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MORELIA
DEPARTAMENTO DE INGENIERIA BIOQUIMICA
ANLISIS INSTRUMENTAL
TRABAJO DE UNIDAD
REGLAS DE FRAGMENTACIN
INDICE
INDRODUCCIN
1. EL ESPECTRMETRO DE MASAS
2. REGLAS DE FRAGMENTACIN
2.1. Ruptura alqulica
2.2. Ruptura olefnica
2.3. Ruptura allica
2.4. Ruptura benclica
2.5. Ruptura en con formacin de in onio
2.6. Ruptura heteroltica inducida por heterotomos
2.7. Ruptura de retro-Diels Alder (RDA)
2.8. Reordenamiento de hidrgeno en posicin inducido por dobles enlaces y heterotomos (Reordenamiento de McLafferty)
2.9. Transposicin radiclica (ciclohexanona)
2.10. Transposicin de hidrgeno a travs de un estado de transicin de 4 miembros.
2.11. Retroadicin 1,4 (Efecto orto)
3. FRAGMENTACIONES MS USUALES DE LAS DISTINTAS FUNCIONES ORGANICAS
3.1.
Hidrocarburos saturados
3.2.
Hidrocarburos insaturados
3.3.
Hidrocarburos aromticos
3.4.
Alcoholes
3.5.
teres y acetales
3.6.
Aldehdos y cetonas
3.6.1. Aldehdos
3.6.2. Cetonas
3.7.
cidos Carboxlicos y steres
3.7.1. cidos Carboxlicos
3.7.2. steres
3.8. Amidas
INTRODUCCIN
La Espectrometra de Masas es una poderosa tcnica micro-analtica usada para identificar compuestos
desconocidos, para cuantificar compuestos conocidos, y para elucidar la estructura y propiedades qumicas
de molculas. La deteccin de compuestos puede ser llevada a cabo con cantidades realmente pequeas
(algunos pmoles) de muestra y obtener informacin caracterstica como el peso y algunas veces la
estructura del analito.
En todos los casos, alguna forma de energa es transferida a las molculas a analizar para afectar la
ionizacin. En la tcnica clsica de impacto electrnico (electron ionization EI), algunas de las molculas
ionizadas del analito explotan en una variedad de fragmentos ionizados, el patrn de fragmentacin
resultante as como los iones residuales constituyen el espectro de masas. En principio, el espectro de
masas de cada compuesto es nico y puede ser usado como se huella qumica para caracterizar el
analito.
El proceso de anlisis por espectrometra de masas comienza en llevar el compuesto a analizar a fase
gaseosa, la muestra debe tener una presin de vapor de que 10-2 mmHg, debido a que las molculas
deben migrar por difusin desde el sistema de entrada hacia la cmara de ionizacin. Las muestras
pueden ser introducidas al espectrmetro de masas usando una sonda directa o por entrada en lote
(batch) para slidos puros o lquidos voltiles. Analitos purificados por diferentes tcnicas de separacin
(cromatografa de gases, cromatografa de lquidos, electroforesis capilar, etc.) pueden entrar al
espectrmetro de masas tan pronto como vayan saliendo. Ya que las molculas neutras difunden en forma
aleatoria por la fuente de ionizacin, solo una porcin es ionizada. El proceso de ionizacin ms comn en
anlisis en fase gaseosa es el de ionizacin electrnica (EI), en el cual se transfiere energa a la molcula
neutra en estado de vapor, dndole suficiente energa para expulsar uno de sus electrones y de ese modo
tener una carga residual positiva. Este proceso produce un ion con carga positiva y un electrn suelto. La
molcula ionizada puede tener energa excesiva que puede ser disipada a travs de la fragmentacin de
ciertos enlaces qumicos. El rompimiento de varios enlaces qumicos permite la produccin de fragmentos
de ion cuya masa es igual a la suma de las masas atmicas de un grupo de tomos que retienen la carga
positiva durante el proceso de fragmentacin.
Para compuestos no voltiles, iones de la molcula intacta son producidos al pasar la solucin por un
campo elctrico (electrospray ionization) o por bombardeo de partculas (fast atom bombardment) o por
interaccin con especies fotoexcitadas (matrix-assisted laser desorption). Despus de producir los iones, el
siguiente paso es su anlisis en el analizador de iones de acuerdo a su relacin masa/carga (m/z). Los
iones tienen una carga elctrica que les permite ser controlados por campos elctricos; son separados por
su valor m/z en el analizador de masas. Existen diferentes tipos de analizadores de masas: magnticos, de
cuadrupolo, trampa de iones cuadrupolo, trampa de iones magntica, o tiempo de vuelo (time-of-flight).
Los iones son analizados de acuerdo a su abundancia a lo largo de la escala m/z. Durante el proceso de
adquisicin de datos provenientes del detector, los datos pueden ser organizados en forma tabular o en
formato de grfica de barras para dar finalmente el espectro de masas de la muestra analizada.
1. EL ESPECTRMETRO DE MASAS
Un Espectrmetro de Masas es un instrumento que mide las masas de molculas individuales que han
sido convertidas en iones. Un espectrmetro de masas no mide la masa molecular directamente, pero mide
la relacin masa/carga de los iones formados de las molculas. Los espectrmetros de masas tienen siete
componentes mayores: un sistema de entrada, una fuente de iones, un analizador de masas, un detector,
un sistema de vaco, un sistema de control y un sistema de datos. El sistema de entrada, junto con la
fuente de iones y el tipo de analizador de masas definen el tipo de espectrmetro y las capacidades del
sistema.
Los instrumentos usados estn compuestos de una combinacin de sistemas de entrada, fuentes de iones,
y analizadores de masas (Tabla 1).
Los procesos bsicos asociados con la espectrometra de masas abarcan desde la generacin de iones en
fase gaseosa de un analito, y la medicin de las relaciones masa/carga (m/z) de estos iones. La formacin
de iones de la muestra en fase gaseosa es un pre-requisito esencial en el proceso del espectrmetro de
masas en el proceso de verificacin de masas moleculares o anlisis. Aunque los primeros espectrmetros
de masas requeran que la muestra estuviera en forma gaseosa, nuevos desarrollos han permitido incluir
muestras en soluciones lquidas o en una matriz slida. Dependiendo del tipo de entrada y tcnica de
ionizacin usada, la muestra puede ya estar en forma de iones en solucin, o puede ser ionizada en
conjunto con su volatilizacin por otros mtodos en la fuente de iones.
Algunas desventajas del uso de iones en fase gaseosa es la dificultad de generacin de los iones y
colocarlos en la fase gaseosa, adems de la complejidad de los instrumentos utilizados en este tipo de
experimentos. El desarrollo de la ionizacin por electrospray y MALDI han aportado dos importantes
mtodos para la produccin de iones de pptidos y protenas en fase gaseosa. Otra consecuencia de la
complejidad de los instrumentos es el alto precio de tales instrumentos en trminos su adquisicin y
costos de mantenimiento. Sin embargo, en general y considerando la sofisticacin, productividad y
reproducibilidad de los experimentos desarrollados, se puede justificar que el costo de la espectrometra
de masas es proporcional con los costos asociados con otros componentes en los proyectos de investigacin
que requieren este tipo de anlisis.
2. REGLAS DE FRAGMENTACIN
Las reglas de fragmentacin estn basadas en la estabilidad de iones y fragmentos neutros. Esta
estabilidad puede racionalizarse, como hemos visto anteriormente, sobre la base de los conceptos de la
Qumica Orgnica. As por ejemplo est favorecida la formacin de un in estabilizado por deslocalizacin
de la carga y/o cuando hay prdida simultnea de un fragmento neutro estable. A tales efectos ya se ha
destacado la abundancia de fragmentaciones con prdida de pequeas molculas neutras estables en los
espectros de masas-EI. Es frecuente la prdida de CO, CO2, H2O, C2H4, C2H2, HCN, HCl, HBr, NH3,
cetena (CH2=C=O), H2S y las molculas radicales NO y NO2. Tambin debemos tener en cuenta la
estabilidad relativa de los radicales:
En cadenas alifticas se rompen preferentemente los enlaces C-C en especial en los puntos de
ramificacin, dando lugar a iones fragmentos de mayor estabilidad (iones carbonio terciarios ms estables
que los secundarios y stos ms que los primarios).
.
2.2. Ruptura olefnica
Este tipo de ruptura corresponde a una fragmentacin secundaria a partir de un carbocatin. Desde el
punto de vista de la estabilizacin es determinante la formacin de una molcula pequea estable de
olefina.
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Los enlaces dobles favorecen la escisin homoltica de los enlaces en posicin para formar iones arlicos,
estabilizados por deslocalizacin de la carga.
La presencia de un anillo aromtico induce la ruptura de los enlaces simples en posicin que conducen a
la formacin de un in benclico, estabilizado por deslocalizacin de la carga. Se ha encontrado que este
in se isomeriza rpidamente a in tropilio.
2.4. Ruptura benclica
La presencia de un anillo aromtico induce la ruptura de los enlaces simples en posicin que
conducen a la formacin de un in benclico, estabilizado por deslocalizacin de la carga. Se ha
encontrado que este in se isomeriza rpidamente a in tropilio.
2.5. Ruptura en con formacin de in onio
Los heterotomos con capacidad de actuar como donores electrnicos favorecen la ruptura de los enlaces
en posicin con formacin de iones con nuevos enlaces:
El in molecular se formula como debido a la prdida de un electrn de un par libre del heterotomo X,
crendose un centro inductor de fragmentaciones. La tendencia a formar los iones onio depende de la
capacidad de X para actuar como donor. Este tipo de fragmentacin predomina en las aminas y es muy
dbil en los haluros de alquilo.
Cuando los heterotomos se encuentran formando enlaces dobles la ruptura hemoltica en posicin es
tambin prominente:
Los heterotomos con pares electrnicos libres poco bsicos y dbil tendencia a compartirlos presentan la
ruptura heteroltica directa (tpica de los derivados halogenados). La tendencia a esta ruptura heteroltica
es inversamente proporcional a la de la ruptura homoltica:
X = Hal > X = OR > X = SR > X =NR2
Esta fragmentacin equivale a la ruptura de dos enlaces sencillos alicclicos. Resulta significativa por
originar fragmentos inicos pares a partir del in molecular. Esta retrorreaccin de Diels-Alder es tpica
de dobles enlaces en ciclos (ciclohexenos y tetralinas). Los sustituyentes en 1, 2, 3, 6 se observan en los
residuos butadinicos y aquellos en 4, 5 en los residuos etilnicos pudindose diferenciar los mismos por
EM.
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Los hidrocarburos saturados alicclicos suelen presentar un pico molecular intenso. Suelen ser
espectros complejos en los que suelen predominar las perdidas de etileno (M-28) y la perdida de
la cadena lateral (caso de existir).
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3.4. Alcoholes
Los alcoholes primarios y secundarios suelen presentar un dbil pico del in molecular, los terciarios no lo
suelen presentar. En cuanto a los procesos de fragmentacin mas frecuentes suelen ser: la deshidratacin
(M-18) y la rotura de un enlace en el carbono que soporta al grupo -OH (dando lugar a iones del tipo:
R2C+--OH estabilizados por resonancia por el oxigeno: CH2OH de (m/e 31) en el caso de los alcoholes
primarios). Los alcoholes benclicos suelen dan un intenso pico de in molecular, pudiendo dar el M-1
(hidroxitropilio) y/o el M-18 por efecto orto.
Fig. 19 EM de n-butanol.
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Normalmente ocurren los dos mecanismos de fragmentacin, si bien est favorecida la eliminacin del
grupo de mayor dimensin. En el caso del ter sec-butlico, el fragmento de masa 73 Th sufre
transposicin de hidrgeno, para dar lugar al pico base del espectro de masas:
En los teres puede ocurrir la ruptura heteroltica del enlace C O, retenindose la carga en el fragmento
alqulico:
Este tipo de ruptura constituye una diferencia notable respecto a los espectros de masas de los alcoholes y
es consecuencia de la mayor estabilidad de los radicales (RO+) respecto a los radicales (OH+).
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Los teres aromticos originan picos moleculares fuertes. Algunas fragmentaciones son similares a las
que ocurren en los teres alifticos. As:
Los caractersticos picos aromticos en m/z = 78 y 77 en el espectro de masas del anisol pueden surgir de
acuerdo con el mecanismo siguiente:
Los aldehdos y las cetonas sufren la prdida de un electrn perteneciente a uno de los pares libres del tomo de
oxgeno del grupo carbonilo y el in molecular que se origina de esa forma puede fragmentarse bien a travs de la
ruptura homoltica en alfa:
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o bien por la va de un reordenamiento del tipo McLafferty cuando existe un hidrgeno en posicin que pueda
migrar:
Estos mecanismos se encuentran entre los ms importantes en los compuestos que poseen grupos
carbonilos.
3.6.1 Aldehdos
El pico correspondiente al ion molecular es intenso en los aldehdos aromticos debido a la estabilizacin por resonancia
del ion molecular, mientras que esa intensidad decrece rpidamente en los aldehdos alifticos con ms de cuatro
tomos de carbono en sus estructuras. Tambin es usualmente intenso el pico en M - 1 , que se debe a la ruptura
homoltica:
Los aldehdos generalmente dan lugar a un pico intenso en m/z = 29 (H- C OP+ P) debido a la ruptura
homoltica en alfa del enlace C-C (FB5B) . No obstante, en el caso de aldehdos de cadena larga la
intensidad de este pico es aproximadamente el 40% de la correspondiente al pico base, que se encuentra
en M-29 y que tiene su origen en la ruptura heteroltica siguiente :
Este tipo de ruptura heteroltica tambin es comn en algunos compuestos aromticos en los cuales la
estabilizacin por resonancia del in resultante hace que muchas veces el pico en M - 29 sea el base en el
espectro de masas. En el caso de aldehdos con cuatro o ms
tomos de carbono en una cadena recta, ocurre un
reordenamiento de McLafferty que da origen a los picos en m/z
= 44 o 58 o 72 en dependencia del sustituyente en el tomo de
carbono de la cadena:
Fig. 31 Resonancia del in.
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Fig. 32 EM de un aldehdo.
3.6.2 Cetonas
El pico del in molecular de las cetonas es usualmente muy intenso. La ruptura homoltica en alfa
produce iones muy estables que originan picos con m/z = 43, 57, 71,......, dependiendo de los sustituyentes
R y R':
El pico base se origina por la prdida del grupo alqulico mayor. Con mucha menor probabilidad puede
ocurrir una ruptura heteroltica que da lugar a un pico en uno de los valores de m/z siguientes: 15; 29; 43;
57 de acuerdo con:
Cuando una de las cadenas alqulicas enlazadas al grupo carbonilo tiene tres o ms tomos de carbono,
ocurre el reordenamiento de McLafferty, que da picos principales en m/z = 58, 72, 86,...:
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En el caso de las cetonas cclicas, el pico del ion molecular es prominente . Al igual que en las cetonas
alifticas, la ruptura homoltica en alfa es el paso inicial, pero el in as formado tiene que sufrir rupturas
posteriores para producir fragmentos. La fragmentacin que ocurre en la ciclohexanona (RB2B) es un
ejemplo ilustrativo:
Fig. 38 EM de la isoforona.
3.7.2. steres
En el caso de los steres (COOR), los picos originados por fragmentaciones que se inician mediante la
ruptura de los enlaces en que participa el tomo de carbono del grupo carbonilo son: m/z 29, 43, 57,
71... (R+); m/z 59; 73; 87; ... (P+PO C- OR); m/z 31; 45; 59; (P+POR) y m/z 59; 73; 71.. (C O). El pico
del in molecular de los steres metlicos de cidos aromticos es intenso. El pico base de los espectros de
masas es el resultado de la eliminacin de P.POR. La prdida de P.PCOOR conduce a otro pico
prominente en el espectro. En el caso de los steres metlicos, esos picos se encuentran en m/z M-31 y M 59 respectivamente.
En aquellos steres aromticos donde la longitud del sustituyente alqulico es grande, resultan
importantes tres mecanismos de fragmentacin:
a) Reordenamiento de McLafferty:
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Los benzoatos orto-sustuidos apropiadamente eliminan ROH a travs del efecto orto, mediante un
mecanismo anlogo al descrito para los cidos aromticos. As, por ejemplo, el pico base del espectro de
masas del salicilato de metilo se encuentra en m/z 120 y los iones que lo origina pierden CO para dar un
pico intenso en m/z 92.
3.8. Amidas
Al igual que en el caso de otros grupos funcionales donde existen hetero-tomos con pares de electrones
libres, en las aminas el proceso de ionizacin inicial ocurre mediante la prdida de un electrn por parte
del tomo de nitrgeno. En general, las fragmentaciones que ocurren en las aminas son similares a las
descritas para los alcoholes. No obstante, la menor electronegatividad del tomo de nitrgeno respecto al
tomo de oxgeno hace que la energa de ionizacin de las aminas sea menor que la de los alcoholes
correspondientes y adems que la estabilizacin del fragmento inico originado en la ionizacin inicial
resulte ms estable en las aminas que en los alcoholes.
La fragmentacin ms importante es la ruptura del enlace C - C prximo al tomo de nitrgeno:
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BBPB
Cuando R'= CH3 , en el espectro de masas aparece un pico ms intenso en m/z = 44 y si R' = H aparece un pico menos
intenso en m/z 30. Por esta causa la presencia de un pico de elevada intensidad en m/z = 30 en el espectro de masas de
unsa sustancia es una fuerte evidencia en favor de que se trata de una amina primaria, pero no un criterio definitivo en ese
sentido. En las Figuras 4.69 y 4.70 se muestran los espectros de masas de aminas primaria y secundaria.
Fig.47 EM de la 3metil-butilamina.
Fig.48 EM de la isobutil-metilamina.
En los espectros de masas de muchas aminas aromticas de baja masa molecular se puede observar un
pico de moderada intensidad en M -1 debido a la prdida de un tomo de hidrgeno:
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Algo similar ocurre en el caso de las aminas aromticas, en las cuales el pico del ion molecular resulta
muy intenso como es de esperar.
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