Professional Documents
Culture Documents
PEMBAHASAN
1.1 Asam nukleat pada makhluk hidup
Asam Nukleat adalah makromolekul yang terdapat sebagai polimer yang disebut
polinukleotida. Asam nukleat terdiri dari unsur karbon, oksigen, hidrogen, nitrogen dan fosfor.
Setiap polinukleotida terdiri atas monomer-monomer yang disebut nukleotida. Asam nukleat
berperan penting dalam pembuatan informasi genetik pada makhluk hidup.
Asam nukleat pada makhluk hidup terdapat dalam dua bentuk, yaitu asam deoksiribosa
(deoxyribonucleic acid / DNA) dan asam ribonukleat (ribonucleic acid / RNA). Pada sel eukariotik,
DNA terdapat di dalam nukleus sedangkan RNA hanya sedikit yang terdapat pada nukleus, RNA
banyak terdapat pada sitoplasma terutama pada ribosom. Pada sel prokariotik, DNA terdapat
dalam sitoplasma atau nukleoid. DNA ini berfungsi sebagai molekul hereditas atau pewarisan sifat.
Molekul RNA disintesis dari DNA dan berperan dalam sintesis protein di dalam sitoplasma.
membentuk molekul lain seperti RNA. Proses terputusnya rantai double helix DNA dapat
dipengaruhi oleh faktor suhu tinggi, adanya basa kuat, atau oleh enzim helikase.
Sebelum mekanisme replikasi DNA dapat dibuktikan secara eksperimental oleh Matthew
Meselson dan Frankrin Stahl pada tahun 1957, terdapat tiga hipotesis yang berkembang tentang
mekanisme dan hasil dari replikasi DNA. Ketiga hipotesis tersebut antara lain:
1. Teori konservatif
Teori konservatif beranggapan bahwa dua rantai DNA lama yang telah direplikasi
akan tetap tidak berubah yang kemudian akan berfungsi sebagai cetakan untuk dua rantai
DNA yang baru. Pada teori ini replikasi mempertahankan molekul dari DNA lama dan
menghasilkan molekul DNA baru. Ketika direplikasi untaian DNA akan berpisah namun
masing-masing rantai ini tetap akan dipertahankan dan akan bertindak sebagai cetakan
(tempelate) bagi pembentukan rantai polinukleida yang baru (anakan). Oleh karena itu,
hasil dari replikasi DNA induk akan menghasilkan gabungan rantai induk-induk yang
kembali membentuk DNA induk dan gabungan rantai anak-anak yang akan membentuk
DNA anak.
2. Teori semikonservatif
Pada teori ini untaian DNA induk yang akan bereplikasi akan memisah menjadi
untai induk (single helix) yang kemudian masing-masing untai akan bertindak sebagai
cetakan (tempelate) dari sintesis untai DNA yang baru. Hasil dari teori semikonservatif ini
adalah dua DNA double helix, dimana dalam kedua DNA tersebut terdapat satu untai induk
dan satu untai anakan.
3. Teori Dispersif
Teori dispersif beranggapan bahwa rantai ganda DNA induk terpisah menjadi
beberapa bagian, kemudian seperti pada teori konservatif bagian-bagian rantai ganda DNA
induk ini akan berperan sebagai sense (tempelate) untuk replikasi DNA anakan. Dimana
sesuai dengan teori konservatif untaian DNA induk akan bergabung dan untaian DNA
anakan akan bergabung. Kemudian bagian-bagian dari DNA akan saling bergabung
sehingga menghasilkan DNA anakan yang merupakan campuran dari fragment-fragment
DNA induk dan anakan.
Untuk menentukan teori replikasi DNA yang tepat dari ketiga hipotesis diatas, maka
diperlukan suatu eksperimen. Hipotesis ini kemudian dibuktikan melalui eksperimen tentang
bakteria yang dilakukan pada tahun 1957 oleh Matthew Meselson dan Franklin Stahl di California
Institute of Technology dimana mereka dapat menunjukan secara empiris bahwa replikasi
berlangsung secara semikonservatif. Pada mulanya, bakteri E.coli dikembangkan dalam medium
yang mengandung senyawa 15N-amoniumn Chloride disebut juga nitrogen berat karena memiliki
isotop 15N selama beberapa generasi. Dengan perlakuan demikian maka molekul DNA induk
mempunyai label berupa isotop berat sehingga molekulnya mempunyai densitas yang lebih tinggi
dibandingkan DNA normal. DNA induk ini dibiarkan beberapa saat hingga bakteri berkembang
biak. Bakteri-bakteri ini kemudian dipindahkan ke dalam medium baru yang mengandung isotop
nitrogen yang ringan yaitu 14N. Pada selang waktu tertentu setelah dipindahkan ke dalam
medium baru, sampel sel diambil dan DNA-nya diisolasi. DNA hasil isolasi tersebut kemudian
dilarutkan dalam larutan Cesium Clorida (CsCl) dan disentrifugasi untuk menentukan densitas
molekul DNA-nya.
DNA yang diisolasi dari sel menunjukkan densitas kira kira 1% lebih berat daripada ( 14N)
DNA normalnya. Meskipun ini hanya merupakan perbedaan kecil,campuran DNA (15N) berat dan
(14N) ringan. Di dalam larutan sesium klorida pekat dapat dipisahkan dengan sentrifugasi. Sesium
klorida digunakan karena larutan molekul ini menunjukkan berat jenis yang mendekati DNA. Bila
suatu larutan CsCl disentrifugasi untuk waktu yang lama pada kecepatan tinggi, larutan tersebut
mencapai suatu keseimbangan dengan CsCl membentuk gradient densitas yang
berkesinambungan. Oleh karena gaya sedimentasi, konsentrasi CsCl pada dasar tabung lebih
LTM 1 Biologi Molekuler- Sintesis Asam Nukleat
tinggi dan karena itu, larutan menjadi lebih pekat dari pada di bagian atas. Spesimen DNA yang
dilarutkan di dalam CsCl akan mencapai posisi keseimbangan pada tabung dimana densitasnya
akan setara dengan larutan CsCl. Karena (15N) DNA sedikit lebih pekat daripada (14N) DNA, (15N)
DNA akan mencapai posisi keseimbangan yang lebih rendah pada gradient CsCl daripada ( 14N)
DNA (Lehninger,et.al., 2005).
Meselson dan Stahl memindahkan sel sel E.coli yang tumbuh pada media 15N, dimana
seluruh untaian DNA menjadi berat, ke dalam media segar dengan NH4Cl yang mengandung
isotop 14N normal. Media segar menunjukkan sel sel ini tumbuh dalam media 14N sehingga
mencapai sebanyak dua kalinya. DNA kemudian diisolasi dari sel sel dan densitasnya dianalisa
dengan prosedur pengendapan yang telah disebutkan di atas. DNA hanya membentuk suatu pita
tunggal pada gradient CsCl pada pertengahan densitas antara dan DNA berat dari pertumbuhan
sel sel,khusus pada 15N. Hal ini merupakan hasil yang tepat diharapkan bila ulur pada DNA dari
sel sel keturunan mengandung satu untaian 14N dan satu untaian 15N lama dari DNA induk, yang
secara skematis dapat dilihat pada gambar dibawah. (Lehninger, et.al., 2005).
Bila sel sel dibiarkan meningkat lagi dua kali jumlah pada media 14, N, DNA yang diisolasi
memperlihatkan dua pita, satu menunjukkan densitas yang setara dengan DNA ringan yang
normal dan lainnya menunjukkan densitas DNA baru yang terlihat setelah sel pertama jumlahnya
mejadi dua kali, Meselson dan Stahl dengan demikian menyipulkan bahwa tiap dupleks DNA
keturunan pada dua generasi sel sel mengandung satu untaian induk dan satu untaian yang
baru dibuat, tepat dengan pernyataan hipotesis Watson-Crick. Jenis replikasi ini disebut
semikonservatif , karena hanya satu untaian induk dipertahankan pada tiap DNA keturunan.
Pengamatan mereka dengan jelas meniadakan replikasi konservatif, dimana satu dupleks DNA
keturunan mempunyai dua untaian baru. Hal ini juga meniadakan suatu mekanisme dispersif
dimana tiap untaian keturunan DNA mengandung potongan pendek dari kedua induk DNA baru
yang bergabung bersama secara acak (Lehninger, et.al., 2005).
3. Tahap elongasi
Pada tahap elongasi, terjadi pemanjangan rantai komplementer hasil replikasi pada
untaian DNA sense (tempelate). Terjadi perbedaan pada tahap elongasi pada cetakan 5-3 dan
cetakan 3-5.
Gambar 7. Strand pada replikasi. Sumber: How is nucleotides are added in DNA
replication, Mc Graw Hill video
Dari gambar diatas untaian ganda DNA double helix terdiri atas untaian yang bersifat
saling antarparalel. Untaian cetakan 3-5 disebut dengan lagging strand sedangkan untaian
cetakan 5-3 disebut dengan leading strand (untaian pengawal). Karena sifat dari ikatan DNA
bersifat paralel, maka leading strand akan terletak berseberangan dengan lagging strand, hal
ini juga berlaku pada proses replikasi dimana jika rantai 5-3; direplikasi maka akan
menghasilkan rantai komplementer untaian legging strand (3-5).
1.
2.
Pada tahap ini, DNA primase menambakan beberapa RNA primer pada
sepanjang untaian yang akan direplikasi. Kemudian DNA polimerase III akan
memperpanjang fragment primer dengan menambahkan beberapa nukleotida yang
disebut dengan fragmen okazaki, yang akan terhenti ketika mencapai RNA primer.
Kemudian enzim DNA polimerase III akan digantikan oleh enzim DNA polimerase I
dimana enzim ini berfungsi untuk menghilangkan RNA dan menggantikannya
dengan DNA. Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih
mengandung celah antara fragmen Okazaki berdekatan. Enzim ligase
mengidentifikasi dan mengisi celah tersebut dengan menciptakan ikatan
fosfodiester antara 5 fosfat dan 3 gugus hidroksil fragmen yang berdekatan.
4. Tahap Terminasi
Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari urutan nukleotida yang
unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang disebut tus yang mengikat ke situs
tersebut, sehingga secara fisik menghalangi jalur helikase. Ketika helikase bertemu protein tus
itu jatuh bersama dengan untai tunggal protein pengikat terdekat. Daerah ini juga disebut
sebagai daerah dengan basa nitrogen yang berulang (daerah overhang) sehingga akan
direplikasi lebih lanjut oleh telomerase. Telomerase ini akan mereplikasi sebanyak 6 basa
nitrogen.
Sel eukariotik
Sel Prokariotik
3.
4.
5.
6.
2.
10
kotak TATA. Urutan konsensus akan menunjukkan kepada RNA polimerase tempat
dimulainya sintesis. Kekuatan pengikatan RNA polimerase oleh promoter yang berbeda
sangat bervariasi. Hal ini mengakibatkan perbedaan kekuatan ekspresi gen.
2. Tahap Inisiasi
Setelah mengalami pengikatan oleh promoter, RNA polimerase akan terikat pada
suatu ttitik di dekat daerah promoter, yang dinamakan tempat awal polimerisasi.
Nukleotida trifosfat pertama akan terbentu pada tempat ini dan selanjutnya sintesis RNA
akan dimulai.
3. Tahap Elongasi
Pada tahap elongasi, terjadi pemanjangan rantai komplementer hasil replikasi pada
untaian DNA sense (tempelate). Selama sintesis RNA berlangsung RNA polimerase
bergerak di sepanjang molekul DNA cetakan sambil menambahkan nukleotida demi
nukleotida kepada untai RNA yang sedang diperpanjang. Pengikatan enzim RNA
polimerase beserta kofaktor-kofaktornya pada untai DNA cetakan membentuk kompleks
transkripsi. Selama sintesis RNA berlangsung kompleks transkripsi akan bergeser di
sepanjang molekul DNA cetakan sehingga nukleotida demi nukleotida akan ditambahkan
kepada untai RNA yang sedang diperpanjang pada ujung 3 nya. Jadi, elongasi atau
polimerisasi RNA berlangsung dari arah 5 ke 3, sementara RNA polimerasenya sendiri
bergerak dari arah 3 ke 5 di sepanjang untai DNA cetakan.
4. Tahap Terminasi
Molekul RNA yang baru saja selesai disintesis, dan juga enzim RNA polimerase,
segera terlepas dari untai DNA cetakan begitu enzim tersebut mencapai urutan basa
pengakhir (terminasi). Terminasi dapat terjadi oleh dua macam sebab, yaitu terminasi yang
hanya bergantung kepada urutan basa cetakan (disebut terminasi diri) dan terminasi yang
memerlukan kehadiran suatu protein khusus (protein rho). Di antara keduanya terminasi
diri lebih umum dijumpai. Terminasi diri terjadi pada urutan basa palindrom yang diikuti oleh
beberapa adenin (A). Urutan palindrom adalah urutan yang sama jika dibaca dari dua arah
yang berlawanan. Oleh karena urutan palindom ini biasanya diselingi oleh beberapa basa
tertentu, maka molekul RNA yang dihasilkan akan mempunyai ujung terminasi berbentuk
batang dan kala (loop).
11
12
13
DAFTAR PUSTAKA
Karp,G. (2010). Cell and Molecular Biology (6th ed.). River street, Hoboken, NJ: John & Wiley.
Nelson,D.L., & Cox,M.M. (2008). Lehninger principles of biochemistry (5th ed.). New York: W. H.
Freeman and Company
14