PENAPISAN BAKTERI RIZOSFER YANG BERPERAN DALAM

MENINGKATKAN PERTUMBUHAN TANAMAN

Oleh :
Nama : Rahma Adilah
NIM : B1A015074
Rombongan : II
Kelompok :7
Asisten : Arie Tri Pangestu Judanto

LAPORAN PRAKTIKUM BAKTERIOLOGI

KEMENTERIAN RISET, TEKNOLOGI DAN PENDIDIKAN TINGGI

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO
2017
 I. PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Rizosfer adalah tanah disekitar akar tanaman yang secara langsung

dipengaruhi oleh mikroba tanah dan eksudasi perakaran tanaman. Penyediaan nutrisi
pada tanaman sangat dipengaruhi oleh komposisi mikroba di daerah rizosfer
(Sukmadi, 2013). Rizosfer merupakan daerah yang ideal untuk pertumbuhan dan
perkembangan mikroba antagonis. Nutrisi yang disekresikan tanaman ke dalam
rizosfer banyak dipengaruhi oleh faktor lingkungan dan selanjutnya mempengaruhi
kelimpahan dan keragaman mikroba di daerah tersebut (Kuswinanti et al., 2014).
Penelitian tanah rhizosfer memiliki keragaman komunitas mikroba yang
besar, termasuk mikroorganisme yang menyebabkan aktivitas penanaman tanaman.
Plant Growth Promoting Rhizobacteria (PGPR) meningkatkan percabangan akar,
jumlah akar dan meningkatkan pertumbuhan melalui mekanisme langsung dan tidak
langsung (Dias et al., 2013). PGPR mendukung pertumbuhan tanaman secara
langsung melalui mekanisme penambatan nitrogen dari atmosfer, pelarutan mineral
pospat, produksi siderofor, dan sintesa hormon pertumbuhan seperti, IAA, asam
giberelik, sitokinin dan etilen. Sedangkan mekanisme yang tidak langsung adalah
biokontrol patogen tanaman, yaitu perusakan mikroba patogen melalui produksi
antibiotik, enzim litik, hidrogen sianida, katalase dan siderofor atau melalui
kompetisi nutrisi maupun ruang. Melalui dua mekanisme tersebut PGPR dapat
meningkatkan kesehatan tanaman secara signifikan dan mendukung pertumbuhan
tanaman (Agustiyani, 2016).
Mikroorganisme memainkan peranan penting dalam sistem pertanian,
terutama sebagai kelompok PGPR (Plant Growth Promoting Rhizobacteria) yang
saat ini banyak dipelajari karena berpotensi meningkatkan produksi
tanaman. PGPR memiliki 3 karakter yaitu: (1) bersifat biofertilizer karena
mampu memfiksasi nitrogen, (2) bersifat fitostimulator yang secara langsung
dapat merangsang pertumbuhan tanaman, dan (3) bersifat sebagai agen biokontrol
yang berfungsi untuk melindungi tanaman melalui sistem fito-patogenik organisme
(Desi et al., 2017). Plant Growth Promoting Rhizobacteria (PGPR) adalah
komponen penting dari tanah dan secara langsung atau tidak langsung
mempengaruhi kualitas tanah dan pertumbuhan tanaman untuk menjaga nutrisi
tanaman dan mengurangi dampak negatif dari pupuk kimia. Mikroba ini memediasi
proses tanah, seperti fiksasi nitrogen, mobilisasi nutrisi, mineralisasi, denitrifikasi,
dan dekomposisi. Bakteri Rhizosfer juga menghasilkan fitohormon, seperti Indole
Acetic Acid (IAA), sitokinin, dan giberelin (Susilowati et al., 2015).
Uji yang dilakukan pada praktikum kali ini yaitu:
1. Uji antagonisme aktinomisetes terhadap jamur dan bakteri patogen: Uji antagonis
adalah suatu cara untuk mengukur kemampuan bakteri atau jamur antagonis
terhadap patogen pada skala laboratorium. Tujuanya untuk mengetahui
kemampuan jamur atau bakteri dalam menekan petumbuhan dan perkembangan
patogen. Antagonistik ditandai dengan terbentuknya jarak antara isolat bakteri
dengan cendawan patogen. Kriteria keefektifan hasil uji antagonisme dilihat dari
terbentuk atau tidaknya zona hambatan, yaitu zona bening di antara patogen dan
calon agens antagonis. Adanya Hambatan senyawa antibiotik yang dihasilkan
agens antagonis menyebabkan terjadinya penekanan pada pertumbuhan patogen
(Maria, 2000).
2. Uji bakteri pelarut fosfat: Isolat bakteri diinokulasi ke media pikovskaya, lalu
diinkubasi pada suhu ruang selama 48 jam. Isolat yang mampu melarutkan fosfat
akan menghasilkan zona bening di sekitar koloni (HiMedia Laboratories, 2011)
3. Uji produksi HCN: Isolat bakteri sebanyak dikultur dengan menggunakan media
NA yang ditambahkan dengan larutan glysin. Setelah itu di bagian tutup petri
diberi kertas whatman yang sebelumnya direndam dalam larutan 2% sodium
karbonat dalam 0,5% asam pikrat. Perubahan warna kertas Whatman setelah
menjadi orange atau cokelat menunjukkan hasil positif bahwa isolat
menghasilkan HCN (Pambudi et al., 2017).
4. Uji bakteri penambat nitogen: Uji bakteri penambat nitrogen adalah uji yang
dilakukan untuk mengetahui kemampuan bakteri dalam menambat nitrogen
bebas yang berada diudara. Interpretasi positif apabila terbentuknya pelikel pada
permukaan media, hal ini menunjukkan kondisi yang baik untuk aktivitas
nitrogenase
5. Uji produksi IAA: Isolat bakteri diinokulasi ke medium TSA. Isolat yang tumbuh
pada media TSA diuji dengan cara ditetesi larutan Salkowski. Hasil positif
setelah ditetesi larutan Salkowsky ditunjukkan dengan terjadinya perubahan
warna menjadi merah muda setelah diinkubasi di tempat gelap selama 30 menit
(Sukmadewi et al., 2015).
 B. Tujuan

Tujuan dari praktikum penapisan bakteri rizosfer yang berperan dalam

meningkatkan pertumbuhan tanaman adalah untuk mengetahui cara penapisan isolat
bakteri rizosfir yang mampu menambat nitrogen bebas dari udara, melarutkan pospat
organik, memproduksi HCN dan hormon IAA yang berperan dalam meningkatkan
pertumbuhan tanaman.
 II. MATERI DAN CARA KERJA

A. Materi

Alat yang digunakan pada praktikum yaitu cawan petri, tabung reaksi, object
glass, jarum ose, lampu spiritus dan mikroskop
Bahan yang digunakan yaitu medium semi solid Nitrogen free Bromothymol
blue (NfB), medium Pikovskaya, medium Natrium Agar (NA) + glisin, medium
Natrium Agar (NA) medium Potato Dextrose Agar, medium Strach Casein Nitrate
(SCN), medium Trypticase Soy Agar (TSA), isolat bakteri Actinomycetes sp., isolat
bakteri Azospirillum, isolat bakteri E. coli, isolat bakteri S. aureus, isolat fungi
Fusarium sp., isolat fungi Sclerotium sp., reagen Salkowsky, pewarna Gram, akuades
steril 9 mL, alkohol 70%, dan spiritus.

B. Cara Kerja

Uji Antagonisme

a. Uji Antagonisme Aktinomisetes terhadap Jamur Patogen

Isolat Fusarium sp. dan Sclerotium sp. disiapkan kemudian media SCN
disiapkan. Isolat Fusarium sp. diinokulasikan pada salah satu sisi media, sedangkan
isolat Sclerotium sp. diinokulasikan pada sisi lainnya. Isolat Fusarium sp. dan
Sclerotium sp. yang telah diinokulasikan pada media SCN kemudian di inkubasi 5 x
24 jam pada suhu ruang.

b. Uji Antagonisme Aktinomisetes terhadap Bakteri Patogen

Isolat E. coli dan S. aureus disiapkan kemudian media NA disiapkan. Isolat
E. coli diinokulasikan pada salah satu sisi media, sedangkan isolat S. aureus
diinokulasikan pada sisi lainnya. Isolat E. coli dan S. aureus yang telah
diinokulasikan pada media NA kemudian diinkubasi 2 x 24 jam pada suhu 37C.

Uji Bakteri Pelarut Fosfat

Isolat Azospirillum sp. diinokulasikan dengan cara streak penuh pada media
Pikovskaya. Diinkubasi selama 2 x 24 jam dan 5 x 24 jam. Setelah inkubasi,
dilakukan pengamatan, interpretasi positif apabila terbentuk zona jernih di sekitar
koloni. Selanjutnya dilakukan perwarnaan Gram.
Uji Produksi HCN

Isolat Azospirillum sp. diinokulasikan dengan cara streak penuh pada media
NA + glycine. Kertas Whatmann diletakkan diatas media dengan ditambahkan
picric acid 0,5% dan sodium carbonate 2%. Diinkubasi selama 2x24 jam pada suhu
ruang. Interpretasi positif apabila kertas Whatmann berubah warna menjadi kuning
kecoklatan.

Uji Bakteri Penambat Nitrogen

Isolat Azospirillum sp. diinokulasikan dengan cara ditusukkan (stab

inoculation) ke medium semi solid Nitrogen free Bromothymol (NfB), kemudian
diinkubasi 2x24 jam pada suhu ruang. Setelah inkubasi, diamati adanya pelikel di
permukaan medium sebagai interpretasi positif.

Uji Produksi IAA

Isolat bakteri Azospirillum sp. diinokulasikan dengan cara streak penuh pada
medium TSA 50%. Biakkan diinkubasi selama 2x24 jam pada suhu ruang. Biakkan
kemudian ditetesi oleh reagen Salkowsky dan didiamkan selama 30 menit di ruang
gelap. Hasil positif apabila medium disekitar koloni berubah warna menjadi merah
muda.
 III. HASIL DAN PEMBAHASAN

Tabel 3.1 Data Pengamatan Rombongan II

Uji Antagonis Uji BPF

Kel Fusarium Sclerotium E.coli S. Uji Uji Uji 2x24 5x24 2x24 5x24
sp. sp. aureus HCN IAA BPN jam jam jam jam

1 + - - + + - + batang Bentuk Gram Gram

V (-) (+)

2 + - + + + - - Basil Basil Gram Gram

(-) (-)
3 + - - - + - - Basil Basil Gram Gram
(-) (+)
4 + - - + + - - Basil Basil
bengkok bengkok
5 + - - - + - - Batang Spiral Gram Gram
(-) (-)
6 + - - - + - - Batang Bulat Gram Gram
bengkok (+) (-)
7 + + + + + - - Batang Batang Gram Gram
(-) (-)

Gambar 3.1 Uji Antagonisme aktinomisetes terhadap Jamur Patogen Fusarium

sp. dan Sclerotium sp.
Pada Uji Antagonisme terhadap Jamur Patogen Fusarium sp. dan Sclerotium
sp. pada medium SCN menunjukan bahwa kedua jamur menjauhi aktinomesetes (ada
jarak diantara aktinomisetes dan jamur). Mekanisme antagonis yang dimiliki oleh
aktinomisetes ini diduga disebabkan oleh keberadaan senyawa metabolit sekunder
yang dihasilkan, baik berupa enzim hidrolitik (kitinase, selulase, pektinase dll) dan
komponen metaboit sekunder lainnya (Hartanto & Krestini, 2016).
Gambar 3.2 Uji Antagonisme aktinomisetes terhadap terhadap bakteri patogen
E. coli dan S. aureus
Pada Uji Antagonisme terhadap bakteri patogen E. coli dan S. aureus pada
medium NA menunjukan bahwa kedua jamur menjauhi aktinomesetes (ada jarak
diantara aktinomisetes dan bakteri). Diduga variasi zona hambatan yang terbentuk
dikarenakan adanya perbedaan daya antagonisme dan menghasilkan antibiotik dari
masing masing isolat Actinomycetes dalam penghambatan pertumbuhan patogen.
Actinomycetes mengeluarkan antibiotik yang peka terhadap bakteri gram negatif
(Sallytha et al., 2014).

Gambar 3.3 Uji Produksi HCN

Pada uji produksi HCN menunjukan interpretasi yang positif (kertas berwarna
menjadi coklat) yang membuktikan adanya kandungan HCN atau asam sianida.
Sianida merupakan metabolit sekunder dari beberapa mikroorganisme. HCN
berperan sebagai biokontrol dengan menghambat pertumbuhan organisme patogen.
HCN bekerja dengan cara menghambat kerja enzim yang memiliki kofaktor berupa
ion logam seperti Cu2+ seperti pada sitokrom C oksidase (Pambudi et al., 2017).
 Gambar 3.4 Uji Bakteri Penambat Nitrogen
Hasil yang diperoleh dari praktikum acara penapisan bakteri rizosfir dalam
meningkatkan pertumbuhan tanaman kali ini adalah pada isolat Azospirillum sp yang
telah diinokulasikan pada medium NfB menunjukkan tidak adanya pelikel yang
terbentuk setelah diinkubasi selama 2 x24 jam. Hal ini menunjukkan adanya aktivitas
bakteri Azospirillum sp dalam menambatkan nitrogen di dalam medium NfB
(Nitrogen free Bromothymol Blue). Bakteri penambat nitrogen (Rhizobium)
mempunyai kemampuan menambat nitrogen bebas (N2) dari udara dan merubahnya
menjadi amonia (NH3) yang akan diubah menjadi asam amino yang akan digunakan
oleh tanaman untuk tumbuh dan berkembang (Alexander, 1978). Adapun bakteri
penambat nitrogen seperti Azotobacter sp. mampu berperan sebagai biofertilizer bagi
bibit anakan tanaman mangrove (Ravikumara, 2004) adapun peran lain yakni juga
mampu menghasilkan fitohormon seperti auksin (Wua, 2005).

Gambar 3.5 Uji Produksi IAA

Hasil uji produksi IAA menunjukan interpretasi yang negatif dengan tidak
terbentuknya warna merah muda setelah ditetesi reagen Salkowski dan di inkubasi 30
menit di ruang gelap. Bakteri yang mampu menghasilkan IAA akan berwarna merah
saat ditetesi salkowski, karena adanya interaksi antara IAA dan Fe membentuk
senyawa kompleks [Fe2(OH)2(IA)4]. Warna merah muda yang semakin pekat
menunjukkan konsentrasi IAA yang dihasilkan oleh bakteri semakin tinggi. Hormon
tumbuh IAA berfungsi sebagai sinyal molekul penting dalam regulasi perkembangan
tanaman, memacu perkembangan perakaran tanaman inang, meningkatkan ketahanan
terhadap patogen dan memacu pertumbuhan tanaman (Sukmadewi et al., 2015).

Gambar 3.6 Uji bakteri pelarut fosfat

Hasil yang diperoleh menunjukkan terbentuknya zona jernih di sekeliling

koloni, memiliki sel yang berbentuk basil (batang), dan sebagian kelompok
menunjukan Gram negatif dan sebagian yang lain menunjukan hasi Gram positif. Hal
ini sesuai dengan pernyataan Kuswinanti (2014), kemampuan mikroba pelarut fosfat
dalam melarutkan fosfat yang terikat dapat diketahui dengan membiakkan biakan
murninya pada media agar 'Pikovskaya' yang berwarna putih keruh, karena
mengandung P tidak larut seperti kalsium fosfat Ca3(P04)2. Pertumbuhan mikroba
pelarut fosfat dicirikan dengan adanya zona bening di sekitar koloni mikroba yang
tumbuh.
 DAFTAR REFERENSI

Agustiyani, D. 2016. Penapisan dan Karakterisasi Rhizobakteria serta Uji

Aktivitasnya dalam Perkembangan dan Pertumbuhan Benih Jagung (Zea
mays L.). Jurnal Biologi Indonesia, 12(2): pp. 241-248.
Alexander M. 1978. Introductions to Soil Microbiology 2nd ed. New Delhi: Willey Eastern
Limited.

Desi, Y., Novia, P & Asnurita. 2017. Karakter Morfologi dan Biokimia Berbagai
Isolat Rizobakteria dari Rizosfer Jagung (Zea mays). Pros Sem Nas Masy
Biodiv Indonesia, 3(1): pp. 1-5.

Dias, A. C., Dini-Andreote, F., Hannula, S. E., Andreote, F. D., Silva, M. C. P.,
Salles, J. F., Boer., W., Veen, J & Elsas, J. D. 2013. Different Selective
Effects on Rhizosphere Bacteria Exerted by Genetically Modified Versus
Conventional Potato Lines, Journal PLOS One, 8(7): pp. 1-12.
Hartanto, S & Krestini, E. H. 2016. Pegaruh Penghambatan Aktinomisetes Terhadap
Pertumbuhan Fungi Colletotrichum acutatum Penyebab Antraknosa pada
Cabai Secara In Vitro. Prosiding Seminar Nasional II, 3(2): pp. 1160-1167.
HiMedia Laboratories. 2011. Technical Data: Pikovskayas Agar M520. Mumbai:
HiMedia Publications.
Kuswinanti, T., Baharudin & Sukmawati, S. 2014.Efektivitas Isolat Bateri dari
Rizosfer dan Bahan Organik Terhadap Ralstonia solanacearum dan
Fusarium oxysporum pada Tanaman Kentang, Jurnal Fitopatologi
Indonesia, 10(2): pp. 68-72.
Maria, P.D. 2002. Eksplorasi dan Uji Antagonisme Bakteri Rhizosfer Tanah dan
Endofit Akar untuk Pengendalian Penyakit Layu (Fusarium oxysporum)
pada Pisang (Musa paradisiaca). Jurnal fakultas Pertanian IPB, 21(1): pp.
43-50
Pambudi, A., Susanti., Priambodo, T. W. 2017. Isolasi dan Karaktersasi Bakteri
Tanah Sawah di Desa Sukawali dan Desa Belimbing, Kabupaten Tangerang.
Journal of Biology, 10(2), pp. 105-113.
Ravikumara R, K. Kathiresanb S. Thadedus Maria Ignatiammalc, M. Babu Selvama S.
Shanthya. 2004. Nitrogen-Fixing Azotobacters from Mangrove Habitat and Their
Utility as Marine Biofertilizers. J. Exp. Mar. Biol. Ecol. 312(1): pp. 517.

Sallytha, A. A. M., Addy, H. S & Mihardjo, P. A. 2014. Penghambatan

Actiomycetes Terhadap Erwina cartovora Subs. Cartovora Secara In
Vitro. Berkala Ilmiah Pertanian, 1(4): pp. 70-72.
Sukmadewi, D. K. T., Suharjono & Antonius, S. 2015. Uji Bakteri Penghasil
Hormon IAA (Indole Acetic Acid) dari Tanah Rhizosfer Cengkeh (Syzigium
aromaticum L.), Jurnal Biotropika, 3(2): pp. 91-94.
Sukmadi, R. B. 2013. Aktivitas Fitohormon Indole-3-Acetic Aid (IAA) dari
Beberapa Isolat Bakteri Rizosfer dan Endofit. Jurnal Sains dan Teknologi
Indonesia, 14(3): pp. 221-227.
Susilowati, D. N., Sudiana, I.M., Mubarik, N. R & Suwanto, A. 2015. Species and
Functional Diversity of Rhizobacteria of Rice Plant in the Coastal Soils of
Indonesia. Indonesian Journal of Agricultural Science, 16(1): pp. 39-50.
Wua, Z. H. Caob, Z. G. Lib, K.C. Cheunga, M.H. Wong. 2005. Effects of Biofertilizer
Containing N-fixer, P and K Solubilizers and AM Fungi on Maize Growth: a
Greenhouse Trial. Geoderma 125(2): pp, 155166.