BIOCHIMICA

(Registrazione 20/01/2016)

Oltre ai 20 amminoacidi che sono quelli codificati dal nostro genoma, vi sono altri amminoacidi
le cui informazioni non sono nel nostro codice genetico ma che possono essere formati
comunque all'interno delle cellule, alcuni di questi vengono detti Proteinogenici, nel senso che
sono comunque amminoacidi che rientrano nella costituzione delle proteine e sono
Selenocisteina, L-Idrossiprolina, L-Idrossilisina, che derivano come i nomi suggeriscono da
modificazioni di alcuni dei 20 amminoacidi codificati dal nostro Dna.
Altri amminoacidi che si aggiungono vengono detti non Proteinogenici, questo vuol dire che
non li ritroveremo nella sequenza di una proteina, ma possono essere presenti comunque
nella cellula, esempio l'Ornitina che un amminoacido che incontreremo quando ci
occuperemo del ciclo dell'urea.
Queste strutture monomeriche degli amminoacidi si uniscono in una sequenza lineare per
dare origine alle proteine in senso generale. L'unione di due o pi amminoacidi nella
formazione di una sequenza proteica avviene attraverso la formazione di un legame Peptidico,
in questo legame due molecole di amminoacidi si uniscono covalentemente ed anche detto
legame Ammidico. Quindi questo legame viene formato con perdita di una molecola di acqua
ed un tipico esempio di reazioni di condensazione, questa reazione avviene quindi per
eliminazione di una molecola di acqua dal gruppo carbossilico di un amminoacido e dal gruppo
amminico dell'altro amminoacido. La reazione tra queste due regioni dei due amminoacidi
attraverso una reazione di condensazione (l'eliminazione di una molecola di acqua), porter
alla formazione del legame Peptidico, che un legame covalente che unisce due o pi
amminoacidi nella formazione della struttura di una proteina.
Il legame Peptidico ha delle caratteristiche importanti perch questo legame ha parziali
caratteristiche di doppio legame infatti la distanza del legame carbonio-azoto che definisce il
legame peptidico una lunghezza di 0,132 nm che intermedia tra la lunghezza di un legame
singolo carbonio-azoto 0,149 nm e la lunghezza un legame doppio carbonio-azoto 0,127 nm. Il
fatto che questo legame abbia una caratteristica di parziale doppio legame dovuto alla
delocalizzazione delle cariche che si stabilisce tra l'ossigeno del gruppo carbonilico e l'azoto
del gruppo amminico nel momento in cui si realizza questo legame.
Questa caratteristica di parziale doppio legame fa in modo che il legame peptidico sia rigido e
planare, vuol dire che tutti i 6 atomi che partecipano alla formazione di questo legame che
sono quindi il carbonio e l'azoto i due carboni alfa a monte e a valle del legame e l'ossigeno e
l'idrogeno, tutti questi 6 atomi si trovano in un unico piano, cio non c' possibilit di rotazione
intorno all'atomo di carbonio o all'atomo di azoto, con la caratteristica che l'ossigeno e in trans
rispetto all'idrogeno. L'unica possibilit di rotazione si verifica a monte e a valle di questo piano
cio a livello dei due carboni alfa, questa una caratteristica estremamente importante perch
serve a comprendere la possibilit di formazione di strutture secondarie.
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A proposito della variabilit delle proteine, dobbiamo saper distinguere quando parliamo di
peptidi e quando parliamo di proteine e considerato che sono tutti dei polimeri lineari costituiti
quindi da una variabile composizione dei 20 amminoacidi, quindi 20 tipi di monomeri. I Peptidi
saranno i polimeri pi piccoli che avranno cio una grandezza di circa 5000 dalton e
nell'ambito di questi peptidi potremo classificare i Dipeptidi o i Tripeptidi quindi costituiti da due
o tre amminoacidi, oppure potremo parlare di Oligopeptidi quando il numero di amminoacidi
che li compone inferiore a 10 oppure di Polipeptidi quando il numero di amminoacidi un
numero maggiore di 10.
Per definire un polimero di amminoacidi una Proteina, allora la definiremo soltanto per quei
polimeri di amminoacidi che avranno una lunghezza che andr da 50 a 2000 differenti
amminoacidi, nel caso in cui il numero di amminoacidi sia inferiore parleremo invece di Peptidi
e la differenza sta nel fatto che soltanto le proteine potranno acquisire quelle caratteristiche
conformazionali che daranno poi una particolare funzione a quella proteina.
Quando si parla di un polimero di amminoacidi, quindi di una proteina o un peptide, la
nomenclatura definisce che la regione del polimero di amminoacidi che presenta il gruppo
amminico libero viene chiamata NH-terminale e per convenzione questo rappresenta l'inizio
della proteina; nel momento in cui si costituisce un polimero di amminoacidi i gruppi
carbossilici e i gruppi amminici sono tutti impegnati nella formazione del legame peptidico, ci
saranno soltanto due amminoacidi all'inizio e alla fine che presenteranno o il gruppo amminico
libero e quindi nella regione ammino-terminale della proteina oppure il gruppo carbossilicolibero e quindi la regione carbossi-terminale.
La sequenza di una proteina per convenzione va letta e va indicata dalla regione amminoterminale alla ragione carbossi-terminale.
Abbiamo detto che la formula generale di struttura di un amminoacido prevede la presenza di
un ammino-terminale, di un residuo amminico e di un residuo carbossilico, che possono
essere carichi e il punto isoelettrico definisce la formazione di un amminoacido non carico
nella sua forma Zwitterionica in cui quindi abbiamo una carica positiva ed una carica negativa;
Il gruppo carbossilico e il gruppo amminico sono impegnati nella formazione del legame
peptidico il comportamento acido-base di una proteina sar definito quindi soltanto dal
comportamento acido-base dei gruppi laterali (i gruppi R che non sono impegnati nella
formazione dei legami peptidici) degli amminoacidi. Nella classificazione dei venti
amminoacidi, abbiamo detto che vi sono degli amminoacidi che sono basici e cio sono quelli
amminoacidi che sono carichi positivamente che sono rappresentati dalla Lisina, Arginina e
dalla Istidina. L'Istidina in realt un amminoacido basico un po' particolare che avendo un
pKA intorno a 6 a pH fisiologico si presenta generalmente neutro e la particolarit che la
presenza della carica su questo amminoacido segnata dall'intorno degli amminoacidi in cui
si viene a trovare. La presenza di questi amminoacidi nell'ambito di una sequenza proteica
caratterizzer quest'ultima come una proteina basica, se invece nella sequenza sono presenti
gli amminoacidi con gruppi R carichi negativamente allora questo conferir un carattere acido;
i due amminoacidi con cariche negative sono rappresentati dall'acido Aspartico e dall'acido
Glutammico, che invece si comporteranno da donatori di protoni nel momento in cui si trovano
in una sequenza proteica.

Il fatto che una proteina nella sua complessit possa risultare o acida o basica dipender
necessariamente dalla quantit nella sua sequenza di amminoacidi basici o di amminoacidi
acidi.
Qui rappresentata schematicamente un sequenza lineare di una X proteina, partendo
dall'estremit ammino-terminale e quindi li si trover l'amminoacido numero 1 perch si da una
numerazione agli amminoacidi nella sequenza, fino all'ultimo amminoacido al carbossiterminale, con il numero pi alto contenuto nella sequenza; Nella composizione di questa
proteina vedete definita una sequenza precisa di amminoacidi, se in questa proteina la
sommatoria degli amminoacidi basici in rapporto alla sommatoria degli amminoacidi acidi
maggiore di 1 (>1), quindi maggiore la presenza di amminoacidi basici allora quella proteina
avr un carattere basico, se invece il rapporto tra la sommatoria degli amminoacidi basici e la
sommatoria degli amminoacidi acidi inferiore ad 1 (<1) vuol dire che prevarranno gli
amminoacidi acidi e quindi questo dar alla proteina un carattere di acidit.
La lunghezza di una proteina pu essere veramente variabile, esempi sono Ossitocina,
Glucagone, Titina, in cui si pu notare la variabilit del numero di amminoacidi che possono
comporre una proteina, partendo da un numero medio di circa 100 amminoacidi fino ad
arrivare a casi estremi della proteina pi lunga mai conosciuta, cio una proteina costituita da
circa 27 mila amminoacidi che la proteina Titina, che avr un peso molecolare di circa 3
milioni, questa si trova nella cellula muscolare e partecipa alla formazione del citoscheletro.
Per convenzione le proteine hanno tutte una estremit ammino-terminale ed una estremit
carbossi-terminale, questa convenzione utile e necessaria nel momento in cui c' la
necessit di fare delle omologie di sequenza tra le varie proteine.
Le omologie di sequenza servono ad allineare e confrontare le sequenze della stessa proteina
in organismi diversi oppure in tessuti diversi e quindi nel momento in cui due organismi sono
molto correlati le sequenze dei loro geni e quindi delle loro proteine dovrebbero essere simili;
quindi si dice che c' un omologia del 100% quando quella proteina, cio la sequenza degli
amminoacidi che la compongono, presente in due differenti organismi assolutamente
identica sempre la stessa, ma non sempre cos perch vi pu essere che quella stessa
proteina espressa in organismi differenti pu avere delle differenze nella sequenza e quindi in
quel caso scende la percentuale di omologia, quindi pi lontani dal punto di vista evolutivo
sono gli organismi in cui questa proteina presente, maggiori saranno le differenze nella
sequenza di quella proteina che generalmente comunque deve sempre assolvere allo stesso
scopo, quindi deve sempre avere la stessa funzione. Queste diversit nelle omologie di
sequenza si possono per esempio riscontrare se noi analizziamo la sequenza di una proteina
molto importante la Mioglobina, una proteina che si occupa della conservazione dell'ossigeno
dall'uomo al capodoglio, queste proteine fondamentalmente sono molto simili, ci sono le due
sequenze allineate e le regioni blu rappresentano tutte quelle regioni in cui gli amminoacidi
sono gli stessi nelle due specie. Per quanto riguarda invece il cambiamento di un
amminoacido, si possono avere dei cambiamenti ossia delle sostituzioni conservative che
per esempio quella in cui (lo indicato con la freccia all'amminoacido numero 4 nella regione
ammino-terminale), vedete un Aspartato che viene sostituito nel capodoglio dal Glutammato;
Questo tipo di sostituzione viene indicata come una sostituzione conservativa perch
comunque non cambia le caratteristiche acido-base della proteina perch sostituisce un
amminoacido carico negativamente con un altro amminoacido carico negativamente, quindi
quando la sostituzione prevede l'introduzione di un amminoacido che comunque rientra nella
stessa classe di amminoacidi (idrofobici, idrofilici, carichi, non carichi), quindi per esempio
anche la sostituzione di un amminoacido idrofobico Valina, con un altro amminoacido
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idrofobico. Esistono poi delle sostituzioni dette non conservative, (indicate in questa
diapositiva in giallo) in cui si ha il cambiamento del tipo di amminoacido all'interno della
proteina;
Cambiamento che avr delle caratteristiche differenti da quello presente nell'altra sequenza e
ovvio che queste sostituzioni saranno possibili per dare una proteina comunque funzionale nel
momento in cui non interesseranno regioni della sequenza amminoacidica che sono importanti
per la funzione di quella proteina; Le regioni sono per esempio il Sito di Binding di un
substrato, oppure, un sito che da una particolare conformazione alla proteina, quindi solo cos
sar possibile avere una proteina comunque funzionale allo scopo per cui viene prodotta.
Una struttura primaria definita dalla sequenza precisa degli amminoacidi che compongono la
proteina e quindi questo il primo livello di struttura delle proteine.
Il secondo livello di organizzazione strutturale delle proteine detta struttura secondaria, che
definisce un organizzazione strutturale locale, che assumono dei pezzi di proteina pi o meno
lunghi; Le possibili strutture secondarie che definiscono una proteina possono essere:
Strutture Secondarie ad Alfa Elica, Strutture secondarie a Beta, oppure Anse o Ripiegamenti,
quindi quelli che in gergo vengono chiamati i Loop all'interno delle strutture delle proteine.
Perch sono possibili solo questi tipi di strutture secondarie?
Torniamo alla rigidit del legame peptidico e alla possibilit di rotazione soltanto intorno agli
atomi a valle e a monte. Quindi questi elementi di struttura secondaria si formano percorrendo
un fine preciso, quello di rendere minima l'energia potenziale della molecola ovvero
minimizzando l'ingombro sterico tra i gruppi laterali R degli amminoacidi e ottimizzando la
formazione dei legami idrogeno tra gli amminoacidi che quindi stabilizzano la struttura di una
proteina.
Quindi voi immaginate quel nastro che vi ho mostrato, che rappresenta la sequenza primaria
di una proteina; quel nastro assumer vari livelli di organizzazione strutturale.
Il primo livello di organizzazione strutturale la struttura Secondaria, quel nastro quindi si
avvolger nella formazione o di Alfa Eliche o di Strutture Beta, oppure ci saranno delle regioni
che non si avvolgeranno e rimarranno come Anse o Loop.
Quelle che guida questo avvolgimento nella formazione di queste strutture sono questi due
fattori cio, la proteina si organizza in maniera tale da minimizzare l'ingombro sterico delle
catene laterali degli amminoacidi e mettere in una condizione possibile gli amminoacidi per
stabilizzarsi con legami idrogeno, in maniera tale che tutto questo porter a diminuire l'energia
potenziale della molecola.
Il fatto che si possano formare soltanto questo tipo di elementi strutturali, quindi le strutture
alfa o le strutture beta, dipende dal fatto che il legame peptidico un legame rigido e planare e
che le uniche possibilit di rotazione sono possibili intorno ai carboni alfa a monte e a valle dei
legami peptidici; quindi gli angoli che possono ruotare nell'ambito di una sequenza di
amminoacidi e quindi gli angoli che definiscono il carbonio alfa, che non fa parte del legame
peptidico, vengono indicati come angoli Fi e Psi. Le possibili rotazioni di questi angoli Psi e Fi
definiscono la formazione di strutture secondarie di tipo Alfa e di tipo Beta.
Il grafico di Ramachandran un grafico in cui sull'asse delle X sono indicate le possibili
rotazioni dell'angolo Fi e invece sull'asse delle Y sono indicate le possibili rotazioni dell'angolo
Psi; di tutto questo grafico le uniche regioni che possono dare origine a delle strutture con
energia potenziale possibile sono le regioni in blu, questo vuol dire che in realt quegli angoli
non possono avere un infinito numero di rotazioni, cio il grado di quegli angoli non pu avere
valori indefiniti o qualsiasi valore compreso tra -180 e 180, ma ci sono degli angoli di rotazione
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possibili (sempre in base all'ingombro sterico delle catene laterali), che porteranno alla
formazione di strutture alfa o di strutture beta (di strutture secondarie).
La struttura secondaria di tipo Alfa, che viene indicata come Alfa elica destrorsa, si realizza
quando l'angolo Fi assume un valore di -57 e l'angolo Psi un valore di -47.
Invece la struttura a Beta foglietto che pu essere parallelo o antiparallelo si avr quindi -119
e +113 per il foglietto Beta parallelo e -139 e +135 per il foglietto Beta antiparallelo; quindi
solo queste possibilit di rotazione sono consentite in base ai due principi generali, ovvero
minimizzare l'energia potenziale, il favorire la formazione dei legami a idrogeno e minimizzare
l'ingombro sterico tra i gruppi R degli amminoacidi, quindi questi angoli di legame definiscono
le possibilit di formazione delle strutture secondarie.
Per quanto riguarda la struttura ad Alfa elica questa caratterizzata da un'unit ripetitiva in cui
un singolo giro dell'elica costituito da 3,6 residui amminoacidici, che si estende per una
lunghezza di 5,4 Angstrom intorno ad un asse ideale dell'elica. In una struttura ad Alfa elica
inoltre i gruppi R laterali degli amminoacidi sono tutti localizzati all'esterno di questa alfa elica,
stabilizzata da tutta una serie di legami idrogeno, quindi questa struttura persegue quei due
concetti ovvero minimizzazione dell'ingombro sterico e ottimizzazione della formazione dei
legami idrogeno. La Prolina in particolare un amminoacido che per la sua struttura ciclica
che da rigidit al sistema impedisce la formazione dell'angolo Fi, che caratteristico per la
formazione dell'Alfa elica che abbiamo detto essere di -57, invece la Prolina non consente per
la struttura del gruppo R la formazione di un angolo di questa grandezza per cui quando si
trova nell'ambito di una sequenza amminoacidica determiner sempre una rottura della
struttura ad alfa elica.
L'altra possibilit di struttura secondaria e invece data dal Beta foglietto, che una struttura
abbastanza distesa con una forma pieghettata in cui due o anche pi catene sono
completamente distese e si stabilizzano attraverso legami idrogeno e il Beta foglietto potr
essere parallelo quando le due sequenze sono appunto parallele, cio inizio NH-terminale e
Carbossi-terminale hanno la stessa direzione.
Il foglietto invece verr detto antiparallelo, quando i due filamenti si pongono con direzioni
opposte rispetto all'NH-terminale e al Carbossi-terminale, quindi orientamento opposto.
Nella formazione di una struttura a Beta foglietto non devono intervenire necessariamente due
catene amminoacidiche, anche una singola catena amminoacidica pu ripiegarsi in maniera
da formare un Beta foglietto e in questo caso la stabilizzazione con il legame a idrogeno sar
con legame a idrogeno Intracatena, mentre nel caso precedente i legami a idrogeno per
stabilizzare la struttura saranno dei legami idrogeno Intercatena che si formano tra due catene
polipeptidiche diverse.
Le proteine per arrivare alla loro struttura nativa che viene definita come la conformazione
nella quale quella proteina potr svolgere il suo compito ci sono vari livelli di organizzazione
strutturale e quindi dopo la struttura Primaria e quella Secondaria si pu definire anche una
struttura Terziaria delle proteine.
La struttura Terziaria definisce la disposizione della catena polipeptidica in una conformazione
nello spazio tridimensionale.
Esiste la possibilit di una struttura Quaternaria che un livello di organizzazione strutturale
che valido soltanto per quelle proteine che in realt si compongono dall'associazione di pi
proteine, quindi non soltanto di una singola catena polipeptidica ma di pi proteine che in quel
caso prenderanno il nome di Subunit.
In base a questi vari livelli di organizzazione strutturale possiamo classificare le proteine in:
proteine Fibrose e proteine Globulari.
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Le proteine Fibrose hanno catene polipeptidiche disposte in lunghi fasci o foglietti; queste
proteine saranno caratterizzate da avere un unico tipo di struttura secondaria, quindi una
proteina fibrosa non potr avere come struttura secondaria Beta-foglietti o Alfa-eliche. Queste
proteine in genere sono proteine Insolubili in acqua perch sono delle proteine molto ricche in
amminoacidi idrofobici. Perch evidentemente la presenza degli amminoacidi idrofobici, per
perseguire i due principi di minimizzare l'ingombro sterico e favorire la formazione dei legami a
idrogeno, vanno verso la formazione di strutture organizzate in fasci o di foglietti.
Le proteine Globulari sono caratterizzate dal fatto che invece le catene polipeptidiche non
sono disposte in fasci o foglietti, ma invece sono strettamente ripiegate ed avvolte a formare
delle forme sferiche/globulari, con una struttura Terziaria che sar costituita dall'insieme di
strutture ad Alfa-elica e di strutture a Beta-foglietto collegate tra di loro da Anse o Loop.
Queste proteine hanno il carattere di essere solubili in acqua e tra le proteine globulari vi sono
sia proteine che hanno funzione enzimatica, funzione regolatoria o funzione di trasporto come
per esempio la Mioglobina e l'Emoglobina.
Tra le proteine Fibrose possiamo prendere come esempio la Cheratina, che il componente
fondamentale quasi unico degli annessi cutanei (capelli, unghie, ecc.). Abbiamo detto che
proteine Fibrose potevano avere organizzazioni di struttura Secondaria di un solo tipo e quindi
infatti la Cheratina ha una sequenza amminoacidica organizzata nella formazione di strutture
secondarie del tipo Alfa-eliche; quindi l'unit di partenza della Cheratina costituita da una
coppia di Alfa-eliche che si avvolgono l'una sull'altra, a formare un superavvolgimento ossia un
Coiled Coil. Questo superavvolgimento delle Alfa-eliche di Cheratina caratterizzato dal fatto
che le regioni in cui si toccano/avvicinano le due catene Alfa sono ricche di amminoacidi
idrofobici, questi proprio per il fatto che rifuggono il contatto con l'ambiente acquoso esterno
saranno sempre localizzati nella parte pi interna della proteina, quindi in questa struttura di
superavvolgimento di Alfa-eliche le regioni in cui queste si toccano saranno ricche di
amminoacidi idrofobici. Partendo da questa organizzazione strutturale iniziale della Cheratina
che come proteina fibrosa deve resistere alle tensioni, alle trazioni quindi deve essere robusta
dal punto di vista strutturale; per cui due catene di Alfa-cheratina formano il dimero avvolto, ma
l'organizzazione strutturale non si ferma alla formazione del dimero avvolto, perch due file
sfalsate di dimeri avvolti formano il Protofilamento, due protofilamenti dimerizzano tra di loro a
formare le Protofibrille e poi l'associazione di 4 Protofibrille porta alla formazione delle
Microfibrille; Quindi questa sequenziale associazione, quindi organizzazione strutturale fa in
modo che un capello in realt sar un aggregato di molti filamenti di Alfa-cheratina, che quindi
presenta diversi livelli di organizzazione strutturale di questi superavvolgimenti e formazione di
dimeri sequenziali che portano alla formazione del capello, una struttura rigida che pu
resistere alle tensioni e alle trazioni.
Invece la caratteristica delle proteine Globulari che diversi sedimenti della catena
polipeptidica di questa proteina si avvolgono gli uni sugli altri generando una struttura
compatta e superavvolta; Quindi mentre la proteina fibrosa Cheratina costituita soltanto da
elementi di struttura secondaria ad Alfa-elica, invece nella formazione di una proteina
Globulare possono intervenire sia regioni della proteina con una struttura ad Alfa-elica, sia
regioni della proteina con una struttura a Beta-foglietto, paralleli o antiparalleli e la presenza
nell'ambito di tutte le proteine Globulari di strutture ad Alfa-elica o di struttura a conformazione
Beta variabile e dipende dal tipo di proteina e dalla sequenza degli amminoacidi che
costituiscono la proteina stessa. Per esempio nella Chimotripsina che costituita da 247
residui, il 14% della proteina organizzata in Alfa-eliche e il 45% degli amminoacidi della
proteina organizzata in conformazioni di tipo Beta, fino ad arrivare invece alla Mioglobina
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costituita da 153 amminoacidi, caratterizzata soltanto da strutture ad Alfa-elica, infatti la

Mioglobina costituita da otto Alfa-eliche.