Iinicia su sexenio en circunstancias difciles como la deuda externa , alta tasa de desempleo abierto, inflacin, movimientos guerrilleeros
Aprendi y encarcel a Ral Salinas de Gortari porque fue acusado por la
Procuradura General de la Repblica, encabezada por el panista Antonio Lozano Gracia por haber sido el autor intelectual del asesinato de J. Francisco Ruiz Massieu, aspirante a ser el lder de la fraccin priista en la Cmara de Diputados. Hizo el pacto Compromisos para el Acuerdo Poltico Nacional que fue suscrito el 17 de enero de 1995 por el Partido Revolucionario Institucional (PRI), Partido de Accin Nacional (PAN), Partido de la Revolucin Democrtica (PRD) y el Partido del Trabajo (PT), todos representados en el Congreso del Estado. Dicho pacto se llev a cabo para promover el dilogo poltico y para tener una reforma electoral correcta con el fin de solucionar cualquier problema que surja sobre aspectos pos-electorales. Trabaj para llevar a cabo la recuperacin econmica en Mxico. Trat de lograr el desarrollo econmico, democrtico y social para los mexicanos. Permiti la victoria electoral de Cuauhtmoc Crdenas como jefe de gobierno del Distrito Federal en julio de 1997. Termin los conflictos armadas en Chiapas a travs de soluciones polticas que satisficieron las dems del EZLN. El trfico y los inmigrantes indocumentados entre Mxico-Estados Unidos fue un problema que ya se vena dando desde hace tiempo pero que en el gobierno de Zedillo se vio an ms. En 1998 los mexicanos que murieron al tratar de cruzar la frontera se duplicaron en relacin al ao anterior. En 1995 inici una ofensiva militar contra el EZLN pero debido a varias protestas, Zedillo se vio obligado a detenerla.
En 1996 se firmaron los acuerdos sobre el derecho y la cultura indgena en San
Andrs Larrainzar. Sin embargo el gobierno federal no lo respet y los chiapanecos continuaron viviendo bajo una constante presencia militar. Sobre los problemas que se dieron en Chiapas, otro de ellos fue cuando se dio la matanza en Acteal donde fueron asesinados un gran nmero de nios, mujeres embarazadas y ancianos pertenecientes al grupo indgena tzotzil. El gobierno de Zedillo respondi a las exigencias y necesidades de la sociedad. Las votaciones que se realizaron en el 2000 posibilitaron la victoria de otro partido poltico de la oposicin, por lo cual Zedillo forma parte de la historia de Mxico como el presidente que consolid la transicin despus de que el PRI se mantuviera en el poder durante 71 aos ininterrumpidos. Por lo cual los votos recabados de las elecciones realizadas el 01 y 02 de julio del 2000 le dieron el triunfo al candidato presidencial Vicente Fox Quesada, representante del Partido de Accin Nacional (PAN), derrotando al candidato Francisco Labastida del PRI. El gobierno de Ernesto Zedillo Ponce de Len fue calificado los polticos como uno de los ms revolucionarios desde que el Partido Revolucionario Institucional (PRI) comenz el predomino en el gobierno federal.