Programa

Direccin URL (para la actualizacin)

Descirpcin

Antheprot 2000 V6.0

http://antheprot-pbil.ibcp.fr
release 1.1.54

Herramienta para el
anlisis de
protenas.

BioEdit 7.0.9

http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

Programa que
contiene mltiples
herramientas para el
anlisis de
secuencias
biolgicas.

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/

Versin standalone
del programa BLAST
para la bsqueda
en bases de datos.

http://www.lg.ndirect.co.uk/chroma/
(descontinuado)

Programa para la
edicin de
alineamientos
mltiples de
secuencias.

http://aig.cs.man.ac.uk/research/utopia/utopia.php

Programa para la
edicin de
alineamientos
mltiples.

ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalW/
http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/

Programa para
calcular
alineamientos
mltiples. Versin
con interfaz en modo
textual (Para DOS y
XP).

Clustalx 2.0.11

ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalX/
http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/

Programa para
calcular
alineamientos
mltiples. Versin
con interfaz grfica
para Windows.

Cn3D 4.1

Programa para la
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3D/cn3d.sh modelacin de
tml
estructuras de
biomolculas.

Blast 2.2.21 ia32 win32

Chroma

Cinema 5.021 beta

Clustalw 2.0.11

DAMBE 5.0.86 para

Windows XP
DAMBE 5.0.86 para
Windows Vista

http://dambe.bio.uottawa.ca/dambe.asp

DeepView 4.0.1

http://ca.expasy.org/spdbv/

Programa para el
anlisis de datos en
Biologa Molecular y
Evolucin.
Visor de estructuras
de SwissProt.
Programa avanzado
para mostrar
archivos PDB y
llevar a cabo

alineamiento
estructural.

http://www.ub.es/dnasp

Programa para
estudiar
polimorfismos de
datos de secuencias
de DNA para
estudios de gentica
de poblaciones y
evolucin molecular.

DSSP

http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/

Programa diseado
por Wolfgang
Kabsch y Chris
Sander para
estandarizar la
asignacin de
estructura
secundaria a partir
de coordenadas 3D.

Fasta 35.4.7

http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_dow Versin standalone

n.shtml
de la suite de
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/fasta/
programas FASTA.

DnaSP 4.20.2

http://www.geneious.com/

Programa con varias

herramientas para el
anlisis y edicin de
secuencias
biolgicas.

http://www.nrbsc.org/downloads/

Programa para la
edicin de
alineamientos
mltiples.

http://hmmer.janelia.org/

Conjunto de
programas para la
creacin de modelos
ocultos de Markov.
Incluye varias
herramientas para el
anlisis de
secuencias, entre
ellas herramientas
para el alineamiento
mltiple. Versin
compilada para
Windows.

Jalview editor versin

2.2.1

http://www.jalview.org/Web_Installers/install.htm

Programa para
editar alineamientos
mltiples de
secuencias

jModelTest

http://darwin.uvigo.es/

Geneious 3.5.6

GeneDoc 2.7 (32-bits)

HMMER 2.3.2

Es un nuevo
programa para la
seleccion de un

modelo filogentico
empleando Phyml.
Implementa los
mtodos hLRTs,
dLRTs, AIC, BIC y
DT methods (10
Abril 2008).

Macawz

Mage Display 6.44

MDL-Chime 26 SP7

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/schuler/macaw/

Programa para el
alineamiento de
secuencias
mediante bloques de
similitud localizada.

http://kinemage.biochem.duke.edu/software/

Programa para
visualizar imgenes
de molculas
( kinameges ).

http://www.symyx.com

Plug-in para
Netscape o IE para
mostrar molculas
en 2D y 3D.

http://www.megasoftware.net/

Programa para
anlisis filogentico.

http://www.ebi.ac.uk/~lenov/meltinghome.html

Programa para
analizar la
estabilidad de
molculas de cidos
nucleicos.

http://emboss.sourceforge.net
ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/windows/

Coleccin de
programas para
llevar a cabo una
amplia variedad de
anlisis de
secuencias

http://rana.lbl.gov/

Conjunto de
herramientas del
Lawrence Berkeley
National Lab para el
anlisis de datos de
microarreglos.

MODELLER 9v7

http://www.salilab.org/modeller/modeller.html

Programa para
modelacin por
homologa de
estructuras
tridimensionales de
protenas.

MODELTEST 3.7 Y
MrMTGUI

http://darwin.uvigo.es/software/modeltest.html
http://www.genedrift.org/mtgui.php

MEGA 4.0

Melting4.3b

mEMBOSS 6.1.0.1
(EMBOSS para
Windows)

Microarrays Einsen

Programa para la
seleccin del modelo
de substitucin de
nucletidos que
mejor se ajusta a un
conjunto de datos.

MTGUI es una
versin del mismo
que incluye una
interfaz grfica.
http://www.biotechniques.com/
(requiere subscripcin a la revista)

Complemento de
Word para el anlisis
y manipulacin de
secuencias
biolgicas.

http://mrbayes.csit.fsu.edu/download.php

Programa para la
estimacin
bayesiana de
filogena

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/

Este programa es
una versin cliente
del Blast del NCBI
con algunas
propiedades
importantes para
someter la bsqueda
de gran nmero de
secuencias, que no
son proporcionadas
por la versn WEB
de Blast.

http://berry.engin.umich.edu/

OligoArray permite
el diseo de sondas
de cidos nucleicos
para microarreglos
empleados en
estudios de
expresin
diferencial.
OligoArrayAux es
una extensin del
programa mFold de
M. Zuker empleada
para la prediccin de
estructura
secundaria de
acidos nucleicos,
empleada por el
programa OligoArray
durante el diseo de
sondas.

PAML 4.3

http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html

Programa para
calcular rboles
filogenticos por el
mtodos de la
mxima probabilidad
(verosimilitud)

PAUP 4.0

http://paup.csit.fsu.edu/

Programa para

Molecular
BioComputing Suite

MrBayes 3.1.2

NetBlast 2.2.21. ai32

win32

OligoArray 2.1 y
OligoArrayAux 3.7

http://paup.csit.fsu.edu/win.html

Phylip 3.68

anlisis filogentico.
Esta es una versin
de prueba. Expira a
los 6 meses de su
instalacin. La
versin completa es
comercial.

Coleccin de
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html programas para
anlisis filogentico
Programa para el
alineamiento
mltiple de
secuencias
mediante Modelos
Ocultos de Markov

ProAlign 0.5a3

http://ueg.ulb.ac.be/ProAlign/

Probe 2.12

Programa para
evaluar el
empaquetamiento
atmico ya sea
http://kinemage.biochem.duke.edu/software/index.ph dentro o entre
p
molcuas. <Permite
generar diagramas
de puntos de
contacto estrecho
entre atomos.

Procheck v3.5.4

Programa para
verificar la calidad
http://www.biochem.ucl.ac.uk/~roman/procheck/proc
estereoqumica de la
heck.html
estructura de una
protena

PubMed 3D Chem
Viewer

Pymol 1.1

RasMol 2.7.5

http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pc3d/

Programa para la
visualizacin de
molculas.
Especialmente
molculas
pequeas. Se utiliza
para visualizar
molculas de la
base de datos
PubChem
compound del NCBI

http://www.pymol.org/

Programa para la
visualizacin
molecular, con
capacidades
similares a las de
RasMol

http://www.umass.edu/microbio/rasmol/index2.htm

Programa para la
modelacin de
estructuras de
biomolculas.

ReadSeq 2.1.24

Programa para la
conversin de
formatos de
http://iubio.bio.indiana.edu/soft/molbio/readseq/java/ secuencias. Esta
versin requiere
Java 2 para su
funcionamiento.

Reduce 3.13

Programa para
adicionar hidrgenos
http://kinemage.biochem.duke.edu/software/index.ph
a archivos de
p
estructuras de
protenas PDB.

RevTrans 1.4

http://www.cbs.dtu.dk/services/RevTrans/

Programa para
alinear secuencias
de DNA codificantes,
traduciendolas
primero a protenas.
Requiere el lenguaje
Pyton

RNA draw

Programa para
calcular y dibujar
http://iubio.bio.indiana.edu/soft/molbio/ibmpc/rnadra
estructuras
w-readme.html
secundarias de
cidos nucleicos.

http://rna.chem.rochester.edu/

Programa para
prediccin de
estructura
secundaria de
molculas de RNA y
DNA

http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html

Editor de archivos
de alineamiento
mltiple de
secuencias.

http://www.genestudio.com/seqverter.htm

Programa para la
conversin de
formatos de
secuencias.

http://staden.sourceforge.net/

Suite de programas
para el anlisis de
datos de
secuenciacin de
cidos nucleicos.

Stride

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/dos/stride/

Programa para
extraer informacin
de estructura
secundaria a partir
de archivos PDB.

SymyxDraw 3.2

http://www.symyx.com

RNAstructure 4.6

Seaview 4.1

SeqVerter 2.0.4.3

Staden Package 1.7.0

Programa para la
escritura de frmulas
de qumica orgnica,

permite relacionar
frmulas con
modelos
moleculares. Es la
versin sucesora del
programa Isis Draw.
TreeView 1.6.6

UTOPIA

http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html

Programa para la
visualizacin de
rboles
filogenticos.

http://utopia.cs.manchester.ac.uk

Coleccin de
herramientas
interactivas para
analizar secuencia y
estructura