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GENTICOS
(Una gua de lectura introductoria al tema)
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Hasta mediados de la dcada de los 60, los marcadores usados en gentica y mejora
animal estaban controlados por genes asociados a caracteres polimrficos, en general fciles de
identificar visualmente (fenotipo), pero solo un pequeo nmero de esos marcadores morfolgicos
permitan encontrar asociaciones significativas entre estos y los caracteres con importancia
econmica.
Por sus limitaciones surgieron los marcadores isoenzimticos o marcadores de protenas,
que eran accesibles a un mayor nmero de especies y brindaban mejores resultados. Se expresan
en forma codominante, son compatibles con el normal funcionamiento de la protena y son
relativamente abundantes, pero son tcnicas muy caras y dificulta los proyectos de mapeos,
adems no ms del 3% del ADN genmico es finalmente traducido a protenas y que slo unas
pocas de estas pueden mutar sin alterar la viabilidad de los animales. Los primeros marcadores
fueron los grupos sanguneos y luego otros marcadores polimrficos bioqumicos o las
inmunoglobulinas pero presentaban escasa variantes polimrficas lo que limito su uso y
aplicaciones Dejaron de utilizarse y aparecen as nuevos marcadores moleculares.
MARCADORES MOLECULARES
Se conoce que una gran proporcin variable del genoma eucariota est
compuesto por secuencias repetitivas de ADN, las cuales difieren en el nmero y la
composicin de nucletidos.
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MINISATLITES o VNTR (nmero variable de repeticiones en tndem) (Variable Number of Tandem
Repeats)
En 1980 A. R. Wyman y R. White descubrieron, por azar, la primera regin hipervariable del
ADN humano, y subsecuentemente se fueron hallando otras regiones de ese tipo cerca de los
genes de la globina, la insulina, la mioglobina y otros. Estas secuencias no codificantes e
hipervariables del ADN (de una longitud aproximada de entre 6 y 25 pb) repetidos en tndem un
nmero variable de veces (VNTR), estn ubicados en regiones centromricas y telomricas de los
cromosomas y forman secuencias de entre 5 y 50 kb de longitud.
Ejemplo: 7 repeticiones en tndem de la secuencia de 16 pares de bases
5GACTGCCTGCTAAGATGACTGCCTGCTAAGATGACTGCCTGCTAAGATGACTGCCTGCTAAGATGA
CTGCCTGCTAAGATGACTGCCTGCTAAGATGACTGCCTGCTAAGAT
Se genera de este modo una gran cantidad de alelos diferenciados por el nmero de
repeticiones que posee cada uno. Esta ltima caracterstica genera un alto porcentaje de
heterocigosis (generalmente mayor al 80%) alcanzado para estos loci, lo que los convierte en
marcadores altamente informativos en estudios de anlisis de ligamiento y pruebas de
identificacin.
En estas tcnicas, los sitios de restriccin de las enzimas se encuentran flanqueando las
secuencias repetidas en tndem y se visualizan mediante transferencia de Southern usando
secuencias VNTR como sonda observando un patrn de bandas. Las sondas moleculares
desarrolladas por Jeffreys y colaboradores en el ao 1985 a partir de secuencias repetitivas de un
intrn de la mioglobina humana, dieron origen a la tcnica conocida como fingerprinting de
ADN. La misma ha revolucionado el campo de la medicina forense y los estudios de paternidad
en todo el mundo. El fingerprinting de ADN es el patrn de bandas nico (huella molecular) es
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especfico de cada individuo (excepto para los gemelos monocigticos) obtenido por la
hibridacin de muestras de ADN digerido con sondas capaces de detectar mltiples minisatlites
a lo largo del genoma.
Una limitacin importante del anlisis de huellas moleculares de ADN con VNTR es que
precisa una muestra relativamente grande de ADN (100.000 clulas o 50g) y el ADN debe estar
relativamente intacto.
Hasta el momento, se han descripto y mapeado cientos de loci de VNTR en el genoma
humano y de algunos animales, aunque se calcula que su nmero podra ser de varios miles por
genoma.
Los microsatlites, tambin conocidos como SSR, SSLP o STR, consisten en pequeas
secuencias con 2-5 nucletidos repetidos en tndem, altamente variables en tamao. Se
identificaron en el ao 1989 al descubrirse que existan zonas del ADN no codificante. Se llamaron
primero VNTR (variable number of tandem repeats), pero luego fue reemplazada por la de
microsatlite o STR (Short Tandem Repeat) para los segmentos mas cortos y para los mas largos la
denominacin VNTR o minisatlites.
En genomas eucariotas las secuencias de los microsatlites son muy frecuentes, bien
distribuidas y mucho ms polimrficas que los minisatlites, constituyendo la clase de marcadores
moleculares ms polimrficos que se conocen.
Se ha sealado que los elementos ms repetidos en mamferos son extensiones de
dinucletidos (CA)n y (GA)n y los ms tpicos constan de 10-30 copias de una repeticin que
usualmente no son superiores a 4 pb de longitud.
Por el momento, se desconoce exactamente el origen y la funcin de estas secuencias
repetidas. Respecto a su origen, la aparicin inicial de los microsatlites pudo deberse al azar, o
podran haber surgido como producto de mutaciones en la secuencia poli-A en el extremo 3.
Esta fuente de mutacin y cambio en el nmero de repeticiones podra proveer una fuente
de variacin cuantitativa para una rpida adaptacin evolutiva de las especies a cambios
ecolgicos. La nutricin y el estrs podran incrementar la velocidad de mutacin en los
microsatlites debido a un descenso de la regulacin de reparacin de errores. De esta forma, el
estrs que acompaa al cambio evolutivo podra inducir en una poblacin el incremento de
mutaciones requeridas para adaptarse al cambio.
Los microsatlites han demostrado ser los marcadores ms informativos para estudios
poblacionales a nivel de subespecie. La mayora de los estudios realizados hasta el momento con
este tipo de marcadores se basa en el anlisis de frecuencias allicas, con la finalidad en un
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principio de la creacin de mapas genticos y posteriormente para la determinacin de QTLs
(Quantitative Trait Loci).
Los microsatlites se encuentran en los genomas de todos los eucariotas. Por medio de la
tcnica de PCR se amplifican estos pequeos segmentos para el anlisis de los polimorfismos
utilizando un par de oligonucletidos especficos complementarios a las secuencias nicas que
flanquean el microsatlite. Los fragmentos amplificados presentan un polimorfismo extensivo
resultante de la diferencia en el nmero de elementos simples repetidos. El resultado de la
amplificacin se fracciona en un gel de acrilamida-urea para determinar el genotipo de cada
individuo. As, cada regin microsatlite, independientemente de la secuencia repetida,
constituye un locus altamente variable, multiallico y de gran contenido informativo.
Figura 44. Deteccin mediante PCR de distintos alelos de un polimorfismo microsatlite y anlisis de genotipos
de microsatlites marcados con fluorescencia.
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B- MARCADORES QUE PRESENTAN CAMBIOS PUNTUALES EN EL GENOMA
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Pero tienen como desventajas que son muy costosos, necesitan de un personal calificado
y entrenado para trabajarlo, precisan el uso de radioactividad y adems, consumen mucho
tiempo. En animales domsticos se ha realizado este tipo de anlisis del ADN desde 1985, con
numerosos trabajos en una amplia diversidad de especies.
Otras de las aplicaciones de esta tecnologa ha sido el desarrollo de detallados mapas de
ligamiento en una amplia variedad de organismos. Aunque sta es la ms conocida, el RFLP se ha
empleado tambin en la caracterizacin del genoma de organelos, en la identificacin de lneas
o individuos y en las investigaciones sobre el tema de la diversidad gentica. La identificacin y el
mapeo de RFLP han revolucionado la gentica humana por el desarrollo del diagnstico asistido
por marcadores y la deteccin de una amplia variedad de enfermedades hereditarias. A pesar
de haber sido ignorados este tipo de marcadores en sus inicios por los genetistas veterinarios, los
mismos mtodos para el mapeo en humanos son empleados para estudios de diferentes especies
animales, respecto a los sitios polimrficos, producindose una revolucin en el mejoramiento
animal por la introduccin de la seleccin asistida por marcadores (Marker Asisted Selection:
MAS).
La tcnica RAPD, conocida tambin como AP-PCR es bsicamente una variacin del
protocolo de la PCR con dos caractersticas distintivas: utiliza un cebador nico (en lugar de un
par de primers) con una secuencia arbitraria, por lo tanto desconocida. Para que ocurra la
amplificacin, dos secuencias complementarias al cebador arbitrario deben estar lo
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suficientemente adyacentes (~400pb) y en orientacin opuesta que permita la amplificacin
exponencial por la ADN-polimerasa (Figura 4).
En los RAPD se emplean cebadores cortos (10 pares de bases) que se utilizan de forma
individual en reacciones de PCR con un nivel de especificacin muy bajos. De esta manera se
genera un patrn de bandas sencillos que depender de la capacidad de los cebadores para
encontrar zonas en el ADN, parcial o totalmente complementario.
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aquella que cumple con los requisitos de complementariedad entre el cebador y las cadenas de
ADN a una distancia menor o igual a 2Kb.
La distribucin de marcadores RAPD a lo largo del genoma es una consideracin
importante cuando se evala la utilidad de estos marcadores, los cuales estn ampliamente
ubicados ms o menos al azar por todo el genoma. Existen reportes que verifican su presencia en
el genoma de numerosas especies. Los RAPDs se
Factores como calidad y concentracin
han utilizado tambin para la caracterizacin
del ADN molde, presencia de
racial en ganado bovino.
contaminantes precipitables con etanol,
Para esta tcnica no es necesario conocer
concentracin de cloruro de magnesio,
previamente la secuencia del ADN.
contenido de G+C en los primers y la
Esta tcnica se diferencia
eficiencia del termociclador, influyen en
fundamentalmente de otras y muestra ventajas,
la amplificacin y afectan la sensibilidad
por ejemplo, sobre RFLP, en que no se basa en
de la reaccin.
hibridacin sino en la amplificacin de ADN, lo
que implica simplicidad y rapidez, lo cual se debe a la posibilidad de detectar polimorfismo por la
visualizacin directa de las bandas en el gel, eliminando todas las etapas de transferencia de ADN
para membranas (Southern Blot), hibridacin con sondas especficas y autorradiografa; no
requiere del desarrollo de una librera de sondas especficas, sino que un conjunto de primers
arbitrarios puede utilizarse para cualquier organismo; se elimina la necesidad de istopos
radiactivos, se requiere 10-3 veces menos concentracin de ADN que para RFLP y la principal
desventaja es el bajo contenido de informacin gentica por loci asociado a la dominancia de
los marcadores RAPD, adems de que para su desarrollo requiere que se garanticen condiciones
de adecuada repetibilidad, adems de ser un mtodo muy trabajoso y costoso.
Se pueden utilizar varios mtodos para revelar el patrn de bandas: empleo de istopos
radiactivos y la tincin con nitrato de plata.
Mediante la seleccin del nmero de nucletidos selectivos es posible controlar el nmero
de fragmentos a amplificar, en una relacin inversamente proporcional. El polimorfismo es
detectado por la presencia o ausencia de bandas debido a mutaciones en los sitios de restriccin
o en secuencias adyacentes a estos, los cuales se complementan o se diferencian de los
nucletidos selectivos aadidos a los cebadores de la PCR, y por inserciones o deleciones dentro
del fragmento amplificado.
Tiene como ventajas que se obtiene un alto grado de polimorfismo, un mayor nmero de
marcadores por gel analizado y no requiere del conocimiento de la secuencia de ADN. Debido a
la cantidad de marcadores que pueden ser generados, el mapeo gentico puede realizarse con
mayor rapidez y ms fcilmente. Es una tcnica para estudios de biodiversidad. Comparado con
RFLP es ms rpido, menos laborioso y provee mayor informacin. Revela fundamentalmente el
polimorfismo dominante, que puede ser por la presencia o ausencia del sitio de restriccin o por
una simple variacin de un nucletido en el genoma.
Los marcadores AFLP pueden ser aislados del gel y usarlo como sondas para caracterizar
nuevos clones, o secuenciarlos para disear cebadores y emplearlos en otras tcnicas basadas en
PCR.
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Figura 47. Representacin esquemtica de los AFLP
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SSCP es simple y adecuadamente sensible para fragmentos de hasta 200pb de longitud, y
han sido utilizados en la identificacin de variantes allicas de las protenas lcteas, pero para el
desarrollo de esta metodologa se requiere una amplia batera de oligonucletidos que encarece
su utilizacin.
ordenadas en forma de matriz anclados al microarray, cada uno de los cuales est
Cada secuencia es un gen cabo sobre el array, usando una mezcla de cuatro
Los SNP pueden aparecer tanto fuera de los genes (que no afecten la produccin o
funcin de alguna protena) como en un gen especfico, donde pueden ubicarse en regiones
codificantes (relacionados con cambios en la cantidad de protena producidas) o no codificantes
(que afectan solo la secuencia de aminocidos).
Estos han sido empleados como marcadores para el diagnstico de rasgos especficos por
ser abundantes en el genoma bovino, genticamente estables y de anlisis fcilmente
automatizable, lo que ha permitido adems, su utilizacin como marcadores para la identificacin
animal y pruebas de paternidad en ganado bovino.
Figura 49. Un haplotipo es un conjunto especfico de SNP y otras variantes genticas observadas en un
cromosoma individual o en parte de un cromosoma.
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EST: Etiquetas de secuencia expresada (Expressed sequence tags)
Los EST son secuencias cortas obtenidas de clones de ADN complementario (ADNc) y sirven
como pequeos identicadores del gen. Puede usarse como un marcador, para buscar el resto
del gen o para ubicarlo en un segmento ms grande de ADN.
Tpicamente tienen entre 200 y 400 nucletidos de longitud. Los datos de los EST son
capaces de proporcionar una estimacin aproximada de los genes que estn expresados
activamente en un genoma bajo una condicin siolgica en particular.
Esto debido a que las frecuencias para ESTs particulares reejan abundancia en los ARNm
de una clula, que corresponde con los niveles de expresin de genes bajo esa condicin. Otro
potencial benecio del muestreo por EST es que, al secuenciar clones de ADNc de manera
aleatoria es posible encontrar nuevos genes. Sin embargo la utilizacin de EST tambin presenta
varios inconvenientes, para el anlisis de perles de expresin. Tienen como desventaja:
Baja calidad, debido a que se generan de forma automatizada, sin vericacin (conlleva
a altos ndices de error)
Errores de lectura
Contaminacin comn por vectores de secuencia, intrones (de ARN no empalmado), ARN
ribosomal, ARN mitrocondrial entre otros.
A pesar de estas limitaciones, la tecnologa EST es todava ampliamente utilizada, debido a
que las bibliotecas de EST pueden ser generadas fcilmente de diferentes tipos de clulas (tejidos,
rganos). Adems facilita la identicacin exclusiva de un gen de una biblioteca de ADNc.
Aunque los EST son propensos a errores, una coleccin completa de EST contiene informacin muy
til.
La rpida acumulacin de secuencias de EST, ha impulsado el establecimiento de bases
de datos pblicas y privadas para almacenar los datos. Genbank tiene una base de datos EST,
dbEST (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/dbEST/).
Uno de los objetivos de las bases de datos de EST es organizar y consolidar un gran nmero
redundante de datos para mejorar la calidad de la informacin.
Este proceso incluye el preprocesamiento de los datos el cual remueve vectores
contaminantes y enmascara repeticiones. Despus sigue un proceso de agrupamiento o
clustering que agrupa secuencias EST asociadas a genes nicos.
El siguiente paso es obtener el consenso mediante la fusin de secuencias redundantes,
superposicin de EST y errores de lectura.
Una vez que la secuencia de codicacin es identicada puede ser anotada
traducindola a una secuencia de protenas para bsqueda de similitudes en base de datos.
El compilado de EST puede ser utilizado para alinearlo con la secuencia del genoma y as
poder identicar la localizacin del gen expresado y as como tambin obtener los lmites entre
exones e intrones.
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El proceso de agrupamiento que reduce la redundancia de EST y produce una coleccin
de secuencias EST de genes no redundantes se conoce como construccin de ndices de genes.
A diferencia de la PCR con cebadores arbitrarios (RADP y AFLP), el diseo de los cebadores
para detectar sitios de secuencia etiquetada (STS) est basado en cierto conocimiento de las
secuencias. Estos cebadores son nicos y especficos de las secuencias, y detectan variacin en
el ADN genmico. Los STS tienen una ventaja especial sobre los RAPD por ser codominantes, o sea,
pueden distinguir entre los homocigotos y los heterocigotos. Tienden tambin a ser ms
reproducibles, porque las secuencias de los cebadores son ms largas.
Tienen, sin embargo, una desventaja: requieren de algn conocimiento preexistente de la
secuencia del ADN de la regin, aunque slo sea parcial. Su inconveniente principal es la inversin
en esfuerzo y costo que se necesita para disear los cebadores especficos de cada locus.
Del mismo modo que con los RAPD, el uso de la PCR genera datos rpidamente y requiere
poco ADN. Todos los mtodos de STS usan los mismos protocolos bsicos que usan los RAPD
(extraccin de ADN y PCR) y requieren el mismo equipo.
Aprovecha las secuencias conocidas, nicas dentro del genoma, para amplificarlas por
PCR. El polimorfismo se suele encontrar fcilmente cuando lo que se amplifican son intrones en
lugar de exones. La ventaja principal es la velocidad con la que se pueden realizar los anlisis una
vez que las parejas de oligonucletidos se han establecido claramente. Por tanto se combinan la
rapidez de la RAPD con la especificidad de la RFLP.
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Tabla 3: Comparacin de algunos marcadores genticos
Automatizacin /
Difcil Posible Posible Posible Difcil Posible
multiplex
Genoma y el
potencial de Bueno Bueno Muy bueno Muy bueno Limitado Bueno
mapeo de QTL
Potencial de
Buena a muy
mapeo Bueno Limitado Muy limitada Muy limitada Excelente
buena
comparativo
Mapeo de genes
candidatos Limitado Intil Intil Intil Limitado Excelente
potenciales
Potencial para el
estudio de la
Limitado Limitado Limitado Limitado Bueno Excelente
variacin gentica
adaptativa
Desarrollo Moderado Caro Barato Moderado Barato Caro
Moderado a
Ensayo Moderado Moderado Barato Barato Moderado
cara
Moderado a Moderado a Moderado a
Equipo Moderado Moderado Barato
cara cara cara
RFLP polimorfismo en la longitud de fragmentos de restriccin; SSR - repeticiones de secuencia simple
(microsatlites); RAPD amplificacin al azar de ADN polimrfico; AFLP - polimorfismo de longitud de fragmentos
amplificados; STS - sitio de secuencia de etiquetado; EST - etiquetas de secuencias expresadas.
Fuente: http//www.fao.org
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CRITERIOS PARA SELECCIONAR EL TIPO DE TCNICA
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Los marcadores moleculares se aplican en diferentes campos de investigacin, y se utilizan
en el aislamiento de genes con funcin desconocida, gracias al conocimiento de su posicin en
el genoma y en el campo de la evolucin, mediante la comparacin de mapas genticos para la
ubicacin de las alteraciones estructurales del genoma que ocurren durante la diversificacin de
un gnero o familia. Sin embargo, el campo ms favorecido por los marcadores moleculares es la
gentica cuantitativa, y es muy utilizada por los criadores. La gentica cuantitativa incluye el
anlisis de las bases genticas de la variacin morfolgica, el desarrollo de estrategias para la
caracterizacin de genes que se puedan cuantificar (QTL); la seleccin asistida por marcadores
(SAM), en el caso de caractersticas influenciadas por varios genes, polignicas; y la seleccin
asistida por genes (SAG), en el caso de caractersticas influenciadas por un solo gen,
monognicas. La SAM y la SAG son dos herramientas poderosas en el mejoramiento de plantas y
animales. Los marcadores genticos tienen muchas aplicaciones en diferentes fases de
programas de seleccin: la optimizacin para la conservacin de fuentes de genes, seleccin de
padres, identificacin de alelos favorables y desarrollo de genotipos que acumulen tales alelos.
Cualquier contribucin de los marcadores moleculares a la seleccin, se basa en la disponibilidad
de marcadores ligados a aquellos genes involucrados en la variacin de la caracterstica
seleccionada. As, la aplicacin de la SAM y SAG se puede utilizar para el desarrollo de genotipos
particulares y para el mejoramiento de poblaciones por seleccin recurrente.
Los marcadores constituyen una herramienta fundamental en la construccin de mapas
genticos. Dichos mapas, adems de su indudable inters cientfico, son herramientas
fundamentales para la identificacin y aislamiento tanto de genes responsables de enfermedades
como otros de inters econmico para posteriormente utilizar esta informacin en programas de
mejoramiento animal a travs de la llamada Seleccin Asistida por Marcadores. Tambin ofrecen
considerables posibilidades para mejorar la elaboracin de productos agroindustriales, sobre todo
mediante procesos inocuos para el medio ambiente y de elevado rendimiento energtico.
Aunque probablemente la mayor parte de estas tecnologas no estarn al alcance de la
produccin pecuaria tradicional, resultarn considerablemente accesibles para el sector
comercial e industrial emergente de muchos pases en desarrollo.
La identificacin de parentesco o control de filiacin se lleva a cabo tambin por el uso de
paneles de microsatlites. La existencia de animales clonados llev a un profundo anlisis en el
pas sobre los requisitos para la inscripcin de los mismos en registros genealgicos, ya que por
definicin no tienen progenitores. Es as que la confirmacin formal de la identidad de un clon en
relacin al animal que le dio origen, debe hacerse obligatoriamente a travs de un panel de
marcadores genticos moleculares.
El impacto de los errores tiene sobre los programas de mejora un alto impacto dado que
permite un correcto registro genealgico. La identificacin de los mismos ha permitido la
determinacin del genotipo actual en un locus o loci especfico sin errores debidos a los efectos
ambientales. En vacunos, cerdos y caballos principalmente, el control de parentesco se ha
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realizado de forma rutinaria en la mayora de los pases mediante la metodologa de grupos
sanguneos y polimorfismos bioqumicos.
El Laboratorio de Gentica Aplicada de la Sociedad Rural Argentina
(http://www.sra.org.ar/laboratorio) cumple con los requisitos de confirmacin de parentesco y la
inscripcin de reproductores en los registros genealgicos. Hasta el 2010 se haban realizado ms
de 56.000 anlisis en bovinos y 75.000 en equinos.
Esta aplicacin tiene un gran impacto en la implementacin de planes de mejoramiento.
La falta de genealoga impide la implementacin de los mtodos basados en gentica
cuantitativa, porque es imprescindible establecer las relaciones de parentesco en la poblacin.
Estos mtodos requieren la definicin de una matriz de parentesco entre los animales evaluados. El
caso ms simple es el de los servicios a campo con varios toros. En estos casos, dado el limitado
uso de la inseminacin artificial en bovinos para carne, restringe severamente la evaluacin
gentica. Si bien la relacin costo/beneficio no es todava muy favorable, la tecnologa est
disponible, es efectiva y potenciara significativamente la utilidad de las metodologas de la
gentica cuantitativa.
La identificacin gentica permite hablar de una huella gentica. En este sentido se pueden
identificar genotipos en loci cuyos genes tienen efectos directos sobre una caracterstica
particular. Esta aplicacin permite llevar adelante anlisis de trazabilidad.
Respecto a la seguridad alimentaria se han puesto de relieve la necesidad de mtodos
ms eficaces para el rastreo de animales vivos y sus derivados, especialmente cuando son objeto
de intercambios comerciales. La trazabilidad se define como la posibilidad de encontrar o seguir
el rastro a travs de todas las etapas de produccin, transformacin y distribucin de un animal,
alimento o sustancia. No debe confundirse la trazabilidad con la identificacin de un individuo,
una correcta trazabilidad comprende a una correcta identificacin previa. Por otro lado, la
respuesta biolgica de los individuos en un ambiente dado se establece gracias a uno o un grupo
de genes que son los responsables de que un animal sea inferior o superior en cuanto a
produccin se refiere; que manifieste un color u otro, un incremento en la masa muscular, un
incremento en la produccin de leche o un incremento en la prolificidad.
Los marcadores tambin permiten la identificacin racial. Por ejemplo, los productos del
cerdo ibrico presentan un elevado valor econmico siendo importante detectar su origen para
verificar la relacin entre el producto etiquetado y su origen gentico. En el caso del cerdo el gen
MC1R que codifica para el receptor de la melacortina (relacionado con la pigmentacin de la
capa) presenta 4 alelos conocidos. El cerdo ibrico presenta los alelos MC1R*1 y el MCR1*3,
mientras que el MCR1*4 es responsable de la capa colorada del Duroc. La denominacin de
origen de estos productos se realiza mediante el genotipado. De una manera ms especfica
tambin se puede realizar la identificacin de especies para asegurar un correcto etiquetado y la
procedencia de las materias primas por ejemplo en una cadena alimentaria. Por ejemplo en
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embutidos o pates etc. y cuyo precio tambin vara de acuerdo de su elaboracin. Existen
marcadores de tipo RAPD para diferencias entre las especies como pollo, pavo, cerdo etc.
En especies de rumiantes existe necesidad de identificar el origen de la leche con la que se
han elaborado ciertos productos. No cotiza de la misma manera un queso de oveja que de vaca.
Se han amplificado regiones del citocromo b para obtener patrones de diferentes especies.
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Tabla 4: Marcadores utilizados a escala comercial para ser tomados en cuenta en la seleccin de
individuos asistida por marcadores-genes.
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Figura 50. Prueba de hipertermia maligna en cerdos (HTM). Perfil electrofortico de productos de PCR digeridos con la
enzima Cfol para identificar los genotipos para el gen de la hipertermia maligna en cerdos. Carril M, marcador de tamao
molecular; carriles 1, 5, 6, 7 y 9, homocigotos normales (NN); carriles 2, y 8, heterocigotos normales (Nn); carriles 4 y 10,
homocigotos recesivos (nn) que manifiestan el genotipo indeseable. B) Ejemplar de la raza porcina Pieltrain que manifiesta
el genotipo nn, cuya expresin produce sndrome de hipertermia maligna que se asocia con la produccin de carne
plida, suave y oxidativa (PSE) de baja calidad.
La deteccin de portadores
antes se resolva a partir de una
prueba de progenie, idealmente con
sus propias hijas, una prueba que
lleva mucho tiempo y es costosa.
Actualmente se realiza un anlisis de ADN si la base molecular ha sido caracterizada o de
marcadores en estrecho ligamiento con la mutacin causal. En relacin a esta aplicacin, se ha
organizado la base de datos OMIA (http://omia.angis.org.au/), que rene informacin de
defectos y enfermedades de origen gentico en ms de 135 especies. El carcter de portador de
un reproductor es asentado junto con el resto de la informacin productiva del mismo. Un fenotipo
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indeseable (que se sospeche de origen gentico) puede ser confirmado a travs de un test de
laboratorio.
Deteccin de enfermedades: En la actualidad existen numerosas enfermedades
hereditarias. Una vez que se tiene caracterizados molecularmente a los animales, la informacin
de presencia del marcador en el hato, piara o manada puede ser usada para incrementar la
frecuencia de este marcador asociado positivamente a una caracterstica de inters,
seleccionando los animales que posean dos copias de este marcador contra los que no lleven
ninguna copia. En un hato tpico, el uso de sementales que lleven dos copias del marcador
(homocigoto) puede ser la va ms rpida para incrementar la frecuencia del marcador en el
hato. El costo de la identificacin de individuos portadores de genes y QTL superiores, es
relativamente alto, pero este costo se puede recuperar al elevar el valor del animal superior (FAO,
2003). Ejemplos tpicos en bovino son la enfermedad de BLAD, (Bovine Leukocyte Adhesion
Deficiency) o la CVM (Complex Vertebral Malformation).
La primera (BLAD) se debe a un defecto de la expresin de la protena CD18 causado por
una mutacin en el gen que origina una alteracin en el transporte de los leucocitos desde la
sangre a los lugares de infeccin.
En el campo de la sanidad animal se han utilizado metodologas moleculares en el
desarrollo de nuevos tratamientos de enfermedades, en la creacin de vacunas como la de la
fiebre aftosa, primer producto de la biologa molecular, la de la tuberculosis bovina o de la
brucelosis bovina, como en la creacin de anticuerpos monoclonales (utilizados en vacunas y
tratamientos), inmunoglobulinas, etc. Tambin sus aplicaciones se refieren a aspectos que influyen
en la produccin y calidad de la leche, sobre todo en el ganado bovino.
Diagnostico molecular de enfermedades. La aplicacin de la biotecnologa del ADN a la
salud animal, mediante vacunas ms eficaces, baratas y resistentes combinadas con mejores
instrumentos de diagnstico, podra contribuir en medida importante a mejorar el control de las
enfermedades, estimulando as la produccin nacional de alimentos y la participacin en el
comercio ganadero. Actualmente existen alternativas que permiten visualizar la causa primaria
con la probabilidad de cometer mas errores o falsos positivos. Los mtodos genmicos permiten
visualizar el ADN del genotipo de inters, ya sea detectando una regin especfica o la
identificacin una zona de resistencia a una enfermedad.
Utilizacin de Marcadores en caractersticas productivas: Numerosos estudios realizados
durante las ltimas cuatro dcadas han puesto de manifiesto correlaciones estadsticamente
significativas entre marcadores genticos y caracteres de produccin lechera. Los primeros
estudios fueron enfocados principalmente hacia el anlisis de los grupos sanguneos y
polimorfismos bioqumicos De los 10 grupos sanguneos analizados por estos autores slo el grupo B
evidenci un efecto significativo sobre el porcentaje de grasa en leche, concluyendo que dicho
marcador explicara entre el 1,5 y 3,9% de la varianza total en el ganado lechero dans.
Resultados similares fueron encontrados, en el ganado sueco, en la raza Holstein, asociaciones
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entre el grupo sanguneo E con produccin de grasa y leche, entre el grupo sanguneo B con
porcentaje de grasa en leche, y asociaciones entre el grupo sanguneo S con diferencias en la
produccin de grasa.
En cuanto a los polimorfismos bioqumicos, se hall en la raza Holstein, asociaciones entre
las variantes allicas de las transferrinas (Tf) con diferencias en el rendimiento de leche y grasa. Al
estudiar tres familias de medias hermanas de la raza Friesian, se observ asociaciones entre las
variantes de post-albmina (Pa) con rendimiento en litros de leche, y entre amilasa-1 (Am-1) con
porcentaje de grasa. A pesar del esfuerzo realizado, los estudios de correlacin entre los grupos
sanguneos y los polimorfismos bioqumicos con los caracteres de produccin lechera no lograron
grandes avances.
En los ltimos aos, el enfoque fue trasladado hacia la bsqueda de loci candidatos y/o
hacia el rastreo del genoma mediante el uso simultneo de un gran nmero de marcadores
moleculares altamente polimrficos, del tipo microsatlite.
Se ha definido a los loci candidatos como aquellos genes que por su funcin biolgica
participaran en la expresin de un carcter cuantitativo y por lo tanto podran explicar un
porcentaje de su varianza fenotpica. Pueden mencionarse a modo de ejemplo las protenas de la
leche, la prolactina (PRL), la hormona de crecimiento (GH), el Complejo Principal de
Histocompatibilidad (MHC), etc.
Han sido documentadas correlaciones entre algunas de las variantes de las protenas de la
leche con el rendimiento y la composicin del producto obtenido. Han sido observadas
diferencias en el grado de correlacin entre esas variables debido a distintas causas (mtodos
estadsticos utilizados, nmero de animales estudiados, tipos de marcadores, etc.)
Entre las protenas detectadas en la leche se encuentran las casenas (-casena, -
casena, S1-casena y S2-casena), -lactoglobulina y -lactoglobulina y -lactoalbmina. Un
documento presentado por Giovambattista y cols. (1998) destaca las siguientes caractersticas de
las protenas de la leche.
casena. (CAS): Esta protena constituye aproximadamente el 13 % de las casenas
totales. Mediante corridas electroforticas, as como tambin a nivel de ADN, se han descripto dos
variantes allicas mayoritarias: A y B. La leche producida por animales de genotipo BB contiene
mayores niveles de protenas, grasa y slidos totales. Adems, las diferencias en el contenido
proteico de la leche, entre los animales CAS AA y CAS BB, se estim en aproximadamente un
3%. Este locus puede explicar alrededor del 4% de la variacin total en el contenido proteico.
Adems este genotipo se ha correlacionado con un mayor rendimiento en litros de leche. Fueron
confirmadas en diferentes razas como Holstein, Friesian, Jersey, Ayrshire, Guemeys y otras. En las
diferentes razas, no siempre se presentan las mismas asociaciones marcador - QTL. Si tenemos en
25
cuenta que el ligamiento entre el QTL y el marcador gentico es incompleto, podran existir en la
poblacin diferentes haplotipos marcador-QTL. As por ejemplo, el alelo B de CAS estaba
asociada a una disminucin en el porcentaje de grasa. La leche producida por animales con
genotipo CAS BB posee propiedades superiores para la manufacturacin de queso. La leche de
tipo BB tienen menor tiempo de renina, cuajo ms firme, y un mayor contenido en protenas y
slidos totales, presenta mayor proporcin de -casena y micelas ms pequeas. Esta
caracterstica explica la formacin de un cuajo ms firme y una mayor retencin de slidos, lo que
resulta en un rendimiento superior durante la produccin de queso, comparada con la leche
producida por animales con genotipo CAS AA.
S1-casena (CASS1): Esta protena constituye el 38 % de las casenas totales presentes en
la leche. Posee dos variantes principales denominadas B y C. Los individuos CASS1 BB tenan un
rendimiento en litros de leche significativamente mayor que los animales CASS1 BC. Estas
observaciones indicaran la existencia de una fuerte correlacin entre el alelo B y una mayor
produccin lechera. Sin embargo, no se hallaron asociaciones significativas entre los genotipos de
CASS1 con produccin lechera en vacas de la raza Holstein.
En las razas lecheras ms difundidas, como las Holstein-Friesian, el alelo B se encuentra
prximo a la fijacin; este hecho podra haber sido consecuencia de la fuerte presin de
seleccin ejercida sobre dichas razas durante el ltimo siglo.
-lactoglobulina (LG): La -LG es la principal protena del suero en la leche de los
rumiantes, constituyendo el 50% de las protenas presente en el suero. Aunque todava no est
clara su funcin fisiolgica, se supone que podra participar en el transporte y metabolismo del
retinol y los cidos grasos.
Al igual que en el caso de -casena, se han descripto dos variantes allicas mayoritarias: A
y B. La expresin diferencial de los alelos A y B de LG ha sido observada en diferentes
poblaciones de ganado bovino lechero.
Finalmente, cabe mencionar que no todos los trabajos han hallado correlaciones
estadsticamente significativas entre los genotipos de LG y los caracteres de produccin lechera.
-lactoalbmina (-AL): La -lactoalbmina (-LA) constituye el 20% de las protenas
presentes en el suero de la leche. Hasta el momento han sido detectadas tres variantes: A, B y C
en la raza Holstein, la variante A con una mayor cantidad de leche, protenas y grasa. La variante
B fue asociada con mayores porcentajes de protena y grasa, observndose valores intermedios
en los animales heterocigotas.
A pesar de la importancia fisiolgica de la hormona Prolactina para la lactancia, son
escasos los trabajos sobre asociacin entre PRL y produccin lechera. Mediante la tcnica de
Southern Blot, se estableci una correlacin entre las variantes de PRL y caracteres de produccin
lechera en una familia lite de la raza Holstein. Es por esta razn, que hoy en da podra
considerarse como un QTL.
26
Hormona de Crecimiento (GH): La hormona de crecimiento es un pptido secretado por la
adenohipfisis cuya funcin ms importante es la de favorecer la sntesis proteica, estimulando de
esta manera el crecimiento. As mismo, es importante el estmulo de la GH tanto en el desarrollo de
la glndula mamaria, como en la lactancia. Por lo tanto, el anlisis de los polimorfismos presentes
en la GH y sus asociaciones con los caracteres de produccin lechera es de fundamental
importancia.
Complejo Mayor de Histocompatibilidad (MHC). En bovinos el Complejo Mayor de
Histocompatibilidad (denominado Bovine Lymphocyte Antigen, BoLA), corresponde a un grupo de
loci ubicados en el cromosoma 23 (BTA23). El BoLA ocupa un rol central en la respuesta inmune.
Este complejo es de gran importancia para la adaptacin del individuo al medio, por lo que
influye directa o indirectamente sobre los caracteres de produccin. Numerosos estudios han
demostrado la asociacin entre el BoLA y caracteres de importancia fisiolgica como fertilidad
susceptibilidad o resistencia a enfermedades caracteres de produccin, parmetros de
crecimiento.
Entre los genes ms estudiados se pueden mencionar el locus de Clase II BoLA-DRB3. Se ha
podido comprobar la correlacin entre la presencia de algunas de las variantes allicas
encontradas para este locus, con resistencia o susceptibilidad a enfermedades como la leucosis
bovina, mastitis, parsitos intestinales, etc. Adems se han encontrado correlaciones entre loci de
clase I, como el BoLA-A y resistencia o susceptibilidad a mastitis
Estas asociaciones resultan de inters, ya que numerosas evidencias han demostrado que
los animales portadores de estas enfermedades presentan una importante disminucin en la
produccin. Sin embargo, no siempre se han encontrado correlaciones entre loci de Clase I y II del
BoLA, con fertilidad y caracteres de produccin. La utilizacin de los STRs para el mapeo de QTLs
ha permitido localizar regiones cromosmicas, que podran ser portadoras de genes implicados en
la produccin lechera. Por ende, el anlisis del STR., no slo permite la identificacin de los
animales portadores, sino que tambin posibilitar estudiar el efecto de la regin cromosmica
correspondiente, sobre la produccin lechera en esta raza y en otras razas lecheras.
Base de datos de genes candidatos y marcadores genticos para produccin de leche y mastitis
Se ha desarrollado una base de datos de genes candidatos y de marcadores genticos
para la produccin de leche y mastitis en ganado bovino para proporcionar una herramienta de
investigacin que integre diferentes tipos de informacin que apoyan un enfoque genmico para
estudiar la lactancia, el desarrollo y la salud de la ubre.
La base de datos contiene 943 genes y marcadores genticos implicados en el desarrollo
de la glndula mamaria y la funcin, en representacin de los candidatos para seguir estudios
funcionales. Para la identificacin de loci candidatos, se utilizaron datos de diferentes enfoques de
investigacin:
27
Tabla 5. Base de datos de genes candidatos y marcadores genticos para el desarrollo de la
glndula mamaria, los rasgos de produccin de leche y de la resistencia o susceptibilidad a la
mastitis en el ganado bovino.
Se han encontrado asociacin entre tres genes (IL8RA, TLR4 y BoLA DRB3-) con resistencia o
susceptibilidad a la mastitis, ubicados en los cromosomas 2, 8 y 23 respectivamente.
Figura 52. Nmero de genes y marcadores genticos para el desarrollo de la glndula mamaria, los rasgos de
produccin de leche y la resistencia o susceptibilidad a la mastitis encontrado con diferentes enfoques en
cada cromosoma bovino. Loci en los cromosomas 3, 6 y 14 poseen mayor asociacin con caractersticas de
leche y mastitis.
28
FUNDAMENTO DE LA IDENTIFICACIN DE QTLs
Figura 53. Visualizacin simultnea de la superposicin de QTL. QTL medido para el mismo rasgo, pero en
diferentes cruces del ratn (anotado con diferentes colores) se representan como barras verticales al lado de
los cromosomas. Las regiones de consenso QTL (en negro) presentan las coincidencias comunes a todos los
cruces.
En algunas ocasiones los avances hacia la identificacin del gen responsable en una
regin previamente identificada como QTL ha tenido xito dependiendo de algunos genes que
han ejercido una notable influencia sobre caracteres de inters (genes mayores) Ej: el gen de la
hipertrofia muscular, la miostatina, o el DGAT1 en bovino, el gen boorola en ovinos o los genes de
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la calidad de carne. Actualmente la incorporacin a los programas de mejora de los QTL es una
realidad en especies como porcino, bovino de carne y leche.
IDENTIFICACIN DE QTL
DISEOS EXPERIMENTALES
Q ?
M ?
Q q
M m
q ?
m ?
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Se han desarrollado mtodos estadsticos ms sofisticados para mejorar el poder de
deteccin de QTL, tales como el anlisis simultneo de varios atributos, el anlisis en intervalos
mltiples y el uso de la estadstica bayesiana. El desarrollo de nuevos modelos estadsticos para la
bsqueda de QTL es un rea muy dinmica en investigacin y continuamente se presentan
nuevas alternativas de anlisis.
El QTL se asocia a una regin cromosmica que tiene un pico mximo de significancia, y
como en todo caso de inferencia estadstica lleva implcito un intervalo de confianza, que con
cierto grado de probabilidad contiene el gen o genes buscados. Existen distintos mtodos
estadsticos para determinar el intervalo de confianza de un QTL.
La informacin referente a QTL en las distintas especies ha sido sistematizada en diferentes
bases de datos para cada especie y son accesibles a travs de Internet.
33
Tambin dentro de la genmica comparativa el uso de QTL ha permitido el estudio de
especies con antecesor comn. Es posible identificar en distintas especies los mismos genes que
cumplen funciones similares. Esta homologa puede extenderse a QTL vinculados a fenotipos
similares en especies distintas. Para la identificacin del gen o genes de un QTL tambin se
propone combinar la estrategia posicional con la estrategia de genes candidatos y el uso de
mapas comparativos entre especies. Determinada la posicin de un QTL en una especie, pueden
definirse genes candidatos para el seleccionando genes que ya han sido caracterizado en otras
especies (humanos y ratn) y de los que se sabe su funcin y posicin. As se reduce el nmero de
genes candidato para un QTL. La confirmacin definitiva debe provenir de un experimento, por
ejemplo sustitucin de alelos y medicin de efectos.
Una vez que se ha identifico un gen correspondiente a un QTL hay que determinar que
polimorfismo da origen a la diferencia fenotpica cuantitativa entre poblaciones. Generalmente
ese polimorfismo es un SNP pero no siempre es posible identificar este polimorfismo dado que se
producen muchas mutaciones y pocas son funcionales, y esta situacin se complica si ciertos
alelos tienen un haplotipo comn. Para el gen de la Leptina se han detectado polimorfismos en el
promotor, en el exn 2 y 3 pero todava es controvertido el efecto real en el fenotipo.
Actualmente ya estn en el mercado una serie de paneles de marcadores moleculares
ofrecidos por empresas privadas. Estos paneles son principalmente de aplicacin en bovinos de
carne y leche y estn integrados para un nmero variable de SNP que corresponden a
marcadores directos.
34
Cuando la proporcin seleccionada en las colas es pequea (10% o menos), se puede
obtener una reduccin importante en el nmero de animales tipificados, a expensas de un
aumento en la cantidad de cras evaluadas para el carcter en estudio. Este mtodo es
fcilmente aplicable para el estudio del ligamiento marcador-QTL en rebaos de produccin
lechera, dado que en estos casos se dispone de un gran nmero de datos. Puede aplicarse
seleccionando uno o dos de los caracteres ms importantes, por ejemplo, produccin de leche y
contenido proteico. Sin embargo, la principal desventaja de la tipificacin selectiva es que no
puede ser aplicada simultneamente a ms de dos caracteres independientes, porque a pesar
de la pequea proporcin de animales seleccionados para cada carcter, se tendra que tipificar
prcticamente a todas las cras.
Seleccin asistida por Marcadores y genes: Independientemente de cuales sean los que se
utilicen, los marcadores genticos pueden aplicarse para identificar algn locus del genoma, que
se encuentre cerca de un gen especfico que codifique una caracterstica en particular. Los
marcadores genticos han permitido detectar algunos QTL en los cromosomas y la identificacin
de dichos marcadores, y su subsiguiente ubicacin en los mapas de ligamiento han permitido
identificar las regiones cromosmicas donde residen stos. La distancia entre el marcador y el gen
o QTL que codifica una caracterstica cuantitativa es importante para su efecto, es decir, es
necesaria una distancia entre 15 a 50 centimorgan (cM, unidad arbitraria utilizada para medir
distancia entre locus) para lograr un efecto de medio a alto o de 5 cM para garantizar un efecto
mayor. Una vez identificado y medido el efecto de un QTL, es posible incorporarlo a esquemas de
mejoramiento gentico. De esta forma, el uso de la genmica es til para mejorar caractersticas
productivas que se limitan por el sexo, que tienen baja heredabilidad, que son costosas de medir
o para aquellos que aparecen ms all de la vida media del animal (aparicin tarda), o que se
miden slo despus sacrificio del animal.
Tabla 6. Algunos ejemplos de QTL detectados para diferentes caracteres y en diferentes especies
ganaderas
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Tabla 7. Algunos ejemplos de genes que se analizan de una manera comercial en programas de
mejora de animales
La cra animal moderna comenz con la utilizacin de sistemas de cruza entre animales
para satisfacer necesidades humanas inmediatas, posteriormente los cruzamientos se operaron
para el logro de metas bien establecidas: mayor produccin de leche y carne, produccin
eficiente, y camadas ms numerosas. Estos cruzamientos se realizaban entre individuos cuya
informacin productiva o fenotpica contribua a identificar los genes que expresan rasgos
productivos. De este modo, la seleccin tradicional se basaba en el modelo polignico de
caractersticas cuantitativas (BLUP por sus siglas en ingls; best lineal umbiased production), que
emplea la informacin fenotpica y el pedigr para establecer valores de cra individuales en los
animales. Los genes que contribuyen para que se expresen las caractersticas de comportamiento
productivo son desconocidos y por ello se han utilizado registros de comportamiento fenotpico,
as como herramientas para inferir el mrito gentico de los animales (diferencia esperada en la
progenie, DEP en bovinos de carne; evaluacin gentica integral en ganado bovino de leche,
comportamiento productivo en cerdos, ovinos y cabras). Estas herramientas son tiles para el
mejoramiento de animales, sin embargo, no se sabe cules son los genes que contribuyen a la
generacin siguiente, mas aun en caractersticas complejas como peso al nacer, peso al destete,
produccin de leche, produccin de huevo, reproduccin, calidad de canal, entre otros, y que
estn controlados por muchos genes y afectados por el ambiente (por ejemplo, condiciones de
alimentacin), por lo que el estudio de la variacin dentro de genes est teniendo un gran
impacto sobre el fenotipo de animales de granja. El xito de las herramientas mencionadas se
basa en la creencia de que hay un grupo de genes que contribuyen cada uno con poco efecto;
36
tal es el caso de los caracteres complejos (como el de crecimiento) que son producto de la
expresin de varios genes ligados. A este modelo se le conoce como infinitesimal y tambin se
basa en la seleccin de los posibles progenitores a travs de valores de cra cuyo modelo se basa
en BLUP.
El modelo que intenta integrar la gentica cuantitativa y molecular sera una meta; donde
en el modelo clsico de la gentica cuantitativa el fenotipo es integrado por efectos genticos y
ambientales (P = G + E) y puede ser actualizado incluyendo un nuevo trmino que representa el
efecto de los genes candidatos o QTL, donde (P = G + E + Gm).
La nueva informacin generada con marcadores gentico-moleculares, genes candidatos
y QTL, cada vez es ms abundante, y sta puede ser utilizada para disear un esquema de SAM o
SAG.
Los genes principales (genes mayores) son genes individuales que contribuyen con una
proporcin significativa en la variacin de caractersticas econmicamente importantes. La
biologa molecular puede utilizarse para identificar y caracterizar a estos genes. Las decisiones de
seleccin tomadas sobre otras tcnicas o modelos de seleccin, cuyo valor econmico estriba en
estimar el valor de cra de todos los genes que contribuiran con la caracterstica dada han sido
muy tiles, pero si a estas se les agrega la deteccin o la presencia de un marcador gentico-
molecular, la seleccin animal se ejerce con mayor precisin, sin embargo, la SAM es una
herramienta que asiste pero no reemplaza las tcnicas tradicionales de seleccin animal. En la
SAM se utiliza informacin directamente aportada por el ADN de un candidato a ser
seleccionado, juntamente con sus registros productivos y los de individuos emparentados.
La SAM permite realizar una seleccin objetiva y confiable de las variaciones especficas
del ADN que se encuentran asociadas con una diferencia cuantificable, o efecto sobre un
determinado carcter o complejo de caracteres. Es importante considerar que la realizacin de
SAM funciona mejor cuando se efecta en caractersticas complejas, como el crecimiento y el
marmoleo (grasa intramuscular en el ganado bovino), las cuales se encuentran asociadas con
varios genes que contribuyen juntos para estas caractersticas.
Actualmente en Francia las tres principales razas de bovino lechero, Hostein, Normande y
Mont bellard, estn sometidas a un programa de seleccin asistida y se consideran 12 QTL
identificados cada uno por 2-4 marcadores. Tambin Nueva Zelanda ha puesto un programa
similar.
Otra utilidad vinculada pero que no implica la seleccin de reproductores, es la
clasificacin de individuos con una determinada capacidad productiva (ya sea potencial de
crecimiento o facilidad de engorde, por ejemplo). La identificacin a priori de animales con
distinta capacidad productiva permite optimizar el manejo y la alimentacin y predeterminar el
destino hacia cierto mercado. A esta estrategia se la conoce como
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Manejo Asistido por Marcadores (MAM).
38
asociado a diferencias en terneza de la carne y posteriormente se agreg el gen de la Leptina,
asociado a variables de inters tanto en ganado de carne como de leche.
Evaluaciones a nivel mundial pronto confirmaron que estos polimorfismos, en forma
individual, explicaban una fraccin muy pequea de la variabilidad gentica. Pero en poco
tiempo se fueron reportando ms polimorfismos asociados a diversas variables de produccin.
Desde el punto de vista comercial, a medida que se fueron descubriendo estos polimorfismos, los
mismos se fueron integrando a paneles de marcadores, en un nmero de hasta decenas segn el
atributo en particular.
Desde el punto de vista de la investigacin cientfica, fueron propuestos diferentes modelos
para la interpretacin de experimentos de localizacin de QTL en bovinos de leche y cerdos
sugiriendo que podra tratarse de una distribucin asimtrica que en definitiva lo que indica es que
en el control de una variable cuantitativa intervienen pocos genes, de efecto fuerte, o sea
explican una proporcin importante de la variabilidad, mientras que el resto es explicado por un
grupo muy numeroso de genes de efecto pequeo. An as, el anlisis en retrospectiva de los
resultados experimentales de varias otras especies parece indicar que el modelo infinitesimal (un
gran nmero de loci causales, cada uno de pequeo efecto, la base de la gentica aditiva o
cuantativa) no parece ser errneo, lo que complica un poco ms el aprovechamiento de la
informacin molecular en seleccin asistida.
Un nuevo progreso tecnolgico, superador a la utilizacin de paneles de marcadores
moleculares, est dado por la seleccin genmica. En este caso, un nmero muy elevado de
marcadores cubriendo todo el genoma garantizara que todos los loci de relevancia estuvieran en
condiciones de desequilibrio de ligamiento con los mismos, por lo que su efecto podra ser
cuantificado. De esta forma, la asociacin entre genotipos y valor productivo permitira la
estimacin de un valor gnico molecular global. Debe notarse que la seleccin genmica tiene
una diferencia conceptual con estrategias anteriores: con la densidad adecuada (que asegure el
desequilibrio de ligamiento), pueden usarse SNP annimos y ya no es necesario ubicar SNP en
genes candidatos.
La seleccin genmica requiere determinar los genotipos de un elevado nmero de
marcadores en un mismo individuo. Desde el 2007 est disponible un chip con alrededor de 54.000
marcadores (SNP). Este chip, patrn de referencia para la evaluacin genmica en bovinos es el
resultado del trabajo de diversas instituciones (The Bovine HapMap) y continuacin de la
secuenciacin del genoma de la especie (The Bovine Genome Sequencing and Analysis).
La propia estructura y dinmica de la poblacin de bovinos de leche ha permitido una
rpida implementacin de la tecnologa genmica. Es posible lograr precisiones de alrededor de
0,70, lo que es muy superior al valor determinado por el promedio de los padres y tiene relevancia
en el caso de toros jvenes.
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Figura 59. Chip de DNA de Affymetrix, empleado para detectar
expresin de genes de humano, a la izquierda, y de ratn, a la
derecha.
En bovinos de carne el progreso es ms lento, dado que hay diferencias entre las diferentes
razas (por ejemplo en la fase de ligamiento) y no hay informacin fenotpica precisa. En este caso,
la seleccin genmica permitira explicar hasta 50% de la variabilidad gentica, con una precisin
de 0,50-0,70 (equivalente a contar con ~6 - 16 cras con h2 = 0,25). Ya estn en evaluacin chips
con casi 800.000 SNP. Tambin es muy importante el nmero de individuos con registros utilizados
en el anlisis de asociacin.
La seleccin genmica se presenta como la tcnica a utilizar en la seleccin animal en un
futuro. El uso generalizado de la misma, y en qu especies ser ms accesible falta dilucidar. Para
mejorar la precisin aun se debe optimizar el nmero de marcadores a analizar y el costo
razonable de acuerdo al sistema de produccin. En Argentina comienzan lentamente a
demandarse los paneles de marcadores, por lo que el cambio llevar ms tiempo que en pases
desarrollados.
De la variabilidad observada en los fenotipos de la poblacin, slo una fraccin es
explicada por diferencias en el efecto aditivo de los genes: la heredabilidad (h2). La situacin
ideal sera aquella en la que los marcadores explican toda la variabilidad gentica subyacente,
implcita en la heredabilidad de un atributo.
Una diferencia importante al considerar la efectividad de una alternativa de seleccin es si
la variable de inters puede ser medida en los animales. Variables relacionadas a aptitud
reproductiva, a composicin corporal o calidad de producto (ej: la carne) son muy difciles de
medir en condiciones comerciales normales y la informacin molecular podra hacer una
importante contribucin y al no depender de genes candidatos, con la seleccin genmica
probablemente se puedan evaluar fenotipos novedosos, tales como parmetros sanguneos o
metablicos. En el otro extremo, su utilidad en el mejoramiento de variables de produccin que
son medidas en forma rutinaria, depender de una serie de factores, entre ellos la factibilidad de
integrar los marcadores a la evaluacin cuantitativa y el beneficio marginal de su aplicacin.
El avance de las metodologas genmicas ha sido vertiginoso y ha sido difcil seguirlos y a
su vez transmitirlos al sector productivo. Slo como ejemplo, puede citarse el advenimiento de la
secuenciacin de ltima generacin en relacin a la secuenciacin capilar ms convencional.
Cuando muchos laboratorios haban logrado acceder a un secuenciador capilar, esta tecnologa
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ya pasaba a ser de segunda lnea. Otro indicador relevante es la tendencia en los costos de los
proyectos de secuenciacin de genomas. Es esperable un nmero cada vez mayor de
marcadores evaluados, a gran escala y con costos progresivamente menores.
Los paneles de marcadores deben entrenarse en relacin a informacin fenotpica de
calidad, para cuantificar los efectos de los mismos. No ha habido hasta el momento mucho inters
por desarrollar estas poblaciones de referencia en el pas, excepto en pequea escala. Se espera
que el mayor conocimiento del genoma bovino permita, entre otros objetivos, establecer con ms
precisin la transmisin gentica de padre a hijo (por ejemplo en el caso de hermanos enteros),
caracterizar y aprovechar mejor la variabilidad no aditiva y comprender mejor efectos mltiples
del mismo gen (pleiotropa). Tambin pueden surgir nuevas estrategias a partir de la comprensin
de procesos genticos sofisticados que fueron descubiertos en fecha relativamente reciente,
como la epigenmica o la regulacin por microRNAs.
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