A Embrapa desenvolveu um programa para a identificao e retirada de vetores

. Alm disso recupera e envia sequncias similares dos bancos de dados. SisGen. VecS
creen tambm uma opo e est disponvel no site do NCBI.
Blast o programa de busca de similaridades mais conhecido, disponvel no d
omnio do NCBI e existente em cinco formas bsicas.
- nucleotide blast: faz a busca no banco de dados de sequencias de nucleotdeos com
o nucleotdeo desconhecido;
- protein blast: faz a busca no banco de dados de protenas usando a protena em que
sto.
- blastx: busca na database de protenas usando uma sequncia de nucleotdeos traduzid
a
- tblastn: busca a sequncia traduzida atravs da protena
- tblastx: busca de similaridade entre sequncias traduzidas
Na pesquisa mais comum, com o nucleotide blast, normal aparecer mltiplas
sequncias ou a situao inversa em que no aparecem similaridades. Geralmente tambm um
a parte da sequncia apresenta similaridade com outras provenientes dos bancos de
dados. Isso indica domnios conservados entre famlias gnicas ou origem evolutiva com
um.
Identificada a similaridade, anota-se as bases de incio e fim assim como
sua funo hipottica.
O Blast ainda capaz de identificar e recuperar fases abertas de leitura
(ORF-open reading frame), que mostra os peptdeos que poderiam ser codificados pe
lo segmento se a regio correspondesse a um gene. Uso do ORF finder no site do NCB
I.
Caso no hajam similaridades encontradas que ajudem no reconhecimento da f
uno biolgica da sequncia, outros programas de bioinformtica podem ser usados, eles id
entificaro outras informaes que podem ajudar.
Exemplos dessas informaes so os consensos ativadores ou repressores da tran
scrio, que se localizam na regio promotora.
Signal scan: pode caracterizar essas regies promotoras. Ajuda o biolgo mol
ecular a determinar que fator de transcrio eucaritico existe na sequncia sob investi
gao. Mais til pra identificar sequncias em mamferos devido a ter mais informaoes para
esse grupo. Elementos no encontrados em sua database podem ser adicionados. Usa t
anto elementos de sequncia de caracterizao bioquimica, tanto quanto elementos deriv
ados de sequncia consenso.
Usa: TFD: The transcription factors database.
TRANSFAC:dados de fatores de transcrio, sequncias consenso e alguns genes regulador
es.
PLACE: banco de dados de sequncias reguladoras do DNA de plantas vasculares.
H ainda programas que podem fazer anlise estrutural, como calcular a curvatura da
sequncia estudada e seu dobramento.
Bend.it: prediz a curvatura das sequncias de DNA
Model.it: constroi uma mlecula de DNA em 3D
Aps finalizadas as anotaes, as sequncias caracterizadas podem ser enviadas aos banco
s de DNA ou protenas a forma de envio e o depsito depende de cada banco de dados.
Essas informaes podem ser ainda atualizadas, entretanto apenas pelo usurio o qual a
s primeiro depositou.
FORMATOS:
- GenBank: aqruivos neste formato apresentam anotaes detalhadas com observaes do dep
ositante. Isso facilita ligar os dados informaes complementares, como bibliografia
.

- FASTA: disponibiliza a sequncia sem anotaes extras, muito utilizada para uso em p
rogramas de bioinfrmatica, como no processo de desenho de primers para a amplific
ao de regies especficas do genoma.