Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

Estimao das Frequncias Gnicas, Considerando Dois Locos

Gnicos.

Supondo dois Locos com dois alelos cada um:

loco A: alelos A e a.
loco B: alelos B e b.

Sejam as frequncias dos alelos A e a do loco A, p e q

respectivamente.
Sejam as frequncias dos alelos B e b do loco B, r e s
respectivamente.
Para estimar as frequncias genicas,
observados

a partir dos valores

de uma amostra populacional, para os gentipos

considerando dois locos gnicos, podemos construir uma matriz

zigtica.
As frequncias de cada gentipo nessa matriz devem

ser

ponderadas

na

descendncia,

pela

probabilidade

supondo

uma

relativa
populao

cruzamentos aleatreos).

51

de

ocorrncia

mendeliana

(com

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

Observe as possibilidades dos cruzamentos:

GAMETAS
machos

Fmeas
AB

Ab

aB

ab

AB

AABB

AABb

AaBB

AaBb

Ab

AABb

AAbb

AaBb

Aabb

aB

AaBB

AaBb

aaBB

aaBb

ab

AaBb

Aabb

aaBb

aabb

Observe que todos os gentipos homozigotos para os dois locos

ocorrem um vez em relao aos outros, os gentipos de heterozigotos
para ambos os locos ao mesmo tempo ocorrem 4 vezes e os demais
gentipos, homzigotos para um loco e heterozigoto para outro ocorrem
duas vezes.
Para construir a matriz zigtica de frequncias genotpicas devemos
considerar a linha para a variao de gentipos do loco A e a coluna
para a variao de gentipos do loco B.

Z=

z11 AABB

z12 AABb

z13 AAbb

z21 AaBB

z 22 AaBB

z23 Aabb

z31 aaBB

z32 aaBb

z33 aabb

52

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

onde a matriz gamtica

g11AB g12Ab
G =

uma matriz quadrada 2x2

g21aB

g22ab

Existem duas situaes a considerar.

Supondo associao independente entre os dois locos (os locos esto
localizados em diferentes cromossomos.
Nesse caso a estimativa das frequncias gamticas sero:
g11 =

z11 + 1/2 (z12 + z21) + 1/4 z22

g12 =

z13 + 1/2 (z12 + z23) + 1/4 z22

g21 =

z31 + 1/2 ( z21+ z32) + 1/4 z22

g22 =

z33 + 1/2 ( z23 + z32) + 1/4 z22

Para verificarmos se esta populao se encontra no equilbrio,

podemos observar se no existe desequilbrio gamtico, obtendo o

determinante de G, (D).
Quando D=0, ento a populao apresenta equilbrio para estes
dois locos.
Quando D 0 ento a populao no est em equilbrio!

53

Gentica de populaes

Exemplo

Luiz Alberto dos Santos Monjel

1.

Considere

dois

locos

com

associao

independente
Supondo que dois locos enzimticos produzam respectivamente
enzimas do tipo A e do tipo B conforme o eletroferograma da figura
abaixo, vamos considerar os fentipos para as enzimas controladas
pelos locos A e B em 100 indivduos amostrados de uma populao
mendeliana.

loco A

loco B
o

10

15

20

15

15

10

Observe que para o loco A os primeiros 5 indivduos so

homozigotos AA e para o loco B tambm so homozigotos BB,
produzindo para cada loco um nico tipo de enzima do tipo A ou do
tipo B. Os seguintes 10 indivduos apresentam para o loco A
homozigose mas para o loco B heterozigose, Bb (pois apresentam
dois tipos de enzima B). Note tambm que 20 indivduos amostrados
so heterozigotos para ambos os locos, AaBb, pois produzem dois

54

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

tipos de enzimas A e dois tipos de enzimas B. A caracterizao de

locos eletroforticos para enzimas tem sido amplamente utilizada para
estudos de variabilidade populacional embora atualmente marcadores
genticos enzimticos tenham sido preteridos por marcadores de DNA
que fornecem informaes mais diretas sobre a variabilidade gentica
de populaes.
Do exemplo acima, as frequncias relativas de zigotos podem
ser expressas na matriz abaixo:

Z=

0.05

0.10

0.05

0.15

0.20

0.15

0.15

0.10

0.05

e por conseguinte as frequncias de gametas podem ser estimadas

como segue:
g11 (AB) = 0.05 + 1/2 (0.10 + 0.15) + 1/4 (0.20) = 0.2250
g12(Ab) = 0.05 + 1/2 (0.10 + 0.15) + 1/4 (0.20) = 0.2250
g21(aB) = 0.15 + 1/2 (0.15 + 0.10) + 1/4 (0.20) = 0.3250
g22(ab) = 0.05 + 1/2 (0.15 + 0.10) + 1/4 (0.20) = 0.2250
obtendo-se ento a matriz gamtica:
0.2250 0.2250
G =
0.3250 0.2250
55

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

estimando o Determinante de G temos:

D = (0.2250) ( 0.2250) - (0.2250) (0.3250) = 0.0225
Como

D 0, podemos supor que a populao apresenta

desequilbrio gamtico logo no est em equilbrio para os dois locos

considerados.
As frequncias dos genes A e a , B e b so estimadas por:
loco A:
p = g11 + g12
q = g21 + g22
loco B:
r = g11 + g21
s = g12 + g22
Desse modo podemos estimar no exemplo dado:
LOCO A

LOCO B

p = 0.225 + 0.225 = 0.45

r = 0.225 + 0.325 = 0.55

q = 0.325 + 0.225 = 0.55

s = 0.225 + 0.225 = 0.45

Para determinar a frequncia de zigotos na prxima gerao

considerando cruzamento aleatrio, podemos indicar na matriz Z1, a

56

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

partir das combinaes das frequncias dos gametas produzidos na

gerao atual (Z0):

g11

Z1 =

2(g11) (g12)

2(g11)(g21)
g21

g12

2[ (g11) (g22) + (g12) (g21)]

2( g21) (g22)

2 (g12) (g22)
g22

Com a matriz G do exemplo dado acima, podemos determinar Z1:

0.225

Z1 =

2 (0.225) (0.225)

2 (0.225) (0.325)

2[ (0.225) (0.225) + (0.225) (0.325)]

0.325

Z1 =

2 (0.325) (0.225)

0.050625

0.101250

0.050625

0.146250

0.247500

0.101250

0.105625

0.146250

0.050625

0.225

2 (0.225) (0.225)
2

0.225

Essas frequncias esperadas na prxima gerao so aquelas

esperadas no equilbrio? O equilbrio atingido em 1 gerao?

Para que possamos responder essa questo precisamos obter a

matriz zigtica com as frequncias esperadas no equilbrio.

57

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

Se as frequncias gnicas estimadas so p e q para o loco A e r

e s para o loco B, podemos dizer que a matriz gamtica no equilbrio
ser:
pr

ps

qr

qs

Ge =

0.2475

0.2025

0.3025

0.2475

e se no exemplo Ge =

Observe que o determinante da matriz gamtica no equilbrio, D=0!

Com os valores das frequncias gamticas no equilbrio podemos

agora obter Ze!

Ze =

0.06125625

0.1002375

0.04100625

0.14973750

0.245025

0.10023750

0.09150625

0.14973750

0.06125625

Podemos observar comparando Z1 com Ze que o equilbrio no foi

alcanado na gerao seguinte! Comparaes estatsticas podem ser
realizadas atravs do teste de bondade de ajuste do modelo de
G.

58

ou

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

Exemplo 2. Locos ligados.

Considere o nmero observado de indivduos para o Sistema MNSs

de Grupos Sanguneos na populao de Manaus (AM) e de Outros
Estados (OE), tipados pelo HEMOAM-AM:

Nmero

Frequncia genotpica

Fentipo Observado
AM

Observada

OE

AM

OE

MMSS

105 031

0.0505 0.0405

MMSs

339 107

0.1630

0.1397

MMss

318 111

0.1529

0.1449

MNSS

093 038

0.0447

0.0496

MNSs

416 146

0.2000

0.1906

MNss

481 208

0.2312

0.2715

NNSS

016

010

0.0077

0.0131

NNSs

101

040

0.0486 0.0522

NNss

211 075

0.1014 0.0979

Total

2080 766

Total geral: 2846

59

1.0000

1.0000

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

Podemos ento construir Z a partir da amostra populacional de AM:

teremos:
z11 a frequncia genotpica de MMSS
z12 a frequncia genotpica de MMSs
z13 a frequncia genotpica de MMss
z21 a frequncia genotpica de MNSS
z22 a frequncia genotpica de MNSs
z23 a frequncia genotpica de MNss
z31 a frequncia genotpica de NNSS
z32 a frequncia genotpica de NNSs
z33 a frequncia genotpica de NNss
A partir dessa matriz zigtica podemos extrair a matriz de frequncias
gamticas:

g11 ser a frequncia de gametas MS

g12 ser a frequncia de gametas Ms
g21 ser a frequncia de gametas NS
g22 ser a frequncia de gametas Ns

logo Z, a matriz zigtica uma matriz 3x3

z11 z12
Z =

z13

z21 z22 z23

z31 z32 z33

60

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

Podemos escrever Z para a populao de Manaus (AM) assim:

Z=

0.0505

0.1630

0.1529

0.0447

0.2000

0.2312

0.0077

0.0486

0.1014

Supondo que a intensidade de ligao entre esses dois locos

igual a 0.94 ento a frequncia de recombinao entre esses dois
locos ser c=0.06.
Para se obter as frequncias gamticas de dois locos ligados
necessrio considerar l, a intensidade de ligao para as frequncias
de gametas parentais e c, a frequncia de recombinao, para
gametas recombinantes.
Assim:
g11(AB) = z11 + 1/2 ( z12 + z21 ) + 1/2 l ( z22)
g12(Ab) = z13 + 1/2 ( z12 + z23 ) + 1/2 c (z22)
g21(aB) = z31 + 1/2 ( z21 + z32 ) + 1/2 c (z22)
g22(ab) = z33 + 1/2 ( z23 + z32 ) + 1/2 l (z22)
no exemplo dado:
g11 = 0.05050 + 0.10385 + (0.47) (0.2) = 0.24835
g12 = 0.15290 + 0.19710 + (0.03) (0.2) = 0.35600
g21 = 0.00770 + 0.04665 + (0.03) (0.2) = 0.06035
g22 = 0.1014 0 + 0.13990 + (0.47) (0.2) = 0.33530
Estimando as frequncias gnicas:
pM = 0.24835 + 0.35600 = 0.60435
qN = 0.06035 + 0.33530 = 0.39565
rS = 0.24835 + 0.06035 = 0.3087
ss = 0.35600 + 0.33530 = 0.6913

0.6
0.4

0.3
0.7
61

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

O determinante de G
desequilbrio gamtico!

0.06, logo a populao apresenta um

A matriz zigtica na prxima gerao Z1 ser:

Z1 =

0.062

0.177

0.127

0.030

0.209

0.239

0.004

0.040

0.112

A matriz gamtica no equilbrio ser:

0.18

0.42

0.12

0.28

Ge =

E a matriz zigtica no equilbrio ser:

Ze =

0.03

0.15

0.18

0.04

0.20

0.24

0.01

0.07

0.08

62

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

Estimao das Frequncias Gnicas para casos de Polialelia.

Observe a figura abaixo onde no eletroferograma podemos

distinguir trs alelos na populao amostrada:

+
ao-11 ao-11

ao-11 ao-10.5

ao-11 ao-10.8

ao-10.8 ao-10.8

ao-10.8 ao-10.5

ao-10.5 ao-10.5

240
(0.48)

20
(0.04)

10
(0.02)

90
(0.18)

80
(0.16)

60
(0.12)

Na figura acima esto representados fentipos eletroforticos

correspondendo a bandas de enzimas do tipo aldeidooxidas, e
assinalados acima de cada banda o gentipo correspondente a um
loco (AO-1) com trs alelos (ao-11, o alelo mais comum, ao-10.8 e o
alelo ao-10.5) presentes nesta populao. abaixo de cada fentipo
esto assinalados o nmero de indivduos encontrados com cada
fentipo eletrofortico dessa enzima em amostra de 500 indivduos.

63

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

Supondo que nessa espcie a aldeido oxidase controlada por

um loco autossmico com 3 alelos codominantes, podemos estimar as
frequncias desses 3 alelos assim:

pao-11 = frequncia de homozigotos ao-11 ao-11 + 1/2 ( frequncia dos

heterozigotos que portam o alelo ao-11).
qao-10.8 = frequncia de homozigotos ao-10.8 ao-10.8 + 1/2 ( frequncia
dos heterozigotos que portam o alelo ao-10.8).
ra0-10.5 = frequncia de homozigotos ao-10.5 a0-10.5 + 1/2 ( frequncia
dos heterozigotsos que portam o alelo ao-10.5).
p = 0.48 + 1/2 ( 0.18 + 0.16 ) = 0.65
q = 0.04 + 1/2 ( 0.18 + 0.12 ) = 0.19
r = 0.02 + 1/2 ( 0.16 + 0.12 ) = 0.16
total ...................................... = 1.00
As frequncias esperadas no equilbrio so obtidas a partir da
expanso do trinmio: (p+q+r)2 = p2 + q2 + r2 + 2pq+2pr+2qr = 1
ao-11 ao-11
p2 =
ao-10.8 ao-10.8
q2 =
ao-10.5 ao-10.5
r2 =
ao-11 ao-10.8
2pq =
1
0.5
ao-1 ao-1
2pr =
0.8
0.5
ao-1 ao-1
2qr =
total ............................. =

0.4225
0.0361
0.0256
0.2470
0.2080
0.0608
1.0000

64

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

O teste de equilbrio pode ser feito, obtendose os valores

absolutos esperados para cada gentipo e comparando com os
valores

observados.

Os

testes

do

Qui-quadrado

ou

de

verosimilhana podem ser utilizados para se aceitar ou regeitar a

hiptese de estado de equilbrio.
Observado
ao-11
ao-10.8
ao-10.5
ao-11
ao-11
ao-10.8
Total

ao-11
ao-10.8
ao-10.5
ao-10.8
ao-10.5
ao-10.5

Esperado
p2N
q2N
r2N
2pqN
2prN
2qrN

240
20
10
90
80
60
500

211.25
18.05
12.80
123.50
104.00
30.40
500.00

Partindo de uma hiptese inicial h0 : O=E ( a populao est em

equilbrio e portanto no devem existir diferenas relevantes entre o
nmero observado de gentipos e o nmero esperado no equilbrio).
1. hipteses a serem testadas:
h0: O=E
ha: O E
2. nvel de

= 0.05

graus de liberdade = n0 de gentipos - n0 de alelos = 6-3 = 3

65

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

4. Estatstica do teste:
Utilizar o teste G de verossimilhana que transforma o conjunto de
dados para uma distribuio Qui-quadrado.
O limite do teste ser portanto dado pelo

2
tabela ( =0.05 ; gl=3) =

7.52

2
Se Gcalculado
tabela ( =0.05 ; gl=3) = 7.52, aceitamos H0;
caso contrrio regeitamos H0 e aceitamos Ha.

Gcalc. = -2 [ 240 ln ( 211.25/240) + 20 ln ( 18.05/20) + 10 ln (12.8/10)

+ 90 ln ( 123.5/90) + 80 ln (104/80) + 60 ln (30.4/60)]
= -2[-30.62 -2.05+2.47+28.47+20.99-40.79] = 43.06
5. Deciso
G=calculado = 43.06
Ha.

2
tabela ( =0.05 ; gl=3) =

7.52, logo regeito h0 e aceito

5. Concluso sobre o teste

Considerando que atravs do teste de bondade de ajuste realizado
com o teste G de verossimilhana, encontramos diferenas relevantes
entre o observado e o esperado somos inclinados a concluir que a
populao no est em equilbrio para o loco analisado com 3 alelos
(P<0.05).

66

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

Um caso especial de polialelia corresponde a estimao das

frequncias gnicas para o Sistema ABO de grupos sanguneos na
populao humana onde de maneira gera; temos dois alelos
codominantes IA e IB e um alelo recessivo aos demais representado
por I0 ou i.

Assim os fentipos A, correspondem ao conjunto de indivduos que

apresentam gentipos IAIA homozigotos ou heterozigotos IAIO.

A
B
AB
O

IAIA ou IAI0
IBIB ou IBI0
IAIB
I0I0
Se consideramos p a frequncia gnica de IA, q a frequncia

gnica de IB e r a frequncia gnica de I0, no equilbrio esperamos ter

as frequncias gentpicas iguais a:
IAIA IAI0 I0I0 IBIB IBI0 IAIB
(p+q+r)2 = p2 + 2pr + r2 + q2 + 2qr + 2pq = 1
onde p+q+r = 1

67

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

Para estimar as frequncias gnicas podemos utilizar o seguinte

artifcio de clculo:

Frequncia Observada
A = 0.15
B = 0.32
AB = 0.04
O = 0.49

Se consideramos as frequncias de fentipos B + O temos na

B
O
realidade q + 2qr + r2 = (q + r)2
2

assim extraindo a raiz quadrada de B + O temos q + r.

se p+q+r = 1 ento p = 1- (q+r) ou
p =1 -

(B+O)

da mesma forma
q = 1r =

(A+O)
O

68

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

No exemplo temos ento:

p = 1-

0.32 + 0.49 =

1-

0.81 = 0.1

q = 1-

0.15 + 0.49 =

1-

0.64 = 0.2

r=

0.49 = 0.7

Existem casos em que o somatrio de p + q + r

1, nesses

casos preciso efetuar a correo das frequncias gnicas atravs do

fator de correo de Bernstein.
O conjunto de dados abaixo corresponde a uma amostra da
populao do Amazonas, tipada para o Sistema ABO de grupos
sanguineos. Nessa amostra esto includos indivduos nascidos no
Amazonas e em outros estados em muito menor proporo mas que
compem a estrutura populacional do Estado do Amazonas.(dados
gentilmente cedidos pelo HEMOAM-AM) em 1999.
Freq. abs. Freq. relativa
A
476
0.3049
B
143
0.0916
AB
29
0.0186
O
913
0.5849
total 1561
1.0000

69

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

p(IA) = 1- (0.0916+0.5849) = 1- 0.6765 = 0.1775

q (IB) = 1 - (0.3049+0.5849) =1 r (I0) =

0.8898= 0.0567

0.5849 = 0.7648

como p+q+r = 0.999, temos que realizar uma correo atravs das
frmulas de correo de Bernstein.
primeiro acha-se d = 1-

(p+q+r)

aplica-se ento esse valor nas frmulas de correo:

p' = p (1 + 1/2 d)
q'= q ( 1+ 1/2 d)
r'= (r+1/2 d) (1+ 1/2 d)
Nesse exemplo d= 0.001
p'= 0.1775 (1.0005) = 0.1776
q'= 0.0567 (1.0005) = 0.0567
r'= (0.7648+0.0005) ( 1.0005) = (0.7653) (1.0005) = 0.7657
onde agora p'+ q'+ r'= 1.0
As frequncias corrigidas so as estimativas das frequncias
gnicas para a amostra da populao do Amazonas.
Precisamos agora calcular as frquncias genotpicas esperadas
no eqilbrio:

70

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

IAIA p'2 = (0.1776)2 = 0.0315

IAI0 2p'r'= 2 (0.1776) (0.7657) = 0. 2720
IBIB

q'2 = (0.0567)2 = 0.0032

IBI0 2q'r' = 2 (0.0567) (0.7657) = 0.0868

IAIB 2p'q' = 2 (0.1776) (0.0567) = 0.0202
I0I0

r'2 = (0.7657)2 = 0.5863

Onde o somatrio das frequncias genotpicas ;e tambm igual a

unidade.
Com as frequncias genotpicas esperadas no equilbrio obtida pela
expanso do trinmia (p+q+r)2 , podemos obter o nmero esperado
para cada classe fenotpica e comparar estes valores com os valores
observados atravs de um teste de bondade de ajuste que pode ser o
teste G de verosimilhana.

Nesse caso como temos dominncia incompleta, s trabalhamos com

as classes fenotpicas:

71

Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

Observado

Esperado

476

(p2 + 2pr) N = (0.0315 + 0.2720) 1561 = 473,8

143

(q2 + 2qr) N = (0.0032 + 0.0868)1561 = 140.5

AB

29

913

(2pq) N = (0.0202) 1561 = 31.5

(r2) N = (0.5863) 1561 = 915.2

1) H0 : O = E
Ha : O E
2)

= 0.05 e gl = 4 classes - 3 alelos = 1

O limite do teste o 2 tabela ( = 0.05 e gl = 4 classes - 3 alelos = 1) = 3.841

3) Estatstica do Teste:
Gcalc = -2 [ 476 ln ( 473.8/476) + 143 ln (140.5 / 143) + 29 ln (31.5/29)
+ 913 ln ( 915.2/913)]
= -2 (-2.21 -2.52 + 2.40 + 2.20) = 0.26
4) Deciso
Gcalc. = 0.26 < 3.84 logo somos inclinados a aceitar a H0 : O = E.
4) Concluso
De acordo com o teste G de verossimilhana realizado, somos
inclinados a aceitar a hiptese que a populao est em equilbrio
em relao ao locos do Sistema ABO de grupos sanguneos,
segundo o Princpio de Hardy & Weinberg.

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Gentica de populaes

Luiz Alberto dos Santos Monjel

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