ORGANIZACIN DE LOS GENES

Estructura de DNA y RNA

La informacin gentica en las bacterias se almacena como una secuencia de
bases de DNA. En bacterifagos y virus la informacin gentica puede
almacenarse como secuencias de cido ribonucleico (RNA).
DNA es bicatenario, con bases complementarias (A-T; G-C) unidas por enlaces
de hidrogeno en el centro. La orientacin de las dos cadenas de DNA es
antiparalela: una cadena tiene orientacin 5 3 y su cadena complementaria
direccin 3 5. La complementariedad de las bases permite que una cadena
plantilla proporcione la informacin para la copia con la expresin de la
informacin en la otra cadena de codificacin. Cada una de las cuatro bases se
une a una fosfo-2-desoxirribosa para formar un nucletido.
El RNA se encuentra en forma de una sola tira (monocatenario). La base uracilo
sustituye a la timina en el DNA.
La funcin mas general del RNA es la comunicacin de la secuencia gnica del
DNA en forma de RNA mensajero (mRNA) a los ribosomas. Este proceso se
conoce como transcripcin y traduccin. El mRNA se transcribe como
complemento del RNA para codificar una cadena de DNA. Este es traducido por
los ribosomas que contienen RNA ribosmico (rRNA) y protenas, reduciendo
este mensaje en la estructura primaria de protenas a travs de RNA de
transferencia (tRNA).
Genoma de clulas procariotas
Genomas microbianos han indicado que la mayor parte de los genomas
procariotas consiste en una sola molcula de DNA circular otras tienen
genomas que consisten en dos molculas de DNA circular, estn cerrados por
enlaces covalentes, que contienen la informacin gentica necesaria para su
propia replicacin (replicones).
Algunas especies bacterianas son eficientes al causar enfermedades en
organismos superiores porque poseen genes especficos que actan como
determinantes patgenos. Estos genes a menudo se agrupan en el DNA, lo que
se conoce como isla de patogenicidad: 1) tienen un contenido diferente de G +
C del resto del genoma; 2) tienen relacin estrecha entre los cromosomas con
los genes de tRNA; 3) estn rodeados por repeticiones directas, y 4) contienen
diversos genes importantes para la patogenia (lo que incluye adhesinas,
invasinas y exotoxinas) as como aquellas que pueden participar en la
movilizacin. Los genes esenciales para el desarrollo bacteriano
son
transportados en los cromosomas y los plsmidos transportan genes
relacionados con funciones especializadas. Muchos plsmidos codifican genes
que median la transferencia de un organismo a otro as como de otros genes
relacionados con adquisicin por la disposicin gentica de DNA. Una
consecuencia de tales eventos genticos se ha observado en la modificacin
entre las poblaciones bacterianas de resistencia originada por plsmidos a los
antibiticos despus de su uso liberal en hospitales.
Los transposones son elementos genticos que contienen genes, lo que incluye
aquellos necesarios para la migracin de un locus gentico a otro. Al hacerlo de
esta forma, crean mutaciones de insercin, estos transportan solo los genes
para las enzimas necesarias a fin de favorecer su propia transposicin a otro
locus gentico, pero no pueden replicarse por si mismos. Casi todas las

bacterias transportan elementos IS y cada especie porta sus propias

caractersticas. Lo que implica que en algn punto de la evolucin ocurrieron
recombinaciones con otras bacterias. Los plsmidos tambin portan elementos
IS, que son importantes para la formacin de cepas recombinantes de alta
frecuencia.
Genoma viral
Los virus son capaces de sobrevivir, pero no de proliferar en ausencia de una
clula hospedadora. La replicacin del genosuma viral depende de la energa
metablica y maquinaria de sntesis de macromoleculas del hospedador, esta
forma de parasitismo gentico da origen a la debilitacin o muerte de la clula
hospedadora. La propagacin de los virus requiere: 1) una forma estable que
permita que el virus sobreviva en ausencia de su hospedador; 2) un
mecanismo para la invasion de la clula hospedadora; 3) informacin gentica
necesaria para la replicacion de los componentes virales en el interior de la
clula, y 4) informacin adicional que pueda ser necesaria para el
empaquetamiento de los componentes virales y la liberacin del virus
resultante desde la clula hospedadora.
Los virus relacionados con las procariotas se les denomina bacterifago o fago.
Estos constituyen el mayor grupo de todos los virus.
La molcula de acido nucledo de los bacterifagos est rodeada por una
cubierta protenica. Algunos de estos tambin contienen lpidos y jh DNA
bicatenario; otros contienen RNA bicatenario, RNA monocatenario o DNA
monocatenario.
Los bacteriofagos muestran una amplia gama de morfologias.
Los fagos lticos producen muchas copias de s mismos conforme destruyen la
clula hospedadora. Han demostrado la necesidad de expresin oportuna de
los genes virales
a fin de coordinar los eventos relacionados con la formacin del bacteriofago.
Los fagos atemperados son capaces de entrar a un estado de profago eliptico
en el cual la replicacin de su acido nucledo est vinculado con la replicacin
del DNA de la clula hospedadora. Las bacterias que portan profagos se
denominan lisgenas porque una seal fisiologica puede desencadenar un ciclo
ltico que da origen a la destruccin de la clula hospedadora y la liberacion de
muchas copias del bacteriofago.
Los fagos filamentosos contienen DNA monocatenario que forma complejos con
protenas y presentan extrusion desde la clula hospedadora, la cual se debilita
pero no muere a causa de la infeccin por fagos.
REPLICACIN
El DNA bicatenario se sintetiza por replicacin semiconservadora. Conforme la
doble cadena original se desenrolla, cada cadena sirve como plantilla, para la
replicacin de DNA. Nuevas cadenas se sintetizan con la colocacin de bases
en orden complementario
a las cadenas preexistentes. Cuando se ha completado la sntesis, cada
molcula hija contiene una cadena original y una cadena de sntesis reciente.
DNA bacteriano

La replicacin de DNA bacteriano inicia en un punto y se desplaza en ambas

direcciones (replicacin bidireccional). En el proceso, las dos cadenas viejas de
DNA se separan y se utilizan como plantilla para la sintesis de nuevas cadenas
(replicacin semiconservadora). La estructura donde dos cadenas se separan y
ocurre la nueva sntesis se conoce como horquilla de replicacin.
La replicacin de DNA bacteriano circular bicatenario inicia en el punto original
e implica interacciones con varias protenas. La replicacin cromosmica
termina en una regin de terminacion. Estos puntos opuestos en el DNA
circular del cromosoma. Los dos cromosomas hijos se separan o se resuelven
antes de la divisin celular, de forma que cada progenie cuenta con un DNA
hijo. Esto se logra con la ayuda de la recombinacin y con topoisomerasas,
enzimas que alteran el superenrollado del DNA bicatenario. En el
superenrollado las molculas de DNA giran en una forma similar a un cable
telefonico, lo que acorta la longitud de la molcula. Las topoisomerasas actan
al cortar en forma transitoria una o ambas cadenas de DNA para interrumpir la
espiral y extender la molcula de DNA. Las topoisomerasas bacterianas son
esenciales y singulares, y por tanto son el sitio de accin de algunos
antibiticos
Transposones
Su propagacin depende de su integracin fsica con el replicn bacteriano.
Esta asociacin se favorece por medio de enzimas que confieren la capacidad
de los transposones para formar copias de si mismos; estas enzimas pueden
permitir que estos se integren con el mismo replicn o con uno independiente.
La especificidad de la secuencia en el sitio de insercin por lo general es baja,
de forma que los transposones a menudo parecen insertarse en un patrn
aleatorio, pero tienden a favorecer regiones codificadas por tRNA. Muchos
plsmidos se transfieren entre clulas bacterianas y la insercin de un
transposon en dicho plsmido es un vehculo que conduce a la diseminacin de
transposones en toda la poblacin bacteriana.
Bacterifagos
Los fagos liticos producen muchas copias de si mismos en un solo brote de
crecimiento. Los fagos atemperados se establecen en la forma de profagos ya
sea al volverse parte de un replicn establecido (cromosoma o plasmido) o al
formar un replicn independiente.
El dsDNA de muchos fagos lticos es lineal y la primera etapa en su replicacin
es la formacin de DNA circular. Este proceso depende de extremos de
cohesin, complementarios monocatenarios de DNA que se hibridizan. La
ligadura, que consiste en la formacin de un enlace fosfodiester entre los
extremos 5 y 3 de DNA, da origen a DNA circular unido por enlaces
componentes que puede sufrir replicacin de una forma similar a la utilizada
por otros replicones. El desdoblamiento de esta estructura circular produce
DNA lineal que se empaca en cubiertas protenicas para formar la progenie de
los fagos.
El ssDNA de los fagos filamentosos se convierte a una forma de replicacin
circular bicatenaria. Una cadena de las formas de replicacin se utiliza como
plantilla en un proceso continuo que produce DNA monocatenario. La plantilla
es un circulo cerrado y el ssDNA que se produce sufre desdoblamiento y
empaquetamiento con protenas para su extrusin de la clula. Los fagos
ssRNA se encuentran entre las partculas extracelulares mas pequeas que
contienen informacin que permite su propia replicacin. Los genes que

pueden actuar como mRNA despus de una infeccin. Un gen codifica la

cubierta de protenas en tanto que otro codifica la polimerasa de RNA que
forma un dsRNA para la replicacin. El ssRNA producido por la forma replicativa
es la parte principal de esta nueva partcula infecciosa. El mecanismo de
propagacin del bacterifago de RNA a travs de intermediarios de RNA
contrasta fuertemente con la propagacion de retrovirus, RNAvirus animales que
utilizan RNA como plantilla para la sntesis de DNA.
Los profagos contienen genes necesarios para la replicacin litica, la expresin
de estos genes se conserva reprimida durante el mantenimiento del estado de
profago. Una manifestacin de represion es que un profago establecido con
frecuencia confiere inmunidad celular contra infecciones liticas por medio de
un fago similar. Una cascada de interacciones moleculares desencadena la
supresin de la represin de forma que los profagos sufren replicacin
vegetativa, lo que conduce a la formacin de un brote de particulas
infecciosas.
El cambio entre la lisogenia (propagacion del genoma del fago en el
hospedador) y el crecimiento de un fago vegetativo ocurre a expensas de la
celula y puede depender en parte del estado fisiologico de la misma. Una
bacteria que no presenta replicacin no dara soporte vegetativo al crecimiento
del fago, en tanto que una clula en crecimiento intensivo contiene energa y
cantidades suficientes de bloques de construccion para soportar la replicacion
rapida del bacteriofago.

TRANSFERENCIA DE DNA
El genoma bacteriano haploide limita la plasticidad genmica de una bacteria.
Sin embargo, la distribucin de diversas bacterias en el medio ambiente
demuestra una notable diversidad gentica a travs de mecanismos de
intercambio gentico.
El intercambio gentico por la transferencia, de una clula donadora, entrega
fragmentos pequeos de genoma donador a una clula receptora, seguida de
su recombinacin gentica, provoca que este DNA donador se replique en el
organismo recombinante. La replicacin puede lograrse a travs de la
integracin del DNA donador en un cromosoma del receptor o mediante el
establecimiento de DNA donador como un replicn independiente.
Restriccin y otras limitantes de la transferencia gnica
Las enzimas de restriccin (endonucleasas de restriccin) proporcionan a las
bacterias mecanismos para diferenciar entre su propio DNA y el DNA de otros
orgenes biolgicos. Estas enzimas desdoblan el DNA en sitios de restriccin
que dependen de secuencias especficas de DNA que van desde cuatro a 13
bases.
Los fragmentos de DNA pueden prepararse de manera selectiva a causa de
dicha selectividad; esta es la base de la ingeniera gentica.

Cada cepa bacteriana posee un sistema de restriccin que es capaz de ocultar

estos sitios de reconocimiento en su propio DNA al modificarlos mediante
metilacin o la adicin de residuos de citosina en el sitio. Dichos sistemas de
modificacin de la restriccin caen en dos grupos amplios:
- sistemas tipo I, en el cual las actividades de restriccin y modificacin se
combinan en una protena con varias subunidades.
- sistema tipo II, que consiste en endonucleasas y metilasas separadas. Una
consecuencia biolgica directa de la restriccin puede ser el desdoblamiento
del DNA donador antes de que tengan la oportunidad de establecerse como
parte del replicn recombinante.
No todos los tipos de plsmidos pueden coexistir en forma estable en una
clula. La incompatibilidad de plsmidos, es decir, los plsmidos que no
pueden coexistir de manera estable pertenecen al mismo grupo de
incompatibilidad (Inc); dos plsmidos que pueden coexistir en forma estable
pertenecen a diferentes grupos Inc.
Mecanismos de recombinacin
El DNA donador que no porta informacin necesaria para su propia replicacin
debe combinarse con el DNA del receptor a fin de establecerse en la cepa
receptora.
La recombinacin puede ser
-

Homloga: una consecuencia de la similitud estrecha en las secuencias

del DNA donador y receptor intercambio entre genes que comparten
ancestros comunes.
No homloga: es una recombinacin catalizada por enzimas entre
secuencias diferentes de DNA, trata de la insercin de DNA en un
receptor para formar una copia de un transposn donador.

Mecanismos de transferencia gnica

La composicin del DNA de los microorganismos puede ser notablemente
fluida.
La transferencia gnica lateral u horizontal se refiere a el DNA transferido de un
organismo a otro, y dicho DNA puede incorporarse de manera estable en el
receptor, modificando de manera permanente su composicin gentica. A
diferencia de la herencia vertical la cual es la proveniente de genes paternos.
Los tres mecanismos amplios que median el desplazamiento eficiente del DNA
entre las clulas son: conjugacin, transduccin y transformacin.
A.

La conjugacin requiere que la clula donadora y receptora se

encuentre en contacto para la transferencia de una sola cadena de DNA
a travs de puentes de unin o pili. El receptor completa la estructura
del DNA bicatenario mediante la sntesis de la cadena que complementa

a la cadena adquirida del donador. Los plsmidos son los elementos

genticos que se transfieren por este proceso.
los plasmidos autrotransmisibles transportan los Genes tra, estos
proporcionan las funciones necesarias para la transferencia de un
plsmido. En otros casos, los plsmidos autotransmisibles se integran
con el DNA de otro replicn y, como una extensin de s mismo, portan
cadenas de DNA a la clula receptora.
B. En la transduccin en trminos simples es la recombinacin gentica
en las bacterias mediada por bacterifagos; el DNA del donador se
transporta en un fago cubierto y se transfiere al receptor por un
mecanismo utilizado para la infeccin por bacterifagos, es decir, una
partcula de transduccin puede considerarse como el cido nucleico
bacteriano en un fago cubierto. El tamao del DNA en las partculas de
transduccin por lo comn constituye un pequeo porcentaje del
cromosoma bacteriano y por tanto la cotransduccin (transferencia de
ms de un gen a la vez) se limita a los genes bacterianos vinculados. La
rapidez con la cual los fagos se recombinan y se replican caracterizan a
los fagos de DNA.
C. La transformacin consiste en la captacin directa de DNA desnudo
del donador por la clula receptora, lo cual puede ser natural o forzado.
La transformacin forzada es inducida en el laboratorio, donde
despus del tratamiento con altas concentraciones de sales y un golpe
trmico, muchas bacterias se tornan competentes para la captacin de
plsmidos extracelulares. La capacidad para forzar a las bacterias para
incorporar plsmidos extracelulares mediante transformacin es un
proceso fundamental para la ingeniera gentica. La transformacin
natural es un proceso activo que demanda protenas especficas
producidas por la clula receptora stas restringen el intercambio
gentico a una sola especie. El DNA que no se incorpora debe
degradarse y utilizarse como fuente de nutrientes para sostener el
crecimiento microbiano.

MUTACIN Y REORDENACIN GENTICA

Mutaciones espontneas
Las mutaciones son cambios en las secuencias de DNA.
Las mutaciones incluyen
Sustituciones de bases: surgen como consecuencia de la colocacin
inapropiada de pares de bases entre bases complementarias durante la
replicacin, se reduce por la presencia de enzimas asociadas con la
reparacin de errores, un mecanismo que en esencia asegura que una
cadena es perfectamente complementaria con su plantilla. Cuando el
dao del DNA es demasiado extenso, la respuesta SOS es un sistema de

reparacin de DNA despus de la replicacin, que permite que la

replicacin de DNA ocurra sin errores en el DNA. Los productos gnicos
de las mutaciones interruptoras suelen ser inactivos.
Deleciones o inserciones: estas mutaciones pueden alterar de manera
drstica la secuencia de aminocidos de los productos gnicos. La
insercin o delecin de un solo nucletido altera la fase de traduccin y
por tanto introduce una secuencia protenica completamente diferente.
Mutgenos
En trminos generales, el efecto directo de los mutgenos qumicos o
fsicos es el dao al DNA.
La frecuencia de mutaciones se incrementa en gran medida por la
exposicin de las clulas a los mutgenos. La luz ultravioleta (UV) es un
mutgeno fsico que daa el DNA. Los mutgenos qumicos pueden
actuar al alterar la estructura fsica o qumica del DNA especficamente
estos alteran la estructura de las bases en el DNA.
La mutacin resultante se introduce por un proceso de replicacin y
escapa de la reparacin por las enzimas antes descritas. Las mutaciones
que modifican la actividad de replicacin o las enzimas de reparacin
pueden hacer ms susceptibles a las bacterias; a los mutgenos
biolgicos se conocen como cepas mutantes.
Reversin y supresin
La recuperacin de la actividad perdida como consecuencia de una
mutacin, lo que se conoce como reversin fenotpica, puede o no
ocasionar el restablecimiento de la secuencia original de DNA.
Con frecuencia una mutacin en un segundo sitio (mutacin de
supresin) restablece la actividad perdida. En la supresin
intragnica, despus de que una mutacin primaria se cambia la
estructura enzimtica de forma tal que se ha perdido su actividad, una
segunda mutacin en un sitio diferente en los genes de la enzima
restablece la estructura necesaria para la actividad. La supresin
extragnica es causada por una segunda mutacin que se encuentra
fuera del gen originalmente afectado.

EXPRESIN GNICA
En ambos grupos, la informacin gentica se codifica en el DNA, se
transcribe en el mRNA y se traduce en los ribosomas por medio de tRNA
para dar origen a la formacin de protenas.
El mecanismo por el cual la secuencia de nucletidos en un gen
determina la secuencia de los aminocidos en una protena es muy
similar en las clulas procariotas y eucariotas y consiste en lo siguiente:

1) La polimerasa de RNA forma una cadena de polirribonucletidos,

conocida como RNA mensajero (mRNA), utilizando DNA como
plantilla; este proceso se denomina transcripcin. El mRNA tiene una
secuencia complementaria de nucletidos para la plantilla en el DNA
de doble hlice si se lee en la direccin 3 a 5. As, una cadena de
mRNA se orienta en direccin 5 a 3.
2) Ocurre activacin enzimtica de los aminocidos con transferencia a
molculas adaptadoras especficas de RNA, conocidas como RNA de
transferencia (tRNA). Cada molcula adaptadora tiene un triplete de
bases (anticodn) complementario al triplete de bases en el mRNA y
en un extremo su aminocido especfico. El triplete de bases en el
mRNA se denomina codn para dicho aminocido.
3) El mRNA y tRNA se encuentran juntos en la superficie del ribosoma.
Conforme cada tRNA encuentra su triplete de nucletidos
complementarios en el mRNA, el aminocido que transporta se
coloca en la cadena peptdica con el aminocido de la molcula de
tRNA precedente. La enzima peptidiltransferasa cataliza la formacin
del enlace peptdico. El ribosoma se desplaza a lo largo del mRNA, y
el pptido crece en forma secuencial hasta que la totalidad del mRNA
se traduce en una secuencia correspondiente de aminocidos. Este
proceso se denomina traduccin.
En las clulas procariotas, los genes asociados con funciones
relacionadas por lo comn estn agrupados o se presentan en forma
de operones. Como no existe un ncleo, hay acoplamiento de la
transcripcin/traduccin, lo que significa que el mRNA recin
sintetizado se une al ribosoma y se traduce al mismo tiempo de su
transcripcin. Este acoplamiento de transcripcin/traduccin permite
la respuesta rpida a los cambios en el entorno.
De la misma forma que hay un recambio rpido del mRNA, tiene una
semivida en el orden de segundos o minutos. Por esta
poliadenilacin, el mRNA eucariota tiene una semivida en trminos
de horas a das.
Los ribosomas eucariotas y procariotas difieren en muchos aspectos. Los
ribosomas eucariotas son grandes y tienen un coeficiente de
sedimentacin de 80S en comparacin con el coeficiente de
sedimentacin 70S de los ribosomas procariota y los ribosomas
eucariotas son relativamente ricos en protenas. Hay diferencias
inherentes significativas en la sensibilidad de las actividades ribosmicas
a los antibiticos, muchas de las cuales causan inhibicin selectiva de la
sntesis protenica en clulas procariotas pero no en el citoplasma de
clulas eucariotas. Sin embargo, cabe recordar que los ribosomas
mitocondriales en las clulas eucariotas son similares a los de las
procariotas.