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Physiologie bactrienne
applique
lidentification
!bactries
procaryotes
2 groupes taxonomiques
eubactries
arches
Sophie Bleves
bleves@imm.cnrs.fr
Microscopie optique
Etat frais
Fixation + Coloration
Bleu de mthylne
Acinetobacter
E. coli
coques
bacilles
Coloration de Gram
sprirales
paisse couche de PG
Peptidoglycane:
rseau
de
longues chanes polysaccharides
pontes par peptides
sphriques
btonnets
fuseau
incurves
Coloration de Gram
paisse couche de PG
Gram Mb externe
(bicouche asymtrique
phospholipides et LPS)
Peptidoglycane
Membrane plasmique
(bicouche symtrique de
phospholipides)
Priplasme
ou Mb interne
Gram +
Autres colorations
Coloration spores
(vert de malachite, contre
coloration fushine)
Bacillus thuringiensis
Microscopie lectronique
Coloration flagellaire
(Leifson, fuschine basique)
Vibrio
Identification de bactries
Identification de bactries
Echantillon
Enrichissement
Isolement
Identification
(culture pure)
4C
37C
60C
Serratia marcescens
E. coli
Bacillus stearothermophilus
Thermophiles
Msophiles
Extrmophiles
Pshycrophiles
S. aureus
(Chapman)
Antibiogramme
(inhibition croissance)
test urase!:
Production NH3 --> "pH (indicateur
color, rouge de phnol)
Utilisation du Lactose
MacConkey utilisation --> "pH
(indicateur color, rouge neutre)
E. coli -
Bacillus +
Alcaligenes -
E. coli -
Fermentation Production H2 -
+-
Proteus vulgaris +
S. aureus +
Effet de loxygne
+ O2
+ O2
Effet de lO2
Exemples
Arobie strict
(1)
Pseudomonas, Acinetobacter,
Neisseria
Microarophile
(3)
Aro-anarobie
facultatif (2)
+-
Campylobacter, Mycobacteriaceae
Entrobactries (Escherichia,
Salmonella), streptocoques,
Anarobie
arotolrant
Anarobie
strict (4)
staphylocoques
Systmes automatiss
plus sensibles
mesures photomtriques en continu
--> identification des principales bactries isoles en pratique mdicale en moins de 5 h
Identification de bactries
Echantillon
Enrichissement
Isolement
caractres morphologiques
caractres physiologiques et mtaboliques
caractristiques molculaires :
- composition en bases des AN (GC%)
- amplification-squenage gne codant ARN16S
(phylognie molculaire : appareils de traduction sont
trs conservs, non changs par transferts
horizontaux)
- comparaison de protines (squenage, Ac)
Identification
sur culture pure
GG+
Oxydase (+ ou -)
Coagulase (+ ou -)
12 groupes de bactries
Indole (+ ou -)
Utilisation des sucres (fermentation on non)
Thiobacillus
Agrobacterium
Desulfovibrio
Enterobacteria
Pseudomonads
Helicobacter
Gram +
GramProteobacteria
En amas : Staphylocoques
(grappe de raisins)
Gram +
Coques Gram +
Commensaux (peau, muqueuses, tube digestif)
En chanettes: Streptocoques, entrocoques
Staphylococcus aureus
(supuration, septicmie)
En diplocoques: Pneumocoques
Streptococcus pyogenes
(angine, scarlatine)
Streptococcus pneumoniae
(otite, pneumonie, mningite)
Bacilles Gram +
Listeria monocytogenes
Gram -
(mningite, avortement)
Clostridium difficile
(diarre post antibiotique)
Bacillus anthracis
(maladie du charbon,
herbivores transmissible
lhomme)
Coques Gram -
Gram -
Entrobactries
Bacilles Gram -
Pseudomonas aeruginosa
Burkholderia
Pathognes opportunistes
(infections nosocomiales et
mucoviscidose)
Mycobactries
Bacilles acido-alcoolo rsistants ou BAAR
Gram impossible --> coloration : Ziehl Nielsen
Spirochtes
Treponema pallidum (syphilis)
Mycoplasma pneumoniae
Chlamydia pneumoniae
Chlamydia trachomatis (MST)
Rickettsia conorii (fivre boutonneuse-tiques-)
Rickettsia typhi (typhus -puces et poux)
Bartonella henselae: maladie des griffes du chat