Masalah Pengukuran Variasi Genetik

Variasi genetik menyatu di dalam populasi-populasi alami, oleh sebab itu ada banyak
kesempatan untuk perubahan evolusioner. Untuk menemukan proporsi ukuran dari gen polimorf
dari populasi kita dapat mempelajari setiap lokus gen dari organisme, karena kita tidak pernah tahu
berapa banyaknya lokus di sana. Solusinya yakni contoh dari lokus gen jika contohnya acak, yaitu
tidak bias dan ion kebenaran yang bersifat representatif dari populasi sejumlah penelitian dalam
contoh ini dapat dieksplorasi dalam populasi.
Pemecahan dari permasalahan ini menjadi mungkin dengan adanya penemuan pada
molekuler genetik. Sekarang ini dikenal bahwa informasi pengkode genetik dalam rangkaian
nukleotida. Pada DNA dalam struktur gen diterjemahkan dalam sebuah rangkuman dari asam
amino yang membentuk sebuah polipeptida. Rangakain protein dengan berbagai variasi
mengambarkan sample netral dari semua struktur gen dalam organisme. Jika sebuah protein
ditemukan sama diantara individu, berarti pengkodean gen untuk protein juga sama, jika
proteinnnya berbeda kita mengetahui bahwa gen ini berbeda dan kita dapat mengukur bagaimana
perbedaannya, berapa banyak bentuk protein yang ada dan dalam frekuensi apa. Sebuah gen bisa
dirangka sejumlah individu tidak tergantung apakah rangkaian berbeda antar individu.

Penghitungan Variasi Genetik

Mulai awal tahun 1950 ahli biokimia telah mengetahui bagaimana cara memperoleh rantai
asam amino dari protein. Hal yang sulit adalah memperoleh rantai asam amino dari single protein
karena akan membutuhkan waktu beberapa bulan bahkan beberapa tahun untuk mengerjakannya.
Untungnya, ada sebuah teknik gel elektroforesis sehingga memungkinkan untuk mempelajari
variasi protein dengan hanya mengetahui investasi dari waktu dan ruang. Sejak tahun 1960,
diperoleh taksiran untuk variasi genetik pada suatu populasi alami untuk bebarapa organisme
dengan menggunakan gel elektroforesis.
Teknik elektroforesis menunjukkan genotip dari individu, misalnya berapa yang
homozigot, berapa yang heterozigot dan bagaimana untuk alelanya. Untuk memperoleh perkiraan
jumlah variasi dalam suatu populasi, kira-kira 20 lokus gen atau lebih biasanya dipelajari. Hal ini
diperlukan untuk meringkas informasi yang dibutuhkan untuk semua lokus dengan cara yang
simple yang akan mengekpresikan tingkat perbedaan dari populasi dan akan dibandingkan dari
satu populasi dengan populasi lainnya. Hal ini dapat diselesaikan dengan berbagai cara tapi dua
langkah dari variasi genetic yang umum digunakan: polimorfisme dan heterozigositas.

Polimorfisme dan Heterozigositas

Polimorfisme populasi merupakan ketidaktepatan kadar variasi genetik yang disebabkan
sedikitnya jumlah lokus polimorfik yang tidak sebanyak pada lokus lainnya. Misalnya pada lokus
yang tepat ada 2 alel dengan frekuensi 0,95 dan 0,05, terhadap variasi lokus lain dengan 20 alel
masing-masing frekuensinya 0,05, ternyata lebih banyak variasi genetic ada pada lokus yang kedua
daripada yang pertama sebelum dihitung di bawah kriteria polimorfisme 0,95.
Heterozigositas populasi merupakan kadar variasi genetik yang lebih dominan oleh sebagian besar
populasi secara genetik. Suatu kadar variasi yang baik jika diperkirakan dari dua alel diambil
secara acak dari populasi yang berbeda. Masing-masing gamet dari individu yang berbeda
membawa alel dari tiap lokus yang dapat dipertimbangkan sebagai sampel acak dari populasi.
Kadar yang lebih baik dari variasi genetic yang tidak berubah dan tepat adalah frekuensi
rata-rata individu yang heterozigot pada tiap lokus atau heterozigositas dari populasi. Hal ini
dihitung melalui frekuensi pertama yang dihasilkan dari individu heterozigot pada tiap lokusnya
dan diambil rata-rata frekuensi dari semua lokus. Heterozigositas populasi merupakan kadar
variasi genetik yang lebih dominan oleh sebagian besar populasi secara genetik. Misalnya dua alel
diambil secara acak dari populasi yang berbeda. Setiap gamet dari individu yang berbeda
membawa alel dari tiap lokus yang dapat dipertimbangkan sebagai sampel acak dari populasi.
Heterozigositas tidak terwakili dengan baik ketika jumlah variasi genetik dalam populasi
suatu organisme direproduksi melalui fertilisasi sendiri (tidak ada mating yang seperti biasa).
Dalam suatu populasi yang bereproduksi melalui fertilisasi sendiri kebanyakan individunya
homozigot, meskipun membawa alel yang berbeda jika lokus menjadi factor yang berubah dalam
populasi. Jika frekuensi alel pada dua populasi sama, maka akan lebih banyak homozigot dalam
populasi tersebut

Perkiraan Variasi Secara Elektroforetik

Teknik elektroforesis pertama diterapkan untuk menaksir variasi genetik di populasi alami
pada tahun 1966. Ketika tiga studi dipublikasikan satu penelitian manusia dan 2 pada Drosophilla.
Banyak populasi dari organisme dapat diselidiki mulai saat itu, dan banyak lagi dipelajari tiap
tahun. Simbol digunakan untuk menunjukkan lokus, enzim dikode oleh lokus dan frekuensi dari
heterozigositas individu pada lokus diberikan untuk setiap 20 lokus variabel. Heterozigositas dari
populasi adalah jumlah dari penyusun heterozigositas pada 20 lokus variabel dibagi dengan total
dari lokus sampel = 4,73/71 = 0,067.
Penelitian dengan elektroforesis mengindikasikan bahwa sekitar 20 gen loci sampel
biasanya cukup, perkiraan heterozigositas biasanya berubah sedikit pada jumlah gen loci sampel
yang lebih dari 20. Misalnya, nilai H = 0,072 yang diperoleh dari manusia yang menggunakan 26
gen loci sampel. Ketika sampel total sampai 71 loci, maka perkiraan menjadi H = 0,067.

Variasi Genetik pada Populasi Alami

Secara umum, inventebrata mempunyai lebih banyak variasi genetic dari pada vertebrata.
Pada kebanyakan manusia, dengan 6,7% keheterozigotannya dapat terdeteksi dengan
elektrophoresis. Jika diasumsikan terdapat 30000 lokus gen structural pada manusia,
keheterozigotannya seseorang menjadi 30000 x 0,067 = 2010 lokus. Individu secara teoritis dapat
menghasilkan 22010 = 10403
Penghitungan mengindikasikan bahwa dua gamet manusia adalah tidak sama atau identik
dan tidak ada dua individu manusia yang sekarang, telah ada sebelumnya atau ada di waktu yang
akan datang terlihat identik pada gen-gen. Teknik elektroforesis telah memungkinkan untuk
mendapat perkiraan variasi genetik di populasi alami. Ada dua kondisi yang diperlukan untuk
memperkirakan mengenai variasi genetik, yaitu:
1. Semua sampel acak dari gen loci didapat
2. Semua alel terdeteksi di semua lokus
Salah satu metodenya adalah elektrophoresis sekuen terdiri dari elektrophoresis dari
sampel yang sama pada berbagai kondisi. Metode lain adalah sampel jaringan atau enzim untuk
temperatur yang tinggi. Teknik lain adalah pemetaan protein atau sidik jari protein setelah
mencerna tripsin atau beberapa enzim lain yang menghidrolisis polipeptida ke sejumlah kecil
peptide yang disubjekkan ke dua kromatograpi dimensional atau kromatograpy pada satu dimensi
dan elektroporesis yang lain. Pemetaan peptide mendeteksi lebih banyak variasi kriptik daripada
dua teknik yang lain. Namun peningkatan variasinya (20%) tidak terlalu besar. Bila kita berasumsi
bahwa nilai ini sebagai rata-rata, sebagai perkiraan jumlah protein kriptik, kita dapat menghitung
jumlah total variasi protein yang didasarkan secara genetik di dalam populasi alami.

DNA Polymorphisme
Sebagian kecil dari semua perbedaan pada rangkaian DNA yang digambarkan dalam
variasi protein. Perbedaan antara codon synonymous tidak mengubah asam amino yang dikodekan,
dan 90% atau lebih dari DNA menjadi tidak diterjemahkan ke dalam protein. DNA diterjemahkan
meliputi urutan intervensi (intron) antara daerah pengkode (ekson) serta urutan intergenik yang
memisahkan satu gen dari berikutnya. Karena itu, tanyakan berapa banyak variasi genetik
(perbedaan dalam urutan DNA) yang ada di luar itu yang mempengaruhi urutan asam amino dari
protein (meskipun banyak variasi DNA tambahan mungkin memiliki signifikansi kurang adaptif
dibandingkan variasi memodifikasi urutan protein).
Gambar 22.14 menunjukkan perbedaan antara 2 alela, berasal dari 2 kromosom homolog
dari sebuah individu tunggal dari gen ^ globin pda manusia. Ada 13 substitusi dari satu nukleotida
oleh yang lain dan 3 segmen dihapus pada slah satu dari alela (atau diinsersi kedalam yang lain).
Tidak ada substitusi yang terjadi didalam exons, hampir (9) dipusatkan pada ujung 5 sepanjang
intron. 2 delesi yang mesing-masing panjangnya 4 np (posisi 741-744 dan 791-794 dari rangkaian);
yang ketiga terdiri dari 18 pasang nukleotida yang berdekatan (mulai pada posisi 1080).
3 gen (Adh pada Drosophila, C pada tikus, dan ^ pada manusia) mempunyai substitusi
heterozigosity mendekati 1% atau beberapa lebih tinggi. Rangkaian DNA dari Adh dan C termasuk
hanya pada daerah koding, dan kemudian tidak ada delesi yang diamati. Untuk gen insulin
substitusi heterozigosity hanya 1.003, tetapi daerah sisi 5 berisi sebuah delesi/insersi dari 467
pasangan nukleotida yang berdekatan, yang didalamnya sebuah rangkaian yang tinggi berulang.
Daerah konstan pada rantai berat dari immunoglobulin tikus terdiri dari 8 protein. Salah
satunya, 2a, diketahui berbeda secara luas dari satu strain tikus yang dikawinkan sesama jenis
dari yang lain. Gen IgG2a, mengkode untuk protein ini telah dirangkai dalam 2 strain. Dari 1108
rangkaian basa , 111 (10%) berbeda. Hanya 18 (16.2 %) dari substitusi nukleotida adalah diam;
hasil yang lain asam amino berbeda pada 15% dari tempatnya. Ada alasan yang mengira bahwa
variasi yang diobservasi pada gen IgG2a tikus mungkin bukan menjadi tipe dari loci yang
structural. Gen immunoglobulin adalah sangat polymorphic; 2 alela dirangkai datang dari 2 strain
yang kawin sesama bangsa, disbanding dengan dari individu yang kawin berbeda bangsa, 2 protein
telah diketahui menjadi sangat berbeda sebelum DNA dirangkai. Tentu saja frekuensi dari
perbedaan asam amino antara produk 2 alela adalah satu pesanan dari jarak terbesar daripada rata-
rata diobservasi pada jenis lain dari protein.
Perkiraan dari heterozigosity nukleotida telah dihasilkan pada 4 spesies landak laut oleh
denaturasi DNA diikuti oleh hibridisasi. Teknik ini tidak tepat tetapi keuntungannya yaitu untuk
menguji kadar logam pada genom komplit dari suatu organisme. Akibat dari copy DNA tunggal
disimpulkan pada tabel 22.16. Diperkirakan frekuensi dari substitusi nukleotida sekitar 2-4%.
Setelah koreksi selama substitusi diam, 2-4% substitusi nukleotida pada terjemahan DNA
menghasilkan 5-9% perbedaan asam amino. Pada studi electrophoretic dari sistem enzim pada
S.intermedius telah memberikan sebuah perkiraan heterozigosity 0.18, yang sangat tidak berbeda
dari rata-rata nilai untuk invertebrate. Jika kita memperkirakan bahwa H= 0.18 kurang lebih
koresponden untuk perbedaan asam amino per 5 protein, dan bahwa rata-rata panjang dari protein
adalam 300 asam amino, data electrophoretic harus direfleksikan jadi satu substitusi per 1500 asam
amino. Nilai heterozigosity dihasilkan dari data gabungan sekitar 100 kali lebih besar (5-9%
substitusi asam amino sekitar I dalam 15). Perbedaan mungkin pada bagian ketidakmampuan
untuk mendeteksi semua substitusi asam amino dengan electrophoresis. Tetapi itu kelihatan seperti
proporsi terluas dari keanekaragaman nukleotida diobservasi dengan gabungan yang meliputi
DNA yang tidak mengkode untuk asam amino. Pada banyak kasus, yang pantas menerima
peringatan tentang frekuensi dari heterozigosity nukleotida diobservasi dengan hibridisasi DNA
(2-4%) tidak sangat berbeda dari nilai 1-2% dihasilkan dengan merangkai gen Adh, C , dan ^.
Kita bisa menyimpulkan, dengan cara dari sebuah perkiraan sementara sampai data lebih
tersedia, yang rata-rata heterozigositas nukleotida untuk gen structural dan rangkaian DNA tunggal
yang lain dari makhluk hidup eukariot sekitar 1 atau 2%.
Pertanyaan
1. Bagaimana cara kerja elektroforesis?
Jawab: Elektrophoresis menyebarkan protein pada dasar migrasi beda pada medan listrik.
Migrasi beda ini terjedi karena perbedaan konfigurasi molekuler dan untuk membedakan
muatan listrik. Substansi asam amino dapat terjadi dengan tidak mengubah muatan listrik dari
protein atau modifikasi substansi konfigurasi tersebut. Sehingga elektrophoresis hanya
mendeteksi sebuah fraksi dari semua perbedaan data sekuen asam amino.