Protein terjadi pada setiap organisme hidup, dari berbagai jenis, dan memiliki

banyak fungsi biologis yang berbeda. Keratin kulit dan kuku, yang fibroin dari
sutra dan jaring laba-laba, dan diperkirakan 50.000 sehingga enzim yang
mengkatalisis reaksi biologis dalam tubuh kita adalah semua protein. Terlepas
dari fungsi mereka, semua protein memiliki struktur fundamental yang sama dan
terdiri dari banyak asam amino dihubungkan bersama dalam rantai panjang.
Asam amino, seperti namanya, adalah disfungsional. Mereka mengandung kedua
kelompok amino dasar dan kelompok asam karboksil.
nilai mereka sebagai blok bangunan untuk membuat protein berasal dari
kenyataan bahwa asam amino bisa bergabung bersama menjadi rantai panjang
dengan membentuk bons amida antara -NH2 dari satu asam amino dan -CO2H
lain. Untuk tujuan klasifikasi, rantai dengan kurang dari 50 asam amino yang
sering disebut peptida, sedangkan protein istilah umumnya digunakan untuk
rantai yang utama.
26,1 struktur asam amino
Kami melihat di bagian 20.3 dan 24,5 bahwa kelompok karboksil
terdeprotonasinya dan ada sebagai anion karboksilat pada PH fisiologis 7.3,
sementara kelompok amino terprotonasi dan ada sebagai kation amonium.
Dengan demikian, asam amino yang ada dalam larutan air terutama dalam
bentuk ion dipolar, atau zwitterion (dari zwitter Jerman, yang berarti "hybrid").
Asam amino Zwitterions adalah garam internal dan karena itu memiliki banyak
sifat fisik yang terkait dengan garam. Mereka memiliki momen dipol yang besar,
relatif larut dalam air tetapi tidak dapat larut hidrokarbon, dan kristal dengan
titik leleh yang relatif tinggi. Selain itu, asam amino yang amphipathic; mereka
dapat bertindak baik sebagai asam atau sebagai basa, tergantung pada
keadaan. Dalam larutan asam cair, sebuah zwitterion asam amino adalah dasar
yang menerima proton ke kelompok -CO2- untuk menghasilkan kation. Struktur,
singkatan (baik tiga dan satu huruf), dan nilai-nilai pKa dari 20 asam amino
umumnya ditemukan dalam protein ditunjukkan pada tabel 26.1. semua adalahasam amino, Sembilan belas dari dua puluh
Asam amino adalah amina primer, RNH2, dan hanya berbeda dalam sifat sisi
rantai-substituen yang melekat pada karbon. Prolin adalah amina sekunder yang
nitrogen dan atom karbon merupakan bagian dari cincin pyrrolidine beranggota
lima.
Selain asam amino 20 yang biasa ditemukan dalam protein, 2 lainnyaselenocysteine dan pyrrolysine-ditemukan di beberapa organisme, dan lebih dari
700 asam amino nonprotein juga ditemukan di alam. Y-aminobutyric acid (GABA),
misalnya, ditemukan dalam darah dan terkait dengan penyakit jantung koroner;
dan tiroksin ditemukan dalam kelenjar tiroid, di mana ia bertindak sebagai
hormon.

Kecuali glisin, H2NCH2CO2H, a karbon dari asam amino adalah pusat kiralitas.
Oleh karena itu dua enantiomer dari masing-masing yang mungkin, Oleh karena
itu dua enantiomer dari masing-masing yang mungkin, tetapi sifat hanya
menggunakan satu untuk membangun protein. Dalam proyeksi fischer, alami
asam amino digambarkan dengan menempatkan kelompok -CO2- di rantai sisi
bawah, seakan menggambar karbohidrat (bagian 25.2) dan kemudian
menempatkan kelompok -NH3 + di sebelah kiri. Karena kesamaan stereokimia
mereka untuk L gula (bagian 25.3), yang alami a-amino asam sering disebut
sebagai asam L amino.
20 asam amino yang umum dapat diklasifikasikan lebih lanjut sebagai mediator
yang netral, asam, atau dasar, tergantung pada struktur rantai samping mereka.
Lima belas dari dua puluh memiliki rantai samping netral, dua (asam aspartat
dan asam glutamat) memiliki fungsi asam karboksilat tambahan dalam rantai
samping mereka, dan tiga (lisin, arginin, dan histidin) memiliki gugus amino
dasar dalam rantai samping mereka. Perhatikan bahwa kedua cystein (a thiol)
dan tirosin (fenol), walaupun biasanya diklasifikasikan sebagai asam amino
netral, namun memiliki rantai samping asam lemah yang dapat
terdeprotonasinya dalam larutan yang cukup dasar .
Pada PH fisiologis 7.3 dalam sel, kelompok rantai samping karboksil asam
aspartat dan asam glutamat yang terdeprotonasinya dan nitrogen sisi rantai
dasar lisin (lysine) dan arginin yang terprotonasi. Histidin, namun, yang berisi
cincin imidazol heterosiklik dalam rantai samping, tidak cukup dasar untuk
terprotonasi pada PH 7,3. diketahui bahwa hanya piridin-seperti, nitrogen ganda
terikat dalam histidin dasar. The tunggal terikat nitrogen pirol-seperti non dasar
karena pasangan elektron yang elektron merupakan bagian dari cincin imidazol
enam -aromatik (bagian 24.9)
Manusia mampu mensintesis hanya 11 asam 20 protein amino, yang disebut
asam amino non esensial. Yang lain 9, yang disebut asam amino esensial,
disintesis hanya pada tanaman dan mikroorganisme dan harus diperoleh dalam
makanan kita. pembagian antara penting dan asam amino nonesensial tidak
jelas dipotong, namun. Tirosin, misalnya, kadang-kadang dianggap tidak penting
karena manusia dapat memproduksinya dari phenylalanine, tapi phenylalanine
sendiri adalah penting dan harus diperoleh dari makanan. Arginine dapat
disintesis oleh manusia, namun banyak dari arginin kita perlu juga berasal dari
diet kita.
26,2 Asam amino dan persamaan Hasselbalch henderson: titik isoelektrik
Menurut persamaan henderson-Hasselbalch (bagian 20.3 dan 24.5), jika kita
tahu kedua ph dari solusi dan pKa dari HA asam, kita dapat menghitung rasio
(A-) ke (HA) dalam larutan. Selanjutnya, ketika PH = pKa, dua bentuk A- dan HA
yang hadir dalam jumlah yang sama karena Untuk menerapkan persamaan
Henderson-Hasselbalch ke asam amino, memungkinkan mencari tahu apa
spesies yang hadir dalam 1,00 larutan alanin di PH = 9,00. sesuai dengan tabel,
terprotonasi alanine (+ H3NCH (CH3) CO2 memiliki pKa1 = 2.34 dan alanin
zwiterionik netral (+ H3NCH (CH3) CO2 memiliki pKa2 = 9.69 sejak PH larutan

lebih dekat ke pKa2 daripada pKa1, kita perlu menggunakan pKa2 untuk
perhitungan. Selain itu, kita tahu bahwa Memecahkan dua persamaan simultan
memberikan (HA) = 0,83 dan (A) = 0,17. dengan kata lain, pada pH = 9,00, 83%
dari molekul alanin dalam 1.00 M solusi yang netral (zwiterionik) dan 17% yang
terdeprotonasinya. Perhitungan serupa dapat dilakukan pada setiap pH lainnya
dan hasilnya diplot untuk memberikan kurva titrasi yang ditunjukkan pada
gambar 26.1.
masing-masing kaki dari kurva titrasi dihitung secara terpisah. Leg pertama, dari
pH 1-6, sesuai dengan disosiasi zwitterionicalanine, HA. Seolah-olah kami mulai
dengan H2H + pada pH rendah dan kemudian dititrasi dengan NaOH. Ketika 0,5
setara dengan NaOH ditambahkan, yang deprotonasi H2A + adalah 50%
dilakukan;
ketika 1,0 setara dengan NaOH ditambahkan, yang deprotonasi H2A + selesai
dan HA mendominasi; 1,5 ekuivalen NaOH ditambahkan, yang deprotonasi HA
selesai.
Perhatikan baik-kurva titrasi pada gambar 26.1. dalam larutan asam, asam
amino diprotonasi dan ada terutama sebagai kation. Dalam larutan dasar, asam
amino terdeprotonasi dan ada terutama sebagai anion. Di antara bentuk anionik
dan kationik dan eksis terutama s netral, zwitterion dipolar. ph ini disebut asam
amino titik isoelektrik (p i) dan memiliki nilai 6,01 untuk alanin.
Titik isoelektrik dari asam amino tergantung pada strukturnya, dengan nilai-nilai
untuk 20 asam amino yang umum diberikan pada tabel 26.1. 15 asam amino
netral memiliki titik isoelektrik dekat dengan kenetralan, dalam kisaran pH 5,06,5. dua asam amino asam memiliki titik isoelektrik dekat pada pH rendah
sehingga deprotonasi dari -CO2H Sidechain tidak terjadi pada pI mereka, dan
tiga asam amino dasar memiliki titik isoelektrik pada pH yang lebih tinggi
sehingga protonasi gugus amino rantai samping tidak terjadi pada pI mereka.
lebih spesifik yang pI dari setiap asam amino adalah rata-rata konstanta dua
asam disosiasi yang melibatkan zwitterion netral. Untuk 13 asam amino dengan
rantai samping netral, pI adalah rata-rata pKa1 dan pKa2. empat asam amino
dengan baik rantai samping kuat atau asam lemah, pI adalah rata-rata dari dua
nilai pKa terendah. Selama tiga amino rantai asam sisi, pI adalah rata-rata dari
dua nilai pKa tertinggi. Sama seperti asam amino individu memiliki titik
isoelektrik, Protein memiliki pI keseluruhan karena efek kumulatif dari semua
asam amino yang asam atau basa mereka mungkin berisi. Enzim lisozim,
misalnya, memiliki dominan asam amino dasar dan dengan demikian memiliki
titik isoelektrik tinggi (pI = 11,0). pepsin, bagaimanapun, memiliki dominan asam
amino asam dan titik isoelektrik yang rendah (pI-1.0). tidak mengherankan,
kelarutan dan sifat protein dengan API yang berbeda ini sangat dipengaruhi oleh
pH medium. Kelarutan dalam air biasanya terendah di titik isoelektrik, di mana
protein terisi. kita dapat mengambil keuntungan dari perbedaan titik isoelektrik
untuk memisahkan campuran protein dalam konstituen murni. Menggunakan
teknik yang dikenal sebagai elektroforesis, campuran protein ditempatkan dekat
pusat strip kertas atau gel. Kertas atau gel dibasahi dengan buffer berair dari pH
tertentu, dan elektroda yang terhubung ke ujung strip. Ketika sebuah potensial
listrik diterapkan, protein-protein dengan muatan negatif (mereka yang

terdeprotonasinya karena pH buffer di atas titik isoelektrik mereka) bermigrasi

perlahan menuju elektroda positif. Pada waktu bersamaan, asam-asam amino
dengan muatan positif (mereka yang terprotonasi karena pH buffer bawah titik
isoelektrik mereka) bermigrasi ke arah elektroda negatif. protein yang berbeda
bermigrasi pada tingkat yang berbeda, pada titik isoelektrik dan pada pH buffer
cair, sehingga mempengaruhi pemisahan campuran menjadi komponenkomponennya. Gambar 26.2 mengilustrasikan pemisahan ini untuk campuran
yang mengandung komponen dasar, netral, dan asam.
26,3 sintesis asam amino
a-amino asam dapat disintesis di laboratorium menggunakan beberapa reaksi
yang dibahas dalam bab-bab sebelumnya. Salah satu metode tertua dari-amino
sintesis asam dimulai dengan brominasi dari asam karboksilat dengan
pengobatan dengan Br2 dan PBR (reaksi Hell-Volhard-Zelinskil; bagian 22,4). Sn2
substitusi asam a-bromo dengan amonia kemudian menghasilkan asam a-amino.
Sintesis amidomalonate
Metode yang lebih umum untuk persiapan-asam amino adalah sintesis
amidomalonate, perpanjangan langsung dari sintesis ester malonat (bagian
22.7). Reaksi dimulai dengan konversi dietil acetamidomalonate menjadi ion
enolat oleh pengobatan dengan dasar, diikuti oleh Sn2 alkilasi dengan alkil
halida primer. Hidrolisis kedua amida melindungi kelompok dan ester terjadi
ketika produk dialkilasi dipanaskan dengan asam berair, dan dekarboksilasi
kemudian berlangsung untuk menghasilkan asam a-amino. Misalnya, asam
aspartat dapat dibuat dari etil bromoasetat, BrCH2CO2Et:
aminasi reduktif dari-keto asam dengan amonia dan zat pereduksi. Alanin,
misalnya, disiapkan oleh pengobatan asam piruvat dengan amonia dengan
adanya NaBH4. Seperti dijelaskan dalam bagian 24.6, reaksi berlangsung melalui
pembentukan imina menengah yang kemudian dikurangi.
sintesis enantioselektivitas dari asam a-amino dari prekursor kiral oleh salah satu
metode yang baru saja dijelaskan menghasilkan campuran rasemat, dengan
jumlah yang sama dari S dan R enansiomer. Untuk menggunakan asam amino
dalam sintesis laboratorium dari protein alami, namun, S enansiomer murni
harus diperoleh.
dua metode yang digunakan dalam praktek untuk mendapatkan asam amino
enansiomer murni. Salah satu cara adalah untuk menyelesaikan campuran
rasemat menjadi enantiomer murni (bagian 5.8). pendekatan yang lebih
langsung, bagaimanapun, adalah dengan menggunakan sintesis enantioselektif
untuk mempersiapkan hanya S enansiomer yang diinginkan langsung. Seperti
yang dibahas dalam Bab 19 A Lihat lebih dalam, lingkungan kiral. Sementara
dalam lingkungan kiral, substrat mungkin lebih terbuka untuk reaksi pada satu
sisi dari yang lain, menyebabkan kelebihan satu produk enansiomer atas yang
lain.
knowles william di perusahaan Monsanto ditemukan beberapa tahun yang lalu

bahwa asam a-amino dapat dibuat enantioselectively oleh hidrogenasi asam

enamodo Z dengan katalis rodium kiral digunakan. Untuk penemuan ini, knowles
dibagikan tahun 2001 hadiah Nobel dalam bidang kimia. Katalis paling efektif
untuk sintesis asam amino enantioselektif adalah kompleks koordinasi rhodium
(I) dengan 1,5-cyclooctadiene (COD) dan disphosphine kiral seperti (R, R) -1,2-bis
(o-anisylphenylphosphino) etana, yang disebut DiPAMP ligan. Kompleks berutang
chirality untuk kehadiran atom fosfor trisubstituted (bagian 5.10).
26,4 peptida dan protein
Protein dan peptida amino polimer asam dimana asam amino individu, disebut
residu, dihubungkan bersama oleh ikatan amida, atau ikatan peptida. Gugus
amino dari kedua membentuk ikatan amida dengan karboksil dari sepertiga, dan
sebagainya. Misalnya, alanylserine adalah alanin karboksil dan kelompok serin
amino. Perhatikan bahwa dua dipeptida dapat hasil dari reaksi antara alanin dan
serin, tergantung pada kelompok karboksil yang bereaksi dengan gugus amino.
Jika kelompok amino alanin bereaksi dengan karboksil serin, menghasilkan
serylalanine.
Panjang, urutan berulang dari atom N-CH-CO- yang membentuk rantai
berkesinambungan disebut tulang punggung protein. Dengan konvensi, peptida
ditulis dengan N-terminal asam amino (yang satu dengan N-terminal asam
amono (satu dengan -NH3 gratis + kelompok) di sebelah kiri dan asam amino Cterminal (yang satu dengan gratis - kelompok CO2) di sebelah kanan. Dengan
nama peptida ditunjukkan dengan menggunakan singkatan yang tercantum
dalam tabel 26.1 untuk setiap asam amino. Dengan demikian, alanylserine
disingkat ala-ser atau A-S, dan serylalanine disingkat ser-ala atau S-A. Singkatan
satu huruf yang lebih nyaman, meskipun kurang segera dikenali, dari singkatan
tiga huruf.

Ikatan amida menghubungkan asam amino yang berbeda bersama-sama dalam

peptida tidak berbeda dari setiap ikatan amida lainnya (bagian 24.3). sebuah
nitrogen amida adalah non dasar karena pasangan elektron unshared-nya
terdelokalisasi oleh interaksi dengan gugus karbonil. Ini tumpang tindih dari
nitrogen p orbital dengan orbital p dari kelompok karbonil menanamkan
sejumlah ikatan ganda karakter untuk ikatan C-N dan membatasi rotasi di
sekitarnya. Oleh karena itu ikatan amida adalah planar, dan N-H berorientasi
180o ke C = O.
Jenis kedua dari ikatan kovalen dalam peptida terjadi ketika disulfida linkage, RSSR, terbentuk antara dua residu sistein. Seperti yang kita lihat di bagian 18,8,
disulfida terbentuk oleh oksidasi ringan dari thiol, RSH, dan dipecah oleh reduksi.
Sebuah ikatan disulfida antara residu sistein dalam rantai peptida yang berbeda
menghubungkan rantai dinyatakan terpisah bersama-sama, sementara ikatan
disulfida antara residu sistein dalam rantai yang sama membentuk satu

lingkaran. Insulin, misalnya, terdiri dari dua rantai yang berjumlah seluruhnya 51
asam amino dan dihubungkan oleh dua jembatan disulfida sistein.
26,5 Analisis asam amino dari peptida
Untuk menentukan struktur dari protein atau peptida, kita perlu menjawab tiga
pertanyaan; apa asam amino yang hadir? Berapa banyak masing-masing hadir?
Dalam apa urutan yang asam amino terjadi dalam rantai peptida? Jawaban untuk
dua pertanyaan pertama yang disediakan oleh alat otomatis yang disebut
analisa asam amino.
sebuah analisa asam amino berdasarkan teknik analisis bekerja pada tahun 1950
oleh william stein dan Stanford moore, yang berbagi 1972 Hadiah Nobel dalam
bidang kimia atas karya mereka. Dalam persiapan untuk analisis, peptida
dipecah menjadi asam amino penyusunnya dengan mengurangi semua ikatan
disulfida, capping kelompok -SH residu sistein dengan reaksi SN2 dengan asam
iodoacetic, dan menghidrolisis ikatan amida dengan cara memanaskan pada air
6 M HCL di 110oC selama 24 jam. Resultan campuran asam amino kemudian
dipisahkan menjadi komponen-komponennya dengan teknik yang disebut
kromatografi, baik-kromatografi cair tekanan tinggi (HPLC) atau kromatografi
pertukaran ion.
di kedua HPLC dan kromatografi pertukaran ion, campuran yang akan dipisahkan
dilarutkan dalam pelarut, disebut fase mobile, dan melewati tabung logam atau
kolom gelas yang berisi bahan adsorben, disebut fase diam. Karena senyawa
yang berbeda menyerap ke fase diam untuk luasan yang berbeda, mereka
bermigrasi melalui kolom kromatografi pada tingkat yang berbeda dipisahkan
karena mereka muncul (elute) dari akhir.
dalam teknik pertukaran ion, dipisahkan asam amino eluting dari kromatografi
kolom campuran dengan larutan zat yang disebut ninhidrin dan menjalani reaksi
cepat yang menghasilkan warna ungu intens. Warna ini terdeteksi oleh
spektrometer, dan plot waktu elusi terhadap spektrometer serapan diperoleh.
Karena waktu yang dibutuhkan untuk asam amino yang diberikan untuk
mengelusi dari kolom standar direproduksi, identitas asam amino dalam sampel
ditentukan. Jumlah masing-masing asam amino dalam sampel ditentukan
dengan mengukur intensitas warna ungu yang dihasilkan dari reaksi dengan
ninhidrin. Gambar 26.3 menunjukkan hasil analisis asam amino dari campuran
ekimolar standar 17 asam a-amino. Biasanya, analisis asam amino
membutuhkan sekitar 100 picomoles (2-3 mg) dari sampel untuk protein yang
mengandung sekitar 200 residu.
26.6 pengurutan peptida : Degradasi Edman
Dengan identitas dan jumlah relatif asam amino yang dikenal, peptida adalah
urutan untuk mengetahui dalam rangka apa asam amino dihubungkan bersama.
Banyak pengurutan peptida sekarang dilakukan dengan spektrometri massa,
baik menggunakan ionisasi electrospray (ESI) atau matriks-dibantu laser yang
desorpsi ionisasi (MALDI) terkait dengan (TOF) analyzer massa time-of-flight,
juga umum digunakan adalah metode kimia peptida urutan disebut degradasi
Edman.

Ide umum dari peptida urutan oleh degradasi Edman adalah untuk membelah
satu asam amino pada suatu waktu dari akhir rantai peptida. Bahwa asam amino
terminal kemudian dipisahkan dan diidentifikasi, dan reaksi pembelahan diulang
pada peptida rantai-dipersingkat sampai seluruh urutan peptida dikenal. urutan
protein otomatis yang tersedia yang memungkinkan sebanyak 50 siklus urutan
berulang harus dilakukan sebelum penumpukan yang tidak diinginkan olehproduk memengaruhi hasil. Jadi yang efisien instrumen ini yang urutan informasi
dapat diperoleh dari sesedikit 1 sampai 5 picomoles sampel-kurang dari 0,1 ug.
Seperti yang ditunjukkan pada gambar 26.4, degradasi Edman melibatkan
pengobatan dari peptida pada fenil isotiosianat (PITC), C6H5-N = C = S, diikuti
oleh reaksi dengan asam trifluoroasetat. Langkah pertama menempel PITC untuk
kelompok -NH2 dari asam amino N-terminal, dan langkah kedua membagi residu
N-terminal dari rantai peptida, menghasilkan sebuah anilinothiazolinone (ATZ)
derivatif ditambah
26.7 sintesis peptida
Setelah struktur peptida diketahui, sintesis yang kemudian dapat dilakukanmungkin untuk mendapatkan jumlah yang lebih besar untuk evolusi biologis.
Sebuah amida sederhana mungkin dibentuk dengan memperlakukan amina dan
asam karboksilat pada disikloheksilkarbodiimida (DCC; bagian 21,7), tapi sintesis
peptida adalah masalah yang lebih sulit karena banyak obligasi amida yang
berbeda harus dibentuk dalam urutan tertentu daripada secara acak.
Solusi untuk masalah spesifisitas adalah perlindungan (Bagian 17,8). Jika kita
ingin bersama alanin dengan leusin untuk mensintesis Ala-Leu, Misalnya, kita
bisa melindungi] NH2 kelompok alanin
dan] CO2H kelompok leusin untuk melindungi mereka dari reaksi, kemudian dari
reaksi Ala-Leu amida obligasi yang diinginkan dengan DCC, dan kemudian
menghapus kelompok melindungi.
Banyak amino yang berbeda dan kelompok karboksil melindungi telah dirancang,
tetapi hanya sedikit yang banyak digunakan. kelompok karboksil sering
dilindungi hanya dengan mengkonversi
mereka menjadi metil atau benzil ester. Kedua kelompok yang mudah
diperkenalkan oleh standar
metode pembentukan ester (Bagian 21.6) dan mudah dihapus dengan hidrolisis
ringan dengan NaOH cair. Benzil ester juga dapat diurai oleh hidrogenolisis
katalitik dari benzilik C] O ikatan lemah (RCO2 - CH2Ph 1 H2 n RCO2H 1 PhCH3).
gugus amino sering dilindungi sebagai adanya amida tert-butyloxycarbonyl (Boc)
atau
fluorenylmethyloxycarbonyl amida (Fmoc) derivatif. The Boc gugus pelindung
diperkenalkan dengan reaksi dari asam amino dengan di-tert-butyl dicarbonate
dalam nukleofilik Reaksi substitusi asil dan dihilangkan dengan perawatan
singkat dengan kuat asam seperti asam trifluoroasetat, CF3CO2H. The Fmoc
gugus pelindung dikenalkan oleh reaksi dengan asam klorida dan dihilangkan
dengan pengobatan dengan dasar.

Dengan demikian, lima langkah yang diperlukan untuk mensintesis dipeptida

seperti Ala-Leu:
1.
2.
3.
4.
5.

Gugus amino dari alanin dilindungi sebagai yang Boc derivatif, dan
gugus karboksil dari leusin dilindungi sebagai metil ester
Kedua asam amino dilindungi digabungkan menggunakan DCC.
The Boc gugus pelindung dihilangkan dengan pengobatan asam.
Metil ester dihapus dengan dasar hidrolisis.

Langkah-langkah ini dapat diulang untuk menambahkan satu asam amino pada
suatu waktu untuk rantai tumbuh atau untuk menghubungkan dua rantai peptida
bersama-sama. Banyak prestasi yang luar biasa dalam sintesis peptida telah
dilaporkan, termasuk sintesis lengkap manusia insulin. Insulin terdiri dari dua
rantai total 51 asam amino yang dihubungkan oleh dua jembatan disulfida.
strukturnya, ditampilkan sebelumnya pada halaman 1057, ditentukan dengan
Frederick Sanger, yang menerima 1958 Hadiah Nobel Kimia untuk karyanya.
26,8 Automated Sintesis Peptida:
The Merrifield Fasa Padat Metode
Seperti yang Anda bayangkan, sintesis rantai peptida besar melalui penambahan
secara berurutan dari satu asam amino pada suatu waktu adalah sebuah proses
yang panjang dan sulit. Penyederhanaan besar ini mungkin, Namun,
menggunakan metode yang diperkenalkan oleh R. Bruce Merrifield, yang
menerima 1984 Hadiah Nobel Kimia untuk karyanya. Pada fase padat Merrifield
metode, sintesis peptida dilakukan dengan rantai asam amino yang tumbuh
secara kovalen terikat dengan manik-manik kecil dari resin polimer daripada
dalam larutan.
Dalam prosedur asli, resin polistirena digunakan, disiapkan sehingga 1 dari
setiap 100 atau lebih cincin benzena mengandung klorometil (] CH2Cl)
kelompok. Sebuah asam amino Boc dilindungi C-terminal kemudian melekat
pada resin melalui ikatan ester yang dibentuk oleh reaksi SN2.
Dengan asam amino pertama terikat dengan resin, serangkaian berulang empat
langkah kemudian dilakukan untuk membangun peptida.
1. Sebuah asam amino Boc dilindungi secara kovalen terkait dengan polimer
polistirena dengan pembentukan ikatan ester (reaksi SN2).
2. Asam amino polimer-berikat dicuci bebas dari kelebihan reagen dan
kemudian diobati dengan asam trifluoroasetat untuk menghapus
kelompok Boc.
3. Sebuah asam amino Boc dilindungi kedua digabungkan dengan yang
pertama dengan reaksi dengan DCC. reagen berlebih dihapus dengan
mencuci mereka dari polimer larut.
4. Siklus deproteksi, kopling, dan cuci diulang sebanyak yang diinginkan
untuk menambah unit asam amino ke rantai yang tumbuh.
5. Setelah peptida yang diinginkan telah dibuat, pengobatan dengan HF
anhidrat menghilangkan kelompok terakhir Boc dan membelah ester
obligasi untuk polimer, menghasilkan peptida gratis

Langkah-langkah dalam prosedur fase padat telah meningkat secara substansial

selama bertahun-tahun, tetapi ide dasar tetap sama. dan yang paling umum
digunakan N-melindungi kelompok adalah kelompok Fmoc daripada Boc.
synthesizer peptida robot sekarang digunakan untuk secara otomatis mengulang
kopling, mencuci, dan deproteksi langkah dengan asam amino yang berbeda.
mencuci, dan deproteksi langkah dengan asam amino yang berbeda. Setiap
langkah terjadi pada hasil tinggi, dan kerugian mekanis diminimalkan karena
peptida
intermediet tidak pernah dihapus dari polimer larut sampai langkah terakhir.
Menggunakan prosedur ini, hingga 25 sampai 30 mg dari peptida dengan 20
asam amino dapat secara rutin disiapkan dalam beberapa jam.
26.9 struktur protein
Protein biasanya diklasifikasikan sebagai berserat atau bulat, sesuai dengan
bentuk tiga dimensi. protein berserat, seperti kolagen dalam tendon dan jaringan
ikat dan myosin dalam jaringan otot, terdiri dari rantai polipeptida diatur
berdampingan di filamen panjang. Karena protein ini sulit dan tidak larut dalam
air, mereka digunakan di alam untuk bahan struktural. protein globular,
sebaliknya, biasanya digulung menjadi kompak, bentuk sekitar bola. Protein ini
umumnya larut dalam air dan mobile dalam sel. Sebagian besar 3000 atau lebih
enzim yang telah ditandai hingga saat ini adalah protein globular.
Protein adalah begitu besar sehingga struktur kata mengambil makna yang lebih
luas daripada yang dilakukannya dengan senyawa organik sederhana. Bahkan,
ahli kimia berbicara tentang empat tingkat yang berbeda dari struktur saat
menjelaskan protein.

Struktur utama dari protein yang hanya urutan asam amino.

Struktur sekunder protein menjelaskan bagaimana segmen peptida
backbone mengarahkan ke dalam pola yang teratur.
Struktur tersier menggambarkan bagaimana seluruh kumparan molekul
protein menjadi bentuk tiga dimensi secara keseluruhan.
Struktur kuartener menggambarkan molekul protein betapa berbedanya
datang bersama-sama untuk menghasilkan struktur agregat besar.

struktur primer ditentukan, seperti yang kita lihat, dengan urutan protein.
struktur sekunder, tersier, dan kuarterner ditentukan baik oleh NMR atau dengan
X-ray kristalografi (Bab 12 A Look Deeper).
Struktur sekunder yang paling umum adalah heliks dan lembar b-lipit. Sebuah
heliks adalah coil tangan kanan dari tulang punggung protein, seperti kumparan
dari tangga spiral (Gambar 26.5a).
Setiap pergantian helix mengandung 3,6 residu asam amino, dengan jarak
antara kumparan dari 540 pm, atau 5,4 . struktur distabilkan oleh ikatan
hidrogen antara amida N] kelompok H dan kelompok C5O empat residu pergi,
dengan N] H O jarak 2,8 . Ma helix adalah struktur sekunder sangat umum,
dan hampir semua protein globular mengandung banyak segmen heliks.

Mioglobin, protein globular kecil berisi 153 residu asam amino dalam rantai
tunggal, adalah contoh (Gambar 26.5b).
Selembar b-lipit berbeda dari heliks dalam rantai peptida sepenuhnya
diperpanjang daripada melingkar dan ikatan hidrogen terjadi antara residu dalam
rantai yang berdekatan (Gambar 26.6a). Rantai tetangga dapat berjalan baik di
arah yang sama (paralel) atau dalam arah yang berlawanan (antiparalel),
meskipun susunan antiparalel lebih umum dan penuh semangat agak lebih
menguntungkan. Concanavalin A, misalnya, terdiri dari dua rantai identik
dari 237 residu, dengan daerah yang luas dari b lembar antiparalel (Gambar
26.6b).
Bagaimana struktur tersier? Mengapa protein setiap mengadopsi bentuk itu
tidak? Kekuatan yang menentukan struktur tersier protein adalah kekuatan yang
sama yang bertindak pada semua molekul, terlepas dari ukuran, untuk
memberikan stabilitas maksimum. Penting terutama adalah hidrofilik (airmencintai, Bagian 2.12) interaksi dari rantai samping polar pada asam amino
asam atau basa dan hidrofobik interaksi (air-takut) dari rantai samping nonpolar.
Asam-asam amino asam atau basa dengan rantai samping bermuatan
cenderung berkumpul pada bagian luar dari protein, di mana mereka dapat
terlarut dengan air. Asam-asam amino dengan netral, rantai samping nonpolar
cenderung berkumpul pada interior hidrokarbon-seperti molekul protein, jauh
dari media berair.
Juga penting untuk menstabilkan struktur tersier protein adalah pembentukan
jembatan disulfida antara residu sistein, pembentukan ikatan hidrogen antara
residu asam amino di dekatnya, dan adanya atraksi ionik, disebut jembatan
garam, antara positif dan bermuatan negatif situs di berbagai rantai samping
asam amino dalam protein.
Karena struktur tersier dari protein globular yang halus diselenggarakan bersama
oleh atraksi intramolekul lemah, perubahan sederhana dalam suhu atau pH
sering cukup untuk mengganggu struktur yang dan menyebabkan protein
menjadi terdenaturasi. Denaturasi terjadi dalam kondisi ringan sehingga struktur
utama tetap utuh tetapi struktur tersier terbentang dari bentuk globular khusus
untuk rantai secara acak dilingkarkan (Gambar 26.7).
Denaturasi disertai dengan perubahan baik sifat fisik dan biologis. Kelarutan
secara drastis menurun, seperti yang terjadi saat putih telur dimasak dan
Albumin terungkap dan menggumpal. Kebanyakan enzim juga kehilangan semua
aktivitas katalitik ketika didenaturasi, karena struktur tersier tepat didefinisikan
diperlukan untuk tindakan mereka. Meskipun sebagian besar denaturasi
ireversibel, beberapa kasus yang dikenal di mana renaturasi spontan dari protein
dilipat ke struktur tersier stabil terjadi, disertai dengan pemulihan penuh
aktivitas biologis.
26.10 Enzim dan koenzim

Enzim adalah zat-biasanya protein-yang bertindak sebagai katalis untuk reaksi

biologis yang besar. Seperti semua katalis, enzim tidak mempengaruhi
keseimbangan konstan reaksi dan tidak bisa membawa perubahan kimia yang
dinyatakan tidak menguntungkan. Enzim hanya bertindak untuk menurunkan
energi aktivasi untuk reaksi, sehingga membuat reaksi berlangsung lebih cepat
Kadang-kadang, pada kenyataannya, percepatan laju dibawa oleh enzim luar
biasa. Tingkat Millionfold meningkat yang umum, dan enzim glikosidase yang
menghidrolisis polisakarida meningkatkan laju reaksi dengan faktor lebih dari
1017, mengubah waktu yang dibutuhkan untuk reaksi dari jutaan tahun untuk
milidetik!
Tidak seperti banyak katalis yang menggunakan ahli kimia di laboratorium,
enzim biasanya khusus dalam aksi mereka. Seringkali, pada kenyataannya,
enzim akan mengkatalisis hanya reaksi tunggal dari senyawa tunggal, yang
disebut substrat enzim. Sebagai contoh, enzim amilase, ditemukan di saluran
pencernaan manusia, mengkatalisis hanya hidrolisis pati untuk menghasilkan
glukosa; selulosa dan polisakarida lainnya tak tersentuh oleh amilase.
enzim yang berbeda memiliki kekhususan yang berbeda. Beberapa, seperti
amilase, yang spesifik untuk substrat tunggal, tetapi yang lain beroperasi pada
berbagai substrat. papain, contohnya, protein globular dari 212 asam amino
yang diisolasi dari buah pepaya, mengkatalisis hidrolisis berbagai jenis ikatan
peptida. Bahkan, itu kemampuan untuk menghidrolisis ikatan peptida yang
membuat papain yang berguna sebagai pembersih lensa kontak.
Enzim berfungsi melalui jalur yang melibatkan pembentukan awal dari enzimsubstrat yang kompleks E S, diikuti oleh konversi kimia tahapan dari substrat
enzim yang terikat ke enzim-terikat produk E P dan akhir pelepasan produk dari
kompleks.
Keseluruhan konstan tingkat untuk konversi dari E S kompleks untuk produk E 1
P disebut jumlah omset karena mewakili jumlah substrat molekul molekul enzim
tunggal ternyata lebih ke dalam produk per satuan waktu. Sebuah nilai sekitar
103 per detik khas meskipun karbonat anhidrase dapat mencapai nilai sampai
dengan 600.000.
Percepatan tingkat yang luar biasa yang dicapai oleh enzim yang disebabkan
oleh kombinasi dari beberapa faktor. Salah satu faktor penting adalah geometri
sederhana: enzim akan menyesuaikan bentuknya untuk menahan substrat,
reaktan lainnya, dan berbagai situs katalitik pada residu asam atau dasar dalam
geometri yang tepat diperlukan untuk reaksi. Selain itu, pembungkus dari enzim
sekitar substrat dapat membuat microenvironments khusus yang melindungi
substrat dari media berair dan secara dramatis dapat mengubah perilaku asambasa residu katalitik di situs aktif. Tapi mungkin yang paling penting adalah
bahwa enzim stabil dan dengan demikian menurunkan energi keadaan transisi
tingkat-membatasi reaksi. Artinya, itu bukan kemampuan enzim untuk mengikat
substrat yang penting melainkan kemampuannya untuk mengikat dan
menstabilkan keadaan transisi. Seringkali, pada kenyataannya, enzim mengikat
struktur transisi sebanyak 1.012 kali lebih erat daripada mengikat substrat atau
produk. Diagram energi untuk proses enzim-katalis mungkin terlihat seperti itu
pada Gambar 26.8.

Gambar 26.8 Diagram Energi untuk proses tanpa katalis dan enzim-katalis.
enzim membuat tersedia alternatif, jalur yang lebih rendah-energi. Peningkatan
tingkat adalah karena kemampuan enzim untuk mengikat negara transisi untuk
pembentukan produk, sehingga menurunkan energi.
Enzim diklasifikasikan ke dalam enam kategori tergantung pada jenis reaksi yang
mereka mengkatalisasi, seperti yang ditunjukkan pada Tabel 26.2.
Oxidoreductase mengkatalisis oksidasi dan pengurangan; transferase
mengkatalisis transfer kelompok dari satu substrat yang lain; hidrolase
mengkatalisis reaksi hidrolisis ester, amida, dan substrat terkait; lyases
mengkatalisis penghapusan atau penambahan molekul kecil seperti H2O dari
atau ke substrat; isomerase mengkatalisis isomerizations; dan ligases
mengkatalisis ikatan bersama-sama dari dua molekul, sering digabungkan
dengan hidrolisis ATP. Nama sistematis enzim memiliki dua bagian, berakhir
dengan ase.
Bagian pertama mengidentifikasi substrat enzim, dan bagian kedua
mengidentifikasi kelasnya. Heksosa kinase, misalnya, adalah transferase yang
mengkatalisis transfer gugus fosfat dari ATP ke gula heksosa.
Selain bagian protein, kebanyakan enzim juga mengandung sebagian kecil
protein non disebut kofaktor. Sebuah kofaktor dapat berupa ion anorganik,
seperti Zn21, atau molekul organik kecil, disebut koenzim. Sebuah koenzim tidak
katalis tetapi merupakan reaktan yang mengalami perubahan kimia selama
reaksi dan membutuhkan langkah tambahan untuk kembali ke keadaan awal.
Banyak koenzim yang berasal dari vitamin-zat yang organisme membutuhkan
dalam jumlah kecil untuk pertumbuhan tetapi tidak dapat mensintesis dan harus
menerima dalam diet (Bab 20 A Look Deeper). Koenzim A dari pantothenate
(vitamin B3), NAD1 dari niacin, FAD dari riboflavin (vitamin B2), tetrahydrofolate
dari asam folat, piridoksal fosfat dari piridoksin (vitamin B6), dan thiamin difosfat
dari thiamin (vitamin B1) adalah contoh. Tabel 26,3 pada dua halaman berikut
menunjukkan struktur dari beberapa koenzim umum.
26,11 Bagaimana Enzim bekerja? sitrat Synthase
Seperti yang kita lihat di bagian sebelumnya, enzim bekerja dengan membawa
substrat dan molekul reaktan lain bersama-sama, menahan mereka dalam
orientasi yang diperlukan untuk reaksi, menyediakan situs-situs asam atau dasar
yang diperlukan untuk mengkatalisis langkah-langkah spesifik, dan menstabilkan
keadaan transisi untuk reaksi. Sebagai contoh, mari kita lihat sitrat sintase,
enzim yang mengkatalisis penambahan aldol seperti asetil CoA ke oksaloasetat
untuk memberikan sitrat. Reaksi adalah langkah pertama dalam siklus asam
sitrat, di mana kelompok asetil diproduksi oleh degradasi molekul makanan
dimetabolisme untuk menghasilkan CO2 dan H2O. Kita akan melihat rincian dari
siklus asam sitrat dalam Bagian 29.7.
sintase sitrat adalah protein globular dari 433 asam amino dengan sumbing
dalam dilapisi dengan berbagai kelompok fungsional yang dapat mengikat
substrat, oksaloasetat. Pada oksaloasetat mengikat, celah asli menutup dan lain

membuka terdekat untuk mengikat asetil CoA. belahan kedua ini juga dilapisi
dengan tepat fungsional kelompok, termasuk histidin pada posisi 274 dan asam
aspartat pada posisi 375. Dua reaktan kini dipegang oleh enzim di dekat dan
dengan orientasi yang cocok untuk reaksi. Gambar 26.9 menunjukkan struktur
dari sitrat sintase seperti yang ditentukan dengan X-ray kristalografi, bersama
dengan close-up dari situs aktif.
Gambar 26,9 X-ray struktur kristal sintase sitrat. Bagian (a) adalah ruangmengisi Model dan bagian (b) adalah model pita, yang menekankan segmen aheliks dari rantai protein dan menunjukkan bahwa enzim adalah dimer; yaitu,
terdiri dari dua rantai identik diselenggarakan bersama oleh ikatan hidrogen dan
atraksi antarmolekul lainnya. Bagian (c) adalah close-up dari situs aktif di mana
oksaloasetat dan tidak aktif asetil CoA meniru yang terikat.
Seperti ditunjukkan dalam Gambar 26.10, langkah pertama dalam reaksi aldol
adalah generasi enol dari asetil CoA. Sisi-rantai karboksil dari residu aspartat
bertindak sebagai dasar untuk abstrak proton asam, sementara pada saat yang
sama sisi-rantai
imidazole cincin histidin sebuah menyumbangkan H1 untuk oksigen karbonil. The
enol sehingga dihasilkan kemudian melakukan tambahan nukleofilik untuk
kelompok keton karbonil dari oksaloasetat. Histidin pertama bertindak sebagai
dasar untuk menghapus hidrogen] OH
dari enol, sementara residu histidin kedua secara bersamaan menyumbangkan
proton pada gugus karbonil oksaloasetat, memberikan citryl CoA. Air kemudian
menghidrolisis kelompok ester thiol di citryl CoA dalam reaksi substitusi asil
nukleofilik, melepaskan sitrat dan koenzim A sebagai produk akhir.
1. Kelompok karboksilat rantai samping dari suatu asam aspartat
bertindak sebagai dasar dan Menghapus sebuah asam? proton dari
asetil CoA, sementara kelompok N-H pada rantai sisi histidin
bertindak sebagai asam dan menyumbangkan proton untuk oksigen
karbonil, memberikan enol.
2. Sebuah histidin deprotonates asetil-CoA enol, yang menambah
karbonil keton kelompok oksaloasetat dalam aldol seperti reaksi.
Secara bersamaan, asam N-H proton histidin lain protonates yang
karbonil oksigen, menghasilkan (S) -citryl CoA.
3. Kelompok thioester dari citryl CoA dihidrolisis oleh asil nukleofilik
khas Reaksi substitusi untuk menghasilkan sitrat ditambah koenzim
A. Gambar 26.10 MEKANISME
Protein Data Bank
Enzim yang begitu besar, sehingga struktur yang kompleks, dan begitu banyak
bahwa penggunaan komputer
database dan program visualisasi molekul telah menjadi alat penting untuk
mempelajari

kimia biologi. Dari berbagai database yang tersedia secara online, Kyoto
Ensiklopedia
Gen dan Genom (kegg) Database (http://www.genome.ad.jp/kegg), yang dikelola
oleh
Kanehisa Laboratorium Universitas Kyoto Bioinformatika Pusat, berguna untuk
memperoleh informasi
pada jalur biosintesis semacam itu kita akan menjelaskan dalam Bab 29. Untuk
memperoleh
Informasi pada enzim tertentu, database BRENDA (http: //www.brenda-enzymes.
org /), dikelola oleh Institut Biokimia di University of Cologne, Jerman, adalah
sangat berharga.
Mungkin yang paling berguna dari semua database biologis adalah Protein Data
Bank (PDB),
dioperasikan oleh Collaboratory Penelitian untuk Bioinformatika Struktural
(RCSB). PDB adalah
repositori di seluruh dunia X-ray dan data struktural NMR untuk makromolekul
biologi. Di
pertengahan 2010, data untuk lebih dari 66.000 struktur yang tersedia, dan lebih
dari 6000 baru
yang sedang ditambahkan tahunan. Untuk mengakses Protein Data Bank, pergi
ke http://www.rcsb.org/
pdb / dan halaman rumah seperti yang diperlihatkan pada Gambar 26,11 akan
muncul. Seperti banyak yang
tersedia secara online, namun, situs PDB berubah dengan cepat, sehingga Anda
mungkin tidak melihat cukup
hal yang sama.

Untuk mempelajari cara menggunakan PDB, mulailah dengan menjalankan

tutorial singkat terdaftar di bawah Mendapatkan
Mulai di bagian bawah halaman. Setelah perkenalan itu, mulai menjelajahi.
Katakanlah Anda
ingin melihat sitrat sintase, enzim yang mengkatalisis penambahan asetil CoA ke
oksaloasetat untuk memberikan sitrat. Ketik "sitrat sintase" (dengan tanda kutip)
ke dalam kecil

kotak pencarian di bagian atas, klik "Search," dan daftar 42 atau lebih struktur
akan muncul.
Gulir ke bawah dekat akhir daftar sampai Anda menemukan entri dengan kode
PDB dari 5CTS
dan judul "Usulan Mekanisme Reaksi Kondensasi Sitrat Synthase:
Struktur 1,9 Angstrom Kompleks Ternary dengan Oksaloasetat dan karboksimetil
Koenzim A. "Atau, jika Anda tahu kode enzim yang Anda inginkan, Anda dapat
memasukkan
langsung ke dalam kotak pencarian. Klik pada kode PDB masuk 5CTS, dan
halaman baru yang berisi
informasi tentang enzim akan terbuka.

Jika Anda memilih, Anda dapat men-download file struktur ke komputer Anda dan
buka dengan
salah berbagai program grafis molekuler untuk melihat gambar seperti itu pada
Gambar 26.12.
Molekul biologis aktif adalah dimer dari dua subunit identik terutama terdiri dari
a-heliks daerah ditampilkan sebagai pita melingkar. Untuk saat ini, cukup klik
pada "Lihat di amol" di bawah
enzim gambar di sisi kanan layar untuk melihat beberapa pilihan untuk
memvisualisasikan
dan selanjutnya menjelajahi enzim

Ringkasan
Protein dan peptida yang biomolekul besar yang terbuat dari residu asam aamino
dihubungkan dengan amida, atau peptida, obligasi. Dua puluh asam amino yang
umum
ditemukan dalam protein, dan semua kecuali glisin memiliki stereokimia yang
mirip dengan
bahwa dari l gula. Dalam larutan netral, asam amino ada sebagai Zwitterions
dipolar.
Asam amino dapat disintesis dalam bentuk rasemat dengan beberapa metode,
termasuk

Ammonolysis dari asam a-bromo, alkilasi dari dietil acetamidomalonate,

dan aminasi reduktif asam a-keto. Atau, sebuah enantioselektif
sintesis asam amino dapat dilakukan dengan menggunakan hidrogenasi kiral
katalisator.
Menentukan struktur peptida atau protein dimulai dengan asam amino
analisis. peptida dihidrolisis untuk penyusunnya a-asam amino, yang
dipisahkan dan diidentifikasi. Selanjutnya, peptida tersebut diurutkan. degradasi
Edman
oleh pengobatan dengan fenil isotiosianat (PITC) memotong satu residu dari
N terminus dari peptida dan membentuk phenylthiohydantoin mudah
diidentifikasi
(PTH) turunan dari asam amino N-terminal. Sebuah seri otomatis
Edman degradasi dapat urutan rantai peptida hingga 50 residu panjang.
sintesis peptida melibatkan penggunaan kelompok melindungi. N-dilindungi
Asam amino dengan] kelompok CO2H gratis digabungkan menggunakan DCC ke
O-dilindungi
Asam amino dengan] kelompok NH2 bebas. pembentukan amida terjadi,
melindungi
kelompok dihapus, dan urutan diulang. Amina biasanya dilindungi
sebagai mereka tert-butyloxycarbonyl (Boc) atau fluorenylmethyloxycarbonyl
(Fmoc)
derivatif; asam biasanya dilindungi sebagai ester. sintesis yang sering dilakukan
oleh metode fase padat Merrifield, di mana peptida yang terikat
manik-manik polimer tidak larut.