GUA DE ESTUDIO 1

INTRODUCCIN AL METABOLISMO INTERMEDIARIO

1.3. FUNDAMENTOS FSICOS
Los organismos vivos existen en un estado dinmico estacionario, jams estn en equilibrio con sus alrededores.
1. Cul es la diferencia entre estado estacionario dinmico y equilibrio?
El estado estacionario dinmico es el que est lejos del equilibrio, es decir el mantener constante la concentracin,
requiere de aportes de energa contaste y un estado en equilibrio es cuando la clula ya no es capaz de generar
energa, muere e inicia su degradacin hacia el equilibrio con su entorno.

Los organismos transforman materia y energa de sus alrededores.

2. Es posible disear un sistema cerrado que incorpore organismos vivos? Por qu si o por qu no?
No es posible, ya que un sistema cerrado intercambia energa pero no materia con su entorno. Y un organismo
abierto requiere de intercambio de materia y energa con su entorno.

El flujo de electrones provee de energa para los organismos

3. Qu ocurre (en trminos de flujo de electrones) a un reactivo que es oxidado?
Hay prdida de electrones

Crear y mantener el orden requiere trabajo y energa

4. Cules son los parmetros que determinan la energa libre (G) en un sistema?
El contenido de energa libre de cualquier sistema cerrado puede definirse en base a 3 magnitudes: Entalpia (H),
que refleja el nmero y tipo de enlaces, entropa (S) y la temperatura absoluta (T) en Kelvin.

5. Cmo es posible que las clulas sinteticen polmeros si estas reacciones son termodinmicamente
desfavorables?
Para llevar a cabo reacciones desfavorables, que requieren energa (endergnica), la clula las acopla a otra que
desprendan energa libre (exergnicas), cuando estas reacciones estn acopladas la suma de G1 y G2, es negativa
(el proceso global es exergnico), y as la clula puede sintetizar y mantener los polmeros ricos en informacin
esencial para la vida.

El acoplamiento de energa une reacciones en biologa

6. En trminos de energa potencial, transduccin de energa y entropa, explique las siguientes actividades
diarias: alimentacin, movimiento, excrecin. Dentro de este esquema dnde colocara al sol y al ATP?
En los sistemas vivos, parte de la energa se disipa en forma de calor o se pierde incrementado la entropa.
Entropa: Las ventajas de ser desorganizado.
7. La oxidacin de la glucosa representa Un incremento o una disminucin en la entropa? Tiene G
positivo o negativo?
Glucosa + Pi Glucosa 6-fosfato G (+), endergnica

Keq y G son parmetros que cuantifican la tendencia de una reaccin a ocurrir espontneamente.
8. Cules son las dos maneras de expresar las fuerzas que dirigen a una reaccin?

Los enzimas promueven G = -RT ln Keq las secuencias de

reacciones qumicas
9. Por qu los enzimas son esenciales en reacciones bioqumicas?
Por ser biocatalizadores, provocan un gran incremento en la velocidad de reacciones qumicas especficas sin
consumirse en el proceso.

10. Cmo es que los enzimas superan las barreras de activacin?

Los enzimas actan en parte estabilizando el estado de transicin, reduciendo la energa de activacin G, e
incrementando la velocidad de reaccin en muchos ordenes de magnitud.

11. Por qu es que la opcin de incrementar la temperatura para superar estas barreras no es factible en
clulas vivas?
Al ser protenas, a partir de cierta temperatura se empiezan a desnaturalizar por el calor. La temperatura a la cual la
actividad cataltica es mxima se llama temperatura ptima, por encima de esta temperatura, el aumento de
velocidad de la reaccin debido a la temperatura es contrarrestado por la prdida de la actividad cataltica de la
enzima debido a la desnaturalizacin trmica.

El metabolismo se encuentra regulado para alcanzar balance y economa

12. Cules seran las consecuencias negativas de que una clula produzca mucho de un metabolito?
Provoca una inhibicin cataltica.

13.1 BIOENERGTICA Y TERMODINMICA

Las transformaciones de energa obedecen las leyes de la termodinmica
1. Explique cmo la definicin de sistemas y alrededores permite que los organismos vivos operen dentro
de la segunda ley de la termodinmica.
La relacin se basa en que el sistema es el conjunto de materia que atraviesa un proceso y el universo es el sistema
ms los alrededores.

2. Cul es la definicin de exergnico, endergnico, energa libre de Gibbs, entropa y entalpa?

Exergnico: proceso en el cual se libera energa (-)
Endergnico: Proceso en el cual se requiere energa (+)
Energa libre de Gibbs: cantidad de energa disponible para realizar un trabajo durante una reaccin a
temperatura y presin constante.
Entropa: es una expresin cuantitativa del desorden o desorganizacin de un sistema.
Entalpia: contenido de calrico del sistema de reaccin, refleja el nmero y tipo de enlaces qumicos en los
reactivos y productos.

Las clulas requieren fuentes de energa libre

3. De dnde obtienen las clulas la energa libre necesaria? Por qu razn las clulas no pueden utilizar
calor como fuente de energa libre?
Las clulas heterotrficas adquieren energa libre de las molculas de nutrientes y las clulas fotosintticas la
adquieren de la radiacin solar absorbida.
Porque las clulas son sistemas isotrmicos ya que funcionan a temperatura prcticamente constante y a presin
constante.

El cambio en la energa libre estndar se encuentra relacionado directamente a la constante de equilibrio.

4. Qu quiere decir exactamente equilibrio en trminos de (a) la tasa de reaccin qumica directa e inversa
y, (b) la concentracin de reactivos y productos?
a. La composicin de un sistema de reaccin tiende a continuar cambiando hasta que se llega al equilibrio. A la
concentracin de equilibrio de reactivos y productos las velocidades de las reacciones directa e inversa son
exactamente iguales y no se produce ningn cambio neto ms en el sistema.
b. Las concentraciones de reactivos y productos en el equilibrio definen la constante de equilibrio Keq.
Keq= (C)c (D)d
(A)a (B)b

5. Qu condiciones son utilizadas para determinar el cambio en la energa libre estndar, G?

T= 25C = 298K
Concentracin inicial de reactantes y productos = 1M
P de gases = 1 atm
pH= 0

6. Si, en el equilibrio, la concentracin de productos es ms grande que la concentracin de reactivos, G

es positiva o negativa? Qu puede usted decir del valor de Keq?
El valor de G ser positiva y el valor de Keq < 1.

Los cambios de energa libre dependen de la concentracin de reactivos y productos

7. Qu efecto tiene la presencia de un enzima en el G de la reaccin que cataliza?
Aumentar la velocidad a la que se da la reaccin.

8. Bajo qu condiciones puede el G ser negativo si el G es positivo? Pueden las clulas utilizar esta
estrategia para llevar a cabo reacciones termodinmicamente desfavorables?
Cuando la concentracin inicial de cada componente es de 1,0M, el pH es 7,0, la temperatura 25C y la presin es
de 1atm. Esto es posible si el termino RTln ([productos])/([reactivos]) es negativo y tiene un valor absoluto mayor
que G; SI ya que en las clulas vivas, las reacciones que seran extremadamente lentas si no estuviesen
catalizadas, se consigue que tenga lugar, no suministrando calor adicional, sino disminuyendo la energa de
activacin con una enzima.

9. Ser el valor G? o G predictivo de (a) la velocidad a la cual una reaccin ocurre o (b) la va por
cual un producto final se forma?
a. Los enzimas no pueden cambiar las constantes de equilibrio pero pueden aumentar la velocidad a la que se da
la reaccin en la direccin dictada por la termodinmica.
b. La variacin de energa libre de una reaccin es independiente de la ruta por la que discurra la reaccin; solo
depende de la naturaleza y la concentracin de los reactivos y productos finales.

Los cambios en la energa libre estndar son aditivos

10. Cmo es que el acoplamiento de reacciones desfavorables a reacciones termodinmicamente favorables
incrementa el Keq de una reaccin?
La Keq para una reaccin que es la suma de otras dos reacciones es el producto de los valores de Keq individuales.
Las constantes de equilibrio son multiplicativas.

11. Explique por qu cambios relativamente pequeos en G corresponden a cambios grandes en Keq.
Una reaccin endergnica puede acoplarse a una reaccin exergnica a travs de un intermediario comn que
permite transferencia de energa de una reaccin a otra. Las Keq en reacciones acopladas son multiplicativas,
generando el cambio.

13.3 TRANSFERENCIA DE GRUPOS FOSFORILO Y ATP

El cambio en la energa libre para la hidrlisis de ATP es grande y negativo
1. Qu factores qumicos contribuyen al cambio en la energa libre de la hidrlisis de ATP?
La rotura hidroltica del enlace anhdrido cido fosfrico terminal (fosfoanhidro) del ATP elimina uno de los tres
fosfatos cargados negativamente, con lo que disminuye parte de la repulsin electrosttica del ATP, el Pi liberado
est estabilizado por la formacin de varias formas resonantes que no son posibles en el ATP; y el ADP2-, el otro
producto directo de hidrolisis, se ioniza inmediatamente, liberando H+ a un medio de muy baja [H+].
2. Cmo difieren G?, G y Gp?
Difieren en las condiciones en las que se pueden dar:
G: se da en condiciones favorables de P y T constante.
G: se lleva a cabo en reacciones biologicas, [M = 1] y pH = 7, utilizando una constante gaseosa y una temperatura
absoluta.
Gp: calcula la potencia con que ocurre la hidrolisis.
Por ello el cambio de energa libre de hidrolisis de ATP bajo condiciones fisiolgicas (Gp tambin llamado
potencial de fosforilacin, difiere del cambio de energa estndar G)

Otros compuestos fosforilados y tiosteres tambin tienen grandes energas libres de hidrlisis
3. Cul es la principal razn para los G elevados que se observan en la hidrlisis de fosfoenlopiruvato,
1,3-bisfosfoglicerato, fosfocreatina, acetil-CoA, y otros compuestos similares?
a. Debido a que PEP solo tiene una forma enol y el producto (piruvato) tienes dos formas posibles, el producto
est estabilizado en relacin al reactivo, siendo este el factor que contribuye al aumento de G
b. La hidrolisis del acil (1,3-bifosfoglicerato) contribuye a una variacin grande y negativa de G
c. En la fosfocreatina el enlace P-N puede ser hidrolizado generando creatina y Pi libre, favoreciendo la reaccin
directa, con un G elevado.
d. En los tiosteres, en los que hay un tomo de azufre sustituyendo a un tomo de oxgeno en el enlace ster, este
posee un G elevado.
e. El acetil-CoA, el grupo acilo de estos compuestos se activa para reacciones de transacilacin, condensacin y
redox. Tienen una estabilizacin por resonancia, en consecuencia, el G entre reactivos y productos de
hidrolisis es mayor para los tiosteres que para los esteres de oxgeno.

ATP provee energa por transferencia de grupo, no simplemente por hidrlisis

4. Por qu es engaoso utilizar una sola flecha como representacin de la conversin de ATP a ADP y Pi?
Porque normalmente es un proceso que se lleva a cabo en 2 pasos en el que parte de una molcula de ATP, ya sea
un grupo fosforilo o pirofosforilo o la porcin adenilato (AMP), se transfiere primeo a una molcula de sustrato o
enzima. En el segundo paso, se desplaza la porcin que contiene al grupo fosfato transferido en el primer paso,
generando Pi, PPi o AMP.

5. Las reacciones que producen cambios conformacionales acoplados a la hidrlisis de ATP (o GTP) son
diferentes a las reacciones conducidas por ATP. Explique.
En la hidrolisis de ATP solo se consigue la liberacin de calor, el cual no puede impulsar un proceso qumico en
un sistema isotrmico.

6. Cul es la posicin relativa de ATP en la jerarqua de compuestos con potenciales de transferencia de

grupos fosforilo?
Posicin intermedia en la escala de potencial de transferencia de grupo, el ATP puede transportar energa desde
compuesto fosfato de alta energa producidos por el catabolismo a compuestos de baja energa, convirtindolos en
especies ms reactivas.

7. Cul es la diferencia entre estabilidad termodinmica (o inestabilidad) y estabilidad cintica?

Estabilidad termodinmica: debido a las enormes energas de activacin necesarias para la escisin no
catalizada de sus enlaces fosfoanhidro, el ATP no dona espontneamente grupos fosforilo al agua o a otros
aceptores potenciales en la clula.
Estabilidad cintica: que puede proporcionar un grupo fosforilo y ser estable.

El ATP dona grupos fosforilo, pirofosforilo y adenilo

8. Por qu las reacciones de adenilizacin son tan termodinmicamente favorables?
Debido a que se utiliza la energa del ATP para impulsar una reaccin metablicamente desfavorable, la
adenililacin es a menudo el mecanismo de acoplamiento energtico.
El ensamblaje de macromolculas informativas requiere energa
9. Cules son las similitudes y diferencias entre el ensamblaje de DNA y RNA a partir de sus monmeros y
la activacin de cidos grasos y aminocidos?
Los precursores de la sntesis del ADN y ARN son nuclesidos trifosfato y la polimerizacin va acompaado de la
rotura de la unin fosfoanhidro entre los fosfatos y con liberacin de PPi.
Las porciones transferidas al polmero creciente en estas reacciones son adenilato (AMP), guanilato (GMP),
citidilato (CMP) o uridilato (UMP) en la sntesis de ARN, o sus anlogos desoxi (con TMP en lugar de UTP) en la
sntesis del ADN.

El ATP da energa para el transporte activo y para la contraccin muscular

10. Cul es el rol especfico del ATP en el transporte de solutos a travs de las membranas?
A travs de estas reacciones de transferencia de grupo, el ATP proporciona energa para las reacciones anablicas,
incluida la sntesis de macromolculas portadoras de informacin y para el transporte de molculas e iones a travs
de las membranas contra gradientes de concentracin o potencial elctrico.

Las transfosforilaciones entre nucletidos ocurren en todos los tipos de clulas

11. Cules son los roles celulares de la nuclesido difosfato quinasa, adenilato quinasa y creatina quinasa? Por
qu son tan importantes?
Nuclesido difosfato quinasa: cataliza la transferencia de grupo fosforilo en dos pasos, el mecanismo de doble
desplazamiento; de la trasferencia de un grupo fosforilo desde el ATP a una His del sitio activo produce un
intermediario fosfoenzima, luego el grupo fosforilo se transfiere desde el residuo de P-His a un NDP-aceptor.
Adenilato quinasa:
Creatina quinasa:

El polifosfato inorgnico es un potencial donador de grupos fosforilo.

12. Por qu es el poliP una molcula interesante a aquellos que estudian evolucin celular?
En bacterias se ha observado niveles elevados de poliP que promueven la expresin gnica, que intervienen en la
adaptacin del organismo en condiciones de inanicin u otras amenazas de supervivencia.

13.4 REACCIONES DE XIDO REDUCCIN BIOLGICAS

1. Cules son las diferentes fuentes de electrones que proveen energa para el trabajo que realizan los
organismos biolgicos?
El flujo de electrones en las reacciones redox, es responsable directa o indirectamente, de todo el trabajo
realizado por los organismos vivos.
En los organismos no fotosintticos, la fuente de electrones son compuestos reducidos (alimentos).
En los organismos fotosintticos, el dador de electrones inicial es una especie qumica excitada por absorcin
de la luz.

El flujo de electrones puede realizar trabajo biolgico

2. Por qu las membranas celulares son crticas para la generacin de fuerza protn-motriz en las clulas?
Debido a que los electrones liberados fluyen espontneamente a travs de una serie de trasportadores de electrones
intermedios a otra especie qumica, este flujo de electrones tiene una afinidad por lo electrones mayor que la que
tienen los transportadores de electrones intermedios
Y los enzimas ligados a la membrana acoplan el flujo de electrones a la produccin de una diferencia de pH
transmembrana y a un potencial elctrico transmembrana, con lo que se consigue trabajo osmtico y elctrico.

Las reacciones xido-reduccin pueden describirse como semi reacciones

3. En la ecuacin Fe2+ + Cu2+ Fe3+ + Cu+, qu especie de hierro est ms oxidada? Qu especie de cobre
est ms reducida?
Fe2+ y Cu+
Las oxidaciones biolgicas a menudo involucran deshidrogenacin
4. Cules son los distintos estados de oxidacin del carbono?
Compuesto Estado de oxidacin
Metano 8
Etano 7
Eteno 6
 Etanol 5
Acetileno 5
Formaldehido 4
Acetaldehdo 3
Acetona 2
cido
2
carboxlico
Monxido de
2
carbono
cido actico 1
Dixido de
0
carbono

5. Adems de la transferencia de electrones en la forma de tomos de hidrgeno, de qu otra manera ocurre

la transferencia de electrones?
a. Directamente como electrones
b. En forma de tomos de hidrogeno (H+)
c. En forma de ion hidruro (:H-)
d. Por medio de la combinacin directa con oxigeno

Los potenciales de reduccin miden la afinidad por electrones.

6. Cul de las siguientes tiene mayor potencial de reduccin (ms positivo), NADH o citocromo b (Fe3+)?
En qu direccin fluirn los electrones en un sistema que contenga estos dos compuestos?
El citocromo b (Fe3+) tiene el mayor potencia de reduccin = 0,077 con respecto al NADH que es de -0,320.
Los electrones fluirn a la celda del citocromo b (Fe3+), el cual tiene una E mayor, por lo tanto ser reducida, y
tendr el mayor potencial de reduccin.

La oxidacin celular de la glucosa a CO2 requiere acarreadores de electrones especializados

7. Calcule aproximadamente cuntas molculas de ATP pueden sintetizarse a partir de la oxidacin completa
de la glucosa (G = -2840 kJ/mol).
En condiciones estndar: -2840kJ/mol * 1 mol ATP/-30.5 kJ/mol = 93.11 93 ATPs
En condiciones celulares: -2840kJ/mol * 1 mol ATP/-52 kJ/mol = 54.61 54 ATPs

NADH y NADPH actan junto a las deshidrogenasas como acarreadores de electrones solubles.
8. Cmo es que las razones de concentracin normal de NAD+/NADH y NADP+/NADPH en las clulas
refleja los roles metablicos distintos de estos acarreadores de electrones?
Ya que el NAD+ generalmente funciona en oxidaciones, como parte de una reaccin catablica mientras que el
NADPH es el coenzima en las reducciones, como parte de una reaccin anablica.