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Macei-AL
2014
da
Universidade
Macei
2014
Folha de Aprovao
____________________________________________
Prof(a) Dr Tatiane Luciano Balliano
Banca Examinadora:
____________________________________________
Prof(a) Dr Valria Rodrigues dos Santos Malta
____________________________________________
Ma. Sheyla Welma Duarte Silva
de
Oliveira, pela
compreenso,
apoio e
AGRADECIMENTOS
minha companheira, Kamila Maria de Olivera Lima, pessoa cm quem m
partilhar todos os momentos. Cm voc tenho m sentido mais vivo e com uma vontade
crescente de viver ao seu lado. Obrigado pelo carinho, pacincia pr sua capacidade d me
trazer pz n correria d cada semestre.
minha famlia, pr sua capacidade d acreditar investir m mim. Me, su cuidado
dedicao f o que me deu, m alguns momentos, esperana pr seguir. Pai, su
presena significou segurana certeza d qu no estou sozinho nessa caminhada.
RESUMO
Esta pesquisa trata-se do estudo computacional relacionado modelagem molecular frente ao
mecanismo de interao de um derivado tiofnico com foco na inibio da produo do
ergosterol. Faz-se uma abordagem sobre os fungos e as suas influncias aos seres vivos,
destacando as doenas provocadas por estes organismos parasitas. Trabalha-se com
modelagem molecular para identificar o processo dinmico do sistema macromolecular
envolvendo a protena 14-desmetilase e os ligantes em anlise. Como metodologia utiliza-se
as ferramentas tcnicas de docking atravs do programa Glide, desenvolvido pela
Schrondinger, e dinmica molecular atravs do programa NAMD (Not Another Molecular
Dynamics) utilizando a plataforma VMD (Visual Molecular Dynamics) e pesquisa
bibliogrfica. Constatou-se atravs da modelagem molecular a possvel atividade do composto
tiofnico tomando como referncia as interaes do clotrimazol e a protena 14-desmetilase.
Palavras-chaves: Derivados tiofnicos; Modelagem molecular; 14-desmetilase.
ABSTRACT
This research is to study related to the computational molecular modeling opposite the
mechanism of interaction of a thiophenic derivative focused on inhibiting the production of
ergosterol. It makes an approach on fungi and their influences to living beings, highlighting
the diseases caused by these parasitic organisms. It works with molecular modeling to identify
the dynamic process of macromolecular system involving 14-demethylase protein and ligand
in question. The methodology uses the techniques of docking tools Glide through the program
developed by Schrondinger, and molecular dynamics with NAMD (Not Another Molecular
Dynamics) program using the platform VMD (Visual Molecular Dynamics) and literature. It
was found by molecular modeling the possible activity of the compound thiophenic with
reference to clotrimazole interactions and 14-demethylase protein.
Keywords: Tiofnicos derivatives; Molecular modeling; 14-demethylase.
LISTA DE FIGURAS
Figura 1 - Biossntese simplificada da produo de esteroides essenciais estrutura membranosa das clulas aos
seres vivos.............................................................................................................................................................. 16
Figura 2 - A imagem a esquerda encontra-se a protoporfirina, a estrutura retrata os tomos em cinza (carbono),
vermelho (oxignio), azul (nitrognio), rosa (ferro). A imagem direita, expressa o oxignio ligado a
hemeprotena...........................................................................................................................................................18
Figura 3 - Mecanismo da desmetilao do carbono 14........................................................................................19
Figura 5 - Representao das coordenadas internas para as interaes de ligaes. (r) representa a distancia entre
os tomos, () representa o ngulo, () representa o ngulo diedro, e () representa a correo do ngulo
diedro.......................................................................................................................................................................26
Figura 6 - Em cinza encontra-se o grupo heme, o composto SB39, e o resduo CYS470. Em azul encontra-se os
resduos que fazem ligaes de hidrognio com o composto SB39........................................................................32
Figura 7 - A esquerda protena emergida em esfera de gua aproximadamente 145.000 tomos, a direita protena
Figura 9 - Distncia mnima encontrada atravs de dinmica molecular para o SB39-HEME foi de 2,32........34
LISTA DE TABELAS
Tabela 1 - Inibidores da biossntese de esteris e classificao qumica dos antifngicos....................................17
Tabela 2 - Distncia entre o tomo de ferro do grupamento heme das 14alpha-desmetilase e o atmo de
nitrognio do inibidores depositadas no PDB.........................................................................................................35
LISTA DE GRAFICOS
Grfico 1 - Comprimento de ligao para os compostos sb39 e clotrimazol (bond) versus os quadros de
simulaes de dinmica molecular (frame)............................................................................................................35
Grfico 2 - RMSD da simulao de dinmica molecular para o sistema protena ligante....................................36
Grfico 3 - RMSD da simulao dos resduos encontrados a 4 de distancia dos ligantes................................ .36
SUMRIO
1. INTRODUO ........................................................................................................................... 14
1.1. FUNGOS ................................................................................................................................... 14
1.2. ANTIFNGICOS UTILIZADOS NA AGRICULTURA .......................................................... 15
1.3. 14-DESMETILASE................................................................................................................. 17
1.4. DERIVADOS TIOFNICOS .................................................................................................... 20
2. MODELAGEM MOLECULAR ................................................................................................. 22
2.1. O MTODO DE DOCKING ..................................................................................................... 22
2.2. DINMICA MOLECULAR ..................................................................................................... 24
3. OBJETIVO .................................................................................................................................. 28
3.1. GERAL ...................................................................................................................................... 28
3.2. ESPECFICOS ........................................................................................................................... 28
4. MATERIAIS E MTODOS ....................................................................................................... 29
5. RESULTADOS E DISCUSSES ............................................................................................... 31
6. CONCLUSES ............................................................................................................................ 38
7. REFERNCIAS........................................................................................................................... 39
14
1. INTRODUO
1.1.
FUNGOS
15
organismos vivos em dois reinos, Plantae e Animalia. Esta diviso simples dos seres vivos
parecia to bvia e bem definida para organismos macroscpicos que o problema causado
pelos fungos, os quais no pareciam encaixar bem nas plantas, era facilmente esquecido
(PELCZAR; CHAN; KRIEG, 2004). Linnaeus acreditava que os fungos faziam parte do
Reino Plantae devido a sua estrutura semelhante a das plantas e seu modo de vida sem
movimento. Os fungos foram classificados como plantas degeneradas, pois especulava-se
que eram frutos da derivao de plantas que haviam perdido a clorofila e a capacidade de
realizar fotossntese. (TERARIOLI; PALEARI; BAGAGLI, 2010). Este sistema de
classificao deixou de ser satisfatrio, devido a desconfortante classificao dos fungos e a
descoberta de novos organismos com combinaes fisiolgicas pertencentes aos dois grupos
daquela poca, ficou claro que a taxonomia atual no podia ser facilmente aplicada a este
nvel. Ernst Haeckel em 1866 direcionou os fungos e estes seres cuja classificao era
indefinida ou pouco objetiva em um terceiro reino chamado de Protista (CAVALIER, 2005).
Pouco a pouco a descrio da morfologia de fungos foi se tornando mais elaborada, os
micologistas tendo passado da lupa de mo para equipamentos ticos mais sofisticados
conseguiram analisar de forma mais abrangente o comportamento biolgico desses seres. A
partir da sua extraordinria diversidade e suas caractersticas peculiares que em 1969 Um
botnico americano, Robert H. Whittaker separou os fungos em um reino totalmente
independente chamado de Fungi, onde atualmente, so conhecidos mais de setenta mil
espcies de fungos e estima-se que a maioria desses seres ainda no foram descobertos.
(ROCHA, 2015)
1.2.
16
sendo desenvolvidos visando diminuir cada vez mais a quantidade de fungicidas depositados
no ambiente com a ambio de tornar essa pratica mais segura com o passar do tempo
(PACHECO, 2009).
A maioria dos antifngicos atualmente envolve a inibio da produo de esteroides
que exercem funes essenciais na estrutura da clula, no s nos fungos, mas em todos os
seres que possuem carioteca, tendo a finalidade de prover a integridade estrutural mantendo a
regulao da fluidez, permeabilidade e assimetria da membrana .
Os esteroides mais importantes encontrados nos cinco reinos classificatrios dos seres
vivos diferem de forma significativa (figura 1). A partir do esqualeno, as rotas biossintticas
divergem entre os reinos, produzindo esteroides especficos. Nos Fungos, o esteroide
essencial sintetizado pelo organismo para manuteno da membrana celular o ergosterol,
Nas plantas o principal esteroide encontrado o sitosterol e nos animais encontrado o
colesterol (BENVENISTE, 2004).
Figura 1 - Biossntese simplificada da produo de esteroides essenciais estrutura membranosa das clulas aos
seres vivos.
17
grupo
qumico
estrutura qumica
Imidazis
antifngicos comercializados
Triazis
1.3.
14 -DESMETILASE
A principal enzima inibida atravs da ao de antifngicos azis a lanosterol 14desmetilase, uma enzima microssmica do citocromo P-450 pertencente famlia (CYP51),
que est diretamente envolvida na converso do lanasterol. Encontrada em diversos seres
vivos, a P450 possuem uma certa semelhana na estrutura do seu interior hidrofbico, mas
18
19
20
Outras molculas que tambm podem fazer interaes com o atmo de ferro de
grupamentos heme so as de dixido de carbono, ies cianeto, oxido ntrico e monxido de
carbono. A afinidade entre a macromolcula e estes compostos so cerca de 600 vezes maior
do que pelo oxignio, exeto o CO2 que a afinidade de ligao com o grupo heme similar ao
do O2. Quando estes compostos so inseridos em grandes quantidades em organismos vivos
ocorre em envenenamento e asfixia destes seres, devido ao declnio do transporte de oxignio
por via de hemeproteinas. Os compostos citados acabam ligando-se irreversivelmente a
estrutura do grupamento heme causando a inatividade da protena dentro da estrutura celular
(LEVES, 2006).
Partindo deste conceito, a sntese de novas substncias bioativas baseadas nestas
molculas torna-se bastante promissor para criao de compostos inovadores que afetem
organismos parasitas.
1.4.
DERIVADOS TIOFNICOS
21
22
2. MODELAGEM MOLECULAR
2.1.
O MTODO DE DOCKING
23
[1]
Para o complexo, uma outra equao regida para as interaes entre ligante (flexvel)
e protena (rgido), a equao 2 analisa as interaes geradas entre protena e ligante,
procurando assim, o complexo de menor energia. As interaes descritas abaixo calculam as
24
(2)
O software (Glide) utilizado para o docking deste trabalho foi desenvolvido pela
empresa americana Schrdinger, esta empresa desenvolve softwares para auxiliar a descoberta
de novos frmacos na indstria farmacutica, biotecnologia e pesquisas acadmicas. A
empresa oferece produtos que vo desde programas simples de visualizao molecular at um
conjunto completo de modelagem molecular e desenho de compostos, incluindo um dos
melhores algoritmos de docking da atualidade. Ele tambm fornece produtos para anlise e
investigao, incluindo modelagem e simulaes de pequenas molculas, modelagem de
sistemas macromoleculares e visualizaes em 2D e 3D (FRIESNER, 2010).
Maestro
interface
unificada
para
todos
os
programas
de
2.2.
DINMICA MOLECULAR
25
(3)
O potencial total (Ui) est relacionado com a energia de estiramento de ligaes,
deformaes angulares, rotao de diedros e interaes no-ligantes para cada partcula (i)
(equao 4).
26
(4)
Figura 5 - Representao das coordenadas internas para as interaes de ligaes. (r) representa a distancia entre
os tomos, () representa o ngulo, () representa o ngulo diedro, e () representa a correo do ngulo diedro.
O potencial de ligao (equao 5), corresponde a energia gerada pela ligao entre
dois tomos onde so tratados como osciladores harmnicos, onde kb considerado como a
constante de mola, b a distancia final e b0 a distancia inicial.
U (bond) = Kb (b - b0) 2
(5)
O potencial angular (equao 6), corresponde a energia gerada pelo ngulo formado
entre trs tomos ligados por ligaes covalentes, onde K a constante de mola, o ngulo
final e 0 o ngulo inicial.
U(angle) = K ( 0) 2
(6)
27
U(diedro) = K (1 + cos(n - ))
(7)
U(imprprio) = k ( 0) 2
(8)
(9)
28
3. OBJETIVO
3.1.
GERAL
Efetuar estudos computacionais no composto sb39, no antifngico clotrimazol
e no esteroide lanosterol, para o aprofundamento terico do mecanismo de interao
do candidato a inibidor da protena 14alfa-desmetilase.
3.2.
ESPECFICOS
a) Realizar a dockagem do composto sb39 e clotrimazol, e assim poder
selecionar a melhor conformao das molculas no sistema protena-ligante. O
programa a ser utilizado o (Glide) localizado dentro da plataforma Maestro.
29
4. MATERIAIS E MTODOS
A proteina utilizada no docking deste trabalho foi a 14alfa-desmetilase encontrada no
banco de dados de estruturas cristalogrficas online (Protein Data Bank - PDB), no site
identificada pelo cdigo 4LXJ. O mtodo de obteno desta proteina foi a cristalografia de
raio-X possuindo uma resoluo de 1.90, esta molcula encontrada no pdb complexada
com uma molcula de oxignio e uma molcula de lanosterol.
A estrutura sb39 foi obtida atravs de cristalografia de raio-X enquanto a estrutura do
clotrimazol foi desenhada no programa ChemDraw Ultra 12.0 e a estrutura tridimensional foi
otimizada no programa Chem3D Pro 12.0 e salva no formato PDB.
30
A partir deste ponto, foi observado atentamente onde o ligante estabeleceu melhor
contato com a macromolcula e posteriormente gerado os mapas tridimensionais de interao
entre macromolcula e inibidor.
As localizaes de melhor acomodao dos ligantes foram utilizadas como ponto de
partida para a minimizao de energia e as simulaes computacionais.
No prximo passo gerado o arquivo de topologia dos ligantes atravs das
coordenadas obtidas pelo docking, sendo de fundamental importncia para gerar a estrutura do
sistema biolgico (arquivo PSF), coordenao dos hidrognios e distribuio das cargas
parciais atmicas na macromolcula.
Depois da criao do arquivo PSF, ser gerado o arquivo de parmetros para
simulao computacional, onde ser utilizado um servidor online de criao de parmetros
(PRODRG) e depois adapta-lo para ser utilizado atravs do NAMD.
No programa VMD, os complexos clotrimazol-protena, lanosterol-protena e sb39protena foram mergidos em gua (solvatao) com uma distancia de 50 da superfcie da
protena para garantir a estabilidade dos sistemas macromoleculares em questo.
Posteriormente foi executado uma funo de cuttof (excluso de tomos de gua a 10 da
protena) de 10. Este procedimento far com que o tempo de simulao diminua
drasticamente sem interferir nas propriedades do sistema, pois com a funo Cutting Line for
Analysis (Linha de Corte Para analise) os sistemas em questo passaram de 145.000 tomos
para em torno de 27.000 tomos.
Para a minimizao de energia do sistema foi utilizado a plataforma VMD sendo a
intermediadora das simulaes computacionais de dinmica, em que o algoritmo NAMD
utilizado para calcular os parmetros contidos no sistema protena-ligante. A simulao de
preparao foi executada em 500 passos com o tempo de 50ps (picosegundos), a fim de
promover a estabilizao do sistema com a gua adicionada atravs da solvatao. A
simulao de minimizao foi executada em 5ns (nanosegundos) estabilizando as interaes
de van de Waals e eletrosttica do sistema.
Depois do sistema estabilizado possvel calcular o RMSD (Root Mean Square
Deviation) da simulao, que serve para medir o grau de estabilidade do sistema frente a sua
condio inicial.
Para finalizar, utiliza-se o sistema de direcionais SMD para simular a entrada dos
compostos na protena e analisa o RMSD da direcional para ver qual estrutura tem um maior
grau de afinidade com o canal da protena at a chegada do sitio ativo.
31
5. RESULTADOS E DISCUSSES
As analises de acoplamento molecular (doking) realizadas tm por objetivo
compreender o modo de interao de 2 compostos frente ao sitio ativo da enzima lanosterol
14alfa-desmetilase.
Atravs da realizao do docking frente protena 14alfa-desmetilase para os
compostos clotrimazol e sb39 as conformaes estavam localizadas no stio ativo da protena
e foi verificado que o grupamento azlico do clotrimatozol e a nitrila do composto sb39 tm a
direo voltada para o tomo de ferro do grupo heme.
Considerando a melhor conformao encontrada para o composto sb39, foi observada
uma distancia de 3.68 entre a nitrila e o tomo de ferro atravs do docking e possveis
ligaes de hidrognio entre os resduos GLY310, MET509, SER382, PHE384 e o ligante. O
limite mximo estabelecido para as interaes foi fixado em 2,0 e o mximo em 3,0 .
Figura 6 - Em cinza encontra-se o grupo heme, o composto SB39, e o resduo CYS470. Em azul encontra-se os
resduos que fazem ligaes de hidrognio com o composto SB39.
32
33
34
Com base nas simulaes de dinmica molecular para os trs sistemas moleculares
pod-se perceber uma variao de conformaes no sitio ativo da protena evidenciando uma
acomodao da estrutura macromolecular com os ligantes descritos, isto acontece devido ao
fato da dinmica molecular considerar a protena alvo como uma estrutura flexvel.
Nas acomodaes, ocorreram diversas alteraes no stio de ligao para estabilizar os
compostos submetidos ao docking com isso, modificou-se o comprimento de ligao do
nitrognio reativo dos compostos frente ao ferro do grupo heme.
Figura 8 - Distncia mais estabilizada encontrada atravs de dinmica molecular foi de 2,62.
35
36
DFN*
Inibidores
2W0B
2.11
2W0A
2.17
n-[(1s)-2-metil-1-(piridina-4-ilcarbamoil)propil]ciclohexanecarboxamida
2W09
2.19
Cis-4-metil-n-[(1s)-3-(metilsulfanil)-1-(piridina-4-ilcarbamoil)propil] nocarboxamida
1EA1
2.34
Fluconazol
1E9X
2.40
fenillimidazol
2CIB
2.48
(2s)-2-[(2,1,3-benzotiadiazol-4-ilsulfonil)amino]-2-fenil-n-piridina-4-ilacetamida
2CI0
2.68
(2r)-2-fenil-n-piridina-4-ilbutanamida
ligao Ferro-Nitrognio
4,00
3,80
Clotrim
SB39
3,60
Bond
3,40
3,20
3,00
2,80
2,60
2,40
2,20
2,00
0
10
20
30
40
50
60
Frames
Fonte: elaborado pelo autor.
70
80
90
100 110
37
Foi realizado o rmsd para os resduos a 4 de distancia dos ligantes a fim de plotar o
grfico referente oscilao do stio ativo frente aos compostos. Observa-se uma oscilao
maior para o composto sb39 na acomodao do sitio ativo da protena em relao ao
clotrimazol.
Grfico 3 - RMSD da simulao dos resduos encontrados a 4 de distancia dos ligantes.
38
Resduos
GLY310
MET313
TYR140
LEU380
MET509
clotrimazol
Sb39
96.37%
97.55%
89.00%
-----98.22%
83.65%
--------95.00%
-----
39
6. CONCLUSO
A descoberta de novos compostos antifngicos que possuam ao frente 14alfadesmetilase (CYP51) apresenta-se como um grande desafio na rea de pesquisas cientificas.
Devido ao amplo espectro de ao de compostos azlicos aplicado no tratamento de doenas
parasitarias, especialmente, fngicas.
O estudo de modelagem molecular realizado teve o objetivo de analisar o composto
sb39 em comparao com um antifngico utilizado atualmente e comparar as interaes entre
estes compostos. Com relao s interaes, foi verificado uma proximidade interessante
entre a ligao Ferro-Nitrognio para o composto sb39 estabilizada em 2,32, este
comprimento de ligao indica que possivelmente existe uma ligao coordenadas neste
espao de interao molecular, sendo uma caracterstica importante para inibio da 14alfadesmetilase.
Foi analisado o RMSD para os resduos encontrados no stio ativo da protena a 4 de
distancia dos ligantes durante a estabilizao do sistema molecular. Para o clotrimazol, foi
observado uma leve acomodao do ligante frente ao stio ativo da protena representado pela
suave variao de localizao dos resduos representados pelo grfico 3. Para o composto
sb39 estima-se que o stio ativo teve grandes deformaes para acomodao do ligante
ocasionando um alto grau de variao da posio inicial da protena, desfavorecendo boas
interaes no ambiente de ligao.
As ligaes de hidrognio identificadas atravs de dinmica molecular indicam uma
quantidade maior de ligaes do composto clotrimazol com o stio ativo da protena,
acarretando uma melhor acomodao e possivelmente maior estabilizao de ligao no stio.
De acordo com o grfico de direcionais, foi verificado um aumento de fora de
deslocamento mediante cada composto utilizado, o lanosterol foi utilizado como base para os
estudos de direcionais calculados atravs de dinmica. O composto sb 39 obteve altas taxas de
fora aplicadas ao movimento direcional mostrando-se desfavorvel o acesso ao stio de
ligao. De acordo com os padres especficos estipulados pelo ncleo de desenvolvimento da
universidade de Illinois, estima que uma fora de deslocamento maior que 600 pN no
favorvel a direcional natural de deslocamento sobre canais de protenas.
Os resultados obtidos estimam que o composto sb39 comparado aos dados do
composto clotrimazol tenha uma maior afinidade com o ferro localizado no centro do grupo
heme, contudo, o composto sb39 demonstra maior dificuldade de deslocamento at a chegada
no stio de ligao.
40
7. REFERNCIAS
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