Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006

Manual de NDM/VNDM:
Programas para la identificacin de reas de endemismo
Szumik, Claudia1, Dolores Casagranda1, Sergio Roig Juent 2
1

Instituto Superior de Entomologa - Instituto Miguel Lillo, Miguel Lillo 205, CC 4000,

San Miguel de Tucumn, Tucumn, Argentina, cszumik@csnat.unt.edu.ar

2

Laboratorio de Entomologa, Instituto Argentino de Investigaciones de las Zonas

ridas 9 (IADIZA), CC 507, 5500, Mendoza, Argentina.

AGRADECIMIENTOS:
A Fernando Navarro, Sara Bertelli y Lone Aagesen quienes aplicaron y utilizaron las
primersimas versiones de estos programas, de manera tal que muchas de las
mejoras desarrolladas por Goloboff (gracias Pablo!) fueron gracias a sus aportes y
crticas. A Juan Manuel Daz Gmez, Germn San Blas, Andrs Quiroga, Marcela
Peralta, Luis Grosso, Vivian Scheinsohn, Cecilia Domnguez y Jonathan Liria
quienes valientemente aplican nuestras ideas a sus datos. A Tania Escalante por
darnos el impulso necesario para dar a luz este manual. A Florencia Vera Candioti
por sus comentarios y su agudeza esttica. A Leila Taher por su inters en nuestro
trabajo y su enorme colaboracin como programadora (por hacernos la vida ms
fcil! ). A Mercedes Lizarralde por su indispensable apoyo. Esta documentacin fue
realizada con equipo del INSUE e Instituto Argentino de Estudios Filogenticos.
Finalmente: Saludos a todos los que nos conocen !

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006

NDICE

Breve comentario sobre reas de endemismo

Introduccin al programa NDM-VNDM

Edicin de datos

Edicin de la grilla en VNDM

Origen de la grilla, tamao de las celdas

10

Algunas teclas tiles

10

Cmo rellena la grilla VNDM?

11

Ctrl-s

13

Anlisis de endemicidad

14

Caractersticas de la bsqueda

15

Exploracin de los resultados

16

V <enter> Especies endmicas del rea.

17

Ctrl - c reas parcialmente superpuestas

18

Ctrl - u reas que incluyen al rea analizada

19

Ctrl - w reas incluidas dentro del rea analizada

19

Areas de consenso

20

Metafiles

22

Acerca de los grficos

23

Maneras adicionales de editar datos

24

Cmo se citan los programas?

25

Donde est descripto el mtodo?

25

Trabajos que aplican este mtodo?

25

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006

Qu son las reas de endemismo

Por qu nos importan?
Cuales son los problemas relacionados al tema?

El termino rea de endemismo es utilizado en Biogeografa para referirnos a un

patrn de distribucin particular: un rea geogrfica delimitada por la congruencia
en los rangos de distribucin de, al menos, dos taxones.
Dado que la distribucin de un taxn es producto de factores histricos y actuales,
podemos inferir que aquellos taxones que presentan rangos de distribucin
similares, habran sido influidos de manera similar por dichos factores (Szumik et al.,
2002).
Para poder inferir los procesos que dan origen a las reas de endemismo, un primer
paso imprescindible es su identificacin, es decir, el descubrimiento de los patrones
de distribucin de las especies. Por esto, las reas de endemismo son consideradas
la unidad bsica de anlisis en Biogeografa.
A pesar de su relevancia, el concepto de rea de endemismo ha sido muy discutido,
y su comprensin enfrenta diversos problemas, que pueden ser clasificados como:
a) problemas semnticos, b) problemas asociados a la ausencia de un marco
conceptual claro, y c) problemas analticos (ver Anderson, 1994).

a) Problemas semnticos:
Estos problemas estn relacionados

con la gran cantidad (y diversidad) de

definiciones referidas a los trminos endmico/a, endemismo,

y rea de

endemismo, y a la proliferacin de expresiones utilizadas como sinnimos de rea

de endemismo (tracks generalizados, trazos, elementos biticos, centros de
endemicidad, etc.). Tanto la diversidad de definiciones propuestas para el trmino
rea de endemismo como la variedad de palabras empleadas para hacer
referencia a este patrn, han ocasionado confusiones semnticas respecto a este
tema.

b) Ausencia de un marco conceptual claro:

La dificultad para diferenciar patrones de procesos, se hace evidente al momento de
discutir sobre reas de endemismo. Hay quienes consideran que un patrn de
Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006

distribucin puede denominarse rea de endemismo slo si se reconoce a la

vicarianza como proceso formador del mismo, lo que implica el reconocimiento del
patrn y del proceso que lo origin, en forma simultnea. Adems de la falta de
claridad conceptual que supone, esta idea implica obvias dificultades operativas, ya
que, en la prctica, la descripcin del patrn debe preceder, necesariamente, a
cualquier hiptesis explicativa acerca de los procesos que lo formaron.

c) Problemas analticos:
Durante los ltimos aos se propusieron numerosos protocolos para la delimitacin
de reas de endemismo (ver Morrone, 1994; Linder 1998; Hausdorf, 2002; Hausdorf
& Hennig, 2003; Harold & Mooi, 1994). Varias de estas propuestas fueron
originalmente pensadas para definir otros tipos de patrn, por lo que fueron
construidas sobre supuestos y conceptos tericos que los vuelven inapropiados para
la identificacin de reas de endemismo. Adems el uso indiscriminado de estos
mtodos, basados en principios tericos y procedimientos analticos diferentes,
dificulta ms an la comparacin de hiptesis resultantes.

A continuacin se describen los programas NDM - VNDM que aplican la propuesta

de Szumik et al. (2002) y Szumik & Goloboff (2004). A diferencia de propuestas
previas, este mtodo, al basarse explcitamente en el concepto de reas de
endemismo segn Platnick (1991), incluye el componente espacial y aplica un
criterio de optimizacin durante la evaluacin de las hiptesis y no despus de la
obtencin de estas (Szumik, et al., 2002). Para una descripcin completa del mtodo
ver los trabajos originales.

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006

INTRODUCCIN AL PROGRAMA NDM-VNDM.

Los algoritmos desarrollados en los programas de computadora NDM/VNDM ver. 2.5
(Goloboff, 2005) implementan el mtodo para la identificacin de reas de
endemismo propuesto por Szumik et al. (2002) y Szumik & Goloboff (2004). El
criterio de optimalidad que aplica el programa evala patrones de distribucin sobre
la base del concepto de reas de endemismo. Dado que la distribucin de un taxn
es producto de factores histricos y actuales; si diferentes taxones responden de
igual manera a esos factores debera haber concordancia en los rangos de
distribucin de dichos taxones (Szumik et al., 2002). El criterio evala mediante un
ndice de endemicidad cuntos y cun endmicos son los taxones para un rea
dada. Aquellas reas mejor apoyadas por los datos sern seleccionadas como reas
de endemismo. A semejanza de protocolos anteriores (ver por ejemplo Morrone,
1994) el mtodo est obligado al uso de una grilla de ausencia/presencia de taxones
para

una

regin

dada;

si

bien tambin es

posible trabajar con datos

georeferenciados (ver ms abajo en edicin de datos).

El ndice de endemicidad que proponen Szumik & Goloboff (2004) es simple:

Dada esta grilla, un grupo de celdas (por ejemplo las amarillas) tendr un valor de
endemicidad que depender de cun ajustadas estn las distribuciones de los
taxones "azul", "rojo" y "verde". El taxn azul tendr un valor mximo dado que se
encuentra en cada una de las celdas amarillas y est ausente en el resto de la grilla.
El taxn verde tendr un valor de endemicidad menor dado que est ausente en una
de las celdas amarillas. Por ltimo, el taxn rojo tendr un valor menor an dado

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006

que, si bien est presente en cada una de las celdas amarillas, tambin est
presente en una celda adyacente a dicha rea. El valor de endemicidad del rea
amarilla ser la suma de los ndices de cada taxn endmico que posee.

La formula que aplica esta idea es:

p + (i x Fi) + (a x Fa)
IEx = _________________________________
t + (o x 1/Fo) + (d x 1/Fd) + (n x 1/Fn)

donde:

p: nmero de celdas del rea donde el taxn X est presente.

i: nmero de celdas del rea donde el taxn X est inferido (cuando satisface la
regla de homogeneidad, ver Szumik & Goloboff, 2004).
a: nmero de celdas del rea donde el taxn X est asumido (determinado por el
usuario).
t: nmero total de celdas que tiene el rea.
o: nmero de celdas adyacentes al rea donde el taxn X est presente.
d: nmero de celdas adyacentes al rea donde el taxn X est asumido.
n: nmero de celdas no-adyacentes al rea donde el taxn X est asumido.
Fi factor para presencias inferidas dentro del rea (default 0.50)
Fa factor para presencias asumidas dentro del rea (default 0.75)
Fo factor para presencias observadas fuera del rea (default 0.50)
Fd factor para presencias asumidas adyacentes al rea (default 2.00)
Fn factor para presencias asumidas no-adyacentes al rea (default 0.50).
Estos factores hacen que cada uno de los trminos de la formula sea ms o menos
influyente; todos ellos pueden ser modificados por el usuario, de manera que es
posible tratar las presencias fuera del rea, o ausencias dentro, en forma desde muy
benvola hasta muy estricta (Szumik & Goloboff, 2004).
Cuando una celda satisface la regla de homogeneidad y ha sido registrada por el
usuario como asumida, se utiliza el factor con mayor valor.
Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006

De manera que cuanto ms especies se consideren como endmicas, y mientras

mayor sea su grado de endemicidad, el grupo de celdas estar mejor apoyado
como rea de endemismo (Szumik & Goloboff, 2004).
Los algoritmos desarrollados por Goloboff (financiado por CONICET y GBIF) estn
agrupados en dos programas: NDM que realiza las bsquedas de reas y VNDM
que es el visor del anterior. NDM realiza soluciones heursticas y permite definir un
buen nmero de variables (e.g. modificar las constantes de la formula, dar un tope
mnimo de endemicidad, evaluar y retener subptimos, etc.) y trabaja con lneas de
comandos tipo DOS; sin embargo, con el sistema de ventanas desarrollado en
VNDM no hay necesidad alguna de invocar a NDM directamente. El programa
VNDM edita grillas, enva lneas de comandos de bsqueda a NDM, analiza los
resultados obtenidos por NDM, genera output files, metafiles, y exporta resultados a
otros programas como Global-Mapper. Debe por lo tanto tenerse en cuenta que
ambos programas DEBEN estar en la misma carpeta o en el path. Debe aclararse
que tanto NDM como VNDM son programas gratuitos y de cdigo abierto.

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006

EDICIN DE DATOS.
NDM (el buscador) opera con matrices binarias de presencia/ausencia de especies
por celda. VNDM (el visor) permite trabajar con las coordenadas geogrficas de los
taxones, convirtindolas fcilmente a datos de presencia/ausencia en una grilla.
VNDM permite mltiples formas de generar matrices, lo cual depender de la
informacin original que se posee:
1)- Coordenadas geogrficas. Los datos en forma de coordenadas geogrficas
(latitud/longitud) nos permiten explotar al mximo estos programas. VNDM permite
generar en tiempo mnimo una gran variedad de grillas dado que es posible definir:
origen de la grilla, tamao de las celdas, etc. (ver mas abajo) adems de facilitarnos
la visualizacin y el anlisis de los resultados. En un archivo de texto sin formato
(notepad, editor de DOS, etc.) se incluyen los puntos de ocurrencia para cada taxn
(coordenadas geogrficas x-y), este archivo debe incluir:

Nmero total de especies (taxones). Este nmero debe ser igual

o mayor al total de taxones que se definen.
Comando que indica a VNDM que los datos van en coordenadas
Cada taxn debe ser nombrado con sp #. Entre corchetes se define
(opcionalmente) el nombre del taxn; aqu tambin pueden agregarse
comentarios. A continuacin van las coordenadas para ese taxn.
Estos pueden estar en columna o no.
Punto de ocurrencia (par x-y). Notese que X, el primer punto, corresponde
a Longitud, e Y, el segundo punto, a Latitud. En el caso de que los datos
estn ingresados en forma inversa (Latitud - Longitud) debe incluirse al
principio del archivo el comando transpose. Tambien es posible hacerlo
despues desde el programa seleccionando en Settings la opcin System
of coordinates. Las coordenadas negativas se indican con el signo - antes
de cada nmero. Tambin es posible definir como negativas todas las
Longitudes o Latitudes, agregando al principio del archivo los comandos
xnegative (para Longitud) e ynegative (para Latitud). Las coordenadas
pueden tener 1, 2, 3, 4, decimales (para decimales se usa .).

VNDM reconoce a estas matrices con la terminacin xyd. Sin

embargo el programa puede leer archivos sin terminacin o
con la terminacin txt u otra, siempre y cuando carezca de formato.

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006

En este tipo de matrices VNDM permite poner de fondo los lmites de un mapa. Esto
se logra incluyendo al final del archivo:

map
line
66.217 21.767
66.183 21.783
66.167 21.800
66.117 21.817
66.067 21.833
66.050 21.850
66.050 21.867
66.050 21.883

Cada lnea (mximo 300 lneas) del mapa puede tener hasta 5000 referencias
planas. Ntese que si se termina de definir la pennsula de Yucatn y se pasa a la
costa occidental de Mxico debe definirse una nueva lnea, sino ese salto aparecer
dibujado tambin en el mapa. Tambin es posible editar las lneas en modo grfico y
salvar posteriormente las coordenadas resultantes.

Edicin de la grilla en VNDM. El archivo xyd (el input file) puede ser ledo
arrastrandolo hasta el cono de VNDM, o cliqueando sobre el cono de VNDM y
seleccionando la ruta donde se encuentra el archivo xyd (o, si ya se ha establecido
la asociacin entre la extensin xyd y el programa VNDM, haciendo doble clic en el
archivo mismo):

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006 10

Una vez seleccionado el archivo, VNDM automticamente asigna un origen en los
ejes x e y; adems, genera una grilla de 10 celdas x 10 celdas. Est claro que el
origen y tamao de celdas adecuados dependern de los datos y del usuario.

Origen de la grilla, tamao de las celdas.

Dimensin de las celdas. Ntese que es posible

generar tanto celdas cuadrangulares como
rectangulares.

Dimensin actual de la grilla

Origen de la grilla en los ejes x e y.
Cantidad de taxones cargados
Sets (reas) en memoria
Dimensin actual de las celdas y origen de la grilla

Algunas teclas tiles:

Modifica el tamao de celda

Ctrl

Modifica el origen de la grilla

Pg Up

Pg Down

Modifica el tamao en pantalla de la grilla

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006 11

Cmo rellena la grilla VNDM?
Los puntos que caen sobre el limite de dos celdas son considerados siempre como
presencia observada para ambas celdas; lo mismo vale para los vrtices, en ese
caso las cuatro celdas tendrn presencia observada.
VNDM tambin permite hacer un relleno especial en el caso de aquellos puntos que
caen cerca del lmite de una celda. Debe especificarse el radio de relleno que va de
0 a 100 (el default es 0) y el tipo de relleno: presencia observada (de igual valor que
la celda que posee el punto) o presencia asumida (altamente probable que este
presente, y vale menos que la observada). Este relleno puede tambin hacerse en
forma manual, taxn por taxn, utilizando el mouse (ver ms abajo).

Para rellenar debe irse a la ventana Settings

y optar por Set radius size.

Relleno con presencia observada

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Relleno con presencia asumida

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006 12

Para poder guardar todas las variables definidas para la grilla

de datos (ancho de celda, origen, relleno, etc.) debe irse a la
ventana File y seleccionar la opcin Create matrix from
data points. Esto genera un archivo temporal (tmp.dat) que es
la matriz binaria que luego analizar el programa NDM.

Una vez seleccionada esta opcin, VNDM ya nos muestra la grilla con la totalidad de
puntos de referencia:

Es posible conocer la identidad de una celda

si nos ubicamos con el mouse sobre esta.

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006 13

Con las teclas Ctrl-s se puede visualizar las distribuciones de los taxones:

Nmero del taxn

Cantidad de celdas en que est presente
Nombre del taxn

Celda donde el taxn

tiene presencia asumida

Celda donde el taxn

tiene presencia observada

Aqu es posible eliminar o reincorporar las presencias observadas y asumidas en

forma manual con las teclas del mouse (Settings/AutoEdit, etc.). Es claro que una
vez finalizada la edicin manual debe guardarse con la opcin File/SaveData.

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006 14

ANLISIS DE ENDEMICIDAD.
Si bien las caractersticas de la bsqueda pueden definirse desde VNDM, el anlisis
de endemicidad lo realiza NDM, por tanto ambos programas deben estar en el
mismo directorio para poder comunicarse.

Abre la ventana donde se pueden definir

las caractersticas de la bsqueda
Crea un archivo de instrucciones
para correr NDM bajo Linux

Permite modificar los valores de los factores

(ver ms arriba el detalle de la frmula)

Realiza un anlisis de parsimonia conectndose

con TNT (debe estar en el mismo directorio)

Fa

Fi
Fo
Fd
Fn

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006 15

Ventana de caractersticas de la bsqueda (Analyze with NDM): Las bsquedas

que realiza NDM son heursticas; aqu se comentan brevemente las variables ms
comnmente utilizadas. Para la descripcin de las bsquedas heursticas ver Szumik
& Goloboff (2004).

Durante la bsqueda remplazar

subptimos (por default los
retiene hasta final)

Restringir la bsqueda dentro de un sector

especificado de la grilla. Debe identificarse un
nmero de set dado. Este puede generarse con
el editor manual de la grilla (ver ms arriba).

Swapear una o dos celdas

por vez (esta ltima hace ms
lenta la bsqueda)

Retener slo aquellas reas

con 2 o ms taxones endmicos

Guardar durante la bsqueda

reas 0.990 peores que las ptimas

Retener slo aquellas reas con

un ndice de endemicidad = o > a 2

Memoria

Retener reas superpuestas slo si

tienen X% de especies endmicas nicas

Durante la bsqueda descartar

sets superfluos (por default los
descarta en el chequeo final)

En el clculo del IE del rea tomar en cuenta

la proporcin de celdas que la limitan.

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006 16

EXPLORACIN DE LAS REAS RESULTANTES.

En la primera vista de los resultados podemos obtener informacin bsica acerca de
cada una de las reas obtenidas (con <enter> y <backspace> se avanza o
retrocede):

IE: valor de endemicidad

del rea

Cantidad de celdas que

componen el rea

Nmero total de
reas obtenidas

N del rea que vemos

en pantalla actualmente

rea (set 52)

Adems de estos datos primarios, podemos extraer una buena cantidad de

informacin a travs de una serie de teclas:

v <enter> Indica cuntas y cules taxones endmicos aportan al IE del rea, as como
Los registros que posee y el valor con que contribuyen. v muestra las spp que NO dan
score.
Ctrl + c Compara reas que tienen celdas en comn (parcialmente superpuestas), e informa
diferencias en composicin de especies e IEs de las reas.
Ctrl + u Indica si el rea analizada est incluida en otras, y si este anidamiento es slo
espacial, o si involucra la composicin de especies endmicas.

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006 17

Ctrl + w Indica si el rea analizada incluye otras reas.
Ctrl + f Muestra el total de especies presentes en el rea analizada sean endmicas o no.
Ctrl + 1 Muestra todas aquellas reas de endemismo compuestas por una nica celda.
n Marca aquellas celdas de la grilla de estudio que carecen de datos.
d Elimina reas duplicadas; z muestra reas duplicadas.
Ctrl + m Permite seleccionar reas =, > o < a un valor dado de ie, tamao del rea, etc.
Ctrl + i Invierte la seleccin.
Ctrl + delete Elimina la seleccin.

V <enter> Especies endmicas del rea.

N y nombre de la especie endmica

IE de la especie
IE del rea

No. del rea

El color de la celda hace referencia al

estado de la especie 44 dentro del
rea: ausente, presente y asumida, o
fuera del rea: presente y asumida
Registros de la especie 44 (puntos amarillos)

Dentro del rea: cantidad de celdas donde

la sp. est presente, inferida o asumida

Total de especies que aportan al IE del rea

Fuera del rea: cantidad de celdas donde

la sp. est presente, asumida

Lista de especies que aportan al rea

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006 18

Otras teclas tiles. F1 y F2: modifican el grosor de las lneas de la grilla y de los
registros; <enter> y <backspace>: se avanza o retrocede en la lista de spp
endmicas del rea; Settings/ReportScoreDifferences: permite evaluar con el
mouse las diferencias de score al agregar o eliminar una celda; Shf-m o F12:
guarda el rea en pantalla en un metafile.

Ctrl - c reas parcialmente superpuestas con el rea en vista actual.

N del rea parcialmente superpuesta con el rea analizada

N del rea en pantalla (analizada)
Diferencia de tamao y de IE
entre las reas comparadas
Celdas exclusivas
del rea comparada
Celdas
compartidas

Celdas exclusivas del rea analizada

Cantidad de spp endmicas compartidas
Cantidad de spp endmicas exclusivas del rea comparada
Cantidad de spp endmicas exclusivas del rea analizada

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006 19

Ctrl - u reas que incluyen al rea analizada.

N del rea que contiene al rea analizada

N rea en pantalla (analizada)

Diferencias de tamao y de IE
Celdas correspondientes al rea analizada
y al rea que la contiene

Celdas exclusivas del

rea que contiene

Cantidad de spp endmicas compartidas

Cantidad de spp endmicas exclusivas del rea que contiene
Cantidad de spp endmicas exclusivas del rea contenida

Ctrl - w reas incluidas dentro del rea analizada.

N del rea contenida por el rea analizada

N del rea analizada

Diferencia de tamao y de IE
entre las reas comparadas

Celdas correspondientes
al rea analizada

Celdas del rea incluida

Cantidad de spp endmicas compartidas

Cantidad de spp endmicas exclusivas del rea que contiene
Cantidad de spp endmicas exclusivas del rea contenida

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006 20

REAS CONSENSO.
Como resultado del criterio de bsqueda aplicado por NDM/VNDM, muchas veces
se obtienen reas que difieren levemente en la presencia de algunas celdas o
especies endmicas. En vez de descartar estos resultados, otra posibilidad es
sintetizar toda esa informacin contenida en todas esas reas semejantes en un
rea consenso. Las reas de consenso (Goloboff & Szumik, en prep.) resumen la
informacin contenida en aquellas reas individuales que comparten un porcentaje
dado de especies endmicas, facilitandonos en gran medida la comparacin y
evaluacin de los resultados.
Los consensos pueden clasificarse, segn el criterio aplicado en Consenso estricto
(un rea individual formar parte del consenso siempre y cuando comparta un
porcentaje dado de especies endmicas con todas las reas que componen dicho
consenso) y Consenso flexible (un rea individual ser incluida en el consenso
mientras comparta el porcentaje dado de especies endmicas con alguna de las
reas que componen dicho consenso).

Clculo de reas consenso:

Porcentaje de similitud mnima de especies

endmicas para agrupamiento de reas

Consenso estricto

Consenso flexible

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006 21

No. de consenso

Consensos totales

Cantidad de rea que tiene el consenso actual

reas incluidas en el consenso

Gradiente de valores
de endemicidad de las
reas del consenso

V Muestra cuales son las especies que aportan valor al IE del consenso, y el rango
de valores que toma cada una de ellas en las reas individuales incluidas en el
consenso.

Nmero total de especies

endmicas incluidas en el consenso
Rango de valores de que toma
el IE de una sp. en las reas incluidas

Listado de las spp. endmicas

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006 22

METAFILES. Otra manera de capturar grficos desde NDM/VNDM es mediante la

generacin de metafiles; stos son archivos de imagen (*.emf) que capturan la figura
en pantalla, y posteriormente pueden ser modificados desde cualquier programa de
edicin de imgenes (ej: paint, photoshop, etc.)

La figura que queremos capturar debe estar

visualizada en pantalla. Con las teclas Shfm o F12 se la captura

Metafile (archivo *.emf)

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006 23

ACERCA DE LOS GRFICOS:

Los grficos de las reas de endemismo, as como de las reas de consenso,
pueden capturarse desde NDM/VNDM en formato ascii, para luego ser ledos por
cualquier programa de SIG. Adems de los grficos, el archivo ascii generado
guarda los datos relacionados a las reas, as como tambin los datos de las
especies contenidas en stas. La edicin y mapeo de las figuras se facilita en gran
medida, ya que la informacin espacial (coordenadas geogrficas) est incluidas en
stos archivos.

Generamos un archivo ascii (*.acf) que

contiene la informacin pertinente al rea

Archivo *.acf*

El archivo generado puede ser ledo por cualquier

programa de SIG, permitindonos superponerlo
sobre mapas de vegetacin, divisin poltica, etc.,
facilitndonos el anlisis de los resultados.

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006 24

MANERAS ADICIONALES DE EDITAR DATOS.

Como dijimos mas arriba, adems de los mencionados, existen otras formas de
edicin de grillas (matrices):

Edicin manual desde VNDM. A veces la informacin que se posee est en forma
de mapas, etc. En estos casos esta informacin puede editarse de manera manual:
primero se genera un archivo con datos ficticios (segn se explic al principio), y
luego se rellenan las distribuciones de cada taxn desde VNDM en forma manual.
Estas matrices NO se guardan automticamente, de manera que deben ser
salvarse como archivo de datos de VNDM con la opcin save to logfile o como
matriz binaria con la opcin save data.

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006 25

Edicin de una matriz binaria. En el caso de que los datos originales se
encuentren en formato de matriz binaria, donde las especies son las columnas y las
celdas de la grilla las filas. Las celdas para ser identificadas espacialmente siguen la
siguiente nomenclatura:

A0-0

A0-1 A0-2 A0-3

Este archivo debe leerse slo con NDN desde el DOS

aplicando la siguiente lnea de comandos
ndm archivodedatos lnuevoarchivo.ndm <enter>
Luego parar con la tecla esc
El archivo nuevoarchivo.ndm ya puede ser leido por
VNDM

A1-0 A1-1 A1-2 A1-3

A2-0

A2-1 A2-2 A2-3

Cmo se citan los programas?

Goloboff, P. 2005. NDM/VNDM ver. 2.5. Programs for identification of areas of
endemism. Programs and documentation available at
www.zmuc.dk/public/phylogeny/endemism

Donde est descripto el mtodo?

Szumik C., F. Cuezzo, P. Goloboff & A. Chalup. 2002. An optimality criterion to
determine areas of endemism. Syst. Biol. 51: 806-816.
Szumik C. & P. Goloboff. 2004. Areas of endemism. An improved optimality criterion.
Syst. Biol. 53:968-977.

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)

Manual NDM-VNDM, Szumik, Casagranda & Roig 2006 26

Trabajos que aplican este mtodo?

Aagesen, L., C. Szumik, F. Zuloaga, & O. Morrone. 2005. reas endmicas y

comunidades de Gramneas en la provincia de Jujuy, noroeste de Argentina.
XXX Jornadas Argentinas de Botnica: 117.
Bertelli S., C. Szumik, P. Goloboff, A. Navarro, A. Townsend Peterson & J. Cracraft.
2005. Identification of Areas of Endemism in Mexico. AOU: 417.
Daz Gmez, J.M. 2005. Los Liolaemus de la Puna Argentina: identificacin de reas
de endemismo con NDM y PAE. VI Congreso Argentino de Herpetologa: 16.
Domnguez M.C., S. Roig-Juent, J.J. Tassin, F. Ocampo & G. 2006. Flores. Areas
of endemism of the Patagonian steppe: an approach based on insect
distributional patterns using endemicity analysis. J. Biogeogr. 33:1527-1537.
Casagranda D. & E. Lavilla. 2005. Anuros de Nordeste Argentino: Identificacin de
Patrones biogeogrficos. II Congreso Brasilero de Herpetologa.
Navarro F., F. Cuezzo, M. Lizarralde de Grosso & C. Szumik. 2004. reas de
endemismo en las yungas argentinas: un anlisis de endemicidad aplicado a
insectos. V Reunin Argentina de Cladstica y Biogeografa: p. 46.
Roig-Juent S., C. Szumik & D. Casagranda. 2004. Determinacin de las reas de
endemismo de Amrica del Sur Austral: un ejemplo aplicando el criterio de
optimalidad. V Reunin Argentina de Cladstica y Biogeografa: 60.
Szumik C. & S. Roig-Juent. 2005. Criterio de optimalidad para reas de
endemismo: El caso de Amrica del Sur Austral. [en Regionalizacin
biogeogrfica en Iberoamrica y tpicos afines Morrone & Llorente
Bousquets (eds). UNAM] pags. 495-508.
Brusquetti F., Casagranda D., 2005. Anuros de Paraguay: Anlisis de endemicidad y
riqueza de especies. VI Congreso Argentino de Herpetologa: 39.

Instituto Argentino de Estudios Filogenticos, Ao V, Vol. (3)