You are on page 1of 16

MODUL MOE_ akrimah 2012

Save as file ligan dengan ekstensi *.mol

Buka file ekstensi mol dengan Hyperchem, klik Build, Add H and Model Build ( untuk
menbangun struktur 3 dimensi).

Jalanlan optimasi struktur dengan metode AM1 dengan gradien 0.01 kcal/Angstrom.

MOE
Sofware ini digunakan untuk mendapatkan nilai descriptor masing-masing molekul yang telah dioptimasi.
Perhitungan ini dapat dilakukan untuk banyak molekul secara bersamaan. Jenis descriptor yang dihitung
tergantung aktivitas yang hendak dikaji atau dapat dirujuk pada jurnal yang membahas topic yang sama
(pengobatan kanker, malaria dll)

1. Membuat Database
Jika belum memiliki data base, buka sampel database di folder moe (lokasi folder installasi)
File>> Open >> Dir Moe

Dir sample>> Dir mol>>trpstrain.mdb


MODUL MOE_ akrimah 2012
MODUL MOE_ akrimah 2012
Lalu di save as dengan nama file kita. File >> Save as

Untuk menghapus entri baris (entries) : klik entri (bisa lebih dari satu) hingga berwarna biru. Edit>>
Delete>>selected entries.

tetapi tidak dihapus juga tidak masalah, nanti dihapus setelah memasukkan molelkul kita.

Untuk menghapus kolom : Selected Fields>


MODUL MOE_ akrimah 2012

2. Memasukkan file molekul ke dalam database.

Buka file database :


File>> Open>> database.

Setelah database terbuka, buka file molekul ekstensi *.moe


File bisa dipilih lebih dari satu.
File >> Open >> Append to database
MODUL MOE_ akrimah 2012

3. Menghitung descriptor
Compute >> descriptor >> calculate

Pilih descriptor yang akan digunakan (klik satu satu), yaitu:

1. AM1_dipole,
2. AM1_E,
3. AM1_Eele,
4. AM1_HF,
5. AM1_HOMO,
6. AM1_LUMO,
7. glob,
8. logP(o/w),
9. mr,
10.Pol,
11. ASA_H,
12. logS,
13. vol,
MODUL MOE_ akrimah 2012

Tunggu hingga semua baris terisi.

4. Setelah perhitungan prediktor selesai, masukkan data aktivitas (IC50)

data IC50 sebelumnya dihitung nilai logaritma-nya, yaitu

Buat kolom baru : Edit >>New>>Field


MODUL MOE_ akrimah 2012

pilih New Field Type : float


MODUL MOE_ akrimah 2012

Isi nama kolom : aktivitas (IC50)

Untuk memasukkan nilai IC50 setiap molekul senyawa, klik kanan pada kolom kosong lalu pilih edit :

untuk memasukkan nilai desimal, klik kanan pada baris teratas kolom tersebut, display, multiline
MODUL MOE_ akrimah 2012
klik kanan lagi, convert to, double real atau single real

Lakukan (satu-satu) hingga semua baris terisi.

5. Menghitung model QSAR

Pilih Compute >> Model >> QSAR

Pilih Activity Field : kolom IC50 yang sudah terisi.


MODUL MOE_ akrimah 2012

Klik Fit

Klik Validate
MODUL MOE_ akrimah 2012

Lalu centang semua pada bagian cross validation >> klik OK.

Dari perhitungan ini diperoleh nilai Z-scores setiap molekul senyawa .

6. Untuk menyimpan file menjadi file Excel :


MODUL MOE_ akrimah 2012
File >> Save As

Pilih Output : SMILES (.txt)

Isi nama file dibawah Path , lalu centang Field Titles >> klik OK
MODUL MOE_ akrimah 2012

Buka file kosong EXCEL, pilih Data >> From Text.

Lalu pilih data .Txt yang telah dihasilkan sebelumnya dari MOE >> Import.
MODUL MOE_ akrimah 2012

Klik Next

Centang Comma >> Next


MODUL MOE_ akrimah 2012

Terakhir, klik Finish


MODUL MOE_ akrimah 2012
Senyawa Log IC50
karbamat
1 2.5010
2
3 1.2304
4 2.2174
5
6
7 1.6812
8 1.5440
9
10 1.9822
11 2.0718
12 2.4623
13 1.8260
14 1.2304
15 1.4471
16 1.4149
17 1.3979
18 1.2041
19 1.5910
20 1.8692
21 1.3424
22 1.1461
23 1.9542