Molmol

Seleccionar las 20 estructuras que se han generado

Mol #1-20

Seleccionar las 20 estructuras, de los residuos 5 al 25 y el backbone tambin

#1-20:5-25 &bb

Alinear (fit) la estructura a lo seleccionado:

Atom #1-20:5-25 &bb
Bond #1-20:5-25 &bb
Angle #1-20:5-25
Edit Fit OK

Poner el backbone de un color diferente

Selection Bond: bb Attr Color Bond poner en RGB el cdigo (de 0 a 1)

Poner un color a un residuo concreto (en este caso, el residuo 5 en las 20 estructuras)
Selection Bond: #1-20:5 Attr Color Bond poner en RGB el cdigo (de 0 a 1)

Hacer invisibles ciertos residuos

Selection Bond: :1-6 Invisible

Hacer visible slo el backbone de los residuos invisibles

Selection Bond: :1-6 & bb line

Poner en color slo los residuos 7,11,13,14,19,21,22,26

Selection Bond: :7,11,13,14,19,21,22,26 Attr Color Bond poner en RGB

MPERb
magenta: 7,11,13,14,19,21,22,26
azul: 1,2,3,4,6,12,18,24,32,33,34,35,36
morado: 5,15
verde: 8,10,16,20,23,25,27,29,30,31
amarillo: 28
rojo: 9,17

PlotUnit cm
PlotPar 29.7 42 0 26 1500 0 1 1 1 4 0.5 90

TACC a2
:10
:5,22,23,24,25,29,33,34,16
:2,9,11,19,20,26,31
:1,4,6,7,8,12,14,17,18,28,30,32
:3
:13,15,21,27
TACC a4
:
:2,4,8,12,13,15,17,22,30,33
:7,11,16,18,19,25,26,32
:3,6,10,20,23,27,28,29,34
:1,31
:5,9,14,21,24

TACC a4mut
:2,4,8,12,13,15,17,22,30,33
:7,11,16,18,19,32
:3,6,10,20,23,27,28,29,34,25,26
:1,31
:5,9,14,21,24

XCC3
:
:3,7,9,10,11,14,16,19
:5,6,13
:4,8,12,15
:
:1,2,17,18,20

POTENCIALES DE CARGAS
http://www.csb.yale.edu/userguides/graphics/molmol/tutorial/example4.html
Seleccionar todas las estructuras, menos una ya que luego se van a borrar.
Selection Mol num > 1 presionar el botn mol
Edit Molecule remove
Selection Presionar el botn que dice Atom (el campo debe estar vaco)
Ver que se seleccionan n nmero de tomos
File Macro Execute Standard
Edit Fit to_axes
Seleccionar pdb_charge.mac
Selection res :1
Edit structure change res
Convertiremos el primer residuo en un residuo con N, si el primero es un triptfano, escribimos NTRP
Calc atom HN*
Selection res :10 (en este caso, que el ltimo residuo es el 10)
Edit Structure change res CTRP (C-triptfano)
Calc atom O*
Heavy
Calc Potential atom radius = vdw, atom charge=simplecharge 2, 80, 1.4, 2, 2, 10, zero,
seleccionar el archivo .pot
Prim Surface Add vwd, contact, 1.4, shaded safe
File Read potential seleccionar archivo .pot
Prim Surface Add pot, 1.4, -0.3 1 0 0 0.0 1 1 1 0.3 0 0 1
Comandos potenciales de carga:
UserInterface 0 0 1 1 1 1
ReadPdb 01-Feromona-wt_TFE.pdb
DialSelect on
SelectMol 'num > 1'
RemoveMol
SelectAtom ''
Fit to_axes
XMacStand pdb_charge.mac
SelectRes ':1'
ChangeRes atoms 'NARG' #no lo uso para la feromona
CalcAtom 'HN*'
SelectRes ':58'
ChangeRes atoms 'CALA' #no lo uso para la feromona
CalcAtom 'O*'
SelectAtom 'heavy'
CalcPot vdw simplecharge 2 80 1.4 2 2 10 zero 'bpti.pot'
AddSurface vdw contact 0.4 shaded
ReadPot bpti.pot
PaintSurface pot 1.4 '-0.3 1 0 0 0.0 1 1 1 0.3 0 0 1'
PlotPar 21 29.7 18 0 500 0 1 1 0 3 1.0 75
PlotTiff 01-Feromona-wt_TFE-POTENCIAL.tif
WriteDump example4.mol
Quit no

Ver distancias entre protones:

Atom: #1-20:4,5@H*
Bond: #1-20:4,5
Angle: #1-20:4,5

Esto es, seleccionar las 20 estructuras generadas, entre los residuos 4 y 5 slo los protones (@H)