BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Berbagai penelitian di bidang biologi molekular telah mencoba mengungkap
asal usul kehidupan dan evolusi berbagai makhluk hidup yang masih hidup atau yang
telah punah. Teori-teori yang berkembang tentang asal usul kehidupan memang sulit
dibuktikan. Saat ini fosil molekular seperti intron yang terdapat dalam materi genetik
tiap makhluk hidup merupakan salah satu petunjuk yang mendukung teori-teori
tersebut.
Sel-sel yang hidup pada masa kini mempunyai ciri (1) membran pembatas yang
memisahkan isi sel dengan lingkungan eksternalnya, (2) satu atau lebih molekul DNA
yang membawa informasi genetik untuk menentukan struktur protein yang kelak akan
berperan dalam replikasi DNA, metabolisme, pertumbuhan, atau pembelahan sel, (3)
sistem transkripsi untuk mensintesis RNA, (4) sistem translasi untuk menguraikan
rangkaian kode ribonukleotida menjadi asam amino, dan (5) sistem metabolisme yang
akan memberikan energi untuk berbagai kepentingan fisiologis. Oleh karena itu bentuk
kehidupan pertama di planet ini merupakan sistem yang jauh lebih sederhana daripada
sel-sel yang terdapat saat ini.
Usia planet bumi ini diperkirakan telah mencapai 4,6 milyar tahun. Fosil tertua
yang telah ditemukan oleh manusia berwujud seperti bakteri yang usianya 3,5 milyar
tahun. Dengan demikian evolusi kimiawi diperkirakan terjadi saat 1 hingga 1,5 milyar
tahun pertama dari usia bumi. Hal ini menandakan bahwa evolusi kimiawi terjadi
sebelum munculnya bentuk kehidupan selular dan evolusi biologis. Saat ini sebagian
besar para ilmuwan sepakat bahwa pada mulanya atmosfer bumi tidak mengandung
oksigen dan terutama mengandung nitrogen, CO2, H2S, dan H2O.
Fosil tertua tersebut berupa sianobakteri yang ditemukan pada lapisan batu
stromalit yang telah berusia 3,5 milyar tahun. Bakteri tersebut adalah bakteri
fotosintetik yang diduga memproduksi oksigen dari hasil pemecahan air seperti yang
dilakukan sianobakteri modern saat ini. Selama milyaran tahun sejarah bumi ini
diperkirakan mulai terakumulasi senyawa oksigen hingga pada akhirnya mengubah
atmosfer primitif bumi menjadi atmosfer yang bersifat pengoksidasi.

1
 Saat ini terdapat dua teori utama tentang asal usul kehidupan di bumi. Teori
pertama menyatakan bahwa kehidupan berevolusi di bumi dari zat kimiawi tidak hidup,
sedangkan teori ke-2 yang disebut teori panspermia menyatakan bahwa kehidupan
berevolusi di suatu tempat di alam semesta dan terbawa ke bumi oleh komet atau
meteorit. Pada dasarnya banyak laporan tentang berbagai asam amino dan prekursor
biomolekul modern yang ditemukan di dalam meteorit sehingga kemungkinan
terjadinya evolusi kimia pada molekul-molekul ini bisa saja terjadi di berbagai tempat
di alam semesta.
Pada tahun 1953, Stanley Miller yang mendapat bimbingan dari Harold Urey
membuat suatu alat untuk merekonstruksi keadaan atmosfer purba untuk
menggambarkan evolusi kimia dari beberapa molekul prekursor biologis. Miller
menciptakan suatu sirkulasi uap air dan beberapa gas (CH4, NH3, dan H2) melalui ruang
yang dialiri listrik bertegangan tinggi (yang merupakan simulasi petir saat itu). Setelah
beberapa hari, senyawa yang dihasilkan dari eksperimen tersebut dianalisis dan
ditemukan sedikitnya 10 asam amino yang berbeda, beberapa aldehid, dan hidrogen
sianida. Eksperimen serupa yang dilakukan oleh para ilmuwan dari generasi selanjutnya
menghasilkan berbagai blok pembangun polimer biologis lainnya yang serupa dengan
hasil percobaan Miller.
Sidney Fox beserta koleganya melakukan percobaan dengan cara memanaskan
asam amino dalam keadaan anhidrik dengan suhu 160-210oC dan percobaan ini
menghasilkan asam-asam amino yang terpolimerisasi yang rantai serupa protein yaang
disebut ”proteinoid”. Proteinoid yang ditemukan tersebut mempunyai struktur
bercabang dan saat dimasukkan ke dalam air menunjukkan beberapa sifat biologis
seperti aktivitas enzimatik dan renta terhadap proteinase.
Peptida-peptida serupa juga dapat disintesis dari asam amino dari tanah liat
”clay”. Clay mengandung berbagai lapisan yang berselang-seling dan tersusun atas ion
anorganik dan H2O. Struktur tanah liat semacam ini dapat menarik molekul-molekul
organik dengan sangat kuat dan memicu terjadinya reaksi-reaksi kimia di antara
molekul-molekul tersebut. Sebuah simulasi di laboratorium menunjukkan bahwa
polipeptida dapat ditemukan pada proses-proses tersebut.
Ketika sebuah molekul proteinoid dipanaskan di dalam air dan kemudian di
dinginkan, maka selanjutnya akan terbentuk partikel kecil berbentuk bola yang disebut

2
mikrosfer. Mikrosfer tersebut mempunyai ukuran dan bentuk yang kira-kira sama
dengan bakteri berbentuk coccus. Beberapa di antaranya dapat tumbuh (mengalami
pertambahan massa) melalui penambahan proteinoid dan lipid. Kemudian terjadi
proliferasi melalui pembelahan biner ataupun budding.

B. Rumusan Masalah
Berdasarkan penjabaran pada latar belakang di atas, maka permasalahan yang
perlu dibahas dalam makalah ini adalah sebagai berikut.
1. Bagaimana garis besar evolusi molekular?
2. Bagaimana proses evolusi molekular berlangsung?

C. Tujuan
Berdasarkan penjabaran latar belakang dan rumusan masalah yang diajukan,
maka tujuan penulisan ini adalah sebagai berikut.
1. Untuk menjelaskan garis besar evolusi molekular.
2. Untuk menjelaskan proses evolusi molekular.

3
 BAB II
PEMBAHASAN

A. Garis Besar Evolusi Molekular

Dunia RNA
Suatu system kehidupan harus dapat mereplikasikan materi genetiknya dan
mampu berevolusi. Protein sangat penting dalam replikasi DNA, tetapi sebagian besar
potein di sintesis pada cetakan RNA dan cetakan RNA itu sendiri disintesis pada
cetakan DNA.
Para saintis telah membuat hipotesis bahwa molekul-molekul RNA yang dapat
melakukan sendiri muncul secara prabiotis melalui kondensasi acak dari
mononukleotida-mononukleotida menjadi polimer-polimer kecil. Situs-situs aktif pada
sebagian besar protein modern dan RNA katalitik merupakan komponen penyusun
segmen-segmen yang relatif kecil dari polimer-polimernya. Polimer-polimer RNA
replikasi primitif berukuran kecil yang terbentuk secara abiotis kemungkinan hanya
mempunyai aktifitas katalitik yang lemah dan rentan terhadap replikasi yang salah.
Meskipun demikian, molekul tersebut barangkali dapat menggunakan dirinya atau
molekul RNA lain sebagai cetakan untuk mempolimerisasi nukleotida RNA.
Kesalahan-kesalahan dalam jumlah banyak yang terjadi selama replikasi pada RNA
replikasi awal menghasilkan sebuah pool keragaman genetic yang dapat dipilah-pilah
oleh seleksi alam untuk menemukan molekul-molekul yang dapat mereplikasikan
dengan lebih cepat atau mempunyai akurasi yang lebih tinggi. Akan tetapi, terdapat
sebuah masalah, yaitu tidak ada replikasi yang dapat mengadakan situs aktifnya sendiri.
Karenanya, dibutuhkan minimum dua replikasi RNA yang disintesis pada saat hampir
bersamaan dari prakursor ”sup purba” (primordial soup). Sebuah tipe primitive sel yang
mengandung sebuah genom RNA, yang disebut eugenot, diduga berkembang dari
populasi progenot.
Molekul RNA diduga merupakan molekul genom atau enzim primordial (purba)
pada sistem-sistem kehidupan primitif. Gula ribose lebih mudah disintesi pada simulasi
kondisi primordial dibandingkan gula deoksiribosa. Prakursor DNA dari semua sel yang
hidup pada saat ini dihasilkan dari reduksi nuleosid difosfat RNA oleh enzim protein
yang amat lestari (conserved) yang disebut ribonukleosida difosfat reduktase. Enzim

4
ini terdapat pada semua sel modern dengan hanya sedikit perbedaan struktur. Hal
tersebut tanpa menunjukan bahwa enzim ini adalah enzim purba yang telah melakukan
tugas penting yang sepanjang sejarah evolusioner yang panjang. System-sisitem
kehidupan dengan genom RNA diduga telah berevolusi terlebih dahulu. Genom-genom
DNA yang lebih stabil dievolusikan kemudia untuk menyimpan informasi genetik.
Selain itu, DNA lebih kecil kemungkinnnya untuk membentuk konfigurasi-
konfigurasi tiga dimesi yang kompleks akibat ketidakadaan gugus 2 hidroksilnya yang
telah dapat mengakibatkan ikatan hidrogen yang tidak biasa. Lebih lanjut, bahwa
aktifitas kataliik dari beberapa ribosom modern melibatkan gugus 2’ OH ini. terakhir,
molekul-molekul dsDNA mempunyai struktur yang sama berupa struktur heliks ganda
yang menunjukan kepada kita bahwa molekul tersebut tidak mempunyai sifat seperti
enzimatis. Akan tetapi, dsDNA dapat melipat ballikke untaiannya sendiri dan ssDNA
melipat membentuk struktur tersier.
Secara bertahap, protein mulai mengambil alih fungsi-fungsi kataltik yang
sebelumnya dilaksanakan oleh molekul-molekul RNA. Hal ini memberikan flaksibilitas
yang tinggi di dalam sekuens karena terdapat 20 asam amino dan hanya 4
ribonukleotida. Selain itu, bentuk tiga dimensi molekul RNA membutuhlan suatu
skuens komplementer ditempat lain pada untaiannya untuk dapat membentuk ikatan
hydrogen.
Sintesis-sintesis kehidupan awal yang bias membuat berbegai protein penting
cenderung memiliki keuntungan selektif dibandingkan system-sistem dengan protein-
protein yang terbatas. Dengan demikian, seleksi mendorong munculnya variasi-variasi
pada protoribosom, tRNA, dan tRNA sintesis awal. Proses ini diduga telah
menghasilkan satu set ribosom spesifik-peptida yang masing-masing mempunyai
sekuens mRNA. Dengan demikian, suatu kode genetik primitive dapat termantapkan
sebagai set-set tRNA sintase dan protoribosom spesifik-peptida berevolusi.

Dunia DNA
Molekul DNA beruntai ganda mempunyai struktur yang lebih stabil
dibandingkan ssRNA. Karena lebih menguntungkan bagi system kehidupan untuk
menyimpan informasi yang dapat diwariskan di dalam molekul DNA daripada molekul
RNA. Gugus 2” OH pada RNA dapat menyerang ikatan fosfodiester yang berada

5
didekanya sehingga membuat RNA menjadi jauh lebih stabil dari pada DNA. Proses
autokatalitik ini barangkali dipercaya oleh kondisi-kondisi yang keras pada bumi
primitif. Seiring semakin kompleksnya sel-sel ukuran genomnya juga harus meningkat.
Jika eugenot pertama memiliki genot RNA yang tersegmentasi, setidaknya satu genom
dari tiap segmen harus ada di dalam tiap sel anaknya agar sel tersebut dapat sintas
(survive). Untuk meningkatkan probabilitas sel-sel anakan memperoleh genom yang
utuh, seleksi alam akan lebih memilih produksi genom polisistroni, akan tetapi semakin
besar segmen genomik RNA, semakin tidak stabil pula RNA tersebut sebagai sifat
autokatalitiknya, jadi merupakan suatu keuntungan bagi molekul DNA polisistronik
stabil untuk mengambil alih fungsi genomic dari RNA dan membiarkan RNA
melakukan fungsi-fungsi yang tidak memerlukan molekul-molekul yang berusia
panjang. Sel-sel tak bernukleus pertama yang mengandung genom DNA (dan semua sel
semacam itu yang muncul berikutnya) disebut prokariota.
Setidaknya diperlukan empat proses utama untuk menyelasaikan transisi ini,
yaitu (1) sintesis monomer DNA oleh ribonukleotida difospat reduktase; (2) transkripsi
balik dari genom RNA menjadi polimer DNA; (3) replikasi genom DNA oleh DNA
polymerase; dan (4) transkripsigenom DNA menjadi molekul RNA fungsional
(nongenomik) seperti tRNA, mRNA, dan rNA.
Gen-gen yang terpisah pada sel eukariotik modern terdiri dari daerah pengkode
(ekson) dan daerah yang bukan pengkode (intron. Terselingnya gen-gen oleh intron
menawarkan suatu keuntungan evolusioner. Tampaknya,ekson-ekson dari gen yang
berbeda kadangkala dapat direkombinasi melalui mekanisme-mekanisme alami untuk
mengkode protein dengan fungsi yang berbeda namun mempunyai domain-domain
asam amino yang mirip. Tiap domain tersebut mempunyai fungsi spesifik (misalnya
sebagai tempat pengikatan reseptor, pembentukan heliks- α dan lain-lain) proses ini
disebut pengocokan akson (exon shuffling), tampaknya telah digunakan secara luas di
dalam dunia DNA eukariota awal.

Analisis Filogenetik
Protein-protein dapat berevolusi dengan laju yang berbeda-beda akibat adanya
faktor intrinsic (mekanisme-mekanisme perbaikan). Protein –protein yang sangat lestari
(conserved) tampaknya hanya mampu menoleransi sedikit perubahan kecil, sedangkan

6
sejumlah protein lainnya mampu menyerap berbagai mutasi tanpa kehilangan
fungsinya. Mutasi yang terjadi diluar daerah yang terlibat dalam fungsi normal dapat
ditoleransi sebagai mutasi netral secara selektif. Seiring berjalannya waktu biologis,
mutasi-mutasi netral tersebut cenderung terakumulasi di dalam garis keturunan
geneologis. Jika kita asumsikan kalau mutasi –mutasi netral semacam itu terakumulasi
dengan laju konstan untuk protein yang sangat lestari, maka kita bisa menentukan pola
percabangan dari pohon filogenetik (disebut juga kladogram atau pohon evolusi).
Prinsip parsimoni umum digunakan untuk menentukan jumlah minimum
perubahan genetic yang dibutuhkan untuk menyebabkan perbedaan-perbedaan skuens
asam amino atau nukleotida di antara organisme-organisme yang mempunyai nenek
moyang (ancestor) yang sama. Jarak evolusi yang memisahkan organisme di dalam
pohon filogenetik biasanya dinyatakan dalam unit-unit mutasi nukleotida atau subtitusi
asam amino sepanjang masing-masinglengan pohon tersebut di antara titik-titik
percabangan seperti pada Gambar 1 berikut.

Gambar 1. Pohon Filogenetik Berdasar Homologi antara Sitokrom c berbagai Organisme

7
Evolusi Sel-sel Eukariotik
Dahulu, prokariota diduga berkerabat lebih dekat denganprogenot hasil postulasi
(nenek moyang dari semua sel, sebelum adanya genom) daripada eukariota, dan sesame
prokariota diduga juga mempunyai kekerabatan yang lebih dekat daripada denga
eukariota manapun. Sebagian besar spesies prokariota kemudian biasa di klasifikasikan
lebih lanjut sebagai eubakteria. Subkingdom prokariotik lainnya, yaitu archae, hidup
pada lingkungan-lingkungan yang diduga tesebar luas pada saat kehiudpan mulai
berevolusi untuk pertama kalinya. Karenanya, dipercaya bahwa eubakteria berevolusi
dari archae primitive dan eukariota berevolusi dari eubakteria. Akan tetapi, secara
bertahap ditemukan lebih banyak lagi perbedaa yang memisahkan kedua sub kingdom
prokariota tersebut. Beberapa sifat dari archae dapat dijumpai pula pada eubakteria
(keduanya merupakan prokariota), sedangkan beberapa sifat lainnya ditemukan pula
pada eukariota (misalnya gen-gen bagi rRNA dan tRNA mengandung intron).
Berdasarkan hasil analisisnya terhadap sekuens-sekuens nukleotida pada rRNA 165
yang amat lestari dari berbagai organisme. Pada tahun 1977 Carl Woese mengatakan
bahwa archae berbeda dengan eubakteria dan dari eukariota. Saat ini, ketiga kelompok
tersebut diduga berevolusi dari progenot yang sama.
Organisme-organisme yang mempunyai sebuah nucleus kemungkinan telah
berevolusi sekitar 3,5 miliar tahun yang lalu, akan tetapi bagaimana munculnya
membran nukleus pertama masih berupa misteri. Berdasarkan hipotesis proliferasi
membran, satu atau lebih invaginasi membrane plasma pada progenot akan bersatu
secara internal mengelilingi genom, menjadi terpisah dari membran plasma dan
membetuk membran nukleus berlapis ganda. Proses melipatnya membran plasma
kearah dalam menenerangkan fakta bahwa nukleus sel-sel eukariotik modern
diselubungi oleh “membrane ganda” yang terdiri dari dua lapisan ganda lipid (lipid
bilayer)
Asal usul mitokondria pada eukariota yang berusia lebih muda dapat dijelaskan
pada teori endosimbiotik. Beberapa sel purba dapat mengingesti partikel-partikel
makanan me;alui invaginasi endositik membran plasmanya. Barangkali setidaknya ada
sebuah sel pencari makan berukuran besar yang mampu berfermentasi dan menelan satu
atau lebih bakteri respirasi kecil, namun tidak dpat mencernanya. Endosimbion ini
dapat bertahan hidup pada lingkungan yang kaya akan nutrisi dan dapat bersembunyi

8
dari sel predator lani. Sebaliknya sel-sel inang pencari makan tadi mendapatkan
keuntungan energy dari respirasi oksidasi melebihi dari fermentasi. Keuntungan-
keuntungan komplementer ini kemudian berevolusi menjadi sebuah hubungan
simbiosis (“hidup bersama”) dimana salah satu entitas tidak dapat hidup tanpa entitas
lainnya. Sebagian dari adaptasi bersama ini melibatkan transfer sebagian besar gen
bakteri endo simbion kedalam nukleus sel inang. Sebagian besar molekul bermuatan
negative, termasuk diantaranya mRNA, tRA, rRNA, dan beberapa jenis protein yang
tidak dapat melewati membrane organel-organel tersebut harus tetap dikode oleh genom
organel itu sendiri. Proses ini diduga telah memunculkan mitokondria pada sel-sel
eukariotik modern setidaknya 1,5 miliar tahun yang lalu.

Gambar 2. Asal Mula Terbentuknya Membran lapis Ganda pada Eukariot

Bukti yang lebih kuat dapat ditunjukan pada evolusi kloroplas melalui
endosimbisis dari pada evolusi mitokondria. Suatu sel eukariotik pencari makan yang
aerob (sel yang telah mengevolusikan mitokondria) diduga mampu menelan satu atau
labih eubakteria (yang berkerabat dengan sianobakteri) yang dapat melakukan
fotosintesis organic. Dalam proses evolusinya menjadi kloroplas, endosimbion
melepaskan beberapa gennya kedalam genom nukleus namun dalam jumlah yang tidak
sebanyak seperti yang dilepaskan oleh endosimbion yang berevolusi menjadi

9
mitokondria. Seperti halnya mitokondria, protokloroplas juga harus mempertahankan
gen-gen yang mengkode tRNA dan rRNA bagi sintesis protein dalam kloroplas.
Banyak bukti yang mendukung teori endosimbiotik bagi asal-usul kloroplas dan
mitokondria. Organela-organela ini mempunyai ukuran yang hamper sama dengan
bakteri genomnya terdapat didalam sebuah molekul DNA sirkuler tunggal tanpa protein
histon, seperti pada bakteri.kedua organela bereproduksi secara aseksual melalui
pertumbuhan dan pembelahan organel yang menyerupai pembelahan biner. Sintesis
protein pada mitokondria dan kloroplas dihambat oleh berbagai antibiotik yang
mengaktifkan ribosom bakteri, namun hanya mempunyai efek yang sangat kecil pada
ribososm sitoplasma eukariotik. Polipeptida yang baru dibentuk pada bakteri,
mitokondria dan kloroplas mempunyai N-formilmetionin pada ujung aminomnya.
Genom mitokondria dan kloroplas mengkodekan molekul tRNA dan rRNA bagi
system-sistem sintesi-proteinnya sendiri. Ribosom yang terdapat pad kedua organel
mempunyai bentuk dan ukuran yang serupa dengan ribosom bakteri. Terakhir, teori
endosimbiotik menerangkan fakta bahwa kedua organela tersebut mempunyai membran
ganda. Membran dalamnya menyerupai membran plasma endosimbion nenek moyang,
sdangkakn membrane luarnya merepresentasikan membrane plasma nenek moyang sel
inang pencari makannya.

B. Proses Evolusi Molekular

Terbentuknya Planet Bumi
Pembentukan alam semesta diawali dari peristiwa Big Bang yang terjadi 20
milyar tahun yang lampau. Sekitar 15 milyar tahun sesudah peristiwa tersebut,
terbentuklah gugusan awan yang tersusun atas gas dan debu, dimana pengaruh gravitasi
menyebabkan benda-benda tersebut berkondensasi membentuk bola gas yang disebut
bintang. Bintang ini dikelilingi oleh berbagai benda sferis yang disebut planet. Gas
hidrogen dan helium adalah komposisi utama pembentuk bintang, sementara sebagian
kecil unsur-unsur berat berperan menyusun berbagai planet. Dalam tahap awal
pembentukannya, planet bumi masih sangat panas hingga H2O selalu dalam bentuk uap.
Pada tahap selanjutnya, saat temperatur bumi mulai menurun, molekul air dapat
berkondensasi hingga terbentuk danau dan lautan. Kehidupan di bumi diperkirakan

10
berasal dari berbagai reaksi kimia di atmosfer yang diikuti dengan terjadinya berbagai
reaksi di perairan purba tersebut.

Pembentukan Atmosfer
Atmosfer yang pertama kali terbentuk adalah atmosfer primer yang masih
tersusun atas hidrogen dan helium. Akan tetapi helium dan hidrogen memiliki massa
yang ringan sehingga mudah hanyut ke luar angkasa. Oleh karena itu pada tahap
selanjutnya terbentuk atmosfer sekunder yang terbentuk dari semburan gunung berapi.
Semburan gunung berapi mengandung 95% uap air dan sisanya adalah berbagai
senyawa seperti CO2, SO2, H2S, HCl, belerang, H2, CH4, SO3, dan NH3. Pada masa
tersebut oksigen belum terbentuk. Uap air yang tersebar di atmosfer dapat bereaksi
dengan beragam mineral purba sehingga terbentuk amonia, dengan karbid dapat
membentuk metan, dan dengan sulfida membentuk H2S.
Atmosfer selanjutnya yang terbentuk adalah atmosfer tersier yang juga terdapat
di masa kini. Atmosfer inilah yang menjadi asal usul kehidupan di bumi. Pada tahap ini
telah muncul organisme fotosintetik yang melepas oksigen ke atmosfer. Organisme
petama yang melakukan fotosintesis di bumi ini adalah cyanobacteria yang secara
perlahan meningkatkan kadar O2 di atmosfer hingga 20% seperti saat ini.

Teori Asal Usul Kehidupan oleh Oparin

Radiasi UV dari matahari bersama dengan percikan listrik dari halilintar diduga
menyebabkan berbagai gas di atmosfer bereaksi dan membentuk senyawa organik
sederhana. Senyawa tersebut akan jatuh kebumi dan terlarut dalam lautan dan terus
bereaksi hingga tercipta bentukan seperti sup yang disebut ”primitive soup”. Sup purba
ini mengandung beragam senyawa seperti asam amino, gula, dan basa asam nukleat.
Pada tahap selanjutnya senyawa dalam sup tersebut mulai mengalami polimerisasi dan
menghasilkan bentukan seperti kantung. Kantung inilah yang diduga kelak akan
menjadi sel-sel purba yang pertama muncul di muka bumi. Teori ini diajukan oleh pakar
biokimia dari Rusia bernama Alexander Oparin di tahun 1920-an. Charles Darwin
sendiri juga pernah memprediksikan bahwa kehidupan pertama muncul dari suatu
kolam yang mengandung amonia dan senyawa lain yang dibutuhkan. Dalam hal ini
Oparin memberi penekanan bahwa kehidupan muncul di bumi sebelum adanya oksigen.

11
Hal ini disebabkan oksigen adalah senyawa yang reaktif dan bila bereaksi dengan
molekul-molekul prekursor tersebut dan terjadi oksidasi, maka senyawa yang baru
terbentuk tersebut akan terurai menjadi air dan CO2.

Percobaan Miller
Pakar biokimia bernama Stanley Miller pada tahun 1950 berupaya membuat
simulasi berbagai reaksi yang diduga terjadi di atmosfer masa lampau. Miler
menciptakan atmosfer buatan yang mengandung metan, amonia, dan uap air yang
dipaparkan pada muatan listrik tegangan tinggi (sebagai simulasi petir). Senyawa
organik yang dihasilkan dari percobaan ini dapat terlarut dalam air (sebagai simulasi
lautan masa lampau) dan terus melakukan reaksi kimia. Telah banyak percobaan serupa
dilakukan dengan berbagai variasi campuran gas, sumber energi, dan sebagainya.
Sekitar 20% dari total campuran gas tersebut dapat dikonversi menjadi berbagai
molekul organik.
Sesungguhnya proses ini berjalan secara reversibel, yaitu energi yang dipakai
untuk menciptakan molekul organik tersebut juga dapat menghancurkan dan
menguraikan. Oleh karena itu molekul organik ini juga membutuhkan perlindungan dari
sumber energi yang dahulu menciptakannya. Dalam hal ini Miller menekankan
pentingnya peran lautan dalam memberi perlindungan terhadap molekul organik yang
baru terbentuk dari serangan radiasi UV dan sengatan listrik. Kelestarian molekul
organik dalam keadaan bumi yang primitif dilakukan dengan cara larut dalam perairan
atau melekat pada mineral. Sedangkan molekul organik yang masih melayang di
angkasa akan segera terurai.

Polimerisasi Monomer Hingga Menghasilkan Makromolekul

Polimerisasi suatu monomer untuk menghasilkan makromolekul seperti proein
dan asam nukleat membutuhkan energi untuk membangun ikatan dan pelepasan H2O.
Tidak seperti sel masa kini yang menggunakan pospat berenegi tinggi, sel di masa
lampau menggunakan sumber energi yang lain. Protein yang pertama kali tercipta
adalah suatu polimer yang memiliki urutan asam amino yang acak disebut sebagai
proteinoid. Senyawa ini dapat dibuat dengan cara memanaskan asam amino kering pada
suhu 150oC selama beberapa jam. Bila protein masa kini membangun ikatan antar asam

12
amino pada gugus amin dan hidroksil, maka protein di masa lampau bahkan dapat
membuat ikatan pada gugus rantai samping. Proteinoid ini terkadang tersusun atas 250
asam amino dan sudah memiliki kemampuan enzimatik. Terbentuknya proteinoid ini
diperkirakan terjadi disekitar gunung berapi. Pengamatan tentang terbentuknya
proteinoid banyak dilakukan oleh seorang pakar bernama Sydney Fox.
Terjadinya polimerisasi asam amino juga dapat terjadi melalui pengikatan
dengan mineral tanah liat yang disebut ”clay”. Ikatan antara tanah liat ini dengan
molekul-molekul kecil organik dapat memicu terjadinya reaksi polimerisasi. Sebagai
contoh, jenis tanh liat tertentu seperti Montmorillonite dapat mengkondensasi asam
amino menjadi polipeptida sepanjang 200 residu.
Polimerisasi asam amino juga dapat terjadi dalam suatu larutan yang
mengandung agen kondensasi. Beberapa agen kondensasi yang telah dikenal adalah
sejenis derivat sianida reaktif yang disebut poliphospat. Polifosfat dapat bereaksi
dengan beragam molekul organik untuk menghasilkan fosfat organik. Salah satu produk
dari reaksi ini adalah asam amino asil fosfat dan fosforamidat. Asil fosfat adalah asam
amino yang memiliki gugus fosfat yang terikat pada gugus karboksil, sedangkan
fosforamidat adalah asam amino yang gugus fosfatnya berikatan pada gugus amin. Bila
senyawa derivat semacam ini dipanaskan, maka akan terbentuk polipeptida. Melalui
cara yang serupa, molekul AMP dapat dibuat dari adenin yang ditambah polifosfat, dan
selanjutnya dapat terbentuk polipeptida melalui polimerisasi.

Kemampuan Enzimatik Pada Proteinoid

Proteinoid yang telah dikembangkan di laboratorium dalam simulasi kondisi
bumi di masa lampau ternyata menunjukkan aktivitas enzimatik. Sesungguhnya
kemampuan enzimatiknya sangat lambat dan tidak akurat, tetapi jelas menunjukkan
adanya kemampuan enzimatik. Sebagaimana enzim yang ada di masa kini memiliki ion
logam sebagai kofaktor, adanya ion logam pada proteinoid dapat meningkatkan
kemampuan enzimatiknya.

Asal Mula Makromolekul sebagai Materi Genetik

Informasi genetik suatu organisme diwariskan pada keturunannya melalui suatu
untaian nukelotida. Campuran polifosfat, purin, dan pirimidin dapat menghasilkan

13
rantai asam nukleat, tentu dengan adanya ribosa atau deoksiribosa. Bila suatu RNA
template diinkubasikan dalam campuran nukleotida dan suatu agen kondensasi, maka
dapat terbentuk untai RNA komplementer. Kemudian bila campuran nukleosida
trifosfat (atau campuran nukleotida dan polifosfat) diinkubasikan dalam kondisi seperti
bumi di masa lampau, lalu menggunakan Zn sebagai katalis, maka pada akhirnya dapat
terbentuk satu untai RNA. Proses polimerisasi seperti ini berjalan sangat lambat. Namun
untuk selanjutnya, bila polimer RNA telah ada, maka RNA ini dapat berperan sebagai
template untuk pembuatan RNA komplemen selanjutnya.

Ribozim dan RNA World

Dalam proses evolusi, nampaknya RNA adalah molekul kehidupan pertama yng
muncul di muka bumi ini. Molekul RNA memiliki kemampuan merakit dan
menduplikasi dirinya sendiri dalam kondisi bumi di masa lampau. Meskipun sebagian
besar enzim di masa kini adalah protein, ternyata RNA juga memiliki kemampuan
enzimatis untuk mengkatalis reaksi tanpa bantuan protein. Hal ini menunjukkan bahwa
asam nukleat primitif dapat mereplikasi dirinya sendiri.
Terdapat suatu gagasan bahwa organisme yang pertama kali muncul di muka
bumi ini telah memiliki gen dan enzim yang terbuat dari RNA yang disebut “RNA
world”. Gagasan ini diajukan oleh Walter Gilbert pada tahun 1986 dalam menghadapi
paradox bahwa asam nukleat diperlukan untuk mensintesis protein, sementara enzim
yang terbuat dari protein ternyata dibutuhkan untuk mereplikasi asam nukleat. Gagasan
RNA world dari Gilbert tahun 1986 menyatakan bahwa RNA memiliki kemampuan
ganda sebagai asam nukleat sekaligus sebagai enzim. Walau peran sebagai enzim kini
sebagian besar telah dilakukan oleh protein, serta DNA sebagai pembawa informasi
genetik, RNA tetap memiliki posisi transisi sebagai gen dan enzim. Berikut adalah
contoh peran RNA dalam melakukan reaksi enzimatik sekaligus perannya dalam
mengkode informasi genetik.
• Ribozim: ribozim adalah sebuah molekul RNA yang dapat berperan sebagai
enzim. Sebagai enzim senyawa ini dapat mengkatalis sejumlah besar molekul
lain tanpa mengubah keadaan dirinya selama reaksi. Saat ini telah banyak
ribozim yang telah diidentifikasi. Salah satunya adalah ribonuklease P, yaitu
ribosomal RNA yang berperan dalam sintesis protein. Enzim ini mempunyai

14
 komponen RNA dan protein yang mengatur transfer molekul RNA. Bagian
RNA ribonuklease P berperan menjalakan reaksi, sedangkan bagian protein
melekatkan ribozim dan tRNA.
• Self-splicing intron (“group I” introns): intron ini adalah contoh RNA yang
bersifat katalitik. Gen pada sel eukariot pada umumnya disisipi non-coding
region yang disebut intron. Intron ini harus dilepaskan dari mRNA sebelum
ditranslasi menjadi protein dengan bantuan spliceosome atau molekul RNA kecil
lainnya. Akan tetapi intron juga memiliki kemampuan untuk melepaskan dirinya
dari mRNA tanpa bantuan siapapun. Intron semacam ini dapat dijumpai pada
kelompok protozoa, mitokondria sel fungi, dan kloroplas sel tumbuhan.
• Viroid: viroid adalah molekul RNA yang dapat menginfeksi tanaman. RNA
semacam ini mampu mereplikasi dirinya sendiri.
• RNA polimerase: RNA polimerase yang dibutuhkan sebagai primer untuk untai
DNA baru memiliki kemampuan dalam inisiasi dan pemanjangan. Oleh karena
itu diduga RNA polimerase telah ada sebelum DNA polimerase tercipta di muka
bumi ini.
• Molekul RNA kecil: RNA semacam ini digunakan dalam berbagai keperluan,
antara lain berperan dalam melepas untaian intron, modifikasi dan editing
mRNA.
• Riboswitch: bila tidak terdapat protein regulator, maka senyawa ini berperan
dalam pengendalian ekspresi gen.
Dalam hal ini masih terdapat pertanyaan tentang kemampuan RNA dalam
menyalin dirinya tanpa bantuan dari DNA atau protein. Sebuah percobaan yang
menggunakan molekul RNA buatan menunjukkan bahwa molekul RNA tersebut
memiliki kemampuan ligase primitif. Ribozim ligase tersebut dapat menyambung dua
untai RNA sebagaimana protein enzim pada sel masa kini. Pada tahap selanjutnya
ribozim tersebut digunakan sebagai template untuk membentuk RNA komplementer
dengan tingkat akurasi 96-99%. Akan tetapi proses ini berjalan sangat lambat. Tidak
seperti polimerase pada umumnya yang tetap menempel pada template untuk
menambahkan nukleotida, ribozim melakukan tugasnya dengan cara melepaskan diri
dari template setelah menambahkan sebuah nukleotida.

15
 Masalah lain pada konsep RNA world adalah bahwa RNA jauh lebih reaktif
daripada DNA. Meskipun RNA dapat disintesis dengan mudah, akan tetapi senyawa ini
tidak stabil. DNA yang terbentuk lebih lambat sebenarnya juga dapat terbentuk dalam
kondisi bumi yang primitif. Sebuah lautan yang dikenal sebagai primitive soup bisa
sesungguhnya dapat mengandung campuran asam nukleat RNA atau DNA, protein,
lipida, dan karbohidrat. Pada akhirnya dapat diduga bahwa sebelum tercipta RNA dan
DNA, primitive soup memiliki sejenis asam nukleat hybrid yang memiliki sifat
keduanya.

Asal Mula Terbentuknya Sel

Terbentuknya molekul organik dalam dunia purba adalah tahap pertama
pembentukan sel primitif. Diduga bahwa protein dan lipida terkumpul di sekitar RNA
atau DNA primitif sehingga menghasilkan bentukan serupa kantung. Sel primitif ini
mulai mengembangkan kemampuan untuk menggunakan RNA sebagai materi
genetiknya. Lipid berperan membangun membran yang melindungi berbagai komponen
sel. Walau protein dan RNA memiliki kemampuan enzimatik, tetapi bila protein lebih
dominan dalam perannya, maka RNA akan mengurangi peran katalitiknya. DNA baru
ditemukan pada tahap evolusi berikutnya. Karena DNA lebih stabil daripada RNA,
maka DNA dapat menyimpan dan mentransfer informasi genetik dengan tingkat
kesalahan yang rendah.
Sel primitif ini sangat mirip dengan bakteri, sel ini hidup dalam media senyawa
organik yang disebut primitive soup. Akan tetapi media ini menyediakan suplai energi
yang terbatas. Secara perlahan sel primitif ini mulai mencari sumber energi baru, yaitu
sinar matahari. Bentuk awal fotosintesis di muka bumi ini berupa proses yang mengolah
energi sinar matahari dan belerang. Bentuk fotosintesis pada tahap selanjutnya tidak lagi
memakai belerang, tetapi memakai H2O dan melepaskan O2 ke atmosfer. Keberadaan
oksigen di atmosfer mulai mengubah wajah bumi, karena dengan adanya oksigen, maka
kemampuan respirasi mulai terbentuk. Sel pada tahap selanjutnya mampu menghasilkan
energi dengan cara mengoksidasi zat makanannya. Fotosintesis melepas oksigen dan
mengambil karbohidrat, sementara respirasi melakukan sebelumnya. Proses ini
membuka jalan terbentuknya ekosistem dimana flora dan fauna berinteraksi saling
melengkapi.

16
Asal Mula Terbentuknya Metabolisme: Teori Autotrof
Ilmu kimia memandang asal mula kehidupan dari sisi yang berbeda. Dalam
pandangan ilmu kimia, sel primitif di masa lampau bukanlah sel heterotrof yang
bergerak secara aktif mencari makan. Sebaliknya sel tersebut bersifat autotrof dan
memfiksasi CO2 untuk menghasilkan materi organik untuk dimanfaatkan sendiri.
Organisme autotrof memanfatkan materi anorganik seperti karbon untuk menghasilkan
makanan untuk diri sendiri. Contoh organisme autotrof adalah tanaman yang
menggunakan energi sinar matahari untuk mengubah CO2 menjadi berbagai derivat
gula. Selain itu beragam bakteri juga bersifat autotrof dan mampu memfiksasi CO2
untuk dijadikan asam karboksilat.
Teori autotrof mengajukan postulat bahwa kehidupan di masa lampau
menggunakan persenyawaan besi untuk menghasilkan energi. Hal ini dilakukan dengan
mengubah FeS menjadi FeS2 oleh H2S dapat melepaskan energi dan menghasilkan atom
H untuk mereduksi CO2 menjadi materi organik. Beberapa jenis bakteri anaerobik di
masa kini menghasilkan energi dengan cara oksidasi Fe2+ menjadi Fe3+, sementara
organisme lain melakukan hal serupa dengan cara mengoksidasi sulfur. Jadi diduga
bentuk metabolisme di masa lampau yang melakukan metabolisme berbasis besi dan
sulfur cukup masuk akal.
Beberapa kemungkinan cara fiksasi CO2 yang dilakukan di masa lampau telah
banyak diusulkan. Pertama, yaitu melibatkan insersi CO2 dengan dikatalis Fe menjadi
derivat sulfur semacam asam karboksilat. Metode ini masih bisa disaksikan di masa
kini, yaitu sebagai perantara metabolik seperti asam asetat, asam piruvat, asam suksinat,
dan sebagainya. Hanya saja kejadian semacam ini tidak terjadi dalam lautan primitive
soup, nampaknya lebih dimungkinkan terjadi di permukaan mineral besi sulfida di
bawah tanah. Jadi asal mula senyawa asam organik tersebut mungkin terjadi melalui
proses seperti percobaan Miller. Pendapat lain menyatakan bahwa molekul organik
pertama yang ada di bumi adalah turunan karbon monoksida dan H2S. Hal ini pernah
diujicobakan bahwa campuran katalis FeS atau NiS dapat mengubah CO yang ditambah
methane thiol (CH3SH) menjadi tioester (CH3-CO-SCH3). Selanjutnya tioester ini dapat
dihidrolisis menjadi asam asetat. Sejumlah katalis selenium dapat membantu konversi
CO yang ditambah H2S menjadi CH3SH yang dapat diproses menjadi asam asetat. Saat

17
ini juga terbukti bahwa CO dapat diaktivasi katalis FeS/NiS sehingga dapat
menciptakan ikatan peptida di antara asam amino alpha dalam larutan suhu tinggi.

Evolusi Sequence DNA, RNA, dan Protein

Selama jutaan tahun berputarnya roda evolusi, laju mutasi yang terjadi pada
sequence DNA pada gen di masa lampau berjalan sangat lambat dan tidak fluktuatif.
sebagian besar dari hasil mutasi tersebut terseleksi karena menglami kerusakan,
sementara yang lain akan tetap lestari. Terkadang mutasi pada suatu gen menjadi mutasi
netral yang tidak menguntungkan atau berbahaya bagi organisme pembawa gen
tersebut. Ada pula mutasi yang dapat memperkuat fungsi suatu gen atau protein yang
dikode, tetapi kejadian semacam ini masih jarang terjadi. Sementara ada pula mutasi
yang semula merugikan lalu berubah menjadi menguntungkan saat terjadi perubahan
lingkungan.
Dalam kondisi sesungguhnya protein jauh lebih penting daripada bagaimana
keadaan sequence gen. Selama protein masih berfungsi dengan normal, maka mutasi
pada gen pengkode protein tersebut tidak perlu dipermasalahkan. Banyak asam amino
yang menyusun suatu protein dapat membentuk berbagai variasi, akan tetapi dalam
batas tertentu mutasi semacam ini tidak merusak fungsi protein. Pergantian asam amino
jarang sekali menyebabkan kerusakan protein. Bila dilakukan perbandingan beberapa
sequence protein yang sama dari berbagai organisme masa kini maka akan nampak
kemiripan dari sequence tersebut. Sebagai contoh, rantai α pada hemoglobin pada
manusia dan simpanse adalah serupa, tingkat perbedaan asam amino hemoglobin pada
manusia dan babi adalah sebesar 13%, bila dibandingkan dengan ayam perbedaannya
sebesar 25%, dan bila dibandingkan dengan ikan perbedaannya sebesar 50%.
Selanjutnya dapat disusun pohon evolusi berdasarkan set sequence untuk protein
pada berbagai organisme yang diamati. Sebagai contoh adalah rantai α pada hemoglobin
yang hanya terdapat pada organisme yang berkerabat dengan manusia. Sedangkan
sitokrom c adalah protein yang berperan dalam menghasilkan energi pada organisme
tingkat tinggi termasuk tanaman dan fungi. Manusia dan ikan memiliki perbedaan
sitokrom c sebesar 18%, sedangkan bila dibandingkan dengan tanaman atau fungi
memiliki tingkat perbedaan 45%, sementara tanaman dan fungi juga memiliki
perbedaan sebesar 45%. Dari hasil tersebut dapat tergambar bahwa jalur evolusi

18
tanaman dan fungi telah terpisah amat jauh sebagaimana terpisahnya evolusi hewan dari
tanaman.
Mutasi individual dapat berperan mengubah suatu sequence gen menjadi
sequence leluhurnya. Akan tetapi mutasi balik semacam itu hampir tidak pernah terjadi.
Hal ini terkait dengan probabilitas. Pada dasarnya tidak ada yang menghalangi suatu
mutasi untuk berbalik mengubah suatu sequence menjadi sequence leluhurnya, akan
tetapi kemungkinannya teramat kecil.

Munculnya Gen Baru melalui Duplikasi

Duplikasi gen adalah cara lazim untuk menciptakan gen baru. Suatu mutasi juga
dapat menyebabkan terjadinya duplikasi segmen DNA yang membawa beberapa gen.
Sequence gen yang asli dipertahankan untuk mempertahankan fungsinya, sedangkan
salinan gen tersebut dapat mengalami mutasi lebih jauh. Pada umumnya mutasi yang
semakin terakumulasi justru akan mematikan fungsi suatu gen hasil salinan tersebut.
Jarang sekali ditemukan salinan gen yang telah mengalami mutasi, kemudian masih
tetap aktif dan mengembangkan fungsi yang berbeda dari sequence aslinya.
Duplikasi berganda yang diikuti dengan perubahan suatu sequence dapat
menciptakan rumpun gen yang memiliki fungsi yang masih berhubungan. Salah satu
contoh yang sangat terkenal adalah gen dari rumpun gen globin. Hemoglobin adalah
pigmen pengikat oksigen di pembuluh darah, sedangkan mioglobin adalah berperan
membawa oksigen di dalam jaringan otot. Kedua protein tersebut memiliki fungsi yang
sama, struktur 3 dimensi yang sama, dan sequence yang masih berkerabat. Leluhur gen
globin yang melakukan duplikasi di masa lampau, secara perlahan menghasilkan ragam
gen hemoglobin dan mioglobin yang mengembangkan fungsi berbeda.
Hemoglobin pada darah mamalia memiliki dua rantai α globin dan β globin yang
membentuk tetramer α2/β2. Sedangkan mioglobin berupa monomer rantai polipeptida
tunggal. Rantai α globin dan β globin adalah hasil duplikasi lanjut dari gen globin purba
di masa lampau. Bahkan pada tahap selanjutnya gen α globin purba menghasilkan gen
untuk α globin dan ζ globin. Sedangkan gen β globin purba juga menghasilkan jalur
terpisah sebanyak dua kali sehingga menghasilkan gen β globin modern dan γ globin
modern, kemudian gen δ globin dan ε globin.

19
 Berbagai varian globin tersebut memiliki peran pada berbagai tahap
perkembangan. Pada setiap tahap, tetramer hemoglobin tersusun atas dua tipe α dan dua
tipe β. Ζ globin dan ε globin mulai terbentuk pada awal terjadinya embrio yang
memiliki hemglobin ζ2/ε2. Saat mulai terbentuk fetus, ε globin yang ada digantikan
dengan γ globin dan ζ globin digantikan oleh α globin, sehingga dalam hal ini terbentuk
struktur hemoglobin α2/γ2. Fetus yang berkembang dalam tubuh seorang ibu berupaya
membentuk ikatan dengan molekul O2, dalam hal ini hemoglobin α2/γ2 berperan
mengikat oksigen.
Berbagai gen globin tersebut adalah contoh famili gen, yaitu sekelompok gen
yang masih berkerabat dan dihasilkan dari proses duplikasi. Setiap anggota famili ini
memiliki sequence dan peran yang serupa. Sejalan dengan berputarnya roda evolusi,
proses duplikasi gen yang dilakukan secara terus menerus akan menghasilkan gen baru
yang berlimpah dan memiliki fungsi yang jauh berbeda dari leluhurnya. Hal ini
membentuk terjadinya superfamili gen. Gen sistem imun adalah contoh famili dan
superfamili gen.
Retroelemen pada eukariot yang mengkode transkriptase adalah hal yang lazim
ditemukan sehingga sesekali terjadi pula transkripsi balik pada mRNA. Proses ini dapat
menghasilkan salinan DNA yang dapat diintegrasikan ke dalam genom. Salinan gen
semacam ini tidak memiliki intron dan tapak promoter untuk titik awal gen. Salinan gen
yang tidak aktif seperti ini disebut sebagai pseudogen dan umumnya membawa
akumulasi mutasi yang menyebabkan matinya fungsi untuk coding. Jarang sekali
pseudogen yang memiliki ujung promoter dan diekspresikan. Gen ini adalah salinan
dari gen yang asli yang mengalami perubahan akibat mutasi.
Kesalahan sedikit selama pembelahan sel dapat berakibat duplikasi total pada
genom. Suatu kesalahan pada meiosis dapat menghasilkan gamet yang diploid. Fusi
gamet diploid akan menghasilkan zigot dan individu yang tetraploid. Terkadang
terbentuk suatu individu triploid yang dibentuk dari fusi satu gamet mutan yang
ditambah satu gamet haploid normal. Pada umumnya organisme triploid adalah steril
karena gametnya memiliki jumlah kromosom yang tidak lazim. Akan tetapi organisme
triploid masih bisa menghasilkan keturunan yang tetraploid. Di sisi lain, kelainan
semacam ini adalah hal yang lazim. Hanya 5 dari 1000 gamet tanaman yang bersifat
diploid. Suatu persilangan antara dua generasi parental ada kemungkinan akan

20
menghasilkan zigot tetraploid. Sejalan dengan berputarnya waktu, salinan gen
organisme tetraploid akan membentuk berbagai variasi.

Sequence Paralog dan Ortolog

Beberapa sequence dikatakan homolog bila berasal dari leluhur yang sama. Bila
beberapa organisme sama-sama membawa salinan gen tertentu yang berasal dari leluhur
yang sama, maka selanjutnya dapat dilakukan perbandingan sequence tersebut untuk
melihat pohon evolusinya. Akan tetapi duplikasi gen menyebabkan terjadinya salinan
gen yang melimpah dalam satu organisme. Gen ortolog adalah gen yang ditemukan
pada beberapa spesies berbeda dan akan membentuk variasi baru bila organisme yang
membawa gen ini juga membentuk variasi baru. Gen paralog adalah salinan berlipat
akibat duplikasi gen yang terdapat dalam satu organisme.
Berbagai gen yang ortolog perlu dibandingkan untuk menyusun pohon evolusi.
Sebagai contoh, sequence α globin dari hewan dan α globin ortolog dari organisme lain
perlu dibandingkan. Oleh karena sekelompok gen paralog memiliki sequence yang
serupa, hal ini dapat menimbulkan kerancuan kecuali bila organisme leluhur tersebut
telah diketahui. Namun tetap saja penelitian ini berguna untuk menentukan apakah
organisme tersebut membawa sequence berlipat dari leluhur yang sama.

Pembentukan Gen Baru melalui Shuffling

Pembentukan gen baru dapat pula dilakukan dengan menggunakan pre-made
modules. Beberapa segmen dari suatu gen difusikan dengan menggunakan cara DNA
rearrangement untuk menghasilkan gen baru yang memiliki berbagai regio dari sumber
berbeda. Contohnya adalah pembentukan gen baru yang memiliki berbagai regio untuk
mengkode reseptor LDL. LDL adalah singkatan dari low density lipoprotein yang
berperan membawa kolesterol di pembuluh darah. Reseptor LDL ditemukan pada
permukaan sel yang akan menggunakan LDL. Gen pengkode LDL terdiri atas beberapa
regio, dua di antaranya merupakan turunan dari gen lain. Bila suatu mosaik gen
menjalani transkripsi dan translasi, maka akan didapatkan protein campuran yang terdiri
atas beberapa domain.

21
Setiap Protein Berevolusi dengan Laju yang Berbeda.
Sesungguhnya pohon evolusi tidak dapat dibangun berdasarkan sebuah protein
semata. Bila diusahakan untuk menyusun pohon evolusi berdasarkan berbagai macam
protein, maka hasil yang didapat tidak akan jauh berbeda. Akan tetapi setiap protein
memiliki laju evolusi yang berbeda. Perbedaan rantai α pada hemoglobin manusia dan
ikan memiliki perbedaan sebesar 50%, akan tetapi antara manusia dan ikan memiliki
perbedaan sitokrom c hanya sebesar 20%. Bila digambarkan suatu tabel antara tingkat
perubahan asam amino dengan skala waktu evolusi, maka nampak evolusi sitokrom c
berjalan lambat, sedangkan laju evolusi hemoglobin pada rantai α dan β memiliki
kecepatan sedang, dan laju evolusi pada fibrinopeptida A dan B berjalan cepat.
Fibrinopeptida adalah protein yang berperan dalam pembekuan darah. Protein
ini membutuhkan asam amino arginin dan membutuhkan habitat yang asam. Oleh
karena protein ini tidak memiliki batasan yang ketat dalam fungsinya, maka protein ini
bisa membentuk berbagai varian dengan leluasa. Sebaliknya protein histon pada DNA
sangat menentukan kondisi DNA secara struktural. Perubahan pada histon, walau
sedikit, membawa pengaruh yang mematikan. Hal ini yang menyebabkan protein histon
berevolusi dengan lambat.
Sitokrom c adalah enzim yang fungsinya sangat ditentukan oleh beberapa asam
amino yang berada di bagian active site. Asam amino di bagian tersebut cenderung
tidak mengalami perubahan, sedangkan asam amino di posisi lain bisa mengalami
perubahan. Meskipun 88% residu asam amino milik sitokrom c berubah, konformasi
proteinnya tidak akan berubah.
Insulin adalah hormon yang terdiri atas dua rantai protein A dan B yang dikode
oleh sebuah gen pengkode insulin. Sebenarnya mutasi dapat terjadi pada gen insulin,
pada bagian A, B, atau C. Mutasi pada bagian A dan B dapat berakibat fatal, sementara
mutasi di bagian C tidak akan berpengaruh terhadap protein yang disintesis dan tidak
menjadi masalah bila diturunkan pada generasi berikutnya.

Jam Molekular untuk Melacak Terjadinya Evolusi

Suatu protein pada berbagai organisme yang berevolusi dengan cepat, maka
dengan segera protein akan mengalami perubahan sequence. Bila protein tersebut
terdapat pada beberapa organisme berbeda, maka kekerabatan protein itu akan

22
menghilang secara perlahan. Sebaliknya bila pada berbagai organisme memiliki suatu
protein yang berevolusi dengan lambat, maka perbedaannya tidak akan mencolok. Oleh
karena itu protein yang berevolusi dengan lambat digunakan untuk melacak kekerabatan
genetik berbagai organisme yang berkerabat jauh. Sedangkan untuk organisme yang
berkerabat dekat menggunakan protein dengan laju yang cepat.
Antara manusia dan simpanse memiliki kemiripan pada sebagian besar protein.
Kemudian metode ini dipakai untuk mengestimasi adanya kekerabatan antara manusia
dan simpanse. Mutasi yang tidak berpengaruh terhadap sequence protein justru akan
terakumulasi dengan cepat selama evolusi karena tidak menimbulkan efek yang
berbahaya. Kemudian bila sequence DNA digunakan untuk mengukur kekerbatan
berbagai organisme, maka akan terungkap banyak perbedaan. Perubahan pada DNA
umumnya terjadi pada untaian bukan pengkode dan terdapat pada posisi kodon ke-3.
perubahan yang terjadi pada posisi tersebut pada umumnya tidak menyebabkan
perubahan asam amino yang dikode dan protein yang dibentuk.
Intron adalah untaian bukan pengkode yang akan dilepas saat proses transkripsi
primer sehingga tidak akan nampak dalam mRNA. Sequence intron tidak berkontribusi
dalam pembentukan protein, oleh karena itu DNA pada untaian intron leluasa untuk
bermutasi. DNA yang terdapat pada segmen antar gen yang tidak berperan dalam
pengendalian fungsi gen juga mengalami mutasi dengan bebas.
Data awal tentang sitokrom c, hemoglobin, dan sebagainya diperoleh dari
sequencing langsung pada protein. Oleh karena sequencing DNA dapat dilakukan
dengan mudah dan menghasilkan data yang lebih akurat, maka pengamatan dengan
memakai sequence protein dideduksi menjadi pengamatan sequence DNA. Ada banyak
sekali informasi tentang DNA pada berbagai organisme yang berkerabat. Data seperti
ini sangat berguna untuk mengungkap kekerabatan evolusioner di antara berbagai
organisme.

Ribosomal RNA yang Berevolusi dengan Lambat

Untuk membangun pohon evolusi yang menggambarkan kekerabatan pada
banyak organisme, maka yang pertama dibutuhkan adalah molekul yang dapat
ditemukan pada semua organisme yang akan diamati. Kemudian molekul tersebut harus
berevolusi dengan lambat pada kelompok organisme tersebut.

23
 Meskipun histon tergolong molekul yang berevolusi dengan lambat, sayangnya
protein ini hanya terdapat pada sel eukariot. Oleh karena itu ribosomal RNA adalah
solusinya. Sequence DNA yang digunakan adalah pada gen yang mengkode RNA untuk
subunit ribosom kecil (16S dan 18S). Setiap makhluk hidup harus mensintesis protein,
dan oleh karenanya hampir semua organisme memiliki ribosom, kecuali pada virus
yang masih diperdebatkan asal usulnya. Ribosom memiliki peran yang tidak bisa
dikesampingkan karena kontribusinya dalam sintesis protein.
Upaya menyusun kekerabatan berdasarkan ribosomal RNA dapat menghasilkan
pohon evolusi yang dapat meliputi hampir semua organisme tingkat tinggi yang
meliputi tumbuhan, hewan, dan fungi. Analisis rRNA mengindikasikan bahwa leluhur
fungi bukanlah organisme fotosintetik, leluhur fungi sudah memisahkan diri dari garis
tumbuhan sebelum adanya kemampuan menggunakan kloroplas. Para ilmuwan botani
bahkan beranggapan bahwa fungi berkerabat dekat dengan hewan daripada terhadap
tumbuhan. Bahkan terungkap munculnya bentukan organisme bersel tunggal dari jalur
evolusi eukariot dan sudah tidak tergolong dalam 3 kingdom utama.
Sebagian besar sel eukariot memiliki mitokondria dan khusus pada sel tanaman
memiliki kloroplas. Kedua organel ini berasal daribakteri simbiotik yang memiliki
ribosom sendiri. Sequence rRNA di mitokondria dan kloroplas menunjukkan adanya
kekerabatan dengan bakteri. Kekerabatan di antara eukariot telah berhasil disusun
dengan menggunakan rRNA dari ribosom di sitoplasma sel eukariot. Ribosom memiliki
ribosomal RNA sendiri yang dikode oleh gen di nukleus.
Bila sebuah pohon evolusi berbasis rRNA yang melingkupi organisme prokariot
dan eukariot, maka terungkap bahwa makhluk hidup di Bumi terdiri atas 3 garis silsilah,
yaitu domain eubacteria (bakteri dan organel), archaea atau archaebacteria (bakteri
purba), dan eukariot. Walaupun tergolong dalam prokariot, sebenarnya nampak jelas
bahwa eubacteria dan archaea memiliki perbedaan yang besar. Sequencing pada rRNA
organel mengindikasikan bahwa mitokondria dan kloroplas tergolong dalam garis
eubacteria.
Sampel DNA yang membawa gen untuk rRNA 16S sudah cukup sebagai modal
untuk penyusunan pohon evolusi. Meskipun mikroorganisme di laut dan tanah sulit
untuk dikultur, DNA organisme tersebut masih dapat diekstrak dan diperbanyak untuk
mendapatkn sequence-nya. Melalui metode semacam ini, kini telah ditemukan

24
kelompok bakteri yang membentuk percabangan dari garis archaebacteria meskipun
spesimen bakteri sulit untuk dibiakkan.

Archaebacteria dan Eubacteria

Bakteri yang lazim ditemukan dalam kehidupan sehari-hari pada umunya
tergolong bakteri dari kelompok eubacteria. Namun sebenarnya terdapat kelompok
bakteri yang disebut archaebacteria atau juga dikenal sebagai archaea. Kedua bakteri
kelompok ini adalah sel mikroskopik yang tidak memiliki inti sel. Bakteri memiliki
kromosom berbentuk melingkar dan berkembang biak dengan cara membelah diri. Saat
ini telah dipastikan bahwa kedua jenis bakteri tersebut adalah prokariot dan perbedaan
di antaranya tidak terlampau jauh. Akan tetapi, analisis sekuens ribosomal RNA
mengindikasikan bahwa terdapat perbedaan genetik antara archaebacteria dan
eubacteria. Bahkan lebih jauh nampak bahwa achaea memiliki kekerabatan yang lebih
dekat dengan urkariot, yaitu leluhur organisme eukariot masa kini.
Sebagian archaea memiliki DNA yang disertai sejenis protein yang serupa
dengan histon. Protein ini memiliki homologi sekuens dengan histon yang dimiliki
organisme tingkat tinggi. Detail proses sintesis dan faktor translasi archaea lebih mirip
dengan proses serupa yang terjadi pada hewan eukariot. Hal ini mengakibatkan timbul
dugaan bahwa eukariot purba berevolusi dari archaea.
Dari segi biokimia, archaea memiliki beberapa perbedaan besar dengan
eubacteria, yaitu archaea tidak memiliki peptidoglikan serta membran sitoplasmanya
tersusun atas lipida yang tidak lazim. Membran tersebut terbuat dari unit C5 isoprenoid
dan bukannya unit C2 seperti asam lemak pada lazimnya. Rantai isoprenoid tersebut
berikatan dengan gliserol melalui ikatan ether dan bukannya ikatan ester. Beberapa
rantai hidrokarbon isoprenoid tersusun melintasi seluruh membran sel.
Archaea memiliki habitat di lingkungan yang tidak lazim, sebagian besar hewan
ini beradaptasi dalam kondisi yang ekstrim. Archaea dapat ditemukan sumber mata air
panas yang mengandung belerang, cerobong panas di dasar laut, di perairan yang tinggi
kadar garamnya (seperti Laut Mati dan Danau Great Salt Lake), di dalam saluran usus
hewan mamalia, serta tempat-tempat lain dimana bakteri tersebut dapat membentuk gas
methan. Beberapa contoh organisme archaea adalah sebagai berikut.

25
 • Halobacteria: organisme ini mampu mentoleransi kadar garam yang sangat
tinggi dan masih bertahan hidup dalam lingkungan dengan kadar garam 5M
NaCl. Akan tetapi organisme ini tidak dapat hidup dalam lingkungan dengan
kadar garam di bawah 2,5M NaCl (kadar garam air laut hanya 0,6M). Makhluk
ini mendapatkan energi dari sinar matahari dengan memanfaatkan molekul yang
serupa dengan pigmen rhodopsin (seperti rhodopsin yang digunakan sebagai
detektor cahaya pada hewan).
• Methanogen (bakteri penghasil methan): bakteri ini bersifat anaerob obligat dan
sangat sensitif terhadap oksigen. Bakteri ini dapat mengkonversi H2 dan CO2
menjadi CH4 (methan). Metabolisme bakteri ini cukup unik karena memiliki
koenzim yang tidak dimiliki organisme apapun, tetapi juga tidak memiliki flavin
atau quinon yang khusus.
• Sulfolobus: bakteri ini hidup di sekitar sumber panas geotermal, habitat yang
disukai adalah lingkungan dengan pH optimum 2-3 serta suhu 70-80oC. Archaea
semacam ini mengoksidasi sulfur menjadi asam sulfurat. Jenis archaea lain yang
dapat mengoksidasi sulfur umumnya juga ditemui di berbagai habitat yang
ekstrim.

DNA Sequencing dan Klasifikasi Biologi

Sebelum upaya DNA sequencing mulai dikenal, klasifikasi hewan dan tanaman
telah berhasil dikerjakan, sedangkan untuk klasifikasi fungi dan eukariot primitif
lainnya masih belum memberikan hasil yang memuaskan, dan klasifikasi bakteri
dipersulit dengan karakter bakteri yang juga sulit diamati. Oleh karena itu untuk
pengklasifikasian bakteri menggunakan metode sequencing gen, dan hal ini segera
diaplikasikan untuk kelompok organisme lain. Hingga saat ini manusia dapat melacak
leluhur suatu organisme dengan cara membandingkan untaian DNA, RNA, atau protein
yang dapat menggambarkan kekerabatan genetik secara mendasar, daripada
menggunakan ciri eksternal. Dalam situasi dimana pengelompokan ke dalam spesies,
genera, famili, dan sebagainya sulit untuk dilakukan, maka data hasil sequencing dapat
memberikan pengukuran kekerabatan genetik secara kuantitatif. Bahkan bila penentuan
spesies tidak dapat dilakukan dengan tepat, maka data keragaman sequence dapat
dipakai untuk menempatkan suatu organisme dalam spesies atau famili yang mana.

26
 Pada mulanya usaha klasifikasi dengan sequencing dilakukan pada ribosomal
RNA. Akan tetapi semakin banyak data yang telah dihimpun, bahkan hingga tingkatan
genom, maka sangat dimungkinkan untuk menggunakan sejumlah gen sebagai dasar
klasifikasi. Saat ini komputer dapat dimanfaatkan untuk mengkalkulasi keragaman
relatif pada berbagai sequence dan menyajikan hasilnya sebagai diagram pohon.
Pada contoh tersebut digambarkan bahwa terdapat 4 jenis bakteri dari genus
berbeda tetapi masih dalam satu famili Enterobacteria. Untuk membuat interpretasi
yang tepat atas diagram tersebut, maka juga diperlukan sequence dari jenis ”out group”,
dalam contoh tersebut menggunakan data dari bakteri Pseudomonas yang berkerabat
jauh dengan kelompok bakteri enterik tersebut. Nodus pada diagram menyatakan
adanya kesamaan leluhur. Panjang lengan diagram menyatakan jumlah mutasi yang
terjadi dan adanya angka menyatakan jumlah perubahan basa nukleotida yang
diperlukan untuk mengubah suatu sequence pada tiap cabang. Perlu dicatat bahwa
rRNA dengan satuan 16s memiliki panjang 1542 basa nukleotida.
Hewan parasit adalah hewan yang beradaptasi dan mengembangkan kebiasaan
khusus akibat lingkungan yang tidak lazim. Menyusun kekerabatan filogenetik untuk
hewan parasit sulit dilakukan bila berdasar atas analisis ciri semata. Namun dengan
analisis sequence gen dapat digunakan untuk melacak leluhur hewan parasit atau hewan
dengan rupa tidak lazim. Perkembangan bentuk yang tidak lazim akibat pengaruh
habitat tidak hanya terjadi pada hewan parasit. Tikus tanah adalah hewan yang hidup di
bawah tanah atau di gua. Oleh karena hewan ini beradaptasi untuk tidak menggunakan
organ mata, maka hewan ini tidak memiliki mata. Terkadang struktur organ vestigial
tertentu masih dipertahankan kendati hewan yang memiliki organ tersebut sudah tidak
menggunakannya lagi. Contohnya adalah paus yang memiliki alat gerak belakang yang
mengalami atrofi sehingga menunjukkan bahwa paus bukanlah ikan. Paus adalah
mamalia yang beradaptasi utnuk hidup di perairan dengan cara membentuk tubuhnya
seperti ikan. Sebelum metode sequencing gen dikenal, masih belum terungkap mamalia
mana yang berkerabat dekat dengan paus. Namun kini telah diungkap bahwa paus
berkerabat dengan mamalia berkuku dari kelompok kuda nil, jerapah, babi, dan unta.
Kesulitan yang dihadapi dalam metode sequencing adalah basa yang berubah
dapat berbalik ke kondisi semula. Untuk membandingkan berbagai sequence dengan
banyak tapak yang berubah, maka cukup diperlukan teknik statistik. Akan tetapi

27
kerancuan masih terus menghantui. Untuk mengatasi kerancuan ini, digunakan metode
insersi dan delesi (juga dikenal dengan sebutan sequence pengenal, atau indel).
Meskipun sebuah insersi atau delesi sebuah basa masih dapat mengembalikan
perubahan seperti keadaan semula, kemungkinan bahwa hasil insersi atau delesi akan
kembali ke kondisi semula (merestorasi sequence semula) adalah sangat kecil. Sebagai
konsekuensinya, bila sebuah subgroup famili beberapa sequence berkerabat yang
memiliki indel pada posisi dan panjang yang sama, maka dapat dipastikan sequence
tersebut berasal dari leluhur yang sama.

DNA Mitokondria, Roda Evolusi yang Berputar dengan Cepat

Mitokondria memiliki DNA sirkular yang mirip dengan kromosom bakteri,
walau DNA tersebut lebih kecil. DNA mitokondria mengkode beberapa protein dan
rRNA untuk mitokondria, hanya saja sebagian besar komponennya dikode oleh bagian
inti sel. DNA mitokondria pada hewan mengakumulasi mutasi dengan cepat daripada
gen di inti sel. Tepatnya, akumulasi mutasi terjadi pada posisi kodon ke-3 gen struktural
dan lajunya makin cepat pada tapak regulator antar gen. Hal ini berarti bahwa DNA
mitokondria dapat dipakai untuk pengamatan kekerabatan pada beberapa spesies yang
berdekatan atau berbagai ras dalam satu spesies. Sebagian besar variabilitas pada DNA
mitokondria manusia terjadai pada segmen loop D pada tapak regulator. Sequencing
pada segmen ini membantu peneliti untuk perbedaan beberapa populasi dalam
sekelompok etnis tertentu.
Salah satu kelemahan dalam penggunaan DNA mitokondria adalah bahwa
mitokondria diwariskan dari pihak Ibu. Meskipun sel sperma juga membawa
mitokondria, namun organel tersebut tidak dilepaskan selama terjadi fertilisasi dan tidak
diwariskan. Di sisi lain analisis DNA mitokondria dapat membantu dalam penentuan
leluhur perempuan karena tidak diributkan dengan rekombinasi. Sel eukariot yang
hanya memiliki satu nukleus, tetapi memiliki banyak mitokondria, sehingga terdapat
ribuan salinan DNA mitoondria. Hal ini menyebabkan ekstraksi dan sequencing DNA
mitokondria jauh lebih mudah secara teknis.
DNA mitokondria terkadang dapat diperoleh dari museum dan berbagai hewan
yang punah. DNA mitokondria yang diekstrak dari mammoth beku di Siberia, bila
dibandingkan dengan sequence serupa milik gajah India dan Afrika menunjukkan

28
perbedaan hanya sebanyak 4-5 dari 350 basa. Quagga adalah sejenis hewan punah yang
mirip dengan zebra. Hewan ini diketahui hidup di selatan daratan Afrika ratusan tahun
yang lalu. Spesimen yang diperoleh dari museum di Jerman menghasilkan potongan
otot dimana DNA akan diekstrak dan disusun sequence-nya. Dua potongan gen dari
DNA mitokondria quagga juga digunakan dalam pengamatan ini. Hasil pengamatan
menunjukkan bahwa tingkat perbedaan basa DNA quagga dan zebra adalah sebesar 5%.
Oleh karena itu dapat disimpulkan bahwa quagga dan zebra berasal dari leluhur yang
sama jutaan tahun yang lalu.
Metode ekstraksi DNA juga pernah dilakukan pada mumi berusia 2400 tahun
dari Mesir. DNA yang berhasil diperoleh hanya sebanyak 5%, tidak sebanyak yang
dapat dilakukan pada spesiemen yang segar. Meskipun peneliti telah berhasil menyusun
sequence sebesar ribuan pasang basa, namun tidak banyak gen yang dapat diungkap.
Hal ini disebabkan sebagian besar DNA pada hewan tingkat tinggi tersusun atas untaian
bukan pengkode. Dari mumi tersebut hanya terungkap adanya elemen Alu yang
merupakan ciri DNA manusia.

Hipotesis “African Eve”

Upaya untuk mengungkap evolusi manusia dari berbagai pecahan tengkorak dan
kerangka kini telah mengerucut pada dua akema alternatif. Pertama adalah model multi-
regional yang menyatakan bahwa Homo erectus berevolusi secara bertahap menjadi
Homo sapiens dan sekaligus juga menyebar menuju Asia, Eropa, dan Afrika. Kedua
adalah model Bahtera Nuh yang menyatakan bahwa sebagian besar percabangan kerabat
manusia telah punah dan digantikan dengan bangsa yang ada saat ini yang merupakan
keturunan dari satu bangsa di masa lampau. Pada umumnya para ahli antropologi
mendukung kedua model tersebut, namun beberapa ahli genetika menganggap bahwa
model Bahtera Nuh lebih masuk akal. Model ini menggambarkan bahwa terjadi
pertukaran informasi genetik secara berkelanjutan pada berbagai suku bangsa yang
tersebar dan terisolasi melintasi putaran waktu yang panjang di masa prasejarah. Tentu
saja analisis molekuler lebih cenderung mendukung model Bahtera Nuh.
Meskipun DNA mitokondria berevolusi dengan cepat, variasi manusia pada
berbagai ras secara keseluruhan ternyata tidak terlalu mengesankan. Kalkulasi pada
berbagai keragaman dan perhitungan laju evolusi pada akhirnya mengungkap bahwa

29
leluhur manusia hidup di Afrika sekitar 100.000-200.000 tahun yang lalu. Oleh karena
mitokondria diturunkan secara maternal, maka leluhur perempuan umat manusia di
sebut “African Eve”. Pendapat ini diperkuat oleh berbagai analisis akar genetic populasi
Afrika saat ini. Pada sisi lain juga terungkap bahwa berbagai sub-bangsa Afrika tersebar
ke berbagai wilayah jauh sebelum terbentuknya suku bangsa lain di berbagai belahan
dunia.
Leluhur dari bangsa Eropa saat ini berasal dari bangsa Euro-Asia dan bermigrasi
menuju Eropa melalui Timur Tengah sekitar 40.000-50.000 tahun yang lalu. Bangsa
Indian di Amerika berasal dari dua jalur suku bangsa yang bermigrasi dari daratan Asia.
Bangsa Paleo-Indian yang terlebih dahulu tiba menempati wilayah seluruh daratan
Amerika (sekitar 30.000 tahun yang lalu), kemudian pada periode berikutnya hadir
bangsa Na-Dene yang menempati wilayah utara Amerika sekitar 10.000 tahun yang
lalu.
Di samping menggunakan DNA mitokondria, penggunaan sequence mikrosatelit
pada kromosom juga dapat digunakan untuk membandingkan berbagai suku bangsa.
Hasil penelitian filogenetik semacam ini juga menghasilkan kesimpulan yang serupa.
Metode ini juga mengungkapkan bahwa umat manusia berasal dari bangsa Afrika,
bahkan lebih jauh metode ini dapat mengungkap siapa sebenarnya leluhur manusia
100.000 tahun yang lalu.
Terkait dengan sosok Adam, para ahli biologi molekuler menyebut beliau
sebagai Y-guy. Kromosom Y pada manusia yang pendek tidak mengalami rekombinasi
dengan kromosom X yang lebih besar. Hal ini dapat berperan melacak jalur leluhur
laki-laki manusia tanpa adanya kerumitan rekombinasi. Sebagai contoh adalah gen ZFY
pada kromosom Y yang diwariskan dari ayah menuju anak laki-laki dan berperan dalam
maturasi sperma. Data sequence pada ZFY menunjukkan bahwa manusia dan simpanse
berasal dari jalur leluhur yang sama yang hidup sekitar 5 juta tahun yang lalu dan
leluhur laki-laki manusia modern telah hadir sekitar 250.000 tahun yang lalu. Hasil
penelitian terakhir yang melibatkan sejumlah besar marker genetik pada kromosom Y
menunjukkan bahwa munculnya Adam atau Y-guy ini sekitar 100.000 tahun yang lalu.
Hasil penelitian terbaru tentang cluster mutation pada kromosom Y tidak selaras
dengan model multi-regional dan mengkonfirmasi bahwa manusia modern berasal dari
leluhur di Afrika. Hanya saja masih tersisa catatan buruk tentang bangsa Neanderthal.

30
Meskipun bangsa ini masih bertahan hidup hingga 30.000 tahun yang lalu dan sempat
bersentuhan dengan manusia modern di Eropa dan Timur Tengah, hasil analisis
sequence menunjukkan bahwa leluhur bangsa ini tidak jelas. Perbandingan sequence
DNA menunjukkan bahwa bangsa Neanderthal tidak pernah melakukan persilangan
dengan manusia modern atau berkontribusi dalam gene-pool manusia saat ini.

DNA Purba dari Hewan Punah

Selain dimanfaatkan untuk menganalisis mammoth beku dan mumi kering,
metode sequence DNA pada makhluk hidup juga lazim dipakai untuk mengkonstruksi
skema evolusi. DNA purba yang diekstrak dari fosil sisa-sisa makhluk hidup dapat
menyediakan penanda yang tepat untuk mengukur laju evolusi. DNA tertua yang dapat
diperoleh hingga saat ini adalah DNA dari batuan amber. Amber adalah batuan polimer
resin yang mengeras berbentuk batuan tembus pandang dan telah berusia jutaan tahun.
Terkadang terdapat beberapa hewan yang terjebak dalam resin dan mengalami
pengawetan di dalamnya. Sebagian besar hewan yang terperangkap adalah insecta,
cacing, siput, dan kadal. Batuan amber berperan sebagai preservatif dan oleh karenanya
struktur internal sebuah sel seranga masih dapat diamati dengan mikroskop elektron.
Oleh karena itu sangat dimungkinkan untuk memulihkan kembali DNA melalui PCR
dari spesimen serangga yang telah berusia 125 juta tahun.
Potongan amber terbesar yang pernah ditemukan berukuran tidak lebih dari 6
inchi. Oleh karena itu hewan raksasa seperti dinosaurus tidak pernah ditemukan dalam
keadaan masih awet. Hanya saja bila beberapa sel darah berhasil ditemukan dalam
saluran usus serangga penghisap darah, secara teoritis dapat menyediakan sequence
DNA lengkap dari hewan bertubuh besar. Skenario inilah yang dicoba oleh Michael
Crichton dalam film fiksi Jurassic Park yang dia kerjakan, yaitu mengisahkan bahwa
hewan dinosaurus dapat dihidupkan kembali dengan cara menginsersi DNA dinosaurus
ke dalam telur amphibi. Dalam kondisi sesungguhnya, DNA dinosaurus akan segera
rusak dan hanya sedikit sequence yang dapat dibaca. Tetapi pada prinsipnya bukanlah
hal yang mustahil untuk mendapatkan beberapa fragmen gen Tyrannosaurus rex.
DNA yang telah diisolasi dari berbagai sampel berusia jutaan tahun umumnya
segera mengalami kerusakan sehingga proses identifikasi tidak dapat dilakukan. DNA
tertua yang pernah diperoleh manusia hingga saat ini berusia sekitar 50.000 tahun dan

31
berasal dari mammoth beku di Siberia. Dari daratan beku tersebut juga ditemukan DNA
tanaman dari rerumputan dan semak yang berusia 300.000-400.000 tahun.
Mikroorganisme juga dapat terperangkap dalam batuan amber dan dalam hal ini
tidak sekedar mendapatkan DNA saja, nampaknya masih dimungkinkan untuk
menghidupkan kembali makhluk tersebut. Spora yang dilapisi selubung protektif pada
umumnya disintesis oleh bakteri untuk menghadapi kondisi lingkungan yang buruk
sehingga bakteri tersebut masih bertahan hidup dalam waktu yang lama. Beberapa spora
bakteri berusia 30 juta tahun telah ditemukan dalam serangga lebah yang terperangkap
dalam amber. Spora tersebut bila ditumbuhkan dalam kultur ternyata dapat
menghasilkan koloni bakteri. Bakteri yang mengalami kebangkitan ini adalah dari jenis
Bacillus sphaericus yang memang selalu ditemukan dalam tubuh lebah hingga saat ini.
Bila DNA Bacillus dibandingkan dengan kerabatnya yang ada di masa kini masih
memiliki kemiripan, tetap tidak identik. Spora dari bakteri jenis yang lain juga telah
ditemukan dan dapat dikultur berasal dari kristal garam berusia 250.000 tahun.

Evolusi Menyamping: Transfer Gen Horizontal.

Teori evolusi yang diajukan Darwin menyatakan bahwa perubahan materi
genetik dapat diwariskan dari satu generasi menuju generasi lainnya. Akan tetapi
sesungguhnya transfer materi genetik juga dapat terjadi antara organisme satu dengan
organisme lain atau antara beberapa organisme yang masih berkerabat. Transfer gen
vertikal mempunyai makna transmisi materi genetik dari generasi parental menuju
generasi turunan secara langsung. Transfer vertikal ini juga dapat berupa transmisi gen
yang terjadi melalui pembelahan sel dan berbagai cara reproduksi yang menghasilkan
salinan utuh suatu genom secara seksual atau tidak. Sedangkan pada transfer gen secara
horizontal/lateral, transmisi materi genetik terjadi dari organisme donor menuju
organisme lain di luar jalur keturunannya.
Sebagai contoh, gen resistensi antibiotik yang dibawa oleh plasmid dapat
dipindahkan ke dalam bakteri lain yang tidak berkerabat. Gen yang dibawa dalam
plasmid terkadang juga terintegrasi dalam kromosom, oleh karena itu gen bakteri dapat
dipindahkan dari genom suatu organisme menuju genom organisme lain. Sebagian besar
gen pada bakteri telah berhasil diungkap sequence-nya. Perhitungan yang dilakukan
berdasarkan data tersebut mengungkapkan bahwa sekitar 5-6% dari genom prokariot

32
adalah hasil transfer horizontal. Adanya fenomena semacam ini banyak diamati dalam
dunia klinik. Kemampuan virulensi dan resistensi terhadap antibiotik adalah hal yang
lazim dibawa melalui plasmid. Transfer horizontal semacam itu dapat terjadi di antara
organisme dari spesies yang sama (seperti transfer plasmid di antara E. coli) atau
melintasi batasan taksonomi seperti yang terjadi pada transfer Ti-plasmid dari bakteri
menuju sel tanaman. Transfer gen semacam ini ditentukan oleh kemampuan carrier
untuk melintasi batasan antar spesies. Virus, plasmid, dan transposon adalah agen yang
lazim digunakan dalam transfer gen secara horizontal. Retrovirus adalah agen yang
mampu menginsersikan dirinya ke dalam kromosom hewan, mengambil suatu gen, serta
memindahkan gen tersebut menuju organisme lain.
Salah satu contoh transfer gen horizontal pada hewan terkait dengan virogen tipe
C yang terdapat pada baboon dan keluarga kera dari Dunia Lama. Virogen tipe C pada
mulanya telah ditemukan pada leluhur bangsa kera tersebut sejak 30 juta tahun yang
lampau. Selanjutnya terungkap bahwa sequence virogen tipe C ini juga ditemukan pada
berbagai jenis kucing. Tercatat jenis kucing dari Afrika Utara dan Eropa memiliki
virogen tipe C milik baboon ini. Sementara jenis kucing dari Amerika, Asia, dan
Subsahara Afrika tidak memiliki sequence gen ini. Oleh karena itu leluhur bangsa
kucing tidak memiliki gen semacam ini. Labih jauh terungkap bahwa sequence yang
ditemukan di kucing Afrika Utara serupa dengan sequence virogen milik baboon
daripada sequence milik leluhur bangsa kera ini. Oleh karena itu dapat diduga bahwa
bahwa sekitar 5-10 juta tahun yang lalu terdapat retrovirus yang membawa virogen tipe-
C secara horizontal dari leluhur baboon menuju leluhur kucing di Afrika Utara. Kucing
hias yang dipelihara di Eropa sesungguhnya berasal dari daratan Mesir, sehingga dapat
dipastikan membawa virogen tipe C. Akan tetapi bangsa kucing yang berkembang pada
periode 10 juta tahun yang lalu tidak memiliki sequence ini.

Permasalahan dalam Estimasi Transfer Gen Horizontal

Upaya sequencing pada genom manusia kini telah mengungkap bahwa terdapat
ratusan gen manusia yang pada awalnya ditransfer oleh bakteri. Namun hasil analisis
terakhir menunjukkan proporsi gen hasil transfer horizontal tersebut sebenarnya sangat
sedikit. Beberapa faktor yang berkontribusi yang berpengaruh dalam perkiraan jumlah

33
gen hasil transfer horizontal pada genom manusia atau pada organisme lain adalah
sebagai berikut.
1. Bias selama sampling. Secara relatif masih sedikit genom eukariot yang telah
disusun sequence-nya dengan lengkap, sementara masih terdapat ratusan genom
yang akan disusun. Hilangnya sebuah sequence homolog gen manusia dari sequence
suatu eukariot masih belum bisa membuktikan asal mula sequence tersebut dari
sumber eksternal seperti bakteri. Semakin banyak data sequence yang diperoleh,
maka akan semakin banyak gen yang terungkap
2. Hilangnya sequence homolog pada beberapa garis keturunan yang berkerabat
menunjukkan bahwa terdapat gen yang berasal dari sumber eksternal. Hal yang
dilakukan untuk mengatasi permasalahan ini adalah pengumpulan data sequence
lebih banyak dari berbagai garis keturunan lain yang masih berkerabat.
3. Duplikasi gen yang diikuti dengan laju divergensi yang cepat dapat menghasilkan
gen baru yang terlepas dari garis keturunan suatu organisme.
4. Seleksi evolusioner pada gen tertentu menyebabkan meningkatnya laju perubahan
sequence. Gen yang berevolusi lebih cepat daripada gen yang normal cenderung
menyebabkan kesalahan perbandingan sequence untuk pembentukan pohon evolusi.
5. Mudahnya transfer gen secara horizontal melalui plasmid, virus, dan transposon
dalam kondisi laboratoris ternyata cenderung menyesatkan. Padahal dalam kondisi
di alam masih terdapat barrier yang menghalangi perpindahan tersebut. Lebih jauh,
hasil transfer gen horizontal cenderung bersifat temporer. Gen yang didapat melalui
plasmid, transposon, dan sebagainya ternyata mudah terlepas dan hilang. Gen
semacam itu akan nampak dalam kondisi menghadapi seleksi (seperti gen resistensi
antibiotik), kemudian gen tersebut akan menghilang saat kondisi selektif tersebut
tidak ada.
6. Upaya eksperimental seperti kontaminasi DNA yang sering terjadi. Pada umumnya
parasit dari kelompok bakteri dan virus sering berhubungan dengan organisme
tingkat tinggi dan usaha untuk memurnikan DNA dari organisme parasit tersebut
bukan perkara mudah.

34
 Sebagian besar contoh yang dijelaskan di atas dan dari berbagai kasus transfer
gen horizontal juga menghadapi berbagai permasalahn seperti di atas. Akan tetapi ada
pula kasus transfer yang cukup valid, yaitu salah satunya adalah seringnya terjadi
transfer transfer gen horizontal antara genom mitokondria tumbuhan berbunga. Gen
untuk protein ribosom tertentu di mitokondria terbukti telah ditransfer dari garis
keturunan tanaman monokotiledon menuju beberapa garis keturunan dikotiledon. Salah
satu contohnya adalah transfer gen rps2 pada tanaman kiwi (Actinidia) dan gen rps11
pada tanaman Sanguinaria.

35
LAMPIRAN
Kromosom Y Jenghis Khan

Sebuah penelitian berskala besar telah membuktikan bahwa 1 di antara 12 laki-

laki di Asia membawa kromosom Y yang berasal dari Mongolia sekitar 1000 tahun
yang lalu. Penelitian tersebut menggunakan 30 marker genetik untuk mensurvey ribuan
laki-laki. Marker tersebut berupa sequence insersi dan delesi, sequence polimorfisme,
dan sequence repetitif. Sebagian besar laki-laki membawa kromosom Y yang
mempunyai kombinasi unik dari berbagai marker tersebut. Akan tetapi sekitar 8% dari
laki-laki di Asia membawa kromosom Y dengan kombinasi marker genetik yang
serupa. Fenomena semacam ini tidak ditemui pada laki-laki di belahan dunia yang lain.
Oleh karena itu laki-laki di Asia yang memiliki marker genetik ”Mongol cluster” hanya
ditemui di wilayah yang dahulu menjadi bagian Imperium Mongolia di bawah
ekukuasaan Jenghis Khan. Sebagai contoh, ”Mongol cluster” tidak ditemukan di Jepang
dan Cina bagian selatan karena kedua wilayah tersebut bukan bagian dari wilayah
kerajaan Mongol. Mongol cluster ditemukan pada 15 populasi yang tersebar di sekitar
bekas wilayah kerajaan Mongol.
Hal yang menarik adalah di Pakistan, dimana hanya sedikit laki-laki Pakistan
yang memiliki ”Mongol cluster”, ternyata muncul suku Hazara yang memiliki 30% dari
populasinya memiliki ”Mongol cluster”. Oleh karena itu dapat diduga bahwa suku
Hazara adalah asal usul bangsa Mongol dan mereka mengklaim diri sebagai turunan
langsung Jenghis Khan. Oleh karena Pakistan tidak tergabung dalam wilayah kerajaan
Mongol, maka diduga suku Hazara bermigrasi di lokasi saat ini mereka berada.
Kromosom Y dari varian tersebut dapat diduga berasal dari Jenghis Khan.
Sekitar 800 tahun yang lalu muncul seorang bernama Temujin yang berhasil
menyatukan Mongolia dan pada tahun 1206 memproklamirkan diri sebagai Jenghis
Khan. Tentara Mongol tercatat membantai kaum laki-laki di wilayah yang mereka
taklukkan, selanjutnya mereka menghamili kaum perempuan yang tersisa. Distribusi
kromosom Y di masa kini membuktikan hal tersebut. Namun belum jelas apakah varian
kromosom Y tersebut berasal dari Jenghis Khan sendiri atau berasal dari prajuritnya.
Akan tetapi bisa dipastikan varian ini tidak berasal dari Jenghis Khan semata karena
pada umumnya prajurit Mongol masih berkerabat.

36
 EVOLUSI MOLEKULAR

Makalah

Untuk memenuhi tugas matakuliah

Evolusi
Yang dibina oleh Bapak Dr. agr. Moh. Amin, S.Pd, M.Si

Oleh:
Safrudin M Abidin 109661521364

Moch. Haikal 109661527719

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

PROGRAM PASCA SARJANA
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI
April 2010

37