Hakim Biochimica PDF

Le cellule
Caratteristiche degli
organismi viventi
Complessi e organizzati
Capaci di estrarre/trasformare energia
Capaci di rispondere a cambiamenti
ambientali
Capaci di autoreplicarsi
Sono compartimentati
Seguono le leggi della Fisica e della
Chimica!
Sistemi biologici e biomolecole

Pochi elementi naturali, leggeri (fondamentalmente,
C, N, O, H)
Sistemi lontani dallequilibrio, spesso allo stato
stazionario
Reazioni chimiche catalizzate
Macromolecole costituite di unit semplici (struttura
gerarchica)
Proteine
Acidi nucleici
Polisaccaridi
Importanza delle strutture tridimensionali
Chimica acquosa
Elementi nel
corpo umano
PRINCIPALI
CLASSI DI
BIOMOLECOLE
Termodinamica e funzioni di stato

Funzioni di stato: dipendono solo dagli
stati iniziale e finale del sistema
Entalpia: quantit di energia che un
sistema pu scambiare con lambiente
H = U + P V
Nei sistemi biologici,
H q (calore a pressione costante)
Energia libera (di Gibbs)

Funzione di stato che consente di valutare
se un processo spontaneo
G = H TS
Dove:
H = entalpia
S = entropia
La variazione in energia libera

determina la direzione di un
processo
G = Gprodotti - Greagenti
G = H - T S
G < 0 reazione esoergonica,
spontanea
G > 0 reazione endoergonica;
richiede energia dallesterno
G = 0 reazione allequilibrio
Entropia
G = H - T S
Lentropia una misura del grado di disordine di un
sistema
Lentropia aumenta quando il sistema diventa pi

disordinato e diminuisce quando il sistema pi
strutturato
Molte reazioni biologiche tendono ad aumentare

lordine e a diminuire in entropia (
S < 0)
Reazioni esotermiche (
H < 0) che aumentano in
entropia (
S > 0) avvengono spontaneamente (
G
< 0)
Reazioni endotermiche (
H > 0) possono avvenire
spontaneamente se T S > H
Esempi di differenze di
entropia
BASSA ENTROPIA ALTA ENTROPIA
Acqua - ghiaccio
Acqua - vapore
Poesia
Serie casuale di lettere
Scrivania di un
bancario
Scrivania di uno
scienziato
Da: Lehninger
Un processo esoergonico: la
diffusione attraverso una
membrana
membrana
tempo
Effetto
idrofobico
Molecole dacqua ordinate
G e costante di equilibrio
La variazione di energia libera di una reazione dipende
dalle concentrazioni di reagenti e prodotti
G = G + RT ln [prodotti]/[reagenti]
dove: G = variazione di energia libera standard
Allequilibrio:
0 = G + RT ln [prodotti]/[reagenti]
da cui
G = - RT ln Keq
Costanti di equilibrio e variazioni di

energia libera standard
Keq
0,001
0,01
0,1
1,0
10,0
100,0
1000,0
G (kJ/mole)
17,1
11,4
5,7
0,0
5,7
-11,4
-17,1
Variazioni di
energia libera standard G
Pressione atmosferica; t = 25 C
Attivit chimica (concentrazione) = 1
In Biochimica, lo stato standard a pH = 7
Allacqua attribuito comunque un valore
pari ad 1
I legami fosfoanidridici dellATP
ATP
Sub-
Trasferimento di
un gruppo fosfato
Sub-
Trasferimento di un
gruppo adenilico
Una reazione energeticamente sfavorita

pu procedere se accoppiata ad una
favorita
Molte reazioni biochimiche sono energeticamente
sfavorite (G > 0) e non procedono spontaneamente
Le cellule possono condurre tali reazioni accoppiandole
ad una reazione (processo) con un G maggiormente
negativo
Reazioni energeticamente sfavorite sono spesso
accoppiate allidrolisi dellATP che ha un G = -7.3
kcal/mol
Lenergia utilizzabile in una molecola di
contenuta nei legami fosfoanidridici
ATP
Reazioni accoppiate
10
Importanza di intermedi fosforilati
Composti in genere stabili cineticamente
LATP usato per alimentare numerosi

processi
Luce (fotosintesi) o composti ad alta
potenziale (respirazione)
The ATPenergia
cycle
Sintesi di
macromolecole
(proteine,
DNA)
Sintesi di altri Movimenti

componenti cellulari
cellulari)
Generazione Calore
Trasporti di
di potenziali
molecole/ ioni
contro gradiente elettrici
11
GLI -AMMINOACIDI
Sono caratterizzati da un
gruppo carbossilico e da un
gruppo amminico legato al
carbonio adiacente ()
Si differenziano per il
gruppo sostituente -R
Gli amminoacidi costituenti le

proteine:
Sono venti (standard), -ammino-acidi, appartenenti alla serie L
Sono anfoteri
Caratterizzati da un punto isoelettrico (pI) dovuto
ai gruppi ionizzabili
Esistono numerosi altri amminoacidi con ruoli
diversi
La sequenza degli amminoacidi (struttura
primaria) determina la struttura spaziale
La struttura determina la funzione
Stereoisomeria degli amminoacidi

Carbonio
asimmetrico
Tutti gli amminoacidi standard, tranne la glicina, possiedono

almeno un carbonio asimmetrico
La convenzione secondo Fischer per la

configurazione fa riferimento alla
gliceraldeide:
Importanza della stereoisomeria:

solamente un enantiomero possiede
attivit anti-infiammatoria
Propriet acido-base
Gli amminoacidi sono acidi poli-protici deboli

pH basso: gruppo amminico e carbossilico protonati
pH neutro: si dissocia il carbossile
pH alto: si dissocia il gruppo ammonio
A pH fisiologico (pH ~7.0) stabile la forma
zwitterionica: i gruppi amminici sono protonati, il
carbossile completamente dissociato.
Gruppo carbossilico :
Gruppo amminico :
pKa ~ 2
pKa ~ 9
Propriet acido-base

Punto isoelettrico (pI): valore di pH al quale

lamminoacido ha carica netta nulla.
Nel caso di un amminoacido con catena laterale neutra
dato da:
pI =
1
(pKa1( COOH) + pKa2 ( NH + ) )
3
2
pKa1
pKa2
gruppi R non polari, alifatici
Amminoacidi
con catene
laterali apolari
gruppi R aromatici
Amminoacidi con catene laterali

polari
La prolina un imminoacido
(contiene un gruppo amminico secondario)
gruppi R carichi positivamente (basici)
Amminoacidi
carichi
gruppi R carichi negativamente (acidi)
Alcune propriet degli amminoacidi

standard
Lehninger Introduzione alla Biochimica, ed. Zanichelli
La cisteina pu formare ponti

disolfuro (ossidazione)
Gli spettri UV di amminoacidi aromatici
Curva di
titolazione della
glicina
pI =
1
(pKa1( COOH) + pKa2 ( NH + ) )
3
2
Curva di
titolazione del
glutammato
Curva di
titolazione
dellistidina
Alcuni amminoacidi modificati (dopo

la traduzione)
Importanti molecole derivate

da amminoacidi
La selenocisteina (Sec), il
ventunesimo amminoacido
Analogo alla Cys, contiene Selenio al posto di
Zolfo
Deriva da una modificazione della Serina;
inserita come tale nelle proteine. E codificata
in modo particolare
Importante in numerosi enzimi ossido-riduttivi
Negli Archaea esiste un 22 amminoacido, la
pirrolisina (Pyl).
10
Il legame peptidico
Il legame peptidico si genera (formalmente) per eliminazione

di una molecola di acqua tra gruppo carbossilico ed amminico
11
Le proteine
polimeri lineari costituiti di
amminoacidi
Contengono diversi gruppi funzionali
Possono formare strutture complesse
Possono essere rigide (strutturali) o
flessibili
Sono
Alcuni ruoli delle proteine

Enzimi
(biocatalizzatori)
Proteine strutturali - collagene
Proteine regolatrici - ormoni (ad esempio:
insulina, glucagone)
Proteine di trasporto emoglobina (O2)
Proteine di trasporto di membrana
Recettori
Proteine contrattili - actina, miosina
Proteine di difesa anticorpi
Proteine che decodificano linformazione
Le proteine sono polimeri lineari

costituiti da amminoacidi

Le proteine sono polimeri lineari, non ramificati, degli

amminoacidi
Il legame peptidico o carboammidico si genera (formalmente) per
eliminazione di una molecola di acqua tra gruppo carbossilico di
un amminoacido ed amminico dellamminoacido adiacente
Lequilibrio sarebbe spostato verso lidrolisi
I legami peptidici sono cineticamente stabili
Per convenzione il polimero viene letto partendo dallamminoacido N-terminale
Il legame peptidico
ha un parziale carattere di doppio legame: non ruota
liberamente
Si trova quasi sempre nella configurazione trans (C
da lati opposti) a minore ingombro sterico
Il legame peptidico un
sistema planare
Sei atomi giacciono sullo stesso piano
Il legame peptidico
A causa della distribuzione degli

elettroni il legame peptidico ha
specifiche propriet elettriche:
dipolare.
- 0.42
+ 0.42
C2
C1
- 0.20
+ 0.20
Il grafico di Ramachandran
Foglietti
O
C1
elica
C
CH32
La struttura delle proteine pu essere

suddivisa in quattro livelli
STRUTTURA PRIMARIA: sequenza degli amminoacidi uniti da

legami peptidici. Legami covalenti
STRUTTURA SECONDARIA:
organizzazioni regolari e
ricorrenti nello spazio dei residui amminoacidici adiacenti (come,
ad es. -elica e struttura ). Legami a idrogeno
STRUTTURA TERZIARIA: ripiegamento della catena

polipeptidica dovuto ad interazioni deboli. In tale ripiegamento
sono presenti diversi tipi di struttura secondaria. Proteine
globulari
STRUTTURA QUATERNARIA: interazioni esistenti fra varie

subunit, nel caso in cui le proteine siano costituite da pi catene
polipeptidiche.
Struttura primaria
Struttura primaria di un peptide o di una proteina:

sequenza degli amminoacidi uniti da legami peptidici
descritta per convenzione a partire dallAA amminoterminale (il primo) allAA carbossi-terminale (lultimo).
1
+
1
3HN-G-A-S-T-A-A-K-W-K-COO
2
3HN-Gly-Ala-Ser-Thr-Ala-Ala-Lys-Trp-Lys-COO
Livelli di organizzazione delle

proteine
Alcuni tipi di interazioni deboli
Importanza delle forze deboli

Legami covalenti singoli: 300-400 kJ/mol
van der Waals:
0.4 - 4 kJ/mol
legami a idrogeno:
12-30
legami ionici:
kJ/mol
20 kJ/mol
interazioni idrofobiche : < 40 kJ/mol
Struttura secondaria
Organizzazione spaziale regolare e ricorrente
locale (a breve distanza)
Caratterizzata da interazioni deboli, soprattutto
legami a idrogeno
L-elica
(L. Pauling, 1951)
Legami a
idrogeno
Premio Nobel per la

Chimica, 1954
L-elica
stabilizzata da legami a idrogeno intra-catena
Lossigeno di un C=O lega lidrogeno di un NH di

un amminoacido 4 residui pi avanti
Lelica destrogira
Le catene laterali sporgono verso lesterno dellelica
Lelica un dipolo
L-elica un
dipolo
Che cosa destabilizza l-elica

prolina destabilizza lelica: un
anello piuttosto rigido e non pu
formare ponti ad idrogeno
Residui -R ingombranti
Residui R prossimi nello spazio e
dotati della stessa carica
La
Struttura
foglietto pieghettato
Legami a idrogeno
tra catene
Gruppi R che
sporgono sopra e
sotto il piano
Foglietti paralleli ed antiparalleli
Ripiegamento (turn)
Ripiegamento
a 180
Quattro amminoacidi: legame a idrogeno
tra il 1 e il 4 amminoacido
Spesso Pro, Gly
Spesso alla superficie della proteina
10
Frequenza relativa di amminoacidi

nella struttura secondaria
Quantit di -elica e
-foglietto in alcune proteine
Residui (%)
Proteina (residui)
elica
foglietto
Mioglobina (153)
78
0
Citocromo c (104)
39
0
Lisozima (129)
40
12
Ribonucleasi (124)
26
35
Chimotripsina (247)
14
45
Carbossipeptidasi (307) 38
17
11
Proteine fibrose
Gran parte della catena polipeptidica
organizzata parallelamente ad un singolo asse,
con una sola struttura secondaria (nella cheratina,
-elica)
Nella fibroina della seta la struttura prevalente il
foglietto ; soffice perch le interazioni tra
foglietti sono deboli
Le proteine fibrose:
hanno alta resistenza meccanica e scarsa
reattivit chimica
sono insolubili
hanno un ruolo strutturale
Le -cheratine dei mammiferi

Presenti in peli, unghie, corna
Avvolgimenti avvolti
Ricche in Cys (che possono formare ponti
conferendo rigidit)
In uccelli e rettili si trovano -cheratine
18 % Cys
12
Ossidazione e riduzione della

cisteina
Ponte disolfuro
Tratto da: A.L. Lehninger Introduzione
alla Biochimica, ed. Zanichelli
Struttura delle -cheratine

Due catene
avvolte
insieme
Proto
fibrille
Tratto da: A.L. Lehninger Introduzione

alla Biochimica, ed. Zanichelli
13
La Biochimica dal
parrucchiere: la permanente
- cheratina dei capelli
Il collagene: una tripla elica

Principale componente dei tessuti connettivi (ossa,

tendini, denti, cartilagini)
Tre catene avvolte tra loro (tropocollagene): elica
pi estesa dell-elica
Composizione amminoacidica particolare
Un residuo ogni tre Gly (Gly-X-Y)
Ricco in prolina
Amminoacidi insoliti (idrossilisina, idrossiprolina:
formano ponti a idrogeno) post-traduzionali;
lidrossilazione dipende dallacido ascorbico
Sono presenti anche legami covalenti inter-catena
14
Dr. Jekyll and Mr. Hyde:

le malattie prioniche dipendono dalla
struttura
Il prione buono (PrPc). e quello cattivo (PrPsc)
resistente a tutto e contagioso
La conversione PrPc
PrPsc autocatalitica
S. Prusiner, Premio Nobel per la
Medicina 1997
Esempi di motivi
(struttura supersecondaria)
motivo -
barile
Motivi: raggruppamenti di elementi strutturali secondari
15
Struttura terziaria
Ripiegamenti
nello spazio dei diversi segmenti

Eliche e nastri si impaccano assieme
Le proteine si ripiegano per cercare la
struttura pi stabile
Nelle proteine globulari sono importanti gli
effetti idrofobici
Strutture in genere flessibili
Stabilizzate da legami deboli
Talvolta, ponti disolfuro
16
Struttura di proteine globulari
Alcune proteine sono modulari

A volte un modulo pu essere ripetuto nella
stessa proteina
Luso di moduli ha una base genetica
Alcune proteine sono composte di due o pi
moduli (o dominii)
Dominii: unit strutturalmente indipendenti
che possiedono caratteristiche di piccole
proteine globulari
Ogni dominio si pu ritrovare in altre proteine
17
Esempi di dominii:
lenzima gliceraldeide 3-fosfato
deidrogenasi
Dominio per il legame
con il substrato
Dominio per il legame

con il coenzima NAD
Un coenzima che partecipa ad

ossidoriduzioni: il NAD
Nicotinammide Adenina Dinucleotide
18
Struttura quaternaria:
associazione di pi subunit
Costituite in modo modulare
Minori informazioni geniche (minori errori)
Possibilit di pi siti
Possibilit di regolazione (interazione tra siti)
Proteine diverse possono condividere le stesse
subunit
Perdita di entropia dovuta alla associazione:
sfavorevole
Guadagno di entropia dovuta al seppellimento di
residui idrofobici: molto favorevole
Oltre alla struttura quaternaria, esistono complessi

multi-enzimatici
La struttura quaternaria
della emoglobina
19
Proteine complesse o
coniugate

Classe
Lipoproteine
Glicoproteine
Emoproteine
Flavoproteine
Metalloproteine

Gruppo prostetico - Esempio

Lipidi
1-lipoproteina
Glucidi
Proteine di membrana
Eme (ferroporfirina) Emoglobina
FAD
succinato deidrogenasi
Ferro
Calcio
Zinco
Manganese
Rame
Transferrina
Calmodulina
Superossido dismutasi
Catalasi
Ceruloplasmina; emocianina
Il gruppo prostetico pu essere legato alla proteina in diversi modi
Denaturazione delle proteine

Perdita della conformazione spaziale nativa
Le proteine sonomarginalmente stabili; basta
la rottura di pochi legami deboli per innescare
la denaturazione
Molte proteine si denaturano a 50-60C; alcune
sono stabili a temperature pi alte
La denaturazione oltre che dalla temperatura
pu essere provocata da agenti chimici
(caotropici)
In alcuni casi proteine possono rinaturarsi
20
Proteine degli estremofili

Negli estremofili (Archaea) ci sono proteine
particolarmente stabili
Tali proteine sono utili in campi applicativi
Le loro caratteristiche sono legate alla struttura
(ripiegamento)
Folding e
denaturazione
delle proteine:
lesperimento di
Anfinsen
(Nobel per la Chimica
1972)
Denaturazione e refolding
della RNAasi (124 aa)
21
Ripiegamento delle proteine

In E. Coli, una proteina attiva di 100 amminoacidi
prodotta in circa 5 secondi a 37 C
Un processo casuale per tentativi richiederebbe
venti miliardi di anni (paradosso di Levinthal)
Probabilmente si formano nuclei di strutture
secondarie; il ripiegamento avviene in modo
gerarchico
Ci pu essere un collasso idrofobico
Alcune proteine si ripiegano spontaneamente
22
Alcune
proteine
(chaperone)
guidano
lavvolgimento (ad esempio, heat shock proteins hsp)
Chaperon: persona di et matura che un tempo accompagnava una
ragazza di buona famiglia per salvaguardarne la rispettabilit
Le hsp (come hsp70) ostacolano il ripiegamento

sbagliato (misfolding) o la denaturazione; sono
proteine molto conservate
Il corretto ripiegamento aiutato da

specifiche proteine (hsp e chaperonine);
il processo richiede energia
23
Enzimi

Gli enzimi sono catalizzatori di natura proteica

(esistono ancora RNA catalitici o ribozimi)
influenzano la velocit, ma non lequilibrio
non si consumano: si trovano immutati alla fine
della reazione
consentono alle reazioni di procedere a velocit
compatibili con la vita, in condizioni blande
presenti in piccole quantit (importanza della
concentrazione)
formano complessi reversibili con il substrato
sono specifici
Enzimi
Alcuni enzimi richiedono cofattori (coenzimi)
Ogni enzima mostra condizioni ottimali (pH, T..)
In ogni cellula 2000-3000 enzimi diversi
Alcuni enzimi esistono in forme molecolari

diverse (isoenzimi)
Possono essere ingannati da inibitori (la

inibizione alla base dellazione di molti farmaci)
Spesso sono coinvolti in vie metaboliche a pi

passaggi
Talvolta soggetti a regolazione
Gli enzimi sono catalizzatori di natura

proteica: accelerano le reazioni
biologiche di diversi ordini di grandezza
Incrementi di velocit prodotti da
enzimi
Specificit
Gli enzimi:
1. catalizzano specifiche reazioni
2. Possono riconoscere selettivamente i
propri substrati (specificit geometrica)

3. Possono riconoscere la stereoisomeria
La specificit controllata dalla

struttura
Classificazione degli enzimi
La classificazione contiene 4 numeri: ad es., la

Lattato Deidrogenasi
Lattato:NAD ossidoreduttasi EC 1.1.1.27
Il sito attivo
una entit spaziale costituita da gruppi

anche lontani nella sequenza amminoacidica
Occupa una parte relativamente piccola della

molecola enzimatica
una cavit o fenditura (spesso inaccessibile

allacqua)
I substrati si legano di solito con interazioni

deboli
La specificit dipende dagli atomi/gruppi nel

sito attivo
Cofattori e Coenzimi

Cofattori che partecipano a reazioni enzimatiche

(ad esempio, nelle ossido-riduzioni)
Possono essere legati allenzima o fungere da cosubstrati (co-enzimi)
Alcuni derivano da vitamine idrosolubili
Vitamina PP
(pellagra-preventing)

ossidoriduzioni: il NAD
Le reazioni enzimatiche:
Sono spesso in cascata (vie metaboliche)
Possono essere controllate
PUNTO DI
CONTROLLO
Velocit di reazione ed attivit

enzimatica
Velocit di reazione: quantit di substrato

trasformato nel tempo
v = - d [S] / dT = d [P] / dT
Attivit enzimatica: espressa in base alla
velocit della reazione promossa dallenzima:
katal (SI):
quantit di enzima che converte
1 mol substrato in 1 sec
Unit internaz. (IU) quantit di enzima che
converte 1 mol substrato in 1 min
Velocit di reazione ed equilibrio

Lequilibrio della
reazione dipende da
G
La velocit di reazione
dipende dalla barriera
energetica G
Ci sono reazioni
spontanee (G < 0) e
sfavorite dal punto di
vista cinetico
Secondo lequazione di
Arrhenius:
k = A e - G*/RT
dove:
= costante di velocit
G* = energia di attivazione
T
= temperatura assoluta
Il catalizzatore (enzima) abbassa

la energia di attivazione
Come funzionano gli enzimi

Il modello chiave-serratura (Fischer, 1894)
Sito
attivo
Emil Fischer, 1894
Il complesso ES non pu essere

troppo stabile
da: Garrett & Grisham
Il complesso
ES non pu
essere troppo
stabile
Come funzionano gli enzimi

Il modello delladattamento indotto
(induced-fit Koshland 1958)
Sito
attivo
Meccanismi della catalisi

Catalisi
acido-base
Catalisi covalente
Metalloenzimi
Prossimit
ed orientamento
10
Prossimit e
orientamento
substrati
enzima
Stato di
transizione
prodotto
Catalisi acido-base
11
Effetto del pH: la papaina
Catalisi covalente
Fosforil-enzima
Acil-enzima
Glucosil-enzima
Un centro nucleofilo
sullenzima attacca
un gruppo elettrofilo
del substrato
12
Catalisi favorita da ioni metallici

Metalloenzimi (un terzo

degli enzimi):
anidrasi carbonica
contengono metalli come

cofattori
enzimi attivati da metalli
I metalli possono:
legarsi al substrato per
orientarlo
partecipare a reazioni redox
stabilizzare cariche negative
rendere molecole dacqua
pi acide (Zn2+ e anidrasi
carbonica)
Meccanismi dazione:
le proteasi a serina

Tra di esse chimotripsina, tripsina, elastasi: sequenza,

struttura e dimensioni (PM = 25.000) simili (evolute da un
unico progenitore)
Stessa specificit di reazione, diversa specificit di
substrato
Partecipano diversi residui amminoacidici (la triade
catalitica Ser, His, Asp)
La serina forma intermedi covalenti (acil-enzima)
Listidina agisce come catalizzatore acido-base
Laspartato stabilizza e orienta listidina
Meccanismo comune ad altri enzimi (acetilcolinesterasi);
evoluzione convergente
13
Sito di riconoscimento per il

substrato
Lys; Arg
Ala
Aa.
aromatici
La triade catalitica triade

catalitica Ser, His, Asp
14
Fluorofosfati organici legano una

serina molto reattiva
DIFP
Asp102
His57
Listidina rende
lossigeno della serina
pi nucleofilo
O
H
Ser195
N
N
H
R2NH
H
O
R1
H N
O
Gly193
15
Meccanismi di azione:
la prima reazione della chimotripsina
Acil-enzima
triade catalitica
Da: Lehninger
16
Da: Lehninger
complesso
tetraedrico
La scissione del
complesso
tetraedrico
libera il lato
amminico della
proteina da
idrolizzare
Stabilizzazione dello
stato di transizione:
la cavit ossianionica
Lo stato di transizione
tetraedrico stabilizzato
da due legami a idrogeno
17
Da: Lehninger
Lesistenza dellacil-enzima
fase esplosiva
(burst)
18
La cinetica enzimatica:
Studia la velocit delle reazioni enzimatiche
Pu fornire informazioni sul meccanismo di azione
di un enzima
Fornisce informazioni sul ruolo di un enzima in
condizioni cellulari e sulle risposte a variazioni di
concentrazioni di metaboliti
Fornisce informazioni su come un enzima regolato
E utile:
nella caratterizzazione di enzimi ad impiego
industriale
nel dosaggio di attivit enzimatiche
quali indici
diagnostici
nel discriminare diverse forme enzimatiche sia
fisiologiche (isoenzimi) sia anomale
Velocit di reazione ed attivit

enzimatica
Velocit di reazione: quantit di substrato

trasformato nel tempo
v = - d [S] / dT = d [P] / dT
Attivit enzimatica: espressa in base alla
velocit della reazione promossa dallenzima:
katal (SI):
quantit di enzima che converte
1 mol substrato in 1 sec
Unit internaz. (IU)
quantit di enzima che
converte 1 mol substrato in 1 min
Velocit iniziale
La velocit dipende dal substrato, ma [S]

cambia nel tempo (si consuma)
Per semplicit, la cinetica viene studiata in

condizioni iniziali (tempo = 0)
In queste condizioni,
[S] >> [E]
[P] 0 (la reazione inversa da P a S

trascurabile)
Cinetica enzimatica
E+S
k1
ES
k2
Lenzima si combina con S formando il complesso ES in una
tappa veloce e reversibile.
k3
ES
E+P
Nella seconda tappa, spesso pi lenta, il complesso ES si
decompone per dare il prodotto pi lenzima libero.
La velocit della reazione dipende dalla concentrazione di ES (I
ordine):
v0 = k3 [ES]
Cinetica enzimatica
Michaelis e
Menten
Cinetica enzimatica:
assunzione dellequilibrio
Il
complesso ES in rapido equilibrio con

lenzima libero E
se k3 << k2
Ks = k2/ k1
assunzione dello stato stazionario:

d [ES]/dt = 0
Cinetica di Michaelis-Menten
Reazioni catalizzate da enzimi
Un grafico di velocit iniziale contro [S] mostra
tre zone:
Km ha le dimensioni di una concentrazione
Parametri cinetici
Km
kcat costante catalitica (numero di turn-over)
Vmax (dipende da [E0])
kcat/Km (costante di specificit o efficienza

catalitica)
Inibizione (Ki)
Significato della KM
una costante di dissociazione apparente:
misura il grado in cui lenzima legato al substrato
Dipende dalle costanti cinetiche:
KM = (k2 + k3)/ k1
Se ha valori bassi, lenzima si satura con poco
substrato (affinit elevata)
Corrisponde alla concentrazione di S per la quale:
v0 = VM/2
caratteristica di un enzima per un certo substrato
Significato della KM
Spesso la KM ha valori
simili alle concentrazioni
cellulari fisiologiche dei
substrati (in rosa)
Numero di turn-over o
costante catalitica (kcat)
VM = kcat [E0]
Massimo numero di molecole di substrato
convertite nella unit di tempo da una
molecola (sito) di enzima
correlata alla velocit di decomposizione
del complesso ES
Grafico degli inversi
Consente di
linearizzare i dati
Significato di kcat/Km
(costante di efficienza o di specificit)
D una idea della efficienza relativa con cui

vengono trasformati substrati diversi (specificit)
D una idea dellefficienza catalitica dellenzima
Enzimi perfettamente evoluti hanno costanti

cinetiche che si approssimano alla diffusione
Enzimi per cui kcat/Km vicino alla velocit di

associazione controllata per diffusione
kcat (s-1)
Acetilcolin- Acetilcolina
esterasi
1,4. 104
9. 10-5
kcat /Km
(s-1M-1)
1,6. 108
Anidrasi
carbonica
CO2
1. 106
0,012
8,3. 107
Catalasi
H2O2
1. 107
2,5 . 10-2 4. 108
Fumarasi
Fumarato
800
5. 10-6
1,6. 108
2. 103
2. 10-5
1 . 108
Enzima
Substrato
-lattamasi Benzilpenicillina
Km (M)
Effetto della temperatura

denaturazione
Tratto da: Champe,

Harvey, Ferrier Le
basi della Biochimica,
Zanichelli
Relazione tra temperatura e

velocit (Arrhenius)
ln v = cost. - Eatt/RT
Inibizione enzimatica
Reversibile
competitiva
non competitiva e mista
(acompetitiva)
Irreversibile (inattivazione)
Inibizione
competitiva
Inibizione competitiva
Linibitore competitivo riduce la concentrazione di

enzima libero disponibile per legare il substrato
Inibizione competitiva
10
Il grado di inibizione dipende da [I] e

da KI (affinit dellinibitore)
E possibile ricavare KI
Inibizione non competitiva
(KI = KI)
11
12
Inibizione mista
(KI KI)
Inibitori irreversibili
Si legano allenzima con legami stabili (covalenti)
Non possono essere rimossi con mezzi semplici
Cinetica analoga allinibizione non competitiva
Sono utilizzati
nello studio dei siti catalitici

come farmaci (anti-metaboliti)
come anti-parassitari
13
Un reattivo
per le
cisteine
Inibitori a serina
(acetilcolinesterasi)
DIFP, esteri fosforici (Parathion), gas nervini
Sarin
14
Inibitori come farmaci: i sulfamidici
Un inibitore competitivo del metabolismo

dei folati (diidrofolato reduttasi)
15
La parete batterica e il
peptidoglicano
Vasto polimero di
glucidi e piccoli peptidi
tenuti assieme da
legami crociati
Struttura rigida
resistente alla lisi
osmotica
Azione della
penicillina
Inibisce la formazione
di legami crociati nel
peptidoglicano della
parete batterica
Non esiste analoga
reazione nel
metabolismo animale
16
Inibitori come farmaci:

le statine
Abbassano i livelli di
colesterolo inibendo lHMGCoA
reduttasi, enzimachiave nella sintesi endogena
del colesterolo

inibitori delle HIV proteasi
Il virus HIV utilizza aspartato proteasi per scindere
poliproteine
Le proteasi tagliano legami particolari (Phe-Pro;
Tyr-Pro)
occorrono inibitori ad alta specificit
17

gli inibitori suicidi
Di norma poco reattivi
vengono riconosciuti dal sito catalitico
reagiscono covalentemente col sito catalitico,
inattivandolo
Ottimi candidati come farmaci per i minimi
effetti collaterali
18
Regolazione enzimatica
Quantit di enzima (sintesi /degradazione)
Cofattori
Modificazioni allosteriche
cooperativit (effetti omotropici)
effettori
(effetti eterotropici)
Modificazioni covalenti
reversibili: fosforilazione/defosforilazione
irreversibili: attivazioni proteolitiche
Possono coesistere pi meccanismi di regolazione
Un enzima regolato (allosterico):

ha cinetica sigmoide
quasi sempre polimerico
mostra cooperativit
Esiste in due forme, T ed R, a diversa affinit
(T a bassa affinit)
T R
Pu essere descritto con gli stessi modelli

usati per lemoglobina
Cinetica di un enzima regolato
Un caso di cooperativit
estrema
Concentrazione
critica di
substrato
Effettori allosterici
Effettori allosterici
Inibizione retroattiva (a feed-back)
La reazione catalizzata dalla

aspartato transcarbamilasi (ATCasi)
una
pirimidina
Laspartato
carbamiltransferasi
Modificazioni covalenti
Modificazione
Fosforilazione
Donatore
Esempio
Funzione
ATP
Glicogeno Metabolismo
fosforilasi glucosio;
segnalazione
Acetilazione
Acetil CoA Istoni
Impaccamento
DNA
ADPNAD
RNA
Trascrizione
ribosilazione
polimerasi
-carbossilazione Bicarbonato Trombina Coagulazione
Regolazione covalente:
fosforilazione/defosforilazione
(Ser, Thr; Tyr)
Regolazione covalente:
fosforilazione/defosforilazione
La regolazione per fosforilazione un processo
comune
30-50 % delle proteine negli eucarioti possono
essere fosforilate
Nelluomo esistono pi di 500 chinasi
Esistono numerose chinasi che riconoscono
sequenze consenso di amminoacidi
Possono esserci fosforilazioni multiple
Amplificazione in
cascata
Quando enzimi attivano
altri enzimi, il numero di
molecole influenzate in
una cascata aumenta
geometricamente
Numerose
chinasi sono
coinvolte nella
trasduzione di
segnali
Attivazioni
proteolitiche:
gli enzimi digestivi
zimogeni
Vengono prodotti anche inibitori delle proteasi
Attivazioni proteolitiche:
la cascata della coagulazione
Trasporto dellossigeno
Bassa solubilit di O2 in soluzioni acquose come il
sangue (1 x 10-4 M)
In singole cellule o piccoli organismi sufficiente
la diffusione
Esistono numerose proteine che legano ossigeno
Emoglobina (ferro)
vertebrati
Emocianine (rame)
molluschi
Clorocruorine (ferro)
Anellidi
Mioglobina ed Emoglobina
Proteine globulari complesse (contengono un
gruppo prostetico)
Mioglobina
2 2
1
Emoglobina
Max Perutz, Premio Nobel per la Chimica 1962
Il gruppo prostetico detto eme

costituito da ferroprotoporfirina IX e Fe (II)
Nellemoglobina funzionale il Ferro rimane Fe2+ e
non si ossida
Esiste una emoglobina non funzionale contenente
Fe3+ (metaemoglobina)
pirrolo
gruppi
propionici
globina
Nelleme il Ferro (II) pu avere

sei legami di coordinazione:
Quattro con gli N degli anelli
pirrolici
Uno con una ISTIDINA
(prossimale) della globina
Uno disponibile per lossigeno
Il ferro deve essere protetto
dalla ossidazione
His
sito per lossigeno
Vista di lato
proteina
Residuo di His
prossimale
Piano dellanello
porfirinico
Istidina prossimale e distale
Ruolo dellistidina distale

monossido di
carbonio
Localizzazione delleme
tasca idrofobica
His prossimale
His distale
La ferro-protoporfirina responsabile del

colore del sangue
Mioglobina ed Emoglobina
La struttura delle due proteine diversa:

Mioglobina: monomero con un gruppo prostetico (eme) che
complessa uno ione Fe2+.
Emoglobina: tetramero (nei mammiferi) fatto di subunit (22)
simili alla mioglobina; ognuna contiene un gruppo prostetico (eme)
che complessa uno ione Fe2+.
Le funzioni biologiche delle due proteine sono diverse:

Mioglobina: lega con lata affinit lO2 e lo rende disponibile
SOLO quando la pO2 molto bassa (muscolo, cetacei in
immersione).
Emoglobina: lega lO2 quando la pO2 alta (polmoni, branchie) e
lo rilascia quando la pO2 pi bassa (tessuti, cellule).
La Mioglobina:
una proteina monomerica globulare compatta
Contiene otto segmenti (A, B, C...) ad -elica
(circa 75%)
Possiede una cavit idrofobica che contiene
leme
153 amminoacidi
PM 17.000
Il legame con lossigeno

Nella mioglobina:
Mb + O2
KD =
MbO2
[Mb] [O2]
[MbO2]
Si definisce la saturazione frazionale (O2 ) la

frazione di siti che hanno ossigeno legato:
O2 =
[MbO2]
[Mb] + [O2]
O2 =
[O2]
KD + [O2]
La MIOGLOBINA mostra una caratteristica

curva di saturazione iperbolica
Y = [O2] /(K D + [O2])
= pO2 /(p50 + pO2)
Ruolo della mioglobina

Mb ha unalta affinit per

lossigeno: p50 bassa (2.8 Torr)
Riesce ad estrarre lossigeno

dai capillari
Quando le cellule sono

metabolicamente attive, Mb
rilascia lossigeno ai muscoli
Lemoglobina:
costituita da 4 subunit (tetramero 22)
una proteina regolata (allosterica)
mostra una curva di saturazione sigmoide
(cooperativit positiva)
Confronto tra Mb e Hb
Lemoglobina: una proteina

regolata
Effetti
omotropici (dovuti al legando):
cooperativit positiva
Effetti
eterotropici (dovuti ad altre molecole,

che si legano in un sito diverso da quello
attivo)
allosterismo
Come si spiega la regolazione ?

Lemoglobina esiste in due conformazioni (Perutz):
- Conformazione T (tesa), a bassa affinit per lO2 (forma
deossigenata)
- Conformazione R (rilassata), ad elevata affinit per lO2
T R
Il legame della prima molecola di O2 causa la rottura di

alcune interazioni tra le subunit, rendendo pi facile il
legame con le successive molecole di O2: cooperativit
positiva. Il cambiamento di affinit dovuto ad una
modificazione conformazionale.
Nella emoglobina, la forma T stabilizzata da ponti salini
Effetto del legame con O2
Cooperativit positiva
STATO R
STATO T
10
Modello concertato (MWC)

Stato T
La proteina un oligomero
Esiste in due stati

conformazionali, T ed R in
equilibrio
La forma non legata T, a

bassa affinit
Tutti i siti di legame sono

equivalenti
Stato R
Lemoglobina finemente modulata:

effetto del pH e della CO2
In acqua, la CO2 libera H+ (reazione favorita dalla

anidrasi carbonica)
CO2 + H2O H2CO3 H+ + HCO3

gli ioni idrogeno stabilizzano la forma deossi:
H+Hb + O2 HbO2 + H+
11
Lemoglobina finemente modulata:

effetto del pH (effetto Bohr)
A pH pi bassi la
curva di saturazione si
sposta a destra:
minore affinit
Lemoglobina finemente
modulata: effetto della CO2
La CO2 si lega a gruppi amminici terminali con

formazione di carbammati:
R-NH2 + CO2 R-NH-COO- + H+
Anche questa reazione stabilizza la forma T

(deossi);
inoltre consente il trasporto della anidride carbonica
(15-20%), che viene rilasciata quando in presenza di
alte concentrazioni di O2 la forma ossi prevale
12
Il sistema tamponante del sangue

Il principale sistema tampone il bicarbonato:
CO2 + H2O H2CO3 H+ + HCO3
La reazione catalizzata dallenzima anidrasi carbonica
da: Berg et al. Biochimica 6E - Zanichelli
modulata: ruolo del BPG
13
modulata: ruolo del BPG
BPG stabilizza la forma deossi legandosi ad
una cavit con gruppi positivi
Concentrazione alta nel sangue
Ruolo del BPG
14
Emoglobina
fetale Hb F
Emoglobina fetale: BPG si lega

debolmente
His 143 assente in HbF
15
Varianti dellemoglobina
Ci sono almeno 800 varianti della emoglobina:

circa 95% riguardano un solo amminoacido
Il 5 % della popolazione mondiale ha una

emoglobina diversa da quella normale
(HbA)
Numerose mutazioni sono silenti (non

patologiche) - mutazioni conservative
Consentono
di
struttura/attivit
studiare
relazioni
Anemia falciforme ed HbS

In Hb S, una Val sostituisce Glu in una posizione

superficiale;
Val pu dare legami idrofobici con unaltra Hb,

particolarmente nella forma deossi;
Le molecole Hb si aggregano in fasci e possono

precipitare (eritrociti falciformi)
Distribuzione geografica caratteristica
16
In Hb S, una Valina sostituisce un

Acido glutammico
Hb S meno acida di HbA
Distribuzione geografica
Il tratto falciforme (eterozigoti) conferisce protezione dalla malaria.

Nella talassemia sono coinvolte intere catene.
da: Berg et al. Biochimica 6E - Zanichelli
17
Lipidi
Composti eterogenei, idrofobici (poco solubili
in acqua, solubili in solventi apolari)
Funzioni principali:
riserve energetiche (grassi e olii)

costituenti delle membrane
in alcuni casi, messaggeri (ad esempio, ormoni)
agenti emulsionanti
Acidi grassi
Acidi carbossilici a lunga catena, spesso a numero
pari di carbonii (i pi comuni hanno 12-24 carbonii)
Possono essere saturi o insaturi:
gli insaturi sono di solito cis

le insaturazioni spesso cominciano dal C-9 (9)
le insaturazioni sono ogni tre carbonii (non sono
coniugate)
I punti di fusione:
aumentano con la lunghezza
diminuiscono con il grado di insaturazione
La fluidit aumenta con il grado di insaturazione
Alcuni acidi grassi naturali
Acidi grassi saturi e insaturi
cis
Acido stearico 18:0
Acido oleico 18:1 (9)
Impaccamento degli acidi grassi
Triacilgliceroli (trigliceridi)

Esteri del glicerolo con acidi grassi

Riserva energetica depositata in forma anidra
Possono produrre acqua metabolica
Sono isolanti termici
glicerolo
Cere
Esteri di acidi grassi a lunga catena con
alcoli a lunga catena
Funzioni energetiche e protettive
Di largo impiego nellindustria farmaceutica
e cosmetica
Classi principali di lipidi

Lipidi di
deposito
(neutri)
Lipidi di membrana (polari)
fosfolipidi
Triacilgliceroli
glicerofosfolipidi
glicolipidi
sfingolipidi
sfingolipidi
Glicerofosfolipidi
Lipidi polari (anfipatici)
Il glicerolo esterificato:
con due acidi grassi

con un gruppo fosfato
(code non polari)

(testa polare)
Il gruppo fosfato a sua volta pu essere

esterificato con un altro alcool
Glicerofosfolipidi
Glicerofosfolipidi e fosfolipasi
I fosfolipidi possono essere tagliati
da fosfolipasi specifiche
La fosfolipasi C libera diacilglicerolo,
una molecola segnale
Sfingolipidi
Derivano dalla sfingosina, un amminoalcool insaturo a 18 carbonii: i
C-1, 2, 3 somigliano al glicerolo
Un esempio: la sfingomielina:
Ossidrile in posizione 1
esterificato con fosforilcolina
Legame ammidico con un
acido grasso (cerammidi)
Sfingolipidi
Cerammide: unit comune

Sfingomieline (testa polare di fosfocolina o
fosfoetanolammina)
Glicosfingolipidi

Cerebrosidi: singola unit saccaridica

Gangliosidi: teste polari con oligosaccaridi complessi
(abbondanti sulla superficie esterna delle cellule)
Gli zuccheri di glicosfingolipidi sono i determinanti dei

gruppi sanguigni umani
Sfingolipidi
Lehninger Introduzione alla Biochimica, ed. Zanichelli
Steroidi e colesterolo
Quattro anelli condensati
(ciclopentano-peridrofenantrene);
nucleo planare e rigido
Precursore di ormoni steroidi, sali
biliari, vitamina D
Testa polare
I sali biliari emulsionano i lipidi
Fosfolipidi in
acqua
Ad esempio,
acidi grassi
lisofosfolipidi
Tratto da: A.L. Lehninger Introduzione alla Biochimica, ed. Zanichelli
Membrane
Strutture laminari che delimitano diversi compartimenti cellulari
Costituite da lipidi anfipatici e proteine (contengono anche carboidrati)
Proteine specifiche svolgono ruoli funzionali
Semi-permeabili
Asimmetriche
Fluide
Resistenti e flessibili: si auto-assemblano e si
sigillano
Schema di una membrana:

il mosaico fluido
esterno
interno
proteina
periferica
Mobilit dei lipidi e fluidit

Movimento delle catene aciliche

e diffusione laterale
La
fluidit
temperatura
La
fluidit
dipende
dalla
composizione
(presenza
di
insaturi, lunghezza delle catene)
Il colesterolo modula la fluidit
Il movimento trasversale (flipflop) lento; richiede enzimi

(flippasi e floppasi) e spesso ATP
dipende
dalla
10
Temperatura di transizione
(stato paracristallino fluido)
Composizione in acidi grassi di cellule di

E. coli coltivate a temperature diverse
Percentuale rispetto agli acidi
grassi totali
10 C 20 C 30 C 40 C
Acido miristico
(14:0)
Acido palmitico (16:0)
18
25
29
48
Acido palmitoleico (16:1)
26
24
23
Acido oleico
38
34
30
12
2.9
2.0
1.6
0.38
(18:1)
Rapporto insaturi/saturi
11
Movimento flip-flop
Le flippasi possono
richiedere energia
In genere, determinano
asimmetria nella
membrana
Composizione e asimmetria
12
FRAP: una misura della mobilit
Proteine di membrana
Proteine integrali
strettamente legate alla membrana con interazioni
idrofobiche
si possono rimuovere solo disgregando la
membrana (con detergenti)
Possono contenere pi segmenti transmembrana
Proteine periferiche o estrinseche

legate blandamente ad una faccia della membrana
una volta rimosse sono solubili
Proteine ancorate covalentemente a lipidi (ad

esempio, GPI glicosil-fosfatidilinositolo)
13
Un esempio di proteina
integrale, la
batteriorodopsina (7-S)
Zattere o lipid rafts

spazio intracellulare
Raft
spazio extracellulare
1: porzione non raft della membrana
2: lipid raft (ricco di colesterolo e sfingolipidi)
3: proteina transmembrana associata a lipid raft
4: proteina nella porzione non raft della membrana
5: proteina glicosilata
6: proteina ancorata al GPI (glicosil-fosfatidilinositolo)
7: colesterolo
8: glicolipidi
14
Lipidi biologicamente attivi

Ormoni steroidei
Fosfatidilinositolo e suoi derivati fosforilati:
segnalazione
Cerammide e suoi derivati

Segnalazione
Eicosanoidi (derivati dellacido arachidonico)

Prostaglandine
Trombossani
Leucotrieni
Eicosanoidi
FANS
Derivano principalmente dallacido arachidonico
15
Eicosanoidi
Esplicano il loro ruolo a livello locale: vita breve
Prostaglandine
Numerosi tipi
Stimolano la contrazione uterina, regolano il flusso sanguigno,
sono legate allinfiammazione
Trombossani
Prodotti nelle piastrine, coinvolti nella coagulazione
Leucotrieni
segnali biologici: ad esempio, inducono la contrazione della
muscolatura liscia nei polmoni
La cicloossigenasi (COX) che partecipa alla sintesi di

prostaglandine e trombossani inibita da FANS
16
Sistemi di trasporto di
membrana
Diffusione
semplice (processo spontaneo

non mediato)
Trasportatori
Diffusione facilitata o trasporto passivo
Trasporto attivo
primario
secondario
Canali
e pori
Diffusione semplice
Processo spontaneo non
mediato.
La velocit dipende dal
gradiente [C], dalla
superficie di contatto e
da un coefficiente di
diffusione (legge di Fick)
Il flusso segue il gradiente

di concentrazione
oppure un gradiente
elettrico (o entrambi)
Diffusione semplice
Non sono richieste proteine particolari
Le specie si muovono seguendo il gradiente di

concentrazione; da [C] pi alta a [C] minore
Spesso, bassi coefficienti di permeabilit: velocit

bassa
Poche specie diffondono efficacemente per questa via

(gas come lossigeno, molecole non polari come gli
steroidi...)
Trasportatori
di membrana
Soggetti a modificazioni
conformazionali
I trasportatori (come gli
enzimi) diminuiscono
lenergia di attivazione
del processo di trasporto
Trasporto passivo
(diffusione facilitata)
Come per le reazioni che richiedono enzimi, la

diffusione pu essere possibile dal punto di vista
termodinamico, poco probabile dal punto di vista
cinetico.
I soluti si muovono secondo gradiente (direzione

favorita termodinamicamente)
Proteine aumentano la velocit di trasporto

(confronta con gli enzimi)
Il trasporto mostra cinetiche di saturazione
Trasporti mediati e non mediati:

differenze
Velocit
Specificit
Saturazione
Competizione
Inibizione/inatti-
vazione
Il trasporto passivo
del glucosio (Glut1;
glucosio permeasi)
Dodici eliche trans-membrana
Due siti di legame (interno ed
esterno)
Cambiamento conformazionale in seguito al legame con
il glucosio
Glucosio nel plasma: ~ 5 mM
Famiglia di trasportatori Glut:
Glut4 sotto il controllo
dellinsulina
pompa
del
sodio
Ad es., Glut
Trasporto attivo
I soluti si muovono contro gradiente (chimico,
elettrico o entrambi)
Il processo sarebbe sfavorito termodinamicamente
Trasporti attivi primari: lenergia deriva direttamente

da ATP
Trasporti attivi secondari: lenergia deriva da un altro
processo accoppiato e favorevole (ad esempio,
gradienti ionici)
Un trasportatore attivo primario:

la Na+-K+ ATPasi
Escono 3 Na+
Entrano 2 K+
contro gradiente
chimico ed elettrico
Un trasportatore
attivo primario:
la Na+-K+ ATPasi
Dapprima ATP fosforila il
trasportatore e ne cambia la
specificit
Il cambiamento conformazionale
dovuto
alla
fosforilazione di un Asp
(ATPasi di tipo P)
La proteina fosforilata lega K+
Il fosfato si libera e K+ viene
rilasciato
La pompa del sodio inibita

dalla ouabaina e da glicosidi
cardioattivi come la digitossina
La concentrazione di calcio
intracellulare controllata
[Ca2+] in circa 0.1 M, circa 4 ordini di
grandezza pi bassa che allesterno
Esistono almeno due Ca-ATPasi di tipo P, una
di membrana citoplasmatica che espelle il calcio
e una del reticolo endoplasmico/sarcoplasmico
(SERCA) che lo sequestra
Nella contrazione muscolare, il calcio
rilasciato dal reticolo
Esiste anche uno scambiatore Na+/Ca2+
Un trasportatore attivo secondario:

il trasportatore intestinale di glucosio
Il trasportatore porta allinterno (sinporto)

il glucosio contro gradiente (G positivo)
il sodio secondo gradiente (G negativo)
Lenergia (sotto forma di ATP) consumata

per espellere di nuovo il sodio (pompa del
sodio)
Trasportatori attivi primari e

secondari
La resistenza ai farmaci antitumorali (MDR)

Dipende da una
pompa proteica che
espelle sostanze
estranee (in genere
idrofobiche) come
alcuni farmaci
Glicoproteina P
Sistemi di trasporto in cellule di

mammifero
Glucosio

Amminoacidi
H+ (ATPasi di tipo F)
Na+, K+
Ca++ (SR)
Ca++, Na+
Lattosio, H+ (E. coli)

Passivo
Co-trasporto attivo con Na+
Co-trasporto attivo con Na+
Attivo (mitocondri)
Attivo primario (antiporto)
Attivo primario
Scambio attivo (secondario)
Attivo secondario (sinporto)
Canali
Buco acquoso nella

membrana
Velocit molto elevate

(anche 1000 volte superiori
ai trasportatori
Gating (possono essere

aperti o chiusi)

Non saturabili
Seguono il gradiente
10
La famiglia delle acquaporine

Nei mammiferi esistono almeno 11 proteinecanale integrali per lacqua
Diversa localizzazione e ruolo
Flusso molto veloce
Peter Agre, Premio Nobel per la Chimica, 2003
Il canale per il sodio

dipendente dal voltaggio
bloccato dalla tetrodotossina
11
Il recettore dellacetilcolina
Il canale del recettore

dellacetilcolina
Residui idrofobici
ingombranti Leu
tengono chiuso il
canale
Il legame di due
acetilcoline provoca una
rotazione
Con i recettori occupati,

le
eliche
espongono
residui polari verso il
canale
12
Ionofori mobili e che formano canali

Molecole organiche (spesso di origine

batterica) che aumentano la permeabilit di
membrana
formanti canali
trasportatori mobili
Valinomicina
Struttura ciclica; contiene D- ed L-amminoacidi
Affinit per il potassio 1000 volte superiore rispetto al
sodio
Ionoforo specifico per K+
13
Gramicidina
14
Il metabolismo;
sistemi enzimatici coordinati per:
ottenere energia dallambiente (luce solare o sostanze
nutrienti)
convertire molecole nutrienti nelle molecole caratteristiche
della cellula
polimerizzare
precursori
(per
polisaccaridi, acidi nucleici)
produrre
proteine,
sintetizzare/degradare molecole specializzate

In E. coli, pi di 1000 reazioni chimiche
Alto livello di coordinazione
Relazioni metaboliche
OSSIDAZIONI
RIDUZIONI
Da: Lehninger
Le vie metaboliche
Sono spesso irreversibili (G << 0)
Molte tappe sono prossime allequilibrio (G 0) e

dipendono dalle concentrazioni di reagenti

Una (o pi di una) tappa iniziale di controllo
(irreversibile); qui spesso il reagente si accumula (diga)
Vie cataboliche e anaboliche sono spesso diverse
Le vie cataboliche sono convergenti; quelle anaboliche
divergenti
Negli eucarioti esiste compartimentazione: questo
consente di separare alcune vie e di mantenere
concentrazioni diverse di metaboliti ed enzimi
I flussi sono controllati

dalle reazioni
irreversibili
Reazione limitata
dallenzima (lontano
dallequilibrio)
Reazioni limitate
dal substrato
(prossime
allequilibrio)
Controllo del metabolismo

Attivit enzimatica (regolazione allosterica e covalente)
Quantit di enzimi (induzione e repressione)
Disponibilit di substrati
Stato energetico
Carica energetica =
ATP + 1 / 2 ADP
ATP + ADP + AMP
Le vie cataboliche sono convergenti
Da: Champe
Esempi di reazioni biochimiche

Trasferimenti di gruppo (sostituzione nucleofila)
Ossido-riduzioni
Eliminazioni, isomerizzazioni, riarrangiamenti
Reazioni che formano/rompono legami C-C
Composti ad alta energia
La completa ossidazione di combustibili

libererebbe notevoli quantit di energia:
Glucosio: 2850 kJ/mole

Palmitato 9780 kJ/mole
Il metabolismo procede a tappe: lenergia

immagazzinata a pacchetti in intermedi
ad alta energia
ATP, un composto con elevata

energia di idrolisi
Adenina
ATP, un composto con elevata

energia di idrolisi
ATP
Sub-
Trasferimento di
un gruppo fosfato
Sub-
Trasferimento di un
gruppo adenilico
Composti in genere stabili cineticamente
LATP usato per alimentare numerosi

processi
Luce (fotosintesi) o composti ad alta
potenziale (respirazione)
The ATPenergia
cycle
Sintesi di
macromolecole
(proteine,
DNA)
Sintesi di altri Movimenti

componenti
cellulari e
cellulari
lavoro
meccanico
Trasporti di
Generazione Calore
molecole/ ioni di potenziali
contro gradiente elettrici
Nelluomo ci sono circa 100 g di ATP: a riposo si consumano

circa 40 kg ATP/giorno
Reazioni accoppiate
Coenzimi ossido-riduttivi
NAD+
FAD
Piridinici (NAD e NADP)
Derivano dalla niacina (Vitamina PP o B3)
Cosubstrati di pi di 200 enzimi
Ruoli metabolici specializzati
Accettano due elettroni (ione idruro H:-)
NADPH coinvolto nelle biosintesi riduttive
Flavinici (FMN e FAD)

Derivano dalla riboflavina (vitamina B2)
Possono trasferire un elettrone alla volta
In genere, legati saldamente agli enzimi (flavoproteine)

ossidoriduzioni: il NAD(P)
Ossidoriduzioni ed energia
Lossidazione di coenzimi ridotti un processo

esoergonico
Lenergia liberata pu essere utilizzata per la
sintesi di ATP (fosforilazione ossidativa)
ATP pu essere generato anche dallaccoppiamento con processi pi esoergonici
(fosforilazione a livello del substrato)
I coenzimi flavinici e piridinici sono

accettori di elettroni che provengono dalle
ossidazioni
FAD
FADH2
- CH2- CH2-
- CH = CH -
Il substrato si ossidato (ha perso elettroni), il FAD si

ridotto a FADH2 (ha acquistato elettroni)
OH
- CH - CH2-
NAD+
NADH
O
- C - CH2-
Il substrato si ossidato (ha perso elettroni), il NAD+

si ridotto a NADH (ha acquistato elettroni)
OSSIDANTI
RIDUCENTI
Gli elettroni possono trasferirsi da prodotti ridotti a reagenti

ossidati di una reazione sovrastante
Da: Lehninger
10
Il glucosio svolge un ruolo centrale

Glicogeno, amido,
saccarosio...
deposito
glicolisi
(10 reazioni)
Acidi grassi
Alcuni aspetti della glicolisi

Via antica e conservata
Formazione di ATP nella glicolisi
Destino del piruvato
Energia rimasta nel piruvato
Ruolo degli intermedi fosforilati
Altri zuccheri come fruttosio e galattosio sono
trasformati in intermedi della glicolisi

Il NAD+ come reattivo limitante
Fermentazioni: reazioni anaerobiche che
rigenerano NAD+
Glicolisi: fase preparatoria

Fosforilazione del glucosio e
formazione della
gliceraldeide-3-P
Glicolisi: fase di recupero

conversione della gliceraldeide-3-P
Formazione di ATP
Glucosio + 2 NAD+ + 2 ADP + 2 Pi 2 piruvato + 2 NADH +

2 ATP + 2 H2O + 4 H+
Il glucosio
trasportato
allinterno
della cellula
1. Attivazione del glucosio:

la prima tappa irreversibile e regolata
G =
- 33.9 kJ/mol
Reazioni accoppiate
Isoenzimi della esochinasi:

ruolo metabolico
inibita da G-6-P
Vmax/2
epatica (non inibita da G-6-P)
Il glucosio trattenuto nella

cellula dalla fosforilazione a G6P
La fosforilazione
sposta lequilibrio a
destra
2. Isomerizzazione a fruttosio
pi facile fosforilare un -OH primario
3. La seconda fosforilazione catalizzata

dalla fosfofruttochinasi (PFK-1)
La fosfofruttochinasi un enzima
regolato
4. Laldolasi catalizza una

condensazione aldolica
G = - 0.23 kJ/mol
5. I prodotti dellaldolasi possono

interconvertire per isomerizzazione
La glicolisi prosegue dalla GA3P

TPI un enzima perfetto
6. Lossidazione dellaldeide guida la

formazione dellacilfosfato, composto
ad alta energia
Meccanismo dazione della

gliceraldeide 3-fosfato deidrogenasi
tioemiacetale
tioestere
7. La fosfoglicerato chinasi forma ATP

(fosforilazione a livello del substrato)
Le reazioni 6) e 7) sono energeticamente accoppiate:

G = 6.3 18.5 = - 12.2 kJ/mol
6, 7 - riassumendo:
Unaldeide (gliceraldeide-3-P) ossidata a
1,3 bis-fosfoglicerato (che poi si trasforma
in 3-P-glicerato)
Il NAD+ si riduce a NADH
Si forma ATP, a spese dellenergia di
ossidazione del carbonio
La reazione 7) spinge in avanti la
reazione 6) con cui accoppiata
10
Una deviazione nella glicolisi

Nei globuli rossi, da 1,3 BPG per azione di
una mutasi si forma 2,3 BPG, effettore
negativo dellemoglobina
8. La fosfoglicerato mutasi riposiziona il

fosfato per la reazione successiva
11
9. La deidratazione catalizzata da enolasi

forma un composto ad alta energia
10. Lenergia del PEP usata per formare un

secondo ATP (piruvato chinasi)
Reazione fortemente
esoergonica
12
Bilancio energetico
della glicolisi
Le reazioni della
glicolisi sono
utilizzate in parte
nella via sintetica
(gluconeogenesi)
13
Destino del piruvato e del NADH
In condizione aerobiche,
il piruvato ossidato completamente a CO2 e

acqua (ciclo dellacido citrico)
Il NADH partecipa al trasferimento di elettroni
fino allaccettore finale ossigeno: in questo
processo si rigenera NAD+
In condizioni anaerobiche,
Il piruvato trasformato per rigenerare NAD+

(fermentazioni)
Fermentazione lattica
Serve per rigenerare NAD +
Il lattato trasportato dal
sangue al fegato dove si pu
riformare glucosio (ciclo di
Cori)
14
Fermentazione
alcolica (lieviti)
necessario un cofattore, la
tiamina pirofosfato
La tiamina pirofosfato
Deriva dalla tiamina, vitamina B1, anti beri-beri
Partecipa a reazioni di decarbossilazione,
trasportando unaldeide attiva
Forma un carbanione sullanello tiazolico (che
contiene un H acido)
15
H acido
Si forma un carbanione
Vitamina B1
Meccanismo
dazione della
TPP
Da: Lehninger
16
La gluconeogenesi
Alcuni tessuti (globuli rossi, cervello..)
dipendono dal glucosio
Sintesi di glucosio da precursori non
glucidici:
Lattato, piruvato, ossalacetato, glicerolo

Amminoacidi (scheletro carbonioso)
Usa le reazioni glicolitiche in direzione

inversa tranne quelle esoergoniche:
piruvato chinasi
fosfofruttochinasi
esochinasi
Principalmente nel fegato

Glicolisi e gluconeogenesi strettamente
coordinate
La piruvato carbossilasi produce

ossalacetato
La reazione richiede ATP, HCO3- e biotina (un coenzima
che trasporta CO2 )

La biotina legata covalentemente a una lisina dellenzima
Regolazione: quando ATP o acetil-CoA sono alti, il
piruvato entra nella gluconeogenesi
Esiste un "problema di conversione " nei mitocondri
(passaggio di metaboliti tra citosol e mitocondri)
La biotina
*
Biotina
Carbossi-biotinilenzima
Vitamina (H) sintetizzata da batteri intestinali

Trasporta CO2
Legata covalentemente a enzimi (braccio mobile)
La carbossilazione richiede ATP
Lossalacetato
un intermedio del
ciclo di Krebs
(mitocondri)
La piruvato carbossilasi
attivata da acetil-CoA
Acidi grassi
Prima
deviazione
piruvato
chinasi
Il trasporto del
malato produce
NADH citosolici
PEPCK
citosolica
MDH
citosolica
La piruvato carbossilasi nel

mitocondrio
Meccanismo di
azione della piruvato
carbossilasi
La fosfoenolpiruvato
carbossichinasi
Lossalacetato un
piruvato attivato
Occorre molta energia
proveniente:
dalla decarbossilazione
dal GTP
Le altre
due
deviazioni
Terza
deviazione
Seconda
deviazione
Nella sintesi di un glucosio si

consumano 6 ATP
Dato che nella glicolisi si
formano 2 ATP, un ciclo
futile costerebbe 4 ATP
Glicolisi e gluconeogenesi
La glicolisi e la gluconeogenesi sono vie metaboliche

spontanee (esoergoniche)
Se fossero attive simultaneamente si avrebbe un ciclo
futile con consumo di energia: necessaria una regolazione
reciproca
Glicolisi:
glucosio + 2 NAD+ + 2 ADP + 2 Pi 2 piruvato + 2 NADH
+ 2 ATP
Gluconeogenesi:
2 piruvato + 2 NADH + 4 ATP + 2 GTP glucosio + 2 NAD+

+ 4 ADP + 2 GDP + 6 Pi
Glicolisi + gluconeogenesi:
2 ATP + 2 GTP 2 ADP + 2 GDP + 4 Pi
Il fruttosio 2,6bisfosfato un potente

modulatore
La glicolisi attivata
La gluconeogenesi rallentata
Enzima tandem
Il fruttosio 2,6-bisfosfato sintetizzato e scisso
da due attivit sullo stesso enzima (PFK-2 e
Fruttosio BisFosfatasi -2, (FBP-2))
Lenzima sotto controllo allosterico, covalente,
ormonale
Ruolo del fruttosio 2,6-bisfosfato

PFK-2
Via del pentosio fosfato

(shunt dellesosio monofosfato)
Alternativa ossidativa alla glicolisi
Tessuto adiposo
fegato (30% del glucosio ossidato)
Ha origine dal glucosio 6-fosfato

Esochinasi, Glicogeno
Serve a produrre (fase ossidativa)

Pentosio fosfato (ribosio)
NADPH
NADPH
NADPH: potere riducente per
le biosintesi (come quella degli
acidi grassi)
Distinto da NADH
[NAD+]/[NADH] 1000
[NADP+]/[NADPH] 0.01
1. Glucosio 6-fosfato deidrogenasi
Si forma un -lattone (estere

ciclico intramolecolare)
2. La lattonasi (esterasi)
accelera lapertura dellanello
3. Fosfogluconato deidrogenasi
La fosfogluconato deidrogenasi catalizza la decarbossilazione ossidativa del 6-fosfogluconato:
il NADP+ serve da ossidante
Un chetosio:
ribulosio-5-P
4. Formazione del ribosio 5-fosfato

Si forma il chetone ribulosio-5fosfato che una isomerasi
converte in ribosio-5-fosfato
Nella fase ossidativa si formano
un Ribosio-1-P e due NADPH
NADPH serve per le vie
sintetiche e previene danni
ossidativi
10
Isomerizzazione del ribulosio 5-P
Via del pentosio fosfato:

fase non ossidativa
Ricicla pentosi in composti a diverso numero di
carbonii
Da tre pentosi (C5) si pu arrivare a due molecole di
fruttosio-6-P (C6) e una gliceraldeide-3-P (C3)
Pu essere percorsa in entrambe le direzioni
(reazioni facilmente reversibili)
Consente di arrivare a pentosi senza la fase
ossidativa
Transchetolasi: trasferisce un frammento a due C da
un chetosio donatore a un aldosio accettore
Transaldolasi: trasferisce un frammento a tre C
11
La fase non ossidativa ricicla i

pentosi a glucosio-6-fosfato
FASE
OSSIDATIVA
C3
FASE NON
OSSIDATIVA
C7
C5
C5
C4
C6
Da: Voet et al. Fondamenti di Biochimica - Zanichelli
12
Reazioni
reversibili:
la fase non
ossidativa
pu essere
percorsa al
contrario
Versatilit della via dei pentosi

1. Richiesta di potere riducente e ribosio
(ad esempio, duplicazione cellulare)
Fase ossidativa
2. Elevata richiesta di NADPH

La via prosegue con le reazioni transchetolasiche
e transaldolasiche
3. Bassa richiesta di NADPH

La fase non ossidativa percorsa a ritroso
partendo da fruttosio-6-fosfato
13
Carenza di G6PDH e favismo

NADPH contribuisce a mantenere lambiente
riducente nei globuli rossi
La carenza dellenzima porta a crisi emolitiche
Numerosi farmaci e sostanze ossidanti possono
scatenare crisi emolitiche
Distribuzione geografica simile a quella della
malaria
14
Glicogeno
Il glicogeno (come lamido) un polimero del D-glucosio
I monomeri sono legati con legami glicosidici 1
4
nelle catene principali e 1 6 nelle ramificazioni.
un sistema di accumulo del glucosio sotto forma di
granuli (soprattutto nel fegato): struttura molto ramificata
CH2OH
CH2OH
O
OH
CH2OH
CH2OH
OH
OH
CH2OH
O
OH
6 CH2
OH
HO
OH
OH
OH
OH
O
OH
1mm
OH
HO
CH2OH
CH2OH
OH
OH
OH
O
OH
CH2OH
OH
O
OH
OH
OH
Demolizione del glicogeno (glicogenolisi)

Alimenta il glucosio del sangue (~ 5mM) dal
fegato e la glicolisi nel muscolo
Riserva di breve durata
Richiede tre enzimi
La glicogeno fosforilasi
Stacca un glucosio -1-fosfato (G1P) da una estremit
non riducente (C-4 libero) (reazione di fosforolisi)
Glicogeno
La struttura dei granuli di glicogeno permette una
rapida mobilizzazione (scissione) del glucosio 1-P
poich vi sono molte estremit diverse attaccabili
CH2OH
CH2OH
O
OH
CH2OH
O
n
OH
CH2OH
O
OH
6 CH
2
CH2OH
OH
OH
OH
OH
OH
OH
O
OH
HO
OH
HO
CH2OH
CH2OH
OH
OH
OH
O
OH
CH2OH
OH
O
OH
OH
OH
2, 3 Glicogenolisi
Date le dimensioni del sito, la
fosforilasi riesce a tagliare il

legame 1 4 fino a quattro
residui dalla ramificazione
2. Un enzima deramificante
sposta tre unit di glucosio
(transferasi) e taglia lultimo
glucosio (attivit glucosidasi)
formando glucosio libero
3. La fosfoglucomutasi (una
isomerasi) converte G1P in G6P
Nel fegato, il G6P produce
glucosio (G6P fosfatasi)
Nel fegato
presente la G6P
fosfatasi
La glicogeno fosforilasi un enzima

polimerico controllato
Regolazione covalente: esiste una forma fosforilata in Serina (fosforilasi a) pi attiva e una
defosforilata (fosforilasi b) meno attiva
Regolazione allosterica: conformazione attiva R
e meno attiva T. Un effettore positivo come
AMP sposta lequilibrio verso R.
Sintesi del glicogeno
Sintesi e demolizione devono seguire vie diverse

Occorrono tre enzimi
La sintesi coordinata con la demolizione
La sintesi ha inizio con una reazione esoergonica
(di attivazione)
Si utilizza UTP come trasportatore di glucidi
1. La UDP-glucosio pirofosforilasi
G1P trasferito su UTP
Lidrolisi del pirofosfato PPi
rende la reazione esoergonica
(strategia comune)
2. La glicogeno sintasi
Il glucosio trasferito dallUDPG sul C-4 di un
estremit non riducente di glicogeno (
1
4 )
La glicogeno sintasi un enzima

controllato
La glicogeno sintasi un tetramero in cui la forma
fosforilata (su Ser) meno attiva (al contrario della
fosforilasi)
La forma fosforilata regolata allostericamente
Il controllo glicogeno fosforilasi/sintasi ormonale
3. Lenzima ramificante
La sintasi allunga catene con legami 1
4 (come
nellamilosio)
Le ramificazioni sono dovute ad un enzima che
trasferisce segmenti di residui di glucosio su di un C6
Dato che la sintasi pu solo allungare segmenti preesistenti, la sintesi comincia da una proteina
glicogenina su cui si forma un innesco (su di un
residuo di Tyr)
Fasi della demolizione aerobica

del glucosio
Produzione di acetil-CoA (complesso della

piruvato deidrogenasi)
Ossidazione dellacetil-CoA (ciclo di Krebs)
Trasferimento di elettroni e fosforilazione

ossidativa
Gli acetil-CoA possono provenire anche dalla

demolizione (ossidazione) degli acidi grassi
Il Ciclo dellacido citrico

(di Krebs; 1937)
cristae
(acetilCoA)
Il Ciclo dellacido citrico: una

panoramica
Via circolare (ciclo) con otto reazioni
Le reazioni avvengono nella matrice
mitocondriale (un enzima nella membrana
mitocondriale interna)
Nei mitocondri vi sono anche gli enzimi per
lossidazione degli acidi grassi e la fosforilazione
ossidativa
Il Ciclo dellacido citrico: una panoramica

Reazione netta totale:
Acetil-CoA + 3 NAD+ + FAD + GDP + Pi
CoA + 3 NADH + FADH2 + GTP + 2 CO2
Lenergia di ossidazione conservata nei
coenzimi ridotti e nel GTP
Il ciclo agisce come un catalizzatore che ossida
gruppi acetilici
Gli intermedi della via possono essere precursori
di altri composti (funzione anfibolica)
Una tappa di collegamento:

la piruvato deidrogenasi
Trasforma il piruvato in acetil-CoA
un complesso (in E. coli, 60 subunit!) formato
da tre enzimi:
piruvato deidrogenasi
diidrolipoiltransacetilasi
diidrolipoildeidrogenasi
Utilizza cinque coenzimi:
CoA-SH
tiamina pirofosfato (TPP)
Lipoato
NAD+
FAD
Il complesso piruvato deidrogenasi

consente lingresso del piruvato nel
ciclo di Krebs
Il coenzima A (CoA-SH)
-mercaptoetilammina
Acido pantotenico
I tioesteri sono composti ad alta energia

Lacido pantotenico una vitamina del
gruppo B
La tiamina pirofosfato
(TPP)
La Tiamina una vitamina (B1) anti beri-beri
NAD+
FAD
FMN
Il lipoato (fattore vitaminico)

un braccio mobile legato
covalentemente allenzima E2
Catena polipeptidica di E2
(diidrolipoiltransacetilasi)
Decarbossilazione
ossidativa del
piruvato
Piridinici (NAD e NADP)
Derivano dalla niacina (Vitamina PP o B3)
Cosubstrati di pi di 200 enzimi
Ruoli metabolici specializzati
Accettano due elettroni (ione idruro H:-)
NADPH coinvolto nelle biosintesi riduttive
Flavinici (FMN e FAD)

Derivano dalla riboflavina (vitamina B2)
Possono trasferire un elettrone alla volta
In genere, legati saldamente agli enzimi (flavoproteine)
Controllo della piruvato deidrogenasi

Inibizione retroattiva da prodotto

NADH
Acetil CoA
Regolazione covalente
la fosforilazione tramite una chinasi rende il
complesso meno attivo
Linsulina attiva la piruvato deidrogenasi tramite una
fosfatasi
Regolazione allosterica
ATP inibisce
AMP attiva
1. La citrato sintasi: lacetil-CoA

condensa con lossalacetato
legame tioestere
2. Laconitasi: il citrato isomerizza
La reazione sarebbe spostata a sx, ma si consuma isocitrato

Lisocitrato si ossida pi facilmente
3. Prima decarbossilazione
ossidativa: lisocitrato deidrogenasi
Si forma il primo NADH
4. Seconda decarbossilazione ossidativa:

l-chetoglutarato deidrogenasi
Il meccanismo analogo alla piruvato deidrogenasi:

il prodotto un tioestere ad alta energia
5. Parte dellenergia recuperata in

una fosforilazione a livello del substrato
6. Ossidazione del succinato
SDH: nella membrana interna
7. Idratazione del fumarato
10
8. Lossalacetato viene recuperato:

la malato deidrogenasi
La reazione sarebbe endoergonica, ma la

citrato sintasi rimuove lossalacetato
I prodotti del
ciclo di Krebs
11
Bilancio del ciclo

Nella glicolisi dal glucosio si formano 2 ATP e due

NADH
Nel ciclo di Krebs da due molecole di piruvato si
ottengono:
8 NADH (di cui due 2 dalla piruvato deidrogenasi)
2 FADH2
2 GTP
Dalla ossidazione dei coenzimi nella fosforilazione
ossidativa si ottengono:
Dal NADH: 2.5 - 3 ATP
Dal FADH2: 1.5 - 2 ATP
Dalla ossidazione completa del glucosio si ottengono 3238 ATP, con una resa attorno al 65%
Controllo del ciclo di

Krebs
Tre fattori:
Acidi grassi
Disponibilit di substato
Inibizione da prodotto
Inibizione allosterica retroattiva
(da ATP)
Il ciclo regolato a livello

delle tre tappe esoergoniche:
Citrato sintasi
Isocitrato deidrogenasi
-chetoglutarato deidrogenasi
12
Reazioni cataplerotiche/anaplerotiche
Ossalacetato per la gluconeogenesi
Acetil-CoA per la sintesi degli acidi grassi (via
citrato)
Ossalacetato/chetoglutarato verso il metabolismo
degli amminoacidi
Ossalacetato dalla piruvato carbossilasi
(gluconeogenesi); un aumento di acetil-CoA
attiva lenzima
Ossalacetato/ chetoglutarato dal metabolismo
degli amminoacidi
13
Trasporto di elettroni e fosforilazione

ossidativa
Le ossidazioni di nutrienti producono coenzimi ridotti

(NADH, FADH2)
Nel processo di riossidazione dei coenzimi ridotti

coinvolto un flusso di elettroni attraverso intermedi redox
Lenergia resa disponibile dal flusso esoergonico di

elettroni accoppiata al trasporto endoergonico di protoni
attraverso la membrana mitocondriale
il flusso di protoni in senso inverso (gradiente protonico)

fornisce lenergia libera per la sintesi di ATP
Trasporto di elettroni e
fosforilazione ossidativa: schema
STRUTTURA DEL MITOCONDRIO

Membrana esterna
Membrana interna
Spazio intermembrana
Matrice
Creste
Probabilmente antichi batteri aerobici; possiedono un loro DNA
Sistemi navetta: i coenzimi ridotti devono

essere trasportati nei mitocondri
La navetta
malato-aspartato
Da: J. Berg, J.L.Tymoczko, L. Stryer Biochimica, Zanichelli
La navetta del
glicerofosfato
Potenziali redox nella catena respiratoria
I valori positivi indicano una maggiore tendenza ad acquistare elettroni

(ridursi).
Il flusso di elettroni va da specie con potenziale pi negativo a specie con
potenziale pi positivo
I potenziali redox consentono di

valutare la variazione di energia libera
E = E +RT/n . ln [accettore e-]/ [donatore di e-]
E = Eaccettore - E donatore
G = - n E
Ad esempio,
NAD+ + H+ + 2e- NADH
E = - 0.315 V
1/2 O2 + 2H+ + 2e- H2O
E = 0.815 V
Lossigeno ha maggior tendenza a ridursi:
1/2 O2 + NADH + H+ H2O + NAD+
E = 1.130 V
G = - 218 kJ/mole
Alla catena respiratoria partecipano:
Coenzimi (NADH, FADH2, FMN)

Proteine integrali di membrana come
citocromi (contenenti gruppi eme)
proteine ferro-zolfo
Ubichinone o Coenzima Q, molecola idrofobica
diffusibile nel doppio strato

Citocromo c, una piccola proteina periferica
(solubile )
Schema del trasferimento elettronico

matrice
Complesso I
NADH
DEIDROGENASI
trasferisce
elettroni dal
NADH al Q
Complesso II
SUCCINATO
DEIDROGENASI
trasferisce
elettroni dal
FADH2 al Q
Complesso III
UBICHINONECITOCROMO C
REDUTTASI
trasferisce
elettroni dal Q
al citocromo c
Complesso IV
CITOCROMO
OSSIDASI
trasferisce
elettroni dal
citocromo c
allO2
Allinterno di ogni complesso, gli elettroni passano sequenzialmente

attraverso una serie di trasportatori di elettroni.
Complesso I : NADH DEIDROGENASI

(NADH-ubichinone ossidoreduttasi)
Trasferimento di elettroni da NADH al Coenzima Q
(CoQ ) NADH + H+ + CoQ NAD+ + CoQH2
Quattro H+ transportati fuori per 2 e-
Forma a L
Complesso I : NADH DEIDROGENASI

(NADH-ubichinone ossidoreduttasi)
Complesso di grandi dimensioni: pi di 40
subunit proteiche tra cui
Una FMN-flavoproteina
Almeno sei centri FeS
Lubichinolo (Coenzima Q ridotto - QH2)

diffonde nella membrana verso il Complesso III
Inibito da amital (un barbiturico) e rotenone
NAD+
FAD
FMN
COMPLESSI I E II
Per il loro trasporto interno di elettroni le proteine che
fanno parte del I e II complesso utilizzano:
molecole di FMN e FAD
centri Fe-S, nei quali il Fe passa dallo stato di
ossidazione +2 a +3 e viceversa, trasportando elettroni
Lubichinone o
coenzima Q
liberamente diffusibile
nella membrana
Ubichinone (Q)
ossidato
Radicale
semichinone (QH )
Benzochinone, con una catena

laterale isoprenoide
(comunemente 10 unit: Q10)
Ubichinolo (QH2)
ridotto
Complesso II
SUCCINATO DEIDROGENASI
(succinato-CoQ reduttasi)
E lo stesso enzima che
partecipa al ciclo di Krebs
Trasferisce elettroni
direttamente al CoQ
NON trasporta H+ nello
spazio intermembrana
Altri substrati
trasferiscono elettroni dal
FADH2 direttamente al
CoQ
da: Lehninger
Complesso III (complesso bc1)

UBICHINONE-CITOCROMO C REDUTTASI
CoQ passa elettroni al citocromo c (e pompa 4 H+)
Le principali proteine trans-membrana nel complesso III
sono citocromi b e c1
I citocromi sono agenti che trasferiscono un elettrone
UQH2 un trasportatore di elettroni liposolubile
Il citocromo c un trasportatore di elettroni idrosolubile
( una piccola proteina periferica di membrana)
I citocromi contengono gruppi

prostetici a Ferro
Per il loro trasporto interno di elettroni, i complessi III e IV

utilizzano proteine dette citocromi, contenenti gruppi porfirinici
(eme) a cui legato il Fe, che pu passare dallo stato + 2 a quello + 3
e viceversa
I citocromi hanno spettri UV-vis

caratteristici
Complesso IV
CITOCROMO OSSIDASI
Grandi dimensioni: 13 subunit
Trasferisce elettroni dal citocromo c allO2; si ha una
riduzione a 4 elettroni dellO2 per produrre 2 H2O
Lossigeno dunque laccettore terminale di elettroni
nella catena di trasporto
La citocromo c ossidasi utilizza 2 gruppi eme di tipo a e
2 siti a rame
Il complesso IV trasporta anche 2 H+ nello spazio
intermembrana
Potenziali
nel trasporto
di elettroni
10
Fosforilazione ossidativa e teoria

chemiosmotica
La sintesi dellATP catalizzata dalla ATP sintasi
lenergia liberata dal trasporto di elettroni serve per
pompare H+ nello spazio intermembrana creando un
gradiente elettrochimico (pH e carica) (forza motrice
protonica);
Il potenziale del gradiente sfruttato per la sintesi di
ATP, grazie al rientro guidato di protoni nella matrice
La sintesi di ATP guidata dal gradiente

protonico
11
Il gradiente di
H+ contribuisce
al trasporto di
ATP e Pi
Inibitori della
fosforilazione ossidativa
Il rotenone inibisce il complesso I
Il cianuro e CO inibiscono il complesso IV,
legandosi al ferro delleme
Loligomicina inibisce lATP sintasi
12
Inibitori selettivi
Da: Garrett & Grisham - Biochemistry
Disaccoppianti
Laccoppiamento dipende dallintegrit della
membrana: composti che dissipano il gradiente
protonico (disaccoppianti) impediscono la sintesi
di ATP (ma non la respirazione)
Il grasso bruno contiene un disaccoppiante
proteico naturale (termogenina o UCP-1):
lenergia del gradiente dissipata come calore
13
Studi su mitocondri:
inibitori e disaccoppianti
ADP + Pi
succinato
da: Lehninger
La struttura dellATP sintasi

Composta da due dominii funzionali: Fo e F1
Fo: (oligomicina-sensibile) proteina integrale di
membrana; crea un canale per gli H+;
F1 : proteina periferica che protrude nella matrice ed
il sito di sintesi dellATP; 9 subunit (3 3 )
Il meccanismo di funzionamento dellATP

sintasi sfrutta il gradiente protonico per
sintetizzare ATP; la catalisi assicurata a turno
dalle subunit , grazie ad una rotazione
accompagnata da modificazioni conformazionali.
La proteina pu funzionare come pompa per gli
H+, consumando ATP
14
La struttura dellATP sintasi
F1
matrice
Fo
Le specie reattive dellossigeno (ROS)

Durante il trasferimento elettronico, si
possono formare radicali liberi molto reattivi:
O2 + eO2-. ione superossido
ANIONE SUPEROSSIDO
PEROSSIDO DI IDROGENO
RADICALE IDROSSILE
15
Le specie reattive dellossigeno (ROS)

Vita breve
Alcune sono radicaliche (elettroni spaiati);
H2O2 reattiva, ma non un radicale
A basse concentrazioni: segnalazione
A concentrazioni medio-alte: danni
a proteine, lipidi, acidi nucleici
Linvecchiamento e numerose patologie

degenerative sono correlati alle ROS
Meccanismi antiossidanti
Composti a basso peso molecolare
Acido ascorbico (vitamina C), tocoferolo
(vitamina E), glutatione
Enzimi
Superossido dismutasi
Catalasi, glutatione perossidasi (rimuovono
lacqua ossigenata)
Stress ossidativo
16
Demolizione dei triacilgliceroli

Dalla dieta: lipasi digestive (la principale
pancreatica)
Dalle riserve: lipasi sotto controllo ormonale
Si formano mono- e diacilgliceroli, acidi grassi e
glicerolo
I lipidi sono trasportati da lipoproteine (i
trigliceridi principalmente da chilomicroni)
Gli acidi biliari emulsionano i lipidi
Mobilizzazione dei lipidi

di deposito
I triacilgliceroli sono idrolizzati
da lipasi sotto controllo
ormonale
Gli acidi grassi sono trasportati
legati allalbumina
Da: Lehninger - Zanichelli
Lipoproteine plasmatiche: densit e

composizione
chilomicroni VLDL
Densit
< 0.94
0.94(g/ml)
1.006
Lipidi %
99
91
Trigliceridi 85
55
Esteri col. 3
18
Colesterolo 2
7
Fosfolipidi 8
20
LDL
1.0061.063
80
10
50
11
29
HDL
1.0631.210
44
6
40
7
46
Catabolismo dei
lipidi: utilizzazione
del glicerolo
verso la glicolisi
Attivazione
degli acidi grassi
acil CoA
sintetasi
acil-adenilato
legato allenzima
acil CoA
sintetasi
acil CoA
Gli acili sono trasferiti nel

mitocondrio dalla carnitina
Lesperimento di Knoop
(1904)
Acidi grassi con numero di
carbonii pari
e dispari
Dimostra che la degradazione procede

staccando unit bicarboniose
La chimica del catabolismo degli

acidi grassi
La -ossidazione degli acidi grassi

Il legame C-C si rompe con difficolt
Il carbonio ossidato (tre reazioni analoghe a
quelle da succinato ad ossalacetato nel ciclo di
Krebs)
il -chetoacil-CoA scisso da una tiolasi
(reazione inversa rispetto ad una condensazione)
Lacil-CoA accorciato di due atomi di carbonio
ripete il ciclo
Quattro
reazioni
ripetute
1. Acil CoA deidrogenasi

(flavoproteine)
Analogo alla succinato deidrogenasi
Lacil CoA deidrogenasi un enzima

della membrana mitocondriale:
gli elettroni del FADH2 sono trasferiti
allubichinone
2. Enoil-CoA idratasi (crotonasi)

Addiziona acqua al doppio legame: analogo alla
fumarasi
La reazione trasforma il trans enoil- CoA in L-idrossiacil-CoA
3. Idrossiacil-CoA deidrogenasi
Ossida il gruppo alcolico secondario in
assolutamente specifico per gli isomeri L
4. -chetotiolasi
Un gruppo Cys-SH
dellenzima attacca il
-carbonile
Il gruppo -SH di un nuovo CoA

attacca lacile accorciato, formando
un nuovo acil-CoA
G < 0
Il ciclo si ripete
Per lacido palmitico (C16),

il ciclo si ripete sette volte,
formando
8 acetil-CoA
7 NADH e FADH2
Destino dei prodotti

della -ossidazione
Acetil-CoA: ciclo di
Krebs
Coenzimi ridotti: catena
respiratoria
Acidi grassi dispari

La -ossidazione porta a propionil-CoA

Tre ulteriori reazioni lo convertono in succinil-CoA
Gli acidi grassi dispari sono precursori per la
gluconeogenesi
Acidi grassi insaturi

Opportuni enzimi (isomerasi) convertono doppi legami da

3-cis a 2-trans
Nei poliinsaturi, tali legami vanno spostati in modo da
trovarsi in posizione trans 2: intervengono una isomerasi
e una reduttasi
Demolizione dellacido oleico

(monoinsaturo)
Corpi chetonici

Lacetoacetato si forma per

condensazione di acetil-CoA
Acetoacetato e idrossibutirrato interconvertono grazie ad una deidrogenasi
Lacetone prodotto per decarbossilazione
I CORPI CHETONICI sono normali
composti usati da tessuti extra-epatici
Lacetoacetato convertito ad acetoacetil-CoA grazie al succinil-CoA
Un eccesso di corpi chetonici (chetosi)
si osserva nel digiuno prolungato e nel
diabete; pu portare ad acidosi
10
Formazione dei
corpi chetonici
11
Biosintesi degli acidi grassi

Sintesi e catabolismo usano vie differenti
la biosintesi avviene nel citosol
Nella sintesi gli intermedi sono legati a
-SH di una
proteina trasportatrice di acili (ACP) invece che a CoASH
Nella sintesi c un solo complesso enzimatico
La biosintesi utilizza come coenzima NADPH (che
proviene principalmente dalla via dei pentosi)
Lacetil-CoA esportato dai mitocondri sotto
forma di citrato (sistema citrato-malato-piruvato)

Oltre a equivalenti riducenti, richiesto ATP
Le fonti di Acetil-CoA
matrice
mitocondriale
membrana
mitocondriale
citosol
Acidi
grassi
Acidi
grassi
Le fonti di Acetil-CoA
In condizioni di ATP elevato, il citrato si accumula
ed trasportato fuori dal mitocondrio

La reazione catalizzata da citrato liasi formalmente
linverso della sintesi: la formazione dellintermedio
citril-CoA richiede energia:
citrato + ATP + CoA ossalacetato + acetil-CoA + ADP
+ Pi
Lossalacetato si trasforma in malato (MDH)

Il malato pu:
rientrare nel mitocondrio (grazie ad un trasportatore)
formare piruvato e NADPH (enzima malico)
Le sorgenti di NADPH:
Lenzima malico
La via del pentosio-fosfato
In abbondanza di
ATP, il citrato pu
uscire dal
mitocondrio
Ciclo di Krebs
Biosintesi degli acidi grassi

La sintesi impiega unit bicarboniose: acetil-CoA
La condensazione di due acetil-CoA sarebbe
endoergonica (la reazione catalizzata dalla tiolasi
esoergonica)
Un acetil-CoA viene allungato a malonil-CoA

per carbossilazione
La proteina
trasportatrice di acili
(ACP)
serina
gruppi malonile
sono esterificati
al -SH
Lacetil CoA carbossilasi

La carbossilazione dellacetil-CoA per formare
malonil-CoA una tappa irreversibile e regolata

ACC usa bicarbonato, ATP e biotina
NAD e NADP non sono

intercambiabili
NAD+/NADH 1000
NADP+/NADPH 0.01
Lacido grasso sintasi

In E. Coli un complesso multienzimatico
costituito da ACP e sei enzimi
Negli animali, costituita da due subunit

ciascuna multifunzione
1,2 e 3. I gruppi acetile e malonile,

trasferiti sul complesso, condensano
ACP
Acido grasso
sintasi
-chetoacil-ACP
sintasi (KS)
condensazione di
Claisen
La decarbossilazione
rende il processo
esoergonico
4. Riduzione del carbonile
-chetoacil-ACP
reduttasi (KR)
si forma un D- idrossiacil-ACP
5. Deidratazione
-idrossiacilACP deidratasi
(HD)
si forma un trans2-butenoil (enoil)ACP
6. Riduzione del
doppio legame
enoil-ACP
reduttasi (ER)
si forma il butirril-ACP o un acido

grasso saturo allungato di 2 carbonii
Sintesi degli acidi grassi: il seguito

Il butirrile trasferito sull-SH del primo enzima
LACP resta libero per accogliere un malonile
Si ha una condensazione e le reazioni su ripetono
allungando di due carbonii lacido grasso
Di solito, si arriva al massimo a palmitato C16 ; una
attivit idrolitica del complesso lo libera dallACP
7 acetil CoA + 7 CO2 + 7 ATP 7 malonil-CoA + 7 ADP + 7 Pi
acetil CoA + 7 malonil CoA + 14 NADPH + 14 H+ palmitato +
14 NADP + + 8 CoA + 7 CO2 + 6 H2O
8 acetil CoA + 7 ATP + 14 NADPH + 14 H+ palmitato + 7 ADP
+ 7 Pi + 14 NADP +
Regolazione della biosintesi degli

acidi grassi
Lacetil-CoA carbossilasi (ACC)
attivata allostericamente dal citrato
inibita retroattivamente dal palmitato
inibita covalentemente per fosforilazione
(controllata da glucagone/adrenalina)
La citrato liasi sotto il controllo dellinsulina
Regolazione
ormonale
defosfo-ACC attiva
a basso [citrato]
fosfo-ACC attiva solo

ad alto [citrato]
Modificazioni degli acidi grassi

Allungamento da palmitato (reazioni non
citosoliche: reticolo endoplasmico, mitocondri)
Introduzione di doppi legami (desaturazione)
Nei mammiferi alcuni poli-insaturi devono
essere assunti con la dieta (essenziali)
Destino degli acidi grassi

In gran parte sono incorporati
nei triacilgliceroli (di deposito)
nei glicerofosfolipidi (delle membrane)
Intermedio della sintesi il glicerolo-3-fosfato
Il fosfatidato, un
intermedio comune
Al glicerolo-3-fosfato
si esterificano due acili
10
TRIACILGLICEROLI
FOSFOLIPIDI
11
DEGRADAZIONE DEGLI
AMMINOACIDI
Gli amminoacidi derivano:

dalla demolizione enzimatica delle proteine
della dieta (digestione)
dal turn-over fisiologico delle proteine cellulari
(attraverso sistemi complessi - proteasoma)
In caso di digiuno, proteine cellulari sono usate
come combustibile
non vengono immagazzinati

nella degradazione:
lo scheletro carbonioso viene recuperato

il gruppo amminico

pu essere recuperato per altre sintesi

viene eliminato
proteine intracellulari
proteine della dieta
glucosio
urea (prodotto di
eliminazione dellazoto)
Destino dellammoniaca nei vertebrati
Animali ammoniotelici:
vertebrati acquatici
Animali ureotelici:
molti vertebrati
terrestri; squali
Animali uricotelici:
rettili, uccelli.
Lacido urico il
catabolita delle purine
Negli animali terrestri, forma non tossica e che

limiti il dispendio di acqua
proteine della dieta
Reazioni di transaminazione
Il gruppo amminico viene trasferito da un amminoacido ad

un chetoacido (di solito l-chetoglutarato)
Ad esempio,
chetoglutarato + alanina
glutammato + piruvato
Il meccanismo di reazione a ping-pong coinvolge come

coenzima il piridossal-fosfato
Vitamina B6 (piridossina) e
piridossal-fosfato (aldeide)
Partecipa a numerosi tipi di reazioni
Di solito, legato covalentemente a un gruppo NH2 di una lisina dellenzima tramite una base
di Schiff
Va incontro a trasformazioni reversibili
Lanello del PLP, una

trappola per elettroni
PLP normalmente
legato
allenzima
tramite -NH2 di una
lisina
Il meccanismo della transamminazione
La glutammato deidrogenasi
rilascia ammoniaca nel fegato
Enzima mitocondriale
Basso livello energetico (ADP): vengono
demoliti amminoacidi
Lammoniaca trasportata nel

sangue come glutammina...
glutammato + NH3 + ATP
glutammina + ADP + Pi
La reazione catalizzata da una glutammina sintetasi

(richiede ATP) mentre la reazione inversa, che restituisce
la ammoniaca, catalizzata dalla glutamminasi
La glutammina utilizzata per la sintesi di composti azotati
quali i nucleotidi purinici
La glutammina presente nel sangue a concentrazioni elevate
(rispetto ad altri amminoacidi)
Ciclo dellalanina
Nel muscolo, gruppi amminici sono trasferiti

prima al glutammato e poi
per
transamminazione al piruvato (dalla glicolisi)
che si trasforma in alanina
lalanina trasportata al fegato
per transamminazione si riforma piruvato

(che nella gluconeogenesi ritorna a glucosio)
e glutammato
Il destino dellammoniaca
Il ciclo dellurea
Avviene nel fegato
Cinque reazione enzimatiche (1 + 4 nel ciclo)
le prime due nei mitocondri, le altre nel citosol
Si consuma ATP
Un gruppo amminico deriva dal glutammato
mediante GDH
Il secondo gruppo amminico deriva da un aspartato
Stretto collegamento tra i cicli dellurea e di Krebs
Il ciclo regolato
0. Attivazione
dellammoniaca
(reazione preliminare)
carbossi-fosfato
carbamil-fosfato
sintetasi I
Esiste una carbamil-fosfato
sintetasi II citosolica coinvolta
nella sintesi dei nucleotidi
pirimidinici
Il ciclo dellurea (Krebs, 1932)
1. Ornitina transcarbamilasi
(mitocondriale)
Lornitina funge da accettore di un gruppo carbammilico

La citrullina formata nei mitocondri passa nel citosol
2. Argininosuccinato sintetasi
Il secondo gruppo amminico portato dallaspartato, il cui
gruppo amminico condensa con il carbonile della citrullina
citrullil-AMP
3. Argininasuccinato liasi
La via pu essere utilizzata per la sintesi di arginina
4. Arginasi
Lultima reazione rigenera lornitina.

Larginina tramite la NO sintasi il precursore dellossido nitrico
NO, un importante mediatore che agisce sul messaggero GMP ciclico
Collegamenti tra ciclo dellurea e ciclo di

Krebs
10
La sintesi dellurea
regolata dall Nacetil-glutammato
A lungo termine, viene
regolata anche la sintesi
degli enzimi coinvolti
La sintesi dellurea
aumenta in caso di dieta
iper-proteica o di
digiuno prolungato
Gli amminoacidi sono

degradati, attraverso reazioni
dedicate, a intermedi metabolici comuni
11
Biosegnalazione
Nei sistemi multicellulari, segnali chimici inducono/
coordinano risposte fisiologiche interagendo con
recettori
Specificit: complementariet tra segnale e recettore

Affinit
Sensibilit
Integrazione: pi segnali coordinati
Amplificazione in cascata
SEGNALE
Segnalazione e recettori di membrana

Rilascio del segnale (primo messaggero: ad
esempio, un ormone)
Interazione con il recettore specifico
Trasferimento del messaggio (trasduzione)
tramite secondo messaggero
Attivazione di effettori come risposta (spesso
enzimi intracellulari)
Spegnimento/desensibilizzazione
Desensibilizzazione
Lattivazione del recettore pu
scatenare un meccanismo
retroattivo che spegne il
recettore o lo rimuove dalla
superficie cellulare
SEGNALE
RISPOSTA
Ladrenalina (epinefrina)
Deriva dalla tirosina

Sintetizzata nelle ghiandole surrenali
Recettori a proteina G e Adrenalina
Da: Stryer
Recettori a proteina G (GPCR)

Recettore con 7 eliche trans-membrana
Linterazione recettore attivato-proteina G (trimero
) provoca il legame del GTP
La subunit si stacca da e stimola la
produzione di AMP 3-5ciclico da parte della
adenilato ciclasi rivolta verso linterno;
Lo stimolo limitato nel tempo: GS idrolizza GTP
(attivit GTPasica) e si riassocia con
AMPc ha vita breve ( idrolizzato da fosfodiesterasi
dei nucleotidi ciclici)
Adrenalina e recettori a proteina G

1. Adrenalina si
lega al suo
recettore
2. Il recettore occupato
provoca lo scambio tra
GTP e GDP, attivando Gs
3. Gs si sposta verso
ladenilato ciclasi
attivandola
4. Adenilato ciclasi
catalizza la formazione di
AMPc
5. PKA
attivata da
AMPc
6. La fosforilazione
di proteine cellulari
da parte di PKA
causa la risposta
7. AMPc degradato,
invertendo lattivazione
di PKA
Ladenilato ciclasi
AMP ciclico attiva la proteina chinasi A (PKA)

PKA inattiva:
Le subunit
regolatrici hanno i siti
per AMPc vuoti
PKA regola numerosi enzimi a valle

Le subunit catalitiche
(sequenze consenso)
hanno i siti di legame
bloccati dalle subunit
I numerosi passaggi amplificano il regolatrici
segnale
Leffetto contrastato da fosfoproteine
Le subunit
fosfatasi
regolatrici
legano AMPc
Molte molecole regolatrici variano i
livelli di AMPc
PKA attiva:
subunit
In alcuni casi lazione di PKA arriva al Le
catalitiche hanno
i siti di legame
nucleo (effetti sulla trascrizione)
liberi
La via del fosfatidilinositolo
Recettori accoppiati alla fosfolipasi C:

la via del fosfatidilinositolo
La via del fosfatidilinositolo

La fosfolipasi C attivata dal complesso ormonerecettore tramite una proteina G;
Agisce sul fosfatidilinositolo 4,5 bis-fosfato (PIP2)
liberando due secondi messaggeri:
diacilglicerolo (DAG)
(in membrana)
Inositolo 1,4,5 trisfosfato (IP3) (nel citosol)
IP3 favorisce il rilascio di calcio da depositi intracellulari

Il diacilglicerolo attiva proteine chinasi (PKC)
Anche il calcio funziona da secondo messaggero
Recettori con attivit tirosina chinasica

(RTK): il recettore dellinsulina
Recettore (INS-R)
Due subunit recettoriali,
verso lesterno
Due subunit transmembrana
con attivit Tyr proteina
chinasica
In seguito al segnale le
subunit si autofosforilano e
si attivano, fosforilando altre
proteine bersaglio e attivando
una cascata.
Ormoni e regolazione metabolica

Derivati da un amminoacido
Peptidici
Steroidi (recettori nucleari)
Regolazione ormonale del

metabolismo energetico
Controllo della glicemia: azione coordinata di
insulina, glucagone, adrenalina
Adrenalina: derivata da un amminoacido
Glucagone: piccolo peptide
Insulina: piccolo peptide
Controllo della lipolisi
Fight or run
Glicogenolisi: cascata di segnali
forma b meno
attiva e dipendente
da fattori allosterici
forma a attiva
ed indipendente da
effettori allosterici
Insulina
Ormone peptidico (PM = 5800 Da, due catene) rilasciato
dal pancreas
Aumenta la velocit di trasporto del glucosio
Abbassa [AMPc]
Attiva fosfoproteina fosfatasi-1 (defosforilazioni)
si attiva la glicogeno sintasi
si inattiva la glicogeno fosforilasi
Attiva la fosfofruttochinasi-1 (PFK-1) (glicolisi)

Attiva la sintesi di acidi grassi (favorisce la
defosforilazione di ACC)
Favorisce la sintesi dei triacilgliceroli
Iperglicemia: secrezione di insulina

Ingresso di
glucosio nelle
cellule per
aumentato numero
di trasportatori
sulla membrana
Attivazione della
GLICOGENO
SINTASI
DIMINUZIONE
DELLA GLICEMIA
Aumento della
sintesi degli acidi
grassi e dei
trigliceridi
Regolazione
della
glicemia:
glucagone
Bassa [glucosio] nel sangue

Glucagone
[AMPc]
Proteina chinasi A, fosforilazioni di enzimi

Aumento glicogenolisi
Attivazione di FBPasi-2, disattivazione di PFK-2
[F2,6P]
Attivazione di FBPasi, disattivazione di PFK-1
Aumento della gluconeogenesi
Il fruttosio 2,6bisfosfato un potente

modulatore
La glicolisi attivata
La gluconeogenesi rallentata
10
Ruolo del fruttosio 2,6-bisfosfato

PFK-2
Enzima tandem e regolazione

Il fruttosio 2,6-bisfosfato sintetizzato e scisso da
due attivit sullo stesso enzima: PFK-2 e Fruttosio
BisFosfatasi-2, (FBP-2)
Lenzima sotto controllo covalente e ormonale:
la fosforilazione PKA-dipendente inattiva PFK-2 e
attiva la fosfatasi FBPasi-2
11
Regolazione
ormonale della
lipolisi
adrenalina
Glucagone/adrenalina
stimolano la lipolisi
attraverso la
fosforilazione AMPcdipendente della lipasi.
Linsulina si oppone
alla attivit
delladrenalina,
inattivando la lipasi.
Regolazione
ormonale
della sintesi di
acidi grassi
defosfo-ACC attiva
a basso [citrato]
fosfo-ACC inattiva
(attiva solo ad alto
[citrato])
12
Come si ricava lequazione di Michaelis-Menten

k1
E + S
k2
k3
ES E + P
Essendo in condizioni di v0 , la reazione inversa da P verso ES si pu trascurare.

Lo stadio lento la dissociazione del complesso (reazione di I ordine):
V0 = k3 [ES]
Assunzione dello stato stazionario:
d [ES]/dt = 0
In questo caso, le velocit di formazione e dissociazione del complesso sono uguali:
k1 [E][S] = (k2 + k3) [ES]
Esprimiamo [E] (enzima libero) rispetto allenzima totale [Et] (libero e complessato):
[E] = [Et] - [ES]
Sostituendo:
k1 {[Et] [ES] }[S] = (k2 +k3) [ES]
Sviluppando:
[Et] [S] [ES] [S] = (k2 + k3) [ES]
k1
Definiamo:
Km = (k2 + k3)
k1
[Et] [S] [ES] [S] = Km [ES]
Raccogliamo e ricaviamo [ES]:
[ES] {Km + [S] } = [Et] [S]
[ES] = [Et] [S]
Km + [S]
Dato che abbiamo definito la velocit iniziale:

V0 = k3 [ES]
Sostituendo il valore ricavato per [ES]:
V0 =
k3 [Et] [S]
Km + [S]
Dal grafico si osserva che la velocit massima si ottiene quando lenzima saturo,
cio tutto in forma di complesso: [ES] = [Et]:
per [S] grande,
VM = k3 [Et]
Da cui, sostituendo:
V0 =
VM [S]
Km + [S]
Si pu definire Km come la [S] alla quale la velocit pari a met di quella massima:
V0 = VM/2
(confronta con la p50 per la mioglobina)

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Le cellule

Sistemi biologici e biomolecole

Termodinamica e funzioni di stato

Energia libera (di Gibbs)

La variazione in energia libera

Lentropia aumenta quando il sistema diventa pi

Molte reazioni biologiche tendono ad aumentare

Serie casuale di lettere

Costanti di equilibrio e variazioni di

I legami fosfoanidridici dellATP

Una reazione energeticamente sfavorita

Importanza di intermedi fosforilati

Composti in genere stabili cineticamente

LATP usato per alimentare numerosi

Sintesi di altri Movimenti

Gli amminoacidi costituenti le

Stereoisomeria degli amminoacidi

Tutti gli amminoacidi standard, tranne la glicina, possiedono

La convenzione secondo Fischer per la

Importanza della stereoisomeria:

Gli amminoacidi sono acidi poli-protici deboli

Punto isoelettrico (pI): valore di pH al quale

gruppi R non polari, alifatici

Amminoacidi con catene laterali

gruppi R carichi positivamente (basici)

Alcune propriet degli amminoacidi

Lehninger Introduzione alla Biochimica, ed. Zanichelli

La cisteina pu formare ponti

Gli spettri UV di amminoacidi aromatici

Alcuni amminoacidi modificati (dopo

Importanti molecole derivate

Il legame peptidico si genera (formalmente) per eliminazione

Alcuni ruoli delle proteine

Le proteine sono polimeri lineari

Le proteine sono polimeri lineari, non ramificati, degli

Sei atomi giacciono sullo stesso piano

A causa della distribuzione degli

La struttura delle proteine pu essere

STRUTTURA PRIMARIA: sequenza degli amminoacidi uniti da

STRUTTURA TERZIARIA: ripiegamento della catena

STRUTTURA QUATERNARIA: interazioni esistenti fra varie

Struttura primaria di un peptide o di una proteina:

Livelli di organizzazione delle

Alcuni tipi di interazioni deboli

Importanza delle forze deboli

interazioni idrofobiche : < 40 kJ/mol

Premio Nobel per la

stabilizzata da legami a idrogeno intra-catena

Lossigeno di un C=O lega lidrogeno di un NH di

Le catene laterali sporgono verso lesterno dellelica

Che cosa destabilizza l-elica

Foglietti paralleli ed antiparalleli

Frequenza relativa di amminoacidi

Le -cheratine dei mammiferi

Ossidazione e riduzione della

Struttura delle -cheratine

Tratto da: A.L. Lehninger Introduzione

Il collagene: una tripla elica

Principale componente dei tessuti connettivi (ossa,

Sono presenti anche legami covalenti inter-catena

Dr. Jekyll and Mr. Hyde:

Motivi: raggruppamenti di elementi strutturali secondari

nello spazio dei diversi segmenti