Laboratorio N 6

ESTRUCTURA MOLECULAR
Introduccin
Simulaciones computacionales
Los clculos computacionales, basados en la resolucin de la ecuacin de Schrdinger, son de
gran utilidad en la actualidad para predecir y/o modelar sistemas a escala molecular. Este tipo de
clculo ha evolucionado rpidamente, gracias al avance en software y hardware, lo cual permite que
hoy se puedan hacer clculos inimaginables hace treinta aos. Lo ms complicado a tener en cuenta, en
todo tipo de clculos es la interaccin que se produce entre los electrones, ya que el nmero de estos es
considerable en una molcula y el nmero de interacciones de estas interacciones que se produce en
una molcula hace que el uso de computadoras sea imprescindible.
Dentro de la Qumica computacional se pueden definir dos grandes reas, la mecnica
molecular y la mecnica cuntica.
La mecnica molecular utiliza un conjunto de ecuaciones que define cmo vara la energa
potencial de la molcula con las posiciones de los tomos que la componen. Los electrones no se toman
en cuenta explcitamente en estos mtodos.
Los mtodos de estructura electrnica utilizan las ecuaciones de la Mecnica Cuntica como
base. Se determinan energas y otras propiedades relacionada con la formacin y rompimiento de
enlaces, resolviendo la ecuacin de Schrdinger. Existen distintos mtodos de clculos cunticos, stos
se caracterizan por los niveles de aproximacin que realizan.

1. Mtodos ab initio: se basan nicamente en primeros principios. Esto no significa que no se

realicen aproximaciones.
2. Mtodos semiempricos: utilizan parmetros derivados de resultados experimentales para
simplificar los clculos. El primero de estos mtodos fue propuesto por Hckel. Actualmente
los ms difundidos son los conocidos con las siglas MNDO, MINDO, AM1, etc.

La eleccin de un mtodo depende de la disponibilidad de recursos computacionales y de la

calidad de soluciones requeridas. Un clculo ab initio de la funcin de onda para una molcula de
tamao medio puede requerir la evaluacin de 106 integrales. En los mtodos semiempricos se
realizan aproximaciones en las que se desprecian determinadas integrales. Los conocimientos con que
se cuenta actualmente permiten determinar de antemano que ciertas integrales tomarn valores muy
pequeos; por eso en algunas aproximaciones estas integrales no se toman en cuenta (algunas de las
que corresponden a tomos muy alejados) y otras se estiman sobre la base de resultados
experimentales. Esto hace que estos mtodos requieran menor esfuerzo computacional que los mtodos
ab initio .
Existe una gran cantidad de programas que permite hacer clculos del tipo semi-empirico y ab
initio la mayora de ellos se pueden obtener pagando una licencia. Adems, existen programas que
permiten visualizar la estructura y optimizar sus geometras, algunos de ellos son gratuitos o existen
licencias para estudiantes y profesores entre ellos un programa destacable corresponde al programa
Avogadro este se encuentra disponible para distintas plataformas (Linux, Window o Mac). Avogadro es
un programa que permite visualizar y dibujar estructuras, Visualizar estructuras generadas por otros
programas, por ejemplos estructuras obtenidas desde difraccin de rayos X o por programas que
realizan clculos del tipo ab-intio. Permite adems dibujar estructuras y optimizar de forma bsica sus
estructuras para ser utilizadas como entrada de programas que realizan clculos ms complejos.
 La forma de cmo se ordenan y empaquetan los tomos, molculas, o iones que componen el
cristal determina la estructura cristalina de un solido. Los componentes del cristal se distribuyen de
manera ordenada y con patrones de repeticin en las tres direcciones del espacio.
La cristalografa es la encargada de estudiar la estructura y formacin de los cristales usando la
tcnica de difraccin de rayos X. Esta determina la porcin ms simple de la estructura cristalina, la
que al repetirse en las direcciones del espacio reproduce la estructura de todo el cristal, a esta porcin
se le conoce como celda unitaria. Todos los materiales cristalinos adoptan una distribucin regular de
tomos o iones en el espacio.
Dependiendo de su naturaleza los tomos molculas o iones se mantiene unido entre si por
distintas fuerzas. Si el cristal es formado por iones las fuerzas que mantienen unido a los distintos iones
son del tipo electrostticas el solido es denominado como solido inico, si el cristal esta formado por
molculas discretas como son molculas de aspirina, azcar, agua, entre otros, las interacciones
predominantes entre las molculas que forman el cristal son del tipo Van der Waals y de puentes de
Hidrogeno. Si bien los tomos que forman el cristal se unen por enlaces covalentes el solido se
denomina covalente, estos pueden formar redes de enlaces covalentes o pueden organizar en capas,
ejemplos tpico es el carbono grafito y carbono diamantes. Por ultimo existen solidos metlicos en este
caso el tomo metlico tiende a rodearse por otros tomo metlicos formando enlace entre si.

Objetivos
- Conocer los rdenes de magnitud de parmetros atmicos y moleculares como: Distancias, ngulos
de enlaces y estructura molecular.
- Visualizar estructura y reconocer las geometras moleculares de cada molcula.

Parte experimental
Instrucciones de uso del programa Avogadro.

I.-Estructura de Molculas
1.-Para dibujar la molcula de H2O use la herramienta de dibujo (Draw tool) y valla a Tool
Settings, desactive el botn Adjust Hydrogens que aparece en la parte inferior izquierda. Es aqu donde
usted puede escoger los distintos tomos y el tipo de enlace simple, doble o triple. Si comete algn
error, con el botn derecho puede eliminar los tomos seleccionados.
2.-Escoja Oxigeno y coloque un tomo en la ventana principal luego escoja Hidrogeno y arrastre con el
botn izquierdo presionado desde el tomo de Oxigeno el tomo de Hidrogeno que usted desea agregar.
Construya la molcula de agua (H2O).
3.-Valla a Extensions Molecular Mechanics Setup Force Field., y escoja UFF Force Field, el
algoritmo Steepest Descent, y un criterio de convergencia (convergence criteria) de 10e-2. Presione
OK.
4.- Valla a Extensions Optimize Geometry. Con esto usted optimizara la geometra de la molcula
que usted dibujo segn el criterio de convergencia de 10e-2.

5.-La Herramienta measure le permite medir distancias, angulos , y angulos dihedricos.

a) Haga Click en dos atomos para medir la distancia.
b) Haga Click en tres atomos para medir el angulo entre ellos.
c) Haga Click en cuatro atomos para medir el angulo dihedrico entre ellos
d) Haga Clck con el boton derecho ( o Ctrl-click) para medir una nueva distancia.
6.- Para obtener propiedades moleculares como Masa Molecular nombre IUPAC formula qumica,
momento dipolar valla a View Properties Molecular Properties, es en este mismo punto donde
se pueden obtener propiedades atmicas, de enlaces y ngulos.
7.-Dibuje las siguientes molculas Cl2CO, C6H6, H2O, CO2, H2CO3, C2H4, Acido Acetil saliclico
(cido 2-etanoatobenzoico).
Para cada molcula determine la distancia de enlaces, ngulos que involucran el tomo central,
momento dipolar y masa molar. Diga la geometra molecular o el tipo de estructura del compuesto.
Compare con datos experimentales.

II.- Visualizacin de Celda Unitaria de distintos Cristales.

1.-Con el programa Avogrado abra el archivos Grafito y diamante. Que Observa?

2.-Valla a Build Super Cell Builder (constructor de sper celda) y coloque el valor de 1 en las
opciones A, B y C y luego presione generate cell, esto le mostrara el tamao de la celda unitaria
cristalogrfica. Que significan los valores a, b, c y

3.- Compare tres distintos compuestos derivados del carbono, Carbono Grafito, Carbono Diamante y
C60 (nano estructura derivada del Carbono).
Para comparar primero construya la sper celda 2 x 1 x 1para los tres derivados, que diferencias
observa. Mida las distancias y los ngulos entre todos los C-C distintos en los tres sistemas

4.- Construya una sper celda 2 x 2 x 2 (parmetros A x B x C), mida las distancia entre los tomos mas
cercanos y mas lejanos.

5.- Repita lo mismo para el NaxCly, KxCly, CuxOy y CaxFy cuales son los valores de a, b, c y .
Cules son las distancias entre los distintos atomos? Cuales son los ngulos entre los atomos?

Preguntas
1.- Cual es la diferencia entre un Vidrio y un Cristal?
2.- Determine Formula molecular ocupando los datos de la estructura cristalogrfica para los distintos
compuestos. (NaxCly, KxCly, CuxOy y CaxFy)