Implementao de uma aquisio de dados baseada em FPGA e sistema de

processamento de imagem para sensores empregues na

SPR biosensing

Eduardo G. Pereira * , Leiva C. Oliveira * , Marcos RA Morais *, Antonio MN Lima *, e ff H. Ne *

* Departamento de Engenharia Eltrica - DEE, Universidade Federal de Campina Grande - UFCG

Rua Apr'gio Veloso, 882, 58429-900, Bairro Universit'ario, Campina Grande, Para'ba, Brasil
Programa de P'os-gradua
c~ao em Engenharia El'etrica, PPGEE, UFCG, Brasil
o email: { eduardo.pereira , leiva.oliveira }@ee.ufcg.edu.br, { Morais , amnlima }@dee.ufcg.edu.br, HeNe ff @ web.de

Abstrato biossensores baseados em pticas plas- superfcie tempo, sensor de aquisio de dados brutos com todos os bits disponveis,
mon ressonncia (SPR) so ferramentas poderosas para a deteco de biomolculas. seleo de uma rea de interesse e aquisio multi-local capacidades. Alguns
Neste artigo, uma imagem gurable sistema de aquisio e processamento de outros aspectos prticos incluem o factor de forma do sensor, que pode ser
reconhecimento fi para sensores SPR apresentado. O sistema utiliza um dispositivo adaptado para encaixa no projecto ptico global. Alm disso, a interface de
FPGA para a aquisio e processamento de dados a partir de um sensor de imagem
nvel inferior com o sensor da cmera, inclusive fora dos pixels da imagem,
para determinar o ngulo no qual o mnimo re ectivity fl do arranjo ptico de camadas
permite a implementao de auto-calibrao e tcnicas de diagnstico.
mltiplas ocorre. A transformao de domnio de frequncia para alisar o sinal de SPR
implementado em hardware. O sistema tambm incorpora uma interface de
comunicao para enviar dados processados e no processados do FPGA para um
dispositivo remoto e receber as definies sobre as estratgias de aquisio de dados e
Neste trabalho, uma aquisio de imagem e sistema de processamento para
processamento de dados.
aplicaes de sensores SPR apresentado. O sistema utiliza um dispositivo de
controlo para a FPGA, aquisio e processamento de dados para um CMOS S11661
sensor de imagem [ 8 ]. Um sistema de processamento ciente e ffi permitindo alta
imunidade a rudos e baixa latncia foi desenvolvido. A interface de comunicao
Palavras-chave - biosensor, sistema de aquisio de dados, FPGA, ressonncia de
tambm foi integrado, permitindo o envio de dados processados e no processados e
plasma de superfcie
estratgias de con fi gurao de aquisio (ou seja, o tempo de integrao, tamanho
da imagem) e processamento (ou seja, dos filtros parmetros).
EU. Introduo

sensores superfcie Plasmon Resonance (SPR) so utilizados para a deteco,

identificao e quantificao de interaces biomoleculares. Presentemente,
biossensores SPR pode ser encontrado em uma ampla gama de aplicaes [ 1 ], [ 2 ].
Os dispositivos de SPR so principalmente construdo sob a Kretschmann con fi
gurao, com excitao fenmeno de SPR com luz sob re total atenuada reflexo
(ATR). Neste con fi gurao, o dispositivo de monitoriza o SPR refletida intensidade
da luz com um ngulo fi c especificidade ou comprimento de onda para controlar a
substncia de interesse [ 3 ].
O sensor de imagem desempenha um papel fundamental na deteco SPR
e, em conjunto com os outros componentes pticos, ditar a sensibilidade e rudo
caractersticas fi nal do equipamento. No entanto, os dados brutos extrados do
equipamento muito ruidoso e deve ser processada utilizando tcnicas de
alisamento para utilizao posterior por outros algoritmos de processamento de
dados. Normalmente, as cmaras comerciais com conexes USB ou Ethernet
so utilizados em equipamentos SPR. Para isso, um computador executa o
processamento de sinal como suavizao da curva, curva de gerao e
extraco de parmetros. possvel fi instrumentos nd SPR com base em
smartphones [ 4 ], FPGA [ 5 ], E microcontroladores [ 6 ].
Tal arranjo pode apoiar a implementao de tcnicas de super-resoluo [ 7
], Anlise de frequncia baixa latncia, e outras operaes
computacionalmente intensivas. As vantagens da utilizao de um controlador
projetado incluem, por exemplo, o controlo de definir a integrao de sensores
II. SPR biosensing
SPR um mtodo bem estabelecido para o tempo real, monitorizao
labelfree de interaces moleculares. O fenmeno ocorre em finas LMS condutora
fi em uma interface entre os meios de di ff ndice de refraco erent. Em um
biossensor de SPR tpico, os meios de comunicao so um prisma ptico de
suporte e uma soluo de amostra. Ambos os meios so igualmente tratados
como materiais dielctricos, mas exibem tipicamente di funes dielctricas ff
erent. A fi realizao lm geralmente uma fina camada de ouro ou prata. Uma
representao simplificada do sistema de SPR de vrias camadas mostrado nas Figura
1.
Sob condio interna total re exo fl e a uma certa combinao de ngulo de
incidncia da luz e o comprimento de onda, a luz incidente, k x, excita plasmon de
superfcie (ondas de electres densidade de carga) no filme de metal fi. Assim,
um eltrico fi fugas de intensidade de campo em toda a interface metal /
dielctrico, o chamado evanescente da onda campo, tornando esta ressonncia
Effect muito sensvel para o ndice de refraco da soluo dentro do e ff
profundidade de penetrao ective do evanescente campo.
O vector da onda de plasm de superfie pode ser matematicamente
aproximada por [ 9 ]

978-1-4673-6386-0 / 14 / $ 31.00 2014 IEEE

 n4 4 d4 0,8 1

bioreceptor kX n3 3 d3
amostra de metal k sp n2 2 d2
0,6
n1 1

refletividade
substrato ptico de d1

0,4

0,2

Fig. 1: Multilayer SPR representao estrutura biossensor. O vector de 0

62 64 66 68 70 72 74 76 78 80

plasmon de superfcie k sp ressoa com a evanescente fi eld k x, resultando em ngulo de incidncia

reduo ectivity re fl como indicado pela faixa preto observado para o feixe de
Fig. 2: Re ectivity fl em funo do ngulo de incidncia para as solues de amostras ff
luz refletida.
erent trs di ( n 4). O mnimo re ectance fl representa as condies de ressonncia que se
desloca quando as mudanas de soluo de amostra.

2 r n 23
k sp = 2
2 r - n 23
Onde k sp depende da parte real da constante dieltrica do metal 2 r, o ndice de
refraco do meio
n 3, e o comprimento de onda da luz incidente .
o k X componente depende do ndice de refraco do meio dispersivo n 1, o
ngulo de incidncia e o comprimento de onda da luz incidente , expresso
por [ 9 ]
kx= 2
n 1 pecado
A condio de ressonncia significa que k X vetor oscila com a mesma
frequncia e a amplitude da onda de plasm de superfie. Como resultado, uma
caracterstica de absoro de energia ocorre e SPR vista como uma queda
da intensidade da luz refletida em um ngulo fi c especificidade de incidncia RES,
(1)
regio central, onde o elemento de transdutor est localizado [ 9 ]. Bombas de
uma bomba peristltica a soluo para o local sensvel localizado na regio
central e o sistema detector e imagiologia processamento ptico, que o foco
deste trabalho, efectua todas as tarefas para trazer uma imagem limpa ou
caractersticas medidos para o dispositivo do utilizador ou hospedeiro. A luz
monocromtica gerado pelo ddo de laser passa atravs da lente de colimao
e de polarizao de modo a que o feixe de luz perpendicular superfcie do
DOCE. Devido racting di ff ralar que a luz dividida e vai bater o ponto de
deteco a di ff ngulos erent incidentes. A re luz refletida no local de deteco
(2) tambm passa por um racting di ff semelhante gradeamento de tal modo que
os raios de luz de sada so paralelos e so capturados pelo sensor de
imagem.
Bomba Desperdcio

chamado o ngulo de ressonncia (ver Figura 2 ). O conceito de deteco SPR Cmara

Clula de fluxo
consiste essencialmente de monitorizao do ngulo de ressonncia e calcular o DOCE

ndice de refraco n 3 da substncia interesse por FPGA

Cabo

Sensor de imagem

2 r ( n 1 pecado RES) 2
n3= (3) Laser
2 r - ( n 1 pecado RES) 2 colimador Polarizar Espelho

SPR imagem Peltier mdulo

O ndice de refraco do meio sensvel n 3 mudanas como novas substncias Dissipador de calor

so admitidos no fluxo celular; n 3 mudanas significa uma mudana no ngulo de Ventilador

ressonncia e os grficos de seus valores ao longo do tempo chamado

sensograma.
Fig. 3: Estrutura bsica do sistema proposto biosensoriamento SPR.

III. Projeto de sistema

A. Optical Con fi gurao

Normalmente, a superfcie plasmon biossensores ressonncia requer uma
estrutura relativamente complexa. Esta estrutura compreende ptica, mecnica,
fl uidic, electrnica e elementos trmicos. A base con fi gurao do sistema
biosensoriamento SPR proposto mostrado na A Fig. 3 . Ele inclui uma fonte de
luz monocromtica ( = 670 nm) com lente de colimao associada, de modo que
todos os raios de luz so paralelas. Um polarizador permitindo a passagem da
luz em uma nica polarizao, isto , paralela ao plano de incidncia. Um Di ff
ractive ptica elemento de acoplamento (DOCE), em que um filme de metal
depositado fi, actua como um guia de ondas que dirige a luz para a
Em um sistema de SPR, alguns factores externos contribuem para aumentar
o nvel de rudo, tal como a luz ambiente e a temperatura. Ambiente iluminao
pode interferir na determinao da superfcie re ectivity fl devido a luz ambiente
que atinge o detector ptico. As alteraes de temperatura um Effect o ndice de
refraco das solues aquosas e a sensibilidade do sensor de RPS [ 10 ]. Alm
disso, algumas interaces bioqumicas, como ligao anticorpo-antignio, pode
ser optimizada em condies de temperatura fi c especificaes [ 11 ]. A estrutura
de camadas mltiplas colocado dentro de uma cmara isolada ptico e trmico
(8 centmetros de altura; 10 centmetros de comprimento; e profundidade 6
centmetros) para preservar o desempenho, reduzindo os Effects do
fatores externos que contribuem para aumentar o nvel de rudo. Um mdulo
termoelctrico, ligado a um ventilador de ar controla a temperatura interna da
cmara, a fim de estabilizar a sensibilidade do dispositivo, melhorar a
imunidade s variaes de temperatura e optimizar algumas interaces
bioqumicas.
Arquitetura B. Hardware
Um diagrama de blocos simplificado da arquitectura imagem interface de
sensor pode ser visto nas A Fig. 4 . Os elementos que compem tal arquitectura
so suficientes para e ff ectively realizar todas as operaes de processamento
requeridas para um sistema de deteco de SPR. O vermelho (sensor de imagem
e SDRAM) e verde (host) blocos correspondem a elementos que so exteriores
ao chip FPGA. O sensor de imagem captura a imagem ea memria pode ser
usado como auxiliar er bu ff para auxiliar no tratamento, dependendo da con fi
gurao. As linhas vermelhas representam os dados adquiridos fluxo e as linhas
a negro representam o controlo, endereamento e sinais de estado.
Todos os blocos foram projetados em Recon fi lgica gurable, usando a
linguagem Verilog descrio de hardware [ 12 ]. O circuito proposto foi
implementado num dispositivo de ciclone II EP2C35F672C6N FPGA produzido
pela Altera. O cdigo Verilog HDL foi sintetizado usando software Quartus II,
com as configuraes padro. O uso de recursos de FPGA obtido aps a
compilao so apresentados no Tabela I .
TABELA I: Recursos Uso de compilao Resultados
Recurso Uso
elementos lgicos 16124
bits de memria 409600
Incorporado multiplicador de 9 bits 48
O sistema opera com velocidade de clock de 50MHz e h trs principais
modos de operao: duas dimenses com fi ltragem ( 2DF); uma dimenso com
fi ltragem ( 1DF); e sem fi ltragem ( WF). No 2DF modo, a imagem obtida fi
ltragem realizada em cada linha e em cada coluna posteriormente. No 1DF modo,
a imagem obtida ltragem fi realizada apenas em cada fileira. No WF
modo, os dados obtidos enviada directamente para um dispositivo externo, sem
processo fi ltragem.
Atravs da interface de comunicao, o utilizador est autorizado a escolher o
modo de funcionamento do sistema, bem como as propriedades dos filtros (ganho
de cada componente da expanso de Fourier) e os parmetros de aquisio de
dados do sensor de imagem. Os guraes fi utilizador con so enviados para a
unidade de controlo, que implementa o con fi gurao de cada bloco. A unidade de
controlo tambm implementa os processos de sincronizao de todas as unidades,
a gerao de sinais de controlo e dados de endereamento.
A interface de comunicao SPI controla a transmisso da con fi gurao
de vrios parmetros do sensor de imagem. Alguns parmetros que podem ser
con fi gurado so: o tempo de integrao, ou seja, o tempo que a luz se
acumula no sensor; o ganho do conversor A / D (Analogto-Digital); e a rea
desejada para a aquisio de imagens; seleo de rea de deteco muito directamente a partir do fi ltro bu ff er para a interface de comunicao, sem
importante para permitir a deteco multi-local.
Os nicos ers ff linha de bu tm uma capacidade de armazenamento de
1024x12 bits pixels e so usados nas etapas de aquisio de dados e
processamento de imagem. Os buffers de ff so necessrios devido a taxas de
transmisso erent di ff entre o sensor de imagem e os blocos DFT e a IDFT e
entre os blocos SDRAM (Synchronous memria dinmica de acesso aleatrio).
O bloco de controle de memria simpli fi ca o acesso a SDRAM por meio de
sincronizao e gerao automtica de ciclos de atualizao.
O processo ltragem dados fi realizada na parte sombreada amarelo (A).
Os blocos de DFT e a IDFT executa transformadas de Fourier directa e
inversa, respectivamente. Esses blocos so baseados na / FFT Generator IP
DFT [ 13 ] Do Projeto Espiral [ 14 ].
C. Fluxo de dados FPGA e Processamento
O sensor de imagem transmitir um pixel de cada 4 pulsos de clock. Um sinal
enviado a partir do sensor de imagem para a unidade de controle quando os pixels de
uma linha comea a ser transmitido. Neste momento, o sensor de imagem bu ff er de
entrada endereamento reposto. Na chegada de cada novo pixel, o bu ff er entrada
de sensor de imagem de endereamento incrementado. Depois de um fullrow
transmitida, h um intervalo de espera de 480 pulsos de clock at que a prxima linha
transmitida. Da mesma forma, um sinal enviado para informar o incio de uma
transmisso de imagem completa. H um intervalo de espera parametrizada entre as
transmisses de imagem completos.
Quando o sensor de imagem bu ff er est cheio, os seus dados so
transmitidos para o bloco de DFT em 4 pixels por taxa de relgio de pulso, usando
o tempo de espera entre a extremidade e a hora de incio de transmisso do sensor
de imagem. Quando o bloco fi DFT nishes a Transformada de Fourier, que envia
um sinal de estado para a unidade de controlo e os dados transformados so
transmitidos para o bloco de filtro em 4 pixels por taxa de relgio de pulso. Ao
chegar ao bloco de filtro, cada um dos componentes de Fourier atenuada ou
ampli fi cado de acordo com as utilizador con fi gurao fi ltro escolhas de
parmetros e, ao mesmo tempo, transferidos para o bloco IDFT. Da mesma forma,
quando o bloco IDFT fi nishes a transformada de Fourier inversa, ele envia um sinal
de estado para a unidade de controlo e os dados transformados so transmitidos
para o fi ltro bu ff er em 4 pixels por taxa de relgio de pulso.
Desde o fi ltro bu ff er, os dados filtradas so transmitidos para o SDRAM
atravs do bloco de controle de memria de 1 pixel por clock de pulso. A
SDRAM retm os dados at que uma imagem completa salvo. Depois disso,
a memria transmite cada coluna a partir da imagem por meio da memria bu ff
er para passar atravs da parte do filtro (A), utilizando o tempo que o sensor de
imagem bu ff er est sendo encheram. Neste momento, os dados so
transmitidos para a interface de comunicao, a partir do qual transmitido
para um dispositivo externo.
No WF modo, os dados so transmitidos directamente a partir do sensor
de imagem bu ff er para o interface de comunicao, sem passar trhough o fi
ltro (A) e (B) de memria partes. No 1DF modo, os dados so transmitidos
usar a memria. Para economizar energia, a memria est ligado o ff, quando
operando em 1DF modo, e
 UNIDADE DE CONTROLE

interface controle de
Bu ff SDRAM
de SPI memria

(B) (B)
MUX DFT FILTRO IDFT Bu ff er DEMUX

Sensor de (UMA) Comunicao

Bu ff er er Hospedeiro
imagem

Fig. 4: simplificada de diagrama de blocos ed da arquitectura de interface de sensor de imagem. As linhas vermelhas representam os dados de fluxo e as linhas pretas indicam sinais de
controlo.

tanto o fi ltro e memria so ativados o ff, quando operando em WF modo. intensidade, p min, determinada pelo mtodo centride
p final
p Eu B - p EU [ p]
p = p inicial
p min = p final (4)
Ao chegar interface de comunicao, os dados so enviados de forma Eu B - EU [ p] ,
p = p inicial
ininterrupta para a interface de sada. O protocolo de envio estabelece que os
dados so transmitidos em pacotes de 16 bits, em que os primeiros quatro bits onde eu B a linha de base de fi ed especi; p o nmero de pixels; EU[ p]

so utilizados para o controlo e de estado e os outros 12 bits so atribudos aos a intensidade do p pixels; e p inital e p fi nal so os nmeros de pixels definindo o
valores de pixel. Pelo bsico con fi gurao, o sistema transmite imagens para incio e o fim da regio da anlise.
dispositivos externos em 8 quadros / segundo taxa.

A posio do pixel que corresponde intensidade mnima, p min, podem ser

convertidas em termos de ngulo de ressonncia,
Durante o con fi gurao, o pacote de dados composto por uma palavra de
RES, com base em relaes geomtricas determinadas pela disposio fsica do
128 bits que contm todos os parmetros fi gurao de aquisio e processamento
tamanho do sensor de imagem e de pixel. A equao de converso de pixel de
de con. Os guraes con fi recebidos so aplicadas ao sistema somente quando a
ngulo
imagem atual termina sua aquisio.
RES = 0 + p min (5)

Onde: 0 o ngulo a partir do pixel primeira (ndice de 0); e correspondem

IV. Resultados experimentais
Fotografias do sistema desenvolvido (representado em
A Fig. 3 ) So apresentados em A Fig. 5 . A configurao utiliza o chip SPR
desenvolvido por Thirstrup et al. [ 9 ] Para a excitao de plasmon de superfcie.
Uma placa de DE2 Terasic / Altera foi utilizado para os ensaios experimentais. O
sensor de imagem est ligado placa FPGA atravs de um cabealho de 40 pinos
e uma placa de adaptador. A placa FPGA est conectado atravs de uma interface
serial RS-232 a um computador para mostrar e analisar os dados adquiridos.
relao de pixel-ngulo. No sistema atual, 0 = 65.577 graus; e = 0,0055
graus. O ngulo de ressonncia utilizada para determinar o ndice de
refraco substncia n 3 baseado em ( 3 ) com n 1 = 1.526 e
2 r = - 13,3 [ 9 ]. Os valores experimentais obtidos a partir de posio de pixel
mnimo; ngulo de ressonncia; e ndice de refraco para a H 2 O; PBS; e
soluo de NaClO so apresentados em
tabela II .

TABELA II: Os valores experimentais obtidos a partir de posio de pixel mnimo;

ngulo de ressonncia; e ndice de refraco para a H 2 O; PBS; e soluo de
Os experimentos foram realizados em condies de iluminao e de
NaClO.
temperatura controlada. A fonte de luz ( =
laser de 670 nm) e o sensor de imagem S11661 so colocados dentro de uma
cmara termicamente estabilizada com um mdulo termoelctrico. As amostras de Substncia p min res n3

gua (H 2 O); fosfato de bu ff salina rado (PBS); e soluo de hipoclorito de sdio

H2 O 556 68,6375 1,3242
(NaClO) ter sido bombeada para a clula de fl uxo para gerao de ressonncia de PBS 576 68,7475 1,3250
NaClO 736 69,3550 1,3297
plasmon de superfcie e determinao do ndice de refraco.

Dentro A Fig. 6 , So mostrados o filtradas obtido a partir de imagens

V. Concluses
H 2 O; PBS; e NaClO. As suas curvas SPR extrados so mostrados na A Fig. 7 .
Para determinar o mnimo de re posio fl ectivity, o nmero de pixels que Neste trabalho, o desenvolvimento de uma aquisio de imagem e sistema de
corresponde ao mnimo processamento baseado em FPGA para SPR sentindo AP
 Fig. 5: Fotografias do sistema prottipo desenvolvido. Etiquetas nas fotografias indicar os componentes do sistema.
(uma)
Fig. 6: imagens experimentais obtidos a partir de ( uma ) H 2 O; ( b ) Soluo de PBS; e ( c ) Soluo de NaClO.
plication foi apresentado. O sistema desenvolvido integra boas estratgias para o
condicionamento e processamento dos sinais adquiridos para obter resultados
mais precisos. Alm disso, o sistema permite uma boa velocidade de aquisio. O
sistema permite que o utilizador controle as estratgias de condicionamento e
processamento de sinal. A interface de comunicao para transmisso de dados
tambm foi desenvolvido. Os resultados experimentais foram apresentados para
mostrar o funcionamento do sistema.
Reconhecimento
Os autores agradecem a PPGEE-UFCG, DEE-UFCG, CAPES e CNPq
para a atribuio de bolsas de investigao e comunho estudo durante o
curso dessas investigaes.
(B) (C)
Um agradecimento especial para Sim~oes Toledo por sua ajuda na fabricao
PCB.
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refletividade

refletividade

refletividade
0,5 1 0,5 1 0,5 1

0 0 0
0 200 400 600 800 1000 0 200 400 600 800 1000 0 200 400 600 800 1000
pixels pixels pixels

(uma) (B) (C)

Fig. 7: as curvas de SPR experimentais extrados a partir das imagens de A Fig. 6 . As curvas obtidas a partir de SPR ( uma ) H 2 O; ( b ) Soluo de PBS; e ( c ) Soluo de
NaClO.

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