ESTRUCTURA FILOGEOGRFICA Y ESTADO DE LA ESPECIE DENDRAGAPUS OBSCURUS EN EL

ESTE DE LAS MONTAAS ROCOSAS.

Ruth Yesenia Escorcia
Biloga. Universidad Nacional de Colombia.
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INTRODUCCIN
Los efectos del cambio climtico y los ciclos glaciales en el oeste de Norteamrica, han sido de
gran importancia en el estudio de la especiacin y distribucin de fauna y flora (Hubbard
1973). Analizar secuencias de mtADN, hace posible detallar eventos vicariantes, expansiones
poblacionales e historias biogeogrficas de las poblaciones (Arbogast & Kenagy 2001).
El gallo de las Rocosas o urogallo azul, Dendragapus obscurus, es una especie de ave galliforme
de la familia Phasianidae que habita en el borde de bosques de conferas y mixtos de las
regiones montaosas del oeste de los bosques de las Montaas Rocosas de Norte Amrica,
desde Alaska hasta el norte de Mxico. Son residentes permanentes pero se mueven cortas
distancias caminando y con vuelos cortos hacia las reas con bosques ms densos en invierno,
con el extrao hbito de moverse hacia altitudes mayores en el invierno. Esta especie est
cercanamente relacionada con Dendragapus fuliginosus.
Dada la distribucin de la especie, la cual atraviesa varias zonas biogeogrficas y basados en
una aproximacin filogeogrfica, se evalu el efecto de los quiebres biogeogrficos en esta
especie. Se escogieron 22 poblaciones, con el fin de estudiar su conectividad y el efecto de las
zonas de transicin sobre la distribucin gentica de la especie. Dos poblaciones ubicadas en la
pennsula de California, en paisajes con transicin del centro peninsular y regin tropical a
desrtica, nueve poblaciones ubicadas sobre el Desierto de Sonora y doce ubicadas en el valle
Central de California.
Se usaron mtodos filogeogrficos para estudiar la variabilidad, estructura gentica e historia
poblacional del urogallo azul, D. obscurus al oeste de Norte Amrica y relacionarla con los
patrones biogeogrficos descritos usando secuencias de la regin control del mtADN. Las
secuencias de ADNmt presentan una amplia gama de las tasas de sustitucin y la regin del
ADNmt utilizado, tiene rpida evolucin que se utiliza para describir las diferencias
interespecficas entre las poblaciones.
Los objetivos del presente trabajo fueron caracterizar la diversidad gentica de D. obscurus a lo
largo de su rango de distribucin utilizando marcadores moleculares mitocondriales,
determinar los patrones de estructuracin espacial de la diversidad gentica en las
poblaciones y conocer si existe algn tipo de diferenciacin aloptrica en las poblaciones de D.
obscurus.

MATERIALES Y METODOS
Zonas de muestreo y Colecta de muestras.
Un total de 158 individuos de 22 poblaciones de D. obscurus provenientes del suroeste de
Estados Unidos y noreste de Mxico, al oeste de las Rocky Mountain, fueron muestreados. La
ubicacin geogrfica de cada provincia biogeogrfica es mostrada en la figura 1.

Fig. 1. Distribucin de las poblaciones muestreadas de D. obscurus

Anlisis Moleculares.
Inmediatamente despus de la coleccin de los individuos, se extrajo un par de plumas
remeras para la extraccin de ADN. Los datos genticos se obtuvieron a partir de la
secuenciacin del ADN mitocondrial de la regin Citocromo Oxidasa I (COI) amplificado
mediante primers anteriormente descrito y se realizaron anlisis moleculares, estimando
parmetros de diversidad gentica como nmero de haplotipos (H), diversidad haplotpica
(Hd) y diversidad Nucleotdica (), as como la construccin de una red de haplotipos con TCS
1.2 y una reconstruccin filogentica bayesiana utilizando Mega 6.0. Adicionalmente se
calcularon test de neutralidad como la prueba de neutralidad selectiva D de Tajima y Fs de Fu.
Se estimaron los parmetros de estructura gentica de las poblaciones por medio de un
AMOVA (Anlisis de Varianza Molecular) usando el programa Arlequin 3.1.
Por ltimo se realizaron las pruebas de SAMOVA y Barrier para determinar discontinuidades
genticas.
RESULTADOS
Para las 22 poblaciones analizadas, se encontraron 11 haplotipos (5 compartidos y 6 nicos),
de 987 loci, 27 sitios polimrficos y 17 sustituciones. La diversidad haplotpica encontrada fue
de 0.688 (0.6876 +/- 0.0237) y nucleotdica de 0.0034 (0.005262 +/- 0.002834).

Se observ que los haplotipos A, B, C y D, fueron los ms frecuentes (70, 51, 14 y 14

respectivamente) (Tabla 1), restringiendo el Haplotipo A y D, a las poblaciones del norte de las
Islas de montaa de Arizona, el Haplotipo C a la pennsula de California y el Haplotipo D al sur
de Arizona y norte de Mxico (Fig 2).
Tabla 1. Frecuencia de haplotipos en las poblaciones de D. fuliginosus
P_3

P_4

P_5

P_6

P_7

P_8

P_9

P_10

P_11

P_12

P_13

P_14

P_15

P_16

P_17

P_18

P_19

P_20

P_21

P_22

H_A
H_B
H_C
H_D
H_E
H_F
H_G
H_H
H_I
H_J

Frec P_1 P_2

70
51
14
14
3
1
1
1
1
1

0
0
5
0
2
1
1
0
1
0

0
0
9
0
1
0
0
0
0
0

0
4
0
0
0
0
0
0
0
0

0
5
0
0
0
0
0
0
0
1

0
7
0
0
0
0
0
0
0
0

0
7
0
0
0
0
0
0
0
0

0
7
0
0
0
0
0
0
0
0

0
7
0
0
0
0
0
0
0
0

0
7
0
0
0
0
0
0
0
0

0
7
0
0
0
0
0
0
0
0

0
0
0
7
0
0
0
0
0
0

10
0
0
0
0
0
0
0
0
0

7
0
0
0
0
0
0
0
0
0

7
0
0
0
0
0
0
0
0
0

6
0
0
0
0
0
0
0
0
0

7
0
0
0
0
0
0
0
0
0

7
0
0
0
0
0
0
0
0
0

3
0
0
2
0
0
0
1
0
0

7
0
0
0
0
0
0
0
0
0

6
0
0
1
0
0
0
0
0
0

7
0
0
0
0
0
0
0
0
0

3
0
0
4
0
0
0
0
0
0

H_K

Las poblaciones 1 y 2, comparten los haplotipos C, G, F, I y E; las poblaciones 3 a la 10,

comparten el haplotipo B; la poblacin 3 tiene un haplotipo nico (H_K) al igual que la
poblacin 4 (H_J); las poblaciones 11, 18, 20 y 22, comparten el haplotipo D y las poblaciones
12 a la 22, comparten el haplotipo A (Fig. 2.).

Fig 2. Distribucin de los 11 haplotipos con su aproximacin geogrfica.

Con respecto a los parmetros de estructura gentica de las poblaciones, se encontr que la
mayor diferencia se encontr entre poblaciones con un 84.8% y la menor diferencia dentro de
poblaciones con un 15.2% (Tabla 2).
Tabla 2. Anlisis de Varianza Molecular (AMOVA) para las poblaciones de D. fuliginosus.
d.f.

Suma de cuadrados

Varianza

Entre poblaciones

21

65.478

0.42416

84.8

Dentro poblaciones

136

10.338

0.07602

15.2

Total

157

75.816

0.50018

100

El valor del ndice de fijacin Fst obtenido (0.8480) sugiere una diferenciacin gentica
poblacional muy grande.
El valor de Gst obtenido fue de 0.785, indicando una estructuracin gentica en las
poblaciones y el valor de Nst fue de 0.797 (Diferenciacin allica). La relacin de estos valores
indica que puede haber un poco de estructura geogrfica, aunque no es muy marcada,
explicando la varianza entre poblaciones.
Los resultados de las pruebas de neutralidad D de Tajima (0.2277) y la Fs de Fu (0.3389) fueron
positivos pero no mostraron valores significativos (P=0.65200), lo que demuestra que las
poblaciones de D. fuliginosus pudieron haber sufrido un cuello de botella reciente. Los
resultados de la prueba de distribucin de Mismatch (Promedio: 1.4), ejecutada con 1000
rplicas de bootstrap, no muestra patrones claros (Fig. 3), sin embargo es probable que las
poblaciones de D. fuliginosus, hayan sufrido de varios periodos de cuello de botella seguidos
de una expansin poblacional (Fig. 3).

Fig. 3. Distribucin de Mismatch para la regin de ADN mitocondrial estudiada.

Con respecto a la reconstruccin gentica Bayesiana, se determinaron dos clados

aparentemente bien soportados, que dividan las poblaciones 1 y 2 o las de la pennsula de
California, con las de la poblacin 12 a la 22. Las poblaciones 3 a la 11, no muestran un patrn
bien definido, sin embargo es visible su agrupacin en otro clado (Fig 4).

Fig. 4. Reconstruccin Bayesiana para las poblaciones de D. obscurus

Por otro lado, el nmero de grupos que maximizan la proporcin de la varianza gentica total
debida a diferencias entre grupos (Fct) obtenido con Samova fue de tres (Fig. 4), dividiendo las
poblaciones por la transicin del centro peninsular y el Desierto de Sonora y por la regin
tropical a desrtica de las Islas de montaa de Arizona y el este del Valle central de California.
Barrier por su parte, mostr tres discontinuidades de flujo gnico parecidas a las encontradas
en Samova con una divisin en la Sierra Nevada de Estados Unidos (Fig. 5).

Fig. 5. Resultados de Barrier y Samova para las poblaciones estudiadas.

DISCUSIN
Los patrones de diversidad demuestran que las poblaciones de D. fuliginosus, poseen una alta
diversidad gentica a nivel de especie, una baja diversidad nucleotdica y una marcada
estructuracin gentica con poca estructura geogrfica, mostrando que el valor de
diferenciacin allica (Nst) es mayor al valor de la estructura gnica (Gst). El valor de Fst
demuestra que existe una alta diferenciacin poblacional.
Los anlisis filogenticos de la secuenciacin de la regin del mtADN resultaron en la
identificacin de tres clados de haplotipos que fueron congruentes con las regiones
biogeogrficas y se observa que existe una tendencia al agrupamiento de las poblaciones de la
pennsula de California, las poblaciones del desierto de Arizona y las poblaciones cercanas a la
Sierra Nevada.
Probablemente el haplotipo A, es el ancestral, debido a su alta frecuencia definida en trminos
de abundancia y frecuencia relativa (70 individuos). Del mismo modo se encuentra un segundo
haplotipo bien distribuido, el haplotipo B (51 individuos), encontrndose en 10 de las 22
poblaciones.
Los valores positivos de la D de Tajima muestran que algunos alelos se encuentran bajo
seleccin positiva (por ejemplo, seleccin balanceadora) y/o que la poblacin probablemente
ha sufrido un cuello de botella reciente o est en decrecimiento, esto puede corroborarse con
la distribucin de Mismatch, aunque no muestre patrones claros.

Finalmente, la alta diferenciacin gentica de las poblaciones sugiere que existe poco flujo
gnico entre las poblaciones, lo cual podra tener consecuencias graves para la especie. Las
barreras geogrficas existentes, son un impedimento para la existencia de una continuidad
gentica.

BIBLIOGRAFA

Arbogast, B. S. & Kenagy, G. J., 2001. Comparative phylogeography as an integrative

approach to historical biogeography. Journal of Biogeography, 28: 819825.

Hubbard JP. 1973. Avian evolution in the aridlands of North America. Living Bird, 12,
155196.

ESTUDIO DE LA VARIABILIDAD GENTICA DEL UROGALLO AZUL (DENDRAGAPUS OBSCURUS)

PARA PROPSITOS DE CONSERVACIN
Ruth Yesenia Escorcia
Biloga. Universidad Nacional de Colombia.
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INTRODUCCIN
El gallo de las Rocosas (Dendragapus obscurus) es una especie de ave galliforme de la familia
Phasianidae que habita en los bosques de las Montaas Rocosas de Amrica del Norte. Est
tan cercanamente relacionado con Dendragapus fuliginosus, que se debate si son o no
especies separadas.
A pesar de que esta especie es vulnerable a la prdida de hbitat por actividades como el
pastoreo y la explotacin forestal, la mayor parte de su rea de distribucin se encuentra en
las escarpadas montaas o a otros territorios escasamente poblados por los seres humanos. Es
popular como ave de caza, pero su migracin de otoo en el bosque denso reduce la
mortalidad de caza.
Para facilitar la conservacin de la especie, es necesario un mayor entendimiento de la
diversidad gentica dentro de ella, as como las relaciones existentes entre cada genotipo que
la conforma. Por esta razn, el objetivo principal de este estudio fue determinar si existe o no
una divisin en subpoblaciones desde el punto de vista gentico para, en el futuro, disear
planes de conservacin y recuperacin de la especie.

METODOLOGA
Zonas de muestreo y obtencin de muestras.
Un total de 192 individuos de 22 poblaciones de D. obscurus provenientes del suroeste de
Estados Unidos y noreste de Mxico, al oeste de las Rocky Mountain, fueron muestreados. La
ubicacin geogrfica de cada provincia biogeogrfica es mostrada en la figura 1.

Fig. 1. Distribucin de las poblaciones muestreadas de D. obscurus

Se obtuvieron un par de las plumas remeras de cada individuo para la extraccin de ADN; la
concentracin y calidad del ADN se evalu por fluorometra y por electroforesis en gel de
agarosa al 0.8%, respectivamente.
Genotipificacin
Se genotipificaron y evaluaron 8 loci de marcadores SSR con una amplia cobertura del genoma,
elegidos anteriormente en varios estudios de diversidad. Los fragmentos de microsatlites
fueron amplificados con una reaccin en cadena de la polimerasa (PCR), cuyo protocolo fue
llevado a cabo en un termociclador Byorad iCycler (Biorad Laboratories, Inc., CA, USA),
utilizando un volumen total de 25ul de mix de PCR que contena 10ng de ADN, buffer DE PCR al
1X, MgCl2 al 50 mM, 0.625 mM de cada dNTPS, 0.8uM de cada primer y 1U de Biolase DNA
polimerasa (Bioline USA Inc., Taunton, MA). Las condiciones de reaccin para la PCR
consistieron inicialmente de desnaturalizacin a 95C por 15 minutos, seguido por 35 ciclos a
94C por 30 segundos, a 62C por 30 segundos y a 72C por 30 segundos, siendo finalizada con
un ciclo de extensin a 72C por 7 minutos.
Estimacin de la diversidad y diferenciacin gentica
Los anlisis de diversidad y diferenciacin gentica fueron desarrollados a partir de los datos
de 8 marcadores SSR seleccionados. La lectura de las bandas y la determinacin de su peso se
realiz con el programa Quantity one (Bio-Rad. Inc). Las frecuencias allicas y los valores de
heterocigocidad fueron hallados con Genalex. El anlisis de varianza molecular entre y dentro
de poblaciones, fue hallado con el programa Arlequin 3.1. Se empleo el programa de
STRUCTURE para establecer las distancias genticas de Nei (1973) entre poblaciones a partir
de una matriz de datos y posteriormente la relacin filogentica fue inferida desde el

alineamiento usando el mtodo de Neighbor Joining con un valor de bootstrap de 1000

mediante el programa informtico Mega 4.
RESULTADOS Y DISCUSIN
El nmero de alelos observados para los locus, varan entre 3 y 9. De los 8 locus, 6 tienen una
alta heterocigocidad y 2 medianamente baja (Tabla 1).
Tabla 1. Estadsticos de resumen de los alelos encontrados.
Locus#

Copias de genes

No. de alelos

Het. Obs.

Het. Exp.

G-Wstat.

14

14

0.89011

0.18919

0.42857

0.6044

0.27273

14

0.42857

0.38462

0.13043

14

0.85714

0.83516

0.46154

12

0.83333

0.83333

0.22581

12

0.83333

0.81818

0.24

12

0.92424

0.25806

12

0.93939

0.2093

Media

13

6.125

0.79762

0.77868

0.24838

S.D.

2.027

0.22399

0.17778

0.09058

El anlisis de varianza molecular result en una diferenciacin del 91% dentro de las
poblaciones y tan solo un 9% entre poblaciones, lo cual indica la diferencia gentica en las
poblaciones (Tabla 3). Fst mide la variacin de las frecuencias allicas entre poblaciones, y por
tanto la diferenciacin gentica entre ellas; en este estudio, el valor relativamente alto del
ndice de fijacin (0.06258), demostr que existe una alta diferenciacin gentica en las
poblaciones, pero un bajo flujo gnico, apuntando hacia la homogeneidad en las poblaciones e
indicando un alto coeficiente de endogamia para los loci estudiados. Valores entre 0.05 y 0.15
de Fst indican una moderada diferenciacin gentica entre poblaciones (Yeh 2000).
Tabla 2. AMOVA de las poblaciones de D. obscurus.
Entre Pobs
En Pobs
Total

df

SS

MS

Est. Var.

23
168
191

99.169
414.764
513.932

4.312
2.469

0.231
2.469
2.700

9%
91%
100%

Con respecto a los patrones allicos, las poblaciones 13, 5 y 12, tienen la mayor cantidad de
alelos diferentes; las poblaciones 1 y 5 tienen la mayor cantidad de alelos efectivos en la
poblacin y las poblaciones 12 y 17 poseen el mayor nmero de diferentes alelos con una
frecuencia >= 5% (Fig. 2).

Fig. 2. Patrones allicos, de las poblaciones. Na = No. de diferentes alelos; Na (Freq >= 5%) = No. de diferentes
alelos con una frecuencia >= 5%; Ne = No. de alelos efectivos; I = Indice de Shannon; No. Private Allelez = No. de
alelos nicos en una poblacin; No. LComm Alleles (<=25%) = No. de alelos comunes (Freq. >= 5%) hallados en 25%
o menos poblaciones; No. LComm Alleles (<=50%) = No. de alelos comunes (Freq. >= 5%) encontrados en 0% o
menos poblaciones; He = Heterocigocidad esperada; uHe = Heterocigocidad esperada no sesgada.

La figura 3 muestra un rbol gentico en el que se aprecia una distancia bastante considerable
entre las poblaciones 5, 7, 10, 11 y 14, con el resto del grupo, sin embargo este rbol de
consenso sin raz no mostr ninguna tendencia geogrfica especfica, no siendo congruente
con patrones biogeogrficos.

Fig. 3. rbol filogentico confeccionados a partir de las distancias genticas interpoblacionales de Nei, (1987)

Con el programa de STRUCTURE se obtuvo que la estimacin de K (nmero de poblaciones) no

mostr ninguna estructura grupal en los datos analizados. Cada barra representa un individuo
diferente y los colores explican el patrn gentico presente en las poblaciones. Las poblaciones
6, 8 y 14 muestran una fraccin un poco mayor de uno de los patrones, lo cual indica algo de
estructuracin (Fig. 4).

Fig. 4. Anlisis de Fst para cada poblacin

BIBLIOGRAFA

NEI, M. 1973. Analysis of gene diversity in subdivided populations. Proc. Natl. Acad. Sci.
USA 70: 3321-3323.
NEI, M. 1987. Molecular Evolutionary Genetics. Columbia University Press, Nueva York.
YEH, F. T. 2000. Population genetics. CSIRO Publishing and CABI Publishing.
Collingwood, Australia.