Texto 4

Biologia Molecular
TRANSCRIO E pROCESSAMENTO DO rna

Transcrio e Processamento do RNA

A Natureza Qumica do RNA
O Dogma Central da Biologia
As Classes de RNA
As Polimerases do RNA
A polimerase do RNA das bactrias
As polimerases do RNA dos eucariontes
A Transcrio do RNA
Terminologia referente transcrio
Etapas da transcrio em procariontes
Reconhecimento do molde de DNA
Incio da transcrio
Fase de alongamento
O trmino da transcrio
A Transcrio em Eucariontes
O incio da transcrio em eucariontes
O RNA mensageiro dos eucariontes
ntrons so removidos do pr-RNAm no splicing
Os RNAm sofrem outras modificaes
O RNA Transportador
O RNA Ribossmico
A sntese de RNAr
Exerccios
Parte A: Revendo Conceitos Bsicos
Parte B: Ligando Conceitos e Fatos
Parte C: Aplicando Conceitos
Parte D: Resolvendo Problemas
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Apresentao

O dogma central sintetiza o paradigma da biologia molecular: os genes se perpetuam

como cidos nucleicos, mas se expressam na forma de protenas, cuja sequncia de
aminocidos determinada pela sequncia de bases do RNA, o qual transcrito a
partir de uma das fitas da molcula de DNA

Essa apostila for organizada pelos docentes do Instituto de Biocincias da USP que
ministraram e ministram as disciplinas Biologia Molecular e de Microrganismos, Biologia
Molecular e Fundamentos de Biologia Molecular para os cursos de Bacharelado e
Licenciatura em Cincias Biolgicas. O texto foi adaptado e compilado de diversos livros
didticos e materiais instrucionais.

Transcrio e Processamento do RNA

A Natureza Qumica do RNA
As molculas de cido ribonucleico (RNA) so polmeros constitudos basicamente por quatro tipos de
nucleotdeos que diferem quanto s bases nitrogenadas. Quando comparado ao DNA, o RNA apresenta duas
diferenas bsicas no que se refere composio: enquanto o acar do DNA a desoxirribose, o RNA apresenta
em sua constituio a ribose, que possui um grupo hidroxila (OH) adicional, localizado no carbono 2; no RNA,
a base pirimdica uracila est presente no lugar da timina (Fig. 1).

Figura 1. (a) Frmula estrutural da ribose comparada da desoxirribose,

Figura 1. (b) Os quatro ribobucleotdeos encontrados no RNA.

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Figura 1. (c) Poro de uma molcula de RNA, mostrando as ligaes fosfodister 3 - 5 que
unem os ribonucleotdeos entre si.

A primeira indicao de que o RNA no possua a estrutura regular de dupla hlice foi a observao de
que no havia equivalncia entre as quantidades de adenina-uracila e guanina-citosina na molcula. O RNA
basicamente uma molcula de fita simples onde os nucleotdeos esto covalentemente ligados entre si atravs de
ligaes fosfodister 3- 5. Entretanto, quando em soluo, o RNA pode apresentar uma arquitetura tridimensio-
nal definida e complexa, determinada pelo dobramento da molcula sobre si mesma, formando regies de dupla
hlice em locais onde h sequncias de bases complementares. Essa propriedade de formar regies de dupla-hlice
por meio de dobramentos fundamental para uma srie de atividades biolgicas executadas pelas molculas de
RNA. Como veremos a seguir, esses dobramentos so muito importantes para a estrutura e funo dos RNAs
transportadores e ribossmicos.
importante destacar que, diferente do DNA, molculas de RNA tm a capacidade de catalisar reaes biol-
gicas. O termo ribozima utlizado para descrever molculas de RNA que funcionam como enzimas.

O Dogma Central da Biologia

No final de 1953, os pesquisadores adotaram como hiptese de trabalho a idia de que o DNA atuaria como
molde para a sntese do RNA, cujas molculas, nos eucariontes, migrariam para o citoplasma onde iriam determinar
o arranjo dos aminocidos nas protenas. Este esquema para o fluxo de informao gentica, abaixo esquematizado,
foi denominado dogma central da Biologia, por Francis Crick em 1956.

Figura 2. O dogma central da biologia. A informao gentica perpetuada por meio da replicao do DNA.
Essa informao expressa em um processo de dois estgios: 1. A transcrio origina um RNA de fita simples
usando a molcula de DNA como molde, cuja sequncia de bases idntica a uma das fitas desse DNA;
2. A traduo converte a sequncia de bases do DNA na sequncia de aminocidos de uma protena.
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Assim, o dogma central define o paradigma da Biologia Molecular, ou seja, que os genes so perpetuados como
sequncias de cido nucleico e se expressam na forma de sntese de protenas.
Sem dvida, o dogma central da biologia precisou sofrer ajustes no que diz respeito ao fluxo da transmisso
da informao gentica. A descoberta das enzimas virais, as transcriptases reversas, capazes de sintetizar molculas
de DNA a partir de moldes de RNA, mostrou que no havia uma nica maneira de se perpetuar e expressar a
informao gentica. Alm disso, h classes de molculas de RNA que no so traduzidas (ver item As Classes de
RNA), mas que so importantes no funcionamento da clula. Contudo, o dogma central ainda corresponde ao
resumo dos principais mecanismos de funcionamento gnico nas clulas.

As Classes de RNA
Alguns autores agrupam os tipos de RNA em duas classes gerais, sendo uma a que contm a informao
gentica para a sntese de protena, o RNA mensageiro (RNAm). As demais classes de RNA so chamadas de
RNA funcionais, pois essas molculas exercem suas funes biolgicas na forma de RNA, ou seja, o prprio
RNA o produto funcional final. So muitos os tipos de RNA funcional. Os mais conhecidos so o RNA
ribossmico (RNAr) e o RNA transportador (RNAt). Como veremos a seguir, as molculas de RNAr so
importantes constituintes estruturais e componentes catalticos do ribossomo, atuando no processo de sntese
de protena. Os RNAt transportam aminocidos do citoplasma para o RNAm nos ribossomos, no processo de
traduo. Alguns outros RNA participam do processo de recomposio (splicing) do RNAm e so chamados de
pequenos RNA nucleares (snRNA). As demais classes de RNA, mais recentemente descobertas, como por
exemplo, microRNA, curtos RNA de interferncia (siRNA) e RNA longos no codificadores (lncRNA) so
importantes na regulao da expresso gnica e na inibio da atividade de elementos de transposio.

As Polimerases do RNA
As polimerases do RNA so enzimas que catalisam a sntese de RNA tendo como molde uma fita de DNA.
Esse processo denominado de transcrio. Ao contrrio das DNA polimerases, as polimerases do RNA so
capazes de iniciar uma nova cadeia de RNA a partir de um molde de DNA, sem precisar de iniciador (primer).
Os procariontes possuem apenas um tipo de polimerase do RNA, enquanto os eucariontes possuem trs. As
polimerases do RNA so, em geral, molculas complexas formadas por mltiplas cadeias polipeptdicas e tm
massa ao redor de 500 mil Dalton.

A polimerase do RNA das bactrias

O ncleo enzimtico da polimerase do RNA de E. coli contm quatro tipos de subunidades, alfa (), beta (),
beta' (') e mega (), sendo a subunidade alfa presente em duas cpias. A enzima completa, ou seja, a holoenzima,
pode ser separada em dois componentes, um ncleo enzimtico (do ingls core), responsvel pela polimerizao
dos ribonucleotdeos trifosfatados (que inclui as cinco unidades descritas acima), e o fator sigma (), necessrio
apenas para o reconhecimento do local de incio da transcrio. A parte central (ncleo enzimtico) da RNA
polimerase capaz de iniciar a transcrio in vitro em qualquer ponto de uma molcula de DNA. Porm, nas
clulas, ela s inicia a transcrio no local correto, ou seja, nos promotores, se o fator sigma estiver presente.
Quando uma cadeia de RNA alcana cerca de 8-10 bases, o fator sigma se desprende do ncleo enzimtico da
polimerase, o qual continua a sntese do RNA tendo o DNA como molde (Fig. 3).

As polimerases do RNA dos eucariontes

Embora o mecanismo de transcrio nos eucariontes seja basicamente o mesmo que nos procariontes (Figura 3),
a maquinaria de sntese de RNA nas clulas nucleadas consideravelmente mais complexa do que nas bactrias. Nos
eucariontes h trs tipos de polimerase do RNA, cada uma delas responsvel pela transcrio de um conjunto especfico
de genes. Essas enzimas so estruturalmente semelhantes entre si e so denominadas polimerases I, II e III do RNA.
Todas elas so mais complexas que a polimerase do RNA procaritica, sendo formadas por no mnimo 12 subunidades,
sendo que algumas das subunidades so comuns a todas elas.
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Figura 3. esquerda, reao de alongamento de uma molcula de RNA catalisada pela polimerase do RNA. Em
cada passo, o nucleotdeo trifosfatado a ser incorporado selecionado em funo de sua capacidade de se empare-
lhar com a base correspondente do molde de DNA. Observe que o sentido da sntese o mesmo da replicao do
DNA, ou seja, de 5 para 3.

Enquanto a polimerase do RNA de E. coli capaz de reconhecer e se ligar ao stio promotor, iniciando a
transcrio, as polimerases do RNA dos eucariontes necessitam da ajuda de vrias protenas adicionais chamadas
fatores de transcrio basais ou fatores gerais de transcrio (GTFs), as quais devem estar previamente
ligadas ao promotor para possibilitar o posicionamento correto da polimerase e a iniciao eficiente da transcrio.
A polimerase II transcreve os genes cujos RNAs sero traduzidos em protenas (RNAm), precursores de
microRNA e lncRNA. As outras duas polimerases transcrevem os genes correspondentes a molculas de RNA
que tm funo estrutural ou cataltica, como as que fazem parte da maquinaria de sntese de protenas (RNA
funcionais). A polimerase I sintetiza a molcula precursora de trs dos quatro tipos de RNAr (28S, 18S e 5,8S) e a
polimerase III sintetiza o RNAr 5S, os RNAt e uma grande variedade de snRNA.
As clulas contm grande quantidade de molculas de polimerase do RNA. As de mamfero, por exemplo,
contm entre 20.000 e 40.000 molculas de cada uma das polimerases do RNA, sendo que suas concentraes so
reguladas individualmente de acordo com a taxa de crescimento da clula.

A Transcrio do RNA
A transcrio do DNA em molculas de RNA um processo altamente seletivo, pois apenas uma pequena
poro dos genes copiada em RNA em um dado momento. Essa seletividade de importncia fundamental,
uma vez que a transcrio o primeiro estgio da expresso gnica e o passo principal em que essa expresso
controlada. O passo inicial na regulao de um gene, e s vezes o nico, a deciso se ele ser transcrito ou no.
O processo de transcrio baseado na complementaridade de bases. A sntese de RNA ocorre dentro da
chamada bolha de transcrio, uma estrutura na qual cerca de 18 pares de bases do DNA so temporariamente
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separados e uma das fitas da dupla hlice serve como molde para o RNA que est se formando. medida que a
polimerase do RNA se move, a bolha de transcrio move-se com ela, e a cadeia de RNA aumenta em tamanho.
Aps a passagem da polimerase, a cadeia de RNA se solta de seu molde e as duas cadeias do DNA voltam a se
emparelhar, restabelecendo as pontes de hidrognio rompidas durante a transcrio (Fig. 4).
a) b)

Figura 4. Em (a), a representao esquemtica da organizao do DNA na bolha de transcrio, onde uma das cadeias (cadeia molde) serve de molde para
a transcrio da molcula de RNA. Em (b), a representao do processo de transcrio do DNA, medida que a polimerase se desloca sobre o DNA.

O processo de transcrio tem incio quando a polimerase do RNA liga-se a uma sequncia especial de DNA,
denominada promotor, localizada no incio de um gene. Nessa sequncia de bases existe uma regio especial,
denominada stio de iniciao, que contm a primeira base do DNA a ser transcrita em RNA (chamada de +1).
A partir desse ponto, a polimerase do RNA move-se ao longo do molde, sintetizando RNA, at alcanar uma
sequncia de terminalizao da transcrio.
A sequncia de DNA transcrita em uma nica molcula de RNA, que teve incio no promotor e trmino na
regio terminalizadora, constitui uma unidade de transcrio. Nos eucariontes uma unidade de transcrio
, em geral, composta por um nico gene. J nos procariontes, uma unidade de transcrio contm, em geral,
instruo para a sntese de diversas cadeias polipeptdicas, ou seja, contm vrios cistrons. O RNA codificado por
tal unidade de transcrio denominado policistrnico.

Terminologia referente transcrio

Consideremos a transcrio de um segmento de DNA que corresponde a um gene. As duas cadeias da

dupla-hlice do DNA se separam e uma das cadeias separadas atua como molde para sntese do RNA. Em um
cromossomo, em geral, ambas as cadeias do DNA podem ser usadas como molde, mas em um determinado
gene, apenas uma das cadeias a utilizada como molde e, para esse gene, ser sempre essa cadeia. Em outro gene,
a outra cadeia pode ser utilizada como molde (Figura 5).

Figura 5. So apresentadas duas cadeias de DNA

complementares e ilustrados trs genes. Para cada
gene, apenas uma das cadeias do DNA usada
como molde para a transcrio, mas essa cadeia
pode variar entre genes. O sentido da transcrio
ser sempre o mesmo para qualquer gene e
comea sempre na extremidade 3`da cadeia molde
(5 do RNA recm-transcrito) e termina na ponta
5`do DNA molde (3` do RNA recm-transcrito).
Assim, a cadeia de RNA cresce sempre do sentido
5 para o 3.

Desse modo, em um gene, a cadeia do DNA que possui a mesma sequncia de bases do RNA, exceto por
possuir T ao invs de U, denominada cadeia de cdigo (coding strand). A outra cadeia do DNA, que serviu
de molde para a sntese do RNA, chamada cadeia molde (template strand). Assim, a sequncia do RNA a
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mesma da fita molde do DNA (Fig. 6). uma conveno que a sequncia nucleotdica dos genes publicada em
trabalhos cientficos e depositada em bancos de dados tenha a sequncia nucleotdica escrita como se apresenta
na cadeia de cdigo.

Figura 6. A molcula de RNA complementar cadeia de DNA a partir da

qual ela foi sintetizada.

Em um segmento de DNA, as sequncias localizadas anteriormente ao stio de incio de transcrio (ou

upstream) so denominadas 5 e aquelas localizadas aps o stio de incio (dentro da regio transcrita ou aps ela)
so referidas como 3 (ou downstream).
As posies das bases em uma unidade de transcrio so numeradas em ambas as direes a partir do ponto de
incio da transcrio, a qual assinalada como +1; os nmeros na direo 5 so precedidos do sinal -, e aumentam
medida que se distanciam do stio de incio. A base posicionada imediatamente antes (direo 5) do stio de incio
numerada -1, enquanto a base imediatamente depois do stio de incio corresponde a +2 (direo 3).

Etapas da transcrio em procariontes

Reconhecimento do molde de DNA

As molculas livres de polimerases do RNA colidem ao acaso com o DNA podendo ligar-se a ele, porm muito
fracamente. A polimerase do RNA liga-se fortemente ao DNA apenas quando ela contacta uma regio promotora.
Nesse caso, a holoenzima liga-se fortemente ao promotor causando o desemparelhamento da dupla hlice (Fig.7).

Figura 7. Representao esquemtica do

incio da transcrio. A polimerase (em
vermelho) reconhece um stio promotor
e se liga fortemente a ele. As hlices do
DNA se separam, a transcrio tem incio
e o fator sigma (em roxo) liberado.
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Toda regio promotora contm uma sequncia de bases especfica importante para marcar o local de incio de
sntese do RNA. No genoma das bactrias, a sequncia mnima com capacidade de sinalizar o local de incio de
transcrio tem 12 pares de bases, subdvididos em dois mdulos.
O sequenciamento de bases de diferentes promotores bacterianos mostrou que h sequncias bsicas que
esto presente em todos eles. Por essa razo, elas so chamadas de sequncias consenso. Essas sequncias, no
entanto, no possuem todas as bases iguais, havendo alguma variao entre elas. Assim, pode-se perguntar como
as sequncias devem ser analisadas para se determinar se elas so suficientemente semelhantes pra constituir um
sinal reconhecvel?
As sequncias de DNA sinalizadoras podem ser definidas em termos de uma sequncia ideal que representa
cada uma das bases que esto presentes com maior frequncia em cada uma das posies, mas no obrigatoria-
mente em todas as sequncias.Todas as sequncias conhecidas so ento alinhadas para comparao. Para que uma
sequncia seja aceita como consenso, cada base em particular deve ser predominante em sua posio e a maioria
dos exemplos conhecidos deve relacionar-se com o consenso possuindo apenas poucas substituies, no mais do
que uma ou duas.
Em um promotor bacteriano h quatro caractersticas conservadas: (1) o stio de incio de transcrio, que
em geral uma purina, denominado de +1; (2) o TATA box, que uma regio de seis pares de bases ao redor do
stio -10 cuja sequncia consenso TATAAT; (3) uma sequncia consenso TTGACA, localizada ao redor do stio
-35; (4) a distncia entre os stios -10 e -35, correspondente a 16 - 18 pares de bases, que crtica para a ligao
da polimerase do RNA (Figura 8).

Figura 8. Algumas sequncias de bases de promotores da bactria E. coli. A numerao feita de acordo com o nmero de bases antes (-) ou aps (+) o ponto
de incio da sntese do RNA (+1). Observe que a sequncia codificadora do gene se inicia com a trinca ATG, que corresponde ao cdon AUG no RNAm. Note a
presena de regies consenso, indicada nas caixas, ao redor da regio -10 e da regio -35.

A conservao de curtas sequncias consenso em stios reguladores do gene uma caracterstica tanto de
procariontes quanto de eucariontes, mas as sequncias e o nmero de sequncias de consenso so diferentes entre
procariontes e eucariontes.

Incio da transcrio

A transcrio tem incio quando um primeiro nucleotdeo trifosfatado posicionado sobre a cadeia molde de
DNA, por ao da polimerase do RNA.
A polimerase do RNA permanece ligada regio promotora enquanto so adicionados os primeiros nucleo-
tdeos da cadeia de RNA sendo sintetizada. Essa fase pode ser prolongada pela ocorrncia de eventos abortivos,
nos quais a enzima sintetiza transcritos de tamanho inferior a dez nucleotdeos. Essa fase inicial, chamada fase de
iniciao, termina quando a polimerase consegue estender a sntese alm desse tamanho e prossegue para a fase
de alongamento (Figura 9).

Fase de alongamento

Aps a sntese de cerca de nove a dez nucleotdeos da molcula de RNA, a subunidade sigma da polimerase do
RNA dissocia-se e diversos fatores de alongamento se associam polimerase, que passa a se deslocar ao longo
do DNA, alongando a molcula de RNA. Essa a fase de alongamento (Figura 9).
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Figura 9. As quatro etapas (A - D) em que o processo de transcrio costuma ser dividido

esto indicadas e envolvem diferentes tipos de interao entre o DNA e a polimerase do RNA.

medida que a polimerase do RNA se move ao longo do DNA, ela desenrola a hlice, expondo um novo
segmento da cadeia molde. Os nucleotdeos vo sendo covalentemente unidos extremidade 3 da cadeia de
RNA em crescimento, formando um hbrido DNA/RNA na regio desenrolada do DNA. Esse hbrido tem uma
extenso de cerca de oito ou nove nucleotdeos da cadeia crescente de RNA. Imediatamente atrs do local onde
est ocorrendo a sntese, aps a polimerase passar, a regio do DNA j copiada volta a se emparelhar, refazendo a
dupla hlice. O RNA, que vai se soltando do DNA, emerge finalmente como uma fita simples e livre.
A velocidade de sntese do RNA foi estimada em cerca de 40 nucleotdeos por segundo a 37C, para a poli-
merase de bactria. Essa sntese se d, como no caso do DNA, pelo ataque nucleoflico da extremidade 3OH do
ltimo nucleotdeo incorporado sobre a ligao do fosfato alfa de um ribonucleotdeo 5 trifosfatado emparelhado
cadeia molde de DNA. O nucleotdeo a ser incorporado perde seus dois grupos fosfatos terminais, liberados na
forma de pirofosfato.
A etapa final da transcrio, chamada fase de trmino, envolve o reconhecimento de uma sequncia sinaliza-
dora, que indica que a transcrio deve parar. Quando a ltima base adicionada ao RNA, a bolha de transcrio
colapsa e o hbrido DNA/RNA desfeito, as duas cadeias do DNA finalizam seu emparelhamento e o RNA e a
enzima se soltam (Fig. 9).
A sequncia de DNA que sinaliza o trmino da transcrio chamada regio terminalizadora.

O trmino da transcrio

Na bactria E. coli h dois mecanismos bsicos de trmino de transcrio, ou seja, dois tipos de termina-
dores. No primeiro deles, a terminao direta (intrnsica) e a sequncia de DNA que sinaliza o trmino da
transcrio contm cerca de 40 bases, sendo que na extremidade 3 desta sequncia nucleotdica existe um
segmento rico em C e G, seguido por seis ou mais timinas. No RNA transcrito, a sequncia rica em C e G
fica arranjada de modo a que a molcula de RNA possa formar, nessa regio, uma ala em forma de grampo
de cabelo (hairpin). Na molcula de RNA, essa ala seguida por uma srie de Us que so complementares
aos resduos de adenina da cadeia molde de DNA. A estrutura em forma de grampo, juntamente com a
sequncia de Us, provoca a parada e o desprendimento da polimerase do RNA com consequente trmino
da transcrio (Fig. 10). Supe-se que o grampo empurre a polimerase para a frente do RNA e do DNA e
contribua para dissociar o RNA transcrito da polimerase.
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O segundo tipo de trmino da transcrio tem a participao de uma protena denominada fator Rho e
por isso chamado de dependente de Rho. Esse fator rho uma protena com aproximadamente 40 mil Daltons,
mas atua na forma de um hexmero com 275 mil Daltons. Essa protena em forma de anel tem seis unidades
idnticas e se liga ao RNA de fita simples assim que ele deixa a RNA polimerase. Acredita-se que o fator rho se
ligue molcula nascente de RNA em stios com sequncias especficas, chamados de stios rut (Fig. 11). Esses
stios consistem em segmentos de cerca de 40 nucleotdeos que permanecem como fita simples no RNA. H duas
hipteses sobre como o fator rho atua: ou ele empurra a polimerase para frente, liberando o RNA transcrito da
polimerase ou induz uma modificao conformacional na polimerase, levando-a a pausar.

Figura 10. Os sinalizadores do trmino de transcrio incluem

regies palindrmicas, ricas em citosinas e guaninas, que formam
alas tipo grampo de cabelo (hairpins) no RNA, as quais variam em
comprimento entre 7 e 20 pares de bases, e uma sequncia terminal
rica em uracilas.

Figura 11. Esquema de um dos modelos do processo de terminao

mediada pelo fator Rho. A polimerase do RNA transcreve o DNA (a).
Ao surgir o stio rut no transcrito, Rho liga-se a ele (b). A polimerase
pausa e rho desenrola o hbrido DNA-RNA (d). Com o trmino da
transcrio, todos os componentes so liberados (e).

Na ausncia da polimerase do RNA, o fator Rho tem a capacidade de desfazer um hbrido DNA/RNA,
hidrolisando ATP nessa reao. Isso sugere que o fator rho possa interagir diretamente com o segmento hbrido
DNA/RNA dentro da bolha de transcrio, ocasionando o trmino da transcrio, ou como consequncia do
desemparelhamento ou por interao direta de Rho com a polimerase do RNA (Fig. 11). Estudos recentes sugerem
que Rho se liga polimerase durante todo o ciclo de transcrio, e no somente durante a etapa de terminao.

A Transcrio em Eucariontes

O incio da transcrio em eucariontes

Conforme j explicado, a tarefa da transcrio dos eucariontes est dividida entre os trs tipos de polimerase
do RNA, chamadas de I, II e III. Os eventos que descreveremos a seguir referem-se ao mecanismo de incio da
transcrio executada pela polimerase do RNA II, aquela que sintetiza os RNAm.
Os genomas eucariticos so grandes e complexos. Em organismos complexos, como os humanos, uma
frao reduzida do genoma que corresponde aos genes que sero transcritos em RNAm, e que ao serem tradu-
zidos resultam em protenas. A densidade de genes nos cromossomos muito baixa em alguns desses organismos.
Por isso, identificar o local correto de incio da transcrio de um gene pode no ser trivial e regular a intensidade
de transcrio de cada gene em um organismo multicelular torna-se uma tarefa com certeza sofisticada. Por isso,
de certo modo esperado que os eventos que culminam na transcrio eucaritica sejam complicados, assim como
as sequncias nos promotores.
 Biologia Molecular Texto 4 Transcrio e Processamento do RNA 11

A primeira diferena importante diz respeito estrutura da regio promotora eucaritica. Enquanto em
bactrias todos os promotores apresentam as mesmas sequncias consenso nas posies -10 e -35, os promotores
eucariticos so variados no que diz respeito ao nmero e aos tipos de sequncias consenso que podem ocorrer
em cada um deles. A figura 12 mostra um esquema de um promotor eucaritico hipottico.

Figura 12. Esquema de um exemplo de promotor eucaritico. A figura mostra diversos elementos da regio promotora e suas posies em relao ao stio de incio
da transcrio. Esses elementos so os seguintes: elemento de reconhecimento de TFIIB (BRE), a sequncia TATA, o elemento iniciador (Inr), elemento promotor
jusante (DPE), o elemento central montante (DCE). Esto tambm mostradas as sequncias de cada consenso e o nome do fator geral de transcrio geral que
reconhece cada um deles.

A segunda diferena importante na iniciao eucaritica,

quando comparada procaritica, a necessidade de ligao ao
DNA de vrias protenas na regio promotora, antes que a RNA
polimerase possa se ligar. A polimerase no se liga diretamen-
te ao DNA, mas liga-se a essas protenas, somente depois que
elas estiverem posicionadas corretamente na regio promotora.
Essas protenas so fatores de transcrio basais ou fatores
gerais de transcrio (GTFs). Seu papel de atrair a RNA
polimerase II e posicion-la no local correto onde deve ocorrer
o incio da transcrio. TFIIA, TFIIB so os nomes de alguns
desses GTFs. Os GTFs acoplados RNA polimerase constituem
o chamado complexo de pr-iniciao. Esse complexo pode ser
muito grande, pois constitudo de vrios GTFs, cada um cor-
respondendo a um complexo multiproteico, alm do ncleo de
RNA polimerase.
Quando se alinha a sequncia nucleotdica de promotores
eucariticos, observam-se sequncias conservadas. Uma delas o
TATA Box, cuja sequncia rica em A e T e se localiza ao redor
da posio -30. O consenso TATA Box reconhecido por uma
protena chamada de TBP (tata binding protein), parte do complexo
TFIID, um dos fatores gerais de transcrio. Um esquema da
iniciao da transcrio em um promotor que contm TATA est
apresentado na Figura 13. Deve ser lembrado, no entanto, que
o esquema representa um exemplo de incio da transcrio e
que no so todos os promotores que contm o TATA Box. Os
promotores eucariticos variam na extenso e na composio, no
que diz respeito aos tipos de sequncias consensos que apresentam.
A RNA polimerase II contm uma cauda proteica, chamada
CTD (carboxi-terminal domain) localizada estrategicamente no
local onde emerge o RNA recm-transcrito. A fosforilao dessa
cauda est relacionada ao trmino da fase de incio e transio
para a fase de alongamento do transcrito. Conforme veremos
a seguir, a cauda CTD muito importante em outras fases da
Figura 13. Exemplo do processo de incio da transcrio em um
sntese e amadurecimento do RNAm. promotor eucaritico que contm TATA Box.
 Biologia Molecular Texto 4 Transcrio e Processamento do RNA 12

O RNA mensageiro dos eucariontes

Os RNA que contm a informao para

a sntese de protenas so denominados RNA
mensageiros (RNAm). H importantes dife-
renas nos detalhes da sntese e da estrutura dos
RNA mensageiros de pro e eucariontes. Nos
procariontes, o RNAm transcrito e traduzi-
do no nico compartimento celular e os dois
processos ocorrem acopladamente. Na clula
eucarionte, a sntese e a maturao dos RNAm
ocorrem exclusivamente no ncleo. Apenas
quando o RNAm est maduro ele exportado
para o citoplasma e traduzido.
Diferenas significativas na traduo dos
RNAm de bactrias e de eucariontes so devidas Figura 14. Comparao entre a estrutura de RNA mensageiros de procariontes e eucariontes.
a suas caractersticas estruturais e estabilidade.
A diferena estrutural que o RNAm de bactrias frequentemente codifica para vrias protenas, sendo chamado
de policistrnico, enquanto o RNAm de eucariontes, na maioria dos casos, codifica para apenas uma cadeia
polipeptdica, sendo chamado monocistrnico (Fig. 14). Uma diferena funcional que o RNAm de bactrias
geralmente instvel, e por isso traduzido em protenas durante um perodo de tempo muito curto, tipicamente
poucos minutos. O RNAm dos eucariontes mais estvel e pode continuar a ser traduzido por vrias horas ou
mesmo dias.
So necessrias vrias reaes para produzir o RNA mensageiro maduro dos eucariontes.As molculas mensageiras
recm-sintetizadas pela polimerase II so denominadas transcritos primrios. A populao de tais transcritos no
ncleo foi originalmente denominada RNA heterogneo nuclear (RNAhn), por causa da grande variao em
tamanho que apresentava, contrastando com os RNAs mais uniformes e de menor tamanho realmente necessrios
para codificar uma protena. Muita dessa variao em tamanho no RNA recm-sintetizado devida presena de
longas sequncias de nucleotdeos, denominadas ntrons, porque esto intercalalados na sequncia codificadora, a
qual ser expressa, formando blocos chamados xons. ntrons sero retirados do transcrito primrio em um processo
denominado splicing (recomposio). Alm disso, outras reaes importantes como a adio de uma extremidade
5CAP e da cauda de poli-A so fundamentais ao funcionamento do RNAm maduro (Fig. 14). Tem sido usado
o termo processamento para descrever o conjunto de modificaes co-transcricionais aos quais os transcritos
primrios so submetidos (adio de 5-CAP, de cauda de Poli-A e splicing). Essas modificaes que ocorrem no RNA
so chamadas co-transcricionais, pois ocorrem imediatamente e simultamente transcrio do RNAm.
A cauda CTD da polimerase eucaritica tem um papel central na coordenao dos eventos de processamento.
Essa cauda tem sequncia repetidas de sete aminocidos que so stios de ligao para protenas importantes
para a adio do CAP, para o splicing, clivagem e poliadenilao do RNAm. O estado de fosforilao de resduos
especficos da cauda CTD determina qual reao vai ocorrer com o RNAm a cada momento.

ntrons so removidos do pr-RNAm no splicing

Para a produo de um RNA mensageiro em clulas eucariticas, o segmento inteiro do gene, incluindo
ntrons e xons, primeiramente transcrito em uma longa molcula de RNA, o transcrito primrio ou
pr-RNAm. Antes que o RNA deixe o ncleo, todas as sequncias correspondentes aos ntrons so retiradas e
os xons so unidos entre si. O resultado uma molcula mais curta de RNA, que agora contm uma sequncia
codificadora ininterrupta. Quando esse passo, denominado splicing do pr-RNAm, completado, temos uma
molcula de RNAm maduro, funcional, que pode deixar o ncleo e ser traduzida em protenas.
Como a clula determina quais as partes do transcrito primrio devem ser removidas? Diferentemente da sequncia
de cdigo de um xon, a sequncia exata de nucleotdeos da maioria dos ntrons parece no ser importante para a clula.
Embora haja pouca semelhana entre as sequncias de nucleotdeos de ntrons diferentes, cada ntron contm uma curta
sequncia de nucleotdeos que importante para sua remoo (Fig. 15).
 Biologia Molecular Texto 4 Transcrio e Processamento do RNA 13

Figura 15. Sequncias de nucleotdeos que sinalizam o incio e o final de um ntron. As trs sequncias de nucleotdeos mostradas so
necessrias para remover um ntron. As outras posies de um ntron podem ser ocupadas por qualquer nucleotdeo. As sequncias
especiais so reconhecidas por snRNPs, que clivam o RNA nos limites ntron-xon e ligam covalentemente os xons. A adenina (A)
apontada pela seta forma o ponto de ramificao do lao produzido na reao de splicing (Figura 15) e est tipicamente localizada a cerca de
30 nucleotdeos da extremidade 3do ntron.

Os ntrons so removidos do RNA por enzimas que, ao contrrio de muitas outras enzimas, so compostas por
um complexo de snRNA e protena. Essas partculas encarregadas do splicing do RNA so denominadas snRNPs
ou snurps (do ingls - small nuclear ribonucleoprotein particles). H cinco tipos de snRNPs funcionais no splicing do pr
-RNAm. Cada uma carrega uma molcula de snRNA (U1, U2, U4, U5 ou U6) e dezenas de protenas. Em cada
ntron, duas snRNPs (U1 e U2) se associam ao pr-RNAm, definindo os limites do ntron. Outras trs snRNPs
(U4 a U6), em complexo, interagem com as primeiras e o pr-RNAm, modificando a configurao de RNAs
e protenas, formando um grande complexo macromolecular, observvel microscopia eletrnica, denominado
spliceossomo. Atravs de atividade de ribozima dos snRNAs, o spliceossomo excisa (cliva) sequencialmente cada
extremidade do ntron e o libera como um lao (Fig. 16 e 17). As duas reaes qumicas de transesterificao que
ocorrem sequencialmente durante o splicing esto ilustradas na Figura 17. Um dos papis do RNA presente nos
snRNPs (snurps) reconhecer e por complementaridade de bases emparelhar com a sequncia de nucleotdeos
que marcam o incio e o ponto de ramificao de cada ntron (veja Fig.15). Desse modo, as snurps aproximam as
duas extremidades do ntron permitindo a ocorrncia do splicing. Embora as snurps tenham um papel central na
reao de splicing, outras protenas so tambm necessrias.

Figura 16. Mecanismo geral de splicing do

pr-RNAm. O splicing do pr-RNAm catalisado
por um conjunto de snRNPs (mostrado como
crculos) e de outras protenas (no mostradas).
Uma funo do complexo snRNPs (U1 e U2)
definir a sequncia do ntron. Aps a entrada de
outras trs snRNPs (U4 a U6), aproximam-se as
duas extremidades do ntron de modo a tornar
possvel a reao havendo a montagem do
spliceossomo. Um nucleotdeo especfico, que
possui a base adenina no ponto de ramificao
da sequncia do ntron (indicada em rosa) liga-se
ao stio 5de splicing e corta sua juno com o
primeiro xon. A extremidade 5do ntron torna-
se covalentemente ligada ao nucleotdeo adenina
formando uma ala ou lao (lariat), na molcula
de RNA (ver Figura 17). A extremidade 3OH
livre da sequncia do primeiro xon reage com o
incio da sequncia do segundo xon, cortando
o ntron na sua extremidade livre 3 e, ao
mesmo tempo, unindo os dois xons. O produto
dessa reao de splicing a ligao de duas
sequncias de xons mantendo a sequncia de
cdigo contnua e o ntron liberado em forma
de lao e finalmente degradado.
 Biologia Molecular Texto 4 Transcrio e Processamento do RNA 14

Figura 17. Estrutura da cadeia ramificada do pr-RNAm que se forma durante o splicing.
O nucleotdeo apontado pela seta corresponde adenina do ponto de ramificao, como
marcado nas figuras 15 e 16. A ramificao se forma quando a extremidade 5da sequncia
do ntron covalentemente ligada ao grupo 2OH da ribose da adenina. Esta estrutura
no usual foi denominada intermedirio em ala/lao/lariat. Esta a primeira reao de
transesterificao. A segunda reao permite a ligao entre os xons e a liberao do ntron
excisado, cuja cadeia ramificada permanece na sequncia final (ver figura 16).

A existncia do splicing do pr-RNAm em eucariotos acarreta uma vantagem muito importante. Os transcritos
primrios de vrios genes eucariticos podem sofrer splicing de diferentes maneiras para produzir diferentes RNAm
(transcritos variveis), s vezes, dependendo do tipo de clula no qual o gene est sendo expresso ou do estgio de
desenvolvimento do organismo. Como consequncia, diferentes protenas podem ser produzidas a partir do mesmo
gene (Fig. 18), denominadas isoformas proteicas, caracterizando o processo chamado de splicing alternativo.
 Biologia Molecular Texto 4 Transcrio e Processamento do RNA 15

Figura 18 Splicing alternativo do RNAm do gene da -tropomiosina de rato. Diferentes padres de recomposio ocorrem nos diferentes
tipos celulares. Os exons esto indicados por um nmero e uma letra (ex. 1a, 2a, etc.). Os sinais de poliadenilao esto representados pelas
letras A. As regies pontilhadas so removidas pelo splicing.

Com o acmulo de informaes sobre os genomas sequenciados de diversas espcies de microrganismos, plantas
e animais (incluindo o homem), algumas revelaes se mostraram intrigantes. Por exemplo, dada a complexidade
do organismo e do proteoma humano, esperava-se, h algumas dcadas, que deveramos ter cerca de 100.000
genes codificadores de protenas. No entanto, estima-se que temos pouco mais que 21.000 genes desta categoria.
Foi muito intrigante avaliar que teramos nmero semelhante de genes ao de algumas plantas, insetos ou vermes
nematoides. A descoberta fundamental, ocorrida no fim da dcada de 70, de que os genes dos eucariticos eram
interrompidos, com sequncias de xons intercaladas com sequncias dos introns, trouxe a explicao para essa
aparente discrepncia. Hoje sabemos que um mesmo RNAm primrio pode sofrer splicing de diversas maneiras
distintas. Apesar de termos somente 21.000 genes, so sintetizadas mais de 100.000 tipos de protenas distintos.
Quanto mais se estuda o transcriptoma dos diversos organismos, observa-se que o splicing alternativo um fen-
meno muito mais frequente do que inicialmente previsto, caracterizando quase uma regra, e no uma exceo, na
expresso gnica dos organismos mais complexos.
Em concluso, ao invs de ser um processo que parece acarretar desperdcio, o splicing do RNA dos eucariotos
permite o aumento do j enorme potencial de cdigo de seus genomas.

Os RNAm sofrem outras modificaes

Os RNAs sintetizados pela polimerase II tambm so modificados em ambas as extremidades, ficando muito
diferentes dos transcritos produzidos pelas polimerases bacterianas. Essas modificaes so realizadas por protenas
que interagem com a cauda CTD da RNA polimerase II. Essas modificaes sero utilizadas posteriormente, no
citoplasma, como sinais para a estabilidade da molcula e de que esses RNAs devem ser traduzidos em protenas.
A extremidade 5 da molcula de RNA encapada (do ingls capped) pela adio de um nucleotdeo contendo
G, metilado. O encapamento ocorre no incio da transcrio, quando o transcrito ainda pequeno com poucos
nucleotdeos de comprimento. Essa reao se d pela ligao de uma molcula de 7-metilguanosina extremidade
5 do transcrito. A extremidade 5 cap tem um importante papel nos passos iniciais da traduo do RNAm, alm
de proteger o RNA nascente de degradao (Fig. 19).

Figura 19. Estrutura do cap na

extremidade 5 de uma molcula
de RNAm de eucarionte.
 Biologia Molecular Texto 4 Transcrio e Processamento do RNA 16

A extremidade 3 do transcrito tambm modificada. O RNA transcrito clivado logo aps ser transcrita uma
sequncia especfica da molcula (sinal de poliadenilao). Em seguida, uma cadeia de nucleotdeos com base
adenina (cauda de poli-A) adicionada, na extremidade 3 clivada, por ao de uma polimerase especfica.
O stio especfico de reconhecimento da regio de clivagem e poliadenilao corresponde a uma sequncia de
bases AAUAAA (ou AUUAAA) localizada entre 10 e 30 nucleotdeos a 5 do stio efetivo de corte. Imediatamente
aps o corte do transcrito, a enzima polimerase poli-A adiciona de 100 a 200 resduos de nucleotdeos contendo
adenina, na extremidade 3 da cadeia de RNAm, completando o transcrito primrio (Fig. 20). Enquanto isto
ocorre, a polimerase do RNA continua a transcrever por centenas ou milhares de nucleotdeos at que a enzima
encontre a sinalizao de parada da transcrio, at hoje ainda no completamente caracterizada. Este pedao extra
de RNA transcrito, sem funo, degradado, presumivelmente porque no possui a proteo do encapamento.

Figura 20. Mecanismo de formao da cauda de poli-A pela clivagem do transcrito nascente seguida de
polidenilao por polimerase distinta (polimerase poli-A ).

cauda de poli-A atribuem-se vrias funes: (1) ela importante na exportao do RNAm maduro para
o citoplasma; (2) acredita-se que ela afete a estabilidade dos RNAm no citoplasma; (3) faz parte de um sistema
de sinalizao para o reconhecimento pelo ribossomo durante a traduo. Esta ltima caracterstica, associada ao
encapamento, permitiria ao ribossomo reconhecer se o RNAm est intacto e apto traduo, antes que energia e
precursores sejam gastos na traduo.
A maioria dos RNAm instvel, ou seja, tem vida muito curta. Consequentemente, o RNAhn no ncleo e o
RNAm dele derivado, no citoplasma, constituem uma frao minoritria de molculas de RNA na clula. Mesmo
estando pouco representado na populao de molculas de RNA de uma clula, o RNAm pode ser facilmente
isolado dos demais tipos por possuir a cauda de poli-A.
Quando uma amostra de RNA eucaritico total passada atravs de uma coluna contendo curtas sequncias de
DNA de fita simples sinttico contendo apenas a base timina (oligo-dT), ligadas a um suporte slido, h empare-
lhamento entre as bases timina com a cadeia poli A dos RNAm. Com isso, os mensageiros ficam presos ao suporte
slido, enquanto todos os outros tipos de RNA passam livremente pela coluna. Em seguida, passa-se atravs da coluna
uma soluo com uma concentrao inica tal que as pontes de hidrognio entre as caudas poliA e os oligos-dT so
rompidas. Com isso as molculas de RNAm se soltam e podem ser coletadas com alto grau de pureza.

O RNA Transportador
A primeira hiptese para explicar a atuao do RNA como intermediador na sntese de protenas partia do
princpio que as molculas de RNAm se dobrariam de modo a formar concavidades nas quais os diferentes
aminocidos pudessem se encaixar. Esse dobramento do RNA seria especfico para cada um dos 20 aminocidos
existentes na clula e, desse modo, o RNA forneceria a instruo para a ordenao dos aminocidos durante a
sntese de protena.
 Biologia Molecular Texto 4 Transcrio e Processamento do RNA 17

Essa hiptese foi descartada por Francis Crick em 1956; seu argumento foi que no havia uma fundamentao
qumica para a interao entre o RNA dobrado e um aminocido. Mesmo que o dobramento proposto ocorresse,
no haveria condies para a discriminao precisa entre os aminocidos, sabidamente muito semelhantes entre si,
como por exemplo, glicina e alanina ou valina e isoleucina, que diferem apenas pela presena de um grupo metil
(CH3). Crick props, ento, que antes de serem incorporados em protenas, os aminocidos deveriam ligar-se a
molculas adaptadoras especficas, e essas poderiam ligar-se especificamente s bases de um RNA que teria sido
sintetizado tendo o DNA como molde. Hoje se sabe que o papel de molcula adaptadora desempenhado pelos
RNAs transportadores (RNAt).
Os RNAt foram intensamente estudados e hoje se sabe que eles esto envolvidos em uma multiplicidade de
reaes. Para desempenhar certas reaes necessrio que todos os tipos de RNAt possuam algumas caractersticas
em comum mas, por outro lado, eles possuem pequenas diferenas que permitem a distino entre os diferentes
tipos de molculas.
Todos os RNAt devem ser capazes de interagir com stios especficos dos ribossomos durante o processo de
sntese de protena. Alm disso, em uma de suas extremidades, eles devem se associar ao RNAm, atravs da intera-
o entre bases complementares; na outra extremidade eles devem transportar um aminocido. Para cumprir essas
funes, todos os tipos de RNAt devem obedecer a uma regra geral e uniforme quanto sua forma e tamanho.
Os RNAt consistem de um conjunto de pequenas molculas de RNA, cada uma delas com cerca de 80
nucleotdeos. Diferentemente dos demais cidos nuclicos, eles apresentam diversas bases no usuais, ou seja,
diferentes de A, G, C ou U. Essas bases originam-se por modificaes de bases usuais aps sua incorporao na
molcula de RNAt (Fig. 21).

Figura 21. Estrutura em forma de folha de trevo da molcula de RNAt no plano, esquerda. direita, uma viso da conformao tridimen-
sional do RNAt determinada por difrao de raios X. UH2, mG e m2G so bases nitrogenadas modificadas.

As bases das molculas precursoras dos RNAt sofrem uma vasta gama de modificaes, desde simples meti-
laes at restruturao do anel purnico. Tais modificaes aumentam a versatilidade dos RNAt, o que muito
importante para as vrias funes que desempenham. O efeito mais evidente da modificao de bases dos RNAt
a alterao em sua capacidade de emparelhamento com o RNAm. Nesse caso a modificao ocorre em bases
da trinca (anticdon), por meio das quais o RNAt se emparelha com o RNA mensageiro durante a sntese de
protena, ou nas vizinhanas delas.
O sequenciamento de bases de centenas de RNAt de bactrias e eucariontes mostrou que todos tm a mesma
estrutura secundria, uma forma de folha de trevo mantida por emparelhamento de bases entre pequenas regies
de complementaridade (Fig. 21).
Os quatro braos principais presentes na estrutura em forma de trevo receberam denominaes relacionadas
sua estrutura ou funo que desempenham. O brao aceptor termina com uma sequncia de bases no
emparelhadas, cujos grupos hidroxila livres 2 ou 3 tm a capacidade de se ligar a aminocidos; o brao ou ala T
 Biologia Molecular Texto 4 Transcrio e Processamento do RNA 18

assim denominado porque contm timina; o brao ou ala anticdon contm a trinca do anticdon; o brao
ou ala D contm a base dihidrouridina. Como mostrado na Figura 21, a estrutura secundria do RNAt se dobra,
originando uma estrutura terciria mais compacta, em forma de L, com o anticdon em uma das extremidades
e o brao aceptor na outra. A estrutura terciria mantida por meio de pontes de hidrognio entre bases que se
encontram desemparelhadas na estrutura secundria.
H uma tendncia nas diferentes espcies de para que os genes dos RNAt fiquem agrupados em determinadas
regies do cromossomo. Em todos os casos conhecidos, uma molcula de RNAt formada a partir de um RNA
precursor, mais longo, do qual ele liberado por clivagens e outras reaes de processamento ou maturao. Em
bactrias, os RNAt so formados a partir de grandes molculas de RNA precursoras, contendo um ou mais RNAt,
com sequncias adicionais em ambas as extremidades, 5 e 3. Uma nica endorribonuclease, a enzima RNase
P, responsvel pela formao da extremidade 5 de todas as molculas de RNAt. A ribonuclease P uma ribo-
nucleoprotena, formada por um RNA com 375 nucleotdeos de comprimento e por um componente protico.
Ambos os componentes so necessrios para a atividade cataltica dessa enzima, embora a responsabilidade bsica
de clivagem seja do RNA (Ribozima o termo geral utilizado para descrever um RNA com atividade cataltica).
Uma outra enzima, a RNAse D, remove, um a um, os nucleotdeos da extremidade 3 da sequncia, at chegar
sequncia -CCA, comum a todos RNAt maduros.
Os RNAt recm-sintetizados presentes no citoplasma das clulas eucariticas apresentam uma constante de
sedimentao de aproximadamente 4,5S, correspondendo portanto a molculas de 100 nucleotdeos. As formas
maduras de 4S apresentam entre 70 e 80 nucleotdeos.

O RNA Ribossmico
Os ribossomos so estruturas ribonucleoproticas, presentes no citoplasma de
clulas pro e eucariticas, que atuam na sntese de protenas. Os ribossomos so
compostos por duas subunidades de tamanhos diferentes, que se encaixam uma na
outra formando um complexo com massa de vrios milhes de Daltons. Mais da
metade dessa massa corresponde a uma classe especial de RNA, o chamado RNA
ribossmico (RNAr). Existem evidncias de que esse RNA tem atividade cataltica
na sntese de protenas (Fig. 22 e Fig. 23).
Figura 22. Estrutura do RNAr 16S
presente na subunidade menor do
ribossomo de E. coli.

Figura 23. Tipos de RNA ribossmicos presentes nas diferentes subunidades de ribossomos bacterianos ( esquerda) e nas
clulas eucariticas ( direita).
 Biologia Molecular Texto 4 Transcrio e Processamento do RNA 19

As subunidades dos ribossomos, assim como as molculas de RNAr, so designadas pelo seu coeficiente de
sedimentao, expresso em unidades Svdeberg (S). Svedberg a medida da razo de sedimentao de partculas
em suspenso, centrifugadas em gradiente de sacarose sob condies padronizadas.
A sequncia de bases dos RNAr de centenas de organismos j foi determinada. Embora a sequncia primria
de bases varie consideravelmente, a estrutura geral do RNAr semelhante na maioria das espcies, ou seja, h um
emparelhamento de bases em vrias regies da molcula originando uma estrutura com muitas alas. (Figura 22)
Atualmente, h evidncias de que o RNAr interage com o RNAm ou RNAt em cada um dos estgios da
traduo, e que, de fato, as protenas so necessrias para manter o RNAr na estrutura na qual ele seja capaz de
realizar a atividade cataltica.

A sntese de RNAr

Muitas das protenas que so abundantes em clulas diferenciadas, tais como a actina e miosina de clulas
musculares, so sintetizadas a partir de genes que esto presentes em cpia nica no genoma (haploide). Essas
protenas so abundantes porque cada uma das muitas molculas de RNAm transcritas sero traduzidas numa
taxa de 10 molculas de protenas por minuto, o que normalmente produz, em uma gerao celular, cerca de
10.000 molculas de protenas por molcula de RNAm. Entretanto, esse tipo de amplificao no possvel no
caso dos genes que no codificam protenas. Este o caso, por exemplo, dos genes ribossomais, uma vez que
o RNAr que compe os ribossomos o produto final desses genes. Uma clula de mamfero em crescimento
deve sintetizar 10 milhes de cpias de cada tipo de molcula de RNAr em cada gerao celular, para poder
construir 10 milhes de ribossomos. Para que quantidades adequadas sejam produzidas, as clulas possuem
mltiplas cpias de genes ribossomais.
Em E. coli, existem sete cpias dos genes ribossomais para suprir as necessidades da clula, enquanto em c-
lulas humanas h cerca de 200 genes por genoma haplide, espalhados em pequenos grupos em cinco diferentes
cromossomos. Nos eucariontes, as cpias mltiplas dos genes ribossomais em um determinado cromossomo,
ficam arranjadas em srie, sendo que um gene separado do outro por uma regio espaadora, que no
transcrita, e que varia em tamanho.
Por causa do grande nmero de genes ribossomais, eles so facilmente visualizados em preparaes de micros-
copia eletrnica utilizando a tcnica do espalhamento da cromatina.
Os genes para RNAr de uma clula eucaritica so transcritos pela polimerase I que produz uma molcula de
RNAr 45S, com cerca de 13 mil nucleotdeos de comprimento. Antes de deixar o ncleo como parte do ribos-
somo, o RNAr de 45S processado, dando origem a trs molculas distintas: um RNAr 28S, com cerca de 5 mil
nucleotdeos; um RNAr 18S, com cerca de 2 mil nucleotdeos; e um RNAr 5,8S, com cerca de 160 nucleotdeos.
A parte restante do transcrito de 45S, cerca de 6 mil nucleotdeos, degradada no ncleo. Parte dessas sequncias
extras de RNA parece ter um papel transitrio na montagem das subunidades do ribossomo. (Fig. 24)

Figura 24. Esquema do processamento do RNA precursor do RNAr de eucariontes.

 Biologia Molecular Texto 4 Transcrio e Processamento do RNA 20

Outro conjunto de genes arranjados em sequncia codifica para o RNAr 5S que faz parte da subunidade maior
do ribossomo. Esse RNAr o nico que transcrito separadamente dos demais, fora da regio organizadora do
nuclolo, como chamada a regio do cromossomo onde ficam localizados os demais genes para RNAr.
Os genes para o RNAr 5S tm cerca de 120 pares de nucleotdeos de comprimento e so transcritos pela
polimerase III do RNA. Uma clula humana possui cerca de 2000 genes para RNAr 5S arranjados em srie, longe
dos demais genes RNAr.

EXERCCIOS

Parte A: Revendo Conceitos Bsicos

Preencha os espaos em branco nas frases de 1 a 8 usando o termo abaixo mais apropriado:

(a) fator sigma

(b) cadeia de cdigo
(c) cadeia molde
(d) promotor
(e) bolha de transcrio
(f) ligaes fosfodister 3 5
(g) polimerase do RNA
(h) polimerase II do RNA

1. A ( ) copia uma fita de DNA em RNA num processo conhecido como transcrio.

2. ( ) a regio do DNA onde iniciada a sntese de RNA.

3. O RNA uma molcula formada por ribonucleotdeos que esto ligados entre si por ( ).

4. O/A ( ) responsvel pelo reconhecimento do local correto que sinaliza o incio do processo de
transcrio.

5. A ( ) responsvel pela transcrio de genes cujos RNAs sero traduzidos em protenas.

6. Na(o) ( ) cerca de 18 pares de bases do DNA esto temporariamente desemparelhados e uma das fitas
serve de molde para a sntese de RNA.

7. Na sntese de RNA, a fita de DNA que lhe serve de molde denominada ( ).

8. A fita de DNA que possui a mesma sequncia do RNA (exceto por possuir T no lugar de U) a ( ).

Preencha os espaos em branco nas frases de 9 a 14 usando o termo abaixo mais apropriado:
(a) fator rho
(b) nuclease
(c) 5 - 3
(d) sequncias consenso
(e) 3 - 5
(f) 28S, 18S, 5,8S
(g) 5,8S e 5S

9. Nas posies 10 e 35 de um promotor existem ( ).

 Biologia Molecular Texto 4 Transcrio e Processamento do RNA 21

10. A sntese do RNA ocorre na direo ( ).

11. Alm da sequncia de bases que sinaliza o trmino da transcrio em bactrias, h genes nos quais
necessrio o auxlio de uma protena chamada ( ).

12. O produto de transcrio de um gene ribossomal corresponde a uma grande molcula precursora que
processada originando, nos eucariontes, os RNAr ( ).
13. Os RNAs ( ) fazem parte dos ribossomos, porm so sintetizados em diferentes locais do genoma, o
primeiro na regio organizadora do nuclolo e o outro fora dela.

Parte B: Ligando Conceitos e Fatos

Para cada uma das frases listadas nas questes de 15 a 25 escreva no parntesis: a letra V, caso a afirmao seja
verdadeira, ou a letra F, no caso dela ser falsa.
14. Em uma determinada regio da dupla hlice de DNA, em geral, apenas uma das fitas usada como
molde na transcrio. ( )

15. O trmino da transcrio nos eucariontes ocorre por ao do fator rho. ( )

16. Todas as clulas possuem trs diferentes tipos de polimerases do RNA. ( )

17. Alguns genes codificam para protenas, enquanto outros tm RNAs como produto final. ( )

18. De acordo com o dogma central da Biologia, a expresso da informao gentica na clula , em geral,
bidirecional. ( )

19. Os transcritos primrios correspondem em geral a produtos finais e no so modificados aps a

transcrio. ( )

20. Uma unidade de transcrio composta por apenas um gene. ( )

21. A estrutura geral dos RNAr varia consideravelmente nas diferentes espcies. ( )

22. Todos os genes que codificam para protenas possuem em seu final uma sequncia de Ts que transcrita
e d origem a cauda de poliA dos RNAm. ( )

23. A frao de RNA que contm os RNAm de uma clula heterognea quanto ao tamanho. ( )

24. Dentre as molculas orgnicas, apenas as protenas possuem atividade cataltica. ( )

Complete as frases de 26 a 30 com o termo mais apropriado dentre os listados abaixo.

(a) cauda de poliA
(b) 5 cap
(c) unidade de transcrio
(d) RNAm
(e) RNAhn

25. A molcula de polimerase do RNA dos eucariontes inicia e termina a transcrio em locais especficos
do DNA; a regio entre esses stios denominada ( ).

26. No ncleo, os transcritos da polimerase II do RNA so conhecidos como molculas de ( ) porque

uma das primeiras caractersticas usadas para distingui-los dos outros RNAs foi sua heterogeneidade
de tamanho.
 Biologia Molecular Texto 4 Transcrio e Processamento do RNA 22

27. Os transcritos da polimerase II do RNA deixam o ncleo na forma de ( ).

28. A adio de um nucleotdeo G metilado na extremidade 5 do transcrito forma o ( ), cuja funo

parece ser a de proteger o RNA que est sendo sintetizado da degradao, alm disso ele parece ter
papel importante na sntese das protenas.

29. A extremidade 3 da maioria dos transcritos da polimerase II do RNA definida por modificao, na
qual o transcrito em crescimento clivado em um stio especfico e uma ( ) adicionada por uma
outra polimerase.

Indique a alternativa mais apropriada para completar as frases de 30 a 31.

30. Uma sequncia consenso

a. exclusiva de um determinado gene.
b. representa a sequncia de bases do DNA de uma espcie.
c. corresponde a uma sequncia conservada na evoluo.
d. particular de genes que codificam para os RNAr.

31. As molculas precursoras de RNAr

a. tm um tempo de vida curto.
b. so sintetizadas no citoplasma da clula.
c. tem cerca de 80S nos eucariontes.
d. so aquelas que do origem ao RNAr 5S.

Parte C: Aplicando Conceitos

32. Esquematize um segmento de DNA indicando a polaridade das fitas e a transcrio a partir de uma delas.

33. Construa um mapa de conceitos relacionando os seguintes termos: DNA / polimerase do RNA /
holoenzima / fator sigma / transcrio do DNA / promotor/ sequncia terminalizadora / transcrito.

Parte D: Resolvendo Problemas

34. Um segmento de DNA tem a sequncia abaixo esquematizada:
5 ...A T T C G C A T C G G... 3
3 ...T A A G C G T A G C C... 5
O seguinte RNA foi sintetizado a partir desse segmento:
5 U C G C A U C 3
Com base nos esquemas acima responda as questes abaixo:
a. A molcula de RNA foi sintetizada tendo como molde qual das fitas do DNA?
b. Determine na cadeia molde o ponto de incio e ponto de trmino da cadeia de RNA.
c. Na sntese do RNA houve necessidade de um oligonucleotdeo iniciador ou primer?

35. Em um sistema in vitro capaz de catalisar sntese de RNA, foi introduzida a cadeia molde de DNA
representada abaixo. Sabendo-se que a primeira base a ser incorporada no RNA complementar
base indicada em negrito, qual ser a composio de bases do RNA transcrito?
3 ATGCTAAGTCGTATTAGCAATCGAG 5
 Biologia Molecular Texto 4 Transcrio e Processamento do RNA 23

36. Uridina tritiada foi adicionada ao meio de uma cultura de clulas. Cinco minutos aps a adio, o
RNA total da clula foi extrado e submetido a centrifugao em gradiente de sacarose para separar
os diferentes tipos de molculas de RNA produzidas. Aps a centrifugao, o tubo de centrfuga
foi perfurado em sua base e foram coletadas 100 amostras de igual volume. A concentrao de cada
amostra foi medida em um espectrofotmetro a 260nm e, em seguida, foi realizada uma medida da
radioatividade incorporada. O seguinte grfico foi obtido:
a. Por que no h coincidncia entre os picos de concentrao e de radioatividade incorporada?
b. A que tipo de RNA deve corresponder o pico de radioatividade polidisperso?
c. Por que no existe uma concentrao mensurvel de RNA por densidade ptica correspondente
ao pico de radioatividade polidispersa?