BAB I

PENDAHULUAN

1.1.

Latar Belakang
Sel merupakan satuan struktural terkecil fungsional mahluk hidup dimana

keberadaannya sangat berpengaruh terhadap kepribadian dan tingkah laku dari masingmasing mahluk hidup.Maka dari itu penulis ingin sedikit menguraikan yang berkaitan
dengan sel diantaranya protoplasma. Untuk dikatakan sebagai benda hidup, makhluk hidup
atau organisme bernyawa diperlukan pemenuhan ciri-ciri diantaranya yakniterdapat
protoplasma
Protoplasma merupakan suatu bagian yang terdiri atas bahan yang kompleks dan
terlindung dengan baik.Protoplasma biasa dikenal dengan sebutan sel. Berbeda dengan
benda tak hidup atau benda mati yang tidak memiliki protoplasma.Lihat saja batu atau
komputer yang tidak memiliki protoplasma atau sel, sehingga disebut dengan benda
mati.Sel hidup harus memiliki protoplas, yaitu bagian sel ada di bagian dalam dinding sel.
Protoplasma dibedakan atas komponen protoplasma dan non protoplasma.
Komponen protoplasma yaitu terdiri atas membran sel, inti sel, dan sitoplasma
(terdiri dari organel-organel hidup).Komponen non protoplasma dapat pula disebut sebagai
benda ergastik.

1.2.

Tujuan Penulisan
Adapun tujuan dari penulisan makalah ini adalah sebagai berikut :
1.2.1. Untuk mengetahui apa yang dimaksud dengan Protoplasma
1.2.2. Untuk mengetahui konsep dasar fisika dan kimia protoplasma
1.2.3. Untuk mengetahui konsep dasar enzym, sifat enzym, dan mekanisme kerja
enzyme

1.3.

Manfaat Penulisan

Pentingnya permasalahan yang ada untuk dijawab melalui penulisan makalah ini
diharapkan dapat memberikan informasi ilmiah tentang Sifat Faal Protoplasmasehingga
bermanfaatsebagai bahan rujukan bagi para pelajar atau masyarakat akademis yang akan
mempelajari tentang materi tersebut.

BAB II
2

TINJAUAN PUSTAKA

2.1. Protoplasma
Penomena biologis tidak terlepas dari proses kimia dan fisika begitu pula
protoplasma yang memiliki sifat faal protoplasma. Komposisi kimiawi protoplasma
kurang lebih tersusun dari 36 unsur kimia diantaranya Hidrogen dan Oksigen.
Presentase senyawa-senyawa dalam protoplasma
Senyawa organis

Senyawa anorganis

Protein

15%

Air

78 %

Lipid

4,5 %

Garam-garam mineral

1%

Karbohidrat

1,4 %
Beaver dan Noland, 1966.
Tabel 2.1. Presentase Senyawa - Senyawa Dalam Protoplasma

Umumnya 80% protoplasma tersusun atas air yang merupakan senyawa penting.
Air merupakan senyawa solvent dimana kebanyakan senyawa-senyawa lain larut atau
terdapat bebas, saling memengaruhi. Selain itu air juga merupakan medium dimana proses
kehidupan berlangsung ( Radiopoetro, 1996)
Protoplasma merupkan substansi dasar kehidupan yang terdapat pada semua sel
makhluk hidup yang memegang peranan penting dalam proses biosintesa dan bioenergi.
Sifat kimia protoplasma

membahas tentang unsur-unsur dan senyawa penyusun

protoplasma, adapun senyawa-senyawa tersebut antara lain Air 78,3%, protein 15,2%,
lipida 4,8%, karbohidrat 1,4%. Jumlah masing-masing senyawa tersebut bervariasi
tergantung dari jenis dan umur sel. Fungsi air ialah sebagai pelarut yang baik bagi
senyawa organik maupun anorganik, sebagai medium dispersi, pelarut elektrolit,
mempertinggi tegangan permukaan, membantu berlangsungnya reaksi dalam metabolisme,
transportasi zat makanan.
Elemen utama sebuah sel adalah protoplasma.Protoplasma pada semua sel terdiri
atas dua komponen utama, yaitu air dan komponen anorganik / komponen organik.Dari
reaksi reaksi kimia yang terjadi antara senyawa senyawa inilah yang mengakibatkan
adanya gejala - gejala kehidupan di protoplasma.Gejala kehidupan itu misalnya
metabolisme, tumbuh, bergerak, berkembang biak, sirkulasi zat, dan lain - lain.

Misalnya

yang

mudah

respirasi,

fotosintesis,

sintesis

lemak,

dan

lain

lain.Komponen-komponen anorganik terdiri atas air, garam-garam mineral, gas oksigen,

karbon dioksida, nitrogen, dan ammonia. Komponen organik terutama terdiri atas
karbohidrat, lipida, protein, dan beberapa komponen-komponen spesifik seperti enzim,
vitamin, dan hormon
Pada sel hewan dan tumbuhan, protoplasma mengandung sekitar
a. 75-85% air,
b. 10-20% protein
c. 2-3% lipida
d. 1% karbohidrat
e. dan 1% zat-zat anorganik lainnya (De Robertis et al., 1975).
Sehingga air terlihat merupakan komponen utama.Dan bila semua senyawa senyawa organik itu diurai menjadi unsur - unsurnya maka terlihat Carbon ,Hidrogen ,
Oksigen, dan Nitrogen ( CHON) merupakan empat unsur utama yang ada di dalam
protoplasma / Unsur Makro.
Agar

jelas

presentasenya

ini

kami

sajikan

sampai

berapa

presentasenya ,Sachspernah melakukan experimen dengan cara Analisa abu, dengan

membakar organ daun hingga menjadi abu dengan menghilangkan unsur air yang
mendominasi.

Berikut tabel analisis yang ada komponen / unsur unsur penyusun protoplasma.
Unsur

Presentase

Oksigen (O)

62 %

Karbon ( C )

20 %

Hidrogen ( H )

10 %

Nitrogen ( N )

3%

Kalsium ( Ca )

2,5 %

Pospor ( P )

1,14 %

Klor ( Cl )

0, 16 %

Sulfur ( S )

0, 14 %

Kalium ( K )

0,11 %

Natrium ( Na )

0,10 %

Magnesium ( Mg )

0, 07%

Besi ( Fe )

0,10 %

Yodium ( I )

0, 014 %
Tabel 2.2. Analisis Unsur - Unsur Penyusun Protoplasma

Jadi analisa abu bisa digunakan untuk mengetahui bahwa protoplasma tidak hanya
tersusun atas air, namun juga senyawa diluar air, adanya senyawa diluar air, dengan
menghilangkan air nya secara otomatis tersisa abu, abu itulah setelah dianalisa tersusun
atas unsur unsur diatas, unsur itu dipastikan penyusun Karbohidrat (CHO), lemak (CHO)
dan Protein (CHON)..
Air merupakan komponen sel yang dominan berfungsi sebagai bahan pengsuspensi
zat-zat organik dengan molekul besar seperti protein, lemak, dan pati. Dalam hal tersebut,
air merupakan medium dispersi dari sistem koloid protoplasma.

2.2. Enzim
Enzim adalah golongan protein yang paling banyak terdapat dalam sel hidup.
Sekarang, kira-kira lebih dari 2.000 enzim telah teridentifikasi, yang masing-masing
berfungsi sebagai katalisator reaksi kimia dalam sistem hidup. Sintesis enzim terjadi di
5

dalam sel dan sebagian besar enzim dapat diperoleh dengan ekstraksi dari jaringan tanpa
merusak fungsinya.
Sebagai katalisator, enzim berbeda dengan katalisator anorganik dan organik
sederhana yang umumnya dapat mengatalisis berbagai reaksi kimia, Enzim memiliki
spesifitas yang sangat tinggi, baik terhadap reaktan (substrat) maupun jenis reaksi yang
dikatalisiskan. Pada umumnya, suatu enzim hanya mengatalisis satu jenis reaksi dan
bekerja pada suatu susbstrat tertentu. Kemudian, enzim dapat meningkatkan laju reaksi
yang luar biasa tanpa pembentukan produk samping dan molekul berfungsi dalam larutan
encer pada keadaan biasa (fisiologis) tekanan, suhu, dan pH normal. Hanya sedikit
katalisator nonbiologi yang dilengkapi sifat-sifat demikian.

BAB III
PEMBAHASAN

3.1.

Pengertian Protoplasma
Protoplasma (Latin, proto = pertama, plasma = substansi); substansi dasar

kehidupan yangterdapat pada semua sel makhluk hidup Yang memberi nama; Purkinye
(1840).Nukleoplasma : plasma yang terdapat di dalam inti sel.Sitoplasma : plasma yang
terdapat di antara membran plasma dengan membran nukleus.Sitoplasma memegang
peranan vital pada semua sel makhluk hidup sebab semua proses biosintesa & bioenergi
terjadi di dalam sitoplasma.Sitoplasma terdiri dari 2 bagian; matrix (tampak transparan,
homogen dan menyerupai koloiddan organel)
3.2.

Susunan Kimia Protoplasma

Ada 36 unsur (dari 108 unsur) yang diketemukan pada protoplasma;

Unsur

Presentase

Oksigen (O)

62 %

Karbon ( C )

20 %

Hidrogen ( H )

10 %

Nitrogen ( N )

3%

Kalsium ( Ca )

2,5 %

Pospor ( P )

1,14 %

Klor ( Cl )

0, 16 %

Sulfur ( S )

0, 14 %

Kalium ( K )

0,11 %

Natrium ( Na )

0,10 %

Magnesium ( Mg )

0, 07%

Besi ( Fe )

0,10 %

Yodium ( I )

0, 014 %

Tabel 3.1. Susunan Kimia Protoplasma

Unsur-unsur lain yang jumlahnya sedikit;

Tembaga ( Cu ), Kobal ( Co ), Mangan (Mn), seng (Zn), molibdenum (Mo), boron
(Bo), Silikon (Si), dan sebagainya. Presentase beratnya kurang lebih 0,756%.Unsur-unsur
kimia ini pada protoplasma ada yang berbentuk persenyawaan maupun dalam bentuk ionion.Yang berbentuk persenyawaan dapat berbentuk persenyawaan anorganik maupun
organik.
3.2.1. Persenyawaan Anorganik Pada Protoplasma
a. Air (H2O)
b. Garam-garam Mineral
c. Senyawa anorganik yang berbentuk gas
d. Asam & Basa
A. Air (H2O)
Merupakan persenyawaan anorganik yang terbanyak pada protoplasma (60-95%),
tergantung pada jenis sel (sel yang muda lebih banyak mengandung air), umur, tempat
hidup (makhluk hidup yang hidup di dalam air lebih banyak mengandung air), dan
sebagainya.
Fungsi air;
i.
ii.
iii.
iv.
v.

Pelarut bahan-bahan anorganik

Media dispersi yang baik untuk sistem koloid pada protoplasma.
Stabilisator suhu
Pelarut elektrolit
Media transpor

Media yang baik untuk proses metabolismeair :

i.

Di dalam sel, air terdapat dalam dua bentuk,

ii.

Dua bentuk itu yaitu bentuk bebas dan bentuk terikat.

iii.

Air dalam bentuk bebas mencakup 95% dari total air di dalam sel.

iv.

Umumnya air berperan sebagai pelarut dan sebagai medium dispersi sistem
koloid. Air dalam bentuk terikat mencakup 4-5% dari total air di dalam sel

v.

Kandungan air pada berbagai jenis sel bervariasi diantara tipe sel yang berbeda.
8

vi.

Kandungan air (persen dari berat basah total) pada hati tikus 672%, otot rangka
tikus 76% , telur bintang laut 77%, E. coli 73%, dan biji jagung 13% tentu
berbeda beda karena lingkungan dan perannya

vii.

Air merupakan medium tempat berlangsungnya transpor nutrien, reaksi-reaksi

enzimatis metabolisme sel dan transpor energi kimia

viii.

Di dalam sel hidup, kebanyakan senyawa biokimia dan sebahagian besar dari
reaksi-reaksinya berlangsung dalam lingkungan cair.

ix.

Air berperan aktif dalam banyak reaksi biokimia dan merupakan penentu penting
dari sifat-sifat makromolekul seperti protein

x.

Karena struktur Air mempunyai produk ionisasinya seperti ion O+ dan H maka
sangat mempengaruhi berbagai sifat komponen penting sel seperti enzim, protein,
asam nukleat, dan lipida.

xi.

Hal yang sering muncul sebagai contoh, aktivitas katalitik enzim sangat
tergantung pada konsentrasi ion H+ dan OH-

xii.

Karena itulah , semua aspek dari struktur dan fungsi sel harus beradaptasi dengan
sifat-sifat fisik dan kimia air.

Dari uraian di atas, dapat disimpulkan bahwa air merupakan komponen sel yang dominan
dan berfungsi untuk :
i. Pelarut berbagai zat organik dan anorganik, misalnya berbagai jenis ion-ion,
glukosa, sukrosa, asam amino, serta berbagai jenis vitamin.
ii. Bahan pengsuspensi zat-zat organik dengan molekul besar seperti protein, lemak,
dan pati. Dalam hal tersebut, air merupakan medium dispersi dari sistem koloid
protoplasma.
iii. Air merupakan media transpor berbagai zat yang terlarut atau yang tersuspensi
untuk berdifusi atau bergerak dari suatu bagian sel ke bagian sel yang lain.

iv. Air merupakan media berbagai proses reaksi-reaksi enzimatis yang berlangsung di
dalam sel.
v. Air digunakan untuk mengabsorbsi panas dan mencegah perubahan temperatur
yang drastis atau mendadak di dalam sel.
vi. air sebagai bahan baku untuk reaksi hidrolisis dan sintesis karbohidat . misal dalam
fotosintesis
B. Garam- Garam Mineral
Garam-garam yang terdapat pada protoplasma ada dalam bentuk ion bebas ada juga
yang terikat pada molekul lain misalnya dengan molekul protein atau lemak.Garam-garam
ini berfungsi mengatur tekanan osmotik sedangkan ion-ion garam menentukan struktur
makromolekul.Contoh : garam fosfat, karbonat, klorida, sulfat dari kalsium, natrium dan
magnesium.
a. Kandungan garam-garam mineral pada berbagai tipe sel sangat bervariasi
b. Di dalam sel, garam-garam mineral dapat mengalami disosiasi menjadi anion
dan kation.
c. Bentuk-bentuk anion dan kation tersebut dinamakan ion.
d. Ion-ion dapat terlarut di dalam cairan sel atau terikat secara khusus pada
molekul-molekul lain seperti protein dan lipida.
Secara umum, garam-garam mineral memiliki dua fungsi yaitu :
a. Fungsi osmosis, dalam arti bahwa konsentrasi total garam-garam terlarut
berpengaruh terhadap pelaluan air melintasi membran sel
b. Fungsi yang lebih spesifik, yaitu peran seluler setiap ion terhadap struktur dan
fungsi dari partikel-partikel seluler dan makromolekul.
Berbagai jenis garam-garam mineral sangat penting untuk kelangsungan aktivitas
metabolisme sel, misal-nya ion Na+ dan K+,ion Na+ dan K+, berperan dalam memelihara
tekanan osmosis dan keseimbangan asam basa cairan sel.Retensi ion-ion menghasilkan
10

peningkatan tekanan osmosis sebagai akibat masuknya air ke dalam sel.Ion-ion kalsium
dijumpai dalam sirkulasi darah dan di dalam sel.Di dalam tulang, ion-ion kalsium
berkombinasi dengan ion-ion fosfat dan karbonat membentuk kristalin.Fosfat dijumpai di
dalam darah dan di dalam cairan jaringan sebagai ion-ion bebas, tetapi fosfat di dalam
tubuh banyak terikat dalam bentuk fosfolipida, nukleotida, fosfoprotein, dan gula-gula
terfosforilasi (De Robertis et al., 1975).
Di dalam sel juga terkandung berbagai jenis gas yang berasal dari lingkungan atau
dihasilkan oleh metabolisme sel.Beberapa gas yang terdapat di atmosfer dapat masuk ke
dalam sel misalnya gas oksigen (O2), karbon dioksida (CO2), dan gas nitrogen (N2).Di
dalam sel, oksigen berperan untuk mengoksidasi bahan-bahan makanan.Karbon dioksida
selain berasal dari lingkungan luar, juga dihasilkan dalam oksidasi bahan makanan sebagai
hasil sampingan.
C. Senyawa Anorganik Yang Berbentuk Gas
Gas yang terdapat pada protoplasma berbentuk larutan; gas Oksigen (O 2), Nitrogen
(N2) dan gas asam arang (CO2).Gas O2 pada suhu 250C dan tekanan/ atmosfir pada air
murni dapat larut 2,83 ml O 2/100 ml air.Kelarutan gas CO2 dalam air agak lain. Beberapa
molekul gas CO2 yang larut dapat bereaksi dengan air.
CO2 + H2O H2CO3
H2CO3 H+ + HCO3Asam karbonatdan Asam bikarbonat. CO2 dapat bereaksi dengan air membentuk
asam karbonat yang selanjutnya mengalami disosiasi membentuk ion hidrogen dan
bikarbonat dengan reaksi sebagai berikut :
CH12O6 + 6 CO2 --------> 6 H2O + 6 CO2 + Energi
CO2 + H2O -------> H2CO3
H2CO3 ---------> H+ + HCO3Umumnya karbon dioksida di dalam sel berada dalam bentuk bikarbonat ataukarbonat

D. Asam dan Basa

Asam dan basa anorganik yang terdapat pada protoplasma, misalnya asam klorida
(HCl), dan basa kalium hidroksida (KOH).

11

3.2.2. Persenyawaan Organik pada Protoplasma

Dapat berupa;
a. Karbohidrat
b. Lemak
c. Protein
d. Asam Nukleat

A. Karbohidrat
Sangat vital untuk proses-proses fisiologi di dalam sel makhluk hidup.Berdasarkan
fungsinya, dikelompokkan menjadi;
a. Karbohidrat yang sederhana sebagai sumber energi di dalam sel
b. Karbohidrat yang berantai panjang sebagai cadangan energi
c. Karbohidrat yang berantai panjang sebagai komponen struktural organel dan
bagian sel lainnya.
Empat kelompok besar Karbohidrat :
a. Monosakarida (Triosa (3 C), Tetrosa (4 C), Pentosa (5 C), Heksosa (6 C).
b. Disakarida (mengandung 2 molekul monosakarida; sukrosa, maltosa & laktosa).
c. Oligosakarida (golongan ini merupakan zat-zat yang menghasilkan 3-10
monosakarida pada hidrolisa).
d. Polisakarida (Amilum, Glikogen, Inulin, Selulosa, Heteropolisakarida (Kitin,
Chondroitin sulfat, heparin, mucoprotein & glycoprotein).
B. Lipida
Lipida : persenyawaan organik yang banyak terdapat pada sel makhluk hidup yang
mempunyai sifat tidak larut di dalam air tetapi dapat larut pada pelarut organik misalnya
eter, kloroform, alkohol panas dan benzen. Lemak adalah non polar dan hidrophobi.Pada
sel makhluk hidup lemak berfungsi sebagai struktural misalnya komponen membran
plasma, hormon, vitamin.Juga berfungsi sebagai sumber energi dan cadangan energi sel
makhluk hidup.
Lipida dapat diekstraksi dari jaringan sel tumbuhan maupun hewan dengan
menggunakan pelarut lemak. Hasil ekstraksi menghasilkan campuran lemak yang
12

kompleks antara lain; trigliserida, wax, fosfolipida, glikolipida, bermacam-macam sterol

dan senyawa - senyawa lainnya.
Macam-macam Lipida yang terdapat pada sel makhluk hidup :
a. Lipida sederhana ; ester alkohol/ Trigliserida yang asam lemak dan alcohol.
b. Lipida Gabungan ;ester asam lemak yang pada hidrolisa menghasilkan asam
lemak, alkohol dan zat-zat lain. Lipida gabungan yang terdapat pada
protoplasma; fosfolipida, spingolipida, glikolipida, gangliosida, lipoprotein,
karatinoid.
c. Turunan Lipida; steroid, struktur dasar molekulnya cincin C-17 yaitu
siklopentano perhidopenatron. Steroid yang terdapat pada protoplasma sek
hewan; hormon kelamin, vitamin D, cholesterol, kortikosteron & estradiol.
C. Protein
Merupakan polimer dari asam amino.Asam amino yang terdapat pada protoplasma;
a. Asam amino netral; Glysin, Alanin, Valine, Leusin, Isoleusin, Serin,
Theonin.
b. Asam amino asam; asam aspartat, asam glutamat
c. Amida asam amino; Aspargin, Glutamin
d. Asam amino basa; Histidin, Arginin, Lysin
e. Asam amino aromatik; Phenylalanin, Tirosin, Tryptofan.
f. Asam amino yang mengandung sulfur; Cysteine, Methionin
g. Asam amino sekunder; Prolin Hydroksiprolin
Asam amino esensial & non esensial :Ada 10 macam asam amino essensial; L-methionin,
L-Threonin, L-valin, L-Leosin, L-isoleusin, L-Lisin, L-Arginin, L-Phenilalanin, LThriptophan & Histidin.Bila asam amino berhubungan dengan ikatan peptida maka
terbentuklah dipeptida, tripeptida, polipeptida.Protein merupakan polimer dari asam amino
yang berantai panjang.
Penggolongan Protein berdasarkan komposisi kimia yang dihasilkan pada proses
hidrolisaProtein Sederhana (bila dihidrolisa hanya menghasilkan asam amino; misalnya;
albumin dan globulin)Protein gabungan; bila dihidrolisa menghasilkan asam amino dan
persenyawaan lainnya; Glikoprotein (protein & karbohidrat), Nukleoprotein, Kromoprotein
(protein & bahan zat warna; haemoglobin & haemiosianin), Lipoprotein, Fosfoprotein
(gugusan fosfat dan asam amino; kasein pada susu), Metaloprotein (protein yang
mengandung metal).
Penggolongan Protein pada protoplasma :
a.Protein Primer (struktur molekulnya terdiri dari asam amino yang tersusun
secara linier dengan ikatan peptida),
13

b.

Protein sekunder (struktur molekulnya terdiri dari beratus-ratus

asam amino yang tersebar secara spiral)
c.Protein tertier (struktur molekulnya terdiri dari beberapa rantai polipeptida
yang dihubungkan dengan ikatan sulfur; misal; globulin)
d.
Protein quarter (struktur molekulnya mengandung 2 ikatan atau
lebih peptida yang berikatan dengan ikatan kovalen yang lemah; misal;
haemoglobine)
D. Asam Nukleat
Ada 2 macam asam nukleat yang terkenal; ARN (Asam Ribosa Nukleat) & ADN
(Asam Deoksiribosa Nukleat).Fungsi Asam Nukleat ;
a.Mengontrol aktivitas biosintesa pada sel.
b.
Membawa informasi genetic.
Struktur ARN & ADN merupakan polimer nukleotida.Hasil hidrolisa nukleotida
menghasilkan gula (ribosa/ deoksiribosa), basa nitrogen (purin (adenin dan guanin) &
pirimidin (sitosin, timin & urasil).
Persamaan dan Perbedaan Molekul RNA dan DNA
a.
b.

RNA
Mengandung gula Ribosa
Mengandung molekul asam fosfat yang
menghubungkan gula yang satu dengan
gula lainnya.
Terdiri dari 1 rantai nukleotida
Molekulnya mengandung 4 macam
nukleotida yaitu uridinmonopospat, sitidin
monopospat, guanin monopospat &
adenosin monopospat
Berperan membawa informasi genetik
pada sintesa protein
Terdapat pada nukleolus, nukleoplasma &
sitoplasma

c.
d.

e.
f.

DNA
a. Mengandung gula deoksi Ribosa.
b. Mengandung asam Fosfat yang
menghubungkan gula yang satu dengan gula
lainnya.
c. Terdiri dari 2 rantai nukleotida (double helix)
d. Molekulnya mengandung 4 macam nukleotida
yaitu timin monopospat, deoksisitidin
monopospat, deoksiguanosin monopospat dan
deoksiadenosin monopospat
e. Merupakan material genetic
f.Terdapat pada kromosom, nukleoplasma &
mitokondria

Tabel 3.2. Persamaan dan Perbedaan Molekul RNA dan DNA

3.3.

Sifat - Sifat Fisika Protoplasma

3.3.1. Protoplasma Memiliki Sifat Fisika Antara Lain :
a. Memiliki sifat mekanik.
b. Kekentalannya (Viscosity) dapat berubah-ubah karena pengaruh factor
dalam dan luar.
c. Mempunyai kemampuan untuk mereduksi.
d. Terjadi elektroforesis.
e. Bila protoplasma yang merupakan sistem koloid ini disinari dengan sinar
lampu listrik pada suatu ruang yang gelap akan memberi efek Tyndall.
14

f. Molekul-molekul (partikel) pada sistem koloid protoplasma bergerak secara

zig-zag (gerak Brown (1872)). Gerak Brown pada protoplasma
kecepatannya tergantung pada besarnya partikel dan suhu protoplasma.

Gambar 3.1. Gerak Brown

g. Gerak siklosis (cyclosis) dan amoeboid. Oleh karena matrik sitoplasma

dapat bersifatagak kental maka pada matrik sitoplasma ada gerakan.
Gerakan di dalam matrik sitoplasma ini disebut gerakan siklosis (terjadi
pada saat matrik dalam fase sol dan terjadinya gerakan ini karena pengaruh
tekanan hidrostatik, suhu, pH dan viskositas. Bergeraknya kromosom,
sentriol, mitokondria, lisosom, dan sebagainya disebabkan gerakan sikolsis.
Gerakan amoeboid terbentuk pada gerak siklosis. Gerak amoeboid terjadi
pada protozoa, leukosit, dan sebagainya. Pada gerakan amoeboid, terjadi
perubahan bentuk sel. Penonjolan sitoplasma ini disebut pseudopodia.Gerak
rotasi yaitu gerak dari plasma yang melingkar. Gerak sirkulasi yaitu gerak
protoplasma yang tidak menentu.

Gambar 3.2. Gerak Siklosis

h. Matriks sitoplasma yang cair memiliki tegangan permukaaan. Matriks

protein dan lemak memiliki ketegangan permukaan yang kurang karenanya
membentuk membran plasma, sedangkan bahan-bahan kimia misalnya
garam NaCl tegangan permukaannya tinggi akibatnya NaCl menempati
bagian yang lebih dalam pada matrik sitoplasma.
3.3.2. Pergerakan Materi Protoplasma
15

Gambar 3.3. Bagan Pergerakan Materi Protoplasma

A. Proses Pasif
Difusi yaitu proses perpindahan zat dari konsentrasi tinggi ke konsentrasi rendah.
Difusi berfasilitas yaitu difusi yang memlalui membrane selektif permiabel dengan
bantuanprotein integral sebagai karier.Osmosis yaitu perpindahan molekul air dari
konsentrasi tinggi ke konsentrasi rendah melalui membrane semi permeable.

Gambar 3.4.How Osmosis Works

Filtrasi yaitu pergerakan molekul air dan zat terlarut dari daerah bertekanan tinggi ke
daerah bertekanan rendah melalui selaput selektif permeable.

Gambar 3.5.Proses Filtrasi

16

B. Proses Aktif
Transfor aktif yaitu pengangkutan zat melalui membrane dari daerah berkonsentrasi
rendah ke tinggi dengan bantuan energy (ATP).Fagositosis yaitu proses pemasukan
substansi padat ke dalam sel (melalui membran). Pinositosis yaitu proses pemasukan
(endositosis) substansi cair pada sel.
3.4.

Penyusun Protoplasma Sel

Zat hidup dalam sel pada tumbuhan dan hewan yg terdiri atas nukleus dan

sitoplasma.

Gambar 3.6. Sel Hewan

3.4.1. Bahan Ergastik Protoplasma

Bahan Ergastik (dari bahasaYunani erg yang berarti kerja adalah produk
metabolisme.Bahan ergastik berupa berupa produk-produk cadangan atau sisa yang
merupakan hasil dari kegiatan seluler dan biasanya mempunyai struktur yang lebih
sederhana daripada badan- badan protoplasmik.Substansi; ini dapat muncul dan hilang
pada waktu yang berbeda dalam hidup suatu sel.Sel hidup harus memiliki protoplas, yaitu
bagian sel ada di bagian dalam dinding sel.Protoplas dibedakan atas komponen
protoplasma dan non protoplasma.
Komponen protoplasma yaitu terdiri atas membran sel, inti sel, dan sitoplasma
(terdiri dari organel-organel hidup).Komponen non protoplasma dapat pula disebut sebagai
benda ergastik.Jadi benda ergastik adalah bahan non protoplasma, baik organik maupun
anorganik, sebagai hasil metabolisme yang berfungsi untuk pertahanan, pemeliharaan
struktur sel, dan juga sebagai penyimpanan cadangan makanan, terletak di baigan
sitoplasama, dinding sel, maupun di vakuola.Dalam sel benda ergastik dapat berupa
karbohidrat (amilum), protein (aleuron dan gluten), lipid (lilin, kutin, dan suberin), dan
Kristal (Kristal ca-oksalat dan silika).
17

Bahan Ergastik memiliki banyak fungsi untuk sel :

a. penyimpanan cadangan makanan, misalnya amilum
b. pemeliharaan struktur (lilin) untuk bahan perlindungan
c. adanya Kristal Ca oksalat dalam suatu jaringan tumbuhan dapat menyebabkan
reaksi alergi bagi hewan yang memakannya sehingga hewan tersebut tidak akan
bernafsu menyentuhnya untuk yang kedua kali.
Pada sel mati tidak dijumpai adanya organel-organel, di dalam.Pada sel mati sel
hanya berupa ruangan kosong saja.Sel mati sendiri asalnya dari sel hidup.Sel menjadi mati
disebabkan karena berbagai faktor, misalnya faktor genetik maupun faktor lingkungan.Sel
mati karena telah mencapai umur yang memang telah ditentukan secara genetik.Sel-sel
tersebut memang dalam perkembangannya terspesialisasi untuk menjadi suatu sel mati,
yang memiliki fungsi tertentu dalam bagi tumbuhan.

Metabolisme merupakan kegiatan hidup yang mencakup tiga fungsi pokok yaitu :
a. Nutrisi
b. Respirasi
c. Sintesis.
Bahan mentah dari lingkungan diolah dalam tubuh tumbuhan sehingga
menghasulkan substansi-substansi penyusun tubuh,penunjang kegiatan dalam tubuh dan
bahan sisa.Dengan demikian, substansi ergastik dapat dibedakan menjadi tiga kelompok
yaitu :
a. Produk berupa makanan
b. Produk berupa sekresi

18

c. Dan produk sisa ( waste product)

Berdasarkan bentuk benda yang dihasilkan dari ke tiga produk tersebut komponen
ergastik terbagi menjadi dua yaitu :
a. Ergastik yang bersifat padat
b. Ergastik yang bersifat cair.
3.5.

Enzim
Enzim merupakan unit fungsional dari metabolisme sel. Enzim bekerja dengan

urutan-urutan yang teratur dan mengkatalisis ratusan reaksi dari reaksi yang sangat
sederhana seperti replikasi kromosom sampai ke reaksi yang sangat rumit, misalnya reaksi
yang menguraikan molekul nutrient; menyimpan; dan mengubah energi kimiawi. Masingmasing reaksi dikatalisis oleh sejenis enzim tertentu. Di antara sejumlah enzim tersebut,
ada sekelompok enzim yang disebutenzim pengatur (enzim allosterik).Enzim dapat
mengenali berbagai isyarat metabolis yang diterima. Melalui aktivitasnya, enzim pengatur
mengkoordinasikan sistem enzim dengan baik, sehingga menghasilkan hubungan harmonis
diantara sejumlah aktivitas metabolis yang berbeda.
Pada keadaan abnormal atau aktivitas berlebihan suatu enzim dapat menimbulkan
penyakit. Analisis enzim dalam serum dapat digunakan untuk mendiagnosis penyakit,
seperti: infarktus otot jantung, prostat, hepatitis, dan lain-lain. Ditemukannya suatu enzim
dalam darah dengan tingkat berlebihan seringkali menunjukkan adanya kerusakan sel di
dalam organ yang sakit. Penyakit tertentu seperti hepatitis terinfeksi menyebabkan jaringan
hati mengalami kerusakan akibat infeksi, sehingga terjadi pelepasan enzim hati ke dalam
darah.

Gambar 3.7. Pelepasan Enzim

19

Semua enzim pada hakikatnya adalah protein. Beberapa di antaranya mempunyai

struktur agak sederhana, sedangkan sebagian besar lainnya memiliki struktur rumit.
Namun, kebanyakan enzim baru berfungsi sebagai katalis apabila disertai zat lain yang
bukan protein, yang disebut atau Cu2+, tetapi dapat pula berupa molekul organik kompleks
yang disebut koenzim. Bagian protein dari enzim disebut apoenzim. Kemudian, gabungan
apoenzim dan kofaktornya sehingga enzim menjadi aktif disebut holoenzim.
3.5.1. Struktur Enzim
Diagram pita yang menunjukkan karbonat anhidrase II. Bola abu-abu adalah
kofaktor seng yang berada pada tapak aktif. Enzim umumnya merupakan protein globular
dan ukurannya berkisar dari hanya 62 asam amino pada monomer 4-oksalokrotonat
tautomerase, sampai dengan lebih dari 2.500 residu pada asam lemak sintase. Terdapat pula
sejumlah kecil katalis RNA, dengan yang paling umum merupakan ribosom. Jenis enzim
ini dirujuk sebagai RNA-enzim ataupun ribozim. Aktivitas enzim ditentukan oleh struktur
tiga dimensinya (struktur kuaterner). Walaupun struktur enzim menentukan fungsinya,
prediksi aktivitas enzim baru yang hanya dilihat dari strukturnya adalah hal yang sangat
sulit.
Kebanyakan enzim berukuran lebih besar daripada substratnya, tetapi hanya
sebagian kecil asam amino enzim (sekitar 34 asam amino) yang secara langsung terlibat
dalam katalisis. Daerah yang mengandung residu katalitik yang akan mengikat substrat dan
kemudian menjalani reaksi ini dikenal sebagai tapak aktif. Enzim juga dapat mengandung
tapak yang mengikat kofaktor yang diperlukan untuk katalisis. Beberapa enzim juga
memiliki tapak ikat untuk molekul kecil, yang sering kali merupakan produk langsung
ataupun tak langsung dari reaksi yang dikatalisasi. Pengikatan ini dapat meningkatkan
ataupun menurunkan aktivitas enzim. Dengan demikian ia berfungsi sebagai regulasi
umpan balik. (Toha: 2005)
3.5.2. Susunan Enzim
a. Komponen utama enzim adalah protein.
b. Protein yang sifatnya fungsional, bukan protein structural.
c. Tidak semua protein bertindak sebagai enzim.

20

Protein Enzim protein sederhana

Enzim Konjugasi

Enzim

Protein +
Bukan Protein

Bukan protein =
Gugus prostetik

Protein = apoenzim

Anorganik = kofaktor

Organik= Koenzim

Gambar 3.8. Bagan Enzim

Hal yang berkaitan dengan enzim dipelajari dalam enzimologi. Dalam dunia
pendidikan tinggi, enzimologi tidak dipelajari tersendiri sebagai satu jurusan tersendiri
tetapi sejumlah program studi memberikan mata kuliah ini. Enzimologi terutama dipelajari
dalam kedokteran, ilmu pangan, teknologi pengolahan pangan, dan cabang-cabang ilmu
pertanian
Substrat adalah substansi yang mengalami perubahan kimia setelah bercampur
dengan enzim, sedangkan produkadalah substansi baru yang terbentuk setelah reaksi
mencapai keseimbangan. Apoenzimbagian enzim yang merupakan protein, mempunyai
struktur 3 dimensi. Pada enzim tersebut sangat penting untuk aktifitas kalalisis, oleh karena
itu perubahan konformasi yang sedikit saja pada struktur enzim akan mempengaruhi
aktifitasnya. Seperti protein pada umumnya enzim dapat mengalami denaturasi oleh
berbagai faktor, seperti : perubahan pH yang mencolok, temperatur, pelarut organik, urea
dan dapat dihambat oleh racun enzim.
3.5.3. Sifat- Sifat Enzim
Sifat enzim yang sangat penting adalah tingginya efisiensi dan derajat spesifitas
katalitik enzim terhadap substrat. Efisiensi katalitik enzim berkaitan dengan orientasi
optimum gugus aktiv enzim dan substrat. Orientasi keduanya sangat mendukung sehingga
21

saat terjadi reaksi tidak memerlukan energy yang besar untuk mengatur posisi. Spesifitas
enzim berkaitan dengan reaksi enzim yang sangat spesifik, satu enzim hanya akan bereaksi
dengan satu substrata tau setiap enzim menyebabkan satu perubahan satu langkah pada
substratnya.
Enzim memiliki beberapa kekhususan dalam mengkatalisis satu reaksi substrat
menjadi produk. Pertama adalah kekhususan mutlak yaitu kekhususan enzim yang
mempunyai sisi aktif tertata baik dan kaku sehingga enzim tersebut hanya mampu
mengkatalisis satu reaksi substrat menjadi produk. Kedua, kekhususan nisbi yaitu
kekhususan enzim yang dapat mengkatalisis jenis reaksi sama dengan lebih dari satu
substrat yang memiliki kemiripan struktur. Kekhususan ini memerlukan sisi aktif enzim
yang lebih luwes. Ketiga, enzim memiliki kekhususan ruang yaitu kekhususan enzim
dalam membedakan gugus kimia yang sama pada suatu substrat. Misalnya gliserolkinase
(katalisis gliserol menjadi gliserolfosfat dan ATP sebagai donor fosfat) yang secara teori
dapat memindahkan gugus fosfat ke gugus hidroksil karbon, menghasilkan stereoisomer D
dank e gugus hidroksil karbon 3 menghasilkan stereoisomer L dengan peluang yang sama.
Namun kenyataannya yang terbentuk selalu dan hanya isomer L.

3.5.4. Mekanisme Kerja Enzim

Secara garis besar ada tiga tahap kerja enzim (E) pada substrannya (S).

Gambar 3.9. Tahap Kerja Enzim

22

Pertama, susbstrat melekat pada enzim dengan ikatan nonkovalen membentuk

kompleks enzim substrat. Kedua, enzim melakukan reaksi kimia pada substrat membentuk
kompleks enzim-produk. Tahap ketiga, produk meninggalkan sisi aktif enzim dan enzim
tersebut siap melakukan proses yang sama pada substrat yang baru.
3.5.5. Model "Kunci dan Gembok"

Enzim

Substrat
Gambar 3.10. Model EmzimLock and Key

Enzim sangatlah spesifik. Pada tahun 1894, Emil Fischer mengajukan bahwa hal ini
dikarenakan baik enzim dan substrat memiliki bentuk geometri yang saling memenuhi. Hal
ini sering dirujuk sebagai model "Kunci dan Gembok". Manakala model ini menjelaskan
kespesifikan enzim, ia gagal dalam menjelaskan stabilisasi keadaan transisi yang dicapai
oleh enzim. Model ini telah dibuktikan tidak akurat, dan model ketepatan induksilah yang
sekarang paling banyak diterima.

3.5.6. Model ketepatan induksi

Gambar 3.11.Diagram Yang Menggambarkan Hipotesis Ketepatan Induksi

23

Pada tahun 1958, Daniel Koshland mengajukan modifikasi model kunci dan gembok: oleh
karena enzim memiliki struktur yang fleksibel, tapak aktif secara terus menerus berubah
bentuknya sesuai dengan interaksi antara enzim dan substrat. Akibatnya, substrat tidak
berikatan dengan tapak aktif yang kaku. Orientasi rantai samping asam amino berubah
sesuai dengan substrat dan mengijinkan enzim untuk menjalankan fungsi katalitiknya.
Pada beberapa kasus, misalnya glikosidase, molekul substrat juga berubah sedikit ketika ia
memasuki tapak aktif. Tapak aktif akan terus berubah bentuknya sampai substrat terikat
secara sepenuhnya, yang mana bentuk akhir dan muatan enzim ditentukan.

Gambar 3.12. Kurva Reactants and Course of reaction Enzim

Enzim dapat bekerja dengan beberapa cara, yang kesemuanya menurunkan Ea

:Menurunkan energi aktivasi dengan menciptakan suatu lingkungan yang mana keadaan
transisi terstabilisasi (contohnya mengubah bentuk substrat menjadi konformasi keadaan
transisi ketika ia terikat dengan enzim.)

Menurunkan energi keadaan transisi tanpa mengubah bentuk substrat dengan

menciptakan lingkungan yang memiliki distribusi muatan yang berlawanan dengan
keadaan transisi.Menyediakan lintasan reaksi alternatif. Contohnya bereaksi dengan
substrat sementara waktu untuk membentuk kompleks Enzim-Substrat antara.Menurunkan
perubahan entropi reaksi dengan menggiring substrat bersama pada orientasi yang tepat
untuk bereaksi. Menariknya, efek entropi ini melibatkan destabilisasi keadaan dasar, dan
kontribusinya terhadap katalis relatif kecil. (Mathews: 1999)

24

Gambar 3.13.Kurva Reactants and Products Enzim

3.5.7. Inhibisi
Inhibitor kompetitif mengikat enzim secara reversibel, menghalangi pengikatan
substrat. Di lain pihak, pengikatan substrat juga menghalangi pengikatan inhibitor. Substrat
dan inhibitor berkompetisi satu sama lainnya.

Gambar 3.14. Inhibisi

A. Jenis - Jenis Inihibisi

Klasifikasi ini diperkenalkan oleh W.W. Cleland. Laju reaksi enzim dapat
diturunkan menggunakan berbagai jenis inhibitor enzim.
a. Inhibitor competitive
Pada inihibisi kompetitif, inhibitor dan substrat berkompetisi untuk
berikatan dengan enzim. Seringkali inhibitor kompetitif memiliki struktur yang

25

sangat mirip dengan substrat asli enzim. Sebagai contoh, metotreksat adalah
inihibitor kompetitif untuk enzim dihidrofolat reduktase.

Gambar 3.15.Inhibitor competitive

Kemiripan antara struktur asam folat dengan obat ini ditunjukkan oleh
gambar di samping bawah. Perhatikan bahwa pengikatan inhibitor tidaklah perlu
terjadi pada tapak pengikatan substrat apabila pengikatan inihibitor mengubah
konformasi enzim, sehingga menghalangi pengikatan substrat. Pada inhibisi
kompetitif, kelajuan maksimal reaksi tidak berubah, namun memerlukan
konsentrasi substrat yang lebih tinggi untuk mencapai kelajuan maksimal tersebut,
sehingga meningkatkan Km.
a. Inhibitor non-competitive

Gambar 3.16.Inhibitor non-competitive

Inhibitor non-kompetitif dapat mengikat enzim pada saat yang sama substrat
berikatan dengan enzim. Baik kompleks EI dan EIS tidak aktif. Karena inhibitor
tidak dapat dilawan dengan peningkatan konsentrasi substrat, Vmax reaksi berubah.
Namun, karena substrat masih dapat mengikat enzim, Km tetaplah sama.
b. Inhibisi campuran
Inhibisis jenis ini mirip dengan inhibisi non-kompetitif, kecuali kompleks
EIS memiliki aktivitas enzimatik residual. Pada banyak organisme, inhibitor dapat
merupakan bagian dari mekanisme umpan balik. Jika enzim memproduksi terlalu
26

banyak produk, produk tersebut dapat berperan sebagai inhibitor bagi enzim
tersebut. Hal ini akan menyebabkan produksi produk melambat atau berhenti.
Bentuk umpan balik ini adalah umpan balik negatif. Enzim memiliki bentuk
regulasi seperti ini sering kali multimerik dan mempunyai tapak ikat alosterik.
Kurva substrat/kelajuan enzim ini tidak berbentuk hiperbola melainkan berbentuk
S.
3.5.8. Faktor-Faktor yang Mempengaruhi Aktivitas Enzim
Seperti molekul protein lainnya sifat biologis enzim sangat dipengaruhi berbagai
faktor fisikokimia. Enzim bekerja pada kondisi tertentu yang relatif ketat. Faktor-faktor
yang mempengaruhi kerja enzim antara lain:
a. Suhu
Pada suhu yang lebih tinggi, kecepatan molekul substrat meningkat, sehingga
pada saat bertumbukan dengan enzim, energi molekul substrat berkurang. Hal ini
memudahkan terikatnya molekul substrat pada sisi aktif enzim. Aktivitas enzim
meningkat dengan meningkatnya suhu sampai pada titik tertentu. Peningkatan suhu
meningkatkan energi kinetik pada molekul substrat dan enzim, sehingga kecepatan
reaksi meningkat pula. Perbandingan yang tepat di mana kecepatan berubah untuk
setiap kenaikan temperatur 10 C adalah Q10, atau koefisien temperatur. Kecepatan
banyak reaksi biologis kurang lebih naik dua kali dengan kenaikan temperatur 10 (Q10
=2), dan menjadi setengahnya bila temperatur diturunkan dengan 10.

Gambar 3.17. (a) Suhu Optimum Enzim (b) Denaturasi

27

Namun, tidak berarti bahwa peningkatan ini berlangsung tidak terbatas.

Kecepatan enzim dalam mengkatalis reaksi mencapai puncaknya pada suhu tertentu.
Suhu ini disebut suhu optimum enzim. Untuk kebanyakan enzim, suhu optimal adalah
suhu sel atau suhu di atas suhu sel di mana enzim-enzim terdapat di dalamnya. Suhu
optimum enzim berkisar antara 25 40 C. (Yasied: 2006)
Kenaikan kecepatan di bawah suhu optimal disebabkan oleh kenaikan energi
kinetika molekul-molekul yang bereaksi. Akan tetapi bila suhu tetap dinaikkan terus,
energi kinetik molekul-molekul enzim menjadi demikian besar sehingga melampaui
energi penghalang untuk memecahkan ikatan-ikatan sekunder yang mempertahankan
enzim dalam keadaan aslinya atau keadaan katalitik aktif. Akibatnya struktur sekunder
dan tersier hilang disertai hilangnya aktivitas katalitik. Peningkatan suhu yang semakin
tinggi menyebabkan putusnya ikatan hidrogen dan ikatan lain yang merangkai molekul
enzim, sehingga enzim mengalami denaturasi. Denaturasi menyebabkan aktivitas
enzim menurun atau hilang.
b. pH
pH juga mempengaruhi aktivitas enzim. Perubahan kondisi asam dan basa
di sekitar molekul enzim mempengaruhi benuk tiga dimensi enzim dan dapat
menyebabkan denaturasi. Setiap enzim memiliki pH optimum. Misalnya, pepsin
(enzim yang bekerja di dalam lambung) mempunyai pH optimum sekitar 2 (sangat
asam), sedangkan amilase (enzim yang bekerja di mulut dan usus halus) memiliki
pH optimum sekitar 7,5 (agak basa).

Gambar 3.18. pH Optimum Beberapa Jenis Enzim

28

Enzim

Sumber

Substrat

pH optimum

Sukrase

Usus halus

Sukrosa

6,2

Amilase

Saliva, pankreas

Amilum

5,6-7,2

Lipase

Pankreas

Etil butirat

7,0

Pepsin

Lambung

Albumin

1,5-2,5

Tripsin

Pankreas

Kasein

8-11

Tabel 3.1. Enzim dan pH optimumnya

c. Konsentrasi Enzim
Semakin besar konsentrasi enzim semakin cepat pula reaksi yang
belangsung. Dengan kata lain konsentrasi enzim berbanding lurus dengan
kecepatan reaksi. Sisi aktif suatu enzim dapat digunakan berulang kali oleh banyak
substrat. Substrat yang berikatan dengan sisi aktif enzim akan membentuk produk.
Pelepasan produk menyebabkan sisi aktif enzim bebas untuk berikatan dengan
substrat lainnya. Oleh karenanya hanya dibutuhkan sejumlah kecil enzim untuk
mengkatalis sejumlah besar substrat.

Gambar 3.19. Pengaruh Konsentrasi Enzim Terhadap Kecepatan Reaksi

d. Konsentrasi Substrat
Bila sejumlah enzim dalam keadaan tetap, kecepatan reaksi akan meningkat
dengan adanya peningkatan konsentrasi substrat. Namun, pada saat sisi aktif semua
enzim bekerja, penambahan substrat tidak dapat meningkatkan kecepatan reaksi
enzim lebih lanjut. Kondisi ini disebut konsentrasi substrat pada titik jenuh atau
disebut kecepatan maksimum (Vmax).
29

Gambar 3.20. Pengaruh Konsentrasi Substrat Terhadap Kecepatan Reaksi

e. Inhibitor
Inhibitor merupakan suatu molekul yang menghambat ikatan enzim dengan
substratnya. Ada dua macam inhibitor enzim, yaitu inhibitor kompetitif dan nonkompetitif. Inhibitor kompetitif adalah molekul penghambat yang cara kerjanya
bersaing dengan substrat untuk mendapatkan sisi aktif enzim. Contohnya, sianida
bersaing deengan oksigen untuk mmendapatkan Hb dalam rantai respirasi terakhir.
Inhibitor kompetitif dapat diatasi dengan cara penambahan konsentrasi substrat.
Inhibitor non-kompetitif adalah molekul penghambat enzim yang bekerja
dengan cara melekatkan diri pada luar sisi aktif, sehingga bentuk enzim berubah, dan
sisi aktif tidak dapat berfungsi.

Gambar 3.21. Inhibitor : (a) Kompetitif (b) Non-Kompetitif

30

Selain faktor-faktor diatas, kerja enzim juga dapat dipengaruhi oleh:

a. Oksidasi oleh udara disekitar atau senyawa lain
b. Sinar ultraviolet
c. Sinar X
d. Terjadi perubahan fisiologi pada organ-organ tubuh, jadi sekresinya enzim
menurun. Sehingga secara kuantitas dan kualitasnya kerja enzim pun turun.
e. Konsentrasi produk, Semakin tinggi konsentrasi produk akan semakin
menghambat kerja enzim.

3.5.9. Klasifikasi Enzim

Berdasarkan jenis reaksi yang dikatalisis, enzim dapat dibagi menjadi enam golongan
utama, yaitu:
A. Oksidoreduktase
Merupakan kelompok enzim yang mengerjakan reaksi oksidasi dan reduksi. Enzimenzim yang termasuk dalam golongan ini dapat dibagi dalam dua bagian, yaitu
dehidrogenase dan oksidase. Dehidrogenase bekerja pada reaksi-reaksi dehidrogenase,
yaitu reaksi pengambilan atom hidrogen dari suatu senyawa (donor). Hidrogen yang
dilepas diterima oleh senyawa lain (akseptor). Reaksi pembentukan aldehida dari alkohol
adalah contoh reaksi dehidrogenase. Enzim yang bekerja pada reaksi ini adalah alkohol
dehidrogenase. Di sini alkohol adalah donor hidrogen, sedangkan senyawa yang menerima
hidrogen adalah suatu koenzim nikotinadenindinukloetida.

Glutamat dehidrogenase adalah contoh enzim dehidrogenase yang bekerja terhadap

asam glutamat sebagai substrat. Enzim ini banyak terdapat pada mitokondria dalam semua

31

sel jaringan. Dalam reaksi ini asam glutamat diubah menjadi asam ketoglutarat. (Holiday:
2005).

Enzim-enzim oksidase juga bekerja sebagai katalis pada reaksi pengambilan

hidrogen dari suatu substrat. Dalam reaksi ini yang bertindak sebagai selaku reseptor
hidrogen ialah oksigen. Sebagai contoh enzim glukosa oksidase bekerja sebagai katalis
pada reaksi oksidasi glukosa menjadi asam glukonat. (Holiday: 2005)

Xantin oksidase adalah enzim yang bekerja sebagai katalis pada reaksi oksidasi
xantin menjadi asam urat. Contoh lain enzim oksidase ialah asam amino oksidase, yang
bekerja sebagai katalis pada reaksi oksidasi asam-asam amino. Glisin oksidase adalah
enzim pada reaksi oksidasi glisin menjadi asam glioksilat. Enzim ini adalah suatu
flavoprotein, yaitu suatu senyawa yang terdiri atas flavin yang berikatan dengan protein.
Enzim asam amino oksidase terdapat dalam jaringan hati dan ginjal. (Holiday: 2005)

Gambar 3.22. EnzimOksidase

32

B. Transferase
Merupakan kelompok enzim yang berperan dalam reaksi pemindahan suatu gugus
dari suatu senyawa kepada senyawa lain. Beberapa contoh enzim yang termasuk golongan
ini adalah metiltransferase, hidroksimetiltransferase, karboksitransferase, asiltransferase,
dan amino transferase atau transaminase. Enzim metiltransferase bekerja pada reaksi
pembentukan keratin dari asam guanidino asetat.

Pembentukan glisin dari serin merupakan reaksi pemindahan gugus hidroksi metil.
Gugus ini dilepaskan dari molekul serin dengan dibantu oleh enzim hidroksimetil
transferase.Dalam reaksi ini asam tetrahidrofolat (THFA) bekerja sebagai akseptor gugus
beratom C satu.Enzim transminase bekerja pada reaksi pemindahan gugus amino dari suatu
asam amino kepada senyawa lain. Contoh:

C. Hidrolase
Merupakan kelompok enzim yang berperan dalam reaksi hidrolisis. Ada tiga jenis
hidrolase, yaitu yang memecah ikatan ester, memecah glikosida, dan yang memecah ikatan
peptida. Beberapa enzim sebagai contoh ialah esterase, lipase, fosfatase, amilase, amino
peptidase, karboksi peptidase, pepsin, tripsin, kimotripsin. Esterase ialah enzim yang
memecah ikatan ester dengan cara hidrolisis. Esterase yang terdapat dalam hati dapat
memecah ester sederhana, misalnya etil butirat menjadi etanol dan asam butirat. Lipase
ialah enzim yang memecah ikatan ester pada lemak dan gliserol. Fosfatase adalah enzim
yang dapat memecah ikatan fosfat pada suatu senyawa, misalnya glukosa-6-fosfat dapat
dipecah menjadi glukosa dan asam fosfat. (Holiday: 2005)

33

Enzim amilase dapat memecah ikatan-ikatan pada amilum hingga terbentuk

maltosa. Ada tiga macam enzim amilase, yaitu amilase, amilase, dan amilase.
amilase terdapat dalam saliva (ludah) dan pankreas. Enzim ini memecah ikatan 1-4 yang
terdapat dalam amilum dan disebut endo amilase sebab enzim ini memecah bagian dalam
atau bagian tengah molekul amilum. amilase terutama terdapat pada tumbuhan dan
dinamakan eksoamilase sebab memecah dua unit glukosa yang terdapat pada ujung
molekul amilum secara berurutan sehingga pada akhirnya terbentuk maltosa. amilase
telah diketahui terdapat dalam hati. Enzim ini dapat memecah ikatan 1-4 dan 1-6 pada
glikogen dan menghasilkan glukosa. (Holiday: 2005)
Enzim yang bekerja sebagai katalis dalam reaksi pemecahan molekul protein
dengan cara hidrolisis disebut enzim proteolitik atau protease. Oleh karena itu yang
dipecah adalah ikatan pada rantai peptida, maka enzim tersebut dinamakan juga peptidase.
Ada dua macam peptidase, yaitu endopeptidase dan eksopeptidase. Endopeptidase
memecah protein pada tempat-tempat tertentu dalam molekul protein dan biasanya tidak
mempengaruhi gugus yang terletak di ujung molekul. Contoh endopeptidase ialah enzim
pepsin yang terdapat pada usu halus dan papain, suatu enzim yang terdapat pada pepaya.
Eksopeptidase bekerja terhadap kedua ujung molekul protein. Karboksipeptidase dapat
melepaskan asam amino yang memiliki gugus COOH bebeas pada ujung molekul protein,
sedangkan amino peptidase dapat melepaskan asam amino pada ujung lain yang memiliki
gugus NH2 bebas. Denagn demikian eksopeptida melepas asam amino secara berurutan
dimulai dari asam amino ujung pada molekul protein hingga seluruh molekul terpecah
menjadi asam amino. (Holiday: 2005)
D. Liase
Merupakan kelompok enzim yang mengkatalisis reaksi adisi atau pemecahan ikatan
rangkap. Contohnya antara lain dekarboksilase, aldolase, dan hidratase.Piruvat
dekarboksilase adalah enzim yang bekerja pada reaksi dekarboksilasi asam piruvat dan
menghasilkan aldehida. (Holiday: 2005).

34

Enzim aldolase bekerja pada reaksi pemecahan molekul fruktosa 1,6-difosfat

menjadi dua molekul triosa yaitu dihidroksi aseton fosfat dan gliseraldehida-3-fosfat.
(Holiday: 2005)

Adapun enzim fumarat hidratase berperan dalam reaksi penggabungan satu

molekul H2O kepada molekul asam fumarat dan membentuk asam malat. (Holiday: 2005)

E. Isomerase

Merupakan enzim yang mengkatalisis perubahan konformasi molekul (isomerasi).

Contohnya ribulosafosfat epimerase, dan glukosafosfat isomerase. Enzim ribulosa
epimerase merupakan katalis bagi reaksi epimerasi ribulosa. Dalam reaksi ini ribulosa-5fosfat diubah menjadi xilulosa-5-fosfat. Di samping itu reaksi isomerisasi glukosa-6-fosfat
menjadi fruktosa-6-fosfat dapat berlangsung dengan bantuan enzim glukosa fosfat
isomerase. (Holiday: 2005)
F. Ligase
Merupakan kelompok enzim yang mengkatalisis pembentukan ikatan kovalen.
Oleh karena enzim-enzim tersebut juga dinamakan sintetase. Ikatan yang terbentuk dari
penggabungan tersebut adalah ikatan C-O, C-S, C-N atau C-C. Contohnya antara lain
adalah glutamin sintetase, dan piruvat karboksilase. Enzim glutamin sintetase yang
terdapat dalam otak dan hati merupakan katalis dalam reaksi pembentukan glutaamin dari
asam glutamat. (Holiday: 2005)
35

Disamping itu enzim karboksiase bekerja dalam reaksi pembentukan asam

oksaloasetat dan asam piruvat yang merupakan reaksi dari metabolisme karbohidrat.
(Holiday: 2005).

3.5.10. Spektrofotometri
Spektrofotometri merupakan teknik pengukuran jumlah zat yang juga berdasar
spektroskopi. Hanya saja pada spektrofotometri, lebih spesifik untuk panjang gelombang
UV (Ultraviolet)-dekat, visible, dan infra merah. Spektrofotometri dimasukkan ke dalam
elektromagnetik spectroscopy. Alat yang digunakan dalam spektrofotometri disebut
spektrofotometer. Alat ini termasuk ke dalam jenis fotometer, suatu alat untuk mengukur
intensitas cahaya. Spektrofotometer dapat mengukur intensitas sebagai fungsi dari warna,
atau secara lebih khusus, fungsi panjang gelombang.
Spektrofotometri adalah suatu alat yang digunakan untuk memeriksa jumlah energi
radiasi cahaya yang diserap oleh molekulnya. Spektrum yang diabsorpsi atau tepatnya
jumlah absolut spektrum sinar yang terserap oleh satu senyawa adalah sejumlah sinar yang
diserap atau hilang (extinction) oleh satu senyawa dengan panjang gelombang tertentu.
Untuk senyawa berwarna akan memiliki satu atau lebih penyerapan spektrum yang
tertinggi (extinction maximum) dan di daerah spektrus terbaca 400-700 nm. Spektrum
yang terserap pada ultraviolet (200-400 nm) dan daerah nampak terjadi karena adanya
perubahan energi elektron terluar dari molekul yang disebabkan adanya ikatan dan bukan
ikatan.
Umumnya elektron yang berpindah tempat ini disebabkan adanya ikatan rangkap
karbon-karbon atau pasangan nitrogen dengan oksigen. Biasanya elektron dalam molekul
berada dalam keadaan dasar pada suhu kamar. Spektrum dalam keadaan ini memberikan
informasi pada tingkat ini atau di atasnya. Panjang gelombang sinar yang terserap
ditentukan oleh perpindahan yang terjadi. Puncak serapan dapat ditunjukkan dan
berhubungan dengan struktur rinci dari molekulnya.
Istilah khromofor muncul untuk menggambarkan bagian kecil dari suatu molekul
yang dapat meningkatkan serapan spektrum tertentu secara mandiri, misalnya gugus
36

karbonil, -C = O. Dua ikatan rangkap yang hanya terpisah satu unit (conjugated)
menurunkan jumlah tenaga yang diperlukan untuk perpindahan elektron ini sehingga
menyebabkan peningkatan panjang gelombang di tempat khromofor menyerap.
Peningkatan panjang gelombang ini disebut perpindahan batokhromik (bathoromic)
sedangkan sebaliknya penurunan panjang gelombang disebut hipokhromik.

BAB IV
37

PENUTUP

4.1.

Kesimpulan
Adapun kesimpulan yang dapat ditarik dari pembahasan adalah sebagai berikut:
Protoplasma merupakan suatu bagian yang terdiri atas bahan yang kompleks dan
terlindung dengan baik.Protoplasma biasa dikenal dengan sebutan sel. Berbeda dengan
benda tak hidup atau benda mati yang tidak memiliki protoplasma.Protoplasma pada
semua sel terdiri atas dua komponen utama, yaitu air dan komponen anorganik /
komponen organik.Dari reaksi reaksi kimia yang terjadi antara senyawa senyawa inilah
yang mengakibatkan adanya gejala gejala kehidupan di protoplasma.Gejala kehidupan
itu misalnya metabolisme , tumbuh , bergerak , berkembang biak , sirkulasi zat, dan
lain - lain. Misalnya yang mudah respirasi , fotosintesis , sintesis lemak dan lain - lain.
Susunan kimia protoplasma ada 36 unsur (dari 108 unsur) yang diketemukan
pada protoplasma.Unsur-unsur kimia ini pada protoplasma ada yang berbentuk
persenyawaan maupun dalam bentuk ion-ion.Yang berbentuk persenyawaan dapat
berbentuk persenyawaan anorganik maupun organik.
Sifat-sifat fisika protoplasma bila protoplasma yang merupakan sistem koloid
ini disinari dengan sinar lampu listrik pada suatu ruang yang gelap akan memberi efek
Tyndall.Molekul-molekul (partikel) pada sistem koloid protoplasma bergerak secara
zig-zag (gerak Brown (1872)).Gerak Brown pada protoplasma kecepatannya tergantung
pada besarnya partikel dan suhu protoplasma.
Enzim adalah katalisator yang bekerja sangat spesifik.Faktor - faktor yang
mempengaruhi kerja enzim antara lain: suhu, pH, konsentarsi enzim, konsentrasi
substrat, dan inhibitor.Enzim pada suhu rendah berlangsung lambat, sedangkan di atas
suhu optimum enzim akan terdenaturasi. Suhu optimum enzim antara 25C 37C.Semakin tinggi kadar enzim, maka aktivitas enzim semakin tinggi. Sebaliknya
semakin rendah kadar enzim, maka aktivitas enzim semakin rendah.

4.2.

Saran

38

Dari pemaparan materi diatas perlu kita perkaya lagi karena masih banyak hal
hal yang terkait judul sifat faal protoplasma yang belum di bahas secara spesifik. Demi
ke validtan materi di atasperlu juga referensi yang lebih relevan. Sesuai dengan uraian
diatas saran-saran yang sekiranya dapat berguna yaitu protoplasma sangat erat
kaitannya dengan sel sehingga kita harus dapat mempelajari apa saja sifat-sifat dari
protoplasma juga fungsinya agar dapat mengetahui protoplasma secara lebih baik.

DAFTAR PUSTAKA

39

Arbayah S, 1990. Proyek Pembinaan Tenaga Kependidikan; Persiapan Perkuliahan

Program Lanjutan MIP. Biologi Sel. Bandung : FMIPA-ITB.
Campbell,N.A.,Reece,J.B,danMitchell,L.G.2002.Biologi.Jilid 3. Jakarta : Erlangga.
Goenarso,Darmadi.2005.Fisiologi Hewan.Jakarta : UT.
Isnaeni,Wiwi.2006.Fisiologi Hewan.Yogyakarta:Kanisius.
Iswari, Retno Sri & Ari Yuniastuti. 2006. Biokimia. Yogyakarta : Graha Ilmu
Kastawi,Yusuf.Zoologi Avertebrata. Malang : FMIPA UM.
Toha, Abdul Hamid A.. 2005. Biokimia : Metabolisme Biomolekul. Bandung : Alfabeta .
Wirahadikusumah, Muhamad. 2001. Biokimia protein, enzim, dan asam nukleat. ITB :
Bandung.
Yazid, Estien. dan Nursanti, Lisda. 2006. Penuntun Praktikum Biokimia untuk Mahasiswa
Analis. Yogyakarta: Andi. Yogyakarta.
Poedjiadi, Anna dan Supriyanti, Titin. 2005. Dasar-dasar Biokimia. Jakarta : Universitas
Indonesia Press.

LAPORAN DISKUSI

Pertayaan pertayaan dari diskusi kelompok :

40

1. Kelompok 9. (Luni Widya)

Apa yang dimaksud dengan elektroforesis?
Jawab: (Suliyansyah)
Elektroforesis adalah gerak partikel koloid bermuatan oleh pengaruh medan listrik.
Muatan Koloid ditentukan oleh muatan ion yang terserap permukaan koloid.
Elektroforesis adalah gerakan partikel koloid karena pengaruh medan listrik. Karena
partikel koloid mempunyai muatan maka dapat bergerak dalam medan listrik. Arus,
gerak koloid bermuatan positif akan bergerak menuju daerah negatif dan sesampai di
daerah negatif akan terjadi penetralan muatan dan koloid akan menggumpal
(koagulasi). Begitu pula yang terjadi pada protoplasma yang bersifat koloid.
2. Kelompok 11 ( Dian ayu nalasari)
Apakah ada contoh proses difusi yang terjadi pada hewan?
Jawab: (Stefano Priyunggo + Suliyansyah)
Pada hewan satu sel, misalnya Amoeba dan Paramaecium, proses pertukaran
oksigen dan Co2 berlangsung melalui seluruh permukaan tubuhnya secara difusi.
Proses difusi dan gerakan sitoplasma akan mengantarkan oksigen menuju ke
mitokondria. Di dalam mitokondria oksigen digunakan untuk memecah senyawa
organik, sehingga dihasilkan energi dan zat sisa berupa air dan Co2.

Amuba (kiri) dan Paramecium (kanan) melakukan respirasi secara difusi langsung.
Pada cacing tanah pertukaran gas berlangsng secara difusi melalui seluruh
permukaan tubuh. Cacing tanah tidak mempunyai alat pernapasan khusus. Kulitnya
banyak mengandung kelenjar lendir. Dengan adanya lendir, kulit cacing selalu dalam
keadaan basah dan licin untuk mempermudah difusi gas. Melalui kulit yang basah ini,
cacing menyerap oksigen serta mengeluarkan karbondioksida dan uap air secara difusi.

41

Alat pernafasan pada hewan Arthropoda, khususnya pada serangga adalah

berupa pembuluh trakea. Udara masuk dan ke luar melalui lubang kecil yang disebut
spirakel atau stigma yang terdapat di kanan kiri tubuhnya. Dari spirakel, udara masuk
ke pembuluh trakea yang memanjang. Trakea memanjang ini selanjutnya bercabangcabang menjadi saluran halus yang masuk ke seluruh jaringan tubuh. Oksigen yang
masuk melalui saluran ini akan langsung berdifusi ke dalam jaringan. Dengan cara
yang sama, CO2 dilepaskan jaringan, masuk ke pembuluh trakhea, dan dikeluarkan.
Oleh sebab itu, pada sistem trakea ini pengangkutan O2 dan CO2 tidak diedarkan oleh
darah, karena darah serangga tidak mengandung hemoglobin.

Paru-paru buku adalah alat respirasi pada kelompok laba-laba dan kalajengking.
Keduanya termasuk dalam Arthropoda (hewan yang kakinya beruas). Organ yang
berada di bagian ventral (bawah perut) ini memiliki bentuk lembaran bertumpuk seperti
buku. Udara yang mengalir melalui celah-celah buku tersebut memungkinkan
terjadinya pertukaran gas O2 dengan Co2.
42

Perhatikan paru-paru buku pada laba-laba (kiri). Paru-paru buku diperbesar (kanan)
Sifonoglifa adalah alat respirasi pada Coenlenterata (hewan berongga) terutama
yang termasuk golongan Anthozoa, misalnya pada Anemon laut.

Selain hewan bersel satu, beberapa jenis hewan seperti, katak, salamander, ular,
dan kura-kura air, dapat melakukan pernapasannya dengan menggunakan permukaan
tubuhnya. Walaupun di antara hewan tersebut telah memiliki paru-paru, namun kulit
yang tipis, berpori, lembab dan kaya kapiler darah sangat memungkinkan untuk
berlangsungnya pertukaran gas. Pada kura-kura air, bagian yang membantu pernafasan
adalah kulit di sekitar kloaka.

3. Kelompok 7 (Mita mia)

Jelaskan proses aktif pagositosis?
Jawab: (Diantika Agdelivia + Cristian Yepta + Yosua)

43

Fagositosis adalah proses seluler dari fagosit dan protista yang menggulung
partikel padat dengan membran sel dan membentuk fagosom internal. Fagositosis
adalah bentuk spesifik dari endositosis yang melibatkan internalisasi vesikular terhadap
partikel padat, seperti bakteri, dan bentuk lain yang cukup berbeda dengan fagositosis,
yaitu pinositosis, yaitu internalisasi vesikular terhadap berbagai cairan. Fagositosis
bertanggung jawab terhadap akuisisi nutrisi pada beberapa sel, dan di dalam sistem
imunitas, fagositosis adalah mekanisme utama untuk menghilangkan patogen dan
serpihan sel. Bakteri, sel mati jaringan, dan partikel mineral kecil adalah contoh objek
yang akan difagositasi. Proses ini mirip dengan proses memakan pada tingkat sel
tunggal organisme. Di makhluk multiseluler, proses telah diadaptasi untuk
mengeliminasi serpihan dan patogen.
Fagositosis di sistem imunitas mamalia diaktifkan oleh penempelan Pathogenassociated moleculer patterns (PAMPS), yang mengaktivasi NF-B. Oposin seperti
C3b dan antibodi bisa beraksi sebagai tempat penempelan dan membantu fagositosis
patogen.
Fagositosis adalah sebuah proses yang aktif dimana patogen yang telah terikat
oleh pencerap, akan diliputi oleh membran makrofaga dengan kontraksi sistem aktinmiosin, dan masuk ke dalam vesikel yang disebut fagosom. Setelah fagosom menjadi
asam, beberapa lisosom makrofaga akan terinduksi dan membentuk fusi guna
mengeluarkan enzim, protein untuk mendegradasi patogen. Fusi antara fagosom dan
granula makrofaga disebut fagolisosom dengan respon antomikrobial intraselular.
Degradasi bisa dilakukan dengan menggunakan oksigen ataupun tanpa oksigen
Degradasi menggunakan oksigen bergantung pada NADPH. Hidrogen
peroksida dan myeloperoksidase mengaktifkan sistem berhalogenasi yang memicu
penghancuran bakteri. Beberapa zat yang disekresi di dalam fagolisosom antara lain
adalah hidrogen peroksida (H2O2), anion superoksida (O2-), nitrit oksida (NO). Zat ini
diperoleh dengan bantuan enzim NADPH lysosomal dan enzim lain melalui proses
kimiawi yang disebut respiratory burst yang disertai peningkatan konsumsi oksigen
dalam rentang waktu yang sangat singkat.
Degradasi tanpa oksigen bergantung pada pelepasan granula, berisi enzim
proteolitik seperti defensin, lisozim, dan protein kationik. Peptida antimikrobial juga

44

muncul dalam granula ini, termasuk laktoferin yang melepaskan zat besi untuk
menyediakan kondisi yang tidak baik bagi pertumbuhan bakteri.
Di berbagai protista, fagositosis digunakan sebagai cara untuk mencari makan
untuk menyediakan semua kebutuhan nutrisi mereka. Hal ini disebut nutrisi fagotropik,
berbeda dengan nutrisi osmotrofik yang melakukan penyerapan, bukan fagositosis.

4. Kelompok 5
Bagaimana system pernapasan pada cacing yang hidup di usus manusia? Dan
bagaimana mekanismenya?
Jawab : (Stefano Priyunggo)
Cacing gilik merupakan salah satu cacing yang hidup pada tubuh manusia,
sehingga toleran terhadap kadar oksigen (O2) yang rendah. Untuk system
pernapasannya pada usus manusia, Cacing gilik tidak mempunyai sistem respirasi
tetapi bernafas secara difusi melalui permukaan tubuhnya.
Untuk mekanisme pernapasan pada usus manusia, caing gilik ini bernafas dimulai
dengan cara difusi oksigen (O2) masuk melalui permukaan tubuhnya berlendir dan
tipis. Selanjutnya oksigen akan masuk ke pembuluh darah dan diedarkan ke seluruh
tubuhnya. Karbon dioksida sebagai hasil pernafasan dikeluarkan oleh jaringan ke
pembuluh darah dan kemudian dikeluarkan melalui permukaan tubuhnya.

45