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Universidad Nacional Santiago Antnez de Mayolo

FACULTAD:

AGRONOMIA

PROFESORA:

GUZMAN AVALOS MAGNA

ALUMNO:

ANGEL CHUPICA MANRIQUE

CURSO:

BIOQUIMICA

TEMA:

DESNATURALIZACION DE LAS PROTEINAS

AO:

2016 - HUARAZ

DESNATURALIZACIN DE LAS
PROTENAS

1.-INTRODUCCIN.
El trmino protena deriva del griego "proteos" (lo primero, lo principal) y habla de
su gran importancia para los seres vivos. La importancia de las protenas es, en un primer
anlisis, cuantitativa: constituyen el 50% del peso seco de la clula (15% del peso total)
por lo que representan la categora de biomolculas ms abundante despus del agua.
Sin embargo su gran importancia biolgica reside, ms que en su abundancia en la
materia viva, en el elevado nmero de funciones biolgicas que desempean, en su gran
versatilidad funcional y sobre todo en la particular relacin que las une con los cidos
nucleicos, ya que constituyen el vehculo habitual de expresin de la informacin gentica
contenida en stos ltimos.

2.-COMPOSICIN DE LAS PROTENAS.

Desde el punto de vista de su composicin elemental todas las protenas contienen
carbono, hidrgeno, oxgeno y nitrgeno, mientras que casi todas contienen adems azufre
(Cabe resaltar que en azcares y lpidos el nitrgeno slo aparece en algunos de ellos).
Hay otros elementos que aparecen solamente en algunas protenas (fsforo, cobre, zinc,
hierro, etc.).
Las protenas son biomolculas de elevado peso molecular (macromolculas) y
presentan una estructura qumica compleja. Sin embargo, cuando se someten a hidrlisis
cida, se descomponen en una serie de compuestos orgnicos sencillos de bajo peso
molecular: los - aminocidos. Este rasgo lo comparten las protenas con otros tipos de
macromolculas: todas son polmeros complejos formados por la unin de unos pocos
monmeros o sillares estructurales de bajo peso molecular. Existen 20 -aminocidos
diferentes que forman parte de las protenas.
En las molculas proteicas los sucesivos restos aminocidos se hallan unidos
covalentemente entre s formando largos polmeros no ramificados. El tipo de enlace que los
une recibe el nombre de enlace peptdico. Las cadenas de aminocidos de las protenas
no son polmeros al azar, de longitud indefinida, cada una de ellas posee una determinada
composicin qumica, un peso molecular y una secuencia ordenada de aminocidos.

3.-CLASIFICACIN
PROTENAS.

DE

LAS

Las protenas se clasifican en dos clases principales atendiendo a su composicin. Las

protenas simples u holoprotenas son las que estn compuestas exclusivamente por
aminocidos. Las protenas conjugadas o heteroprotenas son las que estn compuestas por
aminocidos y otra sustancia de naturaleza no proteica que recibe el nombre de grupo
prosttico. Las protenas conjugadas pueden a su vez clasificarse en funcin de la naturaleza
de su grupo prosttico. As, se habla de glucoprotenas, cuando el grupo prosttico es un
glcido, lipoprotenas cuando es un lpido, metaloprotenas cuando es un ion metlico,
fosfoprotenas cuando es un grupo fosfato, etc.
Otro criterio de clasificacin de las protenas es la forma tridimensional de su molcula.

3
Las protenas fibrosas son de forma alargada, generalmente son insolubles en agua y suelen
tener una funcin estructural, mientras que las protenas globulares forman arrollamientos
compactos

de forma globular y suelen tener funciones de naturaleza dinmica (catalticas, de transporte,

etc).

4.-TAMAO DE LAS MOLCULAS PROTEICAS.

Las protenas presentan tamaos moleculares muy variables (desde unos pocos miles
de daltons a ms de un milln) (ver Figura 8.1). Algunas protenas estn formadas por una
sola cadena de aminocidos, mientras que otras, llamadas protenas oligomricas, estn
formadas por varias cadenas individuales denominadas protmeros o subunidades. Se ha
podido comprobar que en la mayor parte de los casos las cadenas individuales de
aminocidos presentan pesos moleculares que oscilan entre los 12.000 y los 36.000 daltons,
lo que se corresponde con una longitud de entre 100 y 300 restos aminocidos. Sin embargo
existen molculas proteicas ms pequeas como la insulina (51 aminocidos y 5.700
daltons) y mucho ms grandes como la apolipoprotena B, una protena transportadora de
colesterol, con 4.536 aminocidos y 513.000 daltons, que representa la cadena individual de
aminocidos ms grande conocida hasta la fecha. Las protenas de mayor tamao estn
formadas invariablemente por varias cadenas de aminocidos.

5.-AMINOCIDOS: LOS SILLARES ESTRUCTURALES.

5.1.-CONCEPTO.

Los aminocidos son compuestos orgnicos que poseen un grupo carboxilo y un grupo
amino. Pueden ser , , , ....aminocidos, segn el grupo amino est unido respectivamente
al primero, segundo, tercero, cuarto... tomo de carbono contando a partir del tomo de
carbono del grupo carboxilo. En la naturaleza existen distintos tipos de aminocidos que
desempean diferentes funciones, sin embargo, los aminocidos que forman parte de las
protenas son todos ellos -aminocidos.
Existen 20 -aminocidos diferentes que forman parte de las protenas. Todos ellos
tienen

una parte de su molcula en comn (formada por el tomo de carbono unido a los grupos
amino y carboxilo) y difieren entre s en la naturaleza de la cadena lateral (habitualmente
llamada grupo R). En la Figura 8.2 aparece la frmula estructural de un -aminocido; en ella
"R" representa la cadena lateral que difiere entre los distintos aminocidos.
5.2.-ESTEREOISOMERA DE LOS AMINOCIDOS.

Los -aminocidos son compuestos quirales. En todos ellos, con la nica excepcin de
la glicocola, el tomo de carbono (el contiguo al grupo carboxilo) es un carbono
asimtrico, es decir, un tomo de carbono unido a cuatro sustituyentes distintos. Debido a
esta circunstancia, cada -aminocido puede existir en dos formas estereoismeras cada
una de ellas con una diferente ordenacin espacial de los cuatro sustituyentes que rodean, en
disposicin tetradrica, al carbono (Figura 8.3). Estas dos formas estereoismeras son
adems enantimeros (imgenes especulares no superponibles una de la otra). La
nomenclatura de las formas estereoismeras de los -aminocidos se establece por convenio
relacionando sus frmulas en proyeccin de Fisher con la de un compuesto de referencia
que es el gliceraldehido. As, la forma D de un - aminocido es la que, en la frmula
en proyeccin de Fisher, tiene el grupo amino hacia la derecha (por analoga con el grupo
hidroxilo del D-gliceraldehido), mientras que la forma L es la que lo tiene hacia la izquierda
(ver Figura 8.3). Aunque existen en la naturaleza aminocidos con configuracin D que
desempean diferentes funciones en las clulas, todos los aminocidos presentes en las
protenas presentan configuracin L.
Los -aminocidos, como todos los compuestos quirales, presentan actividad ptica, es
decir, hacen girar en uno u otro sentido el plano de vibracin de la luz polarizada. As,
algunos -aminocidos en disolucin hacen girar dicho plano de vibracin hacia la derecha, y
se dice que son dextrgiros (+), mientras que otros lo hacen hacia la izquierda, y se dice que
son levgiros (). El carcter dextrgiro o levgiro de un -aminocido es independiente de la configuracin
D o L que presente.
5.3.-COMPORTAMIENTO CIDO-BASE.
Los aminocidos son compuestos slidos, cristalinos, que presentan un punto de fusin
y una solubilidad en agua muy superiores a lo que cabra esperar dado su peso molecular.
Ello se debe a que los aminocidos existen en disolucin, y cristalizan a partir de las
disoluciones, en

forma de iones dipolares (Figura 8.4). A pH neutro el grupo carboxilo cede un protn y
queda cargado negativamente y el grupo amino capta un protn y queda cargado
positivamente. As, los aminocidos pueden comportarse como cidos o como bases segn el
pH del medio; se dice que son sustancias anfteras. Existe un valor de pH llamado punto
isoelctrico (pI) para el cual el aminocido est compensado elctricamente (carga neta = 0).
Las curvas de titulacin de los aminocidos son ms complejas que las de los pares
conjugados
cido-base
corrientes. Esto se debe a
que cada aminocido posee
dos grupos funcionales
capaces de aceptar o ceder
protones
(amino
y
carboxilo), cada uno de los
cuales tiene su propio pK y
comportamiento cido- base
caracterstico.
Por
otra
parte, algunos aminocidos
presentan cadenas laterales (R) con grupos funcionales que son potenciales dadores o
aceptores de protones, y que por lo tanto tambin influyen de manera determinante en sus
propiedades cido-base.
El comportamiento cido-base de los aminocidos reviste una gran importancia
biolgica, ya que influye a su vez en las propiedades de las protenas de las que forman parte.
Adems, las tcnicas para separar y analizar los aminocidos componentes de una protena se
basan en gran medida en su comportamiento cido-base.
5.4.-CLASIFICACIN DE LOS AMINOCIDOS.
Existen distintos criterios para clasificar los -aminocidos de las protenas. Sin
embargo, el ms utilizado, dada su relacin con la determinacin de la estructura
tridimensional de las mismas, es el que se basa en la naturaleza polar o no polar, con carga
elctrica o sin ella de su cadena lateral o grupo R. As se distinguen:
a)
Aminocidos con grupo R no polar (alifticos y aromticos).
b)
Aminocidos con grupo R polar sin carga .
c)
Aminocidos con grupo R con carga positiva.
d)
Aminocidos con grupo R con carga negativa.
En la Tabla 8.1 se representan las frmulas estructurales de los 20 -aminocidos
presentes en las protenas en las formas inicas en las que aparecen a pH fisiolgico. Todos los
- aminocidos tienen, adems de sus nombres sistemticos, nombres simplificados
apropiados para su uso comn, que, en algunos casos, provienen de la fuente biolgica de la
cual fueron aislados inicialmente; as, la asparagina se encontr por primera vez en el
esprrago, el cido glutmico se aisl del gluten de trigo, la tirosina fue identificada en el
queso (del griego tyros = queso), y la glicocola debe su nombre a su sabor dulce (del griego
glycos = dulce).
Adems de los 20 -aminocidos que son comunes a todas las protenas existen en
algunas de ellas otros aminocidos, denominados aminocidos no estndar. Todos ellos
derivan de alguno de los 20 aminocidos estndar travs de transformaciones qumicas
sencillas que se operan una vez el aminocido de origen ha sido incorporado a la protena.
Entre ellos cabe citar la hidroxiprolina, la N-metil-lisina y la desmosina.
Por otra parte, se han encontrado en las clulas vivas alrededor de otros 300
aminocidos

que desempean diferentes funciones pero que no forman parte de las protenas. Algunos de
ellos presentan configuracin D y no todos son -aminocidos.

6.-EL
ENLACE
PPTIDOS.

PEPTDICO.

LOS

Los aminocidos se enlazan para formar protenas mediante enlace peptdico. Los
pptidos son compuestos formados por la unin de aminocidos mediante enlace peptdico.
El enlace peptdico es una unin covalente tipo amida sustituida que se da al reaccionar el
grupo amino de un aminocido con el grupo carboxilo de otro aminocido con
desprendimiento de una molcula de agua (Figura 8.5)
Cuando dos aminocidos reaccionan para formar un enlace peptdico el compuesto
resultante recibe el nombre de dipptido. Por ser el enlace peptdico una unin "cabeza-cola"
(grupo amino con grupo carboxilo) un dipptido conserva siempre un grupo amino libre, que
puede reaccionar con el grupo carboxilo de otro aminocido, y un grupo carboxilo libre, que
puede reaccionar con el grupo amino de otro aminocido. Esta circunstancia permite que
mediante enlaces peptdicos se puedan enlazar un nmero elevado de aminocidos formando
largas cadenas que siempre tendrn en un extremo un grupo amino libre (extremo amino
terminal) y en el otro un grupo carboxilo libre (extremo carboxi-terminal).
Los pptidos se clasifican segn el nmero de restos de aminocidos que los forman.
As los pptidos formados por 2, 3, 4,.... aminocidos se denominan respectivamente
dipptidos, tripptidos, tetrapptidos... En general cuando el nmero de aminocidos
implicados es menor o

igual a 10 decimos que se trata de un oligopptido, cuando es mayor que 10 decimos que se
trata de un polipptido. Es tambin frecuente el uso del la expresin cadena polipeptdica
en lugar de polipptido. Cuando una cadena polipeptdica tiene ms de 100 restos de
aminocidos (es un lmite arbitrario y que no hay que tomar al pie de la letra) decimos que se
trata de una protena. Sin embargo hay que tener en cuenta que existen protenas, llamadas
oligomricas, que estn formadas por varias cadenas polipeptdicas, por lo que los
trminos cadena polipeptdica y protena
no
pueden
considerarse
sinnimos
en
todos
los casos.

Aunque en los sucesivo nos ocuparemos fundamentalmente de protenas formadas por

centenares de residuos de aminocidos, es conveniente resaltar que algunos pptidos cortos
presentan actividades biolgicas importantes. Entre ellos cabe citar algunas hormonas como la
oxitocina (nueve residuos aminocidos), que estimula las contracciones del tero durante el
parto, o la bradiquinina (nueve residuos), que inhibe la inflamacin de los tejidos. Tambin
son dignas de mencin las encefalinas, pptidos cortos sintetizados en el sistema nervioso
central que actan sobre el cerebro produciendo analgesia (eliminacin del dolor). Los
venenos extremadamente txicos producidos por algunas setas como Amanita phaloides
tambin son pptidos, al igual que muchos antibiticos.

7.-PROTENAS:
TRIDIMENSIONAL.

CONFORMACIN

Las protenas, como ya se dijo anteriormente, no son polmeros al azar de longitud

indefinida, sino que cada una de ellas tiene una determinada composicin en aminocidos y
estos

estn ordenados en una determinada secuencia. Hay que aadir a ello que en las clulas vivas
las cadenas polipeptdicas de las protenas no se encuentran extendidas ni plegadas al azar
adoptando estructuras caprichosas o variables, sino que cada una de ellas se encuentra
plegada de un modo caracterstico, que es igual para todas las molculas de una misma
protena, y que recibe el nombre de estructura o conformacin tridimensional nativa
de la protena. Una clara evidencia en favor de esta idea la constituye el hecho de que las
protenas puedan cristalizar, ya que la disposicin ordenada de la materia cristalina slo
es posible cuando las unidades moleculares individuales que componen el cristal son
idnticas. Desde que en 1926 James Sumner consigui obtener cristales del enzima ureasa,
centenares de protenas han sido obtenidas en estado cristalino.

El plegamiento de una cadena polipeptdica se realiza mediante rotaciones de los

enlaces simples del esqueleto. En principio, los sustituyentes de los tomos que se encuentran
a ambos lados de un enlace simple pueden adoptar infinitas posiciones (conformaciones)
mediante simples rotaciones de dicho enlace. Dado que el esqueleto de una cadena
polipeptdica consta de centenares de enlaces simples, cabra esperar que dicha cadena
pudiera adoptar un nmero elevadsimo de conformaciones diferentes. Sin embargo, existen
una serie de restricciones a la libertad de giro de estos enlaces (la mayora de ellas derivadas
de la interaccin de la cadena polipeptdica con las molculas de agua que la rodean) las
cuales determinan que slo sea posible una conformacin tridimensional estable.
La conformacin tridimensional de una protena es un hecho biolgico de una gran
complejidad: existen distintos niveles de plegamiento que se superponen unos a otros. Debido
a ello, para sistematizar el conocimiento acerca de este fenmeno, se establecen una serie
de niveles dentro de la estructura de la protena que se conocen como estructuras
primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria (Figura 8.6). Los continuos avances en la
comprensin de la

estructura y el plegamiento de las protenas han hecho necesaria en los ltimos aos la
definicin de dos niveles estructurales adicionales: la estructura supersecundaria y el
dominio.
7.1.-ESTRUCTURA PRIMARIA.
La estructura primaria de una protena es su secuencia de aminocidos, es decir,
vendra especificada por los aminocidos que la forman y el orden de colocacin de los
mismos a lo largo de la cadena polipeptdica. La secuencia de aminocidos de una protena se
escribe empezando por el extremo amino terminal y finalizando por el carboxi-terminal.

Si analizamos en detalle la estructura primaria de una protena (ver Figura 8.7)

observaremos, dado que el enlace peptdico implica a los grupos amino y carboxilo de cada
aminocido, y que stos estn unidos a su vez al mismo tomo de carbono (C), el esqueleto
de la cadena polipeptdica es una sucesin montona de estos tres tipos de enlace:
C ------- C carboxlico
C carbox --- N amino(enlace peptdico)
N amino ---- C
Tambin observamos que las cadenas laterales o grupos R de los distintos restos
aminocidos, que no estn implicadas en el enlace peptdico, surgen lateralmente a uno y otro
lado de este esqueleto montono (ver Figura 8.7).
Los estudios realizados acerca de la estructura primaria de protenas procedentes de
diferentes especies de seres vivos revelan que aquellas protenas que desempean funciones
similares en diferentes especies tienen secuencias de aminocidos parecidas entre s. Por otra
parte, se ha comprobado que cuanto ms emparentadas evolutivamente estn dos especies
mayor es el grado de similitud entre las secuencias de aminocidos de sus protenas
homlogas. Estos datos sugieren que debe existir algn tipo de relacin entre la secuencia
de aminocidos y la funcin de las protenas.

7.2.-ESTRUCTURA SECUNDARIA.
La estructura secundaria de una protena es el modo caracterstico de plegarse la
misma a lo largo de un eje. Es el primer nivel de plegamiento, en el que los distintos
restos de aminocidos se disponen de un modo ordenado y repetitivo siguiendo una
determinada direccin. En las protenas fibrosas (aqullas cuyas cadenas polipeptdicas estn
ordenadas formando largos filamentos u hojas planas) las estructuras primaria y secundaria
especifican completamente la conformacin tridimensional; estas protenas no presentan
por lo tanto niveles superiores de complejidad
Fue precisamente en las protenas fibrosas, dada su mayor simplicidad estructural,
donde fue estudiada inicialmente la estructura secundaria;
particularmente en dos tipos de protenas de origen
animal muy abundantes: las queratinas y los colgenos.
Ambas son protenas insolubles que desempean
importantes funciones de tipo estructural en los
animales superiores. Existen dos tipos de queratinas de
diferente dureza y consistencia, las -queratinas (por
ejemplo las que abundan en el pelo o en las uas) y las queratinas (telas de araa, seda, etc.).
El anlisis de la estructura secundaria de las
protenas fibrosas fue abordado inicialmente mediante la
tcnica de difraccin de rayos X (basada en la capacidad
de los tomos de difractar los RX en funcin de su
tamao). Esta tcnica es aplicable al anlisis de
estructuras cristalinas, sin embargo, la microscopa
electrnica revel
que las protenas
fibrosas
presentaban
estructuras repetitivas que eran susceptibles de
anlisis mediante esta tcnica.
Los primeros anlisis de difraccin de rayos
X de las queratinas, realizados por Willian Atsbury
(Figura 8.8)en la dcada de los aos 30,
proporcionaron datos acerca de estructuras que se
repetan con una periodicidad fija a lo largo de sus
cadenas polipeptdicas, siendo estas periodicidades
diferentes segn se tratase de o de -queratinas.
Dado que las cadenas polipeptdicas extendidas no
presentan estructuras repetitivas que puedan dar
lugar a estas periodicidades, se concluy que dichas
cadenas deban encontrarse plegadas de un modo
regular que era diferente en cada tipo de queratinas.
Pocos aos ms tarde, L. Pauling y R. Corey
(Figura 8.9), dos
investigadores norteamericanos, obtuvieron con gran precisin la longitud de estas
periodicidades (0,56 nm en las y 0,70 nm en las -queratinas).
Por otra parte, aplicando la tcnica DRX a pequeos pptidos (dos o tres residuos
aminocidos) en estado cristalino Pauling y Corey pudieron conocer la estructura ntima del
enlace peptdico. Observaron que este enlace era ligeramente ms corto de lo que sera un
enlace

simple C-N, lo que les

permiti deducir que posea
un carcter parcial de doble
enlace. Ello es debido a que
el nitrgeno del grupo
peptdico posee un orbital
vacante que le permite
compartir en resonancia un
par de electrones del doble
enlace C-O. El carcter
parcial de doble enlace
impide que el enlace
peptdico pueda girar sobre
s mismo; los cuatro tomos
del grupo peptdico son
coplanares,
estando
el
oxgeno y el hidrgeno en
posicin trans (Figura 8.10).
Esta falta de libertad de giro
supone
una
primera
restriccin en el nmero de conformaciones posibles de la cadena polipeptdica, que estara
entonces constituida por una serie de planos rgidos formados por los diferentes grupos
peptdicos, los cuales podran adoptar diferentes posiciones unos con respecto a otros
mediante giros de los enlaces sencillos que flanquean cada uno de estos planos (ver Figura
8.11).
Pauling y Corey construyeron modelos moleculares de gran precisin (con bolas y
varillas) hasta que encontraron unos que encajaban con los datos experimentales, es decir,
hasta que encontraron modelos que, respetando las restricciones de giro del enlace peptdico,
explicaban las periodicidades obtenidas. A la vista de estos modelos pudieron observar
(suponemos que con gran regocijo) que no slo eran posibles, sino que, de ser reales,
presentaran una gran estabilidad, ya que todos los grupos peptdicos del esqueleto quedaban
colocados en la relacin geomtrica adecuada para poder establecer puentes de hidrgeno
entre ellos, circunstancia esta que proporcionara una gran estabilidad a la estructura.

Los modelos encontrados fueron denominados respectivamente hlice (que es la

estructura secundaria de las -queratinas) y conformacin (que es la estructura secundaria
de las -queratinas). Con posterioridad se descubri la estructura secundaria del colgeno, la
cual se
denomin hlice del colgeno.
En la hlice- (ver
Figura 8.12) el esqueleto de
la cadena polipeptdica se

encuentra arrollado de manera compacta alrededor del eje sobresaliente

de
esta
longitudinal de la molcula, y los grupos R de los distintos estructura es que todos los
restos aminocidos sobresalen de esta estructura helicoidal, grupos peptdicos de los
que tiene forma de escalera de caracol. Cada giro de la diferentes
restos
hlice abarca 3,6 residuos aminocidos, ocupando unos 0,56 aminocidos
quedan
nm del eje longitudinal, lo que se corresponde con la enfrentados en la relacin
periodicidad observada por DRX. El rasgo ms geomtrica adecuada
para formar puentes de hidrgeno entre s; estos puentes se establecen entre el oxgeno del
grupo carboxilo de cada residuo aminocido y el hidrgeno del grupo amino que se
encuentra cuatro residuos ms all en direccin carboxi-terminal (algo ms de una vuelta
completa de hlice). As, cada vuelta sucesiva de la hlice se mantiene unida a las vueltas
adyacentes mediante varios puentes de hidrgeno intracatenarios que, actuando
cooperativamente, proporcionan a la estructura una considerable estabilidad.

En la conformacin , tambin llamada hoja plegada, el esqueleto de la cadena

polipeptdica se dispone en zig-zag con los grupos R de los distintos aminocidos
proyectndose

alternativamente a uno y otro lado de dicho esqueleto (ver Figura 8.13). Cada zig-zag
representa 0,70 nm de longitud de la cadena, coincidiendo con la periodicidad observada por
DRX. Muchas de estas cadenas colocadas paralelamente unas a otras forman una estructura
que recuerda a una hoja de papel plegada, en la que los grupos R de los aminocidos se
encuentran sobresaliendo por ambas caras de dicha hoja. En este caso, los grupos
peptdicos de los diferentes restos aminocidos establecen puentes de hidrgeno con los
de las cadenas vecinas (puentes de hidrgeno intercatenarios).

La hlice del colgeno es un tipo de estructura secundaria que slo aparece en esta
protena. Se trata de un arrollamiento helicoidal con tres residuos aminocidos por vuelta en el
que la cadena polipeptdica se encuentra ms extendida que en la hlice (Figura 8.13). Tres
de estas hlices se encuentran a su vez arrolladas en una estructura superhelicoidal que da
lugar a la molcula de tropocolgeno, que es la unidad que se repite a lo largo de las fibras
de colgeno.
La hlice- y la conformacin son las estructuras secundarias ms frecuentes no slo
en la protenas fibrosas sino en todo tipo de protenas. Existen otros tipos de estructura
secundaria
cuya presencia se encuentra
limitada a algunas protenas
especializadas. Recientemente
se ha descubierto una
estructura
secundaria,
denominada giro o codo
(Figura 8.15), que est
presente en muchas protenas
diferentes all donde la
cadena polipeptdica cambia
abruptamente de direccin.
El codo consta de cuatro
residuos aminocidos que
forman un bucle cerrado con
los grupos peptdicos que lo
flanquean unidos por puente
de hidrgeno.
Ahora bien, )qu es
lo que determina que una
cadena
polipeptdica adopte una u otra de estas posibles estructuras secundarias conocidas? Los
estudios realizados acerca de la estructura de cadenas polipeptdicas formadas por un solo tipo
aminocido (poliaminocidos), as como diversas consideraciones tericas (basadas en el
tamao o carga elctrica de los grupos R de los distintos aminocidos de una cadena),
llevaron a la conclusin de que es la secuencia de aminocidos, es decir, la estructura
primaria, lo que determina el modo en que una cadena polipeptdica ha de plegarse a lo
largo de un eje, es decir, su estructura secundaria. Es la naturaleza y posicin de los
grupos R a lo largo de la cadena, es decir, su secuencia, lo que propicia o impide el
plegamiento segn uno u otro modelo.

7.3.-ESTRUCTURA TERCIARIA.
Existen
protenas
cuya
conformacin tridimensional no
puede
especificarse
totalmente
considerando slo sus estructuras
primaria y secundaria. Son las
llamadas protenas globulares cuyas
cadenas polipeptdicas se hallan
plegadas de un modo complejo
formando arrollamientos globulares
compactos que tienden a adoptar
una
forma
aproximadamente
esfrica. La protenas globulares son
generalmente solubles en agua y
desempean un gran nmero de
funciones biolgicas (por ejemplo
los
enzimas
son
protenas
globulares). Se conoce como
estructura terciaria el modo
caracterstico de plegarse una cadena
polipeptdica
para formar un
arrollamiento globular compacto.
El estudio de la estructura terciaria de las protenas globulares se abord tambin
mediante la aplicacin de la tcnica de difraccin de rayos X. Un paso previo necesario fue la
obtencin de protenas globulares en estado cristalino muy puro a partir de disoluciones, ya
que la tcnica DRX slo se puede aplicar a estructuras cristalinas o "paracristalinas"
(como las
protenas fibrosas). Una
vez
solventado
este
problema pudo conocerse
la estructura terciaria de
algunas
protenas
globulares (tras aos de
trabajo para conseguir
interpretar los complejos
difractogramas de RX que
estas protenas producan.
Vase la Figura 8.16). Los
cristalgrafos
ingleses
John Kendrew y Max
Perutz
(Figura
8.16b)
obtuvieron grandes xitos
en la elucidacin de la
estructura tridimensional
de protenas globulares. La
primera protena cuya
estructura terciaria fue conocida fue la mioglobina (una protena que transporta oxgeno en el
msculo), concretamente la del cachalote (ver Figura 8.17). En ella se pueden apreciar ocho
segmentos rectilneos con estructura secundaria en hlice separados por curvaturas sin
estructura secundaria aparente. Alrededor del 70% de la cadena polipeptdica se encuentra en
las

regiones plegadas en hlice . La molcula es muy compacta, sin apenas espacio para
molculas
de agua en su interior. Los
grupos R de residuos
aminocidos con carcter
polar o inico se proyectan
hacia la periferia de la
molcula, mientras que los
de carcter no polar se
encuentran enterrados en el
interior de la misma,
aislados del contacto con el
agua. La estructura se
encuentra estabilizada por
diferentes
tipos
de
interacciones dbiles entre
los grupos R de diferentes
aminocidos;
estas
interacciones son de largo
alcance, afectando a grupos
R de residuos aminocidos
que
pueden
ocupar
posiciones muy alejadas en
la cadena polipeptdica.
En los ltimos aos se ha podido descifrar la estructura terciaria de centenares de
protenas globulares. De estos estudios se deduce que el caso de la mioglobina representa slo
una de las mltiples posibilidades de plegamiento de una protena globular. La variedad de
estructuras terciarias posibles es inmensa. Sin embargo se pueden hacer algunas
generalizaciones interesantes. En todas ellas...
a)
La cadena polipeptdica est plegada de un modo muy compacto, sin
apenas espacio para molculas de agua en el interior del plegamiento.
b)
Existen tramos rectilneos que presentan estructura secundaria en hlice o en conformacin ; en la mayora de las protenas estudiadas
coexisten zonas con uno y otro tipo de estructura (Figura 8.18) Estos
tramos estn separados por curvaturas sin estructura secundaria
aparente en unos casos o por codos en otros. Las cantidades
relativas que representan los diferentes tipos de estructura
secundaria varan considerablemente de unas protenas a otras.
c)
Se han detectado agrupamientos estables de estructuras secundarias que
dan lugar a motivos estructurales que se repiten en multitud de
protenas diferentes. Entre estos agrupamientos, denominados
estructuras supersecundarias, cabe citar el "barril /", la "silla
", el "haz de cuatro hlices", el "lazo " o el "sandwich ".
d)
En algunas protenas se han detectado dos o ms regiones globulares
densamente empaquetadas que se hallan conectadas entre s por un
corto tramo de cadena polipeptdica extendida o plegada en hlice .
Estas regiones globulares, denominadas dominios, presentan una
gran estabilidad, y aparecen repetidas en muchas protenas diferentes.
e)
Los restos de aminocidos con grupos R polares o con carga se
proyectan

f)

hacia el exterior de la estructura, expuestos al contacto con las

molculas de agua.
Los restos de aminocidos con grupos R no polares (hidrfobos) se
encuentran en el interior de la estructura, aislados del contacto con el
agua y ejerciendo interacciones hidrofbicas entre s.

Por otra parte se observ

que en todas las protenas
estudiadas existe una serie de
fuerzas intramoleculares que
tienden
a
estabilizar
la
estructura
terciaria (Figura
8.19). Estas fuerzas son de
dos
tipos:
a)
enlaces
covalentes (puentes disulfuro
entre los grupos -SH de los
restos
de
cistena);
b)
interacciones dbiles entre los
grupos
R
de
distintos
aminocidos
que
ocupan
posiciones muy distantes a lo
largo de la cadena polipeptdica
(puentes
de
hidrgeno,
interacciones inicas, fuerzas de Van der Waals)

A la vista de estos datos se lleg a la conclusin de que es la naturaleza (polar o no

polar) de los distintos grupos R, las posibilidades de formacin de interacciones dbiles o
covalentes entre los mismos, y su posicin en la cadena polipeptdica, es decir, la secuencia
de aminocidos lo que determina el hecho de que sta adopte una u otra disposicin en el
espacio, o lo que es lo mismo, una determinada estructura terciaria. Hay que tener en
cuenta que en su estado nativo las molculas proteicas se encuentran en el seno del agua y
que, por lo tanto, el plegamiento de la cadena polipeptdica ser una respuesta a la
interaccin de los distintos grupos R (polares o no polares) con las molculas de agua;
adems, la posibilidad de que se establezcan interacciones que estabilicen la estructura entre
los distintos grupos R a lo largo de la cadena polipeptdica tambin depender de la
naturaleza y posicin de los mismos en la cadena. En la actualidad todo parece indicar que
las interacciones hidrofbicas entre los grupos R no polares

enterrados en el interior de la estructura constituyen la verdadera fuerza directriz del

plegamiento de una cadena polipeptdica, contribuyendo los dems tipos de interacciones
dbiles y covalentes a su mayor estabilidad.
Vemos, pues, que, al igual que sucede con la estructura secundaria, la estructura
primaria determina la estructura terciaria de las protenas globulares.
7.4.-ESTRUCTURA CUATERNARIA.
Existen protenas que
estn formadas por varias
cadenas polipeptdicas: son las
llamadas
protenas
oligomricas. En ellas, la
protena completa (oligmero)
est formada por un nmero
variable de subunidades o
protmeros. Los oligmeros
pueden ser dmeros, trmeros,
tetrmeros,
pentmeros,
hexmeros...., segn estn
formados por 2, 3, 4, 5, 6....
protmeros. Los oligmeros
ms
frecuentes
estn
formados por un nmero par
de cadenas polipeptdicas.
En estas protenas las
distintas subunidades estn
asociadas
de
un
modo
caracterstico al que llamamos estructura cuaternaria.
El estudio de la estructura cuaternaria de las protenas oligomricas tambin fue
abordado mediante la aplicacin de la tcnica DRX tras la obtencin de las mismas en estado
cristalino puro. En este caso la interpretacin de los difractogramas de RX result tan
compleja que algunos cristalgrafos de protenas emplearon en este esfuerzo hasta 25 aos de
trabajo antes de poder publicar resultados.
La primera protena cuya estructura cuaternaria fue conocida (Figura 8.20) fue la
hemoglobina humana (la protena encargada de transportar el oxgeno en la sangre).
Tambin se pueden hacer algunas generalizaciones acerca de la estructura cuaternaria
de algunas protenas oligomricas conocidas. En todas ellas.....
a)
Cada una de las subunidades o protmeros presenta una estructura
terciaria determinada con rasgos similares a los de las protenas
globulares formadas por una sola cadena polipeptdica.
b)
La estructura terciaria de las diferentes subunidades de una protena
oligomrica es muy semejante a la de protenas globulares que
desempean la misma o parecida funcin (la estructura terciaria de
cada una de las subunidades de la hemoglobina es casi idntica a la
estructura terciaria de la mioglobina. Ambas protenas desempean la
funcin de transportar oxgeno, una en la sangre, la otra en el
msculo). Se percibe pues una clara relacin entre estructura y
funcin.

c)

Las distintas subunidades se encuentran asociadas de un modo

caracterstico, establecindose entre ellas puntos de contacto que son
los mismos para todas las molculas de una misma protena. Estos
puntos de contacto se ven estabilizados por interacciones dbiles
(puentes de hidrgeno, fuerzas de Van der Waals, interacciones
inicas) entre los grupos R de determinados aminocidos.
A la vista de estos resultados se dedujo que tambin en este caso es la naturaleza y
posicin de los grupos R de los distintos aminocidos en las diferentes subunidades la que
determina cules han de ser los puntos de contacto entre las mismas, y, por lo tanto, el modo
caracterstico de asociarse unas con otras, es decir, la estructura cuaternaria; los puntos de
contacto vendrn dados por las posibilidades de formacin de interacciones dbiles del tipo
de las citadas y stas a su vez de la naturaleza y posicin de los distintos grupos R.
Deducimos, pues, que es la estructura primaria de las distintas subunidades la que
determina la estructura cuaternaria de una protena oligomrica.
Como conclusin podemos afirmar que la secuencia de aminocidos (estructura
primaria) contiene la informacin necesaria y suficiente para determinar la
conformacin tridimensional de una protena a sus diferentes niveles de
complejidad (estructuras secundaria, terciaria y cuaternaria).

8.-PROTENAS.
FUNCIN.

RELACIN

ESTRUCTURA-

Las protenas son las

macromolculas ms verstiles de
cuantas existen en la materia viva:
desempean un elevado nmero de
funciones biolgicas diferentes.
Cada protena est especializada en
llevar a cabo una determinada
funcin.
Entre las funciones de las
protenas
cabe
destacar
las
siguientes: catalticas, estructurales,
de transporte, nutrientes y de
reserva, contrctiles o mtiles, de
defensa,
reguladoras
del
metabolismo, y otras muchas que
determinadas protenas desempean
en organismos concretos.
La funcin de una protena
depende de la interaccin de la
misma con una molcula a la que
llamamos ligando (en el caso
particular de los enzimas el ligando
recibe el nombre de sustrato). El
ligando es especfico de
cada
protena. A su vez, la
interaccin entre protena y ligando reside en un principio de complementariedad
estructural: el ligando debe encajar en un hueco existente en la superficie de la protena (el
centro activo) tal y como lo hara una llave en una cerradura (ver Figura 8.21). Slo aquel
o aquellos ligandos capaces de acoplarse en el centro activo de la protena sern susceptibles
de interactuar con ella.

Hay que tener en cuenta que este acoplamiento no es meramente espacial, sino que la protena
"ve" en su ligando, adems de la forma, la distribucin de cargas elctricas, sus distintos
grupos funcionales, y, en general, las posibilidades de establecer interacciones dbiles con l
a travs de los grupos R de los aminocidos que rodean el centro activo (el ligando "atraca"
en el centro activo como lo hara un barco en un muelle, se establecen entre ambos
"amarras" en forma de interacciones dbiles que hacen ms estable la asociacin).
De lo anteriormente expuesto es fcil deducir que para que una protena desempee su
funcin biolgica debe permanecer intacta su conformacin tridimensional nativa. Si se pierde
dicha conformacin, y por lo tanto se altera la estructura del centro activo, ya no habr
acoplamiento entre protena y ligando (no se "reconocern") y la interaccin entre ambos, de
la que depende la funcin, ya no tendr lugar. Como corolario de este razonamiento
podemos afirmar que la funcin biolgica de una protena depende de su
conformacin tridimensional.
En resumen, la secuencia de aminocidos de una protena determina su
conformacin tridimensional, y sta, a su vez, su funcin biolgica.

9.-DESNATURALIZACIN DE LAS PROTENAS.

Primero que todo, la definicin de la desnaturalizacin de las protenas es la desnaturalizacin
bioqumica que se puede entender en el cambio estructural de las protenas o cidos nucleicos que se
lleva a la perdida de la estructura nativa de las molcula de estas sustancias. En este cambio
estructural conlleva un cambio en funcin ptimo de los cidos nucleicos o las protenas pueden llegar
a perdicin total de su funcionamiento biolgico. Tambin, pero no siempre pueden estar acompaado
de cambios en las propiedades qumicas-fsicas siendo lo ms utilizado la prdida de solubilidad.

Las protenas desnaturalizadas pueden contar nicamente con su estructura principal. Por este caso,
en muchos motivos, la desnaturalizacin puede volverse a hacer igual, ya que es la estructura principal
la que puede y contiene la informacin ms necesaria y suficiente para poder adoptar varios niveles
superiores de estructuracin. Este proceso es aquel mediante el cual las protenas desnaturalizadas

pueden recuperar su estructura nativa y se le llama renaturalizacin. Estas propiedades son de gran
ayuda durante el proceso de purificacin y aislamiento de protenas, ya que no todas las protenas
reaccionan de igual manera antes de un cambio justo en el medio donde puede ser encontrada
disuelta. En estos casos, la desnaturalizacin puede conducir a la prdida total de la solubilidad, para
precipitar a las protenas. La formacin de varios agregados fuertemente hidrofbicos pueden impedir
su desnaturalizacin, y hacer que los procesos no se puedan cambiar.
Cuando una protena no ha sufrido ningn tipo de cambio en su interaccin con el disolvente, se dice
que presenta una estructura nativa. Se dice que hay una desnaturalizacin de las protenas a la prdida
de las estructuras de orden superior quedando solo la cadena polipeptdica reducida en un polmero
estadstico sin ninguna estructura tridimensional fija.
Cualquiera de los factores que pueden modificar la interaccin de las protena con el disolvente pueda
disminuir su estabilidad en disolucin y puede provocar la precipitacin. As, la desaparicin parcial o
total de la envoltura acuosa, la neutralizacin de las cargas elctricas de este tipo y la ruptura o
repulsivo de los puentes de hidrgeno pueden facilitar la agregacin intermolecular y tambin puede
provocar la precipitacin. La precipitacin mayormente suele ser consecuencia de un fenmeno
llamado desnaturalizacin y se dice que las protenas se encuentran desnaturalizadas es decir una
figura superior.
En una de las protena cualquiera, la estructura, ya sea la desnaturalizada y la nativa tan slo pueden
tener algo en comn y es la estructura principal, es decir, la secuencia que puede provocar la AA que la
componen. Los otros niveles de la organizacin estructural pueden desaparecer en la estructura
desnaturalizada.

La desnaturalizacin puede provocar diversos efectos en las protenas:

La prdida de las propiedades biolgicas.

Los cambios en las propiedades hidrodinmicas de las protenas: disminuye el coeficiente de

difusin y aumenta la viscosidad.

una drstica disminucin de su una solubilidad, ya que los que sobra es hidrofbicos del
interior y puede aparecer en la superficie.

Los agentes que pueden provocar la desnaturalizacin de una de las protenas que se llaman agentes
desnaturalizantes se pueden distinguir como agentes fsicos como el calor y qumicos como los
detergentes, el pH, los disolventes orgnicos y la fuerza inica. Como en varios casos el fenmeno de
la desnaturalizacin es el que se puede cambiar, es posible que se pueda precipitar las protenas de
una manera selectiva mediante cambios en:

La fuerza inica.

La polaridad del disolvente.

La temperatura.

El pH.
Agentes desnaturalizantes
Los agentes desnaturalizantes son todos aquellos factores fsicos o qumico que se puede producir a
travs de la desnaturalizacin de las protenas. Entre los ms comn podemos encontrar o citar los
siguientes:

La Temperatura.

La fuerza inica.

La polaridad del disolvente.

El pH
Unos de los ejemplos ms tradicionales y comn para poder ilustrar y entender de una mejor manera la
desnaturalizacin de protenas es la coccin del huevo. La clara que contiene el huevo est compuesta
por una gran parte de agua y albminas, el cual es un tipo de protenas. Al poder aumentar la
temperatura de las protenas de la clara del huevo se desnaturalizan y pueden perder su solubilidad y la
clara del huevo deja de ser lquida y tambin puede perder su transparencia y pasar a ser opaca por el
color blanco y slido. Otro ejemplo muy conocido es la desnaturalizacin que tiene la casena que se
encuentra en la leche, si la leche se pone cida, lo que puede ocurrir de forma muy natural por la
fermentacin de bacterias es que la leche se puede cortar, pero tambin la puedes cortar aadindole
limn u otro cido como la naranja, para bajar su pH.

Agentes fsicos de la protena:

El Calor: La sensibilidad que tienen las protenas a la desnaturalizacin trmica pueden

depender de muchos factores como lo son la naturaleza la concentracin de las protenas, el pH, la
actividad del agua, la fuerza inica y la fuerza que tienen los iones presentes. Ms que todo siempre
esta desnaturalizacin est acompaada de un ascenso a la solubilidad as como tambin una
absorcin de agua.

El frio: Tambin las bajas temperaturas puedes ocasionar una desnaturalizacin de las
protenas. Enzimas que estn acostumbrados a una temperatura ambiente pueden fcilmente
inactivarse a 0C. Por otro lado tambin, se puede ocasionar la disociacin de los oligomeros.

Los tratamientos mecnicos: aquellos como el amasado y/o el laminado que son aplicados
en el pan y en otras masas pueden en muchas ocasiones desnaturalizar las protenas por sus
fuerzas de cizallamientos que se originan a travs de los estiramientos que modifican a la red
proteica.

La presin hidrosttica: este puede tener un efecto desnaturalizante, pero generalmente para
los valores superiores a 50k.

La irradiacin: los efectos que puede tener la irradiacin sobre las protenas. Los residuos que
tienen los aminocidos absorben las radiaciones ultravioletas.
Agentes qumicos de las protenas:

Los cidos y las bases: la mayora de las protenas estn estables para una determinada
parte de pH y que muy frecuentemente se desnaturalizan al ser sometidas a valores de ph muy bajos
o muy altos, en muy pocos casos la protena puede recuperar el ph natural que tena en un inicio.

Los metales: Aquellos iones metlicos alcalinos como lo son el sodio y el potasio, solo pueden
reaccionar de una forma muy limitada.

Los disolventes orgnicos: Estos modifican la constante dielctrica en donde las fuerzas
electrostticas contribuyen a la estabilidad de las protenas.