Professional Documents
Culture Documents
TIRTA SETIAWAN
G851130101
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2013
PENDAHULUAN
4. persentasi kandungan basa tidak harus sama, pasangan adenin tidak harus
sama dengan urasil, dan sitosin tidak harus sama dengan guanin.
Ada tiga jenis RNA yaitu tRNA (transfer RNA), mRNA ( messenger RNA ) dan
rRNA (ribosomal RNA). Ketiga macam RNA ini mempunyai fungsi yang
berbeda-beda, tetapi ketiganya secara bersama-sama mempunyai peranan penting
dalam sintesis protein.
Struktur asam nukleat dapat dilihat/tertulis dalam bentuk struktur primer,
sekunder, dan tersier. Struktur primer terbentuk bila gugus fosfat satu nukleotida
berikatan ester dengan gugus hidroksil nukleotida lain melalui ikatan kovalen.
Penggabungan berbagai nukleotida ini membentuk rantai panjang
(polinukleotida). Dua ciri penting semua polinukleotida adalah:
1) Ikatan fosfodiester polinukleotida antara unit-unit monomer selalu antara
karbon 3 dari satu monomer dan karbon 5 dari yang berikutnya. Jadi 2
ujung DNA dari rantai polinukleotida linear tersebut akan berlawanan.
Satu ujung secara normal akan melakukan reaksi dengan fosfat 5 dan
yang lain bereaksi dengan gugus hidroksil 3.
2) Rantai polinukleotida mempunyai kekhasan, ditentukan melalui urutan
basanya.
A
C
G
T
T
3
3
3
3
3
P
P
P
P
OH
5
Gambar 4.
Model
DNA heliks
ganda (tiga dimensi)
oleh Watson & Crick.
Basa - basa (merahhijau) dan bagian tulang
punggung
gula-fosfat
(biru-kuning)
C
5
4. Nukleotida
Nukleotida memiliki peranan yang sangat penting untuk banyak fungsi
dan kinerja sel yaitu mencakup membangun informasi genetik, ekspresi gen,
metabolisme energi, kode-kode pada aktivitas sel serta biosintesis. Biosintesis
mencakup banyak jenis diantaranya biosintesis karbohidrat, protein, lemak bahkan
asam nukleat itu sendiri. Pada sel, paling banyak ditemukan 5-triphoshates. ATP
sebagian besar merupakan nukleotida, banyak ditemukan dalam konsentrasi mM
pada jenis sel yang berbeda meskipun beberapa nukleotida kemungkinan banyak
menunjukkan konsentrasi yang rendah (cAMP).
Nukleotida memiliki peran yaitu:
1. Pembangun Kompleks asam nukleat (DNA dan RNA)
2. Mengatur dalam penyimpanan energi, kontraksi otot, tranpor aktif dan
mengatur pertukaran ion
3. Pengaktif senyawa antara pada proses biosintesis (UDP-glukosa, Sadenosilmetionin (SAM))
4. Komponen dari koenzim (NAD+, NADP+, FAD, FMN and CoA)
5. Pengatur proses metabolisme:
a. Second messengers (cAMP, cGMP)
b. Donor Pospat (PO32-) pada proses pemutusan rantai pospat (ATP)
c. Pengatur proses adenilation dan uridililation dengan beberapa enzim
Tiap nukleotida dibangun oleh sebuah basa purin atau basa pirimidin, sebuah
gula ribosa atau gula deoksiribosa dan sebuah pospat:
Nukleotida
Basa Purin
atau
pirimidin
O
-
5'
O
O-
4'
2' H
H(OH)
3'
H
O
pospat
1'
gula pentosa
Nukleosida
H2N
7
N
9N
H
NH
NH
NH
8
2
N
N
H
N
H
N
H
3
Purin
guanin
hipoxantine
adenin
NH2
NH2
N
H
N
H
xantin
4
5
H3C
NH
NH
2
N
H
pirimidin
N
H
ssitosin
N
H
timin
N
H
urasil
Basa
nukleotida
Adenin
Guanin
Timin
Sitosin
Uracsil
Hipoxantin
Xantin
Nukleotida 5-monofosfat
nukleosida
Adenosin
Guanosin
Timidin
sitidin
Uridin
Inosin
Xantosin
Adenin + PRPP
Guanin + PRPP
Hypoxant in + PRPP
Inosinat + PPi
fosfat ribosa
2-
O3PO
CH2
O
P
O
OH
O-
P
O
OH
PRPP
PEMBAHASAN
Nukleosida trifosfat merupakan dasar pembentukan dari DNA dan RNA
selalu melibatkan dasar proses sepeti pembentukan sukrosa dan pembentukan
fosfolipid. Jalur Uridin trifosfat (UTP) dan citidin trifosfat (CTP) di bahas secara
rinci oleh Ross pada tahun 1981. Suatu reaksi yang menggambarkan tentang
produksi ribonukleotida yaitu pada pembentukan cetakan awal RNA. Deoksi
ribonukleotida, sebagian kecil dari DNA diproduksi oleh sel melalui reduksi dari
ribonukletida. Tanaman memliki kesamaan sistem dengan hewan, yaitu
menggunakan enzim nukleotida difosfat reduktase (NDP). (Dey 1996)
Seperti halnya sistem pada bakteia dan hewan, pada tanaman nukleotida
purin dan pirimidin merupakan unsur dasar bawaan yang diturunkan dari asam
nukleat dan koenzim yang melakukan regulasi, selalu melibatkan pembentukan
tiamin, riboflavin, asam folat, histidin atau banyak sebagai bahan dasar sitokinin,
alkaloid purin dan selanjutnya senyawa N meliputi penumpukan N atau
pengeluaran N (Wink 2010).
Bedasarkan dua literatur diatas, metabolisme khususnya biosintesis asam
nukleat secara prinsip sama, namun untuk parameter lain seperti, sintetis protein,
siklus transfer energi dan kerja beberapa enzimnya memiliki perbedaan, karena
perbedaan sumber makanan pasti membutuhkan enzim yang berbeda.
Berikut perbedaan sel hewan dan sel tumbuhan,
Tabel 1. Perbedaan sel tumbuhan dan sel hewan
Ciri
Dinding sel
Bentuk sel
Butir plastida
Asal energi
Vakuola
Sentriol
Flagel
Sel Tumbuhan
Ada
Tetap
Ada
Fotosintesis
Vakuola besar (Sentral)
Tidak ada
Tidak ada
Sel Hewan
Tidak ada
Bervariasi
Tidak ada
Makanan
Lisosom kecil
Ada
Ada
kedua zat tersebut selalu sesuai dengan kebutuhan fisiologisnya yang bervariasi.
Penyakit genetik metabolisme purin mencakup gout, sindrom Lesch-Nyhan,
defisiensi purin nukleotida fosforilase.
Jaringan tubuh dapat menyintesis purin dan pirimidin dari zat-zat antara
amfibolik. Asam nukleat dan nukleotida yang dimakan bersifat nonesensial secara
dietetik diuraikan disaluran cerna menjadi mononukleotida sehingga dapat diserap
atau diubah menjadi basa purin dan pirimidin (salvage pathway). Basa purin
kemudian dioksidasi menjadi asam urat yang dapat diabsorpsi atau diubah
menjadi basa purin atau pirimidin. Basa purin kemudian dioksidasi menjadi asam
urat yang akan diabsorbsi maupun diekskresikan dalam urine. Jika hanya sedikit
atau tidak ada purin/pirimidin dalam makanan untuk dijadikan asam nukleat
,senyawa yang disuntikkan dapat digunakan untuk membentuk asam nukleat.
Oleh karena itu, penggbungan (3H) timidin (senyawa yang disuntikkan) menjadi
DNA ini dapat digunakan untuk mengukur laju sintesis DNA.
A. Pembentukan Nukleotida Purin
Pembentukan Nukleotida Purin, 5-fosforibosil-1-pirofosfat (PRPP) adalah
sumber gugus ribosa. Senyawa ini disintesis dari ATP dan ribosa 5-fosfat, yang
dibentuk dari glukosa melalui jalur pentosa fosfat. Basa purin dibentuk diatas
gugus ribosa.
Dalam reaksi pertama, PRPP bereaksi dengan glutamin membentuk
fosforibosilamin, reaksi ini, yang menghasilkan nitrogen 9 cincin purin, dikatalisis
oleh PRPP glutamil amidotransferase, suatu enzim yang dihambat oleh tiga
produk jalur, IMP, AMP, dan GMP. Ketiga nukleosida ini juga menghambat
sintesis PRPP sehingga memperlambat produksi nukleotida purin dengan
menurunkan kadar substrat PRPP. ).
Kemudian, karbon 8 disediakan oleh metenil tetrahidrofolat, nitrogen 3 oleh
glutamin, karbon 6 oleh CO2, nitrogen 1 oleh aspartat, dan karbon 2 oleh formil
tetrahidrofolat. Gambar 8A, memperlihatkan sumber masing-masing atom cincin
purin.
10
Gambar 10.
Langkah pertama dalam
biosintesis purin. Basa purin dibentuk pada
gugus ribosa. Produk jalur ini (IMP, MP, dan
GMP) menghambat reaksi. ketersediaan
substrat PRPP adalah penentu kecepatan
reaksi ini.
Gambar 9 penggabungan glisin
ke dalam prekursor purin.
Nukleotida purin pertama yang dibentuk oleh jalur ini adalah inosin monofosfat
(IMP). Nukleotida ini mengandung basa hipoxantin yang disatukan oleh ikatan Nglikosidat dari nitrogen 9 cincin purin ke karbon 1 pada ribosa gambar 9.
IMP berfungsi sebagai titik cabang, serta nukleotida adenin dan guanin dibentuk
dari IMP gambar 8. Adenosin monofosfat (AMP) berasal dari IMP melalui
penambahan sebuah gugus amino dari aspartat ke karbon 6 cincin purin dalam
reaksi yang memerlukan GTP. Guanosin monofosfat (GMP) berasal dari IMP
melalui pemindahan sebuah gugus amino dari amida glutamin ke karbon 2 cincin
purin. Dalam hal ini, reaksi membutuhkan ATP. AMP dan GMP masing-masing
menghambat pembentukannya sendiri dari IMP.
.
11
CO2 (5)
Aspartate (6)
amino
1N
6
C
2C
C
N
N10-THF (7)
7
N
Glutamine
amide (4)
N10-THF (3)
urutan pembentukan
N 9
Glutamine
amide (1)
Ciri-ciri utama:
1. berbeda dengan pirimidin, purin tidak memperoleh ribosa sampai separuh basa
terbentuk, purin dipasangkan ke PRPP.
2. IMP dibangun pertama kali dan kemudian nukleotida adenin dan guanin
12
Gln + H2O
2-
O3PO
CH2
O
P
O
OH
5-fosforibosil-1-pirofosfat (PRPP)
2-
O3PO
CH2
NH2
O-
OH
O
PPi
OH
OH
5-fosforibosil-1-amina
13
ATP + Gly
N7
ADP + Pi
C4 C5
NH
P-ribose
P-ribose-NH2
fosforibosil
amida
O
C
CH2
NH3+
CH2
C
O
glisinamida
ribonukleotida
NH3+
P O
NH3+
C
O-
CH2
OP-ribose-NH2
P OH
-O
P O
NH3+
C
O- P-ribose-NH
CH2
NH3+
C
CH2
O
10
NH3+
P-ribose
NH
C
O
ribonukleotida glisinamina
N10-formylTHF
THF
CH2
P-ribosa
-amino terminus
dibenuk
NH
C8
NH N7
C4
H2N
H
N
N
N
N
H
CH2 C5
OH
N9
O
Formilglisinamida ribonukleotida
CH2
H
CH2
10
O
H
N
OC
O
H2 H2
CH C C C OH
H
N10-formil -tetrahidrofolat (THF)
14
Langkah 4, gugus amida bagian dalam dirubah menjadi amidin dengan pergantian
ammonia yang didapatkan dari glutamin
O
O
C
Glu + NH3
C4
C
NH
P-ribose
Gln + H2O
CH2 C5
N3
H
Formilglisinamidin ribonukleotida
Formilglisinamina ribonukleotida
C8
NH N7
N9
CH2
ADP + Pi
NH
NH
P-ribose
ATP
Perhatikan, langkah 1-4 semua dikatalis oleh banyak enzim yang kompleks.
Banyak dari senyawa antara hasil biosintesis purin itu tidak stabil pada larutan
aqueous dan hanya aktif jika dijaga dalam keadaan larutan pada suhu yang tepat.
Pembentukan dari multi enzim kompleks memungkinkan untuk menghubungkan
produk dari satu rekasi untuk menjadi pusat katalis tanpa pajanan larutan.
langkah 5, reaksi penggabungan pada sisi dalam molekul disertai dengan lepasnya
molekul air pada 5 anggota cincin. Gugus karbonil ini diaktivasi dengan rekasi
posporilasi dan gugus pospat tersebut di gantikan dengan gugus amino.
O
AIR synthetase
C
H
NH
P-ribosa
ATP
NH
C8
ADP + Pi
CH2
N
N9
P-ribosa
- H2O
HC
N7
N
CH C
5
C C4
N3 NH2
penutupan cincin
H
Formilglisinamidin ribonukleotida
5-aminoimidazol
ribonukleotida
HO
N
HC
N
P-ribosa
CH
ADP + Pi
HC
N
- H2O
NH2
P-ribosa
CH
C
8
transfer karboksil HC
O
9N
O
5
C
6
-
C 4
HN
5-aminoimidazol ribonukleotida
O-
P-ribosa
NH2
karboksilaminoimidazol
ribonukleotida
15
ADP + Pi
HC
O-
P-ribosa
- H2O
CH CO2-
H2N
karboksiaminoimidazol
ribonukleotida
CH
CH2
NH2
CO2-
5-aminoimidazol-4-(N-succinilkarboksiamide)
ribonukleotida
CH2
Asp
N
H
N
P-ribosa
NH2
CO2-
N
HC
CO2-
N
HC
N
CO2
C
N
H
P-ribosa
fumarat
CO2-
CH
N1
HC
CH
H
NH2
CO2-
5-amidoimidazol-4-(N-suksinilkarboksiamina)
ribonukleotida
C
NH2
P-ribose
NH2
5-aminoimidazol-4-karboksiamido ribonukleotida
N
HC
N
P-ribosa
N10-formilTHF
THF
N
HC
NH2
N
NH2
5-aminoimidazol-4-karboksiamido
ribonukleotida (AICAR)
P-ribosa
NH2
C
NH
C2
5-formalminoimidazol-4-karboksiamino
ribonukleotida (FAICAR)
16
HC
NH2
N
P-ribosa
NH
P-ribosa
HC
AMP siklohidrolase
NH 1
N
CH
2
H2O
O
Inosinat (IMP)
5-formaminoimidazol-4-karboksiamido
ribonukleotida (FAICAR)
Adenilsuksinat sintetase
Asp
N
NH
P-ribosa
N
P-ribosa
CH
N
- H2O
H2N
CH C
(IMP)
- H2O
P-ribosa
liase
Adenilsuksinat
Adenilat (AMP)
CH2
Asp =
NH2
O-
COO-
O
Inosinat
HN
GDP + Pi
OOC
fumarat
CH
GTP
O
OH
GMP sintetase
NAD+
H2O
O
NADH + H
ATP
NH
NH
NH
N
N
N
P-ribosa
N
N
H
P-ribosa
Inosinat
(IMP)
AMP + PPi
Xantilate
H3N
+
Glu
(XMP)
17
NH2
O
H
H
NH2
Nikotinamida
O
NH2
O
-
O
NH2
OH N
OH
N
-
NH2
Adenin
NAD+
N
R
NADH
Ribosa
O
OH
OH
NAD+
18
COO-
COO-
PRPP
PPi
2-
O3PO
O
N
H
Nikotinat
OH
H
OH
Ribosa-P
Nikotinat ribonukleotida
NADP didapatkan dengan reaksi fosforilasi antara 2-OH dari adenin ribosa
dengan ATP dihadapan NAD+ Kinase
B. Pembentukan Nukleotida Pirimidin
Dalam pembentukan nukleotida pirimidin, yang disintesis pertama kali
adalah basa, kemudian basa tersebut dilekatkan ke gugus ribosa 5-fosfat. Dalam
reaksi pertama, glutamin bereaksi dengan CO2 dan ATP membentuk karbamoil
fosfat. Reaksi ini analog dengan reaksi pertama pada siklus urea, kecuali
digunakan glutamin sebagai sumber nitrogen (bukan amonia) dan terjadi di dalam
sitosol (bukan di mitokondria). Reaksi ini dikatalisis oleh karbamoil fosfat
sintetase II, yang dihambat oleh UTP, salah satu produk antara. Reaksi analog
dalam pembentukan urea dikatalisis oleh karbamoil fosfat sintetase I, yang
diaktifkan oleh N-asetil glutamat. Sintesis pirimidin kurang kompleks
dibandingkan dengan purin, karena senyawa dasarnya jauh lebih sederhana.
langkah pertama adalah berasal dari 1 mol glutamin, satu mol ATP dan satu mol
CO 2 (yang merupakan karbamoilfosfat) dan satu mol aspartat. satu mol tambahan
glutamin dan ATP yang diperlukan dalam konversi UTP untuk menjadi CTP.
Karbamoilfosfat digunakan untuk sintesis nukleotida pirimidin berasal dari
glutamin dan bikarbonat, dalam sitosol, yang bertentangan dengan siklus urea,
karbamoil fosfat berasal dari amonia dan bikarbonat dalam mitokondria. Reaksi
siklus urea dikatalisis oleh sintetase karbamoilfosfat I (CPS-I) sedangkan
prekursor nukleotida pirimidin disintesis oleh CPS-II. Karbamoilfosfat kemudian
direkasikan dengan aspartat, dalam reaksi dikatalisis oleh tingkat aspartat
transkarbamoilase (ATCase).
Dalam reaksi selanjutnya pada biosintesis pirimidin, keseluruhan molekul
aspartat ditambahkan ke karbamoil fosfat. Molekul ini kemudian menutup untuk
19
membentuk struktur cincin, yang di oksidase menjadi asam orotat. Orotat bereaksi
dengan PRPP, menghasilkan orotidin 5-fosfat, yang kemudian mengalami
dekarboksilasi membentuk uridin monofosfat (UMP).
UMP mengalami fosforilasi menjadi UTP. Sebuah gugus amino, yang
berasal dari amida glutamin, ditambahkan ke karbon 4 untuk menghasilkan CTP.
UTPN dan CTP adalah prekursor untuk sintesis RNA.
CTP mengalami defosforilasi membentuk CDP, dan pada tingkat difosfat
ini gugus ribosa di reduksi menjadi deoksiribosa oleh ribonukleotida reduktase
(Gbr .5). dCDP mengalami defosforilasi dan deaminasi, membentuk dUMP.
Metilen tetrahidrofolat memindahkan sebuah gugus metil ke dUMP membentuk
dTMP. Reaksi fosforilasi menghasilkan dCTP dan dTTP, prekursor yang
digunakan untuk sintesis DNA
sumber atom karbom dan nitrogen pada cincin pirimidin
dari karbamoil fosfat
N3
C
NH2
C
4
1
N
5C
dari aspartat
6C
-
C
CH2
CH
H2N
PO32-
O3PO
CH2
P
O
OH
O-
P
O
COO-
5-fosforibosil-1pirofosfat(PRPP) adalah
sumber dari fosforibosil
OH
ADP
O
HO
HO
C
(dari Gln)
NH3
O
fosforilasi dari bikarbonat
O
HO
CPS
O
Pi
CPS
NH2
amonia menggantikan fosfat
Bikarbonat
O
karboksifosfat
asam karbamik
20
ATP
O
HO
O-
ADP
C
CPS
NH2
O
NH2
fosforilasi
karbamoil fosfat
asam karbamik
ADP
OH
R'
R'
NH3
O-
R'
O
R'
O-
Pi
O-
NH2
R
NH2
O
R'
O-
Selanjutnya kita akan melihat mekanisme secara lebih jelas pada biosintesis
nukleotida
Kebutuhan akan ammonia pada pembentukan carmabic acid originates berasal
dari glutamin.
NH2
H2
C
H2N
C
NH2
CH
CPS
OH
NH3
C
H2
H2
C
HO
C
CH
OH
C
C
H2
Glutamin (Gln)
glutamat
Aspartate
Transcarbamoylase
Asp
O
-
Pi
HN
O
O
O
NH2
OOC
Asp menggantika Pi
CH
H+
NH2
COO
C
H2
H2O
OOC
pembentukan cincin
Dihydroorotate
Dehydrogenase
Dihydroorotase
C
HN
CH
NAD+
NH
C
C
H2
karbamoil fosfat
N-karbamoilaspartat
NADH + H+
OOC
OOC
CH
Aspartat
COOC
H2
NH
oksidasi
C
C
H
Orotat
Dihidroorotate
NH2
-
HN
21
OP
HN
-O
CH2
O-
CH
C
H2
PALA
O-
Perhatikan:
1. Aspartat transkarbamoilase dihambat aktivitasnya oleh CTP. Hal ini
membuktikan bahwa control ketat dari CTP dalam sel.
2. N-(fosfonasetil)-L-aspartat (PALA) adalah bisubstrat analog inhibitor dari
aspartat transkarbamoilase. PALA menyerupai karbamoilpospat + aspartat.
3. Sintetase karbamoilfosfat dan aspartat transkarbamoilase pada manusia adalah
bagian dari protein yang sama.
tahap 3. Pembentukan UMP, Orotat di sambungkan dengan PPRP menghasilkan
Orotat mono fosfat (OMP)
O
O
-
C
HN
OOC
O3PO
CH2
NH
O
P
C
C
H
O
OH
orotat
PPi
O-
CH
O3PO
O
CH2
HN
pirimidin fosforibosiltransferase
COO
OH
OH
5-fosforibosil-1-pirofosfat (PRPP)
OH
Orotidilat
PPRP di hasilkan dari reaksi fhosfhorilasi ribosa-5-fosfat (dari jalur fosfat gula
pentosa)
2-
ATP
O3PO
CH2
AMP
2-
O3PO
CH2
OH
PRPP sinthetase
OH
OH
OH
ribosa-5-fosfat
P
O
OH
5-fosforibosil-1-pirofosfat (PRPP)
HN
-
O3PO
O
CH2
HN
CH
H+
CO2
CH
O3PO
CH2
COO
OH
OH
Orotidilat
C
H
22
UMP
sintaase
OH
OH
Uridilat (UMP)
O-
UMP kinase
UMP + ATP
UDP + ADP
nukleotida difosfat kinase
UTP + ADP
UDP + ATP
Pembentukan Nukleotida Sitosin
sitidine trifosfat terbentuk dari uridin trifosfat oleh penggantian gugus
karbonil dengan gugus amino. Hal ini dilakukan dengan mekanisme yang mirip
dengan sintesis karbamoilfosfat. The O4 dari uridin yang terfosforilasi, diikuti oleh
perpindahan dengan amonia. CTP sintetase adalah umpan balik dihambat oleh
CTP.
Gln + H2O
NH2
Glu
C
HN
4-
NH3
CH
O3PO3PO3PO-H2C
CH
O3PO3PO3PO-H2C
CH2
C
H
ATP
ADP + Pi
OH
OH
O
CH2
4-
OH
OH
CTP
UTP
dCTP
dCMP
dUMP
dTMP
23
OMP
UMP
UDP
UTP
CTP
deoksiribonukleoida difosfat
Dengan cara ini tubuh memperoleh dAMP, dGMP, dCMP dan dTMP.
Dalam system tioreduksin akan teroksidasi ke dalam bentuk teroksidasinya agar
bisa digunakan kembali, maka system tioreduksin yang dalam tereduksi ini
direduksi oleh NADPH menggunakan enzim tioreduksin reduktase,seperti pada
gambar di bawah:
24
bagian DNA yang kedua untainya terpisah (garpu replikasi). 2) Enzim heliksdestabilizing protein atau single-stranded DNA-binding protein yang berfungsi
menjaga basa-basa pada untai tunggal agar tidak berpasangan dengan lain, dan 3)
enzim DNA girase mengkatalisis pembukaan heliks ganda sebelum proses
replikasi dimulai. Ketiga enzim ini bekerja sama membentuk DNA untai tunggal.
Tahap selanjutnya menggunakan enzim RNA polimerase spesifik atau
dikenal enzim primase atau dnaG dan protein dnaB. Pembentukan oligonukleotida
primer dilakukan pada daerah spesifik DNA sebagai tempat awal replikasi. RNA
polimerase spesifik ini berbeda dengan RNA polimerase untuk sintesis RNA,
karena enzim ini bersifat nukleofilik dalam pembentukan ikatan fosfodiester dari
rantai DNA yang tidak berpasangan. dnaB berfungsi mengikat DNA untai
tunggal pada sisi awal replikasi kemudian dnaG membentuk oligonukleotida
primer.
Tahap berikut menggunkan katalis DNA polimerase III dan DNA
polimerase I serta DNA ligase. Proses penumbuhan rantai terjadi dengan
penambahan deoksiribonukleotida pada gugus 3-OH ujung rantai primer
(pertumbuhan 5 3). Karena kedua rantai DNA bersifat anti paralel satu
terhadap lainnya (5 3, dan 3 5) maka replikasi semikonservatif yang
terjadi juga berbeda. Pada satu rantai replikasinya bersifat kontinyu dan
menghasilkan untai penuntun (leading strand).
untai lagi fragmen berupa DNA anak. Fragmen DNA anak ini kemudian
dirangkaikan menjadi satu untai utuh oleh enzim DNA ligase sehingga akhirnya
satu DNA double heliks menghasilkan 2 DNA anak helik ganda dan seterusnya.
Penyambungan fragmen okazaki merupakan pembentukan ikatan fosfodisester
antara gugus 3-OH residu nukleosida dan 5-fosfat residu yang berdekatan.
Proses dengan katalisis DNA ligase ini pada E. Coli membutukan kofaktor NAD
dan pada eukariotik menggunakan kofaktor ATP.
2 Proses Transkripsi RNA
Proses transkripsi adalah pembentukan molekul RNA sesuai pesan yang
diberikan oleh DNA. Pada tahap ini informasi genetik diberikan kepada molekul
RNA yang terbentuk selaku perantara dalam sintesis protein.
Proses transkripsi membutuhkan rantai DNA tunggal sebagai cetakan,
RNA polimerase untuk pemanjangan rantai RNA, keempat ribonukleosida 5trifosfat ( ATP, GTP, UTP, dan CTP), serta berbagai enzim kompleks. Dalam
proses ini terbentuk berbagai jenis RNA dari gen DNA yang transkripsi. Gen
adalah bagian tertentu dari DNA yang menyandi satu polipeptida (protein)
tertentu.
Proses ini menyerupai replikasi DNA namun ada perbedaan prinsip antara
keduannya. Pada sintesis DNA seluruh urutan nukleotida DNA digandakan seperti
DNA induk. Pada transkripsi tidak semua DNA ditraksripsi menjadi RNA, hanya
gen atau kolompok gen yang ditranskripsi. Reaksi polimerisasi RNA berlangsung
mengikuti arah ribonukleosida 5-trifosfat keribonukleosida 3-fosfat. Produk
yang terbentuk pada proses ini adalah RNA yang komplemen dengan salah satu
rantai DNA dupleks yang menjadi cetakan.
Semua produk RNA nya dalam berbagai jenis dan beruntai tunggal. Garis
besar tahapan proses sintesis RNA.
Tahap pertama : Enzim polimerase mengikat urutan basa spesifik atau urutan
tanda permulaan DNA yaitu rangkaian 10 nukleotida yang kaya pirimidin.
Pengikatan ini menyebabkan terbukanya heliks ganda DNA dengan panjang
tertentu (inisiasi). RNA polimerase pada bakteri menghasilkan ketiga jenis RNA.
Sementara pada sel mamalia memerlukan RNA polimerase berbeda-beda untk
mensintesis ketiga jenis RNA.
Tahap kedua: RNA polimerase mengkatalisis pemanjangan (elongasi) ikatan
fosfodiester antara ribonukleosida trifosfat dan ujung 3- fosfat melalui cara seperti
DNA polimerase I. Proses pemanjangan ini disertai dengan hidrolisis pirofoffat
untuk membantu menyediakan gaya pendorong untuk reaksi tersebut. Substrat
reaksi RNA polimerase adalah ATP, GTP, UTP, dan CTP sesuai dengan
komplemennya pada urutan DNA.
Tahap ketiga: Komplemen DNA-RNA (hibrid) yang dihasilkan membuka dengan
melepaskan RNA yang terbentuk, diikuti hibridisasi ulang rantai DNA
membentuk untai DNA ganda. Pada ujung gen, terdapat urutan penghenti
(terminasi). yang menyebabkan proses transkripsi berhenti. Keadaan ini diikuti
dengan pelepasan RNA polimerase dari DNA.
Tahap keempat: Adalah tahap akhir dimana terjadi perubahan secara kimia RNA
yang terbentuk. Biasanya setelah proses pembentukan RNA, terjadi proses
lanjutan untuk membuat RNA menjadi aktif. rRNA dan tRNA dibuat dalam
27
bentuk prekusor yang lebih panjang, kemudian dimodifikasi dan dipecah untuk
menghasilkan berbagai produk akhir. Demikian juga mRNA.
Pada sel hewan yang terinfeksi virus dapat terjadi transkripsi balik yaitu
polimerisasi DNA dari RNA.
laju yang tinggi pada pembelahan sel di sel tumbuhan dan semuanya sesuai
dengan keperluan sel yang tinggi dari aktivitas DNA polymerase. (Michael Wink,
2010)
Biosintesis Purin: informasi yg didapat:
1. Purin dibentuk menggunakan 2 jalur yaitu De Novo dan salvage pathway
2. Cincin purin dibangun pada kerangka ribosa untuk membuat IMP, yang
merupakan cabang untuk membentuk AMP dan GMP. Asam amino bertindak
sebagai N donor, CO2 dan C1 pada gugus N10-formil-THF sebagai carbon
donor.
3. Secara umum, makanisme ini membutuhkan
ATP-sebagai perantara
fosforilasi pada carbonyl oxygen, diikuti dengan pergantian fosfat dengan
amina
3. Biosintesis Purin di jaga ketat melalui penghambatan bolak balik.
Pembentukan fosforibosilamina merupakan langkah yang rumit, kehilangan
kontrol akan mengakibatkan cacat klinis pada rangkaian.
4. NAD+ di bangun dari nicotinat, ATP dan PRPP. Glutamin digunakan sebagai
donor amina.
Biosintesis Pirimidin, informasi yg didapat:
1. Purin dibentuk menggunakan 2 jalur yaitu De Novo dan salvage pathway.
2. cincin pirimidin dibangun terlebih dahulu baru kemudian di pasangkan ke
gugus ribosa.
3. biosintesis primidin di atur ketat melalui penghambatan balik enzim (CTP
sintase, ATCase) dan pengaturan pembentukan) ATCase.
4. sebagian besar kebutuhan akan banyak enzim di ambil dari sitosol kecuali
dihidroorotat (berlokasi di mitokondria)
5. enzim pada mamalia memiliki banyak fungsi seperti CAD (3 aktivitas), UMP
sintase (2 aktifitas).
3. Pembelahan Sel
Setelah tahap replikasi biasanya akan dilanjutkan dengan proses
pembelahan sel yang dikenal dengan nama meosis dan mitosis. Pada tahap ini
terdapat perbedaan yang sangat jelas terjadi antara sel hewan dan sel tumbuhan.
Pembelahan sel di awali dengan penggandaan kromosom yang tentunya juga
didahului dengan tahap replikasi DNA. Tiap sel hewan atau tumbuhan memiliki
siklus pembelahan sel sendiri yang telah diatur oleh kode genetic yang tersimpan
didalam kromoson dan pada keadaan tertentu sel juga dapat melakukan
pembelahan, misalnya saat terjadi luka dan masa pertumbuhan
Pada sel hewan, pembelahan sel terjadi hampir pada setiap bagian sel.
Organel sentriol merupakan salah satu bagian yang memegang peran penting
dalam proses pembelahan sel, yaitu sebagai pengatur pola dan pergerakan sel serta
kromosom serta organel lain ketika akan membelah.
Pada sel tumbuhan, pembelahan tidak terjadi pada setiap bagian organ
(batang, akar, daun), karena pada tumbuhan struktur selnya terbagun oleh bagaian
yang tidak ada pada sel hewan yaitu dinding sel, dan juga tidak terdapat organel
sentriol seperti pada sel hewan.
29
Sel Tumbuhan
Sel Hewan
Jaringan parenkim
Vaakuola
besar
kecil
semua sel
Semua sel
Pembelahan sel
semua sel
Organel sel
30
KESIMPULAN
1. Biosintesis asam nukleat pada sel hewan dan tumbuhan memiliki prinsip
proses yang sama.
2. Purin dan pirimidin pada sel hewan dan tumbuhan dibentuk menggunakan
2 jalur yaitu De Novo dan salvage pathway.
3. Pada sel hewan pembelahan diatur kerapihannya dengan organel sentriol,
pada sel tumbuhan pembelahan terjadi dengan cara cell plate.
4. Pada mamalia, pembentukan prekursor nukloetida sebagian besar
dilakukan pada sel hati, sedangkan pada tumbuhan dilakukan pada
jaringan parenkim, meristem, daun dan biji.
5. Enzim polymerase baik pada hewan dan tumbuhan akan meningkat
konsentrasinya pada jaringan yang sedang tumbuh.
31
Daftar Pustaka
32
LAMPIRAN
1. MEKANISME BIOSINTESIS DAN REGULASI PURIN
33
34
35
36
37
38