BAB 9

ENZIM ENZIM PADA PROSES REKOMBINASI

A. Enzim enzim yang dikode gen recA, recB, recC
Protein recA merupakan enzim yang berperan pada rekombinasi umum maupun pada
perbaikan DNA. Gen recA dibutuhkan untuk rekombinasi umum pada E.coli. Pada kondisi in
vitro protein yang dimurnikan mengkatalisasi pembentukan struktur Holliday. Protein recA
berikatan pada molekul DNA unting ganda maupun tunggal. Untuk membuka DNA unting
ganda menggunakan energi yang diperoleh dari hidrolisis ATP, sehingga memungkinkan
terjadi perpasangan dengan DNA unting tunggal. Hal ini memungkinkan terjadi sinapsis
molekul DNA yang memiliki urutan pasangan nukleotida yang mirip. Protein recA juga
mengkatalisasi transfer unting berikutnya sehingga terbentuk suatu jembatan silang( struktur
Holliday) yang selanjutnya diikuti migrasi jembatan silang tadi.
Rekombinasi juga berlangsung di plasmid, misalnya E.colli. Bukti ditunjukkan pada
hasil pemotongan palsmid Col E1 pada tapak restriksi dengan bantuan enzim EcoR1.
Bentukan molekul serupa angka delapan sebelum terpotong oleh enzim endonuklease EcoR1,
sama sekali tidak ditemukan pada preparat DNA plasmid yang berasal dari sel sel E.coli
yang memiliki gen recA. Disimpulkan bahwa produk kedua gen baru bekerja setelah protein
recA bekerja. Gen recB + dan recC + mengkode dua subunit suatu nuklease yang tergantung
ATP. Diduga nuklease itu berperan sebagai suatu resolvase yang memotong jembatan
silang pada struktur Holliday untuk menyempurnakan proses rekombinasi.
Protein recA juga memegang peran utama dalam perbaikan DNA, setelah sel-sel E
.coli diperlakukan dengan radiasi sinar UV maupun agen-agen kimiawi. Ungsi perbaikan ini
diaktivasi oleh DNA unting tunggal. Protein recA memiliki suatu aktivitas proteolitik yang
distimulasi DNA unting tunggal. Sebenarnya DNA E.coli mempunyai sekitar 1000 urutanurutan Chi, atau sekitar suatu tapak Chi per limagen. Sehingga sebenarnya enzim recBC
memiliki banyak peluang memotong unting tunggal DNA. Disamping recA, recB dan recC
ada juga beberapa gen lain yang produknya dibutuhkan untuk rekombinasi, meskipun fungsi
khususnya belom diketahui. Satu enzim lain berperan pada proses rekombinasi yang homolog
adalah enzim nuklease maupun beberapa protein yang diperlukan dalam sintesis DNA. Enzim
nuklease memotong sambungan Holliday sehingga memisahkan molekul DNA rekombinan.
Enzim pada insersi kedalam genom E.coli yang terjadi melalui rekombinasi

Fag mengkode enzim integrase berperan saat insersi DNA fag ke dalam genom
E.coli. Insersi tersebut terjadi melalui rekombinasi pada tapak-tapak spesifik di kedua genom
DNA dan hasil insersi adalah terbentuknya satu molekul sirkuler baru yang lebih besar.
Insersi genom fag ke dalam genom E.coli juga membutuhkan protein IHF serta ion-ion
magnesium. Tapak-tapak spesifik yang menjadi tempat berlangsungnya rekombinasi dalam
rangka insersi itu adalah attP (pada genom fag ) dan attB (pada genom E.coli). Enzim
integrase dapat berperan sebagai suatu enzim topoisomerase.
Jumlah pasangan nukleotida (pasangan basa) pada tapak attP dan attB
memperlihatkan bahwa tapak attP terdiri dari 250 pasang nukleotida, sedangkan tapak attB
terdiri dari sekitar 20 pasang nukleotida. Laju rekombinasi melibatkan tapak attP dan attB
menunjukkan jika urut-urutan inti pada tapak attP ataupun attB sedikit mengalami perubahan,
laju rekombinasi sangat berkurang, tapi jika sedikit perubahan itu terjadi pada tapak attP
maupun attB (identik), maka rekombinasi berlangsung efisien. Enzim integrase
membutuhkan suatu homologi urut-urutan pada daerah inti, seperti halnya suatu urut-urutan
khas yang merupakan tempat pengikatannya. Suatu profag diinduksi untuk tumbuh, maka
keadaannya yang terintegrasi akan beralih dan peristiwa itu disebut eksisi. DNA fag maupun
bakteri terlepas dan bebas satu sama lain. Profag memulai eksisi dengan cara
mengekspresikan suatu protein yang disebut eksionase. Protein enzim itu memungkinkan
enzim integrase mengkatalisasi rekombinasi yang mengakibatkan tapak-tapak pelekatan
hibrid dari profag.