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Mxima Parcimnia
PAUP
PHYLIP
PAUPRAT
Mtodo da mxima parcimnia
Desvantagens
Pode ser inconsistente sob certos modelos (LBA).
Produz muitas rvores igualmente parcimoniosas.
Mtodo da mxima parcimnia
A C
[ A C T]
A
T
Mtodo da mxima parcimnia
A C
[ A C G]
A
G
Tipos de Parcimnia
Parcimnia de Fitch
TS=TV=1
Parcimnia de transverso
TS=0
TV=1
Parcimnia generalizada
TS= N
TV=xN
#NEXUS
Begin Data;
DIMENSIONS NTAX=5 NCHAR=18;
FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?;
MATRIX
Homem GGTTATCCTACATGTATA
Camundongo ACTTGTCCAACGCGGACA
Rato ACTCGTCCAACGTGCACA
Cachorro AGCTGCCTTACGTACATA
Gato AGCTGTCTTACGTACGTA
;
END;
Begin paup;
usertype titv stepmatrix = 4 acgt
[a] [c] [g] [t]
[a] - 1 1 1
[c] 1 - 1 1
[g] 1 1 - 1
[t] 1 1 1 -
;
ctype titv:all;
[!P A R C I M O N I A D E F I T C H]
BAND;
end;
Begin paup;
usertype titv stepmatrix = 4 acgt
[a] [c] [g] [t]
[a] - 1 0 1 [a] [c] [g] [t]
[c] 1 - 1 0
[a] - 1 0 1
[g] 0 1 - 1 [c] 1 - 1 0
[t] 1 0 1 - [g] 0 1 - 1
; [t] 1 0 1 -
ctype titv:all;
[!P A R C I M O N I A D E T R A N S V E R S A O]
BAND;
end;
Mtodo da Mxima Parcimnia
Mtodo da Mxima Parcimnia
Swofford
Begin paup;
usertype titv stepmatrix = 4 acgt
[a] [c] [g] [t]
[a] - 6 1 6
[c] 6 - 1 1
[g] 1 6 - 6
[t] 6 1 6 -
;
ctype titv:all;
[!P A R C I M O N I A G E N E R A L I Z A D A]
BAND;
end;
Mtodo da Mxima Parcimnia
Mtodos de busca
Homem GGTTATCCTACATGTATA
Camundongo ACTTGTCCAACGCGGACA
Rato ACTCGTCCAACGTGCACA
Cachorro AGCTGCCTTACGTACATA
Gato AGCTGTCTTACGTACGTA
Mtodo da Mxima Parcimnia
Pule
paup> band
paup>
Mtodo da Mxima Parcimnia
Note que quando h apenas uma base diferente, independentemente
da topologia, o custo ser sempre o mesmo (escore=1). Como temos
sete (7) stios deste tipo j temos um custo (escore=comprimento) de
sete (7).
000000000111111111
123456789012345678
Homem GGTTATCCTACATGTATA
Camundongo ACTTGTCCAACGCGGACA
Rato ACTCGTCCAACGTGCACA
Cachorro AGCTGCCTTACGTACATA
Gato AGCTGTCTTACGTACGTA
Mtodo da Mxima Parcimnia
O stio 15 tambm no informativo. Como tem duas bases
diferentes no duplicadas o custo igual a 2.
000000000111111111
123456789012345678
Homem GGTTATCCTACATGTATA
Camundongo ACTTGTCCAACGCGGACA
Rato ACTCGTCCAACGTGCACA
Cachorro AGCTGCCTTACGTACATA
Gato AGCTGTCTTACGTACGTA
Mtodo da Mxima Parcimnia
Resumo:
18 stios, sendo quatro (4) iguais,
sete (7) com apenas uma diferena,
um (1) com duas diferenas e
seis (6) com duas bases diferentes duplicadas.
Dos 18 stios, 14 so variveis, sendo que destes apenas seis so
informativos para parcimnia. Em termos de escore, a nossa
rvore j tem um comprimento igual a 7+2=9.
000000000111111111
123456789012345678
Homem GGTTATCCTACATGTATA
Camundongo ACTTGTCCAACGCGGACA
Rato ACTCGTCCAACGTGCACA
Cachorro AGCTGCCTTACGTACATA
Gato AGCTGTCTTACGTACGTA
STIOS INFORMATIVOS
2 3 8 9 14 17
Homem GTCTGT
Camundongo CTCAGC
Rato CTCAGC
Cachorro GCTTAT
Gato GCTTAT
STIOS INFORMATIVOS
2 3 8 9 14 17
Homem ++++++
Camundongo -++-+-
Rato -++-+-
Cachorro +--+-+
Gato +--+-+
C C C
C C
C
Sitios
1 2 2,9,17
C C C
C C
C
5
C C C
C C C
9
C C C
C
C C
C C C
C C C
T T T
T T T
T T C Sitios
C
C C
C
T
C 3,8,14
1 2
T
C
C C
T C
T C C
5
C C C
C C C
9
C C
C
C C C
C C C
C C C
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
A= 1 1 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
B= 2 2 2 2 1 2 2 2 1 2 2 2 2 2 1
Tsi 9 9 12 12 6 12 12 12 9 12 12 12 12 12 9
Tni 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9
18 18 21 21 15 21 21 21 18 21 21 21 21 21 18
Trees A B NI Score
1 1 2 9 18
2 1 2 9 18
3 2 2 9 21
4 2 2 9 21
5 1 1 9 15
6 2 2 9 21
7 2 2 9 21
8 2 2 9 21
9 2 1 9 18
10 2 2 9 21
11 2 2 9 21
12 2 2 9 21
13 2 2 9 21
14 2 2 9 21
1,5,12,15
13,15 000000000111111111
123456789012345678
2,9,17 Homem GGTTATCCTACATGTATA
Camundongo ACTTGTCCAACGCGGACA
4 Rato ACTCGTCCAACGTGCACA
Cachorro AGCTGCCTTACGTACATA
Gato AGCTGTCTTACGTACGTA
6
3,8,14
16
Testes de Monofilia
Bootstrap
Jackknife
ndice de decay
Nexus
Begin paup;
execute mydata.nex;
set autoclose=yes increase=auto criterion=parsimony;
Pset gapmode=missing;
outgroup 1;
hs;
Root outroot=monophyl;
savetrees file=mydata.tre format=altnexus replace=yes
root=yes;
boot nreps=1000; [Comando para bootstrap]
Root outroot=monophyl;
savetrees file=mydataMPBS.tre format=altnexus
replace=yes savebootp=both maxdecimals=0 root=yes
from=1 to=1000;
end;
Hillis & Bull (1993) atravs estudos de simulao propuseram valores
de 70% de bootstrap como limiar de significncia para os clados.
Entretanto, essa postura no tem unanimidade.
Begin paup;
Constraints Rosenberger=((Aotus, Callicebus));
End;
DNAPARS
Phylip Seqboot
Consense
Joe Felseinstein
TNT ?
Pablo Goloboff