Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

BAB I

PENDAHULUAN
1.1. Landasan Teori
DNA adalah molekul utama yang mengkode semua informasi yang
dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam organisme. DNA ini tersusun
atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen, dan fosfat
yang tergabung membentuk nukleotida. DNA terdapat di dalam setiap sel
makhluk hidup yang sangat berperan penting sebagai pembawa informasi
hereditas yang menentukan stuktur protein dan proses metabolisme lain.
Lamdji (1998, dalam wahyuni: 2009) mengatakan bahwa penelitian
keragaman genetik tanaman buah merupakan salah satu kegiatan penting
untuk mendukung pemuliaan tanaman. Perbedaan tanaman dapat dideteksi
melalui beberapa penanda, antara lain dengan pola pita DNA. Dalam
Wahyuni (2009), Nicholl (1993) dan Surzycki (2000) pun menyatakan ada
tiga langkah utama dalam ekstraksi DNA, yaitu perusakan dinding sel (lisis),
pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta
pemurnian DNA.
Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan
tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang
berbeda, hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida
dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika
isolasi DNA dilakukan dengan sample buah, maka kadar air pada masing-
masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda-beda pula. Semakin
tinggi kadar air, maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit,
sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit.
Untuk mendeteksi potongan-potongan DNA berupa bands-DNA pada
gel agarose digunakan pewarna yang mengandung fluoresen dengan
konsentrasi rendah, seperti intercalating agent ethidium bromide (EtBr).
Hanya sedikit DNA 1ng dapat dideteksi secara langsung dengan cara gel
diletakkan pada media UV-transilluminator (Fatchiyah,2006).

Kelompok 2 1
 Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

Fachiyah (2006) pun mengemukakan beberapa faktor yang

mempengaruhi Elektroforesis migration rate selama DNA bergerak
menembus gel agarose, sebagai berikut:
1. Ukuran molekul DNA
Molekul yang lebih besar akan bergerak lebih lambat, missal DNA linier
lebih cepat dibanding DNA sirkuler. Jarak migrasi molekul DNA pada gel
adalah laju terbalik proporsional log-10 dari jumlah pasangan basa.
2. Konsentrasi gel agarose
Fragmen DNA yang bervariasi ukuran molekulnya akan berberak sesuai
dengan konsentrasi dari gel agarose yang digunakan. Rumusnya adalah:
log=log-KrT dimana adalah free electrophoresis mobility, Kr
adalah retardation coefficient, dan T adalah gel konsentrasi serta adalah
electrophoretic mobility DNA.

Tabel 1. konsentrasi gel agarose dan ukuran molekul DNA

No Konsentrasi Gel Effisiensi range Pemisahan

Agarose (%) pada DNA linier (kb)
1 0.3 60-5
2 0.6 20-1
3 0.7 10-0.8
4 0.9 7-0.5
5 1.2 6-0.4
6 1.5 4-0.2
7 2.0 3-0.1

3. Konformasi DNA
Laju migrasi juga tergantung pada bentuk/konformasi DNA, kita tahu
bahwa ada 3 macam bentuk DNA yaitu super-helix circular (I), circular-
opened (II), dan linier (III). Meskipun ketiga bentuk itu mempunyai berat
yang sama tetapi laju migrasi pada gel elektroforesis berbeda. Perbedaan
laju migrasi ini karena:

Kelompok 2 2
 Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

konsentrasi gel agarose

kekuatan arus listrik dan ionik buffer yang digunakan
densitas kembaran superheliks pada bentuk I
pada beberapa kondisi bentuk I lebih cepat dibanding bentuk III
tergantung juga kenaikan kuantitas EtBr: konsentrasi EtBr meningkat,
pengikatan DNA meningkat pula sehingga mobilitas meningkat tajam,
contoh untuk bentuk I
konsentrasi EtBr kritis antara 0.1g/ml-0.5l/mg
4. Penggunaan Voltage dan arah dari bidang elektris
Voltage rendah menyebabkan laju migrasi DNA linier proporsional.
Idealnya untuk DNA 2kb pada gel agarose bergerak 5v/cm. Arah dari
bidang elektris konstans untuk DNA 50-100kb bergerak dengan laju yang
sama, akan berubah secara periodik sesuai kecepatan pergerakan DNA
akan berubah juga.
5. Komposisi basa DNA atau temperature
Baik komposisi basa maupun temperature tidak begitu berpengaruh,
mobilitas DNA stabil pada temp. 4-30C. Dan elektroforesis gel agarose
dilakukan pada suhu kamar
6. Keberadaan pewarna DNA
Iintercalating agent ethidium bromide (EtBr) adalah pewarna fluoresen
untuk deteksi asam nukleat, EtBr ini akan mengikat pada sela-sela
pasangan basa DNA. EtBr dapat mengurangi mobilitas DNA linier sampai
15%. Hanya sedikit DNA 1ng dapat dideteksi secara langsung dengan
cara gel diletakkan pada media UV-transilluminator. EtBr dapat digunakan
untuk mendeteksi single- atau double-stranded asam nukleat (DNA atau
RNA). Meskipun, affinity dari EtBr-dye ini untuk single-stranded asam
nukleat relative rendah dan pendaran fluorensen minimum. PERHATIAN!
EtBr ini powerful mutagen, pengguna harus selalu memakai sarung
tangan pada saat bekerja, dan lindungi mata anda dengan kaca pelindung
pada saat mengamati di atas UV-transilluminator.

Kelompok 2 3
 Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

7. Komposisi buffer elektroforesis

Buffer elektroforesis yang digunakan harus sesuai dengan pelarut yang
digunakan untuk pembuatan gel agarose. Missal:
Tris-acetate; umum dipakai untuk preparative, kemampuannya paling
rendah, tetapi efektif untuk isolasi DNA dari gel agarose baik
elektroelusi maupun gel ekstraksi.
Tris-borat; resolusi cukup baik, tapi untuk mengisolasi kembali DNA
dari agarose kurang effektif, karena ada interaksi dengan agarose.

1.2. Latar Belakang

Dewasa ini telah banyak dilakukan isolasi DNA yang bertujuan untuk
mengembangkan ilmu pengetahuan terutama dalam ilmu Genetika. Isolasi
DNA telah banyak dilakukan dan dikembangkan di dunia ilmiah karena
teknologi teknologi modern telah menjamah ilmu genetika. Isolasi DNA
ini dapat dilakukan dengan cara dan bahan sederhana, hingga dengan
teknologi modern. Mengenai hal ini, pada dasarnya isolasi DNA dapat
dilakukan dari berbagai sumber, antara lain organ manusia, darah, daun,
daging buah, kalus, akar batang, daging dan sisik ikan. Namun, penggunaan
tumbuhan sebagai sumber lebih banyak dilakukan dalam pengisolasian
DNA dewasa ini. Pengisolasian DNA pada sumber dilakukan terutama
untuk pengenalan DNA secara lebih jelas karena dari isolasi ini DNA dapat
terpisah dari kumpulannya, yaitu kromosom. Setelah dilakukan isolasi,
biasanya DNA akan dielektroforesis.
Elektroforesis dilakukan untuk memisahkan, mengidentifikasi,
mengkarekterisasi dan purifikasi dari molekul DNA/ RNA. Elektroforesis
merupakan cara pengamatan DNA dengan bantuan sinar Ultra violet. Cara
pemisahan dengan elektroforesis ini merupakan alat pendukung yang sangat
pokok dalam teknologi DNA rekombinan, dengan aplikasi yang begitu luas
baik untuk pemisahan untai tunggal atau untai ganda molekul DNA.
Elektroforesis digunakan untuk pengamatan DNA dalam penampakan
flouresensinya.

Kelompok 2 4
 Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

Berdasarkan hal-hal tersebut diatas dan tak lepas dari tujuan

peningkatan khazanah ilmu pengetahuan terutama dalam bidang ilmu
Genetika, maka kami mengadakan praktikum isolasi hingga elektroforesis
DNA.

1.3. Tujuan
Tujuan praktikum isolasi dan elektroforesis DNA ini diantaranya :
1. Melakukan isolasi DNA dari berbagai jenis tanaman.
2. Mengetahui proses elektroforesis DNA.
3. Memahami cara kerja senyawa yang digunakan untuk mengisolasi DNA
dan Elektroforesis DNA.

Kelompok 2 5
 Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

BAB II
METODE KERJA

2.1. Alat dan Bahan

A. Isolasi DNA Tanaman
Untuk melaksanakan isolasi DNA tanaman, diperlukan alat-alat
seperti mikropipet berbagai ukuran, pipet berukuran, tabung 1,5 ml, tips
mikropipet berbagai ukuran, saringan, gelas kimia, sendok, penangas,
vortex, mini sentrifuga, dan blender/lumping. Sedangkan untuk bahan-
bahannya, diperlukan Buffer ekstraksi (100 mM Tris-HCl, pH 8; 50 mM
EDTA; 500 mM NaCl, CTAB 2%), Potasium asetat 5M, SDS 20%,
Kloroform: Isoamil alcohol (24:1), Alkohol 100% (pa), TE (10 mM Tris-
HCl, 1 mM EDTA pH 8), Buah-buahan/sayuran (Bayam, Anggur
Hitam), dan CTAB 2%.

B. Elektroforesis DNA
Untuk melaksanakan elektroforesis DNA, diperlukan alat-alat
seperti Elektroforesisi unit (meliputi comb dan tray), Power supply,
Mikropipet digital, dan Transilluminator UV. Sedangkan untuk bahan-
bahannya diperlukan Buffer TAE 10 x (400mM Tris asetat, 10 mM
EDTA pH 8), Etidium Bromida, Loading Buffer, DNA Marker, dan
Agarose.

2.2. Langkah Kerja

A. Isolasi DNA Tanaman

Diambil daging buah yang sudah matang atau sayuran

sebanyak 50 gram

Dihancurkan daging buah atau sayuran dengan menggunakan

blender atau sendok yang ditekan tekan diatas saringan

Ditampung daging buah dan sayuran yang telah halus

Kelompok 2 6
 Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

Dimasukkan ke dalam tabung 1,5 ml daging buah atau sayuran

yang telah halus sebanyak 0,1 ml atau 100 l

Ditambahkan buffer ekstraksi sebanyak 4 x volume total

sampel
Ditambahkan SDS 20% sebanyak 20 l

Dihomogenkan dengan alat vortex selama 5 detik

Diinkubasi dalam penangas air pada suhu 65oC selama 20 menit

Ditambahkan 100 l 5 M potasium asetat

Dihomogenkan dengan cara membolak-balik tabung sebanyak 50x

Disimpan dalam wadah berisi es selama 10 menit

Disentrifugasi sampel pada kecepatan 14.000 rpm selama 10 menit

Dipindahkan fasa atas ke dalam tabung 1,5 ml yang baru, dan endapan
dijaga sampai tidak terbawa

Ditambahkan klorofom 5 tetes : isoamol alcohol (24:1) sebanyak x

volume total sampel

Dihomogenkan sampel dengan cara membolak balik tabung sebanyak

50 x

Kelompok 2 7
 Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

Disentrifuga sampel pada kecepatan 14.000 rpm selama 10 menit

Dipindahkan fasa atas ke dalam tabung baru

Ditambahkan alcohol sebanyak 100 % (-20 c) sebanyak minimal 2x

volume total sampel

Disentrifuga sampel pada kecepatan 14.000 rpm selama 10 menit.

Alkohol dibuang dengan hati-hati, agar endapan DNA tidak terbuang

Sampel dicuci dengan alcohol 70 % 1 x, kemudian dikeringkan

sampel pada oven dengan suhu 50 oC selama 10 menit

Dilarutkan endapan DNA dengan TE sebanyak 30 l

Disimpan sampel pada suhu 4oC, dibiarkan minimal selama 24 jam

agar DNA dapat terlatut dengan sempurna

DNA yang diperoleh akan dielektriforensis dan juga diamplifikasi

dengan alat PCR

Kelompok 2 8
 Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

B. Elektroforensis DNA

Disiapkan tray / cetakan gel elektroforensis untuk membuat cetakan

gel. Ditutup rapat sisi-sisi yang terbuka dengan menggunakan selotip.

Dibuat gel agarose dengan konsentrasi yang dikehendaki dalam buffer

TAE 1 x.

Didihkan campuran tersebut hingga campuran terlihat bening atau

terpolarisasi.

Dibiarkan agorase hingga suhunya hangat, ditambahkan EtBr

sebanyak 2 l

Dituangkan gel agorase kedalam cetakan gel yang telah disiapkan,

sisir dipasang dengan posisi tegak dan berjarak 0,3 0,5 mm dari
dasar.

Gel dibiarkan mengeras pada suhu ruangan

Disiapkan sampel DNA yang akan dielektroforensis

Ditambahkan loading dye kedalam sampel dengan perbandingan 5

bagian sampel DNA dan 2 bagian loading dye

Dimasukkan sampel kedalam sumur yang terdapat dalam gel

Dimasukkan gel ke dalam buffer dan dipasangkan alat dan

disambungkan ke sumber listrik

Dielektroforensis pada daya 100 volt selama 30 menit

Kelompok 2 9
 Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

BAB III

HASIL PENGAMATAN

3.1. Hasil Pengamatan Isolasi DNA

Tabel 2. Pengamatan Urutan Poses Isolasi DNA

No Gambar Urutan Proses Isolasi DNA Foto Hasil Pengamatan

1
Isolasi DNA buah strawberry
0,1 mL

Warna larutan merah pekat

(merah darah)

Strawberry pekat larutannyah,

belum terbentuk endapan,
butiran kasar masih tersebar
di sekitar larutan.

2
Setelah diinkubasi dalam
penangas air suhu 60C selama
20 menit

Warna larutan merah muda

Belum terlihat adanya endapan,

hanya butiran halus yang
tersuspensi.
3

Setelah disimpan dalam wadah

es selama 10 menit

Warna larutan >> merah pucat

Tidak ada endapan

Kelompok 2 10
 Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

4
Setelah di sentrifuge dengan
kecepatan 14000 rpm selama
10 menit

Warna larutan pink pudar

Terbentuk endapan

Setelah sentrifuge kedua

dengan kecepatan 14000rpm
selama 10 menit.

Warna larutan pink pudar

Warna larutan bening dan

tidak ada endapan

6
Setelah ditambahkan alkohol
00% sebanyak 2x volume
total sampel.

Larutan bening

DNA

Kelompok 2 11
 Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

3.2. Hasil Pengamatan Elektroforesis DNA

Tabel 3. Pengamatan Urutan Poses Elektroforesis DNA

No Foto Hasil Pengamatan Keterangan

1
Sampel DNA ( telah dilarutkan dalan TE
sebanyak 30 mikroliter ) yang telah
disimpan pada suhu 4C selama 24 jam
dan siap di elekstroforesis.

Loading dye,
Loading dye akan ditambahkan ke dalam

3 sampel dengan perbandingan 5 bagian

sampel DNA dan 2 bagian loading dye

Kelompok 2 12
 Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

4
Sampel dimasukkan ke dalam sumur yang
terdapat dalam gel, alat siap dipasang dan
disambungkan ke sumber listrik (
elektroforesis pada daya 100 volt selama
30 menit )

Fragmen DNA yg sempurna, karena

tidak terurai

Fragmen DNA yang banyak terurai dan

kurang sempurna

Kontrol fragmen-fragmen DNA

Kelompok 2 13
 Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

BAB IV
PEMBAHASAN

4.1. Pembahasan Isolasi DNA

Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan dengan merusak dinding
dan membrane sel dan juga membrane inti. Berdasarkan hasil pengamatan,
larutan yang berisi strawberry dan buffer berwarna merah sesuai dengan
warna buah strawberry. Penambahan buffer ekstraksi ini berfungsi untuk
melisiskan membran sel. Dan penambahan SDS 20% bertujuan untuk
melisiskan dinding sel dan mendenaturasi protein sehingga DNA pada
jaringan buah strawberry dapat diisolasi. Larutan dalam tabung tersebut
dihomogenkan dengan menggunakan vorteks.
Kemudian diinkubasi sehingga menghasilkan perubahan warna
larutan. Penginkubasian sampel dalam waterbath bersuhu 65oC selama 20
menit ini dilakukan untuk mengoptimalikan kerja buffer ekstrak. Langkah
selanjutnya adalah penambahan Potassium asetat yang bertujuan untuk
membentuk senyawa kompleks CTAB-Potassium asetat-protein-debris sel.
Yang kemudian dilanjutkan dengan sentrifugasi yang bertujuan untuk
memisahkan debris dan komponen sel lain yang menjadi pengotor dengan
DNA. Proses ini menghasilkan larutan dengan dua fasa, yakni fasa atas dan
endapan. Kemudian, setelah fasa atas di ambil dan dipindahkan ke dalam
tabung baru, ditambahkan Phenol:Chloroform:Isolamyl Alkohol (PCI) yang
dilakukan untuk mengekstraksi DNA dari kontaminan. Fenol merupakan
pelarut organik yang dapat melarutkan protein, lipid dan molekul lain
seperti polisakarida, yang diharapkan akan didapatkan supernatan yang
berisi DNA bebas kontaminan. Kloroform berfungsi sebagai pendenaturasi
protein,tetapi DNA dan RNA tidak terdenaturasi karena tidak larut didalam
pelarut organik seperti kloroform.
Kemudian dilakukan penambahan alkohol sebagai presipitasi DNA
setelah dilakukan sentrifugasi dan pemindahan fasa. Penambahan alkohol
ini berfungsi sebagai penghilang kloroform. Sebab apabila kloroform masih
berada di dalam sampel maka dikhawatirkan akan menghambat kerja enzim-

Kelompok 2 14
 Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

enzim restriksi atau enzim lain yang digunakan untuk analisis molekuler.
Dihasilkanlah larutan bening dan gumpalan di dalam tabung. Gumpalan
tersebut merupakan DNA dari jaringan buah strawberry.

4.2. Pembahasan Elektroforesis DNA

Pada praktikum elektroforesis ini, sampel diambil dari sampel

molekul DNA yang telah dilarutkan dalam TE sebanyak 30 mikroliter dan
telah disimpan pada suhu 4C selama 24 jam. Lalu penambahan Loading
dye ke dalam sampel dengan perbandingan 5 bagian sampel DNA dan 2
bagian loading dye.
Dalam proses elektroforesis, sampel molekul DNA ditempatkan ke
dalam sumur (well) pada gel yang ditempatkan di dalam larutan penyangga,
kemudian dialirkan listrik dengan kutub yang terpisah satu sisi dengan sisi
lainnya. Molekul-molekul sampel tersebut akan bergerak di dalam matriks
gel ke arah salah satu kutub listrik sesuai dengan muatannya. Dalam hal
asam nukleat, arah pergerakan adalah menuju elektroda positif, disebabkan
oleh muatan negatif alami pada rangka gula-fosfat yang dimilikinya. Untuk
menjaga agar laju perpindahan asam nukleat benar-benar hanya berdasarkan
ukuran (yaitu panjangnya), zat seperti natrium hidroksida atau formamida
digunakan untuk menjaga agar asam nukleat berbentuk lurus. Sementara itu,
protein didenaturasi dengan deterjen (misalnya natrium dodesil sulfat, SDS)
untuk membuat protein tersebut berbentuk linear dan bermuatan negatif
pada sisi luarnya sehingga pada saat dielektroforesis akan menuju ke kutub
positif secara seragam. Setelah proses elektroforesis selesai, dilakukan
proses pewarnaan (staining) agar molekul sampel yang telah terpisah dapat
dideteksi. Dalam praktikum ini kami menggunakan Etidium bromida
sebagai zat pewarnanya,. Etium bromida akan berinteraksi dengan basa dari
molekul DNA dan akan memberikan warna orange fluoresance yang dapat
dilihat di bawah sinar ultraviolet.
Ketika dilihat di bawah sinar ultraviolet akan terlihat pita-pita (band)
pada lajur-lajur (lane) yang berbeda pada gel; satu lajur merupakan arah
pergerakan sampel dari sumur gel. Pita-pita yang berjarak sama dari sumur

Kelompok 2 15
 Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

gel pada akhir elektroforesis mengandung molekul-molekul yang bergerak

di dalam gel selama elektroforesis dengan kecepatan yang sama, yang
berarti bahwa molekul-molekul tersebut berukuran sama. Penanda (marker)
yang merupakan campuran molekul dengan ukuran berbeda-beda dapat
digunakan untuk menentukan ukuran molekul dalam pita sampel dengan
meng-elektroforesis penanda tersebut pada lajur di gel yang paralel dengan
sampel. Pita-pita pada lajur marker tersebut dapat dibandingkan dengan pita
sampel untuk menentukan ukurannya. Jarak pita dari sumur gel berbanding
terbalik terhadap logaritma ukuran molekul. Dalam Hasil pengamatan
terlihat bahwa terdapat fragmen DNA yang terlihat terurai dan tidak terurai.
Semakin sedikit DNA yang terurai, maka semakin baik hasil elektroforesis
DNA nya.

Kelompok 2 16
 Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

BAB V

PENUTUP

5.1. Kesimpulan

Untuk melakukan isolasi DNA dari jaringan tumbuhan, diperlukan

beberapa senyawa kimia tertentu. Senyawa-senyawa tersebut diantaranya
buffer ekstraksi yang berfungsi untuk melisiskan membran sel, SDS 20%
yang berfungsi untuk melisiskan dinding sel dan mendenaturasi protein,
Potassium asetat yang bertujuan untuk membentuk senyawa kompleks
CTAB-Potassium asetat-protein-debris sel, Phenol:Chloroform:Isolamyl
Alkohol (PCI) yang berfungsi untuk mengekstraksi DNA dari kontaminan,
Fenol yang berfungsi untuk mendapatkan supernatan yang berisi DNA
bebas kontaminan, Kloroform yang berfungsi sebagai pendenaturasi protein
kecuali DNA dan RNA, dan alkohol yang berfungsi sebagai penghilang
kloroform.
Sedangkan, dalam melaksanakan elektroforesis DNA, diperlukan
Buffer TAE 10 x (400mM Tris asetat, 10 mM EDTA pH 8), Agarose,
Loading Buffer, DNA Marker, dan Etidium Bromida yang akan mewarnai
DNA.

5.2. Saran
Pada saat praktikum, sebaiknya langkah-langkah kegiatan praktikum
dilakukan dengan sesuai dan sangat hati-hati karena kesalahan yang terjadi
dapat mengakibatkan pengaruh yang kurang baik terhadap hasil. Hal ini
terutama dalam penggunaan bahan harus sesuai dengan aturan yang telah
ditentukan dalam petunjuk kegiatan praktikum.

Kelompok 2 17
 Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

JAWABAN PERTANYAAN

A. Pertanyaan tentang Isolasi DNA

1. Hitunglah jumlah senyawa yang dimasukkan pada tahapan kerja nomer 5,
14, dan 18!
Jawab :
Pada tahapan kerja nomor 5, buffer ekstraksi yang ditambahkan adalah
sebanyak: 400 L
Pada tahapan kerja nomor 14, kloroform: isoamil alcohol (24:1) yang
ditambahkan adalah sebanyak: 250l dan 125 l
Pada tahapan kerja nomor 18, alcohol yang ditambahkan adalah
sebanyak: 1000 l.

2. Jelaskan apa fungsi senyawa-senyawa yang digunakan dalam proses isolasi

DNA!
Jawab :
Buffer ekstraksi : untuk melisiskan membran sel dan membran fosfolipid
bilayer.
SDS 20% : pelarut lipid dari membran sel, melisiskan dinding sel dan
mendenaturasi protein.
Potassium asetat : berikatan dengan debris sel dan protein sehingga
membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-Potassium asetat-protein-
debris sel.
Kloroform & Isoamil alcohol : mendenaturasi protein yang masih
menempel pada kromosom.
Alcohol : mempresipitasi asam nukleat.

B. Pertanyaan tentang Elektroforesis DNA

1. Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis Anda!
Jawab :

Kelompok 2 18
 Isolasi & Elektroforesis DNA 2010

Pita DNA yg sempurna, karena

tidak terurai
Pita DNA yang banyak terurai
dan kurang sempurna
Pita penanda (marker) DNA

2. Mengapa DNA Anda hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV?
Jelaskan!
Jawab :
Molekul DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar ultraviolet
karena pada pewarnaan molekul DNA tersebut menggunakan zat pewarna
etidium bromida dan etidium bromida akan berinteraksi dengan basa dari
molekul DNA dan akan memberikan warna orange fluoresance yang
dapat dilihat dengan bantuan sinar ultraviolet.

3. Apakah etidium bromida? Bagaimana cara kerja etium bromida dalam

proses pewarnaan DNA?
Jawab :
Etidium merupakan sebuah molekul yang dapat mengikat kuat pada
DNA. Etidium juga biasa digunakan dalam biokimia untuk memvisualisasi
potong-potongan DNA yang telah di pisahkan pada gel elektroforesis.
Molekul etidium berpendar fluor ketika diiluminasi dengan cahaya
ultraviolet (UV) pada kisaran visible UV. Etidium mengikat dengan cara
menyisip di antara ikatan basa pada untai ganda DNA. Struktur cincin
etidium adalah hidrofobik dan mirip dengan struktur cincin pada DNA.
Etidium dapat membentuk kontak van der Walls tertutup dengan pasangan
basa dan hal ini merupakan jawaban bahwa mengapa etidium mengikat
pada lokasi hidrofobik molekul DNA (Wicaksono, 2009).

Kelompok 2 19