Professional Documents
Culture Documents
Nukleotida merupakan nukleosida yang gugus gula pada posisi 5-nya mengikat asam
fosfat (gugus fosfat) dengan ikatan ester. Nukleosida terdiri atas pentosa ( deoksiribosa atau
ribosa) yang mengikat suatu basa (derivat purin atau pirimidin) melalui
ikatan glikosida.
Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dan dari RNA ialah ribosa. Basa purin
dan pirimidin yang berasal dari DNA ialah adenin, guanin, sitosin dan timin. Sedangkan basa
RNA terdiri atas adenin, guanin, sitosin dan urasil. Dengan demikian nukleosida adalah
penyusun nukleotida dan dapat diberi nama trivial dan nama sistematis seperti terlihat pada tabel
berikut :
Tabel 10.1 Nukleosida Penyusun Asam Nukleat
Monomer Asam
Nukleat
Nama Trivial
Nama sistematis
Ribonukleosida
Ribosa + basa adenin
Ribosa + basa guanin
Ribosa + basa urasil
Ribosa + basa sitosin
Deoksiribonukleosida
Deoksiribosa+
basa
adenin
Deoksiribosa+
basa
guanin
Deoksiribosa
+
basa
sitosin
Deoksiribosa
+
basa
timin
Adenosin
Guanosin
Uridin
Sitidin
Deoksiadenosin
Deoksiguanosin
Deoksi- sitidin
Deoksi-timidin
Adenin nukleosida
Guanin nukleosida
urasil nukleosida
Sitosin nukleosida
Deoksi-Adenin
nukleosida
Deoksi-Guanin
nukleosida
DeoksiSitosin
nukleosida
Deoksi-Timin
nukleosida
Nukleosida dalam bentuk bebas ada memiliki fungsi penting bagi kesehatan contohnya,
puromisin yang berfungsi sebagai antibiotik yang menghambat sintesis protein ( dihasilkan oleh
Nukleotida lain yang berbentuk siklik seperti Adenosin 3-5- siklik monofosfat ( AMPsiklik atau cAMP) berperan sebagai kurir sekunder dalm mengendalikan metabolisme hormon
adrenalin. Nukleotida bebas lain adalah guanosin siklik monofosfat ( GMP siklik
4. Kandungan basa nitrogen antara kedua rantai sama banyak dan berpasangan spesifik satu
dengan lain. Guanin selalu berpasangan dengan sitosin ( G C), dan adenin berpasangan dengan
timin (A - T), sehingga jumlah guanin selalu sama dengan jumlah sitosin. Demikian pula adenin
dan timin.
2) Struktur Asam Ribonukleat (RNA)
Asam ribonukleat adalah suatu polimer yang terdiri atas
molekul-molekul ribonukleotida.
Seperti DNA asam ribonukleat terbentuk oleh
adanya ikatan antara atom C nomor 3 dengan atom C nomor 5 pada molekul ribosa dengan
perantaraan gugus fosfat. Rumus strukturnya sama dengan gambar 10.2 tetapi gulanya adalah
ribosa ( atom C nomor 2 mengikat gugus OH)
RNA memiliki sifat spesifik yang berbeda dengan sifat kimia
DNA, yakni dalam hal:
1. Gula pentosanya adalah ribosa
2. RNA memiliki ribonukleotida guanin(G), sitosin (C), adenin (A)
dan Urasil (U) pengganti Timin pada DNA.
3.Untai fosfodiesternya adalah untai tunggal yang bisa melipat
membentuk jepit rambut seperti untai ganda.Beda dengan
DNA bentuk molekulnya heliks ganda.
4. Prosentasi kandungan bas tidak harus sama, pasangan adenin tidak harus sama dengan urasil, dan
sitosin tidak harus sama dengan guanin.
Ada tiga jenis RNA yaitu tRNA (transfer RNA), mRNA ( messenger RNA ) dan rRNA
(ribosomal RNA). Ketiga macam RNA ini mempunyai fungsi yang berbeda-beda, tetapi
ketiganya secara bersama-sama mempunyai peranan penting dalam sintesis protein.
Struktur asam nukleat dapat dilihat/tertulis dalam bentuk struktur primer, sekunder, dan
tersier. Struktur primer terbentuk bila gugus fosfat satu nukleotida berikatan ester dengan gugus
hidroksil nukleotida lain melalui ikatan kovalen. Penggabungan berbagai nukleotida ini
membentuk rantai rantai panjang (polinukleotida). Dua ciri penting semua polinukleotida adalah:
1) Ikatan fosfodiester polinukleotida antara unit-unit monomer selalu antara karbon 3 dari satu
monomer dan karbon 5 dari yang berikutnya. Jadi 2 ujung DNA dari rantai polinukleotida linear
tersebut akan berlawanan. Satu ujung secara normal akan melakukan reaksi dengan fosfat 5 dan
yang lain bereaksi dengan gugus hidroksil 3.
2) Rantai polinukleotida mempunyai kekhasan, ditentukan
melalui urutan basanya.
A
C
G
T
T
3
3
3
3
3
P
P
P
P
OH
5
5
5
5
5
Gambar 10.3 A,G,T,C adalah jenis nukleotida; P=fosfor, 5 dan 3 ujung nukleotida; semua ikatan fosfodiester
adalah 3--- 5; molekul memiliki gugus P pada ujung 5 dan gugus OH pada ujung 3.
Struktur sekunder DNA ditemukan oleh James D. Watson dan F.H.C Crick (1953).
Mereka menyusun pola difraksi sinar X yang menunjukkan model polideoksiribonukleotida
berbentuk heliks ganda.
A
B
C
Gambar 10.4 Model DNA heliks ganda (tiga dimensi) oleh J.Watson-Crick. Basa - basa (merah-hijau) dan
bagian tulang punggung gula-fosfat (biru-kuning)
Gambar 10.4 menjelaskan bahwa (A) pita pada diagram menunjukkan tulang belakang
gula-fosfat dari dua untai DNA. Heliks ini adalah heliks tangan kanan, berlekuk keatas dengan
arah kekanan. Kedua untaian diikat bersama oleh ikatan hidrogen (digambarkan garis titik-titik)
diantara basa nitrogen, yang berpasangan dibagian dalam heliks ganda. (B) menunjukkan
sebagian struktur kimia, dengan dua untai yang diuraikan, perhatikan bahwa untaian memiliki
orientasi arah yang berlawanan. (C) pasangan basa nitrogen yang terikat kuat tampak jelas pada
model komputer (tiga dimensi). Daya tarik menarik antara pasangan
Sintesis ini tejadi secara semi konservatif karena hanya satu untaian induk DNA dipertahankan
pada tiap DNA keturunan. Dengan demikian bila satu molekul DNA dengan dua rantai
antiparalel bereplikasi, mula-mula akan menghasilkan dua rantai DNA baru. Kemudian 4 rantai
DNA (yaitu 2 rantai DNA asli ditambah 2 rantai DNA yang terbentuk) yang ada bereplikasi lagi
menjadi 8 rantai DNA, delapan ini bereplikasi menjadi 16 dan seterusnya. Reaksi polimerasasi
(perpanjangan rantai nukleotida) mengikuti arah 5 ke arah 3.
Tahap-tahap reaksi sintesis DNA :
1. Tahap pembukaan DNA untai ganda superkoil
2. Sintesis oligonukleotida primer
3. Pemanjangan rantai DNA arah 5--- 3, pelepasan primer dan
4. Penyambungan fragmen DNA dan membentukan ikatan
fosfodiester.
Gambar 10.6 Ilustrasi Replikasi Semikonservatif DNA
Proses transkripsi adalah pembentukan molekul RNA sesuai pesan yang diberikan oleh
DNA. Pada tahap ini informasi genetik diberikan kepada molekul RNA yang terbentuk selaku
perantara dalam sintesis protein.
Proses transkripsi membutuhkan rantai DNA tunggal sebagai cetakan, RNA polimerase
untuk pemanjangan rantai RNA, keempat ribonukleosida 5-trifosfat ( ATP, GTP, UTP, dan
CTP), serta berbagai enzim kompleks. Dalam proses ini terbentuk berbagai jenis RNA dari gen
DNA yang transkripsi. Gen adalah bagian tertentu dari DNA yang menyandi satu polipeptida
(protein) tertentu.
membuka dengan melepaskan RNA yang terbentuk, diikuti hibridisasi ulang rantai DNA
membentuk untai DNA ganda. Pada ujung gen, terdapat urutan penghenti (terminasi). yang
menyebabkan proses transkripsi berhenti. Keadaan ini diikuti dengan pelepasan RNA polimerase
dari DNA.
Tahap keempat: Adalah tahap akhir dimana terjadi perubahan
secara kimia RNA yang terbentuk. Biasanya setelah proses pembentukan RNA, terjadi proses
lanjutan untuk membuat RNA menjadi aktif. rRNA dan tRNA dibuat dalam bentuk prekusor
yang lebih panjang, kemudian dimodifikasi dan dipecah untuk menghasilkan berbagai produk
akhir. Demikian juga mRNA.
Pada sel hewan yang terinfeksi virus dapat terjadi transkripsi
balik yaitu polimerisasi DNA dari RNA.
Dalam proses biosintesis protein molekul DNA berperan
sebagai cetakan bagi terbentuknya RNA, sedangkan molekul RNA
kemudian mengarahkan urutan asam amino dalam pembentukan molekul protein yang
berlangsung dalam ribosom. Dengan demikian aliran informasi genetika dalam sel sebagai
berikut:
Transkripsi
Translasi
DNA
RNA
PROTEIN
Untuk memahami lebih lanjut fungsi RNA dalam sintesis protein, berikut akan dibahas
tiga jenis RNA yaitu rRNA ( ribosomal RNA), mRNA (messenger RNA) dan tRNA (transfer
RNA).
rRNA bersama dengan protein merupakan komponen yang membentuk ribosom dalam
sel. Walaupun rRNA ini merupakan komponen utama ribosom, namun perananya dlam sintesis
protein yang berlangsung diribosom belum diketahui. rRNA ini merupakan RNA yang paling
banyak ( 80%) dibandingkan dua jenis RNA yang lain dari keselurahan RNA.
A
Ile Ile Ile
Met
Thr Thr Thr Thr
Asn
Asn
Lys
Lys
Ser
Ser
Arg
Arg
UC
AG
G
Val Val Val Val
Ala Ala Ala Ala
Asp
Asp
Glu
Glu
Gly Gly Gly Gly
UC
AG
aminoasil- tRNA +
AMP
Pada kompleks amino asil tRNA , asam amino berikatan dengan nukleotida adenosin pada ujung
RNA, yaitu pada gugus OH atom C nomor 3.
2. Di dalam ribosom terdapat sebagian dari rantai nukleotida mRNA yang telah siap menerima tRNA
yang membawa asam amino. Tiap molekul aminoasil-tRNA masuk ke dalam ribosom secara
berurutan, membentuk pasangan kodon dan anti kodon yang sesuai. Untuk memulai biosintesis
protein, tRNA yang mempunyai antikodon UAC mengikat formil-metionin dan masuk ke dalam
ribosom menempati bagian dari mRNA yang
mempunyai kodon AUG. Formil metionin ini terbentuk setelah tRNA berikatan dengan metionin,
kemudian berikutnya dengan formil FH2 dengan bantuan enzim formilase
3. Selanjutnya tRNA kedua yang telah mengikat asam amino, misalnya tRNA-metionin, masuk
kedlam ribosom dan menempati kodon AUG berikutnya. Dengan cara ini formil metionin yang
menjadi asam amino awal membentuk ikatan peptida dengan metionin. Setelah terjadi ikatan
peptida, maka tRNA yang pertama dilepaskan dan keluar dari ribosom. Oleh karena dalam
ribosom hanya dapat ditempati oleh 2 tRNA, maka tRNA ketiga masuk setelah tRNA yang
pertama keluar dari ribosom. Misalnya tRNA yang ketiga ialah tRNA yang mempunyai antikodon CAC dan berpasangan dengan kodon ketiga pada mRNA yaitu GUG. tRNA ketiga ini
mengikat valin dan dengan masuknya tRNA-valin ke dalam ribosom, maka terjadi ikatan antara
metionin valin. Proses pembentukan ikatan peptida ini berlangsung terus sesuai dengan kode
genetika yang terdapat pada molekul mRNA. Reaksi pembentukan ikatan peptida antara molekul
asam-asam amino ini dapat berlangsung karena ikut sertanya guanosintrifosfat (GTP) yang
berubah menjadi guanosindifosfat (GDP), dengan melepaskan satu gugus fosfat dan energi
4. Proses biosintesis protein akan berhenti apabila pada mRNA terdapat kodon UAA, UAG atau
UGA, karena dalam sel normal tidak terdapat tRNA yang mempunyai antikodon komplementer
terhadap ketiga kodon tersebut. Ketiga kodon ini merupakan tanda berhenti (stop) pada proses
pembentikan ikatan peptida. Sebagai ganti tRNA, ada 2 jenis protein yang dapat mengikat ketiga
jenis kodon tersebut. Protein ini berlaku sebagai sebagai faktor-faktor pelepas (releasing factor =
RF), ikatan asam amino terakhir dengan tRNA. Kedua jenis protein ini diberi tanda RF1 dan
RF2. RF1 dapat mengadakan ikatan dengan kodon UAA dan UAG, sedangkan RF2 dengan UAA
dan UGA. Terbentuknya ikatan kedua protein tersebut dengan mRNA dapat mengaktifkan enzim
transferase peptidil, sehingga enzim ini dapat bekerja sebagai katalis dalam reaksi hidrolisis yang
mengakibatkan terlepasnya asam amino terakhir dari molekul tRNA.
5. Setelah tahap terminasi, dilanjutkan dengan tahap pelipatan dan pengolahan yang bertujuan untuk
memperoleh sifat aktif dari polipeptida (protein) yang terbentuk. Terbentuknya ikatan kedua
protein tersebut dengan mRNA dapat mengaktifkan enzim transferase peptidil, sehingga enzim
ini dapat bekerja sebagai katalis dalam reaksi hidrolisis yang mengakibatkan terlepasnya asam
amino terakhir dari molekul tRNA.
10.2.2
Latihan
Untuk memperdalam pemahaman anda tentang materi diatas,
kerjakan soal-soal latihan berikut:
1. Jelaskan beberapa persamaan dan perbedaan antara DNA dan
RNA
2. Mengapa struktur DNA berbentuk heliks ganda sedangkan
RNA tidak.
3. Jelaskan bagaimana proses biosintesis DNA (replikasi) yang
bersifat semikonservatif.
4. Terangkan pula tahapan mekanisme proses transkripsi RNA.
10.2.3 Petunjuk Jawaban Soal-soal latihan
1. a. Memiliki gugus gula deoksiribosa (DNA), ribosa (RNA)
b. Basa nitrogennya guanin (G), sitosin (C), timin (T) dan adenin (A) untuk DNA; sedangkan RNA
timin diganti Urasil (U)
c. Memiliki rantai heliks ganda anti paralel(DNA), RNA rantai
tunggal
d.Kandungan basa nitrogen antara kedua rantai sama banyak dan berpasangan spesifik satu dengan
lain. Guanin selalu berpasangan dengan sitosin ( G C), dan adenin
berpasangan dengan timin (A - T), sehingga jumlah guanin selalu sama dengan jumlah sitosin.
Demikian pula adenin dan timin. Untuk RNA pasangan urasil dengan Adenin (U-A) pengganti
timin pada DNA.
2. Struktur heliks ganda oleh DNA dipengaruhi oleh adanya ikatan hidrogen antara basa-basa
yang terikat pada gula yakni ikatan hidrogen dan nitrogen dari basa purin dan pirimidin. Contoh
adenin dapat membentuk dua ikatan hidrogen dengan timin, guanin 3 ikatan dengan sitosin.
Sedangkan rantai RNA berupa rantai tunggal yang terlipat sehingga menyerupai rantai ganda.
3. Biosintesis DNA yang terjadi secara semikonservatif karena hanya satu untaian induk DNA
dipertahankan pada tiap DNA keturunan . Artinya dengan satu molekul DNA dengan dua rantai
antiparalel bereplikasi, mula akan menghasilkan 2 rantai DNA baru, kemudian 4 (2 asli ditambah
2 yang terbentuk) dan bereplikasi lagi jadi 8, 16, 32 dan seterusnya. 4. Proses transkripsi yaitu
pembentukan molekul RNA sesuai pesan yang diberikan oleh DNA. Artinya informasi genetik
diberikan kepada molekul RNA yang terbentuk selaku perantara dalam sintesis protein.
(mekanismenya jelas diterangkan diatas)
10.2.4
Rangkuman
Asam nukleat dalam sel ada 2 macam yakni DNA dan RNA. Seperti halnya DNA, RNA
adalah merupakan polimer nukleotida. Monomer nukleotida tersusun atas tiga gugus molekul
yakni 1). Gula ribosa, 2) Posfat atau P, 3) basa-Nitrogen .
Sintesis molekul DNA (replikasi) terdiri atas beberapa reaksi
yaitu: tahap pembukaan DNA untai ganda superkoil; tahap sintesis
oligonukleotida primer; pemanjangan rantai DNA arah 53; pelepasan primer;
penyambungan fragmen DNA baru dan pembentukan ikatan fosfodiester. Yang melibatkan peran
berbagai enzim seperti ligase, DNA polimerase, DNA Helikase, Protein pengikat, DNA Girase.
Arus informasi genetik pada sel normal berawal dari DNA ke RNA terus ke protein.
Sintesis RNA berdasarkan suatu cetakan DNA disebut proses transkripsi. Sedangkan sintesis
protein berdasarkan suatu cetakan RNA disebut Translasi.
Proses sintesis RNA menyerupai pembentukan Dna tetapi ada perbedaan prinsip dimana
kalau sintesis DNA seluruh urutan nkleotida DNA digandakan seperti DNA induk, pada sintesis
RNA tidak semua DNA ditranskripsi menjadi RNA, hanya gen atau kolompok gen yang
ditarnskripsi. Produk yang terbentuk adalah RNA yang komplementer dengan salah satu rantai
DNA dupleks yang jadi cetakan.
Sintesis RNA (transkripsi) terdiri 4 tahap reaksi :pertama enzim RNA polimerase
mengikat urutan basa spesifik,k edua RNA polimerase mengkatalisis pemanjangan ikatan
fosfodiester antara ribonukleotia trifosfat dan ujung 3-fosfat melalui cara seperti DNA
polimerase I,ketiga, komplemen DNA-RNA (hibrid DNA-RNA) yang dihasilkan membuka
dengan melepaskan RNA yang terbentuk diikuti hibridisasi ulang rantai DNA membentuk untai
DNA ganda.
Keempat, terjadi pengubahan secara kimia RNA yang terbentuk.
Sintesis protein (translasi) yaitu molekul Rna yang terbentuk menerjemahkan informasi
genetik ke dalam proses pembentukan protein. Pada tahap ini asam-asam amino secara berurutan
diikat satu dengan yng lain, sesuai pesan yang diberikan DNA. Berlangsung diribosom dan
melalui 5 tahapan reaksi yakni aktivasi asam amino; inisiasi rantai polipetida, pemanjangan
(elongasi) rantai polipetida; terminasi dan pembebasan rantai polipeptida serta tahap pelipatan
dan pengolahan
Sekuens DNA menyandikan informasi yang diperlukan bagi makhluk hidup untuk
melangsungkan hidup dan berkembang biak. Dengan demikian, penentuan sekuens DNA
berguna di dalam ilmu pengetahuan 'murni' mengenai mengapa dan bagaimana makhluk hidup
dapat hidup, selain berguna dalam penerapan praktis. Karena DNA merupakan ciri kunci
makhluk hidup, pengetahuan akan sekuens DNA dapat berguna dalam penelitian biologi
manapun. Sebagai contoh, dalam ilmu pengobatan sekuensing DNA dapat digunakan untuk
mengidentifikasi, mendiagnosis, dan mengembangkan pengobatan penyakit genetik. Demikian
pula halnya, penelitian pada agen penyebab penyakit (patogen) dapat membuka jalan bagi
pengobatan penyakit menular. Bioteknologi, yang dapat pula memanfaatkan sekuensing DNA,
merupakan bidang yang berkembang pesat dan berpotensi menghasilkan banyak barang dan jasa
berguna.
Karena RNA dibentuk dengan transkripsi dari DNA, informasi yang dikandung RNA juga
terdapat di dalam DNA cetakannya sehingga sekuensing DNA cetakan tersebut sudah cukup
untuk membaca informasi pada RNA. Namun demikian, sekuensing RNA dibutuhkan khususnya
pada eukariota, karena molekul RNA eukariota tidak selalu sebanding dengan DNA cetakannya
karena pemotongan intron setelah proses transkripsi.
[sunting] Sekuensing DNA
Dewasa ini, hampir semua usaha sekuensing DNA dilakukan dengan menggunakan metode
terminasi rantai yang dikembangkan oleh Frederick Sanger dan rekan-rekannya [1]. Teknik
tersebut melibatkan terminasi atau penghentian reaksi sintesis DNA in vitro yang spesifik untuk
sekuens tertentu menggunakan substrat nukleotida yang telah dimodifikasi.
[sunting] Metode Sanger
[sunting] Pyrosequencing
Artikel utama untuk bagian ini adalah: pyrosequencing
Pyrosequencing adalah adalah teknik pemetaan DNA yang berdasarkan deteksi terhadap
pirofosfat (PPi) yang dilepaskan selama sintesis DNA.[1] Teknik ini memanfaatkan reaksi
enzimatik yang dikatalisis oleh ATP sulfurilase dan luciferase untuk pirofosfat inorganik yang
dilepaskan selama penambahan nukleotida.[1]
[sunting] Sekuensing DNA skala besar
Metode sekuensing DNA yang kini ada hanya dapat merunut sepotong pendek DNA sekaligus.
Contohnya, mesin sekuensing modern yang menggunakan metode Sanger hanya dapat mencakup
paling banyak sekitar 1000 pasang basa setiap sekuensing [3]. Keterbatasan ini disebabkan oleh
probabilitas terminasi rantai yang menurun secara geometris seiring dengan bertambahnya
panjang rantai, selain keterbatasan fisik ukuran dan resolusi gel.
Sekuens DNA dengan ukuran jauh lebih besar kerap kali dibutuhkan. Sebagai contoh, genom
bakteri sederhana dapat mengandung jutaan pasang basa, sedangkan genom manusia terdiri atas
lebih dari 3 milyar pasang basa. Berbagai strategi telah dikembangkan untuk sekuensing DNA
skala besar, termasuk strategi primer walking dan shotgun sequencing. Kedua strategi tersebut
melibatkan pembacaan banyak bagian DNA dengan metode Sanger dan selanjutnya menyusun
hasil pembacaan tersebut menjadi sekuens yang runut. Masing-masing strategi memiliki
kelemahan sendiri dalam hal kecepatan dan ketepatan; sebagai contoh, metode shotgun
sequencing merupakan metode yang paling praktis untuk sekuensing genom ukuran besar,
namun proses penyusunannya rumit dan rentan kesalahan.
Data sekuens bermutu tinggi lebih mudah didapatkan bila DNA bersangkutan dimurnikan dari
pencemar yang mungkin terdapat pada sampel dan diamplifikasi. Hal ini dapat dilakukan dengan
metode reaksi berantai polimerase bila primer yang dibutuhkan untuk mencakup seluruh daerah
yang diinginkan cukup praktis dibuat. Cara lainnya adalah dengan kloning DNA sampel
menggunakan vektor bakteri, yaitu memanfaatkan bakteri untuk "menumbuhkan" salinan DNA
yang diinginkan sebanyak beberapa ribu pasang basa sekaligus. Biasanya proyek-proyek
sekuensing DNA skala besar memiliki persediaan pustaka hasil kloning semacam itu.
[sunting] Sekuensing RNA
RNA lebih tidak stabil daripada DNA di dalam sel dan lebih rentan terhadap penguraian oleh
enzim nuklease secara laboratorium. Seperti yang telah disebutkan di atas, kadang kala
sekuensing RNA diperlukan walaupun informasi yang dikandung RNA sudah terdapat di dalam
DNA, khususnya pada eukaryota. Dalam sekuensing RNA, metode yang umum digunakan
adalah mula-mula membentuk fragmen DNA dari RNA tersebut dengan enzim transkriptase
balik. Misalnya, DNA dapat disintesis dari cetakan mRNA dan disebut sebagai DNA
komplementer (cDNA). Fragmen DNA tersebut kemudian dapat disekuensing dengan cara-cara
seperti yang disebutkan di atas.
Mikroskopis"holes" merupakan salah satu ciri bagian jaringan yang terkena prion, menyebabkan
jaringan untuk mengembangkan suatu "spongy" arsitektur.
ICD-10
A81
ICD-9
046
Ketika prion memasuki suatu organisme yang sehat, bentuk protein prion yang menginduksi
bentuk normal yang sudah ada sebelumnya protein untuk mengkonversi ke dalam bentuk jahat.
Karena prion baru kemudian bisa melanjutkan untuk mengkonversi protein lebih sendiri, ini
memicu reaksi berantai yang menghasilkan sejumlah besar bentuk prion. Semua prion diketahui
menyebabkan pembentukan lipat amiloid, di mana polymerises protein menjadi agregat terdiri
dari lembaran beta dipadatkan. agregat Amyloid adalah fibril, tumbuh di ujungnya, dan
mereplikasi ketika kerusakan menyebabkan kedua ujung tumbuh menjadi empat berakhir
tumbuh. Masa inkubasi penyakit prion ditentukan oleh tingkat pertumbuhan eksponensial yang
berhubungan dengan replikasi prion, yang merupakan keseimbangan antara pertumbuhan linier
dan kerusakan agregat.
Struktur berubah sangat stabil dan terakumulasi dalam jaringan yang terinfeksi, menyebabkan
kerusakan jaringan dan kematian sel. Hal ini stabilitas struktural berarti bahwa prion tahan
terhadap denaturasi oleh agen kimia dan fisik, pembuangan pembuatan dan penahanan dari
partikel-partikel yang keras. Prion datang dalam strain yang berbeda, masing-masing dengan
struktur yang sedikit berbeda, dan sebagian besar waktu, strain berkembang biak benar. replikasi
Prion adalah tetap tunduk pada epimutation sesekali dan kemudian seleksi alam seperti bentuk
lain dari replikasi. Namun, jumlah kemungkinan strain prion yang berbeda mungkin jauh lebih
kecil dari jumlah sekuens DNA, sehingga evolusi terjadi dalam keterbatasan ruang.
Dalam notasi ilmiah, PrPC mengacu pada bentuk endogen protein prion (PrP), yang ditemukan
dalam banyak jaringan, sementara PrPSc mengacu pada bentuk gagal melipat dari PrP, yang
bertanggung jawab untuk pembentukan plak amiloid dan neurodegeneration. Struktur prion yang
tepat tidak diketahui, meskipun mereka dapat dibentuk dengan menggabungkan PrPC, asam
polyadenylic, dan lipid. Protein menunjukkan perilaku prion-jenis juga ditemukan di beberapa
jamur, yang telah bermanfaat dalam membantu untuk memahami prion mamalia. prion jamur,
bagaimanapun, tampaknya tidak menyebabkan penyakit pada host mereka dan bahkan mungkin
memberikan keuntungan evolusioner melalui bentuk warisan berbasis protein.
Penemuan
Radiasi biologi Tikvah Alper dan matematikawan John Stanley Griffith mengembangkan
hipotesis pada 1960-an bahwa beberapa encephalopathies spongiform menular disebabkan oleh
kuman penyakit yang terdiri hanya dari protein. Teori mereka dikembangkan untuk menjelaskan
penemuan bahwa agen menular misterius menyebabkan penyakit scrapie dan penyakit
Creutzfeldt-Jakob menolak radiasi pengion. Sebuah pengion tunggal "hit" biasanya
menghancurkan sebuah partikel menular, dan dosis yang dibutuhkan untuk mencapai setengah
partikel tergantung pada ukuran partikel. Data menunjukkan bahwa agen menular terlalu kecil
untuk menjadi virus.
Francis Crick mengakui pentingnya potensi hipotesis protein Griffith hanya untuk propagasi
scrapie dalam edisi kedua dari "Central dogma of molecular biology" nya: sementara
menyatakan bahwa aliran informasi urutan dari protein untuk protein, atau dari protein untuk
RNA dan DNA adalah "tidak memungkinkan". Dia mencatat bahwa hipotesis Griffith adalah
sebuah kontradiksi potensial (meskipun tidak begitu dipromosikan oleh Griffith). Hipotesis
direvisi kemudian dirumuskan, sebagian, untuk mengakomodasi penemuan transkripsi balik oleh
Howard Temin dan David Baltimore.
Stanley B. Prusiner dari University of California, San Francisco pada tahun 1982 mengumumkan
bahwa agen menular terutama terdiri dari protein tertentu - meskipun mereka tidak berhasil
mengisolasi protein sampai dua tahun setelah Pengumuman Prusiner. Prusiner menciptakan kata
"prion" sebagai nama untuk agen menular. Sedangkan agen infeksi diangkat menjadi prion,
protein spesifik yang prion itu terdiri dari juga dikenal sebagai Prion Protein (PrP), meskipun
protein ini dapat terjadi baik dalam bentuk menular dan tidak menular. Prusiner dianugerahi
Penghargaan Nobel dalam Fisiologi atau Kedokteran pada tahun 1997 untuk penelitian ke dalam
prion.
Struktur
memungkinkan serat untuk tumbuh. Hanya PrP molekul dengan urutan asam amino identik
dengan PrPSc menular yang dimasukkan ke dalam serat tumbuh. Namun, properti ini tidak
sepenuhnya dimiliki oleh protein lain dianggap prion. sup35p ini terbukti dapat dimasukkan ke
dalam agregasi yang ada bahkan ketika tiga dari lima oligopeptide mengulangi biasanya hadir
telah dihapus.
Mekanisme replikasi prion
Prion nucleation is rare, but can be bypassed by infection. Either nucleation or infection can
initiate a replication cycle of fibril growth and breakage.
Model alternatif mengasumsikan bahwa PrPSc ada hanya sebagai fibril, dan urat saraf yang
berakhir mengikat PrPC dan mengubahnya menjadi PrPSc. Jika ini semua, maka jumlah prion
akan meningkat secara linear, membentuk fibril lagi. Namun pertumbuhan eksponensial dari
kedua PrPSc dan kuantitas partikel infeksi yang diamati selama penyakit prion. Hal ini dapat
dijelaskan dengan memperhatikan kerusakan akun fibril. Sebuah solusi matematika untuk tingkat
pertumbuhan eksponensial hasil dari kombinasi pertumbuhan urat saraf dan kerusakan urat saraf
telah ditemukan. Tingkat pertumbuhan eksponensial tergantung pada akar kuadrat dari
konsentrasi PrPC. Masa inkubasi. ditentukan oleh tingkat pertumbuhan eksponensial, dan dalam
data vivo tentang penyakit prion pada tikus transgenik pertandingan prediksi ini. Ketergantungan
akar kuadrat yang sama juga terlihat in vitro dalam percobaan dengan berbagai protein amiloid
yang berbeda.
Mekanisme replikasi prion memiliki implikasi untuk merancang obat-obatan. Karena masa
inkubasi penyakit prion yang begitu lama, sebuah obat yang efektif tidak perlu menghilangkan
semua prion, tetapi hanya perlu memperlambat laju pertumbuhan eksponensial. Model
memprediksi bahwa cara yang paling efektif untuk mencapai hal ini, menggunakan obat dengan
dosis serendah mungkin, adalah untuk menemukan obat yang mengikat urat saraf terakhir dan
blok mereka dari tumbuh lebih lanjut.
Fungsi PrP
Telah diusulkan bahwa neurodegeneration disebabkan oleh prion mungkin berhubungan dengan
fungsi abnormal PrP. Namun, fungsi fisiologis dari protein prion tetap menjadi masalah
kontroversial. Sedangkan data dari percobaan in vitro menunjukkan peran berbeda banyak, studi
tentang tikus KO PrP telah memberikan informasi terbatas hanya karena binatang ini hanya
menunjukkan kelainan kecil. Dalam penelitian terbaru yang dilakukan pada tikus, ditemukan
bahwa pembelahan prion pada saraf tepi menyebabkan aktivasi perbaikan myelin di Sel Schwann
dan bahwa kurangnya prion menyebabkan demielinasi dalam sel-sel.
PrP dan memori jangka panjang
Ada bukti bahwa PrP mungkin memiliki fungsi normal dalam pemeliharaan memori jangka
panjang. Maglio dan rekan. Telah menunjukkan bahwa tikus tanpa gen untuk protein PrP normal
seluler telah mengubah potensiasi jangka panjang hipokampus.
PrP dan batang pembaharuan sel
Sebuah artikel 2006 dari Whitehead Institute for Biomedical Research menunjukkan bahwa
ekspresi PrP pada sel-sel induk diperlukan untuk pembaharuan diri organisme-dari sumsum
tulang. Hasil penelitian menunjukkan bahwa semua sel jangka panjang stem hematopoietik
disajikan PrP pada membran sel mereka dan bahwa jaringan dengan sel induk hematopoietik
PrP-null menunjukkan peningkatan sensitivitas terhadap deplesi sel.
3. Lokasi
DNA pada umumnya terdapat di kromosom, sedangkan RNA tergantung dari macamnya, yaitu:
a. RNA d(RNA duta), terdapat dalam nukleus, RNA d dicetak oleh salah satu pita DNA yang
berlangsung didalam nukleus.
b. RNA p(RNA pemindah) atau RNA t(RNA transfer), terdapat di sitoplasma.
c. RNA r(RNA ribosom), terdapat didalam ribosom.
4. Fungsinya
DNA berfungsi memberikan informasi atau keterangan genetik, sedangkan fungsi RNA
tergantung dari macamnya, yaitu:
a. RNA d, menerima informasi genetik dari DNA, prosesnya dinamakan transkripsi, berlangsung
didalam inti sel.
b. RNA t, mengikat asam amino yang ada di sitoplasma.
c. RNA r, mensintesa protein dengan menggunakan bahan asam amino, proses ini berlangsung di
ribosom dan hasil akhir berupa polipeptida.
Ada beberapa cara untuk menentukan DNA dan RNA, yaitu(Frutan and Sofia, 1968):
1. Jaringan hewan dan alkali hangat
RNA akan terpecah menjadi komponen-komponen nukleotida yang larut dalam asam. DNA sulit
dipecah atau dirusak oleh alkali.
2. Metode Schnider
Jaringan dan asam trikloro asetat panas dan diperkirakan DNA dapat diuji oleh reaksi kalorimetri
dengan difenilanin, yang mana akan bereaksi dengan purin dioksiribosa dan tidak bereaksi
dengan purin ribosa.
3. Metode Feligen
Fuchsin sulfurous acid akan berwarna merah dengan DNA, dan tidak dengan RNA. Reaksi ini
diterapkan untuk mempelajari distribusi RNA dan DNA didalam bagian-bagian sel.
4. Secara Spektroskopi
Pengaukuran absorbsi cahaya oleh RNA dan DNA pada 260nm dimana spektra cincin purin dan
pirimidin asam nukleat menunjukkan maksimal.
Tiga bentuk utama RNA yang terdapat didalam sel adalah mRNA(messenger RNA),
rRNA(ribosa RNA), dan tRNA(transfer RNA). Tiap bentuk RNA ini mempunyai berat molekul
dan komposisi yang berlainan, tetapi khas untuk tiap macam bentuk RNA.
Semua RNA terdiri dari rantai tunggal poliribonukleotida. Pada sel bakteri, hampir semua RNA
ada di dalam sitoplasma. Disel hati kira-kira 11% terdapat dalam nukleus(terutama mRNA),
sekitar 15% dalam mitokondria, lebih dari 50% dalam ribosom, dan kira-kira 24% dalam strosol
Asam deoksiribonukleat
Struktur molekul DNA. Atom karbon berwarna hitam, oksigen merah, nitrogen biru,
fosfor hijau, dan hidrogen putih. Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA (bahasa
Inggris: deoxyribonucleic acid), adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama
penyusun berat kering setiap organisme. Di dalam sel, DNA umumnya terletak di dalam inti sel.
Secara garis besar, peran DNA di dalam sebuah sel adalah sebagai materi genetik; artinya, DNA
menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. Ini berlaku umum bagi setiap organisme. Di
antara perkecualian yang menonjol adalah beberapa jenis virus (dan virus tidak termasuk
organisme) seperti HIV (Human Immunodeficiency Virus).
Struktur DNA
DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen utama, yaitu gugus fosfat, gula
deoksiribosa, dan basa nitrogen. Sebuah unit monomer DNA yang terdiri dari ketiga komponen
tersebut dinamakan nukleotida, sehingga DNA tergolong sebagaipolinukleotida. Rantai DNA
memiliki lebar 2224 , sementara panjang satu unit nukleotida 3,3 . Walaupun unit monomer
ini sangatlah kecil, DNA dapat memiliki jutaan nukleotida yang terangkai seperti rantai.
Misalnya, kromosom terbesar pada manusia terdiri atas 220 juta nukleotida.
Struktur untai komplementer DNA menunjukkan pasangan basa (adenin dengan timin dan
guanin dengan sitosin) yang membentuk DNA beruntai ganda. Rangka utama untai DNA terdiri
dari gugus fosfat dan gula yang berselang-seling. Gula pada DNA adalah gula pentosa
(berkarbon lima), yaitu 2-deoksiribosa. Dua gugus gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan
fosfodiester antara atom karbon ketiga pada cincin satu gula dan atom karbon kelima pada gula
lainnya. Salah satu perbedaan utama DNA dan RNA adalah gula penyusunnya; gula RNA adalah
ribosa.
DNA terdiri atas dua untai yang berpilin membentuk struktur heliks ganda. Pada struktur
heliks ganda, orientasi rantai nukleotida pada satu untai berlawanan dengan orientasi nukleotida
untai lainnya. Hal ini disebut sebagaianti paralel. Masing-masing untai terdiri dari rangka utama,
sebagai struktur utama, dan basa nitrogen, yang berinteraksi dengan untai DNA satunya pada
heliks. Kedua untai pada heliks ganda DNA disatukan oleh ikatan hidrogen antara basa-basa
yang terdapat pada kedua untai tersebut. Empat basa yang ditemukan pada DNA adalah adenin
(dilambangkan A), sitosin (C, daricytosine), guanin (G), dan timin (T). Adenin berikatan
hidrogen dengan timin, sedangkan guanin berikatan dengan sitosin.
Fungsi biologis
Pada replikasi DNA, rantai DNA baru dibentuk berdasarkan urutan nukleotida pada DNA yang
digandakan. Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA. Proses replikasi ini diperlukan
ketika sel akan membelah diri. Pada setiap sel, kecuali sel gamet, pembelahan diri harus disertai
dengan replikasi DNA supaya semua sel turunan memiliki informasi genetik yang sama. Pada
dasarnya, proses replikasi memanfaatkan fakta bahwa DNA terdiri dari dua rantai dan rantai
yang satu merupakan "konjugat" dari rantai pasangannya. Dengan kata lain, dengan mengetahui
susunan satu rantai, maka susunan rantai pasangan dapat dengan mudah dibentuk. Ada beberapa
teori yang mencoba menjelaskan bagaimana proses replikasi DNA ini terjadi. Salah satu teori
yang paling populer menyatakan bahwa pada masing-masing DNA baru yang diperoleh pada
akhir proses replikasi; satu rantai tunggal merupakan rantai DNA dari rantai DNA sebelumnya,
sedangkan rantai pasangannya merupakan rantai yang baru disintesis. Rantai tunggal yang
diperoleh dari DNA sebelumnya tersebut bertindak sebagai "cetakan" untuk membuat rantai
pasangannya.
Proses replikasi memerlukan protein atau enzim pembantu; salah satu yang terpenting
dikenal dengan nama DNA polimerase, yang merupakan enzim pembantu pembentukan rantai
DNA baru yang merupakan suatu polimer. Proses replikasi diawali dengan pembukaan untaian
ganda DNA pada titik-titik tertentu di sepanjang rantai DNA. Proses pembukaan rantai DNA ini
dibantu oleh beberapa jenis protein yang dapat mengenali titik-titik tersebut, dan juga protein
yang
mampu membuka pilinan rantai DNA. Setelah cukup ruang terbentuk akibat pembukaan untaian
ganda ini, DNA polimerase masuk dan mengikat diri pada kedua rantai DNA yang sudah terbuka
secara lokal tersebut. Proses pembukaan rantai ganda tersebut berlangsung disertai dengan
pergeseran DNA polimerase mengikuti arah membukanya rantai ganda. Monomer DNA
ditambahkan di kedua sisi rantai yang membuka setiap kali DNA polimerase bergeser. Hal ini
berlanjut sampai seluruh rantai telah benar-benar terpisah.
Proses replikasi DNA ini merupakan proses yang rumit namun teliti. Proses sintesis rantai
DNA baru memiliki suatu mekanisme yang mencegah terjadinya kesalahan pemasukan monomer
yang dapat berakibat fatal. Karena mekanisme inilah kemungkinan terjadinya kesalahan sintesis
amatlah kecil.
Asam ribonukleat
Asam ribonukleat (bahasa Inggris:ribonucleic acid, RNA) senyawa yang merupakan
bahan genetik dan memainkan peran utama dalam ekspresi genetik. Dalam dogma pokok
(central dogma) genetika molekular, RNA menjadi perantara antara informasi yang dibawa
DNA dan ekspresi fenotipik yang diwujudkan dalam bentuk protein.
Struktur RNA
Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. RNA merupakan polimer yang tersusun dari
sejumlah nukleotida. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat, satu gugus gula ribosa,
dan satu gugus basa nitrogen (basa N). Polimer tersusun dari ikatan berselang-seling antara
gugus fosfat dari satu nukleotida dengan gugus gula ribosa dari nukleotida yang lain.
Perbedaan RNA dengan DNA terletak pada satu gugus hidroksil tambahan pada cincin gula
ribosa (sehingga dinamakan ribosa). Basa nitrogen pada RNA sama dengan DNA, kecuali
basa timin pada DNA diganti dengan urasil pada RNA. Jadi tetap ada empat pilihan: adenin,
guanin, sitosin, atau urasil untuk suatu nukleotida. Selain itu, bentuk konformasi RNA tidak
berupa pilin ganda sebagaimana DNA, tetapi bervariasi sesuai dengan tipe dan fungsinya.
Tipe-tipe RNA
RNA hadir di alam dalam berbagai macam/tipe. Sebagai bahan genetik, RNA berwujud
sepasang pita (Inggris double-stranded RNA, dsRNA
). Genetika molekular klasik mengajarkan
adanya tiga tipe RNA yang terlibat dalam proses sintesis protein:
1. RNA-kurir (bahasa Inggris:messenger-RNA, mRNA),
2. RNA-ribosom (bahasa Inggris:ribos omal-RNA, rRNA),
3. RNA-transfer (bahasa Inggris:trans fer-RNA, tRNA).
Pada akhir abad ke-20 dan awal abad ke-21 diketahui bahwa RNA hadir dalam berbagai
macam bentuk dan terlibat dalam proses pascatranslasi. Dalam pengaturan ekspresi genetik
orang sekarang mengenal RNA-mikro (miRNA) yang terlibat dalam "peredaman gen"
ataugene
silencingdan small-interfering RNA
serangan virus.
Fungsi RNA
Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein
dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. Dalam peran
ini, RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses
transkripsi. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk 'triplet', tiga urutan basa N, yang
dikenal dengan nama kodon. Setiap kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk
berhenti), monomer yang menyusun protein. Lihat ekspresi genetik untuk keterangan lebih
lanjut. Penelitian mutakhir atas fungsi RNA menunjukkan bukti yang mendukung atas teori
'dunia RNA', yang
Transkripsi
Penyalinan kode genetik dari DNA menjadi RNA dalam proses ekspresi genetik. Proses ini
terutama dikendalikan oleh enzim RNA polimerase
ganda. Pada sel, replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus
melakukan replikasi DNA. Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur,
yaitu pada fase S daur sel, sebelum mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut
memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara nukleotidanukleotida penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula dilakukan in vitro dalam
proses yang disebut reaksi berantai polimerase (PCR).
Garpu replikasi
Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur yang terbentuk ketika
DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim helikase yang memutus ikatanikatan hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda
tersebut menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA.
Masing- masing cabang tersebut menjadi "cetakan" untuk pembentukan dua untaian DNA
baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA polimerase membentuk untaian
DNA baru dengan memperpanjang oligonukleotida (RNA
) yang dibentuk oleh enzimprimase dan
disebutprimer.
DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan nukleotida dalam
hal
ini, deoksiribonukleotidake ujung 3'-hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang sedang
tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA baru (DNA "anak") disintesis dari arah 5'3', sedangkan DNA polimerase
bergerak pada DNA "induk" dengan arah 3'5'. Namun demikian, salah satu untaian DNA induk pada garpu
replikasi berorientasi 3'5', sementara untaian lainnya berorientasi 5'3', dan helikase bergerak membuka
untaian rangkap DNA dengan arah 5'3'.
Oleh karena itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut.
Replikasi DNA. Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal
oleh enzim helikase (9) dengan bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi tegangan untai
DNA. Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian tunggal (10)
untuk mencegahnya membentuk heliks ganda kembali. Primase (6) membentuk
oligonukleotida RNA yang disebutprimer (5) dan molekul DNA polimerase (3 & 8) melekat
pada seuntai tunggal DNA dan bergerak sepanjang untai tersebut memperpanjang primer,
membentuk untaian tunggal DNA baru yang disebut leading strand (2) dan lagging strand (1).
DNA polimerase yang membentuk lagging strand harus mensintesis segmen-segmen
polinukleotida diskontinu (disebut fragmen Okazaki (7)). Enzim DNA ligase (4) kemudian
menyambungkan potongan-potongan
lagging strandtersebut.
Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading strand) ialah untaian DNA yang disintesis
dengan arah 5'3' secara berkesinambungan. Pada untaian ini, DNA polimerase mampu
membentuk DNA menggunakan ujung 3'-OH bebas dari sebuah primer RNA dan sintesis
DNA
berlangsung secara berkesinambungan, searah dengan arah pergerakan garpu replikasi.
Pembentukan lagging strand
ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang berseberangan dengan leading
strand pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis dalam segmen-segmen yang disebut fragmen
Okazaki. Pada untaian ini, primase membentuk primer RNA. DNA polimerase dengan
demikian
Lagging strand
dapat menggunakan gugus OH 3' bebas pada primer RNA tersebut untuk mensintesis DNA
dengan arah 5'3'. Fragmen primer RNA tersebut lalu disingkirkan (misalnya dengan RNase H
dan DNA Polimerase I) dan deoksiribonukleotida baru ditambahkan untuk mengisi celah
yang tadinya ditempati oleh RNA. DNA ligase lalu menyambungkan fragmen-fragmen
Okazaki tersebut sehingga sintesis lagging strand menjadi lengkap.
DNA
DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam deoksiribosa nukleat (ADN) merupakan tempat
penyimpanan informasi genetik.
Struktur DNA
Pada tahun 1953, Frances Crick dan James Watson menemukan model molekul DNA sebagai
suatu struktur heliks beruntai ganda, atau yang lebih dikenal dengan heliks ganda WatsonCrick.DNA merupakan makromolekul polinukleotida yang tersusun atas polimer nukleotida yang
berulang-ulang, tersusun rangkap, membentuk DNA haliks ganda dan berpilin ke kanan.Setiap
nukleotida terdiri dari tiga gugus molekul, yaitu :
- Gula 5 karbon (2-deoksiribosa)
- basa nitrogen yang terdiri golongan purin yaitu adenin (Adenin = A) dan guanin (guanini = G),
serta golongan pirimidin, yaitu sitosin (cytosine = C) dan timin (thymine = T)
- gugus fosfat
Berikut susunan struktur kimia komponen penyusun DNA :
Baik purin ataupun pirimidin yang berkaitan dengan deoksiribosa membentuk suatu molekul
yang dinamakan nukleosida atau deoksiribonukleosida yang merupakan prekursor elementer
untuk sintesis DNA.Prekursor merupakan suatu unsur awal pembentukan senyawa
deoksiribonukleosida yang berkaitan dengan gugus fosfat.DNA tersusun dari empat jenis
monomer nukleotida.
Keempat basa nitrogen nukleotida di dalam DNA tidak berjumlah sama rata.Akan tetapi, pada
setiap molekul DNA, jumlah adenin (A) selalu sama dengan jumlah timin (T).Demikian pula
jumlah guanin (G) dengan sitisin(C) selalu sama.Fenomena ini dinamakan ketentuan
Chargaff.Adenin (A) selalu berpasangan dengan timin (T) dan membentuk dua ikatan hidrogen
(A=T), sedagkan sitosin (C) selalu berpasangan dengan guanin (G) dan membentuk 3 ikatan
hirogen (C = G).
Stabilitas DNA heliks ganda ditentukan oleh susunan basa dan ikatan hidrogen yang terbentuk
sepanjang rantai tersebut.karean perubahan jumlah hidrogen ini, tidak mengehrankan bahwa
ikatan C=G memerlukan tenaga yang lebih besar untuk memisahkannya.
DNA merupakan makromolekul yang struktur primernya adalah polinukleotida rantai rangkap
berpilin.Sturktur ini diibaratkan sebagai sebuah tangga.Anak tangganya adalah susunan basa
nitrogen, dengan ikatan A-T dan G-C.Kedua tulang punggung tangganya adalah gula
ribosa.Antara mononukleotida satu dengan yang lainnya berhubungan secara kimia melalui
ikatan fosfodiester.
DNA heliks ganda yang panjangnya juga memiliki suatu polaritas.Polaritas heliks ganda
berlawanan orientasi satu sama lain.Kedua rantai polinukleotida DNA yang membentuk heliks
ganda berjajar secara antipararel.Jika digambarkan sebagai berikut :
Replikasi DNA
Replikasi adalah peristiwa sintesis DNA.Saat suatu sel membelah secara mitosis, tiap-tiap sel
hasila pembelahan mengandung DNA penuh dan identik seperti induknya.Dengan demikian,
DNA harus secara tepat direplikasi sebelum pembelahan dimulai.Replikasi DNA dapat terjadi
dengan adanya sintesis rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama.Proses komplementasi
pasangan basa menghasilkan suatu molekul DNA baru yang sama dengan molekul DNA lama
sebagai cetakan.Kemungkinan terjadinya replikasi dapat melalui tiga model.
Model pertama adalah model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah,
berfungsi sebagai cetakan untuk dua dua rantai DNA baru.
Model kedua disebut model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru
disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing rantai DNA lama tersebut.Model
ketiga adalah model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan
sebgai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru.
Berikut adalah gambaran replikasi yang terjadi terhadap DNA :
Dari ketiga model replikasi tersebut, model semikonservatif merupakan model yang tepat untuk
proses replikasi DNA.Replikasi DNA semikonservatif ini berlaku bagi organisme prokariot
maupun eukariot.Perbedaan replikasi antara organisme prokariot dengan eukariot adalah dalam
hal jenis dan jumlah enzim yang terlibat, serta kecepatan dan kompleksitas replkasi DNA.Pada
organisme eukariot, peristiwa replikasi terjadi sebelum pembelahan mitosis, tepatnya pada fase
sintsis dalam siklus pembelahan sel.
RNA
rna
RNA ( ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat merupakan makromolekul yang berfungsi
sebagai penyimpan dan penyalur informasi genetik.RNA sebagai penyimpan informasi genetik
misalnya pada materi genetik virus, terutama golongan retrovirus.RNA sebagai penyalur
informasi genetik misalnya pada proses translasi untuk sintesis protein.RNA juga dapat berfungsi
sebagai enzim ( ribozim ) yang dapat mengkalis formasi RNA-nya sendiri atau molekul RNA
lain.
Struktur RNA
RNA merupakan rantai tungga polinukleotida.Setiap ribonukleotida terdiri dari tiga gugus
molekul, yaitu :
- 5 karbon
- basa nitrogen yang terdiri dari golongan purin (yang sama dengan DNA) dan golongan
pirimidin yang berbeda yaitu sitosin (C) dan Urasil (U)
- gugus fosfat
Purin dan pirimidin yang berkaitan dengan ribosa membentuk suatu molekul yang dinamakan
nukleosida atau ribonukleosida, yang merupakan prekursor dasar untuk sintesis
DNA.Ribonukleosida yang berkaitan dengan gugus fosfat membentuk suatu nukleotida atau
ribonukleotida.RNA merupakan hasil transkripsi dari suatu fragmen DNA, sehingga RNA
merupakan polimer yang jauh lebih pendek dibandingkan DNA.
Tipe RNA
RNA terdiri dari tiga tipe, yaitu mRNA ( messenger RNA ) atau RNAd ( RNA duta ), tRNA
( transfer RNA ) atau RNAt ( RNA transfer ), dan rRNA ( ribosomal RNA ) atau RNAr ( RNA
ribosomal ).
RNAd
RNAd merupakan RNA yang urutan basanya komplementer dengan salah satu urutan basa rantai
DNA.RNAd membawa pesan atau kode genetik (kodon) dari kromosom (di dalam inti sel) ke
ribosom (di sitoplasma).Kode genetik RNAd tersebut kemudian menjadi cetakan utnuk
menetukan spesifitas urutan asam amino pada rantai polipeptida.RNAd berupa rantai tunggal
yang relatif panjang.Berikut gambarnya :
RNAr
RNAr merupakan komponen struktural yang utama di dalam ribosom.Setiap subunit ribosom
terdiri dari 30 46% molekul RNAr dan 70 80% protein.
RNAt
RNAt merupakan RNA yang membawa asam amino satu per satu ke ribosom.Pada salah satu
ujung RNAt terdapat tiga rangkaian baa pendek ( disebut antikodon ).Suatu asam amino akan
melekat pada ujung RNAt yang berseberangan dengan ujung antikodon.Pelekatan ini merupakan
cara berfungsinya RNAt, yaitu membawa asam amino spesifik yang nantinya berguna dalam
sintesis protein yaitu pengurutan asam amino sesuai urutan kodonnya pada RNAd.
Perbedaan antara DNA dan RNA
Berdasarkan penjelasan sebelumnya kita dapat menyimpulkan beberapa perbedaan antara DNA
dengan RNA sebagai berikut :
- komponen :
Gula pada DNA deoksiribosa , sedangkan RNA adalah ribosa
Basa nitrogen : purin DNA adalah Adenin dan Guanin, pada RNA adalah Adenin dan
Guanin
- Pirimidin DNA adalah Timin dan sitosin, pada RNA adalah Urasil dan sitosin
- Bentuk : DNA berbentuk rantai panjang , ganda, dan berpilin (double heliks)
RNA berbentuk rantai pendek, tunggal, dan tidak berpilin
- Letak : DNA terletak di dalam nukleus, kloroplas, mitokondria
RNA terletak di dalam nukleus, sitoplasma, kloroplas, mitokondria
- Kadar : DNA tetap
RNA tidak tetap