Bioinformatika

Tutorial 7 : Peta Restriksi

( Oleh : Annisa Nuraini Suryono / 163112620120060 )

Enzim restriksi adalah endonuklease yang memotong molekul DNA pada tempat-tempat
tertentu dengan mengenali deret (sekuen) nukleotida tertentu (informasi rinci tentang enzim
restriksi dapat dilihat di situs rebase.neb.com/rebase/rebase.html). Pola titik potong yang
dihasilkan disebut peta restriksi. Peta restriksi dapat dipergunakan untuk identifikasi jenis.
Katakanlah Anda bekerja di bidang perlindungan jenis dan Anda perlu suatu prosedur
identifikasi jenis hewan dan atau bagian tubuh hewan yang tertangkap. Untuk itu Anda akan
mengembangkan prosedur berdasarkan peta restriksi. Enzim restriksi yang anda miliki di
laboratorium adalah AatI, AluI, ApaI, Aval, BamHI dan EcoRI. Dalam tutorial Anda akan
menentukan enzim mana saja yang cocok dipergunakan. Untuk tutorial ini batasi hewannya
pada beberapa jenis Macaca.

1. Lakukan query database GenBank untuk sekuen sitokrom b: M. fascicularis, M. mulatta,

M. fuscata, M. tonkeana. Simpan masing-masing sekuen dalam file terpisah dalam format
Fasta tanpa header.
2. Masuklah ke situs Webcutter 2.0
3. Isi kotak sekuen yang akan dipotong dengan cara browse dan upload sequence.
4. Pilih enzim yang akan dipakai sesuai dengan enzim-enzim yang Anda miliki.
5. Ada berapa enzim yang dapat memotong?
6. Berapa potongan yang dihasilkan oleh masing-masing enzim yang memotong?
7. Lakukan pemotongan untuk keempat jenis tersebut.
8. Dari enam enzim restriksi yang Anda miliki, enzim mana yang akan anda pergunakan
untuk identifikasi keempat jenis tersebut?

JAWABAN

Macaca fascicularis
Enzyme No. Positions Recognition
name cuts of sites sequence
AatI 2 143 302 agg/cct
AluI 1 379 ag/ct
AvaI 1 209 c/ycgrg
EcoRI 1 629 g/aattc

The following endonucleases were selected but don't cut this sequence:

ApaI, BamHI

Ada 4 (empat) enzim yang bisa memotong sekuen yaitu :

1) AatI memotong sebanyak 2 titik potong yang berbeda
2) AluI memotong sebanyak 1 titik potong yang berbeda
3) AvaI memotong sebanyak 1 titik potong yang berbeda
4) EcoRI memotong sebanyak 1 titik potong yang berbeda

Macaca mulatta
Enzyme No. Positions Recognition
name cuts of sites sequence
AatI 3 143 302 692 agg/cct
AluI 1 379 ag/ct
AvaI 1 209 c/ycgrg

The following endonucleases were selected but don't cut this sequence:
ApaI, BamHI, EcoRI

Ada 3 (tiga) enzim yang bisa memotong sekuen yaitu :

1) AatI memotong sebanyak 3 titik potong yang berbeda

2) AluI memotong sebanyak 1 titik potong yang berbeda
3) AvaI memotong sebanyak 1 titik potong yang berbeda

Macaca Fuscata
Enzyme No. Positions Recognition
name cuts of sites sequence
AatI 3 142 301 690 agg/cct
AluI 1 377 ag/ct
AvaI 1 208 c/ycgrg

The following endonucleases were selected but don't cut this sequence:
ApaI, BamHI, EcoRI

Ada 3 (tiga) enzim yang bisa memotong sekuen (ke-enam enzim mampu memotong sekuen)
yaitu :

1) AatI memotong sebanyak 3 titik potong yang berbeda

2) AluI memotong sebanyak 1 titik potong yang berbeda
3) ApaI memotong sebanyak 1 titik potong yang berbeda
Macaca tonkeana
Enzyme No. Positions Recognition
name cuts of sites sequence
AatI 1 292 agg/cct
AluI 1 369 ag/ct
AvaI 1 199 c/ycgrg

The following endonucleases were selected but don't cut this sequence:
ApaI, BamHI, EcoRI

Ada 3 (tiga) enzim yang bisa memotong sekuen yaitu :

1) AatI memotong sebanyak 1 titik potong yang berbeda

2) AluI memotong sebanyak 1 titik potong yang berbeda
3) AvaI memotong sebanyak 1 titik potong yang berbeda

Dari data diatas, apabila dirangkum kedalam tabel didapatkan hasil sebagai berikut :

The The
Enzyme Recognition Enzyme
Species No. Cuts Positions of Sites
can cut sequence cant cut
sequens sequens
M. AatI 2 143 302 agg/cct
AluI 1 379 ag/ct ApaI,
fascicularis
AvaI 1 209 c/ycgrg BamHI
EcoRI 1 629 g/aattc

M. mulatta AatI 3 143 302 692 agg/cct ApaI,

AluI 1 379 ag/ct BamHI,
AvaI 1 209 c/ycgrg EcoRI

M. fuscata AatI 3 142 301 690 agg/cct ApaI,

AluI 1 377 ag/ct BamHI,
AvaI 1 208 c/ycgrg EcoRI

M. tonkeana AatI 1 292 agg/cct ApaI,

AluI 1 369 ag/ct BamHI,
AvaI 1 199 c/ycgrg EcoRI

Dari data yang diperoleh diatas dapat dibuat kesimpulan sebagai berikut :

Setiap sekuen dari spesies yang berbeda, enzim yang mampu memotong sekuen tersebut pun
berbeda-beda. Dari ke-enam enzim retriksi yang digunakan, enzim yang tepat untuk
mengidentifikasi 4 jenis Macaca (M. fascicularis, M. mulatta, M. fuscata, M. Tonkeana)
adalah enzim AatI. Karena, berdasarkan uraian diatas enzim AatI mampu memotong sekuen
sitokrom b dari ke empat spesies Macaca dan pada titik potong yang dihasilkan pun berbeda
sehingga apabila enzim tersebut bekerja mampu menghasilkan potongan sekuen yang
lengket.