Kemajuan mikroskop juga sangat memengaruhi pemikiran tentang biologi.

Pada awal abad ke-19,

sejumlah ahli biologi mulai menyadari pentingnya konsep sel. Kemudian, pada tahun 1838, Schleiden,
dan Schwann mulai menganjurkan gagasan (yang kini diterima secara luas) bahwa (1) satuan dasar
organisme adalah sel, dan (2) masing-masing sel memiliki karakteristik kehidupan, walaupun mereka
menentang gagasan bahwa (3) semua sel berasal dari pembagian sel lain. Akan tetapi, berkat
karya Robert Remak, dan Rudolf Virchow, pada tahun 1860-an sebagian besar ahli biologi menerima
ketiga hal tersebut yang kini disebut teori sel.[9]
Sementara itu, taksonomi, dan klasifikasi menjadi pusat perhatian sejarawan alam. Carl
Linnaeus menerbitkan taksonomi dasar pada tahun 1735 (berbagai macam variasi telah digunakan
semenjak itu), dan pada tahun 1750-an memperkenalkan nama ilmiah untuk spesies.[10] Georges-Louis
Leclerc, Comte de Buffon, menganggap spesies sebagai kategori buatan, dan menyatakan bahwa
kehidupan dapat berubah—bahkan mengusulkan kemungkinan adanya nenek moyang bersama.
Walaupun menentang teori evolusi, Buffon merupakan tokoh penting dalam sejarah pemikiran evolusi;
karyanya memengaruhi teori evolusi Lamarck, dan Darwin.[11]