Professional Documents
Culture Documents
Ribonukleosida Deoksiribonukleosida
Adenosin
Deoksiadenosin
Guanosin
Deoksiguanosin
Uridin
Deoksiuridin
Sitidin
Deoksistidin
Ribotimidin
Deoksitimidin/ timidin
Tabel 1. Tabel Nama Nukleosida
Ribonukleosidase 5-fosfat
Adenosin 5-monofosfat
Asam 5-adenilat, AMP
Guanosin 5-monofosfat
Asam guanilat, GMP
Sitidin 5-monofosfat
Asam 5-sitidilat, CMP
Uridin 5-monofosfat
Asam 5-uridilat, UMP
Deoksinukleosidase 5-fosfat
Deoksiadenosin 5-monofosfat
Asam 5-deoksiadenilat, dAMP
Deoksiguanosin 5-monofosfat
Asam 5-deoksiguanilat, dGMP
Deoksistidin 5-monofosfat
Asam 5-deoksistidilat, dCMP
Deoksitimin 5-monofosfat
Asam 5-deoksitimidilat, dTMP
Fosfat penyusun asam nukleat adalah asam fosfat atau asam ortofosfat.
Fosfat ini berupa kristal berbentuk orto-rombik, tak stabil dan melebur pada suhu
42,350C. Fosfat ini tergolong asam lemah atau sedang dan bervalensi tiga jenis
garam natrium. Garam natrium tersebut dapat terbentuk pada suhu kamar yaitu,
natrium fosfat Na3PO4, natrium hidrogen fosfat Na2HPO4, dan natrium dihidrogen
fosfat NaH2PO4.
Basa nitrogen pada asam nukleat terbagi menjadi dua, purin dan
pirimidin. Purin atau pirimidin yang terdapat pada asam nukleat ada 5 jenis, yaitu
adenin (A) dan guanin (G) yang memiliki struktur purin, dan sitosin (C), timin (T)
serta urasil (U) yang memiliki struktur pirimidin.
STRUKTUR DNA
Struktur Sekunder DNA
Struktur sekunder untuk asam nukleat berupa interaksi antara bentuk
dasar. Struktur ini menunjukkan tiap tiap untaian nukleotida terikat satu sama lain.
Dua untai DNA dalam heliks ganda DNA terikat satu sama lain dengan batas
hidrogen. Struktur sekunder DNA didominasi pasangan dasar dua helai
polinukleotida membentuk heliks ganda. Dalam bentuk sekunder ini, bentuk DNA
dan RNA dapat dibedakan dari bentuk untaian atau heliksnya, dimana DNA
memiliki untaian ganda atau heliks ganda dan RNA memiliki untaian tunggal atau
single helix.
Struktur sekunder ini terjadi karena adanya pemasangan dari basa basa
nitrogen dimana pada DNA adenine & thymine selalu berpasangan dan guanine &
Kombinasi dari untaian tiap tiap dari basa nitrogen, gula, dan fosfat akan
menghasilkan struktur heliks ganda. Menurut Watson dan Crick, DNA adalah untai
ganda yang terdiri atas dua rantai polinukleotida yang antiparalel. Anti paralel
adalah susunan rantai yang saling melengkapi dan komplementer. DNA adalah
polinukleotida, sehingga untuk membuatnya nukleotida-nukleotida saling
berikatan satu sama lain membentuk rantai polinukleotida. Ikatan yang terjadi
antarnukleotida itu disebut dengan ikatan fosfodiester.
Ikatan ini adalah ikatan antara gugus fosfor yang terikat pada atom karbon
gula nomor 5 (C5) suatu nukleotida dengan gugus hidroksil yang terikat pada atom
karbon gula nomor 3 (C3) nukleotida lainnya. Ini pun yang disebut sebagai
antiparalel dimana ujung C5 sejajar dengan ujung C3.
Pada struktur sekunder asam nukleat jenis DNA, gula dan fosfat terletak
pada bagian di luar heliks, dan basa nitrogen yang berada di bagian dalam heliks.
Ikatan heliks ganda ini terjadi selain karena adanya ikatan hidrogen yang telah
dipaparkan sebelumnya, terdapat gaya Van der Waals.
Dari model DNA usulan Watson dan Crick diatas, dapat dilihat bahwa
terdapat lengkungan lengkungan (grooves). Besar-kecilnya lekukan ini tergantung
pada panjang-pendeknya lengkungan (arc) dari ikatan glikosida antara nitrogen
dan karbon pada suatu nukleotida. Menurut James Watson & Francis Cric ukuran
jarak antara pasangan basa dalam DNA sebesar 0,34 nm (3,4 oA). Jarak dari
setiap putaran untaian yang terdiri dari 10 pasangan basa dan jarak satu putar
heliks sekitar 3,4 nm, dan diameter untaian DNA adalah 2,0 nm.
Bentuk DNA dari arah putaran heliks dibagi menjadi dua tipe, yaitu DNA
putar kanan (right-handed) dan DNA putar kiri (left-handed).
Putaran double helix dari struktur DNA dibagi menjadi 3 jenis, yaitu :
Bentuk B.
DNA bentuk ini disebut juga DNA putar kanan. DNA dengan
bentuk B memiliki lekukan mayor yang lebih besar daripada bentukbentuk DNA lainnya. DNA ini memiliki kedalaman 0,85 nm dan lebar
1,1-1,2 nm. Lekukan minornya memiliki kedalaman 0,75 nm dan
lebar 0,6 nm. DNA bentuk B ini merupakan bentuk DNA yang paling
banyak ditemukan di alam dibandingkan dengan bentuk yang lain.
DNA bentuk B juga tahan pada keadaan kelembaban yang tinggi
hingga sekitar 93%.
Bentuk A.
DNA bentuk ini juga merupakan DNA putar kanan. DNA
bentuk A merupakan DNA bentuk B yang berubah bentuk pada
kelembaban 75%. DNA bentuk A memiliki pasangan basa yang
menjadi miring dengan sudut 13 dari sumbu heliks. Dibandingkan
bentuk B, lekukan mayor bentuk A lebih dalam, yaitu sekitar 1,35
nm, dan lebih sempit, yaitu sekitar 0,27 nm. Sementara itu, lekukan
minor bentuk A berukuran lebih lebar (sekitar 1,1 nm) dan lebih
dangkal (sekitar 0,28 nm) daripada bentuk B. DNA bentuk A
memiliki diameter sebesar 2,3 nm dan dalam satu putaran terdapat
11 pasang nukleotida.
Bentuk Z.
DNA bentuk Z merupakan DNA putar kiri. Bentuk Z ini
merupakan perubahan dari DNA bentuk B yang berada dalam
konsentrasi NaCl yang tinggi. Bentuk Z ini memiliki gugus berulang
(repeating unit) yang terdiri dari 2 pasangan basa nitrogen, sebagai
anak tangga, dan susunan fosfat-gula, sebagai tulang punggung,
yang berbentuk zigzag. DNA bentuk Z memiliki diameter 1,8 nm dan
dalam satu putaran terdapat 12 pasang nukleotida.
Sirkuler
DNA Sirkuler biasanya ditemukan dalam bentuk sirkuler terbuka, dimana
ada nick di strukturnya. Namun, bisa juga ditemukan pada bentuk yang
sirkulernya tertutup dengan bantuan ikatan kovalen. Untuk membedakan struktur
sirkuler terbuka dan tertutup ini, tidak dapat hanya menggunakan gel
elektroforesis.
Cruciform
Bentuk tersier DNA yang terakhir adalah cruciform, atau biasa disebut
bentuk silang. Salah satu strand DNA dapat berikatan dengan dirinya sendiri,
terutama bila ditemukan basa yang komplementer atau biasa disebut palindrom.
Hal ini dapat membuat DNA tampak seperti loop. Struktur cruciform ini mempunyai
dua sumbu simetri pada pusatnya dan menciptakan situs pengenalan yang
spesifik untuk DNA mengikat protein.
STRUKTUR RNA
Seperti pada DNA, molekul RNA juga terbentuk dari nukleotida yang
saling berhubungan menjadi satu untai. Struktur primer RNA telah dijelaskan
diatas, maka pembahasan selanjutnya adalah struktur RNA yang lebih kompleks.
RNA pada umumnya dibagi menjadi 3 berdasarkan fungsi, yaitu m-RNA
(messenger), r-RNA (ribosomal), dan t-RNA (transfer).
tRNA
RNA jenis ini berfungsi untuk membaca kode genetik dan meletakkan
asam amino di urutannya yang tepat pada protein. Seluruh tRNA biasanya
berbentuk seperti clover leaf dengan tiga atau empat lipatan jepit. Pada tRNA,
terdapat antikodon yang merupakan pasangan triplet basa dari triplet kodon yang
terdapat pada mRNA.
Struktur tersier tRNA biasanya terjadi karena ikatan hidrogen antara
basa-basa pada lingkar D dengan basa-basa pada lingkar . Contohnya seperti
pada gambar di bawah yang merupakan tRNA fenilalanin dari yeast. Struktur
tersier tRNA ini menggabungkan struktur sekunder seperti hairpin loop ataupun
stem loop.
rRNA
Struktur tersier dari rRNA biasanya membentuk subunit ribosom baik
subunit besar maupun subunit kecil yang membentuk kesatuan ribosom. Biasanya
struktur tersier rRNA berbentuk pseudoknot, yang tidak stabil. Pada dasarnya pula
pseudoknot akan berbentuk menyerupai tRNA.
RNA ini disebut ribosomal RNA karena merupakan materi yang
menyusun ribosom bersama dengan protein-protein penyusun lainnya. RNA ini
terdiri atas untai tunggal yang berbentuk cukup kompleks. RNA ini menyediakan
material struktural dan pusat katalitik untuk membentuk ikatan peptida dalam
pembentukan protein.
KESIMPULAN
Asam nukleat ditemukan oleh ilmuwan muda Swiss yang bernama
Friedrich Miescher. Asam nukleat terbagi menjadi dua jenis, yaitu DNA dan RNA.
DNA dan RNA memiliki penyusun yang hampir sama. Struktur primer keduanya
disusun dari nukleosida yang saling berikatan yang disebut nukleotida.
Nukleotida tersusun dari 3 komponen, yaitu asam fosfat, gula
aldopentosa, dan basa nitrogen. Asam fosfat pada DNA dan RNA sama yaitu asam
ortofosfat. Hal yang membedakan yaitu dari gula aldopentosa dimana DNA adalah
deoksiribosa dan RNA adalah ribosa. Basa purin dari keduanya sama yaitu adenin
dan guanin, tetapi basa pirimidin DNA adalah sitosin dan thymin, RNA adalah
sitosin dan urasil.
Struktur DNA dapat dibagi menjadi struktur primer, sekunder, tersier dan
kuartener, sementara struktur RNA dibagi menjadi primer, sekunder, dan tersier.
Menurut Watson-Chick, DNA dapat dibagi menjadi 3 tipe yaitu bentuk B, bentuk A,
dan bentuk Z. Sementara RNA berdasarkan fungsinya dibagi menjadi tiga yaitu
mRNA, tRNA, dan rRNA.
DNA berperan sebagai materi genetik yang bertanggung jawab dalam
penurunan sifat genetika, yaitu mengendalikan proses pembentukan rantai protein
dengan cara menyandikan protein tersebut. RNA berfungsi sebagai penyimpan
dan penyalur informasi genetik, yaitu untuk mentransfer kode genetik guna
pembentukan protein.
DAFTAR PUSTAKA
Anonim. (2014). DNA dan RNA. [Online] Available from :
http://www.sciencemag.org/content/311/5758/195 [Diakses pada 26 Februari
2015]
Berg, et al. (2007). Biochemistry: Sixth Edition. New York: W.H. Freeman and
Company
Campbell. (2002). Biologi. Edisi Kelima. Jakarta: Penerbit Erlangga
Garret,
Grisham.
(2012).
Biochemistry.
[Online]
Available
from:http://www.web.virginia.edu/heidi/chapter12/chp12frameset.htm [diakses
tanggal 26 Februari 2015]
McMurry, John. (2007). Organic Chemistry: A Biological Approach. USA: Thomson
Brooks/Cole.
Rahmawan, et al. (2011). Makalah Biokimia Asam Nukleat. Malang : Fakultas
Pertanian Universitas Brawijaya