PROTOTIPADO DE BIONANOROBOTS USANDO

DINMICA MOLECULAR Y REALIDAD VIRTUAL

Por: Mustapha Hamdi, Antoine Ferreira, Gaurav Sharma, Constantinos Mavroidis

Trabajo de: Arami Espiau, Sandra Estepa, Christian Faustor, Manuel Fernndez
GRUPO 1, SEMINARIO 2

Resumen:
Este documento presenta un estudio de mecnica molecular, usando un programa de
dinmica molecular, junto a tcnicas de RV para hacer prototipos bionanorobticos
intuitivamente. Usando bio-nano ambientes en RV simulados, el operador puede
disear y caracterizar a travs de simulacin fsica y visualizacin 3D el
comportamiento de los componentes y estructuras basados en protenas. La principal
novedad de las simulaciones propuestas est basada en la caracterizacin de la
rigidez de actuacin de protenas pasivas basadas en uniones (-hlice deca-alanina,
represor de protenas cebo y protenas inmunolgicas) y motores de protenas virales
basadas en uniones activas en su ambiente nativo. Su uso como componentes
elementales bionanorobticos son tambin simulados y sus resultados, discutidos.

1. Introduccin:
Este trabajo, describe el uso de sistemas y programas de tecnologa de vanguardia
como Realidad Virtual (VR), Dinmica Molecular Dirigida (SMD) y Diseo Asistido por
Computador (CAD), con los cuales, se darn grandes avances en el conocimiento
sobre la protenas (principalmente) y otras biomolculas, como su elasticidad,
resistencia, fuerza, a distintos niveles de pH u otros ambientes que afectan su
desnaturalizacin-renaturalizacin; todo esto con el objetivo a largo plazo de poder
construir bionanorobots, cuyos motores, seran de naturaleza proteica.
La especial novedad, es el uso de programas como DMD, cuya velocidad de accin
(dada por el trabajo de 12 ordenadores en paralelo), permite al investigador, ver en
tiempo real, los cambios producidos en la protena en estudio, tras alterar su medio
ambiente, como antes se ha descrito.
El potencial de estos procedimientos no se limita a protenas pequeas o sencillas,
sino que tambin es til para estudiar aquellas compuestas por varios dominios o cuya
complejidad sea an mayor

Las tareas especficas son:

1. Conectar y ensamblar interactivamente los componentes moleculares de la
estructura bionanorobotica a travs de un data glove que puede ser mostrado en
pantalla en el ambiente virtual como un mapeo de mano. Este est compuesto de
sensores de fibra ptica de plegamiento totalmente integrados que proporcionan hasta
22 medidores de junta de ngulo de alta precisin que permiten la captura de todos la
posturas de la mano al ensamblar.
2. Dirigir virtualmente las protenas usando un dispositivo hptico* (SensAble
Technologies PHANToM Desktop interface), que es virtualmente confinado a un tomo
de un subconjunto conformacionalmente estable de la molcula. Este sistema
permitira aplicar fuerzas de estiramiento, trasquile y doblado sobre la protena.
3. Distinguir rutas conformacionales posibles, sentir las barreras energticas asociadas
a cada ruta y elegir la ms ptima/estratgica.
4. Controlar la interaccin mecnica en una disolucin. El plegamiento y despliegue de
la protena puede ser controlado por evaluar la influencia del valor de pH, la
temperatura, la densidad electrnica o la concentracin salina.
El modulo hptico enva datos-comando (posicin, velocidad, fuerza) y recibe seales
de fuerza-retroalimentacin desde el modulo de ambiente molecular interactivo (IME).
El rol principal del IME es reunir los componentes nano-robticos (protenas, ADN,
TNC, grafito) en un espacio 3D representativo llamado dinmica molecular visual
(VMD), el cual es un programa de visualizacin molecular para la presentacin, la
animacin y el anlisis de grandes sistemas biomoleculares usando grficos 3D y builtin scripting.

BIOMOTOR ORBITAL

DATA GLOVE

2. Diseo de una plataforma paralela bio-nanorobtica

La direccin computacional de la simulacin MD (dinmicas moleculares) con la ayuda

de la visualizacin VR (realidad virtual) puede ayudar a la exploracin de nuevos
modelos
y
su
comportamiento
estructural, y tambin para estudiar por
simulaciones
el
comportamiento
elstico y mecnico de nano-robots
moleculares.
A modo de ejemplo,
hemos simulado un plataforma bionanorobotica con un solo grado de
libertad compuesta de cuatro muelles
paralelos pasivos estos a su vez
compuestos por protenas (Fig. 2).
Cada enlace de resorte se compone de
varias
protenas
a-helicoidales
conectados en serie, tales como (a) una
protena
helicoidal-deca-alanina,
represor de imprimacin (ROP) de
protenas
o
fibras
titina.
Tres
biomotores lineales se insertan en el
centro de la plataforma (lineal protena
(VPL) del actuador viral ) para unir dos
plataformas de grafito. Los cuatro
enlaces hlice alpha elsticos estn
actuando como elementos de resorte o
como fuerzas de restitucin que traern
la plataforma de nuevo a su posicin
original (Fig. 2 (b)). La unin de los
diferentes componentes se definen por
los limites de cuatro tomos de carbono
(-COOH-) en la interfaz protena/grafito
y tres tomos de carbono agigantados
(C-C)
en
la
interfaz
de
protena/protena. Las dimensiones totales de la hoja de grafito rectangular son 14,8
nm x 8,5 nm y la longitud total de las tres protenas es de 13,1 nm.

3. Ensamblaje de los resortes de protenas como articulaciones

pasivas.

Con el fin de estudiar las caractersticas mecnicas de los muelles elsticos basados
en protenas, hemos aplicado las tcnicas descritas anteriormente para tres protenas
elsticas a modo de ejemplo: protena de deca-alanina a-hlice, protenas ROP y la
inmunoglobulina-como las protenas.

3.1. Metodologa de simulacin

Todas las simulaciones se llevaron a cabo a una temperatura de 300 K (la cual va
aumentando de 0 a 300 en 10 pasos) y una presin de 1 atm. En ms detalle, el
protocolo es el siguiente:

1. Minimizacin de energa: El primer paso es la minimizacin de la energa de la

estructura biomolecular con el fin de eliminar las fuertes interacciones de van der
Waals que pueden existir que de otro modo podra conducir a simulaciones inestables.
En este punto, todas las protenas se han solvatados por una caja peridica de
dimensiones que cubre el mdulo de por lo menos cinco capas de molculas de agua
con el modelo TIP3P. Las dimensiones de la caja de agua se ajustaron con respecto a
cada estructura de la protena. El medio acuoso se representa por una constante
dielectrica E=78, para el agua a 27 C (300 K). Toda la caja de agua se superpone a la
protena y las molculas de agua que se superponen la protena se quitan. La reminimizacin de la energa se realiza por medio del algoritmo de descenso ms
pronunciado.

2. Proceso de calentamiento: Las velocidades iniciales en una temperatura baja se

asignan a cada tomo del sistema y las ecuaciones de Newton del movimiento se
integran para propagar el sistema en el tiempo. Durante la fase de calentamiento, las
velocidades iniciales se asignan a una temperatura baja y la simulacin se inicia
peridicamente, nuevas velocidades se asignan a una temperatura ligeramente ms
alta y se permite la simulacin para continuar. Todo el sistema se calent
gradualmente hasta 300 K en incrementos de 30 K para intervalos de tiempo de 1 ps,
mientras que el volumen de la caja dejando sin cambios.

3. Termalizacin: Cuando se alcanza la temperatura deseada, el procedimiento de

equilibrado consiste para ejecutar la simulacin hasta que la estructura de parmetros,
es decir, la presin, la temperatura y la energa, se convierten en estables con
respecto al tiempo. Durante el equilibrio a una temperatura de T=300 K, las molculas
de agua que componen el cuadro se delimitan de manera armnica a sus posiciones
originales para mantener la forma de la burbuja de agua. Una simulacin de equilibrio
al menos 1 ns de duracin se realiz para cada protena.

4. Dinmica molecular de direccin: El paso final fue la simulacin para ejecutar

simulaciones SMD (dinmica de molculas dirigidas). Diversas propiedades de
deformacin de protenas mecnicas se pueden simular cuando se somete a
estiramiento externa. En primer lugar, en el estiramiento longitudinal (Fig. 3 (b)),
fijamos un extremo de la molcula (el tomo de C del extremo N-terminal) en el origen
y limitan el otro extremo (el tomo de nitrgeno nivelacin de la C-terminal) para mover
slo a lo largo del eje longitudinal, eliminando de este modo los grados irrelevantes de
libertad, es decir, la eliminacin de la traduccin en general y la rotacin. Entonces, en
la flexin lateral (Fig. 3 (c)), los N-y C-terminales son fijos y el carbono en el centro se
tira armnicamente en direccin lateral. Por ltimo, en corte lateral (fig. 3 (d)), el Cterminal se mantiene fijo y el N-terminal se tira armnicamente en direccin lateral. El
potencial de gua en movimiento se aade para controlar la distancia x de extremo a
extremo que es una funcin de la posicin 3N-dimensional r del sistema. El potencial
de gua en movimiento usado en las simulaciones de traccin est representada por
un resorte que est conectado con el extremo C-terminal y tira de l con una velocidad
constante v Para cada protena, se seleccionaron los valores de la constante de
resorte k y estiramiento velocidad v para corresponder tirando con un resorte duro en
el rgimen de la deriva.

3.2. Protena a-hlice deca-alanina

Una hlice cannica dextrgira fue construida utilizando oligopptidos compuesto por
10 residuos de alanina con el fin de estudiar la transicin de hlice-a-bobina de una
hlice-deca-alanina en el vaco y en el disolvente. En vaco a temperatura ambiente
(T=300 K), la configuracin estable de deca-alanina es un a-hlice.
Despus de minimizacin de la energa, protenas deca-alanina se solvatan en una
caja de agua de 50 A longitud. El sistema se redujo al mnimo de 1.000 pasos de
gradiente conjugado, entonces el sistema se reduce al mnimo y se calienta de 0 a 300
K en 6 ps, el sistema fue posteriormente equilibrado durante 1 ns. Estirando la
molcula por una fuerza externa se puede inducir su transicin a una forma extendida
(en espiral). Esta transicin hlice-a-bobina representa un sistema de plegado simple,
pero bsico que acta como un resorte molecular. El parmetro l se vara de 15 a 35 A
con una velocidad de traccin constante de 1 A/ps.

Una fuerza constante de k=500 pN /A se utiliza con el fin de permitir la distancia X de

extremo a extremo siguen muy de cerca el centro restriccin l.
La fuerza aumenta sin problemas a casi 10 pN hasta la longitud de la protena. Una
vez que este paso se ha completado, los enlaces de hidrgeno empiezan a romperse
y la estructura se extiende ms hacia la conformacin de espiral. En las fuerzas ms
bajas, la molcula se comporta como un resorte Hookian y su extensin es
proporcional a la fuerza aplicada en el extremo con un movimiento reversible. Una
aproximacin til para la constante Kstret viene dado por el modelo de la cadena de
gusano inextensible (worm-like chain). El modelo WLC de elasticidad entrpica predice
la relacin entre la extensin relativa de un polmero y la fuerza de recuperacin
entrpico (f) a travs de su determinada ecuacin.

Muestra claramente que el comportamiento elstico de la protena puede ser usado

como un elemento de control pasivo. Los resultados anteriores mostraron que la
estructura nativa no es destruida bajo condiciones fisiolgicas normales. En algunas
conformaciones no naturales, fuerzas de acortamiento y torcimiento lateral en una
molcula de protena ha sido simulada. Estas pruebas simulan perturbaciones en el
componente bionanorobtico bajo distintas condiciones. Para estas conformaciones, el
muelle hookiano lateral kcorte tiene un alto valor de resorte que es capaz de
contrarrestar variaciones en el microambiente y perturbaciones mecnicas de una
plataforma bionanorobtica. En este caso, en contraste con el estiramiento descrito
arriba, la fuerza de variacin es apenas monotnica con diferentes puntos que llevan a
diferentes valores de muelle hookiano.

Fig.5
Esto se explica por una ruptura sucesiva, en vez de concurrente, de los enlaces de
hidrogeno que unen las hebras. El acortamiento est altamente limitado a romper los
enlaces de hidrogeno ya que hay cambios conformacionales muy pequeos en las
extendidas columnas peptdicas. Al contrario, la Fig. 5(b) muestra una variacin linear
de la fuerza de comportamiento cuando se considera la deformacin pura de
doblamiento de la protena. Esto muestra que para poca fuerza deformadora, se
requiere poca fuerza constante. Despus de un valor umbral, el doblamiento lateral
debe romper las interacciones de Van der Waals de toda la superficie, ocasionando
fuerzas superiores y una fuerte dependencia de largor. Finalmente, estos resultados

indican que puede ser posible obtener un comportamiento mecnico separado de la

protena: rgida en el lateral y manipulable en direccin longitudinal.
Aplicamos fuerzas de estiramiento en la plataforma de grafito superior. Las
simulaciones mostraron que la conexin paralela de las protenas deca alaninas
conectadas en serie permite aumentar considerablemente la fuerza de resorte
resultante y disminuye el desplazamiento total. A modo de ejemplo, la Fig. 6 muestra
la curva de la fuerza de estiramiento de dos vnculos paralelos compuestos de cuatro
protenas como resorte en serie (deca-alanina) en una caja de agua. Conectamos dos
repetidos adyacentes usando conectores no helicoidales rgidos compuestos de tres
enlaces de tomos de carbono (c-c).

Fig.6
La fuerza de resorte aumenta simtricamente de forma considerable para los dos
enlaces paralelos hasta alcanzar su punto de ruptura. Como es de esperar durante el
estiramiento, las fuerzas generadas en configuracin paralela se multiplican por 2
mientras en la configuracin en serie el desplazamiento se multiplica apenas por 4. La
elongacin de la configuracin en serie est dominada principalmente por hlices alfa
desplegadas de las diferentes protenas deca alaninas. Sin embargo, el punto de
ruptura no se debe a la ruptura de la protena sino simplemente por la ruptura del
conector entre las protenas (1,1) y (2,2) como se muestra en la Fig.6 (b). Debe
tomarse en cuenta que la fuerza de comportamiento de cada vinculo paralelo es muy
similar.
Estas protenas deca alaninas multi repetidas en serie pueden ser comparadas con la
espectrina, distrofina, actinina alfa y protenas relacionadas compartiendo estructuras
similares. Comparten tres hlices alfa anti paralelas unidas por hlices largas (-8-9 nm)
que se extiende desde un dominio al siguiente. En comparacin con la Fig. 6, la
informacin de la fuerza de extensin muestra fuerzas lineares similares a las del
estado inicial de la extensin de fin a fin de una repeticin de espectrina en fila. En un

estado ms avanzado, la extensin de los dominios previamente desplegados parece

encajar con un modelo WLC con un perfil de dientes de sierra. Adems, el rango de
informacin de la fuerza linear de extensin es menor que un orden de 2-3 de
magnitud. Las simulaciones de fuerza constante SMD demuestran claramente que la
elongacin bajo estiramiento requiere varios cientos de piconewtons para desdoblarse.
Volver a doblar es parcialmente reversible en un lapso de tiempo sorprendentemente
corto (-5ns) pero la distancia de fin a fin no disminuye a su valor inicial. Hasta donde
sabemos, este es uno de los primeros estudios donde una protena alfa helicoidal
reversible durante un rango largo de extensin de fin a fin (-355 A) ha sido enseada
mediante simulacin MD. Todos los estudios presentados usando simulacin SMD se
usaron para caracterizar el estiramiento forzado desdoblndose sin consideracin de
otros impedimentos mecnicos. Como resultado de nuestras simulaciones SMD
(estiramiento, doblamiento y corte) la rigidez difiere fuertemente dependiendo de los
disturbios aplicados a la plataforma nanorobtica: (i) la rigidez por estiramiento est
fuertemente influenciada por el ambiente nativo en el aire y en el agua, (ii) el corte
lateral es mucho ms rgido que el doblamiento que asegura una buena estabilidad
mecnica de la plataforma contra perturbaciones externas.

3.3. Protena ROP

Con el fin de reducir el nmero de componentes, la configuracin serial de las

protenas deca alaninas multi repetidas ha sido reemplazada por protenas ROP. La
estructura de la protena ROP es de una molcula pequea y dimrica que consiste de
dos cadenas idnticas de 63 aminocidos. Los dos monmeros empaquetados juntos
como un lote de 4 hlices totalmente antiparalelas. La protena ROP fue disuelta en
una caja de agua de 50 A de largo. El sistema fue minimizado por 1000 pasos
conjugados en gradiente, luego el sistema fue minimizado y calentado de 0 a 300 K en
6 ps. Finalmente, la protena ROP fue subsecuentemente equilibrada para 1 ns. La
regin de curvatura de ROP ha atrado un considerable inters como un resorte
molecular paralelo debido a sus propiedades de estabilidad y elasticidad. Las
simulaciones SMD fueron llevadas a cabo uniendo los tomos de C de ambas
terminaciones N de la molcula y aplicando fuerzas externas al tomo C de las dos
terminaciones C junto con el axis z (ver Fig. 7). El protocolo de velocidad constante es
usado para las simulaciones SMD con una velocidad de 1 A/ps.

Fig.7
La Fig.7 (a) muestra dos transiciones conformacionales distintas que provocan la
conversin de la hlice alfa a una forma extendida acercndose a la conformacin
enrollada. Ambas extensiones de hlice alfa son muy similares y no pueden ser
distinguidas en la Fig.7 (a). Al contrario de la estructura deca alanina, la estructura de
doble hlice alfo es naturalmente completamente reversible en una amplio dominio de
extensin (ver fig. 7 (b)) sin la necesidad de una fuerza exterior. Mientras las hlices
alfa deca alanina nicas responden con poco cambio en la distancia de punta a punta
a fuerzas moderadas y requiere varios cientos de piconewtons para desdoblarse, la
elongacin paralela encontrada en la protena ROP parece ser ms adecuada para
una funcin mecnica como un resorte biolgico paralelo. La respuesta elstica de la
protena ROP en el primer estado de elongacin est bien reproducida por un modelo
mecnico simple con dos muelles entrpicos paralelos. En [14], las simulaciones SMD
fueron llevadas a cabo en un lote proteico de 4 helices (acyl-coenzima, una protena
conectora, cdigo de entrada 2ABD) presentando una estructura similar. Sin embargo,
la comparacin muestra diferencias. Primero, el camino del desdoblamiento mide la
2ABD es diferente del dominio de la 1ROP. Esto muestra un gran nmero de estados
metaestables en un rango de 70-250 A cuando una fuerza dbil de 150 PN es aplicada
(perdida de estabilidad kintica). El desdoblamiento se comporta en forma de serie en
vez de una protena multi repetida en paralelo lo cual conduce a fuerzas de
estiramiento menores (-3-5 de orden de magnitud). Segundo, la topologa del
redoblamiento no permite una total reversibilidad de la protena acyl-coenzima.
Adems de dichas estructuras proteicas en lote de 4 hlices, encontramos ejemplos
de dos, tres, cuatro y cinco bucles varados caracterizados por la secuencia de
patrones conocidos como repeticiones de heptad. La construccin compleja de
uniones multi hlice desde protenas de auto unin de hlices alfa bilaterales fue
asignada en: rueda helicoidal, estructuras de lmina alfa y cilindro alfa.

3.4 Dominios de inmunoglobulina

Las estructuras b-sndwich se encuentran en gran variedad de protenas compuestas
por mltiples dominios proteicos plegados individualmente. El plegamiento y
desplegamiento de las protenas usando las simulaciones de SMD nos inform de dos
ejemplos importantes:
-

La inmunoglobulina (Ig) de tipo plegada

La fibronectina de tipo plegada (FIII)

El forzado inducido de la titina (responsable de la elasticidad pasiva del msculo)

puede causar que sus constituyentes (Ig y FIII) se desenreden.
Hoy en da I27 es la nica banda de Ig con una estructura experimentalmente resuelta
por lo que ha sido seleccionada para la investigacin.

Modelo de simulaciones de
extensin de titina I27-Ig
(a) Curva fuerza-distancia
(b) Curva de reversibilidad de
extensin-distensin

Otras simulaciones mostraron caractersticas similares del proceso y perfiles de fuerza

del desdoblamiento slo con una pequea variacin en la fuerza y el valor mximo de
extensin en la fuerza mxima. Los resultados de la curva de estrechamiento
relajacin nos muestran una buena reversibilidad del movimiento de la protena
cuando est completamente relajada. Su comportamiento durante la extensin puede
ser modelado como una serie de resortes elsticos con una viscosidad elemental
correspondiente al desdoblamiento individual del dominio I27. El estiramiento dara
como resultado el enderezamiento de la cadena del dominio Ig como un resorte
entrpico. El dominio Ig bien doblado podra funcionar como amortiguador por
desarrollo reversible slo en caso de fuerzas de estiramiento extremadamente altas.

Esta estructura permite evitar la ruptura completa de la protena debido al estiramiento

excesivo.
El nmero de picos de fuerza que surgen en los perfiles es igual al nmero de
dominios de Ig implicados en el estirado de la protena. Su comportamiento durante la
extensin puede ser modelado como una serie de muelles elsticos de rigidez
diferente correspondiente al despliegue individual de dominios. Estos resultados de la
simulacin son acordes con las propiedades mecnicas de dominios de miomesina
humana. El estiramiento de poli protenas constituidas por dominios de Ig y FIII de
miomesina humana produce un patrn de dientes de sierra en la curva de fuerzaextensin cuya funcin es de resorte reversible con elasticidad adaptable.
La titina genera una fuerza de restauracin basada en un mecanismo de elasticidad
entrpica.

Simulaciones de
estiramiento de I27 I1
Curva fuerza-distancia
de modelos elsticos
moleculares conectados
en serie

Los componentes de esta elasticidad entrpica permiten a la titina ser totalmente

reversible en fuerzas fisiolgicas sin la necesidad de desdoblar los dominios de IG. El
componente elstico surge de la extensin de la cadena del dominio Ig. Tras la reextensin de la repeticin de protena se demuestra que la recuperacin de los
dominios cruzados depende del intervalo de tiempo entre extensiones consecutivas.

4. protenas como biomotores

En esta parte se estudian las propiedades moleculares de las protenas virales, para
cambiar su conformacin 3D dependiendo del nivel de pH del medio.
La estructura es como una horquilla compuesta por tres bobinas con un C terminal y
que experimenta un cambio conformacional inducido por condiciones ligeramente
cidas (pH=5 aprox.9). Con el cambio de pH, las terminaciones N salen hacia fuera de
la cara interna y el pptido adquiere una posicin enderezada.
La estructura abierta representativa puede ser generada forzando la estructura lejos
de la conformacin nativa con un limitado MD a alta temperatura. Este pptido puede
realizar movimientos controlados reversibles por la variacin de pH. Con el fin de
estudiar los lmites mecnicos de los estados de referencia con el punto final con un
movimiento reversible se han investigado las simulaciones del estiramiento mecnico.
Las simulaciones del VPL se llevaron a cabo utilizando el mismo protocolo que con la
titina pero en condiciones distintas. Se extendi la protena viral de manera
irreversible y se examin la distribucin resultante de la fuerza. Un medio ms realista
del VPL requiere la inclusin del efecto del pH en la protena. Con el fin de tener en
cuenta el efecto del pH a tiempo real en la estabilidad inica de la protena, se le
considera un modelo corriente en la siguiente fase.

Caractersticas fuerza-distancia de
un biomotor VPL:
(a) Estiramiento
(b) Cizallamiento
(c) Flexionamiento

5. Conclusin
El fin de este experimento ha sido ayudar en el diseo de los bionanorobots (midiendo
su fuerza, posicin y fuerza de retroalimentacin) integrando dinmicas moleculares y
clculos cinemticos de las simulaciones de realidad virtual. Se busca el poder
interactuar con un objeto creado por ordenador del mismo modo que una persona
interaccionara con un objeto material, sin intermediarios artificiales.
Los resultados de la fuerza mecnica al estirar una a-hlice o b-protenas de cinta
ayudarn a los robticos a controlar la mecnica, evolucin y destino de las reacciones
qumicas al conectar los diferentes componentes nanos robticos.