Rezumat

Ce am facut
Ce e de facut

Cerinte:

identificare cadru de citire major (ORF/CDS) din secventa;(nu stim cat de

correct e)
generare fisier FASTA care sa contina ORF;
traducerea secventei din fisier in secventa de aminoacizi;
generare fisier FASTA care sa contina secventa de aminoacizi;
identificare proteina care corespunde secventei de aminoacizi;
informatii generale (ex. rol biologic, cofactori, reactii catalizate, modificari
posttranslationale, interactii cu alte polipeptide, omologie cu alte proteine,
etc);
vizualizare structura tertiara si salvare fisier pdb;
evidentiere grafica a unei regiuni de interes din structura tertiara a moleculei
de polipeptid (centru catalitic, domeniu conservat, etc);
masa moleculara,
coeficient de extinctie la lungimea de unda 280nm;
curba de titrare pI;
analiza de structura primara; indice de hidrofobicitate; predictie de structura
secundara;
altele

Ce mai vrea steff sa spuna:

1. am luat secventa ADN am pus in https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

NUCLEOTIDE BLAST

2. Secventa rezultata am pus-o in blastx

3. Secventa rezultata cu proteina Chain A, Crystal Structure Of Human Fatty Acid

Binding Protein 1 (Fabp1) am pus-o in bioedit

4. in Bio edit sma dat structure/protein/amino acid structure

5. pentru versiunea 3D de la pasul 3 am dat pe graphics -> click pe link si pe urma

download in pdb

6. aici s-a jucat cristina cu pymol

Chain A, Crystal Structure Of Human Fatty Acid Binding Protein 1 (Fabp1)

Ce mai trebuie facut

1. Am dat in http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/getorf secventa de adn si

trebuie salvata ofr ala in.FASTA

2. analizat 3D

3. informatii generale (ex. rol biologic, cofactori, reactii catalizate, modificari

posttranslationale, interactii cu alte polipeptide, omologie cu alte proteine, etc);

- evidentiere grafica a unei regiuni de interes din structura tertiara a moleculei de

polipeptid (centru catalitic, domeniu conservat, etc);

- masa moleculara, coeficient de extinctie la lungimea de unda 280nm;

- curba de titrare pI;

- analiza de structura primara; indice de hidrofobicitate; predictie de structura

secundara;

- altele.