ENCB. IPN.

Departamento de Microbiologa Laboratorio de Bioqumica Microbiana

Curso terico Grupo 5IV1 febrero junio 2017

Mdulo 2.
Metabolismo Intermediario.

2.1. Definicin del metabolismo bacteriano.

2.1.1. Metabolismo del ADN, metabolismo energtico, metabolismo intermediario de carbono.
2.1.2. Rutas vas metablicas. Caractersticas principales de las rutas metablicas.
2.1.3. Diversidad del metabolismo microbiano de acuerdo:
Fuente de carbono: heterotrofa, autotrofa.
Fuente de energa: quimitrofos, quimiolitotrofos, fottrofos.
2.1.4. Obtencin de energa en microorganismos:
Fosforilacin a nivel sustrato
Fosforilacin oxidativa
Fotofosforilacin
2.1.5. Metabolismo Carbonado. Catabolismo y Anabolismo
2.1.6. Heterotrofa anaerobia fermentacin.
2.1.6.1. Fermentaciones glicolticas.
2.1.6.2. Fermentaciones no glicolticas.

M en C. Carlos Jorge Martnez Canseco

 Mdulo 2.
Catabolismo heterotrfico anaerobio. Fermentacin

Objetivo general.
Comprender e integrar el concepto actual del metabolismo heterotrfico
anaerobio.
Objetivos particulares.
i. Concepto general de Metabolismo celular procariote.
ii. Flujo de carbono y energa durante el catabolismo heterotrfico anaerobio.
iii. Papel de las vas centrales del metabolismo.
iv. Aplicaciones, bsicas y tecnolgicas
 2.1. Definicin del metabolismo celular.
metabol = cambio, ismo = cualidad

Existe un intercambio de materia y energa entre las clulas y su medio ambiente a travs de un conjunto de
transformaciones qumicas, fsicas y biolgicas, en sus componentes moleculares, propias o incorporadas a travs de los
nutrientes, con el fin de transformar la materia y energa para el desarrollo de sus funciones vitales, y la sntesis de los
componentes de la materia viva.
El metabolismo celular es la suma de todas las reacciones bioqumicas en la clula mediadas por la actividad de enzimas
para la asimilacin de los componentes necesarios para la sobrevivencia.

Una visin global del metabolismo microbiano

Existen diferentes tipos de metabolismo?

No, es uno solo, para su estudio se ha dividido

Metabolismo del ADN.

Metabolismo nitrogenado.
Metabolismo energtico.
Metabolismo intermediario

http://microgen.ouhsc.edu/s_mutans/s_mutans_home.htm
Los organismos hetertrofos metabolizan* compuestos orgnicos (ej: azcares) como
fuente de carbono y energa
* oxidan
 2.1.1. Metabolismo (que genera) intermediario (s) de carbono y energa.
Como construir los componentes celulares macromoleculares a partir de los nutrientes incorporados ?
Del transporte de nutrientes y su degradacin deben obtenerse: energa, molculas intermediarios de carbono
(anfiblitos) y equivalentes reductores (poder reductor).
Esquema general del metabolismo

Oxidacin: Remosin de electrones y protones.

Reduccin: Adicin de electrones y protones.
Procesos acoplados
DeConceptos.com http://deconceptos.com/ciencias-naturales/metabolismo#ixzz4Hct3yZf9 http://biologainteractiva.wordpress.com/2010/03/23/mapa-conceptual-adn/
 El metabolismo organizado como un conjunto de rutas metablicas en base a reacciones bioqumicas partiendo de un
determinado sustrato inicial, varios intermediarios y un producto final.
Rutas o vas catablicas, anablicas.
Las rutas vas centrales del metabolismo son anfiblicas.
Las rutas mejor conocidas son lineales: gliclisis, interacciona con otras: pentosas fosfato, ciclo de krebs
Metabolismo central es una de red de interacciones entre vas centrales
ms que de rutas centrales del metabolismo deberamos hablar de redes metablicas

http://www.dmae.upm.es/WebpersonalBartolo/GrupoAbeliano/metabolicas.html
Estructura topolgica de las redes metablicas.
cul es el nmero promedio de reacciones en la distribucin del flujo de carbono en las que se ve
envuelta una fuente de carbono y energa?
Redes metablicas nodales (Small World), la mayora de los nodos no son vecinos entre s, sin embargo la mayora de
los nodos pueden ser alcanzados desde cualquier otro.
Unos pocos metabolitos actuaran como supernodos (muy conectados).
Alternativa estructural para mantener la homeostasis: distribucin de conexiones por el anlisis de los ciclos
metablicos.
Las rutas metablicas han evolucionado estructuralmente de modo que ofrecieran la mxima resistencia a ataques,
perturbaciones o errores al azar en su estructura.
Consecuencias extraordinarias: la deteccin de estos supernodos y el ataque preciso sobre ellos destruira una red
metablica en forma catastrfica.
The PEPpyruvateoxaloacetate node as the switch point for carbon flux distribution in
bacteria. Sauer Uwe, B.J. Eikmanns. FEMS Microbiology Reviews 29 (2005) 765794.

http://www.dmae.upm.es/WebpersonalBartolo/GrupoAbeliano/metabolicas.ht
ml
 Catabolismo heterotrfico anerobio. Fermentacin
El catabolismo es la parte del metabolismo que se basa en la oxidacin (transformacin) de biomolculas
reducidas (complejas) hasta intermediarios de carbono (anfibolitos) (molculas sencillas) y en la
generacin de componentes reductores y la conservacin de energa qumica en forma de enlaces de alta
energa en molculas de ATP.

El catabolismo en presencia de oxgeno permite la oxidacin total de una amplia gama de biomolculas
orgnicas, la participacin de una cadena respiratoria que utiliza al oxgeno como aceptor final de
electrones permite la obtencin de ATP mxima.

En anaerobiosis la ausencia del oxgeno como aceptor final de electrones utiliza ahora a una molcula
orgnica, por lo tanto la oxidacin del sustrato es parcial y la cantidad de energa obtenida es menor.

Redes (Vas) centrales del metabolismo de

carbohidratos.
Gliclisis.
Ciclo de Krebs
Va de las pentosas

?
 VAS CATABLICAS PERIFRICAS A LAS VAS CENTRALES.

En los procariontes, la oxidacin de los diferentes tipos de sustratos se lleva a cabo directamente a
travs de las principales vas centrales ?

No, los procariontes son capaces de

emplear un amplio grupo de molculas
orgnicas como fuente de carbono y
energa.
Las principales vas centrales para poder
cumplir con su carcter anfiblico, deben
obtener intermediarios de carbono
mediante un proceso degradativo
perifrico (catabolismo), y generar
intermediarios anfibolicos, poder
reductor y energa por fosforilacin
oxidativa y/o a nivel de sustrato
2.1.1. Conceptos bsicos del metabolismo bacteriano
Enzimas, coenzimas cofactores y otros participantes en el catabolismo

Las deshidrogenasas y su participacin en el metabolismo oxidativo

Flujo regulado de intermediarios de carbono y energa en el catabolismo fermentativo. Vas centrales y redes
metablicas. Va Embden-Meyerhoff-Parnas, glicolisis (glycos: azcar, lysis: ruptura).
Energa y poder reductor: ATP, NADH+H+ Intermediarios de carbono celular a partir de 1 molcula de glucosa: Glc 6P, F6P, DHAP, GL3P,PEP,
piruvato, en la red, es un nodo molecular ya que tiene varios destinos
METABOLISMO y comunicaANAEROBIO
HETEROTROFO otras vas metablicas
CATABOLISMO y
DEas continuar entregando energa y
CARBOHIDRATOS
carbono al organismo.
1a. Etapa. Inversin de Energa

1 CH2O- P
6CH2OH AT P ADP CH2O- P CH2O-P ATP ADP CH 2O- P 2C O
La generacin de un flujo de 5 O O CH2OH O CH2O- P HO C H
M g 2+ O Mg
2+
3
intermediarios de 6 y 3 4 OH H 4C OH
1 OH
carbonos, anfibolitos como el 1. Hexocinasa. 2. Glucosa 6P H C OH
3 2 isomerasa 3. 6-P-fructocinasa. 5
piruvato que pasar a Krebs, Glucosa Glucosa 6P 6CH 2O-P
Fructosa 6P Fructosa 1,6 di P
como parte de la respiracin
aerbica.
La produccin de intermediarios 4. Fructosa-1,6 biP
GLUCLISIS Rompimiento de hexosa a triosas Aldolasa.
que son utilizados como EMBDEN - MEYERHOFF - PARNAS
precursores otros procesos in divalente

celulares.
En eucariotas y procariotas, la +
gluclisis ocurre en el citosol de COOH
ATP ADP NADH NAD CHO 5. Triosa-P-isomerasa. CH2OH
COOH 2+ COO P P 4 3
Mg
la clula. HCO P HCOH Mg 2+
HCOH
HCOH C O
2
Arsenato 5
La amplia conservacin de esta CH 2OH
8. P-gliceromutasa.
CH2O- P 7. Fosfoglicerocinasa. CH2O- P 6. Gliceraldehdo 6CH2O- P 1CH2O- P
va incluye los organismos 3P- deshidrogenasa.
2-P glicerato 3-P glicerato 1,3 bi P glicerato Gliceraldehido 3P Dihidroxi acetona P
filogenticamente ms antiguos, Iodoacetato y Hg

y por esto se considera una de

las vas metablicas ms 2a. Etapa. Generacin de energa y poder reductor
9. Enolasa.
antiguas. Mg+2 o
Fluoruro COOH
4 3COOH
H2 O ADP ATP
+
K
C O P Mg
2+
2X 5 2C O FERMENTACIONES GLICOLTICAS
CH2 10. Piruvato cinasa.
6 1CH3
Fosfoenol piruvato Piruvato
 Conservacin de la energa celular durante el catabolismo fermentativo.
La fosforilacin a nivel de sustrato como nico mecanismo de obtencin de ATP y poder reductor en los
fermentadores quimiorganotrofos.
El sustrato orgnico (donador de electrones), es oxidado (catablica), una triosa intermedia fosforilada es oxidado por
NAD+ obteniendo NADH+H+. fosforilado dando lugar a una triosa con una gran energa de hidrlisis forma acil-fosfato
(enlace de alta energa). Finalmente, este acil-fosfato, su fosfato de alta energa se usa para fosforilar al ADP y obtener
ATP. Ejemplo: gliceraldehido-3-P a 1,3-difosfoglicrico a 3-fosfoglicrico. Este catabolismo genera: Poder reductor
(equivalentes de reduccin, en forma de NADH+H+ ), ATP e intermediarios (anfibolitos) oxidados de la ruta catablica

http://clfs690.alivetek.org/CLFS690/glycolglucojmol/g3pdh.htm
 El catabolismo fermentativo como un flujo de carbono y energa.
Acerca de enzimas claves, aceptores finales de electrones y productos de la fermentacin.
Cul es el destino de los intermediarios de carbono, el ATP y el poder reductor en el catabolismo fermentativo?
Es caracterstico de las fermentaciones:
el poder reductor en forma de NADH+H+ se reoxida, donando sus equivalentes de reduccin en forma de protones y
electrones a un aceptor intermediarios orgnicos (A), que de este modo se reduce a AH2 .
Dando lugar a los diferentes intermediarios de carbono (producto(s) de la fermentacin), regenerndose el cofactor
en forma oxidada (NAD+) para el siguiente ciclo.

Fermentaciones glicolticas: vas fermentativas que dependen de los intermediarios de carbono y energa obtenidos en
la gluclisis como va central anfiblica.
El piruvato es el anfibolito nodal.
Cada una de las vas fermentativas depende de la capacidad metablica de los diferentes gneros y especies
capaces de fermentar el piruvato.
La capacidad metablica esta determinada genticamente a travs de la expresin de enzimas con caractersticas
catablicas bien establecidas.

http://www.probioticosysalud.com/tesis-doctoral/introduccion/ii-metabolismo-de-hexosas-y-pentosas-en-bacterias-lacticas/ii-5-destinos-alternativos-del-piruvato-e-ingenieria-metabolica-para-la-sobreproduccion-de-diacetilo/ii-5-3-ruta-de-la-piruvato-formato-lias
En base a la naturaleza qumica de las reacciones que tienen lugar y la funcin de estas dentro de la secuencia global, la
fermentacin de la glucosa puede describirse como un proceso en tres fases (Brock & Madigan, 1991; Nelson & Cox, 2001)

Fase I: Reacciones preparatorias. Consiste en una serie de reacciones y reordenamientos en la molcula de hexosa que no
implican reacciones de oxido-reduccin ni liberacin de energa. Se forman dos molculas de gliceraldehdo-3-P.

Fase II: Oxidacin y produccin de ATP. Se libera energa en forma de ATP y se producen dos molculas de piruvato.
Durante la oxidacin del sustrato se reduce el cofactor NAD+ a NADH.

Fase III: Reduccin del sustrato y reoxidacin del cofactor. Se regenera el NAD+ para que la ruta pueda continuar.

http://classroom.sdmesa.edu/eschmid/Lectur13.gif

http://www.probioticosysalud.com/tesis-doctoral/introduccion/ii-metabolismo-de-hexosas-y-pentosas-en-bacterias-lacticas/ii-5-destinos-alternativos-del-piruvato-e-ingenieria-metabolica-para-la-sobreproduccion-de-diacetilo/ii-5-3-ruta-de-la-piruvato-formato-lias
Fig. 7. The PEPpyruvateoxaloacetate node in C. glutamicum. Abbreviations denote the gene products that catalyze a given reaction: AceEF,
subunits E1 and E2 of the pyruvate dehydrogenase complex; Lpd, subunit E3 of the pyruvate dehydrogenase complex; MalE, malic enzyme; Mdh,
malate dehydrogenase; Mqo, malate: quinone oxidoreductase; ODx, oxaloacetate decarboxylase (gene not annotated); Pck, PEP carboxykinase;
PtsIHG, phosphotransferase system; Pqo, pyruvate: quinone oxidoreductase; Pyc, pyruvate carboxylase; Pyk, pyruvate kinase.
 Fermentacin Butrica II. Fermentacin ABE (Acetona-Butanol-Etanol)
1916. C. Weizman: C. acetobutylicum bacilo gram +, anaerobio obligado, endoesporas no patgeno.
Produccin de ABE a partir de almidn, 3-6-1 partes de ABE. Fermentacin comercial hasta 1970s, actualmente China. Resurge debido al
costo de petrleo. La fisiologa y metabolismo comprende dos fases: acetognesis (acetato y butirato) durante crecimiento vegetativo rpido
y solventognesis (ABE) por estrs metablico: disminucin de pH, densidad de poblacin limitacin de nutrientes

Acetone-Butanol Fermentation Revisited D.T. JONES AND DAVID R. WOODS. Microbiol Revs.1986, p. 484-524
 Metabolismo heterotrfico anaerobio.
Vas centrales alternativas a la gliclisis, las llamadas fermentaciones no glicolticas.
2.1.1.3. Va Entner-Doudoroff.
Entner,N., and M. Doudoroff. 1952 Glucose and gluconic acid oxidation of Pseudomonas saccharophila. J Biol Chem 196:853-862.

1. Anlisis enzimtico comparativo:

distintas a la gluclisis y pentosa fosfato
2. Ruta metablica alternativa
catabolismo de glucosa a piruvato.
3. Exclusiva de un nmero reducido de
m.os sin EMP.
4. no esta presente en plantas, solamente
en procariotas y por algunas bacterias
aerobias estrictas como Neisseria y
Pseudomonas
5. Utilizan la va los aerobios debido al
bajo rendimiento de ATP por la glucosa.
6. Gracias a esto se obtiene menor
consumo de oxigeno.
7. Rendimiento neto por 1 mol Glc: 1 ATP
,1 NADH y 1 NADPH .
8. En comparacin, EMP: 1 mol GLC=
2 ATP y 2 NADH.
9. Actualmente, se encuentra distribuida
en un amplio grupo de arqueas y
eubacterias.

midlandstech.edu/carterp/courses/bio225/chap05/entner-doudordoff.jpg
 2.1.1.3. Va Entner-Doudoroff.
Uso de intermediarios de carbono como trazadores (marcadores) radiactivos
Procedimiento experimental: C1 de la glucosa marca radioactiva en C1, 3, y 4.
se recuperaba como CO2. Uso de glucosa marcada con C14.

The isotope data of Entner and Doudoroff (1) clearly indicate that the process discovered by them in P. saccharophila is essentially the
only glucose catabolism route occurring in this organism under the conditions employed. The present study was undertaken to
estimate to what extent this and other processes of glucose catabolism occur in intact cells of a common representative of this genus,
P. fluorescens. An isotopic tracer procedure was employed for this purpose, variously C14-labeled glucoses being utilized. As pointed
out previously (17), data on specific activities of isolated intermediates

Entner,N., and M. Doudoroff. 1952 Glucose and gluconic acid oxidation of Pseudomonas saccharophila. J Biol Chem 196:853-862.
Biotechnological domestication of pseudomonads using synthetic biology. Nature Rev. 368 . MAY 2014 VOL 12
Pablo I. Nikel, Esteban Martnez-Garca and Vctor de Lorenzo.
Systems and Synthetic Biology Program, Centro Nacional de Biotecnologa, Consejo Superior de Investigaciones Cientficas. (CNB-CSIC), Madrid, Spain.

Much of contemporary synthetic

biology research relies on the use of
bacterial chassis for plugging-in and
plugging-out genetic circuits and
new-to-nature unctionalities.
However, the microorganisms that
are the easiest to manipulate in the
laboratory are often
suboptimal for downstream
industrial applications, which can
involve physicochemical stress
and harsh operating conditions. In
this Review, the use of
environmental Pseudomonas
strains as model organisms that are
pre-endowed with the metabolic,
physiological and stress-endurance
traits that are demanded by current
and future synthetic biology and
biotechnological needs.

Figure 5: The metabolic heart of Pseudomonas putida KT2440

The isotope data of Entner and Doudoroff (1) clearly indicate that the process
discovered by them in P. saccharophila is essentially the only glucose catabolism
route occurring in this organism under the conditions employed. The present study
was undertaken to estimate to what extent this and other processes of glucose
catabolism occur in intact cells of a common representative of this genus, P.
fluorescens. An isotopic tracer procedure was employed for this purpose,
variously C14-labeled glucoses being utilized. As pointed out previously (17),
data on specific activities of isolated intermediates
Uso de intermediarios
de carbono como
trazadores marcadores)
radiactivos
Estudio de los mecanismos moleculares de la heterotrofa anaerobia.
Aplicaciones, bsicas y tecnolgicas.
A. Industria de los alimentos.
B. Biotecnologa y microbiologa.
C. Ingeniera metablica.
 Que ocurre si se inactiva el gen ldh de Lactococcus lactis ?

Con galactosa o baja concentracin de glucosa se reduce la formacin de lctico.

Alta aireacin.
Disminuye la actividad de LDH y bajos niveles de NADH
Aumenta la de actico, frmico, acetona, acetaldehido, diacetilo que contribuyen a las cualidades
organolpticas de las leches fermentadas.

el gen ldh se inactiv por integracin de plsmido.

La cepa mutante tena una fermentacin mixta en anaerobiosis,
produciendo actico, frmico, acetona y etanol, y una
fermentacin casi homoacetonica en aerobiosis.
Algo parecido en Lactobacillus plantarum, aunque fue ms
complicado porque esta bacteria posee dos LDH (para D- y L-
lctico)
En ambas bacterias la produccin de etanol se mejor ms
clonando los genes de Zymomonas mobilis, una bacteria muy
eficiente en formacin de etanol: la clonacin de los genes
pdc-adh (piruvato descarboxilasa y alcohol deshidrogenasa) en
los mutantes ldh con LDH inactivada origin un 2% de etanol.
 Ingeniera metablica
.un campo interdisciplinario que usa principios y tcnicas de varios mbitos: ciencias
computacionales, gentica, bioqumica, ciencia de los sistemas, biologa celular y molecular,
ingeniera bioqumica (bioqumica microbiana). El inters estriba en redirigir los flujos metablicos
para objetivos industriales y mdicos.

Ingeniera metablica en las bacterias del cido lctico (BAL) homofermentativas.

metabolismos relativamente sencillo, rpida conversin de azcar en lctico, y carente de muchas

capacidades biosintticas.
Poseen un sistema proteoltico en aminocidos, que son captados u usados en biosntesis.
No hay casi solapamiento entre el catabolismo del C y el metabolismo biosinttico del N.
Objetivos ideales de la ingeniera metablica: cada metabolismo puede ser modificado sustancialmente
sin influir en el otro en la medida en que no se altere la generacin de energa ni la biosntesis de
material celular.

El metabolismo homofermentativo se caracteriza por altas tasas metablicas, principalmente por la muy alta
actividad de la enzima LDH, que regenera NAD. Ha sido muy fcil redirigir los flujos metablicos hacia la
produccin de otros metabolitos.

http://www.ugr.es/~eianez/Biotecnologia/ingmetabol.htm#_Toc30913196

H.Liu, G. Wang and Jianan Zhang. Institute of Nuclear and New
Energy Technology, Tsinghua University, Beijing, P. R., China
Va metablica fermentativa de acetona-butanol-etanol:
EMP: AK, acetato cinasa,; PTA, fosfotransacetilasa; CoAT, CoA transferasa; AADC, acetoacetato
decarboxilasa; THL, tiolasa; BK, butirato cinasa; PTB, fosfo transbutilasa; HBD, hidroxibutiril CoA
deshidrogenenasa; CRO, crotonasa ; BCD, butiril-CoA deshidrogenasa; AAD, aldehido/alcohol
deshidrogenasa; BdhA, butiril-CoA deshidrogenasa A; BdhB, butiril-CoA deshidrogenasa B.
The Promising Fuel-Biobutanol
3.3. INGENIERIA METABLICA.
fabricas celulares eficientes para la produccin de
metabolitos a partir de recursos renovables y amigables con el
medio ambiente (Na et al., 2010).
Bases genticas y tecnologa para la modificacin metablica
de cepas..
Tolerantes a altas concentraciones de butanol que la cepa original.
Bacterias lcticas toleran 3-4% butanol (Liu et al., 2012),
hospederos para la produccin de butanol.
Estrategia metablica: construir la va fermentativa de produccion de
butanol en: E.coli, B. subitilis, Saccharomyces cerevisiae y
Pseudomonas putida (Shen and Liao, 2008; Nielsen et al., 2009).
Acetato y butirato seproducen en acidognesis y se transforman en
acetil-CoA y butil-CoA da lugar a la solventognesis.
Ineffective loop. ineficiencia es necesaria para: acumular cido
,cambiar a solventogenesis y se conservar energa y poder reductor.
Acetato y butirato no aumenta la produccin de butanol.
Knocking out gentica de la va de formacin de acetato no ha tenido
influencia significativa.(Lehmann et al., 2012).
Mucin de ptb: bloquea sntesis de butirato y se acumula acetato y
lactato.
Algunas mutantes sin bk pueden sobrevivir (Sillers et al., 2008),
favorece sintesis de butanol.
Genes participantes en la sntesis de butanol: thl, operon BCS y bdh.
Sobreexpresin de esos genes supone un aumento en la produccin
de butanol.
Sobreexpresin solo de aad puede aumentar la produccin de
butanol (Nair and Papoutsakis, 1994; Tummala et al., 2003).
La cepa M5 transformada con un plasmido aad restableci la
capacidad de produccin de etanol (Nair and Papoutsakis, 1994).
La sobreexpresin de aad y la represin de ctf aument la
produccin de butanol y etanol.
Para acelerar la poza de butiril-CoA, se construyo la cepa con thl y
aad sobreexpresado
DHA, dehydroxyacetone; DHAP, dihydroxyacetone phosphate. The pathway introduced was indicated with bold line, while
the pathway deleted was indicated with dotted line.
Pathway engineering of Propionibacterium jensenii for improved production of propionic acid. Scientific Reports | 6:19963 | DOI: 10.1038/srep1996