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Fundao Cecierj / Consrcio Cederj
Rua Visconde de Niteri, 1364 Mangueira Rio de Janeiro, RJ CEP 20943-001
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ELABORAO DE CONTEDO Departamento de Produo
Gonalo A. de Souza Filho
Jacyara M. B. Macedo EDITORA PROGRAMAO VISUAL
Tereza Queiroz Andra Dias Fies
COORDENAO DE DESENVOLVIMENTO
Mrcia Valria de Almeida
INSTRUCIONAL COPIDESQUE
Cristine Costa Barreto Jane Castellani ILUSTRAO
Fbio Muniz
DESENVOLVIMENTO INSTRUCIONAL REVISO TIPOGRFICA
E REVISO Ktia Ferreira dos Santos CAPA
Ana Tereza de Andrade Patrcia Paula Fbio Muniz
Anna Maria Osborne PRODUO GRFICA
COORDENAO DE
Carmen Irene Correia de Oliveira PRODUO Andra Dias Fies
COORDENAO DE LINGUAGEM Jorge Moura Fbio Rapello Alencar
Maria Anglica Alves
REVISO TCNICA
Marta Abdala
S729b
Souza, Gonalo A. de.
Biologia molecular. v. 3. - Gonalo A. de Souza. Rio de
Janeiro : Fundao CECIERJ, 2008.
158p.; 19 x 26,5 cm.
ISBN: 85-89200-77-9
1. Informao gentica. 2. Processamento de protenas. 3.
Genomas. I. Macedo, Jacyara M.B. II. Ttulo.
CDD: 572.8
2008/2
Referncias Bibliogrficas e catalogao na fonte, de acordo com as normas da ABNT.
Governo do Estado do Rio de Janeiro
Governador
Srgio Cabral Filho
Universidades Consorciadas
UENF - UNIVERSIDADE ESTADUAL DO UFRJ - UNIVERSIDADE FEDERAL DO
NORTE FLUMINENSE DARCY RIBEIRO RIO DE JANEIRO
Reitor: Almy Junior Cordeiro de Carvalho Reitor: Alosio Teixeira
SUMRIO Mdulo 3
Mdulo 4
Gabarito 145
24
AULA
Regulao da expresso
gnica em eucariotos I
objetivos
Pr-requisitos
Para acompanhar mais facilmente esta aula, importante que voc tenha assimilado
as informaes sobre Regulao da expresso gnica em procariotos, Aula 23.
Adicionalmente, reveja os conceitos sobre Fluxo da informao gnica transcrio e
processamento do RNA, apresentados nas Aulas 20, 21 e 22.
Biologia Molecular | Regulao da expresso gnica em eucariotos I
INTRODUO Na Aula 23, voc teve a oportunidade de estudar os mecanismos que regulam
a expresso gnica em procariotos. Nela, voc viu que muito til clula
procaritica a capacidade de responder ao ambiente, atravs da ativao da
transcrio de determinados genes e/ou a inativao da transcrio de outros.
Tais mecanismos permitem clula adaptar-se aos diferentes ambientes e,
simultaneamente, otimizar seu gasto de energia e nutrientes, mantendo
desligados aqueles genes cujos produtos sejam desnecessrios.
Os mecanismos que voc estudou na Aula 23 esto envolvidos na resposta
de organismos unicelulares (procariotos) ao ambiente. Nesta aula, voc ter a
oportunidade de estudar os mecanismos envolvidos na regulao da expresso
gnica em eucariotos. Muitos eucariotos so organismos multicelulares,
cujos diversos tipos celulares esto organizados em tecidos e rgos. Fica
evidente, portanto, que se trata de um sistema mais sofisticado de regulao
da expresso gnica.
ide
mit
8 CEDERJ
MDULO 3
24
Sabemos que as clulas somticas de um indivduo possuem o
mesmo conjunto de genes, pois todas se originaram a partir do mesmo
AULA
zigoto, atravs de uma sucesso de divises mitticas equacionais. Assim,
se o gentipo o mesmo em todas essas clulas, como podemos explicar
a grande diversidade de fentipos observada?
A resposta geral que podemos apresentar para tal questo
que nem todos os genes presentes no ncleo se expressam ao mesmo
tempo. De fato, estima-se que, em organismos eucariotos superiores,
apenas 10% dos genes se expressam em todas as clulas durante todo
o tempo. Os demais genes so ativados em determinados tecidos ou em
momentos especficos. Existe, portanto, uma regulao da expresso
gnica, que define os genes que sero ativados em um determinado tecido.
Adicionalmente, muitos genes so ativados apenas em certos momentos
ou perodos do desenvolvimento.
Um timo exemplo para compreendermos a complexidade da
regulao da expresso gnica em eucariotos superiores o processo de
diferenciao celular. Alm de os diferentes tipos celulares apresentarem
morfologias altamente divergentes, alguns so altamente especializados,
com funes metablicas especficas. Como exemplos, podemos
citar as hemcias, altamente especializadas em sintetizar e estocar
hemoglobina, e os neurnios, capazes de produzir neurotransmissores.
Que mecanismos definem os genes que estaro ativos em um dado tipo
celular e inativos em outros?
CEDERJ 9
Biologia Molecular | Regulao da expresso gnica em eucariotos I
rgo ou tecido. Dentre os genes ativados, por sua vez, existem alguns que
tambm possuem a funo de regular novos genes, e assim sucessivamente.
Voc pode concluir, com isso, que existe uma cascata de regulao da
expresso gnica, na qual um determinado gene pode ativar a expresso
de vrios outros, dentre os quais novos genes que passaro a regular os
futuros passos do processo. A morfognese, portanto, trata-se de um
processo coordenado de regulao seqencial da expresso gnica.
As informaes anteriores demonstram que os vrios caminhos
de diferenciao celular, desenvolvidos a partir do zigoto, seguem um
circuito pr-programado de expresso gnica, no qual um evento inicial
(fecundao) ativou um conjunto de genes. Dentre os genes ativados,
alguns tm funo reguladora, atuando tanto na ativao de um segundo
conjunto de genes quanto na inativao de genes do primeiro conjunto.
Desse segundo conjunto de genes, alguns so tambm reguladores,
ativando a expresso de um terceiro conjunto de genes, e assim por
diante. A ordem seqencial da expresso desses genes , portanto,
geneticamente pr-programada.
Outros exemplos de processos que utilizam cascatas de expresso
gnica so os mecanismos regulados por hormnios. Nesses casos, a
presena de um dado hormnio ativa a expresso seqencial de genes
especficos (cascatas especficas de resposta).
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24
Os demais genes so, portanto, regulados. Apesar de muitos genes
comporem circuitos de expresso geneticamente pr-programados
AULA
(cascatas de regulao), diversos outros so ativados ou reprimidos em
resposta a estmulos ambientais, tais como frio, calor, estresse, ferimentos
etc. Por terem sua expresso passvel de induo pelo ambiente, so
denominados genes induzveis.
Os genes que se expressam apenas em determinados tecidos so
chamados genes tecido-especficos e esto sob regulao tecido-especfica.
Aqueles genes que se expressam apenas durante determinados perodos
so controlados atravs de regulao temporal.
CEDERJ 11
Biologia Molecular | Regulao da expresso gnica em eucariotos I
DNA
Citop
Figura 24.3: Esquema ilustrativo das diversas etapas nas quais a expresso de um
gene de eucarioto pode ser regulada.
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24
REGULAO DA TRANSCRIO
AULA
Este o principal nvel em que a expresso dos genes pode ser
regulada. Para a clula, regular a expresso gnica atravs do controle
da transcrio mais econmico, pois, se o gene no for transcrito,
nenhum dos passos posteriores ocorrer. Devido a sua importncia, a
regulao transcricional da expresso gnica ser abordada em maior
profundidade na prxima aula (Aula 25). A seguir, veremos apenas os
aspectos gerais dos principais mecanismos.
A regulao da transcrio pode ocorrer atravs de dois processos
distintos: Remodelamento da cromatina e Ligao de protenas
reguladoras, descritos a seguir.
CEDERJ 13
Biologia Molecular | Regulao da expresso gnica em eucariotos I
gene transcrito
Figura 24.4: Esquema ilustrando a correlao entre o nvel de compactao da cro-
matina e a ocorrncia de transcrio. A regio do genoma esquematizada contm
segmentos em diferentes nveis de condensao. Em regies altamente compactadas
no se verifica transcrio. A transcrio observada em regies onde o DNA no
est compactado (DNA descondensado).
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de protenas. Na Aula 21, foi abordado que a RNA polimerase II se
acopla s regies promotoras dos genes (caixa TATA e caixa CAAT,
AULA
Figura 21.1) com o auxlio de vrios fatores de transcrio. A partir de
ento, tem incio a fase de elongao da transcrio.
Nesta aula, j vimos que em cada tecido ou condio do organismo
eucarioto um conjunto especfico de genes ser transcrito, enquanto
os demais genes permanecero inativos. Se as seqncias conservadas,
Caixa TATA e Caixa CAAT, esto presentes nos promotores de,
praticamente, todos os genes, como o complexo da transcrio define
os genes que devem ser transcritos num dado tecido?
A resposta para tal questo se baseia no fato de que o complexo
da RNA polimerase II (incluindo os fatores de transcrio) no capaz de
reconhecer e se acoplar ao promotor de um dado gene sem a ajuda
de outros componentes acessrios. Tais componentes acessrios so as
protenas reguladoras.
Elas so molculas capazes de reconhecer seqncias especficas
de um dado promotor e se ligar a ele. A partir de ento, tais protenas
realizam interaes com o complexo da RNA polimerase, viabilizando
o acoplamento dos fatores de transcrio s seqncias conservadas
previamente discutidas (caixa TATA e caixa CAAT). Assim, apenas
os genes cujos promotores esto associados a protenas reguladoras so
reconhecidos e transcritos.
As seqncias reconhecidas por esse tipo de protena so especficas
para cada promotor, e so chamadas stios de ligao. Cada promotor
contm stios especficos para a ligao de protenas reguladoras
diferentes. Conseqentemente, podemos concluir que existem muitas
protenas reguladoras diferentes em um organismo.
O processo de regulao se verifica pelo fato de que um dado gene
s ser transcrito nas clulas em que a protena reguladora, capaz de
reconhecer seu promotor, estiver presente. Nos demais tecidos, o gene
permanecer desligado.
O mecanismo de controle da transcrio via protenas reguladoras
o principal sistema de regulao da expresso gnica em eucariotos. Na
Aula 25, esse assunto ser discutido mais detalhadamente, e abordaremos
as diferentes protenas reguladoras, seus mecanismos de interao com
os promotores e com o complexo da transcrio.
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Biologia Molecular | Regulao da expresso gnica em eucariotos I
REGULAO PS-TRANSCRICIONAL
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denominado emenda alternativa de xons e consiste em selecionar os
xons que sero emendados para compor o RNAm final. Dessa forma, um
AULA
mesmo pr-RNAm pode dar origem a duas ou mais formas alternativas
de RNAm, em funo dos xons utilizados na montagem de cada uma.
Conseqentemente, cada um desses RNAm variantes dar origem a uma
diferente forma da protena, na qual domnios estaro presentes, ou ausentes,
em funo dos xons que compem os respectivos RNAms (Figura 24.5).
RNAms
protenas
Isoforma 1 Isoforma 2
TECIDO 1 TECIDO 2
Figura 24.5: Esquema ilustrando o mecanismo de emenda alternativa de xons.
A partir de um mesmo transcrito primrio (pr-RNAm) dois diferentes RNAms podem
ser formados. Como resultado, o processo de traduo desses RNAms gerar iso-
formas distintas da protenas codificada, onde a isoforma 2 no contm a regio
codificada pelo xon 3.
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Biologia Molecular | Regulao da expresso gnica em eucariotos I
Se o xon que codifica para tal regio for eliminado durante os processos
de emenda, a protena final no conter tal regio e, conseqentemente, a
atividade enzimtica ser abolida. Similarmente, determinadas protenas
so endereadas para organelas especficas aps a sua traduo. Se o
xon que codifica para o domnio de endereamento celular da protena
estiver ausente, a protena passar a ocupar outro compartimento celular
ou ficar no citosol.
Portanto, a emenda alternativa de pr-RNAms um poderoso e verstil
mecanismo regulatrio, que pode efetuar o controle da expresso gnica e
a diversificao funcional de protenas. Dessa forma, a expresso de um
gene pode resultar em diferentes isoformas da protena, com distintas
estruturas e funes.
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til, ou seja, aps certo tempo, tais molculas precisam ser eliminadas.
Isto bastante aceitvel, pois se os RNAms ficassem disponveis no
AULA
citoplasma por tempo indefinido, sua traduo continuaria ocorrendo
tambm indefinidamente, mesmo que a transcrio do gene j no
mais ocorresse. Isso seria um problema para a clula que necessita de
determinadas protenas apenas em momentos especficos. Adicionalmente,
se os RNAms no fossem degradados, tais molculas se acumulariam no
citoplasma e, com a continuao do processo de transcrio dos milhares
de genes durante a vida da clula, a quantidade de RNAm no citoplasma
atingiria nveis altssimos, inviabilizando o funcionamento celular.
Cada molcula de RNAm permanece no citoplasma celular
durante um determinado perodo. Em seguida, degradada por enzimas.
Inicialmente, acreditava-se que todos os RNAms possuam tempos
similares de permanncia no citoplasma. Entretanto, diversas pesquisas
tm demonstrado que os transcritos produzidos por determinados
genes tm um perodo de durao no citoplasma muito maior que os
demais. Este perodo de durao no citoplasma tambm denominado
estabilidade do RNAm. Diante de tal informao, podemos concluir
que, entre dois genes diferentes, que possuam taxas de transcrio
semelhantes, aquele cujos RNAms apresentem maior estabilidade, gerar
maior acmulo dos transcritos no citoplasma celular. A traduo de
tais transcritos resultar em maior produo da protena codificada.
Portanto, o controle da estabilidade do RNAm de um dado gene pode
ser um importante mecanismo de regulao de sua expresso.
De fato, genes distintos apresentam diferentes estabilidades para
seus RNAms. Adicionalmente, os transcritos produzidos por um mesmo
gene podem apresentar diferentes estabilidades, em funo do tecido
onde so produzidos. Como a clula faz para que RNAms diferentes
apresentem estabilidades distintas?
Conforme voc viu na Aula 22, praticamente todos os RNAms
recebem uma estrutura denominada capacete, em sua extremidade 5,
e uma cauda poli-A, na extremidade 3. Acredita-se que ambas estejam
envolvidas na estabilidade do RNAm. Atualmente, vrias pesquisas tm
confirmado tal hiptese. Ao chegarem no citoplasma, as molculas de
RNAm passam a estar expostas ao das enzimas de degradao. O
principal processo de degradao do RNAm, descrito em leveduras
e eucariotos superiores, iniciado pela remoo da cauda poli-A e
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Biologia Molecular | Regulao da expresso gnica em eucariotos I
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REGULAO DO PROCESSO DE TRADUO
AULA
A partir do momento em que um RNAm se encontra no
citoplasma, seu processo de traduo tambm pode ser regulado. Os
vrios mecanismos de regulao traducional no so completamente
elucidados, mas existem muitos exemplos documentados (particular-
mente durante o desenvolvimento embrionrio) de molculas de RNAm
que so rotineiramente encontradas no citoplasma, mas so traduzidas
apenas sob determinadas circunstncias. Um bom exemplo de tal
processo, pode ser verificado em espcies animais nas quais grande
quantidade de RNAm estocada em vulos. Porm, o processo de
traduo s desencadeado a partir da fertilizao.
Dentre os mecanismos de controle de traduo, a regulao
pela presena de regies codificadoras adicionais tem sido bem
caracterizada. O processo de traduo de um polipeptdeo, a partir de
um RNAm, tem incio no cdon de iniciao da traduo, localizado
na regio prxima extremidade 5 (capacete). Isso ocorre porque a
maquinaria responsvel pela traduo percorre a fita de RNAm
a partir da extremidade capacete (5) em direo extremidade 3, em
busca do cdon de iniciao da traduo. Entretanto, certas classes
de RNAm contm regies codificadoras de pequenos peptdeos, antes da
regio que codifica para o polipeptdeo principal. Em vrios casos, tem
sido estabelecido que tais regies afetam a expresso gnica no mbito
traducional, prejudicando a traduo do polipeptdeo principal.
CEDERJ 21
Biologia Molecular | Regulao da expresso gnica em eucariotos I
AULA
que podem regular a expresso de um gene. Entretanto, importante
ressaltar que nem todos os mecanismos so utilizados pela clula para
controlar a expresso de um dado gene. Em outras palavras, cada um
dos milhares de genes de um organismo pode ser regulado de uma
maneira distinta. Embora a grande maioria dos genes sofra regulao
transcricional, nem todos so regulados ps-transcricionalmente ou
ps-traducionalmente. Similarmente, a opo de qual dos mecanismos
de regulao ser ativado tambm especfica para cada gene. Por
exemplo, apenas alguns genes sofrem regulao por emenda alternativa
de xons, enquanto outros podem ser regulados quanto estabilidade
do RNAm, ou quanto ao endereamento do protena etc.
RESUMO
EXERCCIOS
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Biologia Molecular | Regulao da expresso gnica em eucariotos I
AUTO-AVALIAO
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AULA
Regulao da transcrio
em eucariotos
objetivos
Pr-requisitos
Regulao da expresso gnica em eucariotos, Aula 24.
"Fluxo da informao gnica transcrio" e "Processamento do RNA",
apresentados nas Aulas 20, 21 e 22.
Controle da expresso gnica em procariotos, Aula 23.
Estrutura dos cromossomos de eucariotos, Aula 8.
Biologia Molecular | Regulao da transcrio em eucariotos
INTRODUO Na Aula 24, voc teve a oportunidade de estudar os mecanismos que regulam a
expresso gnica em eucariotos. Naquela aula, foram abordadas as diversas etapas
da expresso gnica de eucariotos passves de regulao. Dentre tais etapas, a
principal forma de regulao o controle da transcrio, que pode ser realizado
atravs de dois mecanismos distintos: remodelamento da cromatina e ligao
de protenas reguladoras.
Nesta aula, teremos a oportunidade de abordar, com maior detalhamento, os
processos que regulam a transcrio em eucariotos, estudando os mecanismos
que controlam a disponibilizao de regies genmicas para a transcrio
(remodelamento da cromatina) e as protenas que regulam a ativao de cada
gene (protenas reguladoras).
30nm
10nm
Figura 25.1: Esquema ilustrativo
de uma regio da cromatina,
apresentado os nucleossomos
dispostos seqencialmente ao Centro do nucleossomo
longo da molcula de DNA, composto por 8 prote-
gerando uma estrutura em DNA
nas histonas
forma de colar de contas.
Nucleossomo
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MDULO 3
2 molculas de cada protena
25
Histona: H2A, H2B, H3 e H4
AULA
DNA
11nm
1400nm
CEDERJ 27
Biologia Molecular | Regulao da transcrio em eucariotos
Metilao do DNA
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MDULO 3
25
ao longo do genoma controlada pela ao coordenada de metilases
(DNA metiltransferases) (responsveis pela adio dos radicais metil)
AULA
e as desmetilases (responsveis pela remoo dos mesmos). O processo
de metilao ocorre imediatamente aps a sntese do DNA e atinge
considervel parcela das citosinas do genoma. Estima-se que entre 5 e
7% de todas as citosinas de eucariotos sejam metiladas.
Voc j estudou, na Aula 24, que determinadas regies do genoma
apresentam diferentes nveis de metilao do DNA, em funo do tecido
ou fase do desenvolvimento em que se encontram. Tais diferenas
decorrem da ao de desmetilases tecido-especficas sobre o genoma
que, no incio do desenvolvimento embrionrio, encontra-se altamente
metilado. A ao diferencial de desmetilases tecido-especficas ao longo
do desenvolvimento do organismo, portanto, determina os nveis de
metilao presentes nas clulas do organismo adulto.
CEDERJ 29
Biologia Molecular | Regulao da transcrio em eucariotos
cauda H4 cauda
cauda H2B cauda
H2A
H3
cauda
H2A
cauda cauda
H2B H4
cauda H3
Figura 25.4: Esquema ilustrando a presena de caudas amino-terminais das pro-
tenas histonas que se projetam para fora dos nuclessomos.
Interao entre
nucleossomos
adjacentes
Lisina Serina
Fosforilao
Metilao
Acetilao
30 C E D E R J
MDULO 3
25
Dentre os processos de modificao de histonas, os mecanismos
de acetilao e desacetilao so os mais bem caracterizados. A adio
AULA
ou retirada de radicais acetil em aminocidos lisina conservados na
cauda de protenas histonas tem sido amplamente correlacionada com a
atividade transcricional. Histonas acetiladas so comumente associadas
cromatina transcricionalmente ativa, e histonas desacetiladas cromatina
inativa para a transcrio. Os processos de acetilao e desacetilao
so desempenhados por enzimas denominadas acetiltransferases e
desacetilases, respectivamente.
Acredita-se que a neutralizao da carga bsica da cauda das histonas,
promovida pela acetilao, resulte em trs alteraes funcionais: a) reduo
da afinidade da histona pelo DNA; b) alterao nas interaes entre histonas
de nucleossomos adjacentes c) alterao nas interaes entre as histonas e
protenas reguladoras. Segundo tal hiptese, acredita-se que tais alteraes
confiram cromatina um ambiente permissivo para a transcrio.
importante ressaltar que, alm de seu papel na regulao
transcricional, a acetilao de histonas tambm est envolvida nos
processos de replicao, montagem dos nucleossomos, empacotamento
dos cromossomos e a interao entre os nucleossomos e protenas
no histnicas.
Em contraste ao considervel volume de informaes disponveis
acerca dos processos de acetilao e desacetilao, os conhecimentos
sobre os mecanismos e enzimas envolvidos com as demais modificaes
nas histonas so relativamente escassos. Importantes progressos,
entretanto, tm sido obtidos na tentativa de entender o papel dos
mecanismos de fosforilao de histonas em processos como a
transcrio, reparo do DNA e condensao dos cromossomos. Por
exemplo, a fosforilao do aminocido serina 10 da histona H3
tem demonstrado correlao com a ativao gnica em clulas de
mamferos. Embora os mecanismos atravs dos quais a fosforilao
das histonas contribui com a ativao transcricional no estejam bem
elucidados, a adio de grupos fosfatos, negativamente carregados
s caudas das histonas neutralizam sua carga bsica e, portanto,
acredita-se que reduzam sua afinidade pelo DNA. Adicionalmente,
tem sido demonstrado que a fosforilao de aminocidos promove o
incremento da atividade de processos de acetilao subseqentes.
CEDERJ 31
Biologia Molecular | Regulao da transcrio em eucariotos
32 C E D E R J
MDULO 3
25
Uma dada regio promotora pode conter vrios intensificadores
distintos. Portanto, vrias protenas reguladoras diferentes podem
AULA
controlar a expresso de um gene. A Figura 25.7 ilustra um exemplo da
regio reguladora de um gene X. Nela, podemos destacar as regies do
DNA que afetam a expresso do gene (seqncias consenso TATA e as
seqncias intensificadoras) e as protenas que se associam a tais regies:
complexo da transcrio (Fatores de transcrio+ RNA polimerase II) e
as protenas reguladoras que se ligam aos intensificadores.
TATA
Intensificadores
Transcrito
Intensificadores
Protenas
reguladoras
especficas
Complexo de iniciao
TATA
CEDERJ 33
Biologia Molecular | Regulao da transcrio em eucariotos
Domnio TATA
de ligao
ao DNA
34 C E D E R J
MDULO 3
25
transcricional. Em outros casos, a represso da transcrio pode ser
realizada de forma passiva, quando a ligao do repressor ao seu stio no
AULA
DNA prejudica, ou bloqueia, o acesso de protenas ativadoras, conforme
ilustrado na Figura 25.10.b.
Complexo de
Domnio de transcrio
represso
Domnio de
ligao ao
DNA
TATA
Protena ativadora
Protena repressora
TATA
CEDERJ 35
Biologia Molecular | Regulao da transcrio em eucariotos
36 C E D E R J
MDULO 3
25
Dados de CRISTALOGRAFIA DE RAIOS X, obtidos da interao entre uma
CRISTALOGRAFIA
protena contendo trs dedos de zinco e o seu stio no DNA, sugeriram de raios X uma
AULA
das abordagens
a estrutura ilustrada esquematicamente na Figura 25.12.
utilizadas para o
estudo estruturais
em molculas. Para
COOH tanto, o material
Dedo 3 em estudo necessita
5'
ser previamente
3'
cristalizado para, em
seguida, ter o arranjo
tridimensional de seus
Dedo 2 tomos determinado
via difrao de raios X,
emitidos atravs
do cristal.
Dedo 1
3'
NH2
5'
CEDERJ 37
Biologia Molecular | Regulao da transcrio em eucariotos
Zper de leucinas
Domnio Domnio
Bsico Bsico
Domnio de
ligao ao DNA
NH2
Hlice de
reconhecimento
COOH
38 C E D E R J
MDULO 3
25
Protenas reguladoras e conformao da cromatina
AULA
Embora tenhamos abordado separadamente os processos de
regulao da transcrio por remodelamento da cromatina e o realizado
atravs de protenas reguladoras, importante destacar que ambos os
processos ocorrem simultaneamente. Muitas vezes a ativao de um
dado gene necessita da atuao acoplada de protenas reguladoras e dos
processos que promovem o remodelamento da cromatina.
Determinadas protenas reguladoras promovem a desorganizao
dos nucleossomos ou afetam seu posicionamento no DNA. Em outros
casos, protenas reguladoras promovem o acesso de enzimas modificadoras
como transacetilases, desmetilases etc., que alteram covalentemente a
estrutura das histonas e, conseqentemente, as estrutura da cromatina.
Portanto, a regulao da expresso gnica ocorre de maneira coordenada,
utilizando diferentes componentes de mecanismos especficos e de
mecanismos gerais de controle da expresso gnica.
RESUMO
CEDERJ 39
Biologia Molecular | Regulao da transcrio em eucariotos
EXERCCIOS
AUTO-AVALIAO
40 C E D E R J
26
AULA
Fluxo da informao
gentica traduo I
objetivos
Pr-requisitos
Voc acompanhar esta aula mais facilmente se no
tiver dvidas em relao s aulas sobre RNA (Aula
5) e aos conceitos de protena vistos nas aulas de
Bioqumica. Tambm sero necessrios os conceitos
bsicos de mutao (Aula 16).
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo I
42 C E D E R J
MDULO 3
26
do metabolismo. Essas doenas se caracterizam por bloqueio de uma
ESPOROS
via metablica em um ponto especfico. Repare a Figura 26.1, na qual
AULA
Clulas reprodutivas
est representada a via metablica de sntese do composto fictcio F. encontradas
especialmente em
O composto precursor A sofre a ao da enzima 1, sendo convertido fungos. Nestes, os
esporos assexuais so
em B, que pela ao da enzima 2 convertido em C, e assim por diante,
clulas somticas que
at formar F. Neste exemplo, a enzima 5, que catalisa a converso de E em se comportam como
gametas ou como
F, est ausente ou inativa, de forma que F no formado e E se acumula clulas iniciais de novos
indivduos haplides
no organismo. Sem saber de sua importncia para o desenvolvimento da
(indivduos com
Gentica Molecular, Garrod foi o primeiro a postular a existncia metade do conjunto de
cromossomos). No
da relao entre o gene e a qumica do corpo ao reconhecer que essas s em fungos como
doenas, caracterizadas por um erro metablico, eram herdadas. tambm em plantas,
existem os esporos
sexuais, que so
clulas diplides.
AUXOTRFICOS
Denomina-se
auxotrfico uma
linhagem ou um
mutante incapaz de
sintetizar uma ou mais
Figura 26.1: Bloqueio de uma via metablica fictcia. Neste exemplo, o composto A
substncias especficas.
precursor do composto F sintetizado em uma via metablica da qual participam
cinco enzimas. A ausncia ou a inativao da enzima 5 impede a formao do Para seu crescimento
composto F e determina o acmulo do composto E. necessrio meio
completo (fonte de
carbono e todos os
A primeira definio molecular de gene, entretanto, s foi proposta, fatores nutricionais) ou
em 1940, por George Beadle e Edward Tatum. Esses dois pesquisadores meio mnimo simples
(fonte de carbono e sais
observaram que mutantes selecionados do fungo Neurospora crassa inorgnicos) acrescido
de requerimento
(fungo laranja-rosado que se desenvolve normalmente em po) eram
nutricional especfico.
afetados em pontos diferentes da via biossinttica de arginina, ou seja,
Os auxotrficos diferem
eram deficientes em enzimas especficas dessa via metablica. Vamos dos prototrficos, que
entender o que eles fizeram acompanhando uma srie de experimentos so linhagens capazes
de crescer em meio
apresentados, de forma resumida, nas Figuras 26.2, 26.3 e 26.4. mnimo simples por
sintetizarem substncias
Inicialmente, aps experimentos clssicos de Gentica envolvendo especficas, a partir
exposio de ESPOROS de Neurospora crassa a raios X e diversos dos componentes deste
meio.
cruzamentos, foi feita a seleo de mutantes AUXOTRFICOS para a arginina,
ou seja, mutantes com capacidade de crescimento apenas em MEIO MNIMO MEIO MNIMO
Meio de cultura
acrescido de arginina. Acompanhe como isso foi feito na Figura 26.2. contendo compostos
O tratamento com raios X foi feito no sentido de induzir mutaes simples, fonte de
carbono e sais
(Figura 26.2.a). Nesta etapa, de se esperar que diferentes mutaes, que inorgnicos (incluindo
fonte de nitrognio),
podem bloquear uma ou vrias vias metablicas, ocorram nas diferentes a partir dos quais os
clulas. Os esporos irradiados foram, ento, cultivados em meio completo compostos necessrios
ao crescimento so
(Figura 26.2.b), permitindo, assim, o crescimento de todas as clulas, mutantes sintetizados.
CEDERJ 43
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo I
44 C E D E R J
MDULO 3
26
O experimento de Beadle e Tatum um exemplo de aplicao de
AULA
agentes mutagnicos na rea da cincia bsica. Nesse caso especfico,
a possibilidade de se utilizar raios X para a gerao de mutantes
foi fundamental, acelerando o processo de obteno de mutantes
auxotrficos que contriburam para a proposio da hiptese um
geneuma enzima.
CEDERJ 45
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo I
46 C E D E R J
MDULO 3
26
Nos anos que se seguiram, este conceito foi ainda mais ampliado, j que
algumas protenas so formadas por duas ou mais subunidades que, por
AULA
sua vez, podem ser codificadas por diversos genes. Passou-se, ento, a
aceitar a relao entre gene e polipeptdeo. Hoje em dia, sabe-se que dois
grupos de genes especificam os tRNAs e os rRNAs, o que levou maior
ampliao do conceito de gene. O conceito atualmente aceito o de que
um gene especifica a sntese de uma molcula funcional.
A grande maioria dos genes contm informao para a sntese
de protenas e voc estudou, nas aulas do Mdulo 3, que a transcrio
uma etapa fundamental para a expresso gnica. Essa primeira etapa
pode ser entendida como um mecanismo de proteo da molcula da
hereditariedade, uma vez que poderia ser desastroso exp-la inteiramente
cada vez que um polipeptdeo precisasse ser sintetizado. Como na clula,
continuamente, ocorre degradao de protenas e os aminocidos
resultantes so utilizados na sntese de novas molculas proticas, voc pode
reconhecer a importncia da transcrio como uma etapa intermediria
para a sntese de protenas. Assim, com parte do mistrio envolvendo a
sntese de protenas esclarecida, o processo, tal qual como ele , parece
bastante bvio. No toa que dizemos que a natureza sbia!
CEDERJ 47
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo I
Polmero de Polmero de
desoxirribonucleotdeos ribonucleotdeos Polmero de
(dupla-fita) (fita nica) aminocidos
Figura 26.5: DNA, RNA e protenas. Representao das estruturas das trs principais
molculas envolvidas no fluxo da informao gentica.
48 C E D E R J
MDULO 3
26
A DESCOBERTA DO CDIGO GENTICO
AULA
Todos os esforos feitos no sentido de se descobrir o cdigo gentico
tiveram incio com a busca de resposta para uma primeira pergunta: Que
tipo de combinao dos nucleotdeos poderia codificar um aminocido?
As molculas de DNA so constitudas de quatro nucleotdeos,
representados pelas bases A, C, T e G, que codificam os vinte aminocidos
que participam da sntese protica. Deve haver, ento, uma combinao
desses quatro nucleotdeos, de forma a especificar a seqncia de
aminocidos no polipeptdeo formado. Certo?
Vamos entender o que se pensava antes de se ter conhecimento
da relao entre os nucleotdeos presentes nos cidos nuclicos e os
aminocidos que compem as protenas. Leia o texto acompanhando a
Figura 26.6. A existncia de quatro bases permite quatro combinaes,
que podem ser expressas como 4n, onde
n = nmero de bases combinadas (1, 2, 3 ou 4).
A primeira combinao, 41 (quatro bases combinadas, uma
a uma), indica que cada base codifica um aminocido, havendo a
possibilidade de se codificar apenas quatro aminocidos (41 = 4).
J a segunda combinao, 42 (quatro bases combinadas, duas a duas),
explica a codificao de 16 aminocidos (42 = 16), ainda um nmero
inferior a 20. A terceira combinao, 43 (quatro bases combinadas, trs
a trs), permitiria a codificao de 64 aminocidos (43 = 64), nmero
superior ao nmero real de aminocidos incorporados durante a sntese de
protenas. Parecia, portanto, razovel que, pelo menos, trs nucleotdeos
fossem necessrios para codificar cada um dos vinte aminocidos.
mRNA
U
le
fi
Figura 26.6: Possibilidades de combinao das bases para formao do cdon. Cdons formados por combinao
de uma ou duas bases resultam em nmero insuficiente para codificar os vinte aminocidos-padro. A combinao
das quatro bases, trs a trs, parece razovel, uma vez que permite a formao de 64 cdons, nmero mais do
que suficiente para codificar os vinte aminocidos-padro.
CEDERJ 49
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo I
50 C E D E R J
MDULO 3
26
Inmeros mRNAs sintticos foram utilizados em diversos
experimentos, permitindo, assim, a identificao das composies de
AULA
bases nas trincas que codificam quase todos os aminocidos.
Uma limitao dessa estratgia era o tipo de mRNA utilizado como
molde para a sntese dos polipeptdeos. Nesta srie de experimentos,
os mRNAs foram sintetizados em reaes utilizando a enzima
polinucleotdeo fosforilase, que catalisa a formao de polmeros de
RNA a partir de ADP, CDP, GDP e UDP. Esta enzima no requer molde
e os polmeros formados apresentam uma composio de bases de acordo
com as concentraes relativas dos nucleosdeos 5-difosfatos que servem
como substratos, o que dificulta a definio da seqncia da molcula
de RNA sintetizada.
Outras estratgias foram empregadas para se desvendar todos os
mistrios do cdigo gentico. Por exemplo, os experimentos realizados
por Nirenberg e Philip Leder, em 1964, envolvendo a associao
de ribossomos, mRNAs e aminoacil-tRNAs foram de fundamental
importncia. Neste caso, foi possvel determinar que tipo de aminoacil-
tRNA se liga a cada uma das quase 50 das 64 possveis trincas. Observou-
se, tambm, que alguns cdons no so reconhecidos por nenhum dos
aminoacil-tRNAs, enquanto alguns aminoacil-tRNAs podem reconhecer
mais de um cdon.
O desenvolvimento de mtodos qumicos para a sntese de
polirribonucleotdeos, por H. Gobind Khorana, foi decisivo para a
elucidao do cdigo gentico, uma vez que permitiu a sntese de
molculas com seqncias repetidas e definidas de duas a quatro bases.
Os polipeptdeos, formados a partir destes mRNAs, apresentavam
padres definidos de um ou poucos aminocidos. Estes padres foram
analisados juntamente com todos os dados obtidos at ento e, em 1966,
foi estabelecido o significado de todos os 64 possveis cdons.
O CDIGO GENTICO
CEDERJ 51
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo I
U
) C
U
Primeira base (prxima extremidade 5'
U
C C
A
G
U
C
A
A
) G
U
C
G
A
G
* AUG tambm serve como cdon de iniciao na sntese de protena.
52 C E D E R J
MDULO 3
26
Na Figura 26.8, voc encontra uma outra forma de representao
do cdigo gentico, na qual esto listados todos os aminocidos em uma
AULA
linha e os cdons que os especificam se encontram acima deles. Esta
forma de representao mais indicada caso voc queira saber qual(is)
o(s) cdon(s) que codifica(m) um aminocido especfico. Voc ir us-la
tambm nos exerccios.
Voc deve ter percebido que o cdigo gentico apresenta algumas
peculiaridades. hora de vermos o que ele tem de diferente.
Cdon
Aminocido
Figura 26.8: Representao do cdigo gentico com nfase nos aminocidos. Nas
linhas da parte inferior da figura esto representados os smbolos de uma ou de
trs letras dos aminocidos, e acima deles encontram-se os cdons que os especifi-
cam. Esta forma mais indicada quando se quer saber que cdon(s) determina(m)
um aminocido especfico.
CEDERJ 53
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo I
54 C E D E R J
MDULO 3
26
Cdons no-sobrepostos
AULA
Cdons sobrepostos
CEDERJ 55
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo I
5' 3'
CUC AGC GUU ACC AU
Quadro de leitura 1
Leu Ser Val Thr
5' 3'
C UCA GCG UUA CCA U
Quadro de leitura 2
Ser Ala Leu Pro
5' 3'
CU CAG CGU UAC CAC
Quadro de leitura 3
Gln Arg Tyr His
Figura 26.10: Os trs possveis quadros (ou fases) de leitura para uma seqncia de
RNA. Cada um dos quadros de leitura codifica uma protena diferente.
RESUMO
56 C E D E R J
MDULO 3
26
EXERCCIOS
AULA
1. O conceito de gene teve de ser mudado medida que novos conhecimentos
foram adquiridos. Qual o conceito inicial? Que descobertas determinaram a
mudana do conceito inicial? Qual o conceito aceito atualmente?
3. Cite os aminocidos codificados pelos seguintes cdons: CGG, UAC, GGA, ACU,
UCA, GCG, UUA e AAU.
AUTO-AVALIAO
FIQUE ATENTO!
CEDERJ 57
27
AULA
Fluxo da informao
gentica traduo II
objetivos
Pr-requisitos
Esta aula ser mais facilmente assimilada se voc no
tiver dvidas em relao s aulas sobre RNA (Aula 5) e
transcrio (aulas do Mdulo 3). claro que ter
entendido a Aula 26, sobre a parte introdutria
da traduo, tambm de suma importncia.
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo II
INTRODUO Na Aula 26, foram discutidos alguns experimentos que culminaram na proposio
da relao um geneuma enzima e na descoberta do cdigo gentico. Nesta
aula, voc estudar as peculiaridades da sntese protica e as molculas que
participam desse processo. Voc estudar, ainda, uma primeira etapa, anterior
traduo propriamente dita, que envolve a ativao de aminocidos. Como
discutiremos mais adiante, a participao dos aminocidos na sntese protica
depende essencialmente desse primeiro ciclo de reaes.
Vamos comear!
60 C E D E R J
MDULO 3
27
A sntese de protenas engloba a traduo propriamente dita,
ou seja, a sntese de um polipeptdeo, e outras etapas que garantem
AULA
a funcionalidade da molcula sintetizada. A traduo ocorre em trs
estgios: iniciao, alongamento e terminao, que sero estudados na
Aula 28. As outras duas etapas, fundamentais para a sntese correta de
uma protena, so a ativao dos aminocidos, assunto desta aula, e o
processamento ps-traducional dos polipeptdeos recm-sintetizados,
um dos temas da Aula 29. Uma vez terminada a sntese, as protenas
devem, ainda, ser transportadas para os locais em que desempenharo
suas funes. Este processo conhecido por endereamento de protenas
e ser discutido na Aula 29.
Pensamos, primeiramente, em iniciar esta aula apresentando os
principais aspectos que tornam a sntese protica um processo peculiar, de
forma que eles recebessem o merecido destaque. Entretanto, entendemos
que voc assimilaria melhor cada uma dessas caractersticas ao longo
desta aula e da Aula 28. Portanto, fique atento ao texto, em particular
aos boxes, com informaes relacionadas:
complexidade do processo;
ao local onde ocorre a traduo;
molcula que serve de molde para a biossntese de protena;
direo da leitura do mRNA e da sntese do polipeptdeo;
importncia dos tRNAs como adaptadores desse processo;
velocidade da sntese de protena;
ao gasto de energia para sintetizar uma protena;
regulao da sntese protica.
CEDERJ 61
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo II
Na bactria E. coli,
i o total dos diferentes tipos de molculas de protenas
e RNAs envolvidos na sntese protica similar ao que se observa nas
clulas eucariticas. Os organismos procariticos e eucariticos contm
milhares de cpias de cada protena e tipo de RNA por clula, o que
equivale a aproximadamente 20.000 ribossomos, 100.000 fatores
proticos e enzimas e 20.000 tRNAs. Para uma bactria, as molculas
envolvidas na sntese de protena podem representar mais de 35% do
peso seco da clula.
Ribossomo
Molculas de tRNA
3'
Mistura de aminocidos
no citoplasma
aa1 aa3
62 C E D E R J
MDULO 3
27
mRNA MOLCULA CARREADORA DA INFORMAO
GENTICA
AULA
J comentamos anteriormente que o mRNA a molcula que
leva a informao gentica armazenada sob a forma de DNA para o
ribossomo, no qual ser utilizada como molde para a sntese protica.
Em clulas procariticas, que no apresentam ncleo, a transcrio
e a traduo ocorrem simultaneamente, ou seja, a traduo inicia antes
mesmo que o transcrito, a molcula de mRNA, esteja completamente
sintetizado. J em clulas eucariticas, para a grande maioria das
molculas, a transcrio acontece no ncleo, e o transcrito primrio
(pr-mRNA) processado. O mRNA formado , ento, exportado para o
citoplasma, onde se encontram os ribossomos. Confira na Figura 27.3.
a) Clula procaritica
CEDERJ 63
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo II
a)
b)
Figura 27.4: mRNAs de eucariotos e procariotos. (a) mRNA eucaritico. (b) mRNA
procaritico.
64 C E D E R J
MDULO 3
27
O mRNA de procarioto (Figura 27.4.b) contm muitas vezes
informao para a sntese de vrias protenas. Esses mRNAs no apresentam
AULA
nenhuma extremidade especfica para o reconhecimento do ribossomo. Em
contrapartida, exibem uma regio altamente conservada, chamada seqncia
de Shine-Dalgarno em homenagem ao pesquisador que a identificou, que
reconhecida pelo ribossomo, dando incio traduo.
Na Figura 27.5.a, voc pode observar as seqncias de Shine-
Dalgarno, presentes nos mRNAs de diferentes genes, que servem como
sinal de iniciao de sntese de protenas em bactria. Repare que,
apesar de diferirem entre si, todas apresentam de trs a nove resduos
de nucleotdeos, quase todos purnicos, e tm suas partes centrais
posicionadas oito a treze pares de bases acima do cdon de iniciao,
ou seja, do lado da extremidade 5. Como voc ver em detalhes na Aula
28, esta regio complementar, ou seja, pareia com uma regio rica
em pirimidina, prxima extremidade 3 do rRNA 16S, que compe
a subunidade menor do ribossomo e cuja seqncia da extremidade
3 est representada na Figura 27.5.b. Note tambm, em destaque na
Figura 27.5.a, que o primeiro AUG aps a seqncia de Shine-Dalgarno
o cdon de incio de traduo.
mRNA de diferentes genes
CEDERJ 65
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo II
tRNA E AMINOCIDOS
66 C E D E R J
MDULO 3
27
AULA
Figura 27.6: Estrutura do tRNA. (a)
Estrutura secundria destacando
as regies mais importantes. (b)
Estrutura tridimensional em forma
de L, indicando o posicionamento
do brao do aminocido e do brao
do anticdon.
D- nucleotdeo de dihidroxi-uracila.
C
e
Anticdon
(b)
Brao D
(resduo
10-25)
Brao
do anti-
cdon
3'
cdon
CEDERJ 67
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo II
Anticdon (tRNA)
Cdon (mRNA)
68 C E D E R J
MDULO 3
27
Apesar de a terceira base contribuir para a especificidade, o fato
de sua interao com o anticdon ser fraca permite a rpida dissociao
AULA
do tRNA de seu cdon durante a traduo. Provavelmente, se as trs
pontes de hidrognio formadas entre as bases do cdon e do anticdon
fossem fortes, os tRNAs se dissociariam muito lentamente, o que poderia
comprometer a velocidade do processo. Portanto, podemos concluir que
as interaes cdon/anticdon devem atender no apenas acurcia
como tambm velocidade da sntese de protena.
RIBOSSOMO
CEDERJ 69
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo II
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MDULO 3
27
Alm do stio de ligao do mRNA, os ribossomos tm trs outros
stios importantes: o stio aminoacil ou A (Aminoacyl), no qual o aminoacil-
AULA
tRNA se liga trazendo o aminocido a ser incorporado cadeia; o stio
peptidil ou P (Peptidyl), em que se encontra o peptidil-tRNA, ou seja, o
tRNA ligado cadeia polipeptdica nascente; e o stio de sada ou E (Exit),
onde o tRNA no carregado, ou livre, posiciona-se antes de ser liberado
durante a sntese. No mais do que dois desses stios contm tRNAs em
um dado momento. Na Figura 27.10, voc encontra um esquema do
ribossomo com destaque para os stios A, E e P. Na Aula 28, voltaremos
a citar esses stios quando estudarmos as etapas de traduo.
(a)
Sti
ATIVAO DE AMINOCIDO
CEDERJ 71
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo II
72 C E D E R J
MDULO 3
27
A segunda etapa produz uma ligao rica em energia entre o aminocido
e a ribose do nucleotdeo posicionado na extremidade 3 do tRNA, de forma
AULA
que, quando este aminocido adicionado cadeia polipeptdica crescente,
esta energia liberada para a formao da ligao peptdica. Confira, tambm,
na Figura 27.6.a, que a seqncia de nucleotdeos prxima a essa extremidade
altamente conservada, Pu (A ou G), C, C e A. Portanto, a reao ser sempre
com um nucleotdeo derivado da . Na Figura 27.12, voc pode observar
que duas classes de enzimas aminoacil-tRNA sintetases podem catalisar a
reao a partir do aminoacil-AMP. As enzimas pertencentes s classes I e
II catalisam a ligao do aminocido, respectivamente, ao carbono 2 e ao
carbono 3 da ribose. O produto da reao catalisada por enzimas da classe
I sofre ainda transesterificao, sendo convertido ao composto resultante da
ao de enzimas da classe II.
5'-aminoacil adenilato
(aminoacil-AMP)
Figura 27.12: Ativao de aminocido 2a etapa. Transferncia do grupo aminoacil, presente em um amino-
acil-AMP, para o tRNA especfico. Reao catalisada por aminoacil-tRNA sintetases, com formao de produtos
diferentes de acordo com a classe da enzima.
CEDERJ 73
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo II
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MDULO 3
27
Na Figura 27.14, voc encontra um outro esquema, com destaque
para a participao direta da enzima, sua ligao com os substratos e
AULA
a formao do aminoacil-tRNA. Repare que, ao final do processo, a
enzima est livre para reiniciar um novo ciclo de reaes.
Aminocido
cido
do
co
CEDERJ 75
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo II
RESUMO
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MDULO 3
27
EXERCCIOS
AULA
1. Quais as etapas envolvidas no processo de sntese de protenas?
AUTO-AVALIAO
FIQUE ATENTO!
Esperamos que, ao final desta aula, voc se sinta bastante familiarizado com
todas as molculas que sero mencionadas na Aula 28, na qual abordaremos os
mecanismos pelos quais a cadeia polipeptdica sintetizada.
CEDERJ 77
28
AULA
Fluxo da informao
gentica traduo III
objetivos
Pr-requisito
Para o bom acompanhamento desta aula
fundamental que voc tenha entendido
muito bem as Aulas 26 e 27.
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo III
INTRODUO Na Aula 26, voc estudou o cdigo gentico que correlaciona os cdons no
mRNA e os aminocidos na protena. J na Aula 27 voc teve a oportunidade
de conhecer os principais aspectos gerais da sntese protica e o processo de
ativao dos aminocidos precursores. Nesta aula, voc ver em detalhes como
ocorre a traduo propriamente dita, um processo que ocorre nos ribossomos
e conta com a participao de inmeras molculas, sendo que as principais j
foram apresentadas a voc nas aulas anteriores. Como a sntese de biomolculas
polimricas, em geral, a traduo consiste em trs estgios: iniciao, alongamento
e terminao. Estudaremos detalhadamente cada um deles.
Aps o aprendizado da sntese de cadeias polipeptdicas, discutiremos tambm
os principais processos envolvidos no controle da expresso gnica ao nvel
de traduo.
As trs etapas que constituem a traduo propriamente dita so iniciao,
alongamento e terminao. Vamos, ento, entender cada uma delas!
INICIAO
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MDULO 3
28
Aminoacil-tRNA iniciador
AULA
Em bactria, as duas classes distintas de tRNA especfico para
metionina so designadas tRNAMet e tRNAfMet. O aminocido iniciador
no terminal amino N-formil-metionina (fMet). Observe sua frmula
estrutural na Figura 28.1.
CEDERJ 81
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo III
(a)
Met + tRNAfMet Met-tRNAfMet
(b)
Met-tRNAfMet fMet-tRNAfMet
10
N-formil-THF THF
82 C E D E R J
MDULO 3
28
De forma distinta dos polipeptdeos sintetizados pelos ribos-
somos, os sintetizados nas mitocndrias e nos cloropolastos comeam
AULA
com N-formil-metionina.
3
HO
Terminal 3' do AG
rRNA 16S U
A AC
UU C C C C
U
fMet Thr Met Ile
5 mRNA
U U C A C A C AGGAA A C A G C U A U GA C C A U G AU U
3
Seqncia de
Shine-Dalgarno UAC
Anticdon do
fMet-tRNAfMet
CEDERJ 83
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo III
Fator Funo
Aumenta a taxa de dissociao das duas subunidades ribossomais,
IF-1
provavelmente contribuindo com a ligao do IF-3.
IF-2 Facilita a ligao do fMet-tRNAfMet subunidade ribossomal 30S.
Liga-se subunidade ribossomal 30S.
IF-3 Impede a associao prematura das subunidades 30S e 50S.
Aumenta a especificidade do stio P ao fMet-tRNAfMet..
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MDULO 3
28
AULA
CEDERJ 85
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo III
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MDULO 3
28
associao da subunidade maior. Entretanto, a etapa inicial de formao
do complexo de iniciao diferente em eucariotos provavelmente devido
AULA
s caractersticas do mRNA. Estudaremos essa etapa em detalhes mais
adiante. Uma outra diferena entre procariotos e eucariotos a existncia
de um nmero maior de fatores de iniciao eucariticos. Alguns desses
fatores e suas funes esto listados no Quadro 28.2.
Fator* Funo
eIF-2 Facilita a ligao do Met-tRNAiMet subunidade ribossomal 40S.
Primeiros fatores que se ligam subunidade 40S, facilitando as
eIF-2B, eIF-3
etapas subseqentes.
A atividade RNA helicase remove a estrutura secundria no mRNA,
eIF-4A permitindo a ligao da subunidade 40S. Faz parte do complexo
eIF-4F.
CEDERJ 87
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo III
e
S)
e
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MDULO 3
28
O processo se inicia com o complexo eIF-4F, formado pelas
protenas eIF-4E, eIF-4G e eIF-4A, ligando-se extremidade 5 cap do
AULA
mRNA e promovendo o desenovelamento de estruturas secundrias, uma
vez que eIF-4A exibe atividade de RNA helicase. A ligao de eIF-4B
contribui ainda mais para o desenovelamento.
Paralelamente, o fator eIF-3, necessrio para manter a subunidade
40S dissociada, promove sua ligao, atravs da regio correspondente ao
stio P, com o complexo ternrio constitudo do primeiro Met-tRNAiMet
e eIF-2 ligado ao GTP. O complexo maior formado pela associao da
subunidade 40S e eIF-2GTPMet-tRNAiMet se liga, ento, ao terminal
5 do mRNA com o auxlio de vrios fatores. Um deles, eIF-4E, tambm
chamado protena de ligao ou CBP (Cap Binding Protein) e que faz parte
do complexo e IF-4F, liga-se especificamente ao terminal 5 cap do mRNA,
mas no est representado na figura. O mRNA , ento, explorado para
localizao do primeiro AUG que sinaliza o incio da fase de leitura. Lembre
que, em eucarioto, o mRNA no tem as seqncias complementares para
se ligar ao rRNA 16S, tal qual a seqncia de Shine-Dalgarno, mas sim
o contexto de iniciao.
Em resumo, nessas duas primeiras etapas, a ligao do mRNA
subunidade menor e a explorao do primeiro cdon posiciona a
subunidade 40S do ribossomo no AUG iniciador na seqncia apropriada
de nucleotdeos flanqueadores.
Na ltima etapa, com a hidrlise de GTP a GDP e Pi pela ao de
GTPase (eIF-5), ocorre a montagem do complexo de iniciao completo,
constitudo do ribossomo 80S ligado ao Met-tRNAiMet e ao mRNA, que
se encontra pronto para dar incio etapa de alongamento de cadeia.
Os vrios fatores de iniciao adicionais no mencionados no texto
e nem representados na figura so necessrios para a etapa de explorao
do mRNA e para a montagem do ribossomo 80S.
ALONGAMENTO
CEDERJ 89
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo III
90 C E D E R J
MDULO 3
28
Chegou a hora de discutirmos o processo com a participao
dos fatores de alongamento. Discutiremos o processo que ocorre
AULA
em procarioto e comentaremos as devidas diferenas em relao
aos eucariotos. Para isso, leia o texto acompanhando as Figuras
28.6, 28.7 e 28.8, que correspondem, respectivamente, ligao
do prximo aminoacil-tRNA ao stio A, formao da ligao
peptdica e translocao.
No primeiro estgio do ciclo de alongamento, representado
na Figura 28.6, o prximo aminoacil-tRNA especificado pelo cdon
imediatamente adjacente ao cdon iniciador liga-se primeiramente ao
complexo formado por EF-Tu (EF-1, em
eucarioto) e GTP. Esse complexo ternrio
se liga ao ribossomo e, com a hidrlise
de GTP a GDP e Pi, o aminoacil-tRNA
se liga ao stio A, atravs da interao
entre cdon (mRNA) e anticdon
(tRNA), e EF-TuGDP liberado do
ribossomo 70S. O complexo EF-TuGTP
regenerado com a participao do fator
de alongamento EF-Ts. Primeiramente, o
fator EF-Ts desloca o GDP do complexo
EF-TuGDP, formando EF-TuEF-Ts.
Em seguida, uma nova molcula de
GTP desloca o fator EF-Ts, havendo a
formao de EF-TuGTP, pronto para se
ligar a um novo aminoacil-tRNA.
Aminoacil-tRNAs podem se ligar ao
stio A sem a mediao de EF-Tu, mas a uma
taxa muito baixa para suportar o crescimento
celular. Devido ao grande nmero de cpias
da protena EF-Tu em E. coli, as molculas
de aminoacil-tRNAs da clula so quase que
inteiramente seqestradas por EF-Tu. Alm
disso, fator EF-Tu no se liga nem ao fMet-
tRNAfMett formilado nem ao no-formilado,
por isso o tRNA iniciador nunca l cdons Figura 28.6: Alongamento da cadeia polipeptdica
ligao do segundo aminoacil-tRNA. A explicao
AUG ou GUG internos. do esquema se encontra no texto.
CEDERJ 91
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo III
92 C E D E R J
MDULO 3
28
At pouco tempo atrs, acreditava-se que esta reao fosse catalisada
por uma enzima componente do ribossomo, ao qual se denominou peptidil
AULA
transferase. Entretanto, existem fortes evidncias de que, de fato, a reao seja
catalisada pelo rRNA 23S, que compe a subunidade ribossomal maior. Este
seria mais um dos casos de molculas de RNA exibindo atividade cataltica.
O estgio final do alongamento, representado na Figura 28.8,
consiste na translocao, que simplesmente o movimento do ribossomo
de um cdon em direo extremidade 3 do mRNA. Isso resulta em
mudana de posio do anticdon do dipeptidil-tRNA, ainda ligado ao
segundo cdon do mRNA, do stio A para o stio P e do tRNAfMet livre do
stio P para o stio E, ocorrendo, ento, liberao do tRNAfMet livre para
o citosol. Nesse momento, o terceiro cdon do mRNA est posicionado
no stio A e o segundo cdon est localizado no stio P.
tidil-tRNA
oacil-tRNA
Direo do
movimento do
ribossomo
CEDERJ 93
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo III
TERMINAO
94 C E D E R J
MDULO 3
28
Quando um cdon de
terminao ocupa o stio A, trs fatores
AULA
de terminao procariticos, RF1,
RF2 e RF3, promovem trs eventos de liberao
ao stio A
distintos: a hidrlise da ligao do
polipeptidil-tRNA; liberao, do stio
P, do polipeptdeo livre e do ltimo
tRNA no carregado; dissociao do
ribossomo 70S em suas subunidades
30S e 50S, que podem, ento, dar incio
a uma nova sntese.
Apesar de no se conhecer a
verdadeira funo de RF3, possivelmente
esse fator est associado dissociao
do ribossomo. J os fatores RF1 e RF2
reconhecem cdons de terminao
distintos, UAG/UAA e UGA/UAA,
respectivamente. Quando um desses
fatores proticos se liga ao cdon de
terminao, a atividade de peptidil
transferase induz a transferncia do
polipeptdeo recm-sintetizado para
uma molcula de gua, em lugar
de um novo aminocido. Curiosamente,
em eucariotos, um nico fator de
terminao, denominado eRF, reconhece
os trs cdons de terminao.
REGULAO DA TRADUO E
Figura 28.10: Terminao da cadeia poli-
AO DE ANTIBITICOS peptdica. A explicao do esquema se
encontra no texto.
A sntese de milhares de protenas
diferentes em cada clula regulada
de tal forma que somente o nmero
necessrio de molculas de cada
uma delas produzido em qualquer
circunstncia metablica. Vale ressaltar
que, para manter a mistura apropriada
e a concentrao de protenas em
CEDERJ 95
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo III
96 C E D E R J
MDULO 3
28
peptidil-transferase, enquanto a eritromicina bloqueia a translocao. A
puromicina, por sua vez, apresenta estrutura similar ao tirosinil-tRNA
AULA
(Figura 28.11) e, por isso, incorpora-se na cadeia polipeptdica crescente
causando uma terminao prematura.
(a)
(b)
CEDERJ 97
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo III
RESUMO
EXERCCIOS
98 C E D E R J
MDULO 3
28
c) ( ) o mesmo metionil-tRNA usado nas etapas de iniciao e de alongamento
de cadeia.
AULA
d) ( ) um complexo constitudo de mRNA, subunidade ribossomal 60S e certos
fatores de iniciao formado.
a) mRNA
b) Ribossomos
c) GTP
e) fMet-tRNAiMet
AUTO-AVALIAO
CEDERJ 99
Biologia Molecular | Fluxo da informao gentica traduo III
FIQUE ATENTO!
100 C E D E R J
Processamento
29
AULA
e endereamento
de protenas
objetivos
Pr-requisitos
Esta aula ser mais facilmente assimilada
se voc no tiver dvidas em relao s Aulas 26,
27 e 28. Provavelmente voc tambm ter
de rever alguns conceitos de Biologia Celular.
Biologia Molecular | Processamento e endereamento de protenas
INTRODUO Para obter sua forma biologicamente ativa, o polipeptdeo deve se dobrar em sua
conformao tridimensional prpria, o que chamado enovelamento. O novo
polipeptdeo pode sofrer ainda processamento enzimtico. Um fato interessante
que muitas vezes esta etapa se inicia durante a sntese do polipeptdeo e s
termina durante o transporte da protena para o seu local de ao. Alm disso,
esse processamento ocorre de acordo com o destino final dessas protenas,
que pode ser o interior ou o exterior da clula, no qual elas desempenharo
suas funes. Por isso, muitas vezes, ao falarmos do processamento de uma
protena, j estaremos abordando o seu endereamento. Se estivermos tratando
de endereamento, por vezes teremos de comentar as modificaes que um
polipeptdeo sofre durante o caminho para o seu destino final na clula.
Vamos entender como tudo isso ocorre!
102 C E D E R J
MDULO 4
29
extracelular para onde ela ser endereada. Essas alteraes podem
resultar, portanto, no apenas em converso na forma funcional da
AULA
protena, mas como tambm em seu direcionamento ao compartimento
celular, no qual a protena desempenhar sua funo, em sua secreo
da clula, ou em mudanas na atividade ou na estabilidade protica.
C E D E R J 103
Biologia Molecular | Processamento e endereamento de protenas
Clivagem proteoltica
104 C E D E R J
MDULO 4
29
AULA
formil
(b)
Figura 29.1: Retirada do grupamento formil (a) e da N-formil metionina (b) dos
polipeptdeos recm-sintetizados em bactrias. Apenas a poro inicial do polipep-
tdeo est representada. R2 e R3 representam, respectivamente, as cadeias laterais
do segundo e do terceiro aminocidos incorporados na cadeia polipeptdica. J aa1,
aa2 e aa3 representam os aminocidos 1, 2 e 3, respectivamente.
C E D E R J 105
Biologia Molecular | Processamento e endereamento de protenas
Ca
insulina, que apresenta 51 resduos
em dois peptdeos ligados por duas
pontes dissulfeto.
ada
olcula
106 C E D E R J
MDULO 4
29
Modificao covalente
AULA
As protenas esto sujeitas a modificaes qumicas dos
grupamentos funcionais das cadeias laterais e dos grupamentos amino
e carboxi-terminais. Mais de 150 tipos de modificaes de cadeia lateral
envolvendo todos os resduos de aminocidos, exceto alanina (Ala),
glicina (Gly), isoleucina (Ile), leucina (Leu), metionina (Met) e valina
(Val), so conhecidos, incluindo reaes de ACETILAO, GLICOSILAO, ACETILAO,
GLICOSILAO,
HIDROXILAO, METILAO, NUCLEOTIDILAO e FOSFORILAO.
HIDROXILAO,
Algumas dessas modificaes esto associadas a mecanismos de METILAO,
NUCLEOTIDILAO
controle da atividade. Como, por exemplo, a fosforilao de inmeras
E FOSFORILAO
protenas envolvidas no controle do ciclo celular. Outras modificaes nas
Reaes que
cadeias laterais favorecem a ligao covalente de co-fatores a enzimas, envolvem a adio de
grupamentos acetil,
possivelmente para aumentar sua eficincia cataltica. glicosil (derivado
A glicosilao uma modificao visvel de protenas que passam de glicdios),
hidroxila, metil,
atravs do complexo de Golgi. Muitas das protenas de superfcie nucleotidil (derivado
de nucleotdeos)
celular e de excreo produzidas nesse local so glicosiladas. Devido e fosfato,
respectivamente.
diversidade de reaes de glicosilao que ocorrem no complexo de
Golgi e ao fato de essa organela ser o local principal do transporte
de protena, parece provvel que os teores de carboidratos ligados a
protenas sejam responsveis por direcion-las aos seus destinos finais.
A ligao de carboidratos complexos, que ocorrem em uma variedade
quase infinita, altera as propriedades estruturais das protenas e forma
marcadores de reconhecimento em vrios tipos de interaes clula-
clula e de direcionamento. Saiba ainda que as protenas glicosiladas ou
glicoprotenas, como so comumente chamadas, freqentemente esto
ligadas aos seus oligossacardeos atravs de resduos de asparagina.
Alm disso, a glicosilao de grande importncia para a formao da
protena funcional, o que corroborado pelo fato de vrios antibiticos
interferirem em uma ou mais etapas deste processo.
ENDEREAMENTO DE PROTENAS
C E D E R J 107
Biologia Molecular | Processamento e endereamento de protenas
SEQNCIAS SINALIZADORAS
Stio de
clivagem
Pr-pr-insulina
humana Met Ala Leu Trp Met Arg Leu Leu Pro Leu Leu Ala Leu Leu Ala Leu Trp Gly Pro Asp Pro Ala Ala Ala Phe Val --
Hormnio de
crescimento
bovino Met Met Ala Ala Gly Pro Arg Thr Ser Leu Leu Leu Ala Phe Ala Leu Leu Cys Leu Pro Trp Thr Gln Val Val Gly Ala Phe --
108 C E D E R J
MDULO 4
29
As regras de identificao de seqncias sinais pelos compartimentos
celulares individuais no so conhecidas. O que se sabe que a natureza
AULA
do reconhecimento altamente conservada entre as espcies, uma vez que
as seqncias sinais geralmente direcionam protenas ao compartimento
apropriado, mesmo em espcies diferentes. A especificidade do sinal
tambm independente da protena a ser transportada, j que protenas
citoplasmticas, por exemplo, podem ser direcionadas a locais na
membrana pela adio de seqncias sinais especficas.
C E D E R J 109
Biologia Molecular | Processamento e endereamento de protenas
Seqncia
sinal Ribossomo 5' cap
GUA
110 C E D E R J
MDULO 4
29
membrana se inicia (etapa 6). A etapa de ancoramento envolve o consumo
de GTP, sendo que a hidrlise dessa molcula provavelmente essencial
AULA
liberao subseqente do SRP. Esse processo de translocao promove a
formao do peptdeo no lmen do retculo endoplasmtico. Logo aps a
passagem do peptdeo sinal pela membrana ou aps o trmino da sntese
da protena, a seqncia sinal clivada do polipeptdeo recm-sintetizado
pela ao de uma peptidase sinal ligada membrana (etapa 7), o ribossomo
se dissocia do retculo endoplasmtico (etapa 8) e, no lmen, as protenas
recm-sintetizadas so modificadas de diferentes maneiras.
C E D E R J 111
Biologia Molecular | Processamento e endereamento de protenas
DNA
Transcrio
Pr-mRNA
Processamento
mRNA
Traduo
Protena
Processamento
Montagem/modificaes
ps-traducionais
Endereamento
Funo biolgica
Degradao
RESUMO
112 C E D E R J
MDULO 4
29
EXERCCIOS
AULA
1. Sabemos que a sntese das protenas bacterianas se inicia com o resduo de
aminocido N-formil metionina. Ser que todas as protenas funcionais apresentam
como resduo amino terminal a metionina? Escreva um pequeno texto comentando
essa afirmativa com suas palavras.
4. Como voc explica a existncia dos resduos hidrofbicos nas seqncias sinais?
AUTO-AVALIAO
FIQUE ATENTO!
C E D E R J 113
30
AULA
Complexidade
dos genomas I
objetivos
Pr-requisitos
DNA aspectos funcionais e estruturais, Aula 4.
Estrutura dos cromossomos de vrus e procariotos, Aula 6.
Estrutura dos cromossomos de eucariotos, Aula 8.
Fluxo da informao gnica transcrio e processamento do RNA, Aulas 20, 21 e 22.
Biologia Molecular | Complexidade dos genomas I
DEFININDO GENOMA
116 C E D E R J
MDULO 4
30
denominada haplide (n). Quanto duas ou mais cpias esto
presentes, pode tratar-se de uma espcie diplide (2n) (duas cpias de
AULA
cada cromossomo), triplide (3n) (trs cpias de cada cromossomo),
tetraplide (4n) (quatro cpias de cada cromossomo), e assim
sucessivamente. As clulas somticas da espcie humana, por exemplo,
so diplides, havendo duas cpias de cada cromossomo por clula.
Os gametas de humanos, entretanto, possuem apenas uma cpia de cada
cromossomo, representando clulas haplides (n).
No decorrer desta aula, o termo genoma ser utilizado para definir
apenas um conjunto de cromossomos. Em outras palavras, estaremos sempre
nos reportando ao genoma haplide (uma cpia de cada cromossomo). Por
exemplo, no caso da espcie humana, o genoma haplide corresponde ao
conjunto de 24 cromossomos (22 cromossomos autossmicos + X + Y).
C E D E R J 117
Biologia Molecular | Complexidade dos genomas I
118 C E D E R J
MDULO 4
30
As observaes anteriores geram alguns questionamentos:
1- Que motivos justificariam o fato de uma ameba possuir um
AULA
genoma 200 vezes maior que o genoma humano?
2- Dentro de um mesmo filo, como uma espcie de anfbio poderia
ter o genoma 100 vezes maior que o de outro anfbio?
Antes de comearmos a discutir as questes anteriores, precisamos
estabelecer certos conceitos gerais. Devemos considerar o fato de que
determinados organismos so mais complexos que outros. Por exemplo,
um organismo mamfero morfolgica e funcionalmente mais complexo
que um fungo. Portanto, ele dever possuir um maior nmero de genes em
seu genoma, capazes de coordenar tais caractersticas. Assim, podemos
estabelecer que um organismo que possua um maior nmero de genes
distintos em seu genoma, ter um genoma mais complexo. Portanto,
a complexidade do genoma est relacionada com a quantidade de
genes diferentes presentes, enquanto o tamanho do genoma se refere
ao contedo de DNA, em pares de bases (Valor-C). Voc pode concluir,
ento, que uma determinada espcie de pssaros possui um genoma mais
complexo (nmero de genes distintos) que o de uma espcie de molusco,
embora os tamanhos de seus genomas possam ser similares.
C E D E R J 119
Biologia Molecular | Complexidade dos genomas I
120 C E D E R J
MDULO 4
30
A proporo de molculas desnaturadas
(fita simples) e renaturadas (fita dupla) dentro de
AULA
uma soluo pode ser monitorada, pois, quando
expostas a um feixe de luz ultravioleta, molculas
desnaturadas apresentam nveis de absoro da
luz diferentes dos observados para molculas
renaturadas. Assim, aps a desnaturao trmica
de uma amostra de DNA, possvel monitorar
a velocidade de reassociao (renaturao) das
molculas. Tal ensaio denominado cintica de
reassociao.
Devemos considerar o fato de que,
depois de dissociadas, duas fitas de DNA
complementares tero de se reencontrar
para que a reassociao ocorra. Se todos os
fragmentos de DNA utilizados forem diferentes,
a probabilidade de reassociao ser a mesma
para todos eles. Imagine, porm, se dentro da
amostra houvesse vrias cpias de um mesmo
fragmento. Durante a fase de reassociao, a
probabilidade de cada fita de DNA encontrar
uma fita complementar seria muito maior, pois
haveria vrias cpias delas. Conseqentemente,
a formao de molculas renaturadas seria
muito mais rpida.
Figura 30.1: Processo de
Dentro de um genoma pode haver regies repetidas, ou seja, vrias desnaturao trmica
de fragmentos de DNA,
cpias de uma dada seqncia podem ser encontradas. Nesses casos,
seguida de renaturao.
ao realizarmos um ensaio de cintica de reassociao, tais regies
tendero a se reassociar muito mais rapidamente que as demais.
Agora que j discutimos os trabalhos de cintica de reassociao,
podemos retomar a discusso acerca da complexidade dos genomas.
Lembre-se de que, anteriormente, uma de nossas dvidas acerca
das diferenas entre os tamanhos dos genomas seria a presena de
repeties de seqncias.
C E D E R J 121
Biologia Molecular | Complexidade dos genomas I
100
75
Componente
p
lento
50
Componente
p
intermedirio
o
25
Componente
p
rpido
p
122 C E D E R J
MDULO 4
30
A GRANDE MAIORIA DOS GENES EST PRESENTE NO DNA
NO-REPETITIVO
AULA
A anlise detalhada das diferentes fraes de DNA tem revelado
que a maioria dos genes ocorre na frao de DNA no-repetitivo. Em
outras palavras, a maioria dos genes de eucariotos ocorre apenas uma
vez no genoma haplide. Alguns genes so repetidos, porm em pequeno
nmero de cpias. Raros genes possuem dezenas de cpias ao longo do
genoma. Enfim, a concluso geral destas anlises que a maioria dos
genes compe o DNA no-repetitivo que, portanto, a frao do genoma
responsvel pela complexidade funcional do organismo.
C E D E R J 123
Biologia Molecular | Complexidade dos genomas I
124 C E D E R J
MDULO 4
30
Tabela 30.1: O nmero de genes no est correlacionado com o tamanho
do genoma.
AULA
Espcies Tamanho do genoma Nmero de
genes
Humano 3,3 bilhes de pares de bases 35.000
C E D E R J 125
Biologia Molecular | Complexidade dos genomas I
126 C E D E R J
MDULO 4
30
Em procariotos, por sua vez, no se verificam ntrons nos genes. Deter-
minados genes de mamferos chegam a possuir mais de 60 ntrons. Como
AULA
conseqncia, a extenso de tais genes sempre grande. Voc no deve se
esquecer de que, aps a transcrio, tais ntrons so retirados do transcrito
durante o processamento e, portanto, no estaro representados nas
protenas codificadas.
A partir do exposto anteriormente, voc pode concluir que uma
poro considervel do DNA no-repetitivo do genoma de eucariotos
superiores composta pelos ntrons.
GENOMAS DE ORGANELAS
C E D E R J 127
Biologia Molecular | Complexidade dos genomas I
128 C E D E R J
MDULO 4
30
DNA mitocondrial
(a)
AULA
de
pias
do material gentico. (b) Representao
esquemtica do genoma mitocondrial de
Indica a direo do gene mamferos.
CO Citocromo Oxidase
ND NADH desidrogenase
C E D E R J 129
Biologia Molecular | Complexidade dos genomas I
RESUMO
EXERCCIOS
1. Por que a palavra genoma no pode ser definida como o conjunto de genes
que caracteriza uma espcie?
130 C E D E R J
MDULO 4
30
5. Qual a diferena entre os genomas de eucariotos superiores, eucariotos inferiores
e procariotos quanto presena de DNA repetitivo?
AULA
6. Todo o DNA no-repetitivo composto por genes?
AUTO-AVALIAO
C E D E R J 131
31
AULA
Complexidade
dos genomas II
objetivos
Pr-requisitos
Estrutura dos cromossomos de vrus e procariotos (Aula 6 Mdulo 1).
Regulao da expresso gnica (Aula 24).
Elementos de transposio em eucariotos (Aula 19).
Complexidade dos genomas (Aula 30).
Biologia Molecular | Complexidade dos genomas II
INTRODUO Na Aula 30, voc teve a oportunidade de estudar os aspectos gerais que
caracterizam a organizao geral dos genomas e sua complexidade. Nela, foram
abordados os conceitos relativos ao tamanho dos genomas (contedo de DNA)
e complexidade dos mesmos. Vimos tambm que os genomas das diferentes
espcies podem diferir amplamente quanto presena de DNA repetitivo.
Ao final, discutimos as caractersticas dos materiais genticos presentes em
mitocndrias e cloroplastos.
Apesar do grande volume de pesquisas relativas caracterizao dos
genomas, realizadas previamente, um forte impulso dos conhecimentos foi
gerado a partir do seqenciamento do genoma humano, anunciado em 2000.
A disponibilidade de informaes acerca dos 3,3 bilhes de nucleotdeos que
compem o genoma humano tem permitido a elucidao de diversas perguntas
relativas organizao do genoma, nmero e tamanho dos genes, proporo
de DNA repetitivo, dentre muitas outras.
Nesta Aula, nos dedicaremos ao estudo mais detalhado da complexidade dos
genomas, com nfase em eucariotos, tomando como base as informaes
geradas pelo seqenciamento do genoma humano.
A ORIGEM DA COMPLEXIDADE
134 C E D E R J
MDULO 4
31
embora ambos sejam primatas, o primeiro possui poucos centmetros de
tamanho, enquanto um chimpanz pode chegar a pesar 90 kg e medir
AULA
1,3 metro. A anlise preliminar de seus genomas, entretanto, no revela
diferenas considerveis quanto ao nmero de genes. Assim, uma outra
perspectiva deve ser considerada para explicar tal fato.
C E D E R J 135
Biologia Molecular | Complexidade dos genomas II
136 C E D E R J
MDULO 4
xons 5 codifica para o sinal de
31
endereamento para secreo
AULA
xons
1 2 3 4 5 6 7
Conforme abordado na
Aula 30, as espcies de eucariotos otransposon
superiores diferem amplamente
quanto ao contedo de DNA
repetitivo. A presena de tal
DNA a principal responsvel
pelas diferenas observadas no
contedo de DNA do genoma de
o reversa
espcies de eucariotos superiores.
Uma considervel parcela do
DNA
DNA repetitivo das espcies
representada pelos elementos
de transposio. Na Figura
Figura 31.3: Aumento
31.3, voc pode observar uma no tamanho do genoma,
promovido pela ativa-
ilustrao de como a ativao o de um elemento
de transposio. Neste
de um elemento de transposio exemplo, trata-se de um
(do tipo retrotransposon) pode retrotransposon, cujas
cpias se inserem alea-
resultar no aumento do tamanho toriamente no genoma,
promovendo aumento
do genoma. no seu tamanho.
C E D E R J 137
Biologia Molecular | Complexidade dos genomas II
AULA
genes, enquanto outros apresentam poucos genes separados por uma
grande quantidade de DNA repetitivo.
C E D E R J 139
Biologia Molecular | Complexidade dos genomas II
140 C E D E R J
MDULO 4
31
2150001
AULA
2
2200001
2250001
2300001
C E D E R J 141
Biologia Molecular | Complexidade dos genomas II
RESUMO
142 C E D E R J
MDULO 4
31
composto por xons. A comparao de seqncias do genoma de indivduos
AULA
distintos da espcie humana revelou que o nvel de diferenas genticas de
aproximadamente 0,1%.
O conhecimento dos genomas se encontra em fase inicial. Aps o conhecimento das
seqncias e identificao das regies codificadoras, tem incio um grande desafio,
representado pelo estudo da regulao e da funo de cada gene. Paralelamente,
tm sido desenvolvidos projetos transcritoma e proteoma para muitas espcies.
EXERCCIOS
1. Eucariotos superiores apresentam complexidade morfolgica e funcional muito
maior que a observada em procariotos. Explique a correlao entre tal diferena
e o nmero de genes presentes.
6. Por que a anlise dos dados do genoma humano revelou que no faz sentido
agrupar os indivduos da espcie humana em diferentes raas?
C E D E R J 143
Biologia Molecular | Complexidade dos genomas II
AUTO-AVALIAO
144 C E D E R J
Biologia Molecular
Gabarito
Aula 24
Comentrio: este exerccio far com que voc revise os conceitos relativos
expresso diferencial de genes e sua regulao em funo dos nveis, locais e
perodos de expresso.
Comentrio: este exerccio far com que voc revise as informaes relativas a
expresso seqencial de genes e, conseqentemente, estabelea o conceito de
cascatas de expresso gnica.
146 CEDERJ
Comentrio: este exerccio visa a que voc fixe as informaes relativas ao agrupamento
dos genes quanto ao seu padro de regulao da expresso.
Comentrio: este exerccio far com que voc observe que a regulao da expresso
gnica de eucariotos composta de vrias etapas distintas e que, em diferentes nveis,
todas elas podem ser reguladas.
Comentrio: com este exerccio voc ter a oportunidade de revisar os conceitos gerais
de regulao, de modo a observar a importncia da regulao da transcrio.
CEDERJ 147
Comentrio: Neste exerccio voc ter a oportunidade de revisar os diferentes
mecanismos que atuam sobre a molcula de RNA aps a sua sntese e, conse-
qentemente, as formas atravs das quais os mesmos podem ser regulados.
7. Aps a traduo (que tambm pode ser regulada), o polipeptdio formado precisa
ser corretamente processado para que seja endereado ao compartimento celular
apropriado e constitua uma protena biologicamente ativa. Esse processo envolve
vrios mecanismos distintos: a clivagem de regies da protena (sob a ao de proteases
especficas), o endereamento para os compartimentos e a adio de modificaes
estruturais (adio de radicais). Todas essas etapas podem ser reguladas, afetando
a produo da protena ativa e, conseqentemente, a expresso do gene que a
codifica. As protenas tambm possuem longevidade (estabilidade), perodo aps o
qual so degradadas. Mecanismos que afetam a estabilidade da protena so formas
de regulao ps-traducional da expresso gnica.
Aula 25
1. Para que um gene seja transcrito, necessrio que sua regio reguladora esteja
acessvel ao complexo da transcrio (fatores de transcrio e RNA polimerase II).
Quando uma regio do genoma se encontra altamente condensada, o acesso do
referido complexo protico inviabilizado. O remodelamento da cromatina, portanto,
capaz de definir quais regies do genoma so passveis de serem transcritas. O
remodelamento da cromatina no est relacionado apenas com os nveis mais elevados
de compactao da cromatina. A alterao dos nveis de interao entre nucleossomos
adjacentes tambm resulta em remodelamento da cromatina, influenciando a
expresso do gene.
148 CEDERJ
Existe forte correlao entre nvel de metilao de uma regio do genoma e o nvel
de atividade transcricional. De maneira geral, regies altamente metiladas so
transcricionalmente inativas.
Comentrio: este exerccio far com que voc relembre os mecanismos de modificao
das protenas histonas e correlacione tais processos com a conformao da cromatina
e a ativao da transcrio.
Comentrio: este exerccio far com que voc estabelea o conceito de que protenas
reguladoras podem ativar ou reprimir a expresso gnica.
CEDERJ 149
do complexo da transcrio (fatores de transcrio), facilitando (no caso de protenas
ativadoras) ou dificultando (no caso de protenas repressoras) o acoplamento do
complexo da DNA polimerase II.
Comentrio: este exerccio far com que voc revise o assunto relacionado aos
domnios que caracterizam as protenas reguladoras.
Aula 26
1. Aps a descoberta de sua natureza fsica, ou seja, de sua localizao, o gene foi
definido como uma regio especfica do cromossomo capaz de determinar ou afetar
uma nica caracterstica ou fentipo.
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ACU treonina (Thr ou T)
4. A Figura 26.8 a mais indicada para se saber os cdons que codificam um aminocido
especfico. Entretanto, a Figura 26.7 tambm pode ser utilizada.
metionina AUG
triptofano UGG
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Aula 27
c) V.
d) V.
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Aula 28
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2. a) F. O metionil-tRNAiMet aparece no stio P.
b) V.
c) V.
Aula 29
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3. O principal elemento de sinalizao a seqncia sinal (ou lder), tambm chamada
peptdeo sinal. Essa seqncia sinalizadora responsvel pelo direcionamento do
polipeptdeo a um local especfico na clula, sendo geralmente removida durante o
processo de transporte ou quando o polipeptdeo atinge seu destino final.
Aula 30
Comentrio: este exerccio far com que voc revise a definio do termo genoma,
considerando a existncia de muitas outras seqncias de DNA, alm dos genes,
dentre o material gentico de cada organismo.
Comentrio: para responder a esta questo, voc deve ter assimilado as diferenas
entre os dois termos conforme apresentados no incio desta aula.
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Comentrio: ao responder a esta questo, voc ter a oportunidade de revisar as
correlaes entre a complexidade funcional dos organismos e o contedo de DNA
em seus genomas, nos diferentes filos.
Comentrio: este exerccio far com que voc revise os princpios envolvidos nos
ensaios de cintica de reassociao de fragmentos de DNA, de modo a entender o
mtodo de determinao de fraes de DNA repetitivo nos diferentes genomas.
6. No. Embora a grande maioria dos genes de eucariotos esteja contida na frao de
DNA no-repetitivo, existem diversas seqncias de DNA no-repetitivo que no so
genes. Tais seqncias podem ser regies intergnicas, ou seja, seqncias de DNA
localizadas entre dois genes adjacentes. No genoma de procariotos, por exemplo,
todo o genoma composto por DNA no-repetitivo, mas apenas uma parcela dele
representada por genes.
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As demais protenas so codificadas pelo ncleo, sendo endereadas para a organela
aps serem sintetizadas.
Aula 31
Comentrio: este exerccio far com que voc revise as informaes referentes
correlao entre nmero e tamanho mdio de genes e complexidade funcional
dos organismos.
Comentrio: para responder a esta questo, voc deve revisar os conceitos relativos
expresso diferencial de genes e seu papel na morfologia dos indivduos.
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Comentrio: este exerccio far com que voc revise as informaes referentes aos
mecanismos de emenda alternativa de xons e o seu papel na gerao de protenas
distintas a partir de um mesmo gene. Em seguida, voc deve associar tais informaes
com a complexidade funcional dos organismos.
4. Dados fornecidos pela anlise do genoma humano, bem como dos genomas de
plantas, tm revelado que grande parte do DNA repetitivo de eucariotos composta
por elementos de transposio ou seqncias remanescentes destes. Na espcie
humana, por exemplo, 50% do genoma composto por tais seqncias.
Comentrio: para responder a este exerccio, voc dever revisar os conceitos relativos
a elementos de transposio, bem como a participao destes na composio dos
genomas de eucariotos.
Comentrio: este exerccio far com que voc fixe as informaes relativas s
propores entre regies codificadoras e no-codificadoras do genoma humano.
Comentrio: para desenvolver este exerccio, voc dever rever as informaes relativas
similaridade genmica entre indivduos de uma mesma espcie.
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