuguen (UMR 8016)
03-2007
Ouvrages
Ouvrages de
de rfrence
rfrence
Ouvrages spcialiss
Henry, JP et PH Gouyon 2003. Prcis de Gntique des
Populations avec exercices corrigs, Dunod
Serre, JL 1997. Gntique des Populations, Nathan
Hartl, DL 1994. Gntique des Populations, Flammarion
Ouvrages gnraux
Ridley, M 1997. Evolution Biologique, De Boeck
Gouyon PH et coll. 1997. Les Avatars du Gne, Belin
Elments
Elments de
de gntique
gntique des
des
populations
populations
Qu'est-ce que la gntique des populations?
La diversit gntique et son valuation dans les populations
Principe de Hardy-Weinberg
Application du principe de Hardy-Weinberg
Les carts la panmixie
Les forces volutives:
Mutation, migration, slection et drive
Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Dfinit Gntique: discipline qui tudie la transmission de
l'information hrditaire et son utilisation dans le
dveloppement et le fonctionnement des organismes
Comment et pourquoi l'information gntique volue t'elle au cours
du temps au sein des espces et des populations?
Gntique des populations
Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Historiquement une synthse entre
G. Mendel
Charles Darwin
Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Les fondements de la gntique des populations: la diversit
gntique
Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des
populations?
populations?
Impact du systme de reproduction: ouvert / ferm
Forces volutives:
mutation
migration
slection naturelle
drive gntique: processus volutif de fluctuations alatoires des
frquences allliques rsultant d'un chantillonnage alatoire
parmi les gamtes
processus important dans les petites populations
force volutive car changement des frquences allliques
Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Thorie synthtique de l'volution:1920-1930
Ronald Fisher:
Hritabilit des caractres quantitatifs
compatibilit avec gntique Mendlienne
Grande population: N inexorable de
frquence des allles favoriss par slection
naturelle
J.B.S. Haldane:
Approche rcursive: variation d'une
gnration l'autre des frquences allliques
sous l'effet de diffrentes formes de slection
Sewall Wright:
Effets stochastiques dans petites populations
nouvelles combinaisons de gnes action
de slection naturelle
Structuration de la diversit gntique et
consanguinit
Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Objectifs gntique des populations:
(1) Mesurer la variation gntique dans populations naturelles +
dcrire patron d'organisation de variation
(drongo,
Dicrurus paradiseus,
Mayr & Vaurie, 1948)
Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Objectif 1: Mesurer variation gntique
exple: Estimation des frquences allliques
Polymorphisme floral chez les Gueules-de-loup
(Antirrhinum majus)
Corolle rouge: RR
Corolle blanche: rr
Corolle rose: Rr
Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Objectif 1: Mesurer variation gntique
Distinction entre paramtre et estimateur
Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Objectif 2: Expliquer maintien de la variation gntique
exple: Anmie cellules falciformes chez lhomme (drpanocytose)
individu SS
individu AA ou AS
Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Objectif 2: Expliquer maintien de la variation gntique
exple: Anmie cellules falciformes
Rpartition des frquences de l'allle S
>0.14
<0.02
zones de forte frquence de l'allle S correspondent avec les rgions
d'endmisme de la malaria
Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Objectif 2: Expliquer maintien de la variation gntique
exemple: Anmie cellules falciformes
Explication:
Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Difficults conceptuelles de la gntique des populations
Discipline essentiellement quantitative: quantification de la
variation gntique; modlisation de l'effet d'une force volutive sur
les frquences allliques
Paradoxe:
Evolution agit via la slection sur des phnotypes dterminisme
gntique complexe
Modles thoriques simples volution de caractres
dterminisme simple
Gntique des traits quantitatifs
Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique
Jusque dans les annes 60: marqueurs phnotypiques
(drosophile, couleur fleurs,) ou srologiques (ABO, rhsus,)
Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique
Allozymes
(tir de Hedrick, 2000; Lap= Leucine amino-peptidase; 2 locus distincts Lap-1 et Lap-2)
Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique
Allozymes: Relation phnotype gnotype
codominance
+
f"fast"
s"slow"
f
x
s
Gnotype FF x SS
Phnotype f
s
FS
fs
Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique
Allozymes: Calcul des frquences allliques
Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique
Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique
Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique
Marqueurs RFLP
Rsultats:
Etapes exprimentales:
1.
2.
3.
ELECTROPHORESE HORIZONTALE
SUR GEL D'AGAROSE
4.
SOUTHERN BLOT
(Transfert sur membrane de
nitrocellulose)
5.
6.
AUTORADIOGRAPHIE
(Exposition un film X-ray)
5.
Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique
Marqueurs RFLP
Relation phnotype gnotype
sites de restriction
+
X
sonde-ADN
ce fragment ne s'hybride
pas sonde
Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique
Relation phnotype gnotype
(tir de Hartl, 1994)
Marqueurs RFLP
marqueurs co-dominants
Utiliss pour les 1re cartes gntiques fines
Utiliss pour "DNA-fingerprinting": identification de criminels,
Utiliss pour reconstructions phylogntiques, estimation de variation
gntique
Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique
Polymorphisme
Polymorphisme gntique
gntique
Quantification du polymorphisme:
<P> = proportion de locus polymorphes dans un chantillon
Frquences allliques pour les locus polymorphes
Indices de diversit bass sur les frquences des allles (par ex Indice
de Nei; He= 2pq)
Polymorphisme
Polymorphisme gntique
gntique
Synthse de Nevo (1978)
sur 243 espces
Polymorphisme
Polymorphisme gntique
gntique
Polymorphisme des allozymes
Effet de la "forme de vie" chez les plantes: tude compare du
polymorphisme des allozymes chez 473 espces vgtales (Hamrick & Godt,
1989, in Plant population genetics, breeding, and genetic resources, Brown et al. ed., Sinauer,
Sunderland)
Forme de vie
Nombre
d'espces
He
Annuelle
187
30.2% 1.9%
0.105 0.008
Prenne
herbace
159
28.0% 1.8%
0.096 0.008
Prenne ligneuse
115
50.0% 2.5%
0.149 0.009
Polymorphisme
Polymorphisme gntique
gntique
Polymorphisme des allozymes
Polymorphisme frquent mais pas universel: exemple du gupard
Acinonynx jubatus ("cheetah") - O'Brien et al. 1987 PNAS 84:508-511
Echantillon de 98 individus typs pour 49 allozymes
Organisation
Organisation de
de la
la variation
variation gntique:
gntique:
distribution
distribution des
des gnes
gnes dans
dans les
les populations
populations
Modle de population "idalise"
Principe de Hardy-Weinberg
Application du principe de Hardy-Weinberg
Liaison gntique et dsquilibre de liaison
Modle
Modle de
de population
population "idalise"
"idalise"
Hypothses du modle de population de Hardy-Weinberg
organisme diplode
reproduction sexue
gnrations non chevauchantes
locus considr possde 2 allles
frquences allliques identiques chez les individus mles et femelles
panmixie p/r locus considr
population de trs grande taille ()
migration entre populations ngligeable
mutation ngligeable
slection naturelle n'agit pas au locus considr
Modle
Modle de
de population
population "idalise"
"idalise"
df. Population : groupe d'individus de la mme espce vivant dans une aire
Exemples:
Les lphants d'un parc national africain
Les chnes d'un massif forestier (pollen large dispersion anmogame)
Les individus d'une espce de parasite intestinal, prsents chez un seul individu hte
Modle
Modle de
de population
population "idalise"
"idalise"
Hypothse de panmixie:
lors de la reproduction, les croisements s'effectuent au hasard pour
les gnotypes considrs
double hypothse:
1. les couples reproducteurs s'unissent au hasard (panmixie sensu stricto)
2. les gamtes produits s'associent au hasard (pangamie)
Modle
Modle de
de population
population "idalise"
"idalise"
Hypothse de panmixie:
Panmixie relative au caractre considr: une mme population peut
se reproduire de manire
panmictique p/r un caractre (locus Lap-1)
non alatoire p/r un autre caractre (couleur peau, taille, couleur fleur,)
Modle
Modle de
de population
population "idalise"
"idalise"
Hypothse de gnrations non chevauchantes (discrtes):
Modle
Modle de
de population
population "idalise"
"idalise"
Organisation
Organisation de
de la
la variation
variation gntique:
gntique:
distribution
distribution des
des gnes
gnes dans
dans les
les populations
populations
Modle de population "idalise"
Principe de Hardy-Weinberg
Application du principe de Hardy-Weinberg
Liaison gntique et dsquilibre de liaison
Principe
Principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Formul en 1908 indpendamment par:
G.H. Hardy (1877-1947): mathmaticien anglais
W. Weinberg (1862-1937): physiologiste allemand
(p A + q a)2 = p2 AA + 2pq Aa + q2 aa
Principe
Principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Frquences allliques: A (p); a (q = 1-p)
Frquences gnotypiques: AA (P); Aa (Q); aa (R)
vnements
indpendants!
Principe
Principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Le principe de Hardy-Weinberg dcoule du fait que la reproduction
alatoire entre gnotypes est quivalente l'union au hasard des gamtes
Principe
Principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Implications du principe de Hardy-Weinberg:
Une seule gnration de panmixie suffit pour atteindre les frquences
gnotypiques de Hardy-Weinberg (en gnral)
Selon les hypothses du modle de Hardy-Weinberg, les frquences
allliques restent constantes absence d'volution au locus considr
maintien du polymorphisme gntique
frq.(A): p' = P'+Q'/2 = p2+2pq/2 = p(p+q) = p
Base pour laboration de modles + complexes: sparation en 2 phases
gamtes zygotes (frquences gnotypiques naissance
dtermines par H-W si panmixie inchang)
zygotes adultes (ajouter effet de slection ou de la migration)
changement des frquences allliques
Organisation
Organisation de
de la
la variation
variation gntique:
gntique:
distribution
distribution des
des gnes
gnes dans
dans les
les populations
populations
Modle de population "idalise"
Principe de Hardy-Weinberg
Application du principe de Hardy-Weinberg
Liaison gntique et dsquilibre de liaison
Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Vrification de l'hypothse panmictique dans les populations
humaines: groupes sanguins MN dans 3 populations nord-amricaines
Pop.
MM
MN
NN
total
Frq. M
Frq. N
278
0.5324
0.4676
6129
0.5395
0.4605
205
0.7756
0.2244
Afro-
N obs.
79
138
61
Amer.
Fr. H-W
0.2834
0.4979
0.2187
N H-W
78.8
138.4
60.8
Europ-
N obs.
1787
3039
1303
Amer.
Fr. H-W
0.2910
0.4967
0.2120
N H-W
1783.8
3045.4
1299.8
Native
N obs.
123
72
10
Amer.
Fr. H-W
0.6016
0.3481
0.0503
N H-W
123.3
71.4
10.3
Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Htrozygotie (frquence d'individus htrozygotes):
Ho = frquence d'individus htrozygotes
AA
aa
Aa
frquence de lallle a
Htrozygotie et mutations
dltres rcessives:
a: mutation dltre rcessive
(frq = q)
Frq(a) frq(aa) plus vite
que frq(Aa)
Les allles rares sont
principalement trouvs chez les
htrozygotes
Htroz/Homoz = 2pq/q2
=2(1-q)/q=(2/q)-2 2/q
Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
AA
aa
Aa
frquence de lallle a
(tir de Ridley, 1993)
Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Htrozygotie et mutations dltres rcessives:
a: mutation dltre rcessive (frq = q)
Htroz/Homoz 2/q
Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Locus trois allles ou plus:
Allles A1, A2, A3; frq. allliques: p1, p2, p3
Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Gnes chromosomes sexuels:
chromosome X: nombreux gnes; chromosome Y: trs peu de gnes
Gne li au X: 2 allles A et a
ind. : 3 gnotypes AA, Aa, et aa ; ind. : 2 gnotypes A et a
Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Gnes chromosomes sexuels:
: frquences gnotypiques Hardy-Weinberg
: frq. gnotypiques = frq. allliques
Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Complications lies la dominance:
2 allles: A p et a q
2 phnotypes: [A]P et [a]Q
3 gnotypes: AA, Aa, et aa
Sous l'hypothse H-W:
P p2+2pq
Q q2
<q>= Q
AA: p2 ; Aa: 2pq; aa: q2
<p> = 1 - <q>
Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Frquence de formes mlaniques dans chantillon de chenilles
de Biston betularia prs de Birmingham: 87%
Chercher: (1) frquence allle "mlanisme" et (2) proportion de
formes mlaniques prsentes l'tat htrozygote
(1)
2 phnotypes: [A]P et [a] Q
Forme mlanique = dominante
Q = 1-0.87 = 0.13
or
<q> = 0.36 <p> = 0.64
<q>= Q
(2)
Frq(AA): p2 = 0.41 (mlaniques homoz.)
Frq(Aa): 2pq = 0.46 (mlan. htroz.) (Vrif.: 0.41+0.46 = 0.87!)
Proportion htrozygotes: 0.46/0.87 = 52.9%
Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Complications lies la dominance:
Exemple 2: facteur Rhsus Rho chez l'homme
2 allles: D et d
D est dominant
2 phnotypes: [+] (DD ou Dd) et [] (dd)
Europe occidentale: frq([+]) = 85.8% ;
frq([]) = 14.2%
Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Htrozygotie et mutations dltres rcessives:
a: mutation dltre rcessive (frq = q)
Htroz/Homoz 2/q
Les
Les carts
carts la
la panmixie
panmixie
Rencontre non alatoire des gnotypes et gamtes p/r phnotype:
reproduction entre individus semblables phnotypiquement: homogamie
(choix prfrentiel du partenaire selon la taille, la couleur, les ornements,)
reproduction entre individus phnotypiquement diffrents: htrogamie
(sexe des individus, htrostylie et autoincompatibilit chez les plantes,)
L'homogamie
L'homogamie totale
totale
Reproduction entre individus semblables phnotypiquement: homogamie
(choix prfrentiel du partenaire selon la taille, la couleur, les ornements,)
L'effet principal de l'homogamie rduction de l'htrozygotie observe p/r
valeur attendue en panmixie pour les gnes en relation avec le caractre qui
intervient dans le choix de partenaire
Homogamie et frquences gnotypiques
Gnotype
AA
Aa
aa
Homogamie
AA x AA
Aa x Aa
aa x aa
AA
aa
AA
Aa
P+H
aa
Q+H
L'homogamie
L'homogamie totale
totale
Effet de l'homogamie totale:
de moiti de l'htrozygotie observe chaque gnration
frq. allliques inchanges: p' = p
disparition progressive des htrozygotes au profit des
homozygotes
Ne concerne que les gnotypes des gnes associs au caractre
impliqu dans le choix de partenaire (et les gnes qui leur sont lis):
effet gnomique local
La
La consanguinit
consanguinit
Effet de l'autofcondation:
de moiti de l'htrozygosit observe chaque gnration
si H0 = htroz. observe gnration initiale t = 0
Ht = ()t x H0: disparition totale des htrozygotes
la consanguinit augmente jusqu' son maximum
La
La consanguinit
consanguinit
Consquences gntiques de la consanguinit:
rduction de l'htrozygosit augmentation de l'homozygotie
Homozygotie pour des allles rcessifs dltres expression des
mutations dltres dpression de consanguinit
htrozygotes au
chromosome 2
homozygotes au
chromosome 2
(tir de Hartl & Clark, 1997)
Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
les
les sources
sources de
de la
la variation
variation
La mutation
La recombinaison
La migration
Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
les
les sources
sources de
de la
la variation
variation
La mutation
La recombinaison
La migration
La
La mutation
mutation
Mutation = source fondamentale de variation gntique :
Mutation = changement hrditaire dans le matriel gntique
Mutations gniques: changements dans la squence
nuclotidique: mutations ponctuelles, indels (insertions ou
dltions d'une ou plusieurs paires de bases), transposons
Mutations chromosomiques: rarrangements chromosomiques:
inversions, translocation
Mutations gnomiques: polyplodisations,...
La
La mutation
mutation
Distinguer:
mutation somatique / germinale chez les mtazoaires
mutation neutre: sans impact diffrent sur le phnotype par
rapport aux autres allles prsents au sein d'une classe alllique
(mutation silencieuse, neutre s.s.)
favorable / dltre (dpend des conditions du milieu)
La
La mutation
mutation
Mutation = vnement volutif rare pour un gne donn et un
individu donn :
10-9 10-10 nouvelles mutations par nuclotide
10-4 10-6 nouvelles mutations par copie de gne et par gnration (u =
taux de mutation)
La
La mutation
mutation
Devenir d'une nouvelle mutation:
Frquences allliques
1
limination d'un
alllle mutant
fixation d'un
alllle mutant
0
Temps
La
La mutation
mutation dans
dans une
une population
population finie
finie
Devenir d'une nouvelle mutation neutre:
Frquence initiale dans une pop diplode de taille N: 1/2N
Pour chaque gamte tir:
Probabilit nouvel allle mutant: 1/2N
Probabilit autre allle: 1-(1/2N)
Pour l'ensemble des 2N gamtes tirs N nouveaux zygotes
Probabilit nouvel allle mutant ne soit jamais tir (donc
perdu): loi de Poisson de paramtre =2Nq=1
[1-(1/2N)]2N 1/e = 0.368 (R.A. Fisher, 1930)
forte probabilit de perdre le nouvel allle mutant aprs 1 gnrat
La
La mutation
mutation dans
dans une
une population
population finie
finie
La
La mutation
mutation dans
dans une
une population
population finie
finie
Effet de la drive gntique sur une nouvelle mutation:
Fixation
substitution
(tir de Hartl & Clark, 1997)
Elimination
La
La mutation
mutation dans
dans une
une population
population finie
finie
Devenir d'une mutation et quilibre entre mutation et
drive gntique:
Hypothse fondamentale des drivations prsentes: les
mutations envisages sont slectivement neutres (seule la drive
gntique agit en plus de la mutation)
Thorie neutraliste de l'volution molculaire (Kimura 1968):
fait l'hypothse qu'une grande majorit des polymorphismes
gntiques molculaires rsulte de l'volution par drive
gntique d'allles mutants slectivement neutres
exemple: ADN non codant; 3me position des codons (mutation
synonymes); remplacement d'acides amins hors du site actif d'un
enzyme
La
La mutation
mutation dans
dans une
une grande
grande population
population
Cas des mutations rcurrentes
Soit u le taux de mutation de l'allle A1 vers A2 (10-4-10-6), et v
le taux de mutation reverse (A2 vers A1, gnralement plus
faible, 10-7-10-9)
A la gnration suivante:
pt = pt-1 upt-1 + v(1-pt-1)
On dfinit la pression de mutation comme la diffrence de
frquences alllique due cette force volutive
soit pu = pt- pt-1 et aprs remplacement:
pu = - upt-1 + v(1-pt-1)
La
La mutation
mutation dans
dans une
une grande
grande population
population
pu = - upt-1 + v(1-pt-1)
v
Recherche de l'quilibre: pu = 0 p* =
u+v
-5
-8
-3
Pour u=10 et v=10 , p* = 10 , perte rcurrente de A1
Si pas de mutation reverse: perte totale de A1
Combien de temps?
pt = (1 u ) t p0
Log (1 u )
La
La mutation
mutation
Source continue d'innovation gntique
Introduit un flux de mutations neutres, favorables ou
dltres selon l'environnement
Mais force volutive peu efficace pour un changement des
frquences allliques
Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
les
les sources
sources de
de la
la variation
variation
La mutation
La recombinaison
La migration
La
La recombinaison
recombinaison
La recombinaison gnre de la variation gntique en produisant
diffrentes combinaisons d'allles appartenant des locus
diffrents
La
La recombinaison
recombinaison
Exemple: augmentation de la vitesse d'volution chez les organismes
Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
les
les sources
sources de
de la
la variation
variation
La mutation
La recombinaison
La migration
La
La migration
migration
Migration:
sens strict: mouvement des organismes entre populations
sens large: mouvement des gnes entre populations (flux de gne)
animaux: mouvement des individus, des gamtes en milieu
aquatique
plantes: mouvement des graines et du pollen
La
La migration
migration
Modle de migration: Modle "continentle"
Une grande population dont la composition gntique ne change pas
Une population plus petite qui reoit des migrants chaque
gnration en proportion m = taux de migration, qui viennent y
remplacer une fraction m des gnes de la population
Un locus, 2 allles A et a, en frquences p et q sur le continent, et pi
et qi sur l'le
La
La migration
migration
Effet de la migration dans un modle "continent-le":
Evolution de frquence d'un allle A, de frquence pi dans la population
de l'le
Au temps t, la frquence de A = pit
Probabilit [1 copie de gne tire dans la pop. au temps t allle A]:
copie de gne rsidente: (1-m) pit-1
copie de gne immigrante: mp
pit = p + (1 m)t ( pi 0 p )
limt pit :
La
La migration
migration
Effet de la migration dans un modle "continent-le":
Evolution de frquence d'un allle A, de frquence pi dans la
population de l'le:
t
pit = p + (1 m) ( pi 0 p )
La
La migration
migration
Combien de temps?
( pt p0 ) = (1 m) t ( pi p0 )
Pour diminuer lcart de frquence de A1 de moiti il faut
Log (2)
0.7 gnrations
t=
Log (1 m)
La
La migration
migration
Modle de migration: Modle "en le" (ou "en archipel")
n populations de taille N chacune (taille de pop. totale = n x N)
migration alatoire entre toutes les populations composition
gntique des immigrants (entrant) dans 1 pop. = composition
gntique moyenne dans l'archipel (population totale)
proportion d'individus immigrant dans 1 population par gnration =
m = taux de migration (nombre d'immigrants dans 1 pop.= N x m)
m/2
m/2
La
La migration
migration
Effet de la migration dans un modle "en archipel":
N trs grand drive gntique dans les populations ngligeable
Pour une population donne, la gnration t,
pt = (1 m) pt 1 + mp
o p est la frquence moyenne de A sur l'ensemble de l'archipel
pit = p + (1 m) t ( pi 0 p )
La
La migration
migration
Effet de la migration dans un modle en archipel:
La
La migration
migration
Effet de la migration dans un modle en le:
La
La migration
migration
Patrons de migration:
Nature: migration selon modle en le strict est rarement
observ
Source de migrants souvent parmi les populations les plus
gographiquement proches variations gographiques des
frquences allliques: modle "stepping stone" (Kimura
&Weiss, 1964)
Exemple: formes mlaniques des papillons de nuit
Biston betularia: faibles densits de population migration
sur grandes distances
Gonodontis bidentata: fortes densits de population
migration limite dans l'espace
Modles
Modles de
de structure
structure spatiale
spatiale de
de populations
populations
A.
B.
C.
D.
Continent les
Island model (Wright)
Stepping-stone unidimensionnel (Kimura)
Stepping-stone bidimensionnel (Kimura)
La
La migration
migration
Patrons de migration: Frquence des formes mlaniques
Gonodontis bidentata
Biston betularia
La
La migration
migration
Force volutive efficace car provoque des changements
importants de frquences allliques
Conduit une homognisation des frquences allliques
entre les populations
Maintient la cohsion d'une espce et s'oppose la
diffrenciation (et la spciation)
Effets contradictoire pour l'adaptation
Permet l'arrive locale de diversit gntique
S'oppose la mise en place d'adaptation locale
Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
la
la slection
slection
Les modes de slection
Slection chez les organismes haplodes
Slection chez les organismes diplodes
Equilibre mutation-slection
Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
la
la slection
slection
Les modes de slection
Slection chez les organismes haplodes
Slection chez les organismes diplodes
Equilibre mutation-slection
La
La slection
slection naturelle
naturelle
Formulation de la slection naturelle par Darwin, 1859,
dans "L'origine des Espces":
"Grce cette lutte pour la vie [et pour la reproduction], les variations,
quelque faibles qu'elles soient et de quelque cause qu'elles proviennent,
tendent prserver les individus d'une espce et se transmettent
ordinairement leur descendance, pourvu qu'elles soient utiles ces
individus dans leurs rapports infiniment complexes avec les autres tres
organiss et avec les conditions physiques de la vie.
Les descendants auront, eux aussi, en vertu de ce fait, une plus grande chance
de survivre, car, sur les individus d'une espce quelconque ns
priodiquement, un bien petit nombre peut survivre. J'ai donn ce
principe, en vertu duquel une variation si insignifiante qu'elle soit se
conserve et se perptue, si elle est utile, le nom de slection naturelle, pour
indiquer les rapports de cette slection avec celle que l'homme peut
accomplir."
La
La slection
slection naturelle
naturelle
Formulation moderne de la slection naturelle:
Dans chaque espce, plus de descendants sont produits que ce qui
pourra survivre et se reproduire
Les individus diffrent par leur capacit survivre et se
reproduire, en partie en raison de leurs diffrences
phnotypiques et en relation avec leurs caractristiques
gnotypiques (la relation entre les deux pouvant tre complexe)
A chaque gnration, les phnotypes et donc les gnotypes
favorisant la survie et l'accs la reproduction dans
l'environnement actuel sont sur-reprsents l'ge de reproduction,
et contribuent de faon disproportionne la descendance de la
gnration suivante
La
La slection
slection
Slection naturelle = force volutive changement des
frquences allliques
augmentation en frquence des allles qui amliorent la survie et
la reproduction conduit une meilleure adaptation (locale et
temporaire) des organismes leur environnement (force
principale de l'volution selon la thorie no Darwinienne)
diffrentes populations d'une espce:
environnements trs diffrents diffrenciation gntique des
populations lie diffrentes adaptations (slection divergente),
pouvant mener la spciation
environnements similaires effet homognisant de slection
s'opposant la drive gntique (slection stabilisatrice)
La
La slection
slection
Quantification de l'effet de la slection :
effet sur la survie: viabilits diffrentielles
viabilit = probabilit qu'un individu survive depuis la fcondation
jusqu' l'ge reproducteur
Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
la
la slection
slection
Les modes de slection naturelle
Slection chez les organismes haplodes
Slection chez les organismes diplodes
Equilibre mutation-slection
Slection
Slection chez
chez les
les organismes
organismes haplodes
haplodes
Modle:
espce bactrienne haplode reproduction asexue
un locus deux allles, A et a
Ex: rsistance un antibiotique
Gnotype
Gnration t-1
A
a
Frquence avant slection:
pt-1
qt-1
Valeur slective relative:
w1
w2
Aprs slection:
pt-1w1
qt-1w2
Gnration t:
pt 1w1
qt 1w2
=
=
p
q
Normalisation
t
t
valeur slective moyenne
dans la population
pt 1w1 + qt 1w2
pt 1w1 + qt 1w2
Slection
Slection chez
chez les
les organismes
organismes haplodes
haplodes
Changement des frquences allliques:
frquence de A gnration t : (p' ou pt)
p w
p ' = pt = t 1 1 o w = pt 1w1 + qt 1w2
w
variation de p entre gnration t et gnration t-1:
pression de slection ps = p'-p = pt - pt-1
pq(w1 w2 )
ps =
w
Slection
Slection chez
chez les
les organismes
organismes haplodes
haplodes
En rsum, la pression de slection chez les organismes
haplodes est une pression volutive trs puissante:
1. Elle peut modifier trs rapidement la composition
gntique dune population
2. Un allle ltal sera par exemple limin en une seule
gnration
3. Un allle avantageux (rsistance aux antibiotiques chez
une bactrie) sera trs rapidement fix
4. Cest une pression volutive localement uniformisante:
Pas de polymorphisme attendu localement lquilibre.
Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
la
la slection
slection
Les modes de slection naturelle
Slection chez les organismes haplodes
Slection chez les organismes diplodes
Equilibre mutation-slection
Slection
Slection chez
chez les
les organismes
organismes diplodes
diplodes
Modle:
modle de Hardy-Weinberg avec panmixie pour un locus dialllique
slection agit via les phnotypes sur les 3 gnotypes produits
gnrations discrtes (non chevauchantes)
Gnration t1
Frquence avant slection:
Valeur slective relative:
Aprs slection:
Normalisation
Gnration t:
Frquence alllique
Slection
Slection chez
chez les
les organismes
organismes diplodes
diplodes
Changement des frquences allliques:
frquence de A et de a la gnration t : (p' ou pt, q')
qs = ps
Slection
Slection chez
chez les
les organismes
organismes diplodes
diplodes
Devenir des frquences allliques: il va dpendre du signe
de ps:
Si ps est positif, la frquence de l'allle A augmente (et
celle de a diminue)
Si ps est nul on se trouve un quilibre
Si ps est ngatif, la frquence de A diminue
Il faut analyser la variation de ps pour les diffrents
types de relations d'ordre entre les valeurs slectives
Slection
Slection chez
chez les
les organismes
organismes diplodes
diplodes
Les quatre diffrents types de slection:
Gnotypes
AA Aa aa
1. w11 w12 w22 : slection directionnelle en faveur de A
2. w11 w12 w22: slection directionnelle en faveur de a
3. w11 < w12 > w22 : slection en faveur de l'htrozygote
= superdominance
4. w11 > w12 < w22 : slection contre l'htrozygote
= sous dominance (non trait)
Slection
Slection directionnelle:
directionnelle: exemple
exemple de
de mutants
mutants
chez
chez la
la Drosophile
Drosophile
Phnotype normal
Phnotype curly
Phnotype vestigial
La
La slection
slection directionnelle
directionnelle
pqw12 + q 2 w22
0.667 0.333 0.5 + 0.3332 0
q' = 2
=
2
p w11 + 2 pqw12 + q w22 0.667 2 1 + 2 0.667 0.333 0.5 + 0.3332 0
La
La slection
slection directionnelle
directionnelle
Exemple: mutation "Curly" chez la Drosophile (ailes recourbes)
La
La slection
slection directionnelle
directionnelle
Autre paramtrisation de la dominance et de l'effet slectif d'un
l'allle:
gnotypes
valeurs slectives
cas gnral
AA
Aa
aa
w11
1
w12
1-hs
w22
1-s
1
1
1
1
1-s/2
1-s
1-s
1-s
1-s
La
La slection
slection directionnelle
directionnelle
La frquence des allles la gnration suivante s'crira alors:
p 2 w11 + pqw12
p 2 + pq(1 hs )
p (1 qhs )
p' =
=
=
2
w
(1 2 pqhs q s ) (1 2 pqhs q 2 s )
Slection
Slection directionnelle
directionnelle
Slection directionnelle positive: effet de la dominance de
l'allle favorable: ps est toujours positif
(co-dominance)
La
La slection
slection directionnelle
directionnelle
Effet de l'intensit de la slection:
AA Aa
aa
La
La slection
slection directionnelle
directionnelle
frquence de lallle avantageux
s = 0.05
0.1
0.01
0
s = 0.01
50
100
150
200
gnrations
La
La slection
slection directionnelle
directionnelle
Cas des maladies gntiques rcessives
Ex: mucoviscidose:
dominance de l'allle m est nulle: h=0,
l'allle m est ltal: s=1
Gnotypes
valeurs slectives
p 2 + pq
pq
p' = 2
, q' = 2
p + 2 pq
p + 2 pq
q
1
p' =
, q' =
1+ q
1+ q
q2
qs =
q 2
1+ q
MM Mm mm
w11
1
w12
1
w22
0
La
La slection
slection directionnelle
directionnelle
Frquence de l'allle aprs g gnrations
q
q' =
1+ q
q0
qg =
1 + gq0
Pour diminuer la frquence de moiti , il faut un nombre de gnrations
gal
1 1
1
g=
, soit pour q g = q0 / 2, g =
q g q0
q0
Ex: pour que la frquence de l'allle m passe de 0.02 0.01, il faut 50
gnrations, soit environ 1 000 ans chez l'homme!
Ensuite pour passer de 0.01 0.005, il faudra 100 gnrations soit environ
2 000 ans!
La
La slection
slection directionnelle
directionnelle
En rsum, la slection directionnelle chez les organismes diplodes
est une pression volutive trs efficace:
Elle provoque des changements importants de frquences
allliques
Elle conduit terme la fixation des allles avantageux et la
disparition des allles dfavorables: pas de polymorphisme
attendu lquilibre
Elle est trs efficace face des allles codominants
Mais:
Les allles rcessifs sont trs lentement, voire jamais,
limins
Rciproquement, un allle dominant avantageux mettra de trs
nombreuses gnrations pour tre fix, en ralit jamais
totalement
Avantage
Avantage des
des htrozygotes:
htrozygotes: superdominance
superdominance
Slection en faveur des htrozygotes ou superdominance:
gnotypes
valeurs slectives
superdominance
AA
Aa
aa
w11
1s
w12
1
w22
1t
t
s
ps = 0 p =
, q =
s+t
s+t
Un quilibre polymorphe est possible!
Avantage
Avantage des
des htrozygotes:
htrozygotes: superdominance
superdominance
Slection en faveur des htrozygotes ou superdominance:
gnotypes
superdominance
Exemple:
s = 0.1
t = 0.2
t
p =
= 0.667
s+t
Equilibre stable car indpendant
du point de dpart
AA
Aa
aa
1s
1t
Avantage
Avantage des
des htrozygotes:
htrozygotes: superdominance
superdominance
Slection en faveur des htrozygotes ou superdominance:
Exemple: Anmie cellules falciformes
Rpartition des frquences de l'allle S
Variant gntique de la chane
hmoglobine expression rcessive
(allle mutant S):
individu SS
individu AA ou AS
>0.14
<0.02
Avantage
Avantage des
des htrozygotes:
htrozygotes: superdominance
superdominance
Slection en faveur des htrozygotes ou superdominance:
Exemple: Anmie cellules falciformes
Les htrozygotes sont plus rsistants face au parasite
Plasmodium falciparum, agent du paludisme (ou malaria), dans
les rgions o svit la maladie
Leur valeur slective est donc la plus leve
Dans les rgions sans Plasmodium, lanmie falciforme est une
maladie rcessive fortement dltre
La frquence de lallle S y est trs faibles (qqs pour mille)
Avantage
Avantage des
des htrozygotes:
htrozygotes: superdominance
superdominance
Slection en faveur des htrozygotes ou superdominance:
Exemple: Anmie cellules falciformes
gnotypes
superdominance
AA
AS
SS
1s
1t
Avantage
Avantage des
des htrozygotes:
htrozygotes: superdominance
superdominance
Cas de la mucoviscidose:
La frquence de l'allle m est actuellement d'environ 2% en
Europe: pourquoi une frquence si leve ?
Hypothse: protection des htrozygotes durant les grandes
pidmies de cholra
Valeur slective estime des homozygotes normaux:
q
0.02
s=
t=
1 0.02
1 q
0.98
wMM = 0.98, wMm = 1, wmm = 0
Un trs faible cart de valeur slective suffit pour faire
augmenter la frquence de l'allle ltal: difficile dmontrer!
Avantage
Avantage des
des htrozygotes:
htrozygotes: superdominance
superdominance
En conclusion:
Maintien de 2 allles en un polymorphisme stable
(balanc)
Permet l'augmentation en frquence d'allles ltaux
chez les homozygotes (drpanocytose,
mucoviscidose?,)
Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
la
la slection
slection naturelle
naturelle
Les modes de slection naturelle
Slection chez les organismes haplodes
Slection chez les organismes diplodes
Equilibre mutation-slection
Equilibre
Equilibre mutation-slection
mutation-slection
Equilibre
Equilibre mutation-slection
mutation-slection
Modle: 1 locus 2 allles: A (normal) et a (mutant
dltre)
pq(1 hs ) + q 2 (1 s )
Sans mutation: q ' =
w
pqs[ ph + q (1 h)]
qs =
(1 2 pqhs q 2 s )
Pression de mutation rcurrente: Aa avec taux de
mutation = u, en ngligeant la mutation rverse
qu = up
Equilibre
Equilibre mutation-slection
mutation-slection
Les deux forces ont un effet oppos sur les frquences
allliques: l'quilibre on aura
qs + qu = 0
pqs[ ph + q (1 h)]
= up
2
(1 2 pqhs q s )
Equilibre
Equilibre mutation-slection
mutation-slection
Cas d'un allle dltre entirement rcessif
gnotypes
a entirement rcessif: h = 0
AA
1
1
Aa
1-hs
1
aa
1-s
1-s
sq 2 p
L' expression gnrale se simplifie :
= up
2
(1 q s )
Si q est petit devant p, l' expression se simplifie encore pour donner
sq 2 u et q u s
Ex: Galactosmie, incidence 1/40 000, q = 5.10-3, s = 1, u = 2.5 10-5
Equilibre
Equilibre mutation-slection
mutation-slection
Modle 1 locus 2 allles: A (normal) et a (mutant dltre)
gnotypes
cas gnral
AA
1
Aa
1-hs
aa
1-s
1-hs
1-s
0.81
Equilibre
Equilibre mutation-slection
mutation-slection
a partiellement rcessif: 0<h<0.5
q = u (hs )
Dpression de consanguinit
accumulation d'allles
Faiblement dltres trs
rcessifs!
Equilibre
Equilibre mutation-slection
mutation-slection
En conclusion:
Le fardeau gntique des populations (prsence de
mutation effet dfavorable) dpend de la dominance des
allles et de leur effet dltre
Les allles rcessifs modrment dltres (hs < 0.02) sont
trs facilement cachs dans le gnome des espces
allogames forte hrtozygotie
Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
la
la drive
drive gntique
gntique
Effet de la drive gntique sur la diversit
gntique intra-population
Effet de la drive gntique sur la diffrenciation
gntique inter-populations
Temps de fixation et temps d'limination par
drive gntique d'un allle neutre
Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
la
la drive
drive gntique
gntique
Effet de la drive gntique sur la diversit
gntique intra-population
Effet de la drive gntique sur la diffrenciation
gntique inter-populations
Temps de fixation et temps d'limination par
drive gntique d'un allle neutre
Drive
Drive gntique:
gntique: chantillonnage
chantillonnage alatoire
alatoire des
des gamtes
gamtes
Gnration parentale
Gnration
Frquence allle
0.50
0.50
0.60
0.60
0.80
Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la diversit
diversit
gntique
gntique intra-population
intra-population
Fixation
N = 10
Frquence alllique
1.0
0.8
0.6
0.4
0.2
0.0
0
10
20
Gnration
30
40
Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la diversit
diversit
gntique
gntique intra-population
intra-population
Modle:
Un locus, 2 allles A et a
Panmixie
La fluctuation des frquences allliques est assimilable au
rsultat d'un chantillonnage de 2N gamtes chaque
gnration
La loi de probabilit associe est la loi binomiale
B(2N, p), E[X] = p, V[X] = pq/2N
Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la diversit
diversit
gntique
gntique intra-population
intra-population
Influence de la taille de la population sur drive gntique
Frq.
allliq.
2N = 18
Frq.
allliq.
Gnrations
2N = 100
Gnrations
Drive
Drive et
et fixation
fixation des
des mutations
mutations
Effet de la drive gntique sur une nouvelle mutation:
Fixation
Elimination
Drive
Drive et
et fixation
fixation des
des mutations
mutations
Effet de la drive gntique sur une nouvelle mutation:
6.1.
6.1. Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la diversit
diversit
gntique
gntique intra-population
intra-population
Drive gntique cart p/r frquences 50/50
aa
Aa
La diversit gntique
est maximale
quand p=q=0.5
frquence de lallle a
6.1.
6.1. Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la diversit
diversit
gntique
gntique intra-population
intra-population
2 manires de produire un zygote homozygote:
tirage de 2 gamtes provenant de
la mme copie de gne
Prob. = 1/2N
tirage de 2 gamtes provenant de
2 copies de gne diffrentes
mais ayant le mme allle
Prob. = [1-(1/2N)] x ft-1
(f t-1= prob(2 copies gne =
identiques dans pop. parentale)
6.1.
6.1. Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la diversit
diversit
gntique
gntique intra-population
intra-population
Drive gntique diversit gntique intra-population
Variation de l'homozygotie entre 2 gnrations (t-1 et t):
ft = (1/2N) + [1-(1/2N)] ft-1
or Ht = 1-ft
H t = 1
H t 1
2N
ft
6.1.
6.1. Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la diversit
diversit
gntique
gntique intra-population
intra-population
Drive gntique diversit gntique intra-population
1
Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
la
la drive
drive gntique
gntique
Effet de la drive gntique sur la diversit
gntique intra-population
Effet de la drive gntique sur la diffrenciation
gntique inter-populations
Temps de fixation et temps d'limination par
drive gntique d'un allle neutre
Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la
diffrenciation
diffrenciation gntique
gntique inter-populations
inter-populations
Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la
diffrenciation
diffrenciation gntique
gntique inter-populations
inter-populations
Temps
Temps de
de fixation
fixation et
et temps
temps d'limination
d'limination par
par drive
drive
gntique
gntique d'un
d'un allle
allle neutre
neutre
Frquences allliques
fixation d'un
alllle mutant
limination d'un
alllle mutant
0
Temps
La
La drive
drive gntique
gntique
Temps
Tempsde
defixation
fixationd'un
d'unallle
allleslectionn
slectionn
Frquences allliques
limination d'un
alllle mutant favorable
Temps
Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la diversit
diversit
gntique
gntique intra-population
intra-population
Drive gntique: fluctuations alatoires des frquences
allliques rsultant d'un l'chantillonnage des gnes parmi les
gamtes
processus important dans les petites populations
force volutive car changement des frquences allliques
fixation alatoire d'un allle prsent initialement