Abstracto

Cromosomas mitticos son algunas de las estructuras ms reconocibles en la

celda, sin embargo, por ms de un siglo su organizacin interna sigue siendo
en gran medida sin resolverse. Aplicamos el cromosoma mtodos de
conformacin de captura, 5C y Hi-C, a travs del ciclo celular y revel dos
alternativas tridimensionales estados de plegado del genoma humano. Se
demuestra que la gran organizacin compartimentada y de tipo celular
especfico descrito anteriormente para no sncrono las clulas se limita a la
interfase. En la metafase, identificamos un estado plegado homognea, la cual
es locus-independiente, comn a todos los cromosomas, y consistente entre los
tipos de clulas, lo que sugiere una principio general de la organizacin de los
cromosomas en metafase. El uso de simulaciones de polmero, nos
encontramos con que metafase Hi-C de datos es incompatible con los modelos
jerrquicos clsicos, y en su lugar se describe mejor por una matriz de
comprimido longitudinalmente organizado linealmente de bucles de cromatina
consecutivos.
Introduccin
La organizacin tridimensional de los genomas juega un papel crtico en la
regulacin de procesos cromosmicos, incluyendo la regulacin de genes, la
replicacin del ADN, y la estabilidad del genoma (1-4). Durante el ciclo celular,
los cromosomas de transicin entre dos estados de plegado distintas: interfase
y en metafase. Cromosomas en interfase son relativamente descondensados y
adquieren una organizacin espacial de clulas de tipo especfico. En
preparacin para la divisin celular, los cromosomas someterse a una amplia
reorganizacin espacial y finalmente cerrar la mayor parte de la transcripcin.
Este proceso culmina en una metafase altamente condensada y las anomalas
cromosmicas morfolgicamente reproducibles.
Captura cromosoma conformacin (3C) basado en los mtodos anteriores se
extienden caracterizaciones cromosomas de la interfase mediante la deteccin
de frecuencias contacto fsico entre pares de loci genmico (2, 5, 6). Durante la
interfase, los cromosomas individuales ocupan territorios y son
compartimentada en varios niveles jerrquicos: gran multi-A- Mb activos e
inactivos B-compartimientos (7), y ms pequeos sub-Mb Topologically Asociar
dominios (TAD) (8-10). En ~ 100 Kb escalas las interacciones de la cromatina
bucle se conectan a los genes de regulacin distal elementos, que median la
regulacin de genes de largo alcance (11).
La organizacin interna de los cromosomas mitticos sigue siendo enigmtica
(12-15). Residencia en Los estudios mediante microscopa ptica, microscopa
electrnica, la tomografa, y mecnico , Se han propuesto las mediciones de
varios modelos de cromosomas mitticos. estos modelos se puede subdividir

en tres grupos (16, 17): Bucles-on-a-andamio de modelos (15, 18, 19), modelos
jerrquicos de espiral cada vez ms gruesa o fibras en bucle (20, 21), y la red
de modelos, que describen los cromosomas mitticos como geles altamente
reticulados (22, 23), as como modelos que combinan estas caractersticas
diferentes (24).
Aqu aplicamos 5C (25) y Hi-C (7) para el estudio de la organizacin espacial de
los humanos cromosomas durante el ciclo celular, revelando dos estados de
plegado alternativos. El uso de polmeros simulaciones, se evalan los modelos
existentes y nuevas de organizacin de los cromosomas en metafase y
proponer que la organizacin metafase puede surgir a travs de un proceso de
dos etapas: lineal la compactacin por los bucles de cromatina consecutivos, el
potencial generado por los complejos de SMC, seguido de compresin axial.
Resultados
Los cambios en la organizacin de los cromosomas durante el ciclo
celular
Para nuestros estudios iniciales se utilizaron clulas HeLa S3 porque las
poblaciones grandes y homogneas de estas clulas en diversas etapas del
ciclo celular se pueden obtener con relativa facilidad y de manera eficiente
(Figura S1). El cariotipo HeLa S3 es complejo, pero estable. Nos centramos en
los anlisis intracromosmica datos de seis cromosomas que parecen
normales, a juzgar por SKY / M-FISH y Hi-C (Figuras S2, S3). Adems, nuestros
anlisis utilizan ICE (26), que corrige los sesgos en la cobertura de
secuenciacin que puedan surgir debido a alteraciones nmero de copias.
Utilizamos la tecnologa 5C para estudiar la organizacin del cromosoma
pequeas y poco reordenado Chr. 21 en diferentes puntos de tiempo durante
todo el ciclo celular (Figura 1). Hemos interrogado a largo plazo interacciones
utilizando un conjunto de cebadores 5C, que cubren la longitud del cromosoma
21 con una separacin promedio de 25 kb (Mtodos). Estudiamos G1 temprana
y clulas mediados de G1, clulas en fase S temprana de timidina-detenido y
arrestado prometaphase-nocodazole ("mitosis") culturas (Figuras 1, S1, S4,
Mtodos). Nos encontramos con que nocodazole tratamiento hasta 12 horas
conduce a algunas acortamiento gradual de cromosomas mitticos pero Hi-C
analiza para 3, 7 y 12 rendimiento horas de incubacin resultados en general
muy similares (Figura S5). brazos de cromtidas hermanas son separada y ya
no entrelazados en las clulas-nocodazole detenido (Figura 1A).
Los patrones de interaccin para G1 temprana, a mediados G1 y la fase S estn
altamente correlacionados con cada s y con el patrn obtenido con las clulas
no sincronizadas (Spearman r> 0,67, P << 10-10, Figura 1A, Mtodos). Por
estas fases del ciclo celular, la interaccin mapas de visualizacin patrones a
cuadros similares de enriquecimiento regional o agotamiento de las

interacciones de largo alcance (figura 1). Un patrn de cuadros similar se

observ previamente para clulas no sincronizadas, que son principalmente
(97%) en la interfase y ha sido interpretada para reflejar la separacin espacial
de cromosomas en compartimientos A / B (vase ms adelante, y (7)).
En las clulas mitticas, sin embargo, la interaccin de ruta cambia
dramticamente, y el patrn de la tela escocesa desaparece. El patrn de
interaccin mittico muestra una baja correlacin con las de todos los dems
fases del ciclo celular (Spearman r <0,27, P << 10-10, Figura 1B). De este
modo, se identifican dos distintos cromosoma plegables estados en el ciclo
celular.
La prdida de compartimentos cromosmicas y las ETA en metafase
A continuacin, se utiliz Hi-C (7) para llevar a cabo un anlisis de todo el
genoma de la mitosis y la mitad de los estados G1, ya que estos representan
los dos estados ms distintas (Figura 2, S6). A continuacin, utiliza tanto 5C y
HiC los datos para el estudio de las caractersticas de organizacin de los
cromosomas en los diferentes niveles: compartimentos en el escala de
cromosomas, y los ADT en la escala sub-megabase. Uso de vector propio
descomposicin, ICE (26), se obtiene perfiles de compartimentos. En G1, un
perfil compartimento y alterna interacciones preferenciales entre regiones de
un mismo tipo de compartimento (Figura S7) son observado (Figura 2B), que
est de acuerdo con estudios anteriores sobre la no sincronizada clulas (7,
27). Compartimiento perfiles extrados de 5C de acuerdo con Hi-C en la figura
Chr21 (S8), y estn altamente correlacionados en G1 temprana, a mediados de
clulas en fase S y G1 (Spearman r> 0,85, P << 10-10).
En las clulas de la mitosis, la compartimentacin desaparece en todo el
genoma (figuras 1, 2), como vector propio descomposicin no detecta un perfil
de compartimento que alterna a lo largo de la longitud de un brazo
cromosmico. En consonancia, las interacciones preferenciales entre
compartimentos extrada de los datos G1 Hi-C, o entre regiones con contenido
similar GC o similar marcas de la cromatina en interfase, se pierden en la
mitosis (Figura S7).
En una escala sub-megabase, se han encontrado cromosomas estar compuesto
de TADs (9, 10). A TAD es una regin cromosmica contigua que interacta en
gran medida con s mismo y es elativamente aislado de sus vecinos directos
genmicas. TADs se han identificado por su patrn de preferenciales
interacciones ascendentes o descendentes: en gran parte aguas abajo en el
inicio de un TAD, y en gran parte de aguas arriba en el extremo (9). Estamos
cuantificar la seal por el TAD-log2 ratio de aguas arriba a aguas abajo
interacciones de cada regin genmica. En la interfase, la seal TAD es
prominente a lo largo de todos los cromosomas (Figura 1, 2c), en consonancia

entre Hi-C y 5C en Chr21 (r = 0,73, P <10-10) y es ms prominente en las

clulas mediados de G1 que en G1 temprana y S fases.
En las clulas de la mitosis, la amplitud de la seal TAD est fuertemente
reducido en todos cromosomas; esto es confirmado por 5C en el cromosoma
21. La variacin residual en el seal TAD en clulas mitticas se puede explicar
por la presencia de alrededor de 15% no mitticas en cultivos de clulas
nocodazole-detenido (Figura S9). A alta sincrona (98%) de datos mittico
muestra una mayor prdida de las ETA (Fig S10). Hi-C realiz a 4 veces ms
baja de formaldehdo concentracin (0,25%) mostr resultados similares, lo
que indica que la prdida de ompartimentos y TADs no es debido a la sobre
entrecruzamiento de cromosomas condensados (Figuras S11, S12). Nosotros la
conclusin de que la presencia de los compartimentos de gran escala y las ETA
sub-MB se pierde la mayora en metafase.
Se repiti el anlisis de la interfase y metafase cromosoma conformacin en
dos otros tipos de clulas: clulas K562 eritroides y humana primaria
fibroblastos de prepucio (HFF1) (Figura 2D, S13, S14). En la interfase, los tres
tipos de clula compartimentos A / B, pero sus ubicaciones son diferentes
(Figura S15). Por el contrario, los datos de Hi-C para los cromosomas mitticos
son sorprendentemente similares para los tres tipos de clulas, que muestra la
prdida de compartimentos y TADs, leaqding a la interaccin homognea
prcticamente idntico para todos los mapas de cromosomas. As, durante el
ciclo celular cromosomas en interfase se alternan entre organizaciones
especficas del tipo de clula y una De tipo celular universal y del tipo de
cromosoma mittico conformacin invariante.
Dos niveles de organizacin de los cromosomas mitticos
Como los cromosomas pueden ser entendidas como polmeros largos,
examinamos cmo el contacto probabilidad P (s) derivado de mapas Hi-C
depende de la distancia genmico, s, entre un par de loci en cada brazo
cromosmico (Figura 3). Esta dependencia es informativo de la Estado de
polmero subyacente (28-30). P (s) para la interfase y mitticas son
cromosomas sorprendentemente diferentes, siendo muy consistentes entre los
tipos de clulas (Figura 3A). A diferencia de a la interfase, cromosomas
mitticos muestran una disminucin lenta en contacto probabilidad P (s) ~ s0.5 de 100 Kb a 10 Mb, seguido de una rpida cada de a ~ 10 Mb. Estas
caractersticas se observan para todos los cromosomas independientemente de
su longitud (Figura 3B), y son robustos a los detalles de un Hi-C experimento y
los mtodos utilizados para calcular P (s) (Figuras S16).
Los dos regmenes en metafase P (s) sugieren que la cromatina se organiza de
manera diferente por encima de y por debajo de 10 Mb. Regiones separadas
por ms de 10 Mb rara vez en contacto entre s y por lo tanto ocupar

posiciones espaciales distintas; esto es consistente con la organizacin lineal

conocida de cromosomas mitticos, donde las regiones consecutivas ocupan
posiciones longitudinales consecutivos (abajo). Por el contrario, loci dentro de
cualquier regin de 10Mb continua con frecuencia en contacto entre s. De este
modo los cromosomas mitticos pueden ser considerados como una estructura
lineal ordenada por encima de 10 Mb que consiste en capas espacialmente
mixtos de ~ 10 Mb (Figura 3B).
Para entender organizacin de los cromosomas mittico dentro de una capa de
10 Mb se compar la P (s) observada con la del glbulo de equilibrio y los
estados de polmero glbulo fractal. La estado de glbulo fractal tiene P (S) ~
s-1 y se caracteriza por la segregacin espacial de los diferentes regiones
(Figura 3C). Por el contrario, el estado de equilibrio glbulo exhibe una meseta
en P (s) (es decir, P (s) ~ s0 ), Y se caracteriza por un alto grado de mezcla
entre las diferentes regiones de la polmero. El P (s) observada ~ s-0,5 en la
metafase cae en el medio P (s) para estos dos estados lo que indica un nivel
intermedio de la mezcla espacial. Por lo tanto, mientras que el trabajo previo
encontr que el estado de glbulo fractal fue consistente con la interfase P (s)
a partir de 500 kb a 7Mb (7), una diferente Se necesita modelo de polmero
para dar cuenta de la muy diferente P (s) para los cromosomas mitticos.
modelado de polmero de organizacin de los cromosomas mittico
A continuacin desarrollamos y probamos los modelos de polmero del estado
final doblado de un mittico cromosoma. Desde los detalles de la ruta de
plegamiento y conformaciones iniciales son desconocidos, estudiamos los
modelos de polmero de equilibrio (Mtodos). Para cada modelo, hemos
generado una conjunto de conformaciones, simulado Hi-C experimentos de
este conjunto, y se evalu su capacidad de reproducir las principales
caractersticas de los datos de Hi-C: el P (s) observado (Figura 3B) y una
homognea mapa interaccin conjunto de la media (Figura 1, 2, S17). Estamos,
adems, se requiere que los modelos tienen el cromosoma conocida geometra
cilndrica, embalaje de la cromatina densidad (~ 70Mb por 1um de cromtida
(31)) y lineales organizacin de cromtidas mittico (32). Hemos modelado
77MB de la cromatina (por ejemplo Chr17: 1um largo y de dimetro 0.5um)
como un polmero de monmeros 128.000, cada uno equivale a 3 nucleosomas
(aproximadamente 600 pb), con una dimetro de 10 nm y una longitud de
persistencia de 4 monmeros (10-12 nucleosomas) (33). Nosotros eligi estos
parmetros para representar mejor una fibra de 10 nm (Mtodos), ya que la
capacidad de penetracin de la fibra de 30 nm in vivo se ha convertido en cada
vez ms controvertida (22, 34, 35). Otras simulaciones tienen muestran que
nuestros principales resultados se mantienen para una fibra de 30 nm, as
como para una fibra de 10 nm ms flexible (Figura S18), y nuestros resultados
son relativamente insensibles a la estructura local de la cromatina fibra.
modelos de polmero se simularon utilizando la dinmica de Langevin con

interacciones y restricciones especficas para cada modelo. Cuenta para la

actividad de la topoisomerasa II (36, 37) por permitiendo fibras de cromatina
que pasar por los dems y por lo tanto cambiar el estado topolgico de un
cromosoma (mtodos, (38)); esto se logra mediante el establecimiento de un
coste de energa finita para dos monmeros que ocupan el mismo volumen.
En primer lugar, hemos probado si un modelo de equilibrio con una
combinacin de geometra cilndrica y organizacin lineal es suficiente para
reproducir el P (s) observado (Figura 4A, S19). Este modelo impone
organizacin lineal al restringir monmeros para tener media reproducible
posiciones longitudinales con una desviacin estndar de 120 nm a lo largo del
eje del cromosoma, como observado mediante microscopa (32). Las
simulaciones de este modelo generan un cromosoma de capas conformacin,
donde la cada en contacto probabilidad P (s) surge de forma natural en
alrededor de 10 Mb, lo que demuestra que la organizacin lineal y una cada de
la probabilidad de contactos estn conectados (Tambin figura S19, Pelcula
M1). Sin embargo, en contraste con los datos de Hi-C, los modelos limitados
solamente por la geometra cilndrica y organizacin producto lineal P (s) con
una meseta desde 200kb a 10 Mb (Figura 4A), y son muy mezclado dentro de
una capa, similar a un equilibrio glbulo (Figura 3C, S20).
Se evaluaron dos clases principales de modelos para los cromosomas
mitticos: modelos jerrquicos (20, 21) y Bucles / modelos de andamio (15, 18,
19). En los modelos jerrquicos, la fibra de cromatina se pliega sucesivamente
en una fibra ms gruesa en cada nivel jerrquico. Los modelos con tanto
looping y torsin solenoidal en cada nivel se llevaron a cabo por las
restricciones sobre distancias y ngulos entre subconjuntos de monmeros
(Figura 4B, S21, S22). Encontramos que aunque plegado jerrquica puede
producir cromosomas con la geometra lineal y correcta organizacin, la
probabilidad de contacto para estos modelos disminuy mucho ms
bruscamente de lo observado en Hi-C (Figura 4B, S22). Esto indica que los
modelos jerrquicos coartan excesivamente la fibra de cromatina, como la
mayora de los contactos se producen localmente, dentro del nivel de primera y
segunda fibras.

Para el estudio de modelos con bucles que emanan de un andamio (17, 18),
que induce la formacin de bucles consecutivos, atrados por sus bases a un
andamio central, e impusieron ordenacin lineal y geometra cilndrica (Figura
4C, Pelcula M2). Para formar bucles consecutivos elegimos al azar subconjunto
de posiciones genmicas como bases de bucle; a continuacin, cada base de
bucle fue conectado por armnica bonos para inmediatamente anterior y las
bases de bucles subsiguientes a lo largo del cromosoma (Mtodos). Este
proceso forma una serie de bucles que no se solapan consecutivos con una

distribucin exponencial de longitudes de bucle. Para cada longitud media del

bucle, que equilibra la sistema (Figura S23) y se encontr que los modelos de
cromosomas con bucle tamao promedio 80kb reproducirse cerca a P
experimental (s) (Figura 4C, S18), y el rendimiento de mezclado
moderadamente organizacin de la cromatina dentro de las capas (Figura S20,
Pelcula M3, M4 pelcula). Sorprendentemente, una modelo exento de andamio
con 120Kb consecutiva bucles todava logra una buena concordancia con P
experimental (s) (Figura 4C, S18). Esto se debe a la proximidad espacial de
vecinos bucles consecutivos, y explica cmo las interacciones (~ 100 Kb) de
corto alcance puede aumentar el contacto probabilidades mucho ms tiempo
sobre rangos (~ 5 Mb) (Figura S24). Loop tamaos para nuestro mejor ajuste
modelos de cerca estn de acuerdo con las mediciones anteriores: 80Kb (39);
30-90Kb (18), 83 +/- 29Kb (40).
Los modelos con el nico atractivo de un andamio (Figura S19), o con bucles no
consecutivos (Figura 4D), son incompatibles con P (s) experimental. Adems,
clula a clula en la variabilidad posiciones y tamaos de bucle se requiere
para reproducir la poblacin promediada homognea Hi-C mapas (Figura S17).
En su conjunto, las matrices estocsticas de bucles consecutivos, ya sea dentro
o fuera el andamio, son esenciales para el acuerdo con los datos de Hi-C.
Un proceso de dos pasos para el plegado cromosoma mittico
En nuestros modelos de polmero, organizacin de los cromosomas mittico es
descrito por dos caractersticas principales: matrices de bucles consecutivos
80-120 kb y ordenacin lineal de loci separados por ms de 10Mb. bucles
consecutivos se podran formar por compactacin lineal de la fibra de
cromatina (41) por loop-extrusin de SMC que contienen complejos en la
profase temprana, por ejemplo, como lo propone Alipour y Marko (42). Tambin
se han propuesto Arrays de bucles para mittica y meitica organizacin de los
cromosomas en base a consideraciones citolgicas y moleculares (43). bucles
consecutivos se asemejan a un modelo bottlebrush polmero (Fig 5, S24), que
tiene previamente han sugerido como un modelo para los cromosomas
condensados (33). La segunda caracterstica, lineal ordenar por encima de 10
MB, se impuso en nuestros modelos de bucle consecutivos del estado plegado
definitiva (Figura 4C), pero podra surgir naturalmente de la compresin axial
de larga profase cromosomas, por ejemplo, (19, 37, 41, 43). La compresin no
se puede lograr mediante el aumento cromatina-cromatina afinidad por s sola,
ya que esto llevara a la condensacin en un globular geometra (17, 33, 42).
Sin embargo, los mecanismos que comprimen localmente la columna vertebral
formada por bases de bucle permiten, naturalmente, para la compresin
anisotrpico activo en un ms corto y ms grueso cromosoma, con el mismo
ancho independientemente de la longitud del cromosoma (14).
Adicionalmente,las diferencias en la duracin o la eficiencia de la primera y
segunda etapas de cromosmica condensacin proporcionar un mecanismo

natural de las protenas relacionadas con condensacin de forma separada

afectar la duracin cromosoma mittico y la anchura (23).
Estas consideraciones nos llevaron a proponer un modelo en el que los
cromosomas mitticos estn formados por una proceso de dos etapas (Figura
5): primero, un cromosoma interfase se compacta de forma lineal en una serie
de bucles consecutivos, formando una cromtida profase-como de ~ 5 um de
longitud y 1 um ~ en dimetro. En segundo lugar, este cromtida se somete a
compresin axial homognea (Mtodos).
Hemos simulado el primer estado mediante la creacin de una serie de bucles
consecutivos, es decir, sin explcitamente extrusin bucle de modelado (ver
arriba). Para simular la segunda etapa, se impuso interacciones entre las bases
de bucle cercanos, y los bucles de forma concomitante condensados utilizando
mal disolvente condiciones. conformaciones resultantes adquieren de forma
natural la geometra cilndrica cromosmica, ordenacin lineal y demostrar
buen acuerdo con experimental Hi-C y microscopa datos (Figura 5, S20,
Pelcula M5, M6).
Discusin
La interfase y mitosis estados representan dos funcionalmente distintos en tres
dimensiones organizaciones del genoma. Encontramos que los cromosomas
mitticos conservan muy pocos o ninguno de las caractersticas estructurales
que definen los cromosomas en interfase. Sorprendentemente, encontramos
que la metafase cromosomas adquieren una organizacin similar en diferentes
tipos de clulas. Esto plantea la importante cuestin de cmo la informacin
epigentica se hereda a travs de la mitosis, cuando la transcripcin gran parte
cesa y muchas protenas, incluyendo la ARN polimerasa, se disocian de
cromosomas. Los modelos actuales de la memoria epigentica implican la
retencin de la transcripcin clave Factores y protenas de arquitectura de la
cromatina en oncogenes ( "marcador" (44)), pero los papeles de orden superior
plegable de la cromatina tambin se han propuesto (45). En los cromosomas
mitticos, no slo encontramos que la segregacin espacial a gran escala en la
celda especfica del tipo A / B compartimientos se pierde, sino que se pliegan a
nivel local y conservadora entre los tipos de clulas son las ETA Tambin en
gran medida ausentes. Adems, los mapas de interaccin mittico
homogneos si no se presenta evidencia de la aparicin de nuevos
compartimentos, incluyendo la falta de preferencial interacciones dentro de las
bandas cromosmicas. Estas observaciones implican que de orden superior
tienen estructuras de la cromatina para formar de novo a principios de G1 y no
llevan a s mismos memoria epigentica. Es posible que su re-emergencia en
G1 temprana es impulsado por la histona marcas, la metilacin del ADN, y
complejos de protenas que permanecen en el ADN a travs de la mitosis, por

ejemplo, en los lmites de TAD (46), o en elementos reguladores de genes clave

(47).
Nuestro modelo propuesto de un cromosoma en metafase como una matriz de
comprimido consecutiva bucles (figura 4C) con el apoyo de varias
caractersticas estructurales descritos anteriormente. Imaging los estudios han
demostrado que los loci individuales no ocupan posiciones axiales
reproducibles (32). Adems, las regiones cromosmicas contiguos de <1Mb no
llenan una seccin transversal radial completa del cromosoma mientras que las
regiones de varios Mb hacer (48). Reproducido por nuestro modelo, stos
caractersticas son consistentes con una mezcla incompleta dentro de una
capa de 10 Mb (Figura S20). Promedio longitudes de bucle de 80-120 Kb, lo que
mejor reproduce P (s) experimental en nuestros modelos, estn de acuerdo con
las estimaciones previas de longitudes de bucle (18, 39, 40). Seguimos siendo
agnstico sobre el papel de un andamio, como los modelos con compacta y
difusa, o sin andamio de acuerdo con los datos igualmente bien Hi-C (Figura
S26). Adems, los bucles en nuestros modelos son irregulares y formaran un
uniforme densidad 'fusin', de acuerdo con los ltimos estudios de EM y SAXS
(22, 49) (Figura S20).
Un aspecto importante que hace que nuestro modelo propuesto del
cromosoma mittico diferente de propuestas anteriores. Varios modelos
clsicos asumieron un plegado muy estructurado con regularidad solenoides,
los bucles de longitud fija, o de distintos niveles jerrquicos. Nuestros consiga
el modelo acuerdo con los experimentos anteriores y nuestros datos Hi-C
mediante la incorporacin de la variabilidad en absoluto niveles de ensamblaje:
diferencias clula a clula-en posiciones de bucle y longitudes, y substancial la
mezcla dentro de una capa de 10 Mb. Por otra parte, los modelos clsicos de
solenoidal y jerrquica plegado requerira maquinaria capaz de manipular la
cromatina en la micra y megabase mltiples escala; Del mismo modo, un
modelo de polmero propuesto recientemente (50) implica un mecanismo para
controlar la formacin de bucles de largo alcance. Nuestro modelo, por el
contrario, en gran medida propone formacin de bucle local seguido de una
compresin lineal de la columna vertebral resultante de bucle bases,
permitiendo que el resto de la fibra de cromatina de permanecer en gran
medida un conjunto desordenado. Los El uso de mecanismos de plegado
locales y la falta de un estricto control de secuencia impulsada hace que este
De dos etapas mecanismo de plegado robusto con respecto a los tamaos de
los cromosomas, composiciones y reordenamientos genmicos. Observamos
que la resolucin actual de nuestros datos no descarta el uso de diferentes
subconjuntos de elementos de secuencia especficos como bases de bucle en
diferentes clulas. Los estudios futuros realizaron a una resolucin ms alta,
por ejemplo, a travs de la secuenciacin profunda de Hi-C bibliotecas, una
sola clula de Hi-C y a varios tiempos a travs de la profase y telofasetemprana G1, puede dar lugar a una visin de la organizacin escala ms fina

de los cromosomas y la intrincada vas que conectan interfase y estructuras

cromosmicas mitticas plegable.
Material suplementario
Consulte la versin web en PubMed Central para el material complementario.
Expresiones de gratitud
se pondrn a disposicin del pblico todos los datos a travs de ArrayExpress.
Apoyado por becas de la National Cancer (Instituto de Ciencias FsicasOncologa del Centro del MIT U54CA143874 a LAM) y el Genoma Humano
Nacional Instituto de Investigacin (HG003143 a JD), el Human Frontier Science
Program (JD), y una Fundacin W.M Keck joven erudito distinguido en la beca de
investigacin mdica (JD). Agradecemos a J. A. Stamatoyannopoulos y R.
Humbert para el diseo de parte de los cebadores 5C, Corey Smith y Anita
Hawkins para la ayuda tcnica, Jennifer Benanti de proporcionando HFF-1
celular stock y discusin, M. Walhout, laboratorio Dekker y Mirny los miembros
del laboratorio para las discusiones, las UMMS ncleo secuenciacin profunda
para 5C secuenciacin y bibliotecas Hi-C.