1.

MEGABLAST
1.1 Esta secuencia muestra una identidad del 100 % con una
encontrada en el cromosoma 7 del humano, tambin presenta
unos porcentajes menores con el cromosoma 6 (del 30%).
1.2 Al realizar el MegaBlast disconituo se observa que aunque
tambin presenta una identidad del 100% con el cromosoma 7, se
arrojan porcentajes mayores con el cromosoma 6 (60%) y
aparecen coincidencias con otros cromosomas que no aparecan
en el MegaBlaste anterior. Esto ocurre porque el Megablast
continuo busca coincidencias de palabras completas dentro de las
secuencias, es decir que si se coloca como parmetro una palabra
de 64 caracteres el programa buscar secuencias con
exactamente la misma palabra sin interrupciones intermedias. Por
otro lado, el MegaBlast discontinuo permite que existan algunos
errores en la secuencia comparada, es decir que permite que la
secuencia que presenta cierta identidad tenga algunos
desactiertos, permitiendo as arrojar una mayor cantidad de
resultados.
1.3 Es reocmendable usarlo cuando se est analizando un genoma
completo que es evolutivamente cercano a uno que ya se
encuentra en la base de datos, de esta forma pueden encontrarse
lugares de la secuencia donde cambiaron algunas bases. Lo que
el MegaBlast discontinuo puede hacer a diferencia del MegaBlast
continuo es admitir missmatches siendo los unos (1) los aciertos y
los ceros (0) los desaciertos.
2. PSI-BLAST
2.1 Con el nmero mximo de hits se encontr la Leghemoglobina en
la primera iteracin, sin embargo s hay cambio al modificar esta
caracterstica de iteraciones pues al aumentar el nmero se
genera mayor especificidad dado que el programa muestra
resultados nuevos sobre los ya hallados e itera hasta la
convergencia o hasta el nmero de iteraciones especificadas. El
e-value de la Leghemoglobina es alto, corresponde al 0.61, sin
embargo, hay que ser muy cuidadosos al analizar este valor en
PSI-BLAST pues no siempre un e-value alto indica que las
secuencias no ean homlogas, es casos como este donde la
secuencia analizada es corta aumenta la probailidad deencontrar
secuencias con tal tamao, empero esto no significa que no sean
homglogas, sino que puede indicar que divergieron hace muchos
aos y que conservan solo un dominio que las relaciona, por ello
si se toma en consideracin que estas dos secuencias estn
relaconadas.
2.2 Para protenas con varios dominios a analizar podra recurrirse a
tomar cada uno de ellos y tratar cada secuencia
independientemente, para visualizar la estructura de dominios de
la protena se puede usar NCBI CD, si no arroja resultado y la
protena tiene ms de 200 aminocidos podra cortarse en
pedazos ms pequeos de 200 aminocidos, aunque por razones
prcticas esto sera algo engorroso.
2.3 Se puede evidenciar en la primera lna (color rosa claro) los
dominios conservados de la secuencia protica dada, de esta
forma los hits arrojados posteriormente contendran un set

especfico de superfamilias de dominios conservados que

contienen 1 o ms dominios de la secuencia dada.
Adicionalmente, puede observarse que las dos protenas tienen
los mismos dominios conservados provenientes de las mismas
protenas lo cual indica que definitivamente tienen relaciones
evolutivas asociadas y que porbablemente divergieron en el
momento en que se separaron las globinas vegetales y animales.