Interferensi Genetik, apabila letak faktor-faktor (gen) tidak terlalu jauh maka frekuensi

rekombinan dapat dipandang sebagai suatu probabilitas bahwa suatu peristiwa rekombinasi akan
terjadi antara faktor-faktor itu. Nilai interferensi dapat dihitung dengan rumus I = 1-c. Rentang
nilai interferensi antara 0-1. Besarnya nilai interferensi bergantung pada jarak antara faktor yang
satu dengan yang lain. Semakin dekat jaraknya, maka nilai interferensi akan semakin positif.
Nilai interferensi yang positif menunjukkan pindah silang pertama menurunkan pindah silang
kedua yang berlangsung di dekatnya.

Pemetaan gen pada

Neurospora crassa, Khamir, dan
Chlamydomonas reinhardi. Ketiga
organisme tersebut menjalani siklus
hidup haploid secara signifikan
disamping siklus hidup diploid
pemetaan gen atas dasar pindah
silang sebagaimana yang diterapkan
pada makhluk hidup eukariotik
dipoid juga dapat diterapkan pada
Neurospora crassa, Khamir, dan
Chlamydomonas reinhardi yang
sedang dalam siklus hidup haploid.
Secara teknis spora-spora N. crassa
dan khamir dapat diinduksi untuk tumbuh, sehingga individu haploid yang dihasilkan itu dapat
dianalisis, begitu pula produk meiosis yang bersifat motil di dalam medium air dapat dianalisis
secara langsung.

Rekombinasi Somatik. Ditemukan lima kelas antiobodi atau immunoglobulin (Ig) pada
manusia yaitu Ig A, Ig D, Ig E, Ig G, dan Ig M yang masing-masing memiliki rantai H (Heavy)
dengan segmen C yang berbeda-beda. Berkenaan dengan polipeptida penyusun antibodi, telah
diketahi pula bahwa tiap polipeptida terbagi menjadi daerah-daerah yang masing-masingnya
terdiri dari 110 asam amino. Diperkirakan bahwa satu individu mamalia dapat menghasilkan 106-
108 antibodi yang berbeda. Setiap antibodi memiliki satu macam rantai L dan satu macam rantai
H, maka antibodi sejumlah 106-108 paling tidak membutuhkan 103-104 rantai L yang berlainan
maupun 103-104 rantai H yang berlainan. Untuk membetuk keanekaragaman rantai L maupun
rantai H adalah melalui rekombinasi somatik. Penataan kembali molekul DNA, yang meliputi
penyambungan berbagai segmen gen membentuk suatu gen, yang kemudian ditranskripsi
menghasilkan suatu rantai Ig. Proses rekombinasi itu berlangsung selama perkembangan sel B.

Rekombinasi somatik gen pengkode polipeptida rantai L (daerah V). Urut-urutan

selengkapnya segmen-segmen gen pengkode polipeptida rantai H pada garis benih mencit dapat
dilihat pada gambar. tampak bahwa ada beberapa segmen L-VH, 12 segmen D, 4 segmen JH,
serta daerah konstan (C) dalam urutan , , , , dan . Macam molekul antibody yang terbentuk
 tergantung pada macam segmen CH
yang digunakan. Seperti halnya
keragaman polipeptida antibody juga
terjadi karena penggabbungan yang
tidak tepat dari segmen-segmen gen
yang bertanggungjawab daerah
variabel dari rantai H.

(Sumber: Snustad and Simmons, 2012)

Rekombinasi mitosis. Pada beberapa organisme, pindah silang terjadi selama tahap
mitosis sebagaimana alnya selama meiosis. Pada suatu persilangan strain y jantan dan sn betina
menunjukkan bahwa sebagian besar turunan betina berfenotip normal. Diantara turunan betina,
ternyata ada yang beberapa sector tubuhnya berwarna kuning (yellow). Oleh karena kedua
bagian dari suatu bercak kembar selalu berdekatan, stern menyatakan bahwa bercak kembar itu
merupakan hasil resiprok dan kejadian genetik yang sama. Setelah tiap kromososm mengalami
replikasi, mendahului metaphase, dua kromatid berkumpul membentuk suatu tetrad yang analog
dengan bentukan tetrad meiosis; dan pada tahap itulah terjadi pindah silang. Kejadian itu sangat
jarang terjadi. Pada Aspergillus juga ditemukan fenomena yang sama. Selama tahap diploid,
kadang pindah silang terjadi antara gen-gen yang terpaut, sehingga menghasilkan sel-sel
rekombinan.

Rekombinasi Pada Organel. Tidak hanya terjadi pada gen-gen kromosom,

rekombbinasi juga terjadi pada gen-gen sitoplasmik yang ada di dalam organela-organela. Telah
dilakukan persilangan antara strai Chlamydomonas yang peka terhadap antibiotic nemamin dan
streptomisin dengan strain yang resisten., hasilnya 1200 turunan dan 20% diantaranya
merupakan tipe rekombinan padahal gen-gen yang terkait terletak pada genom kloroplas yang
sirkuler.

BAB 9 : ENZIM-ENZIM PADA PROSES REKOMBINASI

Enzim-enzim yang dikode oleh gen recA, recB, dan recC. Protein recA berperan pada
rekombinasi umum maupun pada perbaikan DNA. Pada E. coli, protein recA dibutuhkan untuk
mengkatalis pembentukan struktur Holliday, protein ersebut juga menggunakan energi untuk
membuka DNA untai ganda, sehingga memungkinkan perpasangan dengan DNA untai tunggal.
Protein recA juga mengkatalis suatu transfer unting berikutnya sehingga terbentuklah suatu
jembatan silang (struktur holliday) yang selanjutnya diikuti dengan migrasi jembatan silang tadi.
Fungsi gen recB dan recC telah diketahui mengkode dua subunit suatu nuclease yang tergantung
ATP yang diduga berperan sebagai suatu resolvase yang memotong jembatan silang pada
struktur Holliday untuk menyempurnakan proses rekokmbinasi.

Berkenaan dengan enzim recB dan recC ada sumber yang mengatakan bahwa jika kedua
enzim tersebut tidak ada maka hasil rekkombinasi akan berkurang. Kombinas kedua aktivitas
enzim tersebut dapat memunculkan DNA unting tunggal yang mempunyai suatu ujung bebas,
mendorong recA mulai melakukan reaksi perpasangan. Disamping enzim recA, recB, dan recC,
ada juga beberapa gen lain yang produknya dibutuhkan untuk terjadinya rekombinasi yang
efisien, sekalipun fungsi khususnya belum diketahui. Satu enzim lain yang ikut berperan adalah
enzim nuclease dan DNA ligase.

Enzim pada insersi ke dalam genom E. coli yang terjadi melalui rekombinasi. Fag
mengkode enzim integrase yang berperan dalam insersi (terjadi melalui rekombinasi) DNA fag
ke dalam genom E. coli. Hasil insersi melalui rekombinasi itu adalah terbentuknya suatu
molekul sirkuler baru yan lebih besar. selain enzim integrase, ada juga protein IHF (Integration
Host Factor) serta ion-ion magnesium. Tapak-tapak spesifik yang menjadi tempat berlangsungya
rekkombinasi dalam rangka nsersi adalah attP (pada genom fag ) dan attB (pada genom E. coli).
Enzim integrase juga berperan pada prose penggabungan, yang pada akhirnya berakibat
terbentuknya dua molekul DNA yang terpisah-pisah. Enzim integrase pada kenyataannya
berperan suatu enzim topoisomerase, dalam hal ini yaitu membuat suatu pemutusan dalam posisi
menyamping (tidak berhadap-hadapan) jarak kedua tempat yang terpotong adalah sejauh 7
nukleotida. Pemutusan unting DNA itu terjadi pada tapak attP maupun tapak attB.

Enzim integrase membutuhkan suatu homologi urut-urutan pada daerah apak attP dan
attB. Sudah diketahui pula bahwa apabila suatu profag diinduksi untuk tumbuh, maka
keadaannya yang terintegrasi akan beralih dan peristiwa itu disebut sebagai eksisi DNA fag
maupun bakteri terlepas dari satu sama lain. Profag memulai eksisi dengan mengekspresika
suatu protein yang disebut eksionase yang memungkinkan enzim integrase mengkatalisasi
rekombinasi yang membawa tapak-tapak plekatan hybrid dari profag.
Pertanyaan :

1. Bagaimana konfigurasi yang terjadi ketika enzim recA mengkatalis pembentukan strktur
Holliday?
Jawab:
Kemungkinan konfigurasi
yang mungkin terjadi pada
sendi yang dimediasi oleh
RecA yang melibatkan empat
helai DNA. (A) Filamen
nukleoprotein heliks yang
terbentuk antara protein RecA
dan DNA dupleks
dihubungkan ke dupleks
homolog oleh sambungan
Holliday. Kontak homolog

(Sumber: Muller et al., 1992) tambahan terjadi di setiap

belokan heliks. Rotasi molekul
DNA eksternal di sekitar filamen nukleoprotein menyebabkan pembentukan
heterodupleks dengan migrasi persimpangan Holliday. (B) DNA dupleks homolog
diintegrasikan ke dalam filamen nukleoprotein heliks yang terbentuk antara protein RecA
dan DNA dupleks, yang mengarah pada pembentukan peralihan rekombinasi beranggota
empat. Pembentukan DNA Heteroduplex dapat terjadi dengan memutar filamen
nukleoprotein sepanjang sumbu longitudinalnya. Dalam gambar, monomer RecA
ditunjukkan sebagai lingkaran yang diarsir dan hanya sedikit monomer yang terwakili.
Pada kenyataannya, filamen nukleoprotein RecA dapat meluas di atas keseluruhan
molekul DNA. Demikian pula, diameter filamen nukleoprotein (100 A) kurang terwakili
untuk tujuan diagram. Deproteinisasi dari kedua struktur (A) atau (B) dapat menyebabkan
persimpangan Holliday klasik.