FF501 Projektkatalog Forår 2018 Final

Projektkatalog
Forår 2018
Førsteårsprojekt
F3-Fag, Forskning og Fællesskab

FF501 Projektkatalog
Indholdsfortegnelse
Projekt 1: Algorithms to identify clusters of similar objects in biomedical data 1
Projekt 2: Alternative substrates: stand out from the crowd! 2
Projekt 3: Analyse og visualisering af 'next-generation sequencing' data fra musemodeller af 3
leverfibrose
Projekt 4: Analysis of the dynamic properties in networks 4
Projekt 5: Behandling af ADHD-symptomer hos børn med autismespektrumforstyrrelser 5
Projekt 6: Behandling af infantile hæmangiomer med propranolol 6
Projekt 7: Celler, proteiner og gener i udvikling af leverfibrose hos mus 7
Projekt 8: Characterization of artificially cultured 3D skin models 8
Projekt 9: Characterization of the protein components in human breast milk 9
Projekt 10: Colon cancer and gut microbiota: how the genetic makeup of the cells defines 10
response to metabolites
Projekt 11: Computer aided nanofractal formation 11
Projekt 12: Concurrency Detectives 12
Projekt 13: Data analysis for Monte Carlo simulations of the strong nuclear force 13
Projekt 14: Data Science Competition on kaggle.com 14
Projekt 15: Deep learning for DNA-sequence analysis 15
Projekt 16: Defrost- production of microbially produced anti-freezing agents 16
Projekt 17: DevOps, as Microservices DevOps 17
Projekt 18: Do humans have a diving response? 18
Projekt 19: DreamWork Studio on your desk: where physics, chemistry and biology meet 19
visualization
Projekt 20: DRUG LEGO : How drugs fit into proteins, using computer simulations 20
Projekt 21: Electroactivity; the Microbial Superpower 21
Projekt 22: EPO/erythropoietin: Proteinkemiske studier af et fascinerende glykoprotein 22
Projekt 23: Er der liv i et regnvandsbassin? 23
Projekt 24: Et liv med strøm på - på jagt efter kabelbakterier 24
Projekt 25: Feeback loops & control theory 25
Projekt 26: Finding consensus in distributed systems 26
Projekt 27: Fixed points, fractals and the Mandelbrot set 27
Projekt 28: Forebyggelse af jet lag med melatonin 28
Projekt 29: Fremtidens Li-ion batterier — syntese af nye elektrode materialer 29
Projekt 30: Functional analysis of a fish oil diet 30
Projekt 31: Funktionsbegrebet i og udenfor matematik 31
Projekt 32: Generic drugs: Are they the same than the original? 32
Projekt 33: Genindvinding af fosfat fra spildevand 33
Projekt 34: Graviditet og gabapentin 34
Projekt 35: Graviditet og methotrexat 35
Projekt 36: Grundstofbestemmelse i utensilier, pakninger og tabletter 36
Projekt 37: Hasselmusens udbredelse i Svanninge Bjerge 37
Projekt 38: How do cyanobacteria react to Ocean acidification? 38
Projekt 39: How old do I look? Using perceived age as a biomarker for biological age 39
Projekt 40: How well is your code covered? 40
Projekt 41: Hvor meget kviksølv har du i dig? 41
Projekt 42: Hvor meget ved almindelige mennesker om håndkøbsmedicin? 42
Projekt 43: Hvordan kan vi undersøge antibiotika-resistente bakterier? 43
Projekt 44: Hvordan spiser planter dyr? Brug moderne analytiske teknikker til studiet af planters 44
enzymer
Projekt 45: Iltdynamik i marine sedimenter 45
Projekt 46: Importance of protein tyrosine phosphorylation for normal and cancer cell signaling 46
Projekt 47: Is it the Higgs? LHC and the elementary particle discovery 47
Projekt 48: Kaos i naturvidenskab 48
Side ii
Projekt 49: Kemisk Syntese i Nanoreaktorer 49

Projekt 50: Klimaeffekter på plante-dyr interaktioner 50
Projekt 51: Kombinationsbehandling af resistente bakterier 51
Projekt 52: Kommutative ringe med enhed og deres polynomiumsringe 52
Projekt 53: Kvantitativ bestemmelse af Fe og Mg i vitaminpiller 53
Projekt 54: Kviksølv i fynske ferskvandstanglopper og bækørreder 54
Projekt 55: Laboratorieundervisning som middel til læring 55
Projekt 56: Life history in a Danish population of the sand goby 56
Projekt 57: Ligand-binding til G-quadrupleksen i de humane telomerer studeret med 57
computerkemi
Projekt 58: Light for the Future 58
Projekt 59: Linezolid resistens 59
Projekt 60: Logic Puzzles and Boolean Satisfiability 60
Projekt 61: Lægemidler, gifte og NMR 61
Projekt 62: Magistrelle lægemidler: Hårde kapsler 62
Projekt 63: Modelling extreme events with application to insurance 63
Projekt 64: Modulation of drug efflux transporters 64
Projekt 65: Molekylær og cellulær plasticitet af fedtvævet 65
Projekt 66: Molekylær Sygdomsgenetik — Molekylær sygdomsmekanisme og behandling 66
Projekt 67: Molekylært design af UV-filtre ved brug af beregningskemi (computational chemistry) 67
Projekt 68: Naturligt forekommende fedtsyrers effekt på Listeria's patogene evner 68
Projekt 69: Non-ionic surfactants in Pharmaceutical formulations — new aspects to old compounds 69
Projekt 70: Parental care, foraging, and reproductive success in birds 70
Projekt 71: Phase transitions and finite size scaling 71
Projekt 72: Point-of-no-return: exploring the molecular mechanisms of cell death 72
Projekt 73: Protein detective for one week 73
Projekt 74: Protein dynamics and disease 74
Projekt 75: Præcisionsmedicin; Kan global profilering af små molekyler i spyt bruges i fremtidens 75
præcisionsmedicin?
Projekt 76: Regulering af gener i leveren ved indtagelse af føde 76
Projekt 77: Ruteplanlægning for fly 77
Projekt 78: Sequence Structure Prediction in Java 78
Projekt 79: Smågnavernes populationsbiologi i Svanninge Bjerge 79
Projekt 80: Solsystemets mekanik 80
Projekt 81: Spilteori 81
Projekt 82: Streptokokken og den usynlige kappe 82
Projekt 83: Støv og bakterier i lægemidler 83
Projekt 84: Supercomputing made easy with the Skandinavian Online Kit For Nanoscale Modeling 84
Projekt 85: The dark side of the Universe 85
Projekt 86: The mathematics of search engines: Google's PageRank algorithm 86
Projekt 87: The Quantum Compass of Migratory Birds 87
Projekt 88: Thrombin-bindende aptamerer 88
Projekt 89: Tungmetaller i landbrugsjord gødet med spildevandsslam 89
Projekt 90: Udvikling af knogleceller fra humane stamceller 90
Projekt 91: Udvikling af massespektrometrisk metode til karakterisering af peptider indeholdende 91
iso-aspartyl
Projekt 92: Uendelighed 92
Projekt 93: Undersøgelse af mikrokerner og hvordan de kan forårsage chromothripsis og cancer 93
Projekt 94: Watching proteins on the move 94
Projekt 95: Webtechnologies and Visualization of Breath Data 95
Projekt 96: Zink signalering i kræft 96
Side iii
Projekt 1: Algorithms to identify clusters of similar objects in

biomedical data
Vejleder: Tobias Frisch, frisch@imada.sdu.dk
Institut: Institut for Matematik og Datalogi
Praktisk del: Programming skills recommended
Gruppeplacering: IMADA
Gruppestørrelse: Mindst 3 og maks 5 deltagere. To grupper kan arbejde med projektet.
Kommentar: Projektet er særligt velegnet til studieordning i datalogi
Henvendt til: Projektet tilbydes til alle studier, dog ikke farmaci studerende.
Nøgleord: Bioinformatics, Algorithms, Clustering
Beskrivelse
Technological advances in many scientific areas lead to an increasingly large number of data sets
and also to individual data sets of larger size. This trend is also present in the biomedical area,
where new biotechnological discoveries lead to more sensitive ways to analyze complex biological
systems such as the human cell. No scientist today can analyze these data amounts manually
anymore, which is why they are strongly assisted by software specifically designed to analyze
biomedical data in various ways. Often, such software is based on algorithms for formalized
Computer Science problems, which can be applied to but are not limited to biomedical data. One
such class of algorithms are clustering methods that belong to the field of unsupervised learning.
They assist scientists in getting an overview over their data and based on these in suggesting
reasonable (and expensive) follow-up experiments.
Assuming, that a data set is a collection of data for a set of objects, clustering approaches identify
groups (called clusterings) of similar objects (e.g. genes, proteins, patients, ...) in such a data set.
Clustering approaches are utilized in many different scientific fields, which all define the “similar” in
“groups of similar objects” slightly differently. Thus, there is no unique definition of the Clustering
Problem and many clustering tools exist that identify different clusterings for the same data set. The
same holds for the validation of the identified clusterings. Various mathematically defined indices
exist to measure how well an identified clustering separates the objects of the data sets into distinct
groups.
Tasks:
Study the meathematical models and algorithms behind Clustering

Become familiar with the available clustering software tools
Analyse ways of assigning the quality of clustering results
Apply the acquired knowledge to analyze biomedical data sets
Minikurser
Obligatorisk: Skriftlig formidling og rapportskrivning (online), Rapportskrivning med LaTeX,
Posterfremstilling
Litteratur
J Friedmann, T Hastie, R Tibshirani. The Elements of Statistical Learning, Second Edition 2009,
https://web.stanford.edu/~hastie/Papers/ESLII.pdf
M. R. Anderberg. Cluster Analysis for Applications. Academic Press, 1973.
Anil K. Jain and Richard C. Dubes. Algorithms for clustering data. Prentice-Hall, Inc., Upper Saddle
River, NJ, USA, 1988
Side 1 / 96
Projekt 2: Alternative substrates: stand out from the crowd!

Vejleder: Laura Bristow, lbristow@biology.sdu.dk
Institut: Biologisk Institut
Praktisk del: In the field and Nordcee laboratories
Gruppeplacering: Biologisk Institut
Gruppestørrelse: Mindst 3 og maks 5 deltagere. En gruppe kan arbejde med projektet.
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Nitrogen, biogeochemistry, aquatic systems
Beskrivelse
Nitrogen is essential to all life on Earth, and comes in many different forms, with tiny microorganisms
playing a key role in converting it from one form to another. Nitrification, the oxidation of ammonia
to nitrite and subsequently nitrate is a central pathway mediating the global nitrogen cycle. The first
step of nitrification (ammonia to nitrite), is carried out by microorganisms known as ammonia
oxidisers, which have been studied intensively in the past and we thought we had it all figured out.
However, new research suggests its not really that straightforward, as just like you and me some
ammonia oxidisers want to stand out from the crowd! They do this by using alternative substrates to
the traditional ammonia for both energy and growth, meaning we are potentially underestimating
nitrogen turnover in a whole range of aquatic ecosystems by overlooking these substrates.
Here we will aim to determine and compare the rates of oxidation of simple organic nitrogen
molecules to those for ammonia and thereby assess their role in nitrogen turnover, with the main
project goals:
- to choose alternative substrates to test and design experiments to determine the utilization of
these substrates in lakes and / or marine waters.
- to begin to understand the utilization of alternative substrates and how they may be impacting
nitrogen turnover in different aquatic settings
This project represents a combination of field sampling, laboratory experiments, and analysis using
numerous chemical techniques as well as mass spectrometry.
Minikurser
Obligatorisk: Skriftlig formidling og rapportskrivning (online), Naturvidenskabelig
informationskompetence, Posterfremstilling
Litteratur
Various relevant literature will be provided, once we choose which substrates to work with!
Side 2 / 96
Projekt 3: Analyse og visualisering af 'next-generation

sequencing' data fra musemodeller af leverfibrose
Vejleder: Kim Ravnskjær, ravnskjaer@bmb.sdu.dk
Mike Krogh Terkelsen, mikekrogh@bmb.sdu.dk
Institut: Institut for Biokemi og Molekylær Biologi
Praktisk del: Ravnskjaer lab
Gruppeplacering: Institut for Biokemi og Molekylær Biologi
Kommentar: Både molekylærbiologer/biomedicinere med interesse for bioinformatik og
dataloger med interesse for biologi opfordres til at søge projektet.
Nøgleord: NGS analyse, RNA sekventeringsanalyse, single cell RNA sekventeringsanalyse,
leverfibrose, transkription, genregulering
Beskrivelse
Moderne metoder til sekventering af DNA og RNA
(next-generation sequencing, NGS) har vundet stor
udbredelse de senere år til analyser af genregulering i
sundhed og sygdom. Stadig større datamængder og
sofistikerede analyser giver et unikt indblik i de ofte meget
komplicerede sygdomsmekanismer, der ligger bag vor tids
store dræbere: Hjerte/kar-sygdommene,
cancersygdommene og de øvrige fibrotiske sygdomme. Ofte
er netop analysen af de meget store datamængder fra NGS
dog en flaskehals, der forsinker vores forståelse af
samspillet mellem cellerne i kroppen, årsager til sygdomme
samt udviklingen af ny medicin.
Som gruppe udgør de fibrotiske sygdomme den hyppigste

dødsårsag på verdensplan. Fibrose forårsages af kronisk
inflammation og en ukontrolleret dannelse af arvæv i indre
organer som lever, lunger og hjerte. Leverfibrose og
levercirrose (skrumpelever) har i mange årtier været tæt
forbundet med alkoholisme, men opstår i dag oftere hos
personer, der er overvægtige, insulinresistente eller lider af type II diabetes. Leverfibrose kan
forårsage dødeligt leversvigt og leverkræft, men de molekylære ændringer, der sammenkæder
fedme og fibrose i leveren, er endnu uklare.
I dette projekt analyserer og visualiserer vi NGS data fra forsøg med mus med eksperimentelt
induceret leverfibrose. I vil blive introduceret til nye værktøjer til NGS analyse, og vil med disse
kunne identificere fælles 'fibrotiske' gener hos musemodellerne, mulige transskriptionelle aktivatorer
af disse gener, sammenholde data med offentlig tilgængelige datasæt fra patienter,
kromatinanalyser og meget andet. I kan prøve kræfter med datasæt fra både konventionel
RNA-sekventering og fra single-cell RNA sekventering, og kun fantasien sætter grænser for jeres
analyser og visualiseringer af disse. Mens projektet ikke forudsætter noget kendskab til NGS
dataanalyse, vil et kendskab til unix/ linux/bash samt fortrolighed med Microsoft Excel eller lignende
være en fordel.
Minikurser
Litteratur
Ingen litteratur opgivet.
Side 3 / 96
Projekt 4: Analysis of the dynamic properties in networks

Vejleder: Jing Qin, qin@imada.sdu.dk
Praktisk del: R programing (intro level) and linear algebra
Kommentar: Projektet er velegnet for matematiker.
Nøgleord: discrete mathematics
Beskrivelse
Networks such as the Internet, the World Wide Web, and social and biological networks permeate our
modern societies. A lot of recent study on networks takes a dynamical systems view according to
which the vertices of a graph represent discrete dynamical entities, with their own rules of behavior,
and the edges represent direct interactions between the entities. Such networks, for instance
epidemic network in which a virus is spreading, have not only topological properties but also
dynamical properties.
The aim of this project is to introduce the student to concepts and methods for the analysis of
networks and their dynamical properties.
Minikurser
Posterfremstilling
Litteratur
Konstantin Klemm, M. Angeles Serrano, Victor M. Eguiluz, and Maxi San Miguel. A measure of
individual role in collective dynamics. Scientific Reports, 2:292, 2012.
Side 4 / 96
Projekt 5: Behandling af ADHD-symptomer hos børn med

autismespektrumforstyrrelser
Vejleder: Lotte Rasmussen, lorasmussen@health.sdu.dk
Institut: Institut for Sundhedstjenesteforskning
Praktisk del: Sundhedsvidenskabelige fakultet, J.B. Winsløws Vej 19
Gruppeplacering: Sundhedsvidenskabelige fakultet, J.B. Winsløws Vej 19
Kommentar: Ingen
Henvendt til: Projektet tilbydes til kun farmaci studerende.
Nøgleord: Autismespektrumforstyrrelser, ADHD, lægemidler mod ADHD
Beskrivelse
Baggrund
Autismespektrumforstyrrelser (ASF) er en samlet betegnelse for en række lidelser inden for

autismespektret. Hovedsymptomerne er vanskeligheder med socialt samvær og kontakt med
omgivelserne. Mange børn med ASF oplever også at have andre psykiske lidelser, herunder
symptomer på ADHD, dvs. problemer med opmærksomhed, hyperaktivitet og impulsivitet. I
Danmark findes en række godkendte lægemidler til behandling af ADHD, bl.a. methylphenidat og
atomoxetin, som alle har vist god effekt på børn med ADHD uden samtidig ASF.
Case
Kasper er 7 år og diagnosticeret med autismespektrumforstyrrelse. Han udviser, som mange andre

børn med ASF, også symptomer på ADHD, og han har svært ved at fungere i skolen. Kaspers
forældre tager ham til lægen for at få hjælp til at afhjælpe Kaspers ADHD symptomer. Lægen
overvejer at starte Kasper i behandling med et ADHD-lægemiddel, men han er i tvivl om, hvilket
ADHD-lægemiddel han skal vælge og, hvorvidt det vil have effekt på Kaspers ADHD symptomer i
kontekst af, at han har samtidig ASF.
Formål
De studerende skal via en systematisk gennemgang af litteraturen undersøge evidensen for brug af
ADHD-lægemidler til behandling af ADHD symptomer hos børn med autismespektrumforstyrrelser.
Opgaven skal tage udgangspunkt i de ADHD-lægemidler, som er godkendte til behandling af ADHD
hos børn i Danmark.
Minikurser
Obligatorisk: Sundhedsvidenskabelig informationskompetence (Farmaci, Sund), Skriftlig formidling
og rapportskrivning (online), Posterfremstilling
Litteratur
Side 5 / 96
Projekt 6: Behandling af infantile hæmangiomer med propranolol

Vejleder: Rune Nørgaard Rasmussen, rnr@sdu.dk
Carsten Uhd Nielsen, cun@sdu.dk
Institut: Institut for Fysik, Kemi og Farmaci
Praktisk del: FKF
Gruppeplacering: Bibliotek
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Propranolol, lægemiddelfremstilling, infantil hæmangiom
Beskrivelse
Hæmangiomer er den hyppigst forekommende godartede tumor hos spædbørn, med en prævalens
på 4-5 %. Størstedelen af de infantile hæmangiomer er ikke behandlingskrævende, da de oftest vil
forsvinde af sig selv (regression), helt op til barnet er 5-10 år gammelt. Der igangsættes medicinsk
behandling når hæmangiomet forårsager komplikationer som fx blødninger, kompromittering af
anatomiske strukturer, kosmetiske gener eller hvis hæmangiomet har opnået en størrelse der
vanskeliggøre spontan regression. I disse tilfælde behandles spædbarnet med lægemiddelstoffet
propranolol i en dosis på 1-3 mg/kg/dag fordelt over 2 gange. Da der ikke findes en økonomisk
tilgængelig oral opløsning med tilstrækkelig holdbarhed, skal en tablet med propranolol beregnet til
voksne knuses, hvorefter tabletten opslemmes i enten kogt vand eller modermælk. Den rette dosis
opsuges derefter i en sprøjte, som administreres oralt, dvs. via munden. Lægemidler kan gives via
forskellige administrationsveje så som fx via endetarmen (rektalt), via munden (oralt) og via
lungerne (pulmonalt). Opløsning af tabletter med en dosis beregnet til voksne er besværlig, og
nøjagtigheden af den korrekte dosis til børn falder, afhængig af hvor gode forældrene er til at lave
en homogen opløsning. Det er derfor relevant at udvikle et propanolol præparat, der kan
administreres på en lettere og mere sikker måde, når behandling af infantile hæmangiomer er
indiceret.
Jeres opgave består af følgende:

· Fremstilling af en oral opløsning af propranolol, som kan bruges til behandlingen af infantile
hæmangiomer
· Fremstilling af suppositorier indeholdende propranolol, som kan bruges til behandlingen af infantile
hæmangiomer
· Diskussion og refleksion af hvilke forholdsregler der bør tages, når der udvikles medicin til
spædbørn
Minikurser
Litteratur
Side 6 / 96
Projekt 7: Celler, proteiner og gener i udvikling af leverfibrose

hos mus
Vejleder: Kim Ravnskjær, ravnskjaer@bmb.sdu.dk
Sofie Marchsteiner Bendixen, sofiemb@bmb.sdu.dk
Praktisk del: Ravnskjaer lab
Gruppeplacering: BMB
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Diabetes, leverfibrose, transkription, genregulering, forsøgsdyr
Beskrivelse
Som gruppe udgør de fibrotiske sygdomme den
hyppigste dødsårsag på verdensplan. Fibrose
forårsages af kronisk inflammation og en ukontrolleret
dannelse af arvæv i indre organer som lever, lunger og
hjerte. Leverfibrose og levercirrose ("skrumpelever")
har i mange årtier været tæt forbundne med
alkoholisme, men opstår i dag oftere hos personer, der
er overvægtige, insulinresistente eller lider af type II
diabetes. Leverfibrose kan forårsage dødeligt
leversvigt og leverkræft.
De molekylære ændringer, der sammenkæder fedme

og fibrose i leveren, er endnu uklare og undersøges
derfor i mange laboratorier verden over. Celletyper
som makrofager og leverens egne stellate celler
menes at være de primære aktører. I den fibrotiske
lever ses et abnormt antal makrofager samt en forvandling af de vitamin A-holdige stellate celler til
pro-fibrotiske myofibroblaster.
I dette projekt sammenligner vi genudtrykket i lever stellate celler fra raske mus og mus med
eksperimentelt induceret leverfibrose. Vi vil forsøge at kortlægge nogle af de ændringer, der sker i
cellerne under deres ”transdifferentiering” fra én celletype til en anden. Særligt påfaldende
ændringer i genudtrykket vil blive videre undersøgt med fluorescensmikroskopi af de respektive
proteiner. Projektet er en praktisk introduktion til undersøgelse af molekylære sygdomsmekanismer i
forsøgsdyr ved hjælp af moderne molekylær- og cellebiologiske teknikker. Under projektet er det
muligt at stifte bekendtskab med:
Isolering af stellate celler fra muselever

Formalin-fiksering af muselever
Fluorescens-aktiveret cellesortering (FACS)
Oprensning af RNA og bestemmelse af genudtryk ved hjælp af kvantitativ PCR
Undersøgelse af proteiner i muselever og isolerede celler ved brug af specifikke antistoffer og
fluorescensmikroskopi
Minikurser
Litteratur
Tsuchida and Friedman. Mechanisms of hepatic stellate cell activation. Nat Rev Gastr. and
Hep. v. 14, 397-411 (2017).
Side 7 / 96
Projekt 8: Characterization of artificially cultured 3D skin models

Vejleder: Jonathan Brewer, brewer@bmb.sdu.dk
Praktisk del: Mikroscopy Lab
Gruppeplacering: Biblioteket
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Microscopy, Bioimaging, Tissue-imaging, Coherent Raman imaging
Beskrivelse
The continuous development of the
3D skin culture models and their
validation as relevant models is of
great interest. This is both due to
the clinical applications of artificia
lskin and to the fact that animal
testing should be avoided
whenever possible, also the
availability of human or diseased
skin for research is very limited
which therefore motivates
scientists to look for alternatives to
these issues. In this projectyou will
have the chance to work with
artificially cultured skin. The
samples will be investigated and
compared to normal human skin using techniques such as immunofluorescence labeling, Confocal
laser scanning microscopy and Coherentanti-Stokes Raman scattering microscopy.
The students will gain experience in 3D skin models, advanced bioimaging and tissue imaging.
Minikurser
Litteratur
Arnette C,Koetsier JL, Hoover P, Getsios S, Green KJ. In Vitro Model of the Epidermis:Connecting
Protein Function to 3D Structure. Methods in enzymology U6.2016;569:287.2.
Kuntsche J, Herre A, Fahr A,Funari SS, Garidel P. Comparative SAXS and DSC study on stratum
corneumstructural organization in an epidermal cell culture model (ROC): impact ofcultivation time.
Eur J Pharm Sci. 2013;50(5):577-85.3.
Claxton NS, Fellers TJ,Davidson MW. Laser Scanning Confocal Microscopy. 2006. Normal 0 21 EN-US
ZH-CN TH
Gokulakrishnan Srinivasan: Vibrational Spectroscopic Imagingfor Biomedical Applications.

TissueImaging with Coherent Anti-Stokes Raman Scattering Microscopy, Chapter(McGraw-Hill
Professional, 2010), AccessEngineering
Side 8 / 96
Projekt 9: Characterization of the protein components in human

breast milk
Vejleder: Martin R. Larsen, mrl@bmb.sdu.dk
Pia Jensen, pjensen@bmb.sdu.dk
Praktisk del: Laboratory part
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Breast Milk, proteins, proteomics, Mass Spectrometry, post-translational
modifications
Beskrivelse
The composition of human breast milk is very important for infant’s initial development. It contains
numerous bioactive molecules that among others serve to protect against infection and
inflammation and in addition contribute significantly to development of the infant’s organs and
immune system. Furthermore, the human breast milk contributes to initiate a healthy microbial
colonization in the gut. Therefore, the composition of the biomolecules is very important, especially
in the first days of the infant’s life, where the composition change significantly over time.
Identification of important biomolecules that change over time after birth, could be a valuable
findings that could help in the production of optimal milk substitution for early borne infant’s.
The proteins of human milk are divided into the whey and casein fractions or complexes, with each
comprised by a remarkable array of specific proteins and peptides. The most abundant proteins are
casein, alpha-lactalbumin,lactoferrin, secretory immunoglobulin IgA, Lysozyme, and serum albumin.
In addition, Human milk contains numerous growth factors that have wide-ranging effects on the
intestinal tract, vasculature, nervous system, and endocrine system.
In this project we will characterize, by the use of quantitative proteomics, the composition of human
breast milk over 10 days from the first 20 days after birth. We will use mass spectrometry to perform
the proteomics analysis and computer programs (bioinformatics) to elucidate the protein
complement of the breast milk and identify alteration in protein composition over the first days after
birth.
Minikurser
Litteratur
Ballard O, Morrow AL. Human milk composition: nutrients and bioactive factors. PediatrClin North
Am. 2013 Feb;60(1):49-74.
Side 9 / 96
Projekt 10: Colon cancer and gut microbiota: how the genetic
makeup of the cells defines response to metabolites
Vejleder: Antoaneta Belcheva, belcheva@bmb.sdu.dk
Praktisk del: AB group laboratory
Gruppeplacering: AB group laboratory
Kommentar: This project will be held in English
Nøgleord: cancer, metabolites, proliferation, differentiation, protein expression
Beskrivelse
Colon cancer is the third most common cancer and leading cause of deaths in the world. Efforts have
been focused on the identification of the factors that initiate and promote this disease aiming to
improve the diagnostics and survival of colon cancer patients. Colon cancer develops spontaneously
by accumulation of mutations in oncogenes and tumor-suppressor genes, or may arise from genetic
predisposition to somatic mutations in the same genes. The most frequent genetic mutations
associated with colon cancer occur in genes involved in the mismatch repair pathway. The normal
function of this pathway is to maintain genomic stability and corrects DNA errors made during DNA
replication. Why mismatch repair pathway inactivation leads specifically to an increased risk in
developing colon cancer is a mystery.
The colon is also a home for more than 100 trilion microorganisms, known as gut microbiota, which
have been shown to actively participate in the process of colon cancer initiation and progression.
However, the molecular mechanisms through which gut microbes affect colon cancer still remain to
be understood. Normally, the gut microorganisms carry out fermentation of complex carbohydrates
to simple sugars, short chain fatty acids and gas. These metabolites are main energy sourse for the
colon epithelial cells and regulate their normal functions. However, certain genetic mutations may
alter the effect of these metabolites and in these cases some metabolites may contribute to cancer
development.
This project offers an opportunity to explore how cancer colon epithelial cells that have mutations in
mismatch repair pathway respond to one of the principle metabolites that is produced by gut
bacteria in the colon-namely butyrate. Specifically, we will investigate the effect of butyrate on
cellular signaling, proliferation and differentiation under different genetic backgrounds. In this
project the students will gain experience with the main molecular biology and cell biology techniques
such as western blot and immunofluorescence.
Minikurser
Litteratur
Zeng, H., et al. (2014). "Mechanisms linking dietary fiber, gut microbiota and colon cancer
prevention." World J Gastrointest Oncol 6(2): 41-51.
Side 10 / 96
Projekt 11: Computer aided nanofractal formation

Vejleder: Ilia A. Solov'yov, ilia@sdu.dk
Praktisk del: FKF (theory and computer simulation)
Gruppeplacering: FKF
Kommentar: The project will be held in english
Henvendt til: Projektet tilbydes til alle studerende.
Nøgleord: computer simulations; fractals; random walk dynamics; self-assembly processes;
Monte-Carlo methods
Beskrivelse
Among the morphologies of various objects which
exist in nature, fractal, i.e.,self-similar, shapes are
of key interest. Because of their surface for 3D
structures, or perimeter for 2D structures, they
present important possibilities to interact with the
environment. Despite complexity of fractal shapes
they arise at all scales, typically in the course of a
self-organization process, and it is thus of the
fundamental importance to establish the
characteristic behavior of such systems for
particular morphologies. Thus, the self-assembly
phenomena have implications for nanopatterning in
nanoengineering, nanomarkers dynamics in
medical diagnostics, reactivity of nanoparticles with
biological tissue, protein interactions in biology, cell
budding, etc.
Within this project, a multipurpose software

package MBN Explorer will be used to design fractal
patterns and then study their stability, ageing and
fragmentation. In particular, 2D and 3D fractals
consisting of metallic nanoparticles, and
biomolecules (e.g., biological "particles") will be considered. The students will learn how to set-up
computational tasks for MBN Explorer, and then run the code. We will provide the necessary
guidance for the students to master the Monte Carlo technique, which will then be used to simulate
dynamics of particles and determine conditions when these particles self-assemble in fractals, or
form more regular patterns.
Minikurser
informationskompetence, Rapportskrivning med LaTeX, Posterfremstilling
Litteratur
[1] www.mbnexplorer.com
[2] A.-L. Barabasi and H. E. Stanley (eds.), Fractal Concepts in Surface Growth (Cambridge University
Press, Cambridge,1995).
[3] C. Brechignac, P. Houdy, and M. Lahmani (eds.), Nanomaterials and Nanochemistry (Cambridge
University Press, Cambridge, 2007).
Side 11 / 96
Projekt 12: Concurrency Detectives

Vejleder: Saverio Giallorenzo, saverio.giallorenzo@gmail.com
Praktisk del: Programmering
Nøgleord: Concurrent Programming, Bug Detection Tools
Beskrivelse
Infer is a static program analyser developed and used by
Facebook (but also Mozilla, Spotify, Uber, etc.) to check that
each new release of its for Java and C/Objective-C apps
respect good properties like absence of null pointer
dereferences and resource and memory leaks, which cause
some of the nastiest and most difficult to find and correct
bugs.
Infer relies on a kind on mathematical logic, called

"separation logic", which facilitates reasoning about mutations to computer memory. It enables
scalability by breaking reasoning into chunks corresponding to local operations on memory, and then
composing the reasoning chunks together.
The initial step of this project will be to acquire a good understanding of the theory behind Infer and
the programming issues that are modelled and detected by the tool. Then, the students will deepen
their knowledge on the tool, understanding its plugins, each able to track and expose a precise type
of bug. Finally, they will put into practice their knowledge on both Infer and its theory, on a
real-world project: the Jolie language interpreter, an open-source project written in Java. The main
plugin the students will be asked to master is called RacerD and regards the detection of potential
concurrency bugs, called "race conditions". A race condition occurs when there are two concurrent
accesses to a class member variable that are not separated by mutual exclusion, and at least one of
the accesses is a write. Mutual exclusion can be ensured by synchronisation primitives such as locks,
or by knowledge that both accesses occur on the same thread. RacerD does not attempt to prove
the absence of concurrency issues, rather, it searches for a high-confidence class of data races.
RacerD concentrates on race conditions between methods in a class that is itself intended to be
thread safe.
Minikurser
Posterfremstilling
Litteratur
- Calcagno, Cristiano, Dino Distefano, Jérémy Dubreil, Dominik Gabi, Pieter Hooimeijer, Martino Luca,
Peter W. O'Hearn, Irene Papakonstantinou, Jim Purbrick, and Dulma Rodriguez. "Moving Fast with
Software Verification." NFM 15 (2015): 3-11.
- Infer http://fbinfer.com/
- Jolie language repository https://github.com/jolie/jolie
Side 12 / 96
Projekt 13: Data analysis for Monte Carlo simulations of the

strong nuclear force
Vejleder: Benjamin Jaeger, jaeger@imada.sdu.dk
John Bulava, bulava@imada.sdu.dk
Praktisk del: Some programming but no preknowledge required
Nøgleord: Monte Carlo, data analysis
Beskrivelse
Monte Carlo simulation provides a precise and
accurate method for studying the strong nuclear
force. However, high performance computing is
required and typically a large amount of data is
produced. This project involves the analysis of data
from state-of-the-art Monte Carlo simulations to
determine the mass of hadrons, such as the protons
and neutron found in the atomic nucleus.
In the course of this project, large amounts of data

will be manipulated and statistical analysis will be
performed using resampling methods such as
Jackknife and Bootstrap. Masses will be determined
using correlated chi-square fitting. A brief
background in Markov chain Monte Carlo methods
will be used to understand and treat
auto-correlation of the data. The final result wil be a
computation of particle masses directly from the
underlying Quantum Field Theory of the strong
nuclear force, known as QuantumChromoDynamics
(QCD), formulated on a space-time lattice.
Minikurser
Posterfremstilling
Litteratur
Gattringer, Christof, and Christian B. Lang. Quantum chromodynamics on the lattice. Springer, Berlin,
Heidelberg, 2010.
Side 13 / 96
Projekt 14: Data Science Competition on kaggle.com

Vejleder: Jonas Herskind Sejr, jonashsejr@gmail.com
Praktisk del: Programming
Kommentar: Projektet er særligt velegnet til studieordning i datalogi.
Nøgleord: data science, machine learning, statistics
Beskrivelse
Real life data science does not start with a
machine learning (ML) algorithm. Before
applying any algorithm you first must
understand the problem you want to solve,
decide how to evaluate your solution, acquire
data, prepare the data, analyze, explore and
extract features on which you want to apply
you ML algorithms.
Predictive data science competitions have
become a popular way to get
practical experience with real-life data science
problems. In addition, predictive competitions
are a great place to compare algorithms on
different types of problems.
"Kaggle is a platform for predictive modeling and analytics competitions in which statisticians and
data miners compete to produce the best models for predicting and describing the datasets
uploaded by companies and users." (Wikipedia.)
Apart from hosting competitions, Kaggle offers tutorials, tools, a social platform etc. to support
learning and knowledge sharing among data scientists on all levels. This makes it very easy to get
started with predictive analytics.
Teams choosing this project will compete in a Kaggle competition. Starting from the most simple
solution participants will gradually improve the solution as they learn about the dataset and
predictive algorithms.
Participants will learn about:
Cleaning and preparing data

Analysing and visualizing data
Extracting features
Competitive ML algorithms
Check out kaggle.com to see if you find it interesting.

Competitive data science can be a great testbed in future studies or a career in data science, deep
learning etc.
Minikurser
Posterfremstilling
Litteratur
https://www.kaggle.com/
https://www.kaggle.com/startupsci/titanic-data-science-solutions
https://lagunita.stanford.edu/courses/HumanitiesSciences/StatLearning/Winter2016/about
http://www-bcf.usc.edu/~gareth/ISL/ISLR%20Seventh%20Printing.pdf
Side 14 / 96
Projekt 15: Deep learning for DNA-sequence analysis

Vejleder: Alexander G. B. Grønning, agroen@imada.sdu.dk
Praktisk del: This project will include programming in Python.
Kommentar: Projektet er særligt velegnet til studieordning i datalogi.
Nøgleord: Deep learning, Python, computational biology, word embedding
Beskrivelse
Recent technical advances have made it possible to effectively generate massive amounts of
biological data that contain information about the intra- and extracellular environments of
eukaryotes and prokaryotes. Especially advances in sequencing technologies have made it possible
for many research groups all around the world to produce DNA- and RNA-sequences that describe
the binding sites of DNA- and RNA-binding proteins (DBP and RBP), which exert important regulatory
effects. Knowledge of the the activity of DBPs and RBPs and their binding affinities for different
sequential patterns can help us understand intracellular mechanisms and pathways and help us
invent and discover treatments for various diseases. With the massive amounts of sequential data
available we need effective algorithms that can help us understand the information that is present in
DNA- and RNA-sequences.
In this project, deep learning techniques will be used to implement a binary classifier that should be
able to classify seemingly random DNA-sequences into two distinctive groups. Deep learning has
produced state of the art results in various fields such as face recognition, object detection and text
generation. In general, the accuracy of deep learning architectures increases with the number of
training examples, which is why it is an obvious choice when analyzing DNA-sequences. Deep
learning has already with much success been applied to the discovery of binding sites of DBPs and
RBPs, which is why this project will only serve as an introduction to deep learning techniques and
how it can be implemented in Python and used for DNA-sequence analysis. Hopefully, you will be
able to use what you learn during this project in the future, to perfect our current deep learning
algorithms and aid us in the fight against diseases.
An overview of what this project could include is:
An introduction to the central dogma of molecular biology.

An Introduction to binding motifs.
An introduction to the basic principles of deep learning and the math behind it.
A small discussion of how to represent the bases of DNA-strings as values or vectors.
Basic Python programming and how to implement functions and use deep learning libraries.
Minikurser
Posterfremstilling
Litteratur
http://neuralnetworksanddeeplearning.com/
http://www.deeplearningbook.org/
D’haeseleer. P. What are DNA sequence motifs? Nat. Biotechnol. 24, 423–425 (2006).
Side 15 / 96
Projekt 16: Defrost- production of microbially produced

anti-freezing agents
Vejleder: Carolin Löscher, cloescher@biology.sdu.dk
Praktisk del: Cloning, protein extraction, biochemical tests
Gruppeplacering: Nordcee
Kommentar: Ingen
Nøgleord: DEFROST
Beskrivelse
What if we could avoid toxic andenvironmentally harmful substances such as anti-freezing reagents
in gas- andoil pipelines by making use of the metabolic capacity of microbes ingas-hydrate fields?We
mined and sequenced samplesfrom gas-hydrate fields in order to identify microbes which
produceanti-freezing metabolites. Now, we want to make them available for industry toreplace toxic
substances like methanol, which are currently used, with novelenvironmentally friendly substances.
Minikurser
Litteratur
Side 16 / 96
Projekt 17: DevOps, as Microservices DevOps

Vejleder: Saverio Giallorenzo, saverio.giallorenzo@gmail.com
Nøgleord: culture, software development, DevOps, microservices
Beskrivelse
DevOps is a portmanteau of "development"
and "operations" and represents a growing
engineering practice that unifies software
development (programmers, testers, and
quality assurance personnel) and
operations (system, database, and network
administrators).
First and foremost, DevOps is a cultural

movement that impacts on a whole
organisation. Its principles advocate for a
working environment based on strong
communication and trust among its
members.
Among the technical characteristics of
DevOps, there is a strong tension towards defining automation for all stages of the software
life-cycle: construction, integration, testing, packaging, release, configuration, and monitoring.
The set of software tools used at each stage is an important decision for any DevOps team. These
tools become part of a toolchain that comprise IDEs, software version systems, test frameworks,
configuration managers, and monitors.
While DevOps does not promote a particular software architectural style, the high degree of
flexibility and independence of microservices has made microservice architectures the standard
style for building systems following the DevOps principles. In this context, Jolie is a new
programming language specifically suited for the development of microservices.
The initial step of this project will be to acquire a solid understanding of the DevOps principles. Then,
on the studied principles, the assigned students will apply their knowledge to design a development
plan and devise a DevOps toolchain to support the development of a tool for DevOps in Jolie: for
example, a program where developers define tasks which are executed when an indicated event is
triggered on a code repository (e.g., by using Github Webhooks).
Minikurser
Posterfremstilling
Litteratur
- Farcic, Viktor. The DevOps 2.0 Toolkit. Packt Publishing Ltd, 2016.
- Kim, Gene, Kevin Behr, and Kim Spafford. The phoenix project: A novel about IT, DevOps, and
helping your business win. IT Revolution, 2014.
- Github Webhooks Documentation https://developer.github.com/webhooks/
Side 17 / 96
Projekt 18: Do humans have a diving response?

Vejleder: Magnus Wahlberg, magnus@biology.sdu.dk
Praktisk del: Marine Biological Reserach Center, Kerteminde
Gruppeplacering: Marine Biological Reserach Center, Kerteminde
Kommentar: Ingen
Nøgleord: diving physiology, heart rate, EKG
Beskrivelse
Marine mammals and birds dive to great depths and for extensive durations in pursuit for their prey.
While diving, their heart rate is dramatically decreased. Together with several other physiological
responses, this is known as the animals' diving response.
Humans have, as opposed to most other primates, elaborate swimming and diving abilities, albeit
not as extreme as the ones found in whales, seals and birds. Here we investigate whether humans
also have a diving response, and to what degree it varies between test subjects. Also, we investigate
whether or not the diving response is partly under voluntary control, as have been found in
aquatically adapted mammals.
Minikurser
Litteratur
Side 18 / 96
Projekt 19: DreamWork Studio on your desk: where physics,

chemistry and biology meet visualization
Vejleder: Ilia Solov'yov, ilia@sdu.dk
Praktisk del: FKF (computer visualization and simulations)
Kommentar: The project will be held in english
Nøgleord: scientific video processing; high quality image rendering; computer simulations;
molecular dynamics; data analysis; visualization techniques;
Beskrivelse
A significant challenge in understanding natural
science is to comprehend ("to visualize")
phenomena that, by their nature, are either
impossible to see or very difficult to see. This
project will explore state-of-the-art visualization
tools and methods in application to a number of
actual computational biophysical problems and
phenomena. Thus, a challenging problem is
photosynthesis, a transduction process in which
solar energy is harvested and converted to
electrochemical forms used to drive adenosine
triphosphate (ATP) synthesis-the energy currency of
the cell. Several steps in the photosynthetic
reaction could nowadays be described
computationally, but require non-trivial analysis
techniques to represent results of complex
biological transformations in an intuitive fashion.
The primary task of this project is to developa scientific animation that would describe the
computationally known transformations in a photosynthetic system. We will provide the students
with raw simulation data, computed through molecular dynamics technique, and explain the physical
background of how those were calculated. We will then discuss with the students biological role of
different molecules involved in the photosynthetic processes. Finally, the students will have the
possibility to learn several state-of-the art visualization packages which they will employ to analyze
the dynamical trajectories themselves, and to produce a scientific video, summarizing what they
have learned about the system.
Minikurser
Naturvidenskabelig informationskompetence, Posterfremstilling
Litteratur
[1] Visualization tutorials: http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd-index.html
[2] Tachyon Parallel/Multiprocessor Ray Tracing System: http://jedi.ks.uiuc.edu/~johns/raytracer/
Side 19 / 96
Projekt 20: DRUG LEGO : How drugs fit into proteins, using
computer simulations
Vejleder: himanshu khandelia, hkhandel@sdu.dk
vikas dubey, dubey@memphys.sdu.dk
dennis bruhn, dsb@sdu.dk
Praktisk del: At MEMPHYS: Center for BIomembrane Physics at the Institute for Physics
Chemistry and Pharmacy
Gruppeplacering: Intitut
Kommentar: Ingen
Nøgleord: molecular dynamics, LEGO, computer simulation
Beskrivelse
Most drugs that we use, get us rid of
disease by binding to one or multiple
proteins floating around in our body,
or to proteins of infectious organisms
such as bacteria and viruses. Drugs
have side effects because the same
drug which is supposed to bind a
protein in infectious bacteria, binds
to other proteins as well, just like the
same LEGO block can bind many
other LEGOs. However, unlike LEGO
blocks, drugs and proteins are soft
and flexible like play dough, meaning
that the same protein can bind very different drugs when the protein changes its own display of
LEGO binding matrix. Understanding the dynamics of drug-protein binding is critical to designing
new drugs to treat diseases, and to understand why drugs have side effects. In this project, students
will simple computer simulations to investigate drug-protein interactions on the molecular level, and
use the simulations to understand why certain drugs bind more strongly than others in terms of
interactions between atoms.
The project is interdisciplinary, and involves physics, chemistry and biology, but students with
interest in any of these will have fun working on it !
Minikurser
Litteratur
Side 20 / 96
Projekt 21: Electroactivity; the Microbial Superpower

Vejleder: Mon Oo Yee, monyee@biology.sdu.dk
Amelia-Elena Rotaru, arotaru@biology.sdu.dk
Praktisk del: Nordcee GMO laboratory
Kommentar: The whole project will be in English.
Nøgleord: electromicrobiology, conductive minerals, electron transfer
Beskrivelse
Sharing is caring.This is a virtue that most parents have tried to
instill in their kids.Surprisingly, this is also a virtue shared by many
microorganisms in the environment in a process called interspecies
electron transfer (IET). IET occurs when one microorganism which
has access to an electron source(nutrients) shares the electrons
with another microorganism. By doing so, both partners create a
symbiotic environment in which they both benefit. In some cases,
this sharing of electrons happens via direct contact or via
electrically conductive materials. These microbes can send
electricity through solid surfaces and this microbial superpower is
called electroactivity. Just like Thor or even Pikachu. This is the stuff
fictions are made out of and we can observe that right here in our
cultures in the lab.
In this project, we will be looking at two electroactive microbes of

the Geobacter species and study how they transfer electrons to one another via different kinds of
conductive and semi-conductive minerals. We will look at the oxidation of an electron donor coupled
to the reduction of an electron acceptor, which requires the participation of both microorganisms.
Through this project, the students will

- Become familiar with aseptic and anaerobic culturing techniques
- Learn to use gas chromatography (GC) and ion chromatography (IC)
- Improve their microscopy skills in identifying bacterial morphology
- Be able to plan an experiment and analyze the data
Minikurser
Litteratur
1. Lovley, D.R. (2017). Syntrophy Goes Electric: Direct Interspecies Electron Transfer(DIET).
Annual review of microbiology, 71(1).
2. Chen, S.,Rotaru, A. E., Liu, F., Philips, J., Woodard, T. L., Nevin, K. P., & Lovley,D. R. (2014).
Carbon cloth stimulates direct interspecies electron transfer insyntrophic co-cultures. Bioresource
technology, 173, 82-86.
3. Chen, S.,Rotaru, A. E., Shrestha, P. M., Malvankar, N. S., Liu, F., Fan, W., ... &Lovley, D. R.
(2014). Promoting interspecies electron transfer with biochar.Scientific reports, 4.
Side 21 / 96
Projekt 22: EPO/erythropoietin: Proteinkemiske studier af et

fascinerende glykoprotein
Vejleder: Ole Nørregaard Jensen, jenseno@bmb.sdu.dk
Praktisk del: Proteinforskningsgruppen/BMB
Gruppeplacering: Proteinforskningsgruppen/BMB
Kommentar: Opdelt i teoretisk del og praktisk del
Nøgleord: Proteinkemi, massespektrometri, vækstfaktor, doping
Beskrivelse
Erythropoietin (EPO) er et naturligt forekommende humant glykoprotein. EPO anvendes også som
lægemiddel til behandling af patienter med problemer med dannelsen af blodceller. EPO anvendes
desværre også som illegalt dopingmiddel.
I dette projekt skal du først udarbejde en skriftlig rapport som beskriver EPOs struktur og funktion i
den menneskelige organisme, herunder syntese, regulationsmekanismer og vekselvirkninger med
celler og signalveje. Herunder skal du redegøre for hvordan proteiner bliver glykosyleret i humane
celler, og for proteinets tre-dimensionelle struktur.
Du skal desuden besvare spørgsmålet: Findes der videnskabeligt bevis for at EPO har en
præstationsfremmende effekt i sport?
Desuden skal du udføre en række laboratorieforsøg for at analysere EPO præparationer for renhed,
bestemme glykoproteinets molekylære masse og den strukturelle heterogenitet, analysere
proteinets aminosyresekvens og dets glykosyleringsprofil.
Du vil blive introduceret til og anvende kromatografi, elektroforese og massespektrometri til
strukturanalyse af EPO. Du skal udarbejde en rapport over disse forsøg, hvor du beskriver de
anvendte metoder og de opnåede resultater.
Minikurser
Litteratur
Erythropoietin.
Bunn HF.
Cold Spring Harb Perspect Med. 2013 Mar 1;3(3):a011619. doi: 10.1101/cshperspect.a011619.
Review.
PMID: 23457296
Side 22 / 96
Projekt 23: Er der liv i et regnvandsbassin?

Vejleder: Thor Kolath Jensen, Thorjensen@biology.sdu.dk
Sara Egemose, Saege@biology.sdu.dk
Praktisk del: I odense og på SDU
Gruppeplacering: Campus eller Biologisk institut
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Regnvandsbassiner, artsbestemmelse, forskellige bassintyper, oplandets
betydning.
Beskrivelse
Overalt i de danske byer ligger der små kunstige søer, også kaldet regnvandsbassiner, som skal
forhindre at de kraftige regnskyl eroderer vandløb og river planter og dyr med sig. Bassinerne er
udelukkende designet til at bremse og rense det afstrømmende regnvand inden det ledes ud i
vandløbene, og der er derfor ikke tænkt over livet som naturligt opstår i bassinerne.
Der findes kun lidt viden om hvilke smådyr der findes i de forskellige bassintyper, og om der er en
sammenhæng mellem arter og oplandstype (f.eks. landbrug, by og industri) og hvor hurtigt dyrene
kommer til. Regnvandsbassinerne kan være med at skabe nye levesteder i byerne ligesom de kan
fungere som stepstones imellem nærliggende naturområder og endelig skaber de rekreative
elementer i bybilledet.
Projektet bliver en blanding af:
1) feltarbejde (indsamling af smådyr fra de enkelte bassiner)

2) laboratoriearbejde (artsbestemmelse af de indsamlede dyr)
3) databearbejdning (sammenligning af arter med bassin- og oplandstyper)
Minikurser
Litteratur
Der udleveres diverse relevant litteratur, ligesom de studerende opfordres til at søge efter relevant
videnskabelig litteratur.
Side 23 / 96
Projekt 24: Et liv med strøm på - på jagt efter kabelbakterier

Vejleder: Bo Thamdrup, bot@biology.sdu.dk
Praktisk del: I felten og i instituttets laboratorier
Kommentar: :)
Nøgleord: mikrobiologi, vandmiljø, bioelektricitet, biogeokemi
Beskrivelse
For få år siden opdagede Pfeffer et al. (2013) en ny
type bakterie, der har en enestående evne til at
lede elektrisk strøm. Bakterierne, der kaldes
kabelbakterier, danner filamenter, der kan blive
flere centimeter lange, og blev fundet i havbunden.
Her lever de af at oxidere svovlbrinte, og pågrund
af deres evne til at lede strøm, kan de adskille
svovlbrinteoxidation i den ene ende af filamentet
og iltforbrug i den anden, idet de transporterer de
elektroner, der frigives ved oxidationen, langs
filamentet – d.v.s. at de fungerer som elektriske
kabler (se figuren). På grund af deres evne til at
lede strøm over flere centimeter kan bakterierne
holde den giftige svovlbrinte væk fra
sedimentoverfladen og dermed mindske risikoen for
forgiftning af de dyr, der lever ved bunden. Det vil
sige, at kabelbakterier kan have stor betydning for
miljøet; de fungerer som en slags snorkel, der ilter
bunden. Desuden kan kabelbakteriernes
enestående egenskaber potentielt anvendes til
bioteknologiske formål.
Der er imidlertid stadig masser af ubesvarede spørgsmål om kabelbakterierne – hvor udbredte er

de? Hvor stor en rolle spiller de? Kan de omsætte andre stoffer end svovlbrinte og ilt? Hvordan evner
de overhovedet at lede elektrisk strøm? Dette projekt giver mulighed for at udforske nogle afdisse
spørgsmål. I kan lede efter kabelbakterier i forskellige miljøer – både i ferskvand og i havet og lave
forsøg med dem og deres aktivitet i laboratoriet. Projektet omfatter feltarbejde, mikroskopi,
laboratorieforsøg og biogeokemiske analyser.
Minikurser
Litteratur
Pfeffer C, Larsen S, Song J m.fl. (2013) Filamentous bacteria transport electrons over centimetre
distances. Nature 491: 218-221
Setaj D, Schauer R, Sulu-Gambari F (2015) Cable bacteria generate a firewall against euxinia in
seasonally hypoxic basins. PNAS 112: 13278-13283
Post RY (2012) Levende elkabler opdaget i Aarhus Havn.

http://videnskab.dk/miljo-naturvidenskab/levende-el-kabler-opdaget-i-aarhus-havn
Side 24 / 96
Projekt 25: Feeback loops & control theory

Vejleder: Sebastian Hofferberth, hofferberth@sdu.dk
Praktisk del: Building your own feedback loop
Gruppeplacering: Lab & electronics workshop
Kommentar: Ingen
Nøgleord: experimental physics, electronics, control theory, feedback
Beskrivelse
Feedback loops play an important role in virtually any electronics device, from simple examples such
as a thermostat regulating the temperature in a room to complex applications such as an autopilot
driving an autonomous car through a crowded city.
The fundamental component of any such system is a controller, which performs the following steps:
* Take the input from one or more sensors and turn this information into an "error signal", which
contains information about how the system is deviating from the desired "set value".
* Use this information to "feed back" to the system a control signal which returns the system to the
desired state.
While this basic idea is very simple, designing and optimizing such a "closed loop" to guarantee the
most stable system can be very complicated. Mathematically, this topic is known as "control theory",
which is still an area of intense activity. Practical feedback loops make use of either digital or analog
electronics, which implement the mathematical steps of control theory either via microcontrollers or
analog devices such as operational amplifiers.
In this project, you will be introduced to the basic concepts of control theory needed to design,
understand and optimize a simple feedback loop. You will then implement such a control loop to
regulate a real-world signal - this will most likely be the temperature of a small device or the
intensity of a laser...you can also build a self-driving car, if you want to become a millionaire in
addition to the ECTS points.
Besides the theory, the project will introduce you to basic electronics circuits used in basically any
science lab. Prior electronics knowledge is NOT necessary, you will learn everything needed during
the project. Afterwards you will be able to understand and build your own analog circuits for
whatever purpose you need in the lab.
Minikurser
Litteratur
https://en.wikipedia.org/wiki/Control_theory
https://www.youtube.com/watch?v=oBc_BHxw78s
Side 25 / 96
Projekt 26: Finding consensus in distributed systems

Vejleder: Larisa Safina, safina@imada.sdu.dk
Praktisk del: Analysis, Programming
Nøgleord: distributed systems, consensus algorithms
Beskrivelse
The consensus is one of the fundamental problems in distributed systems. The aim of it is to find the
agreement on some specific value between several parties. The parties must vote for a value
(provided by one or more of them earlier) and communicate it with each other until they reach the
agreement. Note that some of the parties could be faulty or unavailable; for example, imagine the
system of clocks, where some nodes are ahead of the time or late and some do not work at all.
The objective of this project is to implement one of the consensus algorithms for a real-word problem
and learn how to justify the algorithm and programming language choice from the software
engineering point of view.
You can start the project with selecting a real-word problem where the consensus problem may arise
(e.g. time synchronization, load balancing, banking transactions etc.). Then you can:
Choose one of the well-known consensus algorithms and apply to your problem.
Argue on which algorithm works better for your problem (e.g. raft versus paxos);
Implement the chosen algorithm in different programming languages and argue which
implementation was most suitable.
Work on your own cool idea.
Minikurser
Posterfremstilling
Litteratur
Andrew S. Tanenbaum and Maarten van Steen. 2006. Distributed Systems: Principles and Paradigms
(2nd Edition). Prentice-Hall, Inc., Upper Saddle River, NJ, USA.
Side 26 / 96
Projekt 27: Fixed points, fractals and the Mandelbrot set

Vejleder: Ralf Zimmermann, zimmermann@imada.sdu.dk
Praktisk del: muligvis programmering med Matlab/Python eller lignende
Kommentar: Projektet er velegnet for matematik- og datalogi-studerende
Nøgleord: Fixed point iteration, fractals, Mandelbrot set
Beskrivelse
Fractal pictures in all their beauty and sophisticated
complexity arise already from simple mathematical
principles.
The objective of this project is to investigate what these
principles are and how fractal pictures like the famous
Mandelbrot set are produced.
Minikurser
Obligatorisk: Skriftlig formidling og rapportskrivning
(online), Rapportskrivning med LaTeX,
Posterfremstilling
Litteratur
Alan F. Beardon: Iteration of Rational Functions, Graduate
Texts in Mathematics, Springer, New York, Berlin, Heiderlberg, 1991
Wikipedia: https://en.wikipedia.org/wiki/Mandelbrot_set
Online video tutorial: Numberphile, https://www.youtube.com/watch?v=NGMRB4O922I
Side 27 / 96
Projekt 28: Forebyggelse af jet lag med melatonin

Vejleder: Kasper Bruun Kristensen, kaskristensen@health.sdu.dk
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Lægemiddelrådgivning, melatonin, jet lag, randomiserede kliniske forsøg
Beskrivelse
En praktiserende læge henvender sig for at få råd til behandlingen af en i øvrigt rask 56-årig
forretningsmand, der står foran en flyrejse til Australien. Den 56-årige mand har været kraftigt
generet af jet lag (træthed, nedsat koncentration og søvnbesvær) ved tidligere flyrejser og har hørt,
at melatonin kan være effektivt til forebyggelse af jet lag. Lægen har orienteret sig på
pro.medicin.dk, men her nævnes jet lag ikke under indikationerne for melatonin. Derfor henvender
han sig til jer.
Formålet med projektet er at gennemgå og opsummere eksisterende data fra kliniske forsøg med
melatonin til forebyggelse af jet lag samt, ud fra denne gennemgang, rådgive lægen med hensyn til
behandlingen af den 56-årige mand inklusiv forslag til optimal dosis og adminstrationstidspunkt.
Minikurser
Obligatorisk: Sundhedsvidenskabelig informationskompetence (Farmaci, Sund), Skriftlig formidling
og rapportskrivning (online), Posterfremstilling
Litteratur
Forslag til indledende artikel:
N Engl J Med 2010;362:440-7. http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMcp0909838
Side 28 / 96
Projekt 29: Fremtidens Li-ion batterier — syntese af nye elektrode

materialer
Vejleder: Dorthe B. Ravnsbæk, dbra@sdu.dk
Praktisk del: Institut for Fysik, Kemi & Pharmacy
Gruppeplacering: Institut for Fysik, Kemi & Pharmacy
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Batterier, Energiopbeevaring, materialer, faststof kemi, uorganisk kemi,
nanoteknologi
Beskrivelse
Genopladelige Li-ion batterier er en
essentiel komponent i
transportabelelektronik såsom
smartphones, tablets og bærbare
computere og er således bleveten
vigtig del af vores hverdag. I dag
står Li-ion batteri teknologien over
forden næste store udfordring med
det stigende behov for nye
effektive løsningertil
energiopbevaring i bl.a. hybrid- og
el-biler.
Et af fremtidens
lovendekatodematerialer er
LiFePO4, som er både billigt, sikkert og kanlevere en stor ydeevne (Watt). Der forskes intensivt i at
optimere ydeevnen afLiFePO4 ved hjælp af reduktion af partikelstørrelsen, carbon-coatingaf
partikeloverfladerne samt ved doping. Helt nye forskningsresultater tyder påat ydeevnen også kan
øges ved substitution af jern (Fe) med et eller flereudvalgte overgangsmetaller (f.eks. Mn, Co, Ni).
Formålet med dette projekt er at undersøge hvordan Li-ion batterietsydeevne og kapacitet

systematisk kan optimeres ved ændring i af den kemiskesammensætning af katodematerialer vha.
substitution. I vil få mulighed for selvat syntetisere en række forskellige katodematerialer ved
systematisk at variereudvalgte parametre i jeres syntese. Udfra disse materialer fremstiller I enserie
af batterikatoder, som benyttes i kontruktionen af genopladelige Li-ionbatterier, som vil danne basis
for test af jeres materialer i forhold tilbatterikapacitet og -ydeevne.
Der vil således i projektet indgå både elementer af kemi (syntese) og fysik(materialetest- og
karakterisering) samt device-fabrikation(batterikonstruktion).
Minikurser
Litteratur
Artikler samt et videoforedrag om genopladelige batterier
Artikler om batteritest og materiale karakterisering med røntgendiffraktion
Side 29 / 96
Projekt 30: Functional analysis of a fish oil diet

Vejleder: Veit Schwämmle, veits@bmb.sdu.dk
Praktisk del: Protein Research Group
Gruppeplacering: Institut
Kommentar: Ingen
Nøgleord: bioinformatik, dataanalyse, proteiner
Beskrivelse
Nutrition represents one of the
main factors for the promotion and
maintenance of good health. While
our DNA remained practically the
same over the last 10,000 years,
human diet has gone through
several drastic changes since the
Agricultural Revolution (see
Figure). As consequence, we are
suffering from high levels in
obesity and related chronic
diseases more than ever. Disorders
of the lipid metabolism in the cell
come from high fat intake and can
lead to mitochondrial dysfunction
resulting in for instance diabetes. It
is however important to distinguish
between different types of fatty
acids as they can play vital roles in
many cell signaling pathways. On the other side, some fatty acids are synthesized by the human
metabolism with very low efficiency. Therefore, the fat composition of Western diets is an evident
factor for nutrition-related health problems. For example, lower fish consumption is responsible for
much lower omega-3 fatty acid intake. There is now evidence that this fatty acid plays an important
role in the prevention of several diseases.
We will investigate what are the different effects of specific fatty acids on liver and heart cells and
which cellular pathways are affected by associated diets. More specifically, we will focus on the
benefits of natural fish oils and the potential future application in diets of a synthetic fatty acid
analogue. In the project, the students will carry out the analysis of experimental data from the
proteome of rats that were fed with these different diets. By applying sophisticated bioinformatics
tools, they will be able to study the biological consequences of these diets and learn to process large
amounts of quantitative data, being the crucial step in most modern biological studies.
Minikurser
Litteratur
Wu. X., Hasan M. A. and Chen J. Y, Pathway and network analysis in proteomics, Journal of
Theoretical Biology, 362, pp. 44, 2014
A. P. Simopoulos, Evolutionary Aspects of Diet: The Omega-6/Omega-3 Ratio and the Brain,
Molecular Neurobiology, 44, pp 203-215
http://www.who.int/topics/obesity/en/
Side 30 / 96
Projekt 31: Funktionsbegrebet i og udenfor matematik

Vejleder: Claus Michelsen, cmich@imada.sdu.dk
Praktisk del: Indsamling af empiri
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Funktionsbegrebet, matematikdidaktik, læring, forskningsdesign
Beskrivelse
Funktionsbegrebet er det centrale begreb i matematikundervisningen i grundskolens ældste klasser
og i de gymnasiale uddannelser. Dansk og international matematikdidaktisk forskning viser, at
funktionsbegrebet læringsmæssigt er et vanskeligt begreb, hvilket betyder, at selv på gymnasial
niveau har elever en fragmenteret og ofte matematisk fejlagtig opfattelse af begrebet.
Matematikdidaktisk forskning peger på en række årsager til disse læringsvaskeligheder, hvoraf visse
kan henføres til, hvordan funktionsbegrebet blev udviklet i det 18. og 19. århundrede. I dette projekt
tages der udgangspunkt i den kendsgerning, at funktionsbegrebet bl.a. blev indført for at beskrive
sammenhængen mellem varierende størrelser i fysik. Med dette udgangspunkt skal projektet
besvare følgende spørgsmål: Hvilke læringsmæssige potentialer er der i at udvide undervisningen i
funktioner i de gymnasiale uddannelser til også at omfatte andre fag end matematik, fx et
naturvidenskabeligt fag eller samfundsfag?
Projektet vil bestå af to faser. I første fase identificeres ved hjælp af centrale matematikdidaktiske
forskningspublikationer vanskeligheder i forbindelse med læring af funktionsbegrebet. Der sættes
her specielt fokus på variabelbegrebets betydning. I anden fase udvikler de studerende i samarbejde
med vejlederen et forskningsdesign med henblik på at besvare projektets spørgsmål, og som
implementeres i forbindelse med Laboratorium for Sammenhængende Uddannelse og Lærings
forskningsprojekt i Assens Kommune, hvor grundskole- og gymnasielærere arbejder sammen om at
styrke elevers variabel- og funktionsbegreb gennem tværfaglig undervisning. Forskningsdesignet
kan fx være et spørgeskema om elevers opfattelse af funktioner og variabler i henholdsvis
matematik og andre fag.
Minikurser
Litteratur
Michelsen,C. (2006). Functions - a modelling tool in mathematics and science. ZDM 38(3),269-280
Malik, M.A.(1980) Historical and pedagogical aspects of the definition of function, International
Journal of Mathematical Education in Science and Technology,11(4), 489-492
Side 31 / 96
Projekt 32: Generic drugs: Are they the same than the original?
Vejleder: Judith Kuntsche, kuntsche@sdu.dk
Praktisk del: FKF
Kommentar: Sprog: Dansk
Nøgleord: generiske lægemidler, tabletter
Beskrivelse
Approval and marketing of innovative new drugs is a result of time- and
cost-intensive research and development (R&D) in the pharmaceutical
industry. A new drug is usually first marketed with some patent
protection and at a price that (in a certain extent) can compensate for
R&D during product development. After patent protection is lost, the
medicine can be manufactured and marketed also by other companies
(generics). Bioequivalence of generic drugs must be demonstrated but
full clinical trials to prove efficiency and safety are not required,
because this has already been established. Generic drugs can therefore
be sold at a lower price and pharmacists are frequently faced with
decisions on the selection of drug products and the question, if, for
example, a special brand product can be substituted by a generic one.
Ibuprofen, a non-steroidal anti-inflammatory drug (NSAID) is a well
established drug and marketed by many different manufactures. In the
project, you will compare different ibuprofen tablets which are
available on the Danish market and abroad. You will investigate, for
example, mass and content uniformity, drug release, mechanical
stability etc. of the various products. This project will familiarize you with some fundamental issues
of both clinical (e.g. bioequivalence issues) and technological (e.g. quality assurance of medicine)
pharmacy.
Minikurser
Litteratur
A.A. Genazzani, F. Pattarino. Difficulties in the production of identical drug products from a
pharmaceutical technology viewpoint. Drug R.D. 9: 65-72 (2008).
G. Krämer, A. Biraben, M. Carreno, A. Guekht, G.J. de Haan, J. Jedrzejczak, D. Josephs, K. van
Rijckevorsel, G. Zaccara. Current approaches to the use of generic antiepileptic drugs. Epilepsy &
Behav. 11: 46-52 (2007).
Side 32 / 96
Projekt 33: Genindvinding af fosfat fra spildevand

Vejleder: Ulla Gro Nielsen, ugn@sdu.dk
Laura Lundehøj, lundehoj@sdu.dk
Praktisk del: Institut for Fysik og Kemi & Farmaci
Gruppeplacering: Institut for Fysik og Kemi & Farmaci
Kommentar: Ingen
Nøgleord: miljø, fosfor, analytisk kemi, uorganisk kemi
Beskrivelse
Fosfor i form af fosfater essentielt
næringsstof i dyrkningen af
afgrøder. Landsbrugsjorden
tilføresderfor fosfat i store
mængder for at producere nok
fødevarer til at mætte verdens
befolkning. Desværre ender
overskydende fosfat i vandmiljøet,
hvor det medfører en voldsom
algevækst og dermed iltsvind.
Råfosfat udvindes fra miner, som
vil være udtømt inden for 60-130
år. Det er derfor nødvendig at finde
alternative fosfatkilder f.eks. ved genindvinding fosfat fra spildevand, der formodes at kunne dække
15-20 % af Danmarks samlede forbrug af fosfat. Lagdeltedobbelthydroxider (LDH’er) er
ionbytningsmaterialer med særlig affinitet for fosfat og vil derfor potentielt kunne benyttes til
genindvindingen af fosfat fra spildevand.
Formålet med projektet er at undersøge hvilke LDH’er, der egner sig bedst til genindvindingen af
fosfat. I skal syntetisere forskellige typer af LDH’er og teste deres fosfatbindingsegenskaber, for at
kunne optimere LDH’erne til selektivt at optage fosfat fra spildevand. Projekter rummer uorganisk
syntese og forskellige karakteriseringsteknikker (fx NMR, røntgendiffraktion og UV-VIS). Spørgsmål
der vil kunne blive besvaret i projektet:
1) Hvordan indbygges fosfat i LDH-strukturen?

2) Hvilke typer af LDH’er optager bedst og selektivtfosfat?
3) Forhindrer nogen ioner at fosfat optages?
Minikurser
Litteratur
Artikler om LDH’s, genindvinding af fosfat og karakteriseringsteknikker.
Side 33 / 96
Projekt 34: Graviditet og gabapentin

Vejleder: Zandra Nymand Ennis , zennis@health.sdu.dk
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Neuropatiske smerter, epilepsi, graviditet, lægemiddelinformation, evidens
Beskrivelse
Odense Universitetshospital har en Klinisk Lægemiddelrådgivning. Denne rådgivning er målrettet
praktiserende læger og sygehuslæger, som kan henvende sig vedrørende patientspecifikke
lægemiddelproblemer. Spørgsmålene er ofte, pga. den specifikke patientsituation, komplicerede og
svarene kan derfor ikke umiddelbart findes i gængse opslagsværker og litteratur. Viden på området
er ofte begrænset, og det er nødvendigt at gennemgå opdateret speciallitteratur og den nyeste
forskning for at give et kvalificeret svar. I den Kliniske Lægemiddelrådgivning besvares alle
spørgsmålene ud fra videnskabelige evidensbaserede principper.
Denne case tager udgangspunkt i en konkret henvendelse fra en obstetriker (fødselslæge): En

26-årig kvinde med graviditetsønske er grundet neuropatiske smerter (nervesmerter) i veltolereret
behandling med 3600 mg gabapentin dagligt. Patienten er ikke kendt med epilepsi. Den
praktiserende læge vil fortsat gerne behandle med gabapentin, men er usikker på risikoen for
fosterpåvirkning. Er der en øget risiko for misdannelser eller graviditetskomplikationer ved
behandling med gabapentin hos denne patient?
På baggrund af en udtømmelig søgning af tilgængelig videnskabelig litteratur skal de studerende

forsøge at belyse denne klinisk relevante problemstilling.
Minikurser
Obligatorisk: Skriftlig formidling og rapportskrivning (online), Sundhedsvidenskabelig
informationskompetence (Farmaci, Sund), Posterfremstilling
Litteratur
Litteraturliste over metodeartikler og bøger, som anbefales eller udleveres til de studerende:
Damkier P. Lægemidler og graviditet - generelle betragtninger om data, metoder,fortolkning. IRF

Månedsblad 3/2012.
Klinisk forskningsmetode. Dirksen et al. Munksgård. København 1996
Side 34 / 96
Projekt 35: Graviditet og methotrexat

Vejleder: Patricia Hjorslev Jensen, pajensen@health.sdu.dk
Praktisk del: Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet, J.B. Winsløw Vej 19
Gruppeplacering: Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet, J.B. Winsløw Vej 19
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Methotrexat, cytostatikum, folsyreantagonist, graviditet, lægemiddelinformation,
evidens
Beskrivelse
Lægemiddelinformationen (LI) er en del af Klinisk Farmakologisk Afdeling på Odense
Universitetshospital og varetager klinisk lægemiddelrådgivning. Lægemiddelinformationen er
målrettet praktiserende læger og hospitalslæger, som kan henvende sig med patientspecifikke
lægemiddelspørgsmål. Spørgsmålene er komplicerede grundet den specifikke patientsituation, og
svaret kan derfor ofte ikke umiddelbart findes i gængse opslagsværker og litteratur. Viden på
området er tit begrænset, og det er nødvendigt at gennemgå speciallitteratur og den nyeste
forskning på området for at give et kvalificeret svar. Alle spørgsmål besvares ud fra videnskabelige
evidensbaserede principper.
Nedenstående case tager udgangspunkt i en konkret henvendelse fra en obstetriker (fødselslæge):

En 35-årig kvinde behandles med injektion methotrexat 10mg x 1 ugentligt. Indikationen er
rheumatoid artritis (RA). Kvinden er nu gravid og har været eksponeret for methotrexat i tidlig
graviditet (under dannelsen af organerne). Den behandlende obstetriker vil gerne vide, om
behandling med methotrexat i tidlig graviditet er af klinisk betydning, det vil sige, om der er risiko
for fosterpåvirkning i form af blandt andet misdannelser og spontan abort samt, om der er særlige
anbefalinger for barnet ved selve fødslen?
Formålet er at gennemgå tilgængelige graviditetsdata for methotrexat og beskrive, hvorfor

behandling med methotrexat er problematisk i forbindelse med graviditet.
På baggrund af en udtømmelig søgning af tilgængelig videnskabelig litteratur skal projektet forsøge

at belyse en klinisk relevant problemstilling.
Minikurser
Obligatorisk: Skriftlig formidling og rapportskrivning (online), Sundhedsvidenskabelig
informationskompetence (Farmaci, Sund), Posterfremstilling
Litteratur
Litteraturliste over metodeartikler og bøger, som anbefales eller udleveres til de studerende:
Damkier P.Lægemidler og graviditet - generelle betragtninger om data, metoder,

fortolkning. Månedsblad 3/2012. Indsatser for Rationel Farmakoterapi (IRF) http://www.sst.dk/
Dirksen A et al. Klinisk Forskningsmetode – en grundbog.1. udgave. Munksgård 1996
https://pro.medicin.dk/Medicin/Praeparater/8030
Side 35 / 96
Projekt 36: Grundstofbestemmelse i utensilier, pakninger og

tabletter
Vejleder: Kaare Lund Rasmussen, klr@sdu.dk
Praktisk del: XRF-måling
Kommentar: Ingen
Nøgleord: XRF, grundstofbestemmelse, utensilier
Beskrivelse
Projektet går ud på at bestemme indholdet af grundstoffer tungere end Al og i koncentrationer
højere end ca. 300 µg/g ved hjælp af non-destruktiv µ-XRFanalyse. Der kan for eksempel ledes efter
Ni i utensilier af metal; jern i farmaka som indeholder dette; indholdsstoffer i tabletcoatning; eller
have andre formål udstukket af de studerende. De studerende tager først en beslutning om, hvad
temaet for deres undersøgelse skal være. Derefter fremskaffer de selv ca. 10 utensilier, pakninger,
tabletter eller andet dervil kunne belyse den valgte problemstilling, hvorefter de
analyserergenstandene på CHART’s µ-XRF ARTAX-800.
Minikurser
Litteratur
Side 36 / 96
Projekt 37: Hasselmusens udbredelse i Svanninge Bjerge

Vejleder: Thomas Bjørneboe G. Berg, thomas@naturama.dk
Praktisk del: Svanninge Bjerge
Kommentar: Feltarbejde i Svanninge Bjerge i perioden: uge 18-19
Nøgleord: Overvågning, habitatudnyttelse
Beskrivelse
Hasselmusen hører til syvsoverne
og er en af de ældste grupper af
gnavere. Hasselmusen er rødlistet i
Danmark og har sin største
population på Sydfyn. Svannninge
Bjerge har gennem de sidste 10 år
gennemgået en stor omvæltning
fra tæt monokultutr med rødgran i
den vestlige halvdel til store
græsningsarealer og
græsningsskov. Området rummer
mange forskellige
habitattyper der forvaltes
forskelligt og som indvirker på
hasselmusenes brug af
området. Hasselmusen har være
overvåget siden 2012 med check
af 300 redekasser og fra og med
2017 op til 600 redekasser.
Tidligere års 1.-årsprojekter har
oplevet at hasselmusene et givent
år kan vågne sent fra deres
vinterdvale, hvilket gør at
feltarbejdet evt. skubbes så langt
hen i maj som muligt. Der er dog
en stor database med tidligere års
data som kan indgå i projektet.
Minikurser
Litteratur
Bright et al 1994. Dormouse distribution_ survey techniques, insular ecology and selection of sites
for conservation, J Appl Ecol 31 329-339
Greaves et al 2006 Biol Cons 130 239-250 Predicting species occurrence using information.theoretic
approached and significance
L. Berg & A. Berg (1998) Nest site selection of the common dormouse in sweden, Ann. Zool. Fennici
35, 115-122
SNS Hanlingsplan for hasselmus
Side 37 / 96
Projekt 38: How do cyanobacteria react to Ocean acidification?

Vejleder: Carolin Löscher, cloescher@biology.sdu.dk
Praktisk del: Culturing, isotope labeling, mass spectrometry
Gruppeplacering: Nordcee
Kommentar: Ingen
Nøgleord: CyanoAcid
Beskrivelse
Human made CO2 impacts all life in the Ocean. Cyanobacteria are some of the most
importantprimary producers in the system. We want to test, how changes in CO2and pH will impact
their ability to perform photosynthesis and nitrogenfixation. With this, we will come to a prediction of
how our Oceans willrespond to future climate change.
Minikurser
Litteratur
Side 38 / 96
Projekt 39: How old do I look? Using perceived age as a biomarker

for biological age
Vejleder: Julia Jones, juliajones@biology.sdu.dk
Praktisk del: Biologisk Institut
Gruppeplacering: Campus
Kommentar: The project will be in English
Nøgleord: Demography, theories of aging, citizen science, data analysis
Beskrivelse
Life expectancies in the developed
world are increasing by 6 hours per
day, 3 months per year, and 2.5
years per decade. Rising life
expectancies cause populations to
age and lower fertility rates
aggravate the effect. Population
aging heralds a suite of challenges
for the economy, social security,
and health care of the welfare
state. Therefore, understanding
how ageing is changing is a
pressing research goal. Our
ongoing Citizen Science project,
AgeGuess.org, studies human
ageing. We have already collected
a wealth of perceived vs. actual
age data spanning birth cohorts
from the years 1892 to 2014.
Perceived age is a biomarker of
biological age, which can be older or younger than one’s actual age. The data were collected via a
webpage, www.ageguess.org, where citizens upload pictures of individuals with known age and rate
ages of other users. Almost 4,500 citizen scientists from 120 countries of origin have uploaded 5,000
pictures of females (3,000) and males (2,000). More than 220,000 age guess have been made.
The aim of the project is to develop your own questions around the topic of aging and use the data
to answer them. Do 40-year-olds today look younger than 40-year-olds in the 1980s? Are women
better at guessing ages than men? Are we better at guessing ages of people who are close to us in
age? Do people from countries with high life expectancies look biologically younger than people from
countries with lower life expectancies?
The project will provide insights into fundamental demographic theories and data. It provides
insights into Citizen Science and the perks and challenges associated with involving the public in
doing science. Contribute at www.ageguess.org and like us on Facebook (@ageguess.org).
Minikurser
Litteratur
www.ageguess.org
Side 39 / 96
Projekt 40: How well is your code covered?

Vejleder: Larisa Safina, safina@imada.sdu.dk
Praktisk del: Testing, Programming
Nøgleord: code coverage
Beskrivelse
Code coverage is a measure showing to which extent the code of a program was executed during
testing. In other terms, it is an estimate of the chances of having undetected software bugs in
uncovered areas. There are many different metrics for calculating code coverage with a different
level of rigor. However, being more rigorous is not always good, since there are tradeoffs between
accuracy and, for example, performance.
The objective of this project is to evaluate an arbitrary project from the point of view of
code-coverage using different approaches and tools.
What is expected from you? First of all you will need to find a project with some level of
test-coverage (you can use your own or take something from github or sourceforge). Then
depending on what your goal is you can
Compare how differently coverage tools behave on the project in terms of performance
Compare the efficiency of different types of code coverage, for example, by checking if any
bugs are missed (e.g using mutation testing)
Implement your own code coverage tool
Work on your own cool idea
Minikurser
Posterfremstilling
Litteratur
Side 40 / 96
Projekt 41: Hvor meget kviksølv har du i dig?

Vejleder: Poul Bjerregaard, poul@biology.sdu.dk
Praktisk del: Laboratoriet og eventult i felten
Gruppeplacering: Økotoksikologisk Forskningsgruppe
Gruppestørrelse: Mindst 5 og maks 5 deltagere. Seks grupper kan arbejde med projektet.
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Kviksølv - Økotoksikologi - Human Hg-belastning
Beskrivelse
Udsættelse for kviksølv kan bl.a. forårsage skader på fostres udvikling af hjernen. Vi udsættes alle
for kviksølv gennem vor daglige kost, og man får en særligt høj belastning med kviksølv, hvis man
spiser mange fisk - især hvis de er placeret højt i fødekæden (f.eks. tun). En lille del af den kviksølv,
man spiser, afsættes i hår og negle, og koncentrationen af kviksølv i håret stiger med stigende
indtagelse af kviksølv. Det vil altså sige, at man ved at bestemme kviksølvindholdet i en hårprøve
kan bedømme en persons udsættelse for kviksølv.
I projektet vil I få mulighed for at bestemme indholdet af kviksølv i ganske små hårprøver fra jer selv
og jeres holdkammerater eller øvrige bekendte (hvis I kan lokke en hårprøve fra dem). I kan også
bestemme kviksølvindholdet i forskellige typer af fisk, muslinger og andre fødevarer. I kan ved hjælp
af spørgeskemaer om deltagernes spisevaner undersøge, om der er en sammenhæng mellem
indtagelsen af f.eks. tun og kviksølvkoncentrationen i hårprøverne.
Kviksølvkoncentrationerne bliver bestemt ved hjælp af koldtdamps-atomabsorptions-spektrometri,
som vil blive nærmere gennemgået for deltagerne.
Minikurser
Litteratur
Den relevante litteratur vil blive udleveret under kurset.
Side 41 / 96
Projekt 42: Hvor meget ved almindelige mennesker om

håndkøbsmedicin?
Vejleder: Paul C Stein, pcs@sdu.dk
Praktisk del: Institut
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Drugs, side effects, social investigation
Beskrivelse
En recent undersøgelse i Holland har vist, at appotekerne har rettet 10 million recepter på 15 million
indbygger i løbet af et år. Overført til Danmark ville dette korresponderer til ca. 3-4 million rettede
recepter per år. Undersøgelsen viser hvor vigtigt apotekerens rolle er, når det kommer til at finde
medicinerings fejl. Oftest omhandler det fejl i mængde og især i kombinationer af forskellige
lægemidler. Den kontrolfunktion forsvinder når vi køber vores medicin i handkøb.
Formål af projektet er vha af en spørgeskema, at finde ud af hvor meget forskellige

samfundsgrupper hvid om risici forbundet med handkøbs medicin.
Minikurser
Litteratur
Side 42 / 96
Projekt 43: Hvordan kan vi undersøge antibiotika-resistente

bakterier?
Vejleder: Finn Kirpekar, f.kir@bmb.sdu.dk
Pernille Kronholm Rasmussen, kronholm@bmb.sdu.dk
Praktisk del: Mikrobiologi lab, BMB
Kommentar: Kræver selvstændig indsats fra de studerende for at blive interessant
Nøgleord: Antibiotikaresistens, bakterier, laboratoriearbejde
Beskrivelse
Erfaringen viser, at det det nemt at isolereantibiotika-resistente bakterier fra næsten alle steder vi
kommer idagligdagen. Det er ikke nødvendigvis et problem eller et nyt fænomen, mengenerelt ved
vi meget lidt dagligdagens bakteriers mekanismer bagantibiotikaresistensen eller hvad bakterierne
får ud af at være resistente.
Ideen med dette projekter at give rammerne for at undersøge antibiotikaresistente bakterier,
derfindes i vores omgivelser. Det er så de studerendes opgave at udfylde rammernemed kvalificeret
faglig input fra vejledere, og selvfølgelig også underhensyntagen til den tid, der er til projektet (der
er maksimalt tre uger tilden praktiske del af projektet). Der ligger derfor ikke nogen fasteprotokoller,
øvelsesvejledning eller slutmål, men en forventning om at vejledereog studerende sammen kan
definere et spændende og udfordrende projektomhandlende isolering og undersøgelse af
antibiotika-resistente bakterier.
En ikke-bindende liste over ideer til projektets indhold:
Hvor skal bakterierne isoleres fra, og hvordan?

Hvilken antibiotikaresistens skal undersøges?
Hvordan kan resistente bakterier artsbestemmes?
Kan resistensen overføres til andre bakterier?
Hvad siger litteraturen den undersøgteresistens.
Hvordan kan vi undersøge resistensmekanismen?
Hvor meget antibiotika kan bakterierne tåle?
Jeres ideer……
Minikurser
Litteratur
Vejleder vil finde introducerende litteratur, når projektets rammer er aftalt med de studerende
Side 43 / 96
Projekt 44: Hvordan spiser planter dyr? Brug moderne analytiske

teknikker til studiet af planters enzymer
Vejleder: Peter Højrup, php@bmb.sdu.dk
Praktisk del: PR-gruppens laboratorium
Gruppeplacering: PR-gruppen eller bibliotek
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Analytisk proteinkemi, massespektrometri, kromatografi, enzymer
Beskrivelse
I dette projekt får du mulighed for at anvende moderne analytiske
redskaber som massespektrometri, separationsmetoder og
bioinformatik-metoder, der i dag bruges indenfor sygdomsforskning,
miljøundersøgelser og andre relevante molekylærbiologiske felter.
Som case tager vi udgangspunkt i kødædende planter og
undersøger, hvilke enzymer de bruger, når de ”spiser” insekter.
Som bekendt lever planter for det meste af uorganisk kulstof med
energi fra lys samt mineraler de optager fra omgivelserne. Enkelte
planter lever dog i næringsfattige områder og har udviklet metoder
til at fange og nedbryde dyr, primært insekter.
Umiddelbart repræsenterer insekter dog ikke letomsættelige
næringstoffer, så planterne har brug for at udtrykke en række
enzymer for at nedbryde insekterne.
I dette projekt foreslår jeg at I studerer den mekanisme, som
Nepenthes (Kandebæger) eller Sarracenia (Fluetrompet) bruger til
at nedbryde insekterne. Hos begge planter fanges insekter i bunden
af en lang tragt/pose, hvor planten (formentlig) udskiller enzymer i
en væske. Denne fordøjelsesvæske er relativt let at få fat i hos
Nepenthes.
Du får altså mulighed for at lære at ekstrahere og separere
proteinerne fra væsken og analysere disse vha. vores avancerede
massespektrometre. Med datafortolkning og bioinformatik ender i
sandsynlivis med at få identificeret nogle af de relevante enzymer – og finder måske endda nogle,
der ikke har været undersøgt før. I kan også vælge at undersøge, hvor hurtigt og hvordan planten
reagerer på ”tilfangetagningen”; vil sammensætningen af udskilte enzymer ændre sig, når først
insekterne er fanget? Alternativt kan i undersøge enzymernes aktivitet og specificitet under
forskellige forhold.
Du får altså mulighed for at arbejde med en specifik case og samtidigt opnå kompetencer indenfor
proteinanalyse, massespektrometri, bioinformatik m.m.
Minikurser
Litteratur
Proteome analysis of pitcher fluid of the carnivorous plant Nepenthes alata. Hatano N, Hamada T. J
Proteome Res. 2008 Feb;7(2):809-16
The protein composition of the digestive fluid from the venus flytrap sheds light on prey digestion
mechanisms. Schulze WX et al. Mol Cell Proteomics. 2012 Nov;11(11):1306-19
Proteomic analysis of secreted protein induced by a component of prey in pitcher fluid of the
carnivorous plant Nepenthes alata. N Hatanoa, T Hamada; J of Proteomics, 75(15):4844-4852
Side 44 / 96
Projekt 45: Iltdynamik i marine sedimenter

Vejleder: Morten Larsen, mortenl@biology.sdu.dk
Praktisk del: Eget laboratorie
Gruppeplacering: Biologisk institut
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Fotosyntese, respiration, fauna, mikrosensorer, biogeokemi
Beskrivelse
Produktionen og nedbrydningen af organisk materiale i havbunden spiller en afgørende rolle for de
biologiske og kemiske forhold i kystnære områder. Eksempelvis spiller balancen mellem bentiske
mikroalgers fotosyntese og bakteriers (samt faunaens) respiration en stor rolle for
ilttilgængeligheden ved havbunden. Denne balance styres af mange fysiske og kemiske forhold så
som: temperatur, lys, hydrodynamik, salinitet, næringssalts koncentration, fauna aktivitet og
sedimentation. Ved hjælp af mikrosensorer og forskellige inkubations teknikker kan vi undersøge
hvorledes iltforholdene i havbunden varierer og hvordan forskellige faktorer regulerer
iltsdynamikken langs de danske kyster. Det er dog også muligt at se på andre beslægtede
problemstillinger - eksempelvis betydningen af fauna for ventilationen af havbunden eller
betydningen af bentiske mikroalger for the overordnede primær produktion eller nærringssalt
dynamik i kystnære farvande.
Minikurser
Litteratur
Stofomsætning i havbunden, Glud og Kühl (2006), Tema-raport fra DMU 42/2002

Havbundens stofomsætning, i Naturen i Danmark: Havet (Eds:T Fenchel & K Sand Jensen),
Kap.2, Gyldendal
Oxygen dynamics of marine sediments, Glud (2008). Mar Biol Res 4:243-289
Side 45 / 96
Projekt 46: Importance of protein tyrosine phosphorylation for

normal and cancer cell signaling
Vejleder: Blagoy Blagoev, bab@bmb.sdu.dk
Vyacheslav Akimov, akimov@bmb.sdu.dk
Stine Duelund Kaas Christensen, sdkc@bmb.sdu.dk
Praktisk del: CEBI, Bygning 37.1
Kommentar: This project will be held in English
Nøgleord: signaling, phosphorylation, cancer, kinases, phosphatases, inhibitors
Beskrivelse
In multicellular organisms the proper function and survival of every cell is dependent on intercellular
signalling networks that control cells’ growth, differentiation and metabolism. Deregulation of
signaling, e.g. loss of growth control, is at the heart of numerous human diseases including cancer.
Growth factors like the epidermal growth factor (EGF), nerve growth factor (NGF) and Insulin among
others play a central role in these processes. The most distinguishing feature of the cellular signaling
initiated by growth factors is the flow of tyrosine phosphorylation events occurring in the cells
immediately after hormone stimulation. Improper actions of the proteins responsible for the
reversible tyrosine phosphorylation, namely tyrosine kinases and phosphatases, are found in all
human cancers and are the main cause for developing and maintaining the disease state. Therefore,
the development of specific inhibitors to various kinases and phosphatases take a central part of the
drug-developing industry today. Plan for experimental work: In this project we will study protein
tyrosine phosphorylation induced by growth factors in cancer cell lines using immunoprecipitation
and Western blotting. This experiment will be repeated using specific inhibitors of tyrosine
phosphatases in order to compare the cellular effects under these experimental conditions. The
project will reveal both the global cellular phosphorylation responses as well as some of the key
proteins involved in the signaling initiated by growth factors. The project provides an opportunity to
work with cell culture and some of the major molecular biology techniques.
Minikurser
Litteratur
Blume-Jensen P, Hunter T. Oncogenic kinase signalling. Nature. 2001, 411(6835):355-65.
Schlessinger J. Cell signaling by receptor tyrosine kinases. Cell. 2000, 103(2):211-25.
Hunter T. Signaling--2000 and beyond. Cell. 2000, 100(1):113-27.
Side 46 / 96
Projekt 47: Is it the Higgs? LHC and the elementary particle

discovery
Vejleder: Heidi Rzehak, rzehak@cp3.sdu.dk
Mads Toudal Frandsen, frandsen@cp3.sdu.dk
Praktisk del: teoretisk projekt
Kommentar: Projektvejledning foregår hovedsageligt på engelsk.
Nøgleord: Particle physics, Kinematics, Relativity
Beskrivelse
In this project we will study the recent discovery of a new elementary particle at the Large Hadron
Collider. We will address the question: Is it the Higgs Boson?
After a brief introduction to special relativity, the kinematics of particle reactions and the Higgs
sector of the Standard Model of Particle Physics, we will study aspects of the Higgs boson at the LHC.
In particular decays of the Higgs boson, how to compute the decay rate and discuss how to detect
particles. If time permits we might consider Monte Carlo methods for computing physical processes:
The students will:
1. Gain basic knowledge of the properties and role of the Higgs boson in the Standard Model of
Particle Physics.
2. Learn the necessary concepts and techniques to compute decays of the Higgs boson (given
the amplitude)
3. Study the physics of collider experiments
4. If time permits study and apply Monte Carlo methods in particle physics.
Knowledge of physics at the level of FY529 (or previously FF502) is required background for a
succesful outcome.
Good computing skills are an advantage and good programming skills (e.g. C++ or Python) are
useful for the optional item 4.
Minikurser
Litteratur
Notes on Special Relativity from the course of Classical Mechanics FY504

The particle adventure: http://www.particleadventure.org/
QCD and Collider Physics, Ellis, Stirling, Webber, Chapter 11
Numerical Recipes (http://www.nr.com/) Sect. 4.6, 7.6
http://www.ippp.dur.ac.uk/compphys Lectures 1,2
Notes on simple Monte Carlo methods, with a set problem on the description of the radiation
pattern in a setup where analytic solutions would be extremely difficult to obtain
Side 47 / 96
Projekt 48: Kaos i naturvidenskab

Vejleder: Paolo Sibani, paolo.sibani@sdu.dk
Praktisk del: Computerberegninger
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Sommerfugleeffekt Matlab grafisk fremstilling af data
Beskrivelse
Den opfattelse at naturen kan beskrives som et urvaerk og at naturlige processer kan forudsiges
naar begyndelsesbetingelserne blot er kendte, var herskende for knap 200 aar siden. Den blev
udfordret af kvantemekanikken i begyndelse af sidste aarhundrede og er nu ikke laengere gangbar
moent indenfor naturvidenskab.
Det kom alligevel som en overraskelse i 1970' erne at tidsudviklingen af selv simple matematiske
modeller, som i princippet afgoeres af begyndelsesbetingelserne, alligevel ikke kan forudsiges over
lange tidsintervaller. Den mindste usikkerhed i begyndelsesbetingelserne kan vokse eksponentielt
over tiden og dermed oedelaegge loesnigen. Kendt i folkemunde som 'sommerfugleffekten', er
dette karakteristisk for alle kaotiske systemer. Interessant nok, kan mange kendte systemer,
afhaengigt af parametre, udvise kaotisk opfoersel. Endelig er kaotisk opfoersel paa mikroskopisk
niveau stiltiende antaget i statistisk fysik, og (endnu mere stiltiende) i termodynamik.
Projektet giver indblik i kaos ved at at analysere et kaotisk system og dets opfoersel. Deltagerne vil
forbedre deres kompetencer i databehandling og loesning af koblede differentialigninger og faa
indsigt i et vigtigt kapitel af moderne fysikhistorie. Det praecise forloeb og indhold afgoeres af
deltagerne i faelleskab i begyndelse af projektet.
Minikurser
Litteratur
Noter udleveres.
Side 48 / 96
Projekt 49: Kemisk Syntese i Nanoreaktorer

Vejleder: Stefan Vogel, snv@sdu.dk
Philipp Löffler, pmgl@sdu.dk
Praktisk del: BioNEC lab (FKF)
Kommentar: Ingen
Nøgleord: kemisk syntese, DNA, soft nanopartikler, spektroskopi
Beskrivelse
Projektet omhandler brug af soft
nanopartikler som nanoreaktorer (de findes
også i naturen som "exosomer" og
"endosomer" i celler). Projektet anvender
modificeret DNA som indeholder
membraneankre (DNA biokonjugater) som
kan kontrolleret binde og fusionere
liposomer (< 100 nm).
Fusion af disse liposomer kan starte

forskellige reaktioner i attoliter volumen i
vandige faser. DNA bliver brugt til at
programmere et bestemt sekvens af
fusioner af individuelle nanoreaktorer som
kan indeholde forskellige reaktive
udgangsstoffer eller enzymer. Det betyder
at DNAens sekvens bestemmer hvilke
produkter der kan dannes i reaktionen.
Projektet er rettet mod at lave kemiske (og
enzymatiske) reaktioner i nanoreaktorer
bestående af bløde nanopartikler
(liposomer) og at undersøge mulige
reaktionsprodukter. Der anvendes HPLC
(High Performance Liquid Chromatography
- højtryksvæskekromatografi, en meget
anvendt kemisk analysemetode) for at bestemme det relative forhold mellem de mulige produkter
og udgangsstoffer.
Projektets mål er at lære moderne metoder til reaktioner i små reaktionsvolumen og dens betydning
for kombinatorisk og programmerbar kemi.
Minikurser
Litteratur
1. P. M. G. Löffler, O. Ries, A. Rabe, A. H. Okholm,R. P. Thomsen, J. Kjems and S. Vogel, A
DNA-programmed liposome fusion cascade.Angew. Chem. Int. Ed. 2017, 56, 13228-13231.
2. O. Ries, P. M. G. Löffler, A. Rabe, J. J. Malavan andS. Vogel, Efficient liposome fusion mediated by
lipid–nucleic acid conjugates. Org.Biomol. Chem. 2017, 15,8936–8945.
3. A. Küchler, M. Yoshimoto, S. Luginbühl, F. Mavelli, P. Walde, Nat. Nanotech., 2016, 409-420.
Side 49 / 96
Projekt 50: Klimaeffekter på plante-dyr interaktioner

Vejleder: Gesa Römer, gesa@biology.sdu.dk
Johan Dahlgren, dahlgren@biology.sdu.dk
Praktisk del: Ja
Gruppeplacering: Biologisk institut
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Klima, økologi
Beskrivelse
En af de vigtigste måder globale
klima opvarmning forventes at have
skadelige økologiske effekter er ved
at forstyrre symbiotiske
interaktioner. En form for symbiotisk
plante-dyr interaktion, som menes at
være påvirket, er dyre-bestøvning.
I dette projekt vil vi undersøge,

hvordan temperaturen påvirker
planters fænologi (når de begynder
at blomstre), bestøveres fænologi
(når først observeret på året) og
deres “match” og eventuelle
“mismatch” ved forskellige
temperaturer. Projektet omfatter
også en kort litteraturgennemgang.
Hvor meget af projektet vil bestå af

feltarbejde respektive litteraturstudier kan bestemmes af de studerende i samråd med vejleder.
Minikurser
Litteratur
Oikos Blog, 13-06-2014
http://oikosjournal.wordpress.com/2014/06/13/how-does-climate-change-affect-pollination-phonology
Side 50 / 96
Projekt 51: Kombinationsbehandling af resistente bakterier

Vejleder: Janne Kudsk Klitgaard, jkklitgaard@health.sdu.dk
Praktisk del: Mikrobiologigruppen
Kommentar: Ingen
Nøgleord: antibiotikaresistens
Beskrivelse
Stafylokokker er i dag en af de hyppigste årsager til hospitalserhvervede infektioner og medfører
desuden stigende problemer uden for hospitalerne. Stafylokokkerne underinddeles i
koagulase-positive stafylokokker (Staphylococcus aureus) og koagulase-negative stafylokokker,
hvoraf S. aureus er langt den hyppigste sygdomsforvolder. S. aureus findes som en naturlig del af
vores mikrobielle flora på hud og slimhinder- således er ca. 35-50 % af befolkningen bærere af S.
aureus i næsen. Infektioner med S. aureus er af vidt forskellig sværhedsgrad og spænder lige fra
overfladiske sår og bylder til alvorlige infektioner, som fx. knogleinfektioner, hjerteklapbetændelse
og blodforgiftning. Hos ellers raske mennesker giver S. aureus hyppigst hudinfektioner, som fx.
børnesår, neglerodsbetændelse og bylder. På hospitaler er S. aureus den hyppigste årsag til
infektion efter operationer. S. aureus som er resistent overfor antibiotika betegnes MRSA. I
forkortelsen MRSA står M for Methicillin, navnet på det første penicillin antibiotikum rettet direkte
mod stafylokokker, R for resistent og SA for Staphylococcus aureus. MRSA forekom tidligere næsten
kun i hospitalsmiljøet, men i slutningen af 1990erne ændredes sygdomsmønstret. MRSA-bakterier er
i stadigt stigende omfang blevet tilpasset til at overleve uden for hospitalsmiljøet- disse bakterier
kaldes samfundserhvervede MRSA. Denne nye tendens med, at MRSA kan spredes udenfor sygehuse
og også blandt raske personer er set over hele verden. Årsagen til dette er ændringer i selve
stafylokokbakterierne, der gør, at disse MRSA bæres i væsentlig længere tid - også uden for
hospitaler - og desuden er i stand til at sprede sig mere effektivt end tidligere. Siden 2004 er der
fundet en ny type MRSA, som især lever hos husdyr, men som kan smitte mennesker, der er i
kontakt med MRSA-positive dyr (særligt svin).
Dette projekt tilbyder de studerende muligheden for at opnå viden om antibiotika resistens og
udviklingen af denne hos f.eks. S. aureus samt undersøge hvorledes antibiotika resistens i
stafylokokker kan løses ved nye behandlingstiltag. Fokus for det praktiske arbejde vil være at
undersøge hvor vidt hjælperstoffer i kombination med antibiotika har en øget antimikrobiel effekt på
resistente bakterier.
Minikurser
Litteratur
Batabyal,B., Kundu, G., & Biswas, S. (2012). Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus: A Brief
Review. I. Res. J. Biological Sci., 1(7), 65–71.
Side 51 / 96
Projekt 52: Kommutative ringe med enhed og deres

polynomiumsringe
Vejleder: Thomas Gotfredsen, thgot@imada.sdu.dk
Praktisk del: Projektet er teoretisk
Kommentar: Projektet er velegnet til studerende på matematik
Nøgleord: Algebra, ringteori, integritetsdomæner, hovedidealområder, primtalsfaktorisering,
idealer.
Beskrivelse
Det er velkendt for de fleste at alle heltal kan opløses entydigt i et endeligt antal primtal, og mange
er nok stødt på Euklids algoritme til at finde største fælles divisor for to tal. Det er til gengæld
mindre klart hvornår generelle ringe har disse egenskaber, og i hvilken relation de står til hinanden.
Det viser sig at der findes et hieraki i strukturen af kommutative ringe, som blandt andet siger at alle
såkaldt Euklidiske ringe har en bestemt idealstruktur samt entydig faktorisering. Et andet spørgsmål
man kan stille sig selv er, hvor mange egenskaber polynomiumsringen arver fra den ring hvorfra den
får sine koefficienter. Her kan man blandt andet vise at alle legemer har Euklidiske
polynomiumsringe. Formålet med dette projekt er at studere disse relationer. Det er f.eks. oplagt at
undersøge om alle Euklidiske ringe tillader entydig faktorisering i "primtal", eller se på hvad man kan
kræve af koefficientringen for at en polynomiumsring har entydig faktorisering, er Euklidisk, eller
opfylder nulreglen. Det er også naturligt at undersøge hvilke af de undersøgte egenskaber som
kendte eksempler opfylder. Omvendt er det også interessant at finde modeksempler til evt. ugyldige
implikationer.
Minikurser
Posterfremstilling
Litteratur
Følgende materialer foreslås:
Thomas W. Hungerford. Abstract Algebra: An Introduction. Cengage Learning, 2012.

R.B.J.T Allenby. Rings, Fields and Groups: An Introduction to Abstract Algebra (2nd Edition), Edward
Arnold, 1991
Anders Thorup. Algebra. Københavns Universitet 2007.
URL: http://www.math.ku.dk/noter/filer/alg12.pdf
Jørn Børling Olsson Matematik 2AL, Københavns Universitet, 1992.
URL:http://www.math.ku.dk/noter/filer/indentryk/olsson92.mat2al.pdf
Anden litteratur kan inddrages efter behov.
Side 52 / 96
Projekt 53: Kvantitativ bestemmelse af Fe og Mg i vitaminpiller

Vejleder: Kaare Lund Rasmussen, klr@sdu.dk
Praktisk del: Atomabsorptionsspektroskopi
Kommentar: Ingen
Nøgleord: AAS, Fe, Mg, vitaminpiller
Beskrivelse
Projektet går ud på at kontrollere indholdet af Fe og Mg i vitaminpiller af forskelligtfabrikat. De
studerende fremskaffer selv mindst 5 forskellige slagsvitaminpiller af forskelligt fabrikat. I
laboratoriet knuses et antal (2 - 5) af tabletterne, hvorefter pulveret opløses i analyseren HCl,
hvorefteropløsningen filtreres og fortyndes. Herefter fremstiller de studerende standardopløsninger
af Fe og Mg i de forventede koncentrationer. Alle opløsningerne måles på CHART’s Analyst-400
Atomabsorptionsspektrometer. Destuderende laver en evaluering af, om de forskellige fabrikanter
overholderderes egne deklarationer, subsidiært om al stoffet bringes i opløsning i saltsyre, som i
mavesækken (”bioavailability”).
Minikurser
Litteratur
Side 53 / 96
Projekt 54: Kviksølv i fynske ferskvandstanglopper og bækørreder

Vejleder: Poul Bjerregaard, poul@biology.sdu.dk
Praktisk del: I laboratoriet og i felten
Kommentar: Projektet henvender sig fortrinsvis til naturvidenskabsstuderende
Nøgleord: Kviksølv fødekæder ferskvandstanglopper ørreder
Beskrivelse
Kviksølv udgør et af de største forureningsmæssige problemer, idet mikroorganismer i naturen kan
methylere uorganisk kviksølv (Hg2+) til methylkviksølv (CH3Hg+), som biomagnificeres i – især
akvatiske – fødekæder. Organismer i toppen af visse akvatiske fødekæder kan indeholde så høje
koncentrationer af methylkviksølv, at det udgør et problemfor de dyr (og mennesker), der spiser
organismerne.
Foreløbige resultater antyder, at unge bækørreder i fra forskellige fynske vandløb har forskellige
kviksølvkoncentrationer. Et af bækørredernes væsentligste fødeemner er ferskvandstanglopper, og i
projektetvil I indfange ferskvandstanglopper fra udvalgte fynske vandløb, og I vil i laboratoriet
bestemme vandloppernes indhold af kviksølv. Samtidig vil I bestemme kviksølvindholdet i unge
bækørreder fra de samme vandløb; disse bækørreder er indsamlet i forbindelse med et andet
projekt, og de forefindes allerede i laboratoriet i frossen tilstand. Formålet er at undersøge, om der
er sammenhæng mellem kviksølvkoncentrationerne i organismerne på de to forskellige trofiske
niveauer i de forskellige vandløb.
Kviksølvkoncentrationerne bliver bestemt ved hjælp af koldtdamps-atomabsorptions-
spektrometri,som vil blive nærmere gennemgået for deltagerne.
Minikurser
Litteratur
Udleveres under kurset
Side 54 / 96
Projekt 55: Laboratorieundervisning som middel til læring

Vejleder: Nadia Dyrberg Egemose, nrdk@sdu.dk
Praktisk del: Indsamling af empiri
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Laboratorieundervisning, læringsmål, motivation
Beskrivelse
Undervisere betragter ofte laboratoriearbejde som en essentiel del af
naturfags-/naturvidenskabsundervisningen, og som det element, der netop adskiller naturfagene fra
alle andre fag. Fagdidaktikere stiller sig imidlertid kritiske over for effektiviteten og værdien af
praktisk arbejde - både angående kognitive (fx indlæring af naturvidenskabelig viden) og affektive
mål (fx motivation og interesse). Laboratorieundervisning tilskrives dog ofte en bred vifte af disse
mål fra undervisernes side - mål som de fagdidaktiske forskere imidlertid har vanskeligt ved at
vise opfyldes effektivt. Alligevel mener forskerene ikke, at laboratorieundervisningen skal afskaffes
fra læreplanen.
Projektets formål er at tage bestik af den danske praksis for laboratorieundervisning samt pege
fremad mod en ny og opdateret undervisningspraksis. Projektet kan fokusere på et enkelt
uddannelsestrin (fx ungdoms- eller universitetsuddannelse) eller på overgange mellem to
uddannelsestrin. Ligeledes kan der fokuseres på laboratorieundervisning generelt eller på et enkelt
fagområde. Følgende spørgsmål kan bruges som inspiration til valg af fokusområde:
Hvordan forgår den typiske danske laboratorieundervisning på gymnasialt niveau?

Hvilke læringsmål understøtter forskelligeformer for laboratorieøvelser? og hvordan kan en
laboratorieøvelse designes forbedst at understøtte de givne læringsmål?
Hvordan kan simuleringer og virtuelle laboratorier benyttes i forbindelse med
laboratorieundervisning?
Projektets metode afhænger af det valgte fokus men kan fx bestå i interviews, spørgeskema eller
analyse af øvelsesvejledninger. Projektet vil kunne åbne op for en refleksion og diskussion af den
nuværende praksis inden for laboratoriearbejde på forskellige danske uddannelsesniveauer, belyse
evt. overgangsproblematikker og/eller benyttes som afsæt til design af effektive laboratorieøvelser.
Minikurser
Litteratur
Hodson, D., 1990. A Critical Look at Practical Work in School Science. School Science Review, vol. 71,
nr. 256, 33-40.
Hofstein, A. og Lunetta, V.N., 2004. The Laboratory in Science Education: Foundations for the
Twenty-First Century. Science Education, vol. 88, nr. 1, 28-54.
Side 55 / 96
Projekt 56: Life history in a Danish population of the sand goby

Vejleder: Glenn Wilson, wilson@biology.sdu.dk
Praktisk del: Project options will inlcude laboratory work and maybe also fieldwork
Gruppeplacering: Department of Biology
Kommentar: These projects will be taught in English.
Nøgleord: Fish, Coastal, Denmark
Beskrivelse
Sand gobies (Pomatoschistus minutus) are an abundant demersal fish around the Fyn coastline. Its
abundances and broad distribution throughout the Baltic Sea make it an ideal species with which to
examine how coastal fishes might respond to factors such as shoreline habitat restoration or climate
change. Yet, there are signs that goby recruitment has been in decline in the region, and there
is also a growing (albeit, poorly understood) threat from the larger and invasive round goby whose
distribution is currently expanding westwards across the northern Fyn coastline. Given that species
such as the sand goby represent a key trophic link between the benthic environment and larger,
commercially-significant fishes such as cod, there is a pressing need to understand its local
population ecology in greater detail.
The life history of sand gobies is broadly understood in terms of their spawning behaviours,
tendencies for offshore overwintering and spring to autumn near-shore residency, structural habitat
associations, and dietary needs. Nevertheless, we still have a very limited understanding of its
biology around Fyn.
There are a number of possibilities for this project, from looking at the behaviour of fish away from
tidal influence, to looking at what factors affect growth in their larvae. I have a captive colony of
sand gobies that we can use, and we can also aquire more fish from the wild for your research if
necessary - depending on what the two groups decide to work on.
Minikurser
Litteratur
We will discuss this once your group has selected its specific project focus.
Side 56 / 96
Projekt 57: Ligand-binding til G-quadrupleksen i de humane

telomerer studeret med computerkemi
Vejleder: Michael Petersen, mip@sdu.dk
Praktisk del: Udføres på Institut for Fysik, Kemi og Farmaci
Kommentar: Ingen
Nøgleord: telomer, G-quadrupleks, beregningskemi, simulering, struktur
Beskrivelse
Den genetiske kode findes i
chromosomerne. I enderne af disse sidder
DNA sekvenser, der ikke koder for proteiner
- de såkaldte telomerer. Hver gang en celle
deles bliver telomererne afkortet en lille
smule. Dette skyldes, at chromosomerne
ikke kan kopieres fuldstændigt af
DNA-polymerasen. Udover at beskytte
kopieringen af genomet, spiller telomererne
også en rolle i at kontrollere cellers levetid.
For hver celledeling forkortes telomererne
en smule, og når telomerene bliver for
korte, dør celle. Telomererne består dels af
et stykke dobbeltstrenget DNA og dels et
enkeltstrenget stykke. Det er sidstnævnte, der er basis for dette projekt. DNA sekvensen er her
bygget op af hundredevis af gentagelser af sekvensen TTAGGG. Sådan en DNA-sekvens, der
indeholder mange guaniner, G-baser, kan danne en struktur kaldet en G-quadrupleks (Figur 1, højre),
hvor fire DNA strenge binder til hinanden via en G-tetrade (Figur 1, venstre).
Telomerase er et enzym, der forlænger telomeren, hvilket forlænger en celles levetid. Telomerase
findes i celler, der naturligt skal dele sig ofte, fx fosterceller og hudceller, mens enzymet ellers ikke
findes i humane celler. Det er dog observeret, at telomerase er til stede i ca. 90% af alle kræftceller,
og enzymet kan derfor være en vigtig komponent i kræftcellers evne til at dele sig uhæmmet.
Telomererne findes i ligevægt mellem en åben, enkeltstrenget form, og en lukket form, hvor de
danner en G-quadrupleks. Telomerase binder til førstnævnte. I forbindelse med behandling af kræft
kan små molekyler, der binder til - og stabiliserer - G-quadrupleks-formen af telomeren, være med til
at inaktivere telomerase. Sådanne ligander kan altså potentielt bruges i behandling af kræft.
I dette projekt vil vi undersøge liganders binding til G-quadrupleks-strukturer ved brug af
beregningskemi. Mere specifikt vil vi anvende to forskellige beregningskemiske teknikker, docking
og molekyldynamik. Med docking kan vi forudsige, hvor ligander binder på G-quadrupleksen, og med
molekyldynamik-simuleringer kan vi undersøge, hvordan ligand og quadrupleks tilpasser sig
hinanden i et induced fit. Vi vil i projektet tage udgangspunkt i kendte ligander og forsøge at
optimere disse, så de binder bedre til en G-quadrupleks.
Minikurser
Litteratur
Relevant litteratur udleveres og diskuteres med de studerende
Side 57 / 96
Projekt 58: Light for the Future

Vejleder: Beate Klösgen, kloesgen@sdu.dk
Praktisk del: Institut for Fysik, Kemi og Farmaci
Gruppeplacering: Institut for Fysik, Kemi og Farmaci
Kommentar: Undervisnings sproget er en blandning af Dansk og Engelsk / teaching language
will be a mixture of English and Danish;
Nøgleord: ESS — large scale facility research — green technology
Beskrivelse
New light is coming to the Øresund area when one of
the most advanced Light Sources, ESS (European
Spallation Source), is switched on for the Science
community by 2019. This neutron Large Scale Facility
(LSF) will be located close to the Swedish X-ray MAX
IV laboratory, and accomplish the Hamburg facilities
with the upcoming European Free Laser and the X-ray
instrumentations of PETRAIII. Together these LSFs will
constitute the brightest light sources worldwide and
provide most modern state-of-the-art instrumentation
for the study of structure and dynamics in condensed
matter, enhancing the vibrant research area around
the Baltic Sea and providing new job opportunities.
The targets of interest are small details in complex materials and fast processes therein, in order to
lay the ground for a better understanding in basic materials sciences and to design tailor made new
tools of future technologies. A major boost for the study and development of new materials is
expected, with a related spin-off into industrial applications with green technologies. Examples are
new biocompatible low-energy systems, like functional coatings for recognition and filtering
(semi-permeable, self-cleaning, …) e.g. non-fouling and antibacterial surfaces as for implants or food
packaging, individualized tools as responsive nanoaggregates e.g. for nano-medicine or for
detoxification systems, new materials for batteries and energy storage, … . The project picks a
selected topic and looks into it under the aspect of the potential of the new LSFs for the advance of
material sciences. It addresses students of all disciplines in natural sciences with an interest to
materials sciences, advanced experimental equipment, and interdisciplinary research. Be open
minded and train to exercise your new insights in the form of a science communication project.
Students will learn to assemble information using the internet, the local library and official
information brochures. The goal of the project is to acquire some understanding of a complex
system, identify an exciting aspect to be studied by LSF methods, present this to the general
audience.
Minikurser
Litteratur
M. Northey and J. Jewinski, Making Sense - A Student's Guide to Research and Writing (Engineering
and the Technical Sciences), 5th Ed.; Oxford University Press, 2015
Side 58 / 96
Projekt 59: Linezolid resistens

Vejleder: Birte Vester, b.vester@bmb.sdu.dk
Praktisk del: Ingen laboratoriearbejde
Gruppeplacering: Campus eller BMB
Kommentar: Teoretisk projekt
Nøgleord: bakterier, antibiotikaresistens
Beskrivelse
Det er velkendt at vi er ved at få et
meget stort problem med resistente
bakterier, der ikke hæmmes af de
antibiotika vi bruger i
sygdomsbekæmpelse af
bakterieinfektioner. Vi kan ikke udrydde
antibiotikaresistens, så vi må lære at
leve med den. Resistens kan skyldes
vidt forskellige ting og nogle slags
opstår hele tiden som følge af små
mutationer, mens andre slags skyldes
overførsel af gener.
Linezolid er et af de ret få nye

antibiotika på markedet. Det virker
antibakterielt ved at binde til
ribosomerne og hæmme
proteinsyntesen. Ved godkendelsen
troede man at resistensudvikling ville
være meget svær for bakterierne, fordi
det er et syntetisk produkt. Den
forudsigelse holdt ikke, og i dag kender
man flere resistensmekanismer. Udover
at linezolid resistens kan skyldes forskellige molekylære mekanismer findes resistensgenerne også i
flere og flere forskellige bakterier. Desuden findes de resistente bakterier mange steder, altså
geografisk spredt. Spredningen af resistenserne skyldes formodentlig selektivt pres, enten fra
behandling med linezolid, eller behandling eller brug af kryds-resistente stoffer. Projektgruppen skal
lave litteraturundersøgelser, opnå basisviden om antibakterielle antibiotika, tilegne sig specifik viden
om resistensmekanismer og en dybdegående viden om linezolid og dets resistensmekanismer. På
baggrund af den tilegnede viden skal der skrives en videnskablig rapport. Projektet er teoretisk og
der vil ikke være mulighed for praktisk laboratoriearbejde.
Minikurser
Litteratur
Start litteratur af generel karakter:
Antibiotic Resistance: An Ecological Perspective on an Old Problem. ASM rapport 2009.
QandA: Antibiotic resistance: where does it come from and what can we do about it? G.D.Wright.
BMC Biology 2010, 8:123.
Todar's Online Textbook of Bacteriology. Bacterial Resistance to Antibiotics:
http://textbookofbacteriology.net/resantimicrobial.html
Side 59 / 96
Projekt 60: Logic Puzzles and Boolean Satisfiability

Vejleder: Luís Cruz-Filipe, lcf@imada.sdu.dk
Praktisk del: Programmingserfaring er IKKE en forudsætning, men det er en fordel, hvis du har
arbejdet med Maple/Matlab/Python eller lignende
Kommentar: Projektet er velegnet til alle studerende med en vis interesse i matematiske eller
datalogiske emner
Nøgleord: Boolean Logic, Satisfiaibility, Constraint Solving
Beskrivelse
Logic puzzles are both great recreational fun (sudoku, kakuro,
hitori, sokoban etc.) and at the core of many industrial and
research applications (scheduling, optimization, routing,
verification, etc.). Common to these problems is that they are
considered to be hard problems (NP-complete), for which we do
not expect to be able to come up with fast algorithms in the
general case.
Boolean Satisfiability is a logic puzzle, where given a
propositional formula (DK: udsagnslogisk formel) one is to
determine whether it can be made true by assigning its variables
to either true or false. This logic puzzle is also hard, but
researchers have worked for nearly 60 years on algorithms for
solving this particular problem.
Many other logic puzzles can be solved by representing their
elements using Boolean variables that can be either true or false
(think of them as bits) and expressing the puzzles as Boolean
satisfiabiliy. Then small but complex and highly efficient computer programs (freely available and
usually open source) can be used to solve these puzzles, in turn giving solutions for the original logic
puzzles.
The goal of this project is to learn how to use Boolean Satisfiability to solve other logic puzzles. The
puzzle can be one of those mentioned above, but there are a virtually infinite number of other
interesting choices available. For small logic puzzles (like the 5x5 hitori puzzle in the picture),
expressing them can be done without programming. Larger logic puzzles require (very basic)
programming skills to automate some of the tedious work.
Minikurser
Posterfremstilling
Litteratur
https://en.wikipedia.org/wiki/Boolean_satisfiability_problem
https://en.wikipedia.org/wiki/Hitori
Side 60 / 96
Projekt 61: Lægemidler, gifte og NMR

Vejleder: Paul C Stein, pcs@sdu.dk
Praktisk del: FKF
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Lægemidler, lokalisered NMR spektroskopi, MRI, fordelingscoefficienter
Beskrivelse
Lægemidler skal på deres vej til målet passere gennem et eller flere membraner. ”Gode” lægemidler
skal derfor være både fedt- og vandopløslig. Den vand/octanol fordelingscoefficient er ofte brugt for
at estimere de hydrofile/lipofile egenskaber af stofferne.
Vi skal anvende diverse forme af et-dimensional MRI (kernspin resonans imaging) til at undersøge
egenskaberne af forskellige stoffer (f.eks. lægemidler eller gifte, eller ….). Det vil især være
interessant at undersøge indflydelsen af forskellige formuleringer.
Minikurser
Litteratur
Wikipedia
Lægemiddelkataloget (medicin.dk)
Side 61 / 96
Projekt 62: Magistrelle lægemidler: Hårde kapsler

Vejleder: Judith Kuntsche, kuntsche@sdu.dk
Praktisk del: Institut
Kommentar: Ingen
Nøgleord: magistrelle lægemidler, kapsel påfyldning, pulverhomogenitet
Beskrivelse
For særlige
patientegrupper
(fx små
børn) findes der
ikke industrielt
producerede
lægemidler, fx
lægemidler med
den ønskede
styrke eller
lægemiddelform
[1,2]. I disse
tilfælde skal der fremstilles et lægemiddel for den individuelle patient på et apotek, fx på et
sygehusapotek. Lægemidler, som tilberedes til individuelle patienter, kaldes magistrelle lægemidler
[3].
Hårde kapsler består af to cylinderformede halvdele, som kan skydes ind i hinanden og dermed
lukkes. Hårde kapsler fyldes normalt med et puvler eller graunlat, som indeholder lægemiddelstoffet
[4]. Kaspelskallerne fremstilles industrielt i forskellige normerede størrelser (kapselvoluminer) og
dosering sker efter kapslernes rumfang, dvs efter voluminen (figur 1). Hårde kapsler er velegnet til
fremstilling af lægemidler med tilpasset styrke, fx ud fra tabletter. I disse tilfælde findeles
tabletterne til et pulver og fortyndes med et inert hjælpestof (fyldestof) for at opnår en mindre styrke
af lægemiddelstoffet. Derefter fyldes pulveret i hårde kapsler. Hvordan kan der dog sikres, at alle
kapsler indeholder den korrekte dosis af lægemiddelstof?
I dette projekt vil du lære at påfylde hårde kapsler i lille målestock (dvs. til magitrel
lægemiddelfremstilling) og undersøge vigtige fremstillingsparametre (pulverblanding og
påfyldningsmetode) for at opnår kapsler som svarer til de høje kvalitetskrav af den Europæiske
Farmakopé (Ph.Eur.).
Minikurser
Litteratur
[1] M.C. Nahata and L.V. Allen, Extemporaneous drug formulations. Clin. Ther. 30 (2008) 2112-2119.
[2] N. Hyghebaert, J. De Beer, C. Vervaet and J.P. Remon, Compounding of vitamin A, D3, E and K3
supplements for cystic fibrosis patients: Formulation and stability study. J. Clin. Pharm. Ther. 32
(2007) 489-496.
[3] Danske lægemiddelstandarder, bilag 3.
[4] H.G. Kristensen. Almen Farmaci, Odontologisk Boghandel.
Side 62 / 96
Projekt 63: Modelling extreme events with application to

insurance
Vejleder: Yuri Goegebeur, yuri.goegebeur@imada.sdu.dk
Praktisk del: Data analysis and (limited) programming in R
Kommentar: Projektet er velegnet for matematik-studerende
Nøgleord: extreme value statistics, heavy tailed distribution, insurance
Beskrivelse
Extreme events are events that have a low frequency of occurrence but a high impact, like e.g.
windstorms and hurricanes, extreme rainfall and flooding, earthquakes, stock market crashes and
extreme claims in insurance portfolios. The theoretical models for extreme events are provided by
extreme value statistics. The area of statistics deals with describing randomness, which is typically
done by means of distribution functions. Extreme value statistics focuses then on accurate modelling
of the largest observations in a given set of data with the objective to learn about the tail behavior of
the underlying distribution. Typical measures of interest are indices describing the tail heaviness of a
distribution function, small tail probabilities (are useful to estimate the probability of an extreme
event) and extreme quantiles (levels that will be exceeded with a small pre-specified probability).
Extreme values are by definition scarce, meaning that often estimates are required for levels of a
process that are much greater than what has already been observed. This implies an extrapolation
from the observed levels to unobserved levels.With this project it is the objective to a)study the
concepts random variable, distribution function and quantile function, density function, with special
attention to the class of the heavy tailed or Pareto-type distributions. b)learn how to evaluate the
appropriateness of a Pareto-type model for a given set of data, through graphical displays of the
data. c)apply the methodology to evaluate insurance risks and to the determination of reinsurance
premiums. In an excess-of-loss reinsurance contract the reinsurer intervenes if the insurance claims
faced by the ceding company exceed some contractually specified threshold. This threshold is
typically set at a very large amount meaning that the reinsurer only intervenes in extreme
situations. It is therefore for the reinsurer of crucial importance to have an accurate estimate of the
tail of the claim size distribution.
Minikurser
Posterfremstilling
Litteratur
Beirlant, J., Matthys, G., Dierckx, G., 2001. Heavy tailed distributions and rating. ASTIN BULLETIN, 31,
37-58.
Side 63 / 96
Projekt 64: Modulation of drug efflux transporters

Vejleder: Carsten Uhd Nielsen, cun@sdu.dk
Praktisk del: FKF
Kommentar: Ingen
Nøgleord: efflux, transporter, excipients, drug delivery
Beskrivelse
Cancer is aleading cause of death worldwide, with approximately 14 million new cases and 8.2
million cancer related deaths in 2012 (1). Pharmaceutical industry has introduced anticancer drugs
to treat diverse types of malignancies; however, chemotherapeutic resistance known as multidrug
resistance (MDR) has been observed as a determinant for lack of therapeutic success. One of the
main mechanisms of MDR is the expression of drug efflux transporters, which are proteins found in
cell membranes, mediating the transport of various types of drug substances out of cells (2). These
transporters are integral proteins that consume ATP to move drug substances out of the cell. The
family of these transporters is called the ATP binding cassette (ABC) superfamily (members aree.g.
P-gp, MRP2, and BCR), and these transporters are overexpressed in cancer cells. ABC transporters,
also known as efflux transporters, are involved in the efflux (movement of drug substances out of
the cell) of chemotherapeutic drug substances in malignant cells leading to chemotherapy failure
(3). Efflux transporters reduce the cellular accumulation of anticancer drugs and reduce the
intracellular retention and hence concentration, thereby lowering their efficacy. It has been shown
that commonly used pharmaceutical excipients, such as e.g. non-ionic surfactants, are able to
modulate the activity of drug effluxtransporters, and may as such be a pharmaceutical formulation
strategy to overcome the impact of efflux transporters. The aim of the project is to make an
overview of anticancer compounds on the Danish marked, and to identify excipients in the
formulations which could act as efflux transporter modulators. Some of these excipients could then
be investigated experimentally to evaluate the concentration required in a formulation. The
experimental part of the project could focus on testing a few excipients on the ability of an
anticancer drug substance (e.g. etoposide) to increase cell death in vitro (in e.g. MDCK MDR1cells).
An alternative project could be to focus on peptides instead of surfactants, since the
immunosuppressive drug substance cyclosporine A is a substance for P-gp. Moreover, other peptides
are known to act as P-gp substrates or inhibitors. The groups are free to choose, surfactant,
peptidesor another group of excipients to investigate.
Minikurser
Litteratur
(1) www.who.int
(2) Gottesman, M. M., Fojo, T., &Bates, S. E. (2002). Multidrug resistance in cancer: role of
ATP–dependenttransporters. Nature Reviews Cancer, 2(1), 48-58.
(3) Hee Choi, Y., & Yu, A. M.(2014). ABC transporters in multidrug resistance and pharmacokinetics,
andstrategies for drug development. Current pharmaceutical design, 20(5), 793-807.
Side 64 / 96
Projekt 65: Molekylær og cellulær plasticitet af fedtvævet

Vejleder: Susanne Mandrup, s.mandrup@bmb.sdu.dk
Praktisk del: Mandrup Laboratoriet (BMB)
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Fedtvæv, plasticitet, genregulering, transkription, fedme
Beskrivelse
Andelen af overvægtige i befolkningen er steget betragteligt
inden for de seneste årtier, hvilket har resulteret i en
fedme-epidemi. Med fedme følger en stor risiko for at udvikle
en række alvorlige følgesygdomme, såsom type 2 diabetes,
leversygdomme og hjertekarsygdomme. Et vedvarende
energioverskud fører til udviklingen af overvægt og fedme.
Kroppen kan i et vidst omfang kompensere for denne positive
energibalance ved at lagre den overskydende energi, i form af
triacylglycerider (fedt), i fedtvævet i adipocytter (fedtceller).
Udover adipocytter, består fedtvævet også af en række andre
celletyper, for eksempel fibroblaster (bindevævsceller) og
immunceller, såsom makrofager. Med udviklingen af fedme
sker der en ekspansion af fedtvævet og pro-inflammatoriske
immunceller rekrutteres, hvilket medfører inflammation i
fedtvævet. Inflammatoriske tilstande i fedtvævet kan føre til
frigivelse af fedtsyrer fra adipocytterne, hvilket kan resultere i
ophobning af fedt i andre væv, såsom leveren og
skeletmuskulaturen. Konsekvensen af dette er for eksempel
nedsat insulinsensitivitet, som disponerer for type 2 diabetes.
I det nyetablerede Center for Functional Genomics and

Tissue Plasticity (ATLAS), støttet af Danmarks
Grundforskningsfond, undersøger vi, hvorledes individuelle
celler i fedtvævet og i leveren responderer på udviklingen af fedme. I dette projekt vil I komme til at
undersøge og sammenligne morfologien af fedtvæv isoleret fra normale og fede mus. Her vil I
anvende fluorescens mikroskopi til at visualisere adipocytter og makrofager i de isolerede fedtvæv.
Derudover vil I ved brug af kvantitativ PCR (qPCR) undersøge hvordan fedme påvirker genudtrykket i
fedtvævet.
Minikurser
Litteratur
Rosen Evan D, Spiegelman Bruce M: What We Talk About When We Talk About Fat. Cell 2014,
156(1):20-44.
Rutkowski JM, Stern JH, Scherer PE: The cell biology of fat expansion. The Journal of Cell Biology
2015, 208(5):501-512.
Side 65 / 96
Projekt 66: Molekylær Sygdomsgenetik — Molekylær

sygdomsmekanisme og behandling
Vejleder: Brage Storstein Andresen, bragea@bmb.sdu.dk
Praktisk del: Ja
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Arvelige sygdomme, gen variation, mRNA splicing, PCR, behandling med
antisense oligonukleotider.
Beskrivelse
Genetisk diagnostik og individualiseret behandling
baseret på genotype har fantastiske perspektiver og
bliver stadig mere udbredt. Det er derfor utrolig
vigtigt, at vi hurtigt kan påvise sekvensvariationer,
samt skelne mellem neutrale varianter og de
varianter, der fører til sygdom. Menneskets gener
indeholder utrolig mange normale variationer, der ikke
giver sygdom. Det kan derfor ofte være svært at
afgøre om, der blot er tale om normal variation eller
sygdomsfremkaldende mutationer. En stor del (>25%)
af alle mutationer påvirker præ-mRNA splicing
processen. Effekten af denne type mutationer er
specielt vanskelig at forudsige, men til gengæld er der
helt unikke muligheder for at behandle patienter med
denne type mutationer ved antisense oligonukleotid
medieret splicingskorrektion. Projektdeltagerne skal
med udgangspunkt i mutationer/variationer, der er
fundet hos patienter med en arvelig sygdom, forsøge
at afgøre om det er sygdomsfremkaldende mutationer eller blot neutrale variationer. De studerende
vil få en indføring i brug af online værktøjer, der kan bruges til at afgøre, hvor hyppig en
sekvensvariation er, hvordan den kan påvirke dannelsen af mRNA og hvad den kan betyde for det
dannede protein. Eksperimentelt vil der, afhængig af gruppens interesser, være mulighed for at
udføre en funktionsundersøgelse af mutationens effekt på mRNA niveau f.eks. ved måling af mRNA
mængde eller undersøgelse af hvorledes præ-mRNA splices i patientceller og fra minigener. Endelig
vil der kunne fokuseres på udvikling af behandling ved brug af splice shifting antisense
oligonukleotider.
Minikurser
Litteratur
Andresen BS and Krainer AR (2009) When the genetic code is not enough – How sequence variations
can affect pre-mRNA splicing and cause(complex) disease. Chapter 15 in Genetics of Complex
Human Diseases. Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Desuden udvælges relevant litteratur på basis afgruppernes valg.
Side 66 / 96
Projekt 67: Molekylært design af UV-filtre ved brug af

beregningskemi (computational chemistry)
Vejleder: Jacob Kongsted, kongsted@sdu.dk
Peter Reinholdt, reinholdt@sdu.dk
Erik Kjellgren, kjellgren@sdu.dk
Praktisk del: FKF's terminalrum eller U26B
Gruppeplacering: FKF's terminalrum eller U26B
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Solfiltre, Hormonforstyrrende stoffer, Beregningskemi
Beskrivelse
Beregningskemi har gennem de sidste årtier været gennem en hastig
udvikling, og feltet er i dag en vigtig disciplin indenfor moderne kemisk
forskning. En af de store fordele ved beregningskemi er, at vi kan
studere et molekyles egenskaber på baggrund af blot en
molekylstruktur, og vi kan derved screene et stort antal kemiske
forbindelser for en specifik egenskab uden først at syntetisere
forbindelserne, og på basis heraf udvælge de bedste kandidater til
videre analyse. På denne vis kan beregningskemi bidrage til en
væsentlig optimering vedrørende fremstilling af nye kemiske forbindelse med specifikke egenskaber.
Denne metode er for eksempel meget benyttet indenfor lægemiddelvidenskab i forbindelse med
fremstillingen af nye og forbedrede lægemidler. I dette projekt vil vi introducere moderne kemiske
beregningsmetoder med det formål at udvikle nye og forbedrede UV-filtre til brug i solcreme. Det er
velkendt at nogle af de benyttede solcreme indeholder UV-filtre, der består af molekyler der er
mistænkt for at være hormonforstyrrende, og et helt centralt element i projektet vil derfor være at
designe nye UV-filtre der ikke er hormonforstyrrende. Ved brug af teoretisk kemi og
beregningsmetoder vil vi opnå en indsigt i relationerne mellem et molekyles struktur og udvalgte
egenskaber som for eksempel UV-spektre samt bindingsaffinitet i ligand-receptor bindingsprocesser.
Minikurser
Litteratur
Molecular Modeling for Beginners, AlanHinchliffe, Wiley.
Side 67 / 96
Projekt 68: Naturligt forekommende fedtsyrers effekt på Listeria's

patogene evner
Vejleder: Birgitte H. Kallipolitis, bhk@bmb.sdu.dk
Praktisk del: Forskningsgruppens laboratorium
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Listeria, antivirulens, fedtsyrer
Beskrivelse
Listeria monocytogenes er en fødevarebåren, patogen bakterie, der kan forårsage livsfarlige
infektioner hos personer med nedsat immunforsvar; spædbørn, gravide og ældre. L.
monocytogenes kan tilpasse sig konstant skiftende og yderst stressende miljøer, hvilket menes at
have stor betydning for bakteriens patogene egenskaber.
Den seneste forskning har vist, at naturligt forekommende fedtsyrer, så som omega-3, kan hæmme
Listeria´s syntese af virulensfaktorer, dvs. proteiner, der gør det muligt for Listeria at etablere en
infektion. Dette projekt handler om at afdække mekanismen bag fedtsyrernes hæmmende effekt på
Listeria´s patogene evner. Projektets eksperimentelle del omfatter bl.a. vækstforsøg med Listeria
under tilsætning af forskellige fedtsyrer. Endvidere vil det være muligt at udføre forskellige enzym
assays for derved at afdække mekanismen bag fedtsyrernes hæmmende effekt på Listeria´s
virulens. Fremadrettet vil sådanne undersøgelser kunne bidrage til udviklingen af effektive
”antivirulens stoffer”, der udgør et nyt og stærkt alternativ til de traditionelle antibiotika.
Minikurser
Litteratur
Baggrundslitteratur til projektet udleveres ved første vejledermøde.
Side 68 / 96
Projekt 69: Non-ionic surfactants in Pharmaceutical formulations

— new aspects to old compounds
Vejleder: Ahmed A. Abdulhussein, abdulhussein@sdu.dk
Carsten Uhd Nielsen, cun@sdu.dk
Praktisk del: DTA group
Kommentar: Ingen
Nøgleord: efflux transporters, surfactants, cancer, excipients
Beskrivelse
Nonionicsurfactants (NISs) are chemical compounds with no charge in their predominant working
range of pH and they are widely used as detergents, in food andcosmetics industry, and in
pharmaceutical formulations ("Non-ionicsurfactants" 2010). NISs have been used for decades to
increase solubility of compounds, and more recently NISs have been proposed to hav ebiological
effects which may be useful in pharmaceutics. They may be used as modulators of multi-drug
resistance (MDR), which is a phenomenon found in cancer cellsbecoming resistant to treatment of a
wide variety of drug substances. MDR is characterized by increased expression of efflux transporters
such as P-glycoprotein(P-gp). The NISs are P-gp inhibitors; therefore, the effect of NISs on P-gp
substrate transport in vitro and in vivo was investigated (Lo 2003). In our laboratory, we have
investigated several types of NISs such as polysorbate20 (PS20) (Nielsen et al.2016; Al-Saraf, Holm,
and Nielsen 2016); however, further research are required tostudy the safety profile of these
compounds invitro at different concentrations in order to predict if any harmful effect could occur in
humans. The aim of this project is thus to investigate the toxicity of selected NISs in vitro incell
cultures. The theoretic aim is to review the literature to make an overview of NISs used in
pharmaceutical formulations, and to prepare an overview of these and their abilities to inhibit efflux
transporters and their reported toxicities. Experiments will be performed by utilizing human
caucasiancolon adenocarcinoma (Caco-2) cells. These cells will be exposed to increasing
concentrations of NISs such as PS20, PS80, n-Dodecyl-ß-D-maltoside (DM) andTrehalose
6-dodecanoate (TD). The cells will be then exposed to
3-(4,5-Dimethyl-2-thiazolyl)-2,5-diphenyl-2H-tetrazoliumbromide (MTT) dye. In viable cells, this MTT
dye is reduced by reductases to purple formazan which can be dissolved by specific solvents and the
absorbance of this solution can be measured by a spectrophotometer reflecting the number of viable
cells (Mosmann 1983).
Minikurser
Litteratur
Al-Saraf, Amal,René Holm, and Carsten Uhd Nielsen. 2016. 'Tween 20 increases intestinaltransport of
doxorubicin in vitro but not in vivo', International Journal of Pharmaceutics, 498: 66-69.Lo, Yu-li.
2003. 'Relationships between the hydrophilic–lipophilicbalance values of pharmaceutical excipients
and their multidrug resistancemodulating effect in Caco-2 cells and rat intestines', Journal of
Controlled Release, 90: 37-48.Mosmann, Tim. 1983. 'Rapid colorimetric assay for cellular growthand
survival: Application to proliferation and cytotoxicity assays', Journal of Immunological Methods,
65:55-63.Nielsen, Carsten Uhd, Ahmed A. Abdulhussein, Dilan Colak, and RenéHolm. 2016.
'Polysorbate 20 increases oral absorption of digoxin in wild-typeSprague Dawley rats, but not in
mdr1a(-/-) Sprague Dawley rats', International Journal of Pharmaceutics,513: 78-87."Non-ionic
surfactants." In. 2010. Scitech Book News. Portland: Ringgold Inc.
Side 69 / 96
Projekt 70: Parental care, foraging, and reproductive success in

birds
Vejleder: Owen Jones, jones@biology.sdu.dk
Praktisk del: Campus eller Biologisk Institut
Gruppeplacering: Campus eller Biologisk Institut
Kommentar: This project will be conducted in English.
Nøgleord: fieldwork, behaviour, population biology, species conservation
Beskrivelse
Background
Understanding reproductive success is fundamental to
population biology, evolution and species management. The
most important factor is often parental care in the form of food
provided to newborns. The number of offspring can also have
important effects on survival: too many, and the parents may not
keep up with demand for food and the chicks may die.
Furthermore, changes to climate and the availability of food
when birds raise their chicks will also have a major effect on
population performance. Understanding these processes is
therefore also a key part of species conservation and
management.
Project description
In 2013 we established a breeding population of great tits (in
Danish: musvit) (Parus major) in the woodland surrounding SDU
campus in Odense. These birds lay from 1 to 13 eggs per year so the demands on parents vary
considerably. The woodland habitat varies in type with big differences in the amounts of available
food. Students will design a field study to look at aspects of nest building, foraging behavior and
chick development. They will learn project management, practical field skills, and life history theory.
Minikurser
Litteratur
Side 70 / 96
Projekt 71: Phase transitions and finite size scaling

Vejleder: Michele Della Morte, dellamor@cp3-origins.net
Praktisk del: Applied mathematics, Computational Physics
Gruppeplacering: I
Nøgleord: statistical systems, computer simulations
Beskrivelse
One of the most common physical problems studied in
numerical simulations are phase transitions in various
forms (ferromagnetism, Ising model, crystal melting,
QCD ...). Most phase transitions can be described by an
order parameter. Mathematically, this is zero in one
phase (usually called the disordered phase) and
non-zero in the other phase (ordered phase). Thus, it
cannot be an analytic function at the transition point.
Normally, transitions are either first or second order. The
name comes from the number of derivatives of the free
energy one needs to take before seeing a discontinuous
behaviour. On finite lattices used in numerical
simulations order parameters are defined through
finite-size scaling, which we introduce and study here for
the two-dimensional Potts-model. Those describe the
interactions among spin degrees of freedom, where the
spins can take q different values. The model exhibits a
phase transition, which is second order for q smaller or
equal to 4, otherwise first order. The figure shows the
q=20 probability distribution as a function of the energy for different sizes. A two-peak structure,
typical of a first order phase transition emerges for large L (picture from Billoire, Neuhaus and Berg,
1994).
Minikurser
Posterfremstilling
Litteratur
'Exactly solved models in statistical mechanics', R. J. Baxter 'Statistical Mechanics' by Kerson Huang
'Quantum Fields on a Lattice' by I. Montvay and G. Munster
Side 71 / 96
Projekt 72: Point-of-no-return: exploring the molecular

mechanisms of cell death
Vejleder: Barbara Guerra, bag@bmb.sdu.dk
Praktisk del: ---
Gruppeplacering: Campus eller BMB
Kommentar: Dette er et teoretisk projekt
Nøgleord: Cell death, apoptosis, autophagy, necrosis, mitotic catastrophe
Beskrivelse
1. Cell death isan essential phenomenon in normal development and homeostasis but also plays
acrucial role in various pathologies (e.g. cancer). Our understanding of themolecular mechanisms
that are involved has increased exponentially. Themorphological features of a dying cell are
remarkably conserved for quitedifferent cell types derived from lower or higher organisms. It is now
evidentthat there are multiple pathways leading to cell death and some cells may havethe required
components for one pathway but not for another or may containendogenous inhibitors or carry
mutated proteins that preclude the activation ofa particular death pathway. Exploring the various
features that characterizethe different cell death pathways may help to fill in the many gaps in
ourunderstanding and to exploit the acquired knowledge for clinical benefit.
2. This theoretical project offers the students the opportunity todeepen their knowledge on the many
ways cells can die. With the help ofliterature search, it will be possible to answer many fundamental
questionssuch as the importance of cell death in normal as well as in pathologicalconditions and
how, for instance, cancer cells find ways to inactivate the celldeath machinery.
Minikurser
Litteratur
Kroemer G., El-Deiry W.S., Goldstein P. et al. Classificationof cell death: recommendations of the
nomenclature committee on cell deathCell Death andDifferentiation, 12, 1463-1467, 2005.
Side 72 / 96
Projekt 73: Protein detective for one week

Vejleder: Adelina Rogowska-Wrzesinska, adelinar@bmb.sdu.dk
Praktisk del: Ja
Kommentar: Supervision is carried out in English.
Nøgleord: mass spectrometry
Beskrivelse
Protein mass spectrometry is an important method for identification and characterization of proteins.
In a typical experiment proteins are enzymatically digested into smaller peptides using a protease
such as trypsin. Subsequently these peptides are introduced into the mass spectrometer and their
mass is measured. In tandem mass spectrometry experiments selected peptides are subjected to a
fragmentation process and peptide sequences are obtained. This sequence information can be used
to interrogate protein databases and to identify the protein.
In this project we will analyze sample containing proteins from unknown source. Tandem mass
spectrometry will be used to sequence the proteins and identify the origin of the sample.
You will learn practical aspects of SDS gel electrophoresis and MALDI mass spectrometry as well as
the principles underlying de-novo sequencing of peptides using protein mass spectrometry.
Minikurser
Litteratur
Side 73 / 96
Projekt 74: Protein dynamics and disease

Vejleder: Thomas JD Jørgensen, tjdj@bmb.sdu.dk
Praktisk del: Institut for Biokemi og Molekylær Biologi
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Protein dynamics, unfolding, aggregation, mass spectrometry
Beskrivelse
The molecular basis for development of many debilitating human diseases involves protein
misfolding or protein aggregation. A subset of such diseases is characterized by the accumulation of
so-called “amyloid fibrils”, which are often toxic to the human body. Well-known diseases like
Alzheimers, Parkinson’s and Creutzfeldt-Jakobs disease involve formation of amyloid fibrils. To
facilitate the development of efficient treatment strategies we need detailed insight to the molecular
mechanisms governing protein aggregation.
In this project you will be given the opportunity to explore the mechanism of protein aggregation.
One possibility is to study the human blood protein beta-2-microglobulin (B2M). B2M aggregation is
primarily affecting patients with kidney failure who are in long-term hemodialysis treatment.
Hemodialysis membranes are rather ineffective in removing B2M from the blood which causes B2M
to accumulate. High concentration of B2M is however not sufficient to cause aggregation of B2M in
vitro, arguing that other factors must be in play. At present, the exact mechanism of B2M
aggregation is largely unknown but spontaneous unfolding of the B2M protein structure is suggested
to be an early and critical step.
In the project the unfolding of B2M can be measured using hydrogen/deuterium-exchange mass
spectrometry. Through these experiments it is your task to investigate the link between B2M
unfolding and B2M aggregation.
Minikurser
Litteratur
Side 74 / 96
Projekt 75: Præcisionsmedicin; Kan global profilering af små

molekyler i spyt bruges i fremtidens præcisionsmedicin?
Vejleder: Nils Færgeman, nils.f@bmb.sdu.dk
Praktisk del: Nils Færgeman's laboratorium
Kommentar: Afholdes primært på engelsk
Nøgleord: Præcisionsmedicin, metabolomics, massespektrometri, kromatografi, spyt
Beskrivelse
Små molekyler spiller regulatoriske afgørenderoller i alle biologiske systemer for eksempel som
regulatorer af cellulæreprocesser og som budbringere i og imellem vores organer. Karakterisering
afdisse små molekyler har derfor potentiale til at beskrive og forstå fundamentalebiologiske
mekanismer og en lang række sygdomme. Metabolomics er en teknologi, sommuliggør samtidig,
global og omfattende karakterisering af adskillige småmolekyler i et biologisk system. Metabolomics
kan derfor anvendes til atvisualisere metaboliske tilstande, i medicinsk diagnostik, og opdagelse af
nyebiomarkører, og har derfor et stort potentiale i fremtidens præcisionmedicin.Idette projekt vil vi
undersøge hvorledes metabolomet i spyt ændres meddøgnrytmen og hvorledes man kan bruge
metabolomics til at identificerespecifikke tilstande i mennesket. Vi vil udtage spytprøver fra
udvalgtepersoner gennem døgnet og bestemme ændringer i spyt-metabolomet
vhamassespektrometri-baseret metabolomics. De studerende opnår kendskab tilprøveforberedelse,
ekstraktion, gas- og/eller væskekromatografi ogmassespektrometri.
Minikurser
Litteratur
Side 75 / 96
Projekt 76: Regulering af gener i leveren ved indtagelse af føde

Vejleder: Lars Grøntved, larsgr@bmb.sdu.dk
Stine Marie Præstholm , stinemp@bmb.sdu.dk
Praktisk del: Ja, Grøntved lab
Gruppeplacering: BMB, Campus
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Metabolisme, lever, transkription, insulin signalering, glukokortikoid signalering
Beskrivelse
I forbindelse med fødeindtag spiller leveren en helt central rolle i optag og omfordeling af
næringsstoffer for at opretholde metabolisk ligevægt. Denne ligevægt er blandt andet reguleret af
en række endokrinologiske hormoner såsom insulin, glukagon og binyrebarkhormon (glukokortikoid).
Ligevægten er ofte forskubbet i metaboliske sygdomme, som for eksempel type II diabetes, og ses
ofte i forbindelse med fedtlever. Opretholdelse af ligevægt kræver en enorm gen-regulatorisk
(transkriptionel) plasticitet i leveren, hvor blandt andet udtryk af hundredevis af gener koordineres af
en række transkriptionsfaktorer og epigenetiske mekanismer.
Dette projekt vil give en introduktion til signaleringsveje, der regulerer basale transkriptionelle
processer i leveren, som er vigtige for opretholdelse af metabolisk ligevægt (for eksempel
opretholdelse af et stabilt blodsukker). I projektet vil I anvende basale molekylær biologiske
teknikker til at undersøge mekanismer for gen-regulering i leveren i forbindelse med fødeindtag.
Projektet giver muligheder for anvendelse af følgende teknikker:
Dissekering af mus, blodsukkermåling og isolering af lever (fra fastet og fodret mus).

Dyrkning af hepatocyt-lignende celler i kultur og behandling af disse med hormoner
RNA oprensning fra levervæv og celler fra kultur.
Revers transskription og kvantitativ PCR (qPCR).
Analyse af chromatin strukturen for relevante gener
Blodsukkermåling hos gruppemedlemmer efter faste/fødeindtagelse.
Minikurser
Litteratur
Lin HV, Accili D. Hormonal regulation of hepatic glucose production in health and disease. Cell
Metab. 2011 Jul 6;14(1):9-19. doi: 10.1016/j.cmet.2011.06.003. PubMed PMID: 21723500
Petersen MC, Vatner DF, Shulman GI. Regulation of hepatic glucose metabolism in health and
disease. Nat Rev Endocrinol. 2017 Oct;13(10):572-587. doi: 10.1038/nrendo.2017.80. PubMed PMID:
28731034.
Side 76 / 96
Projekt 77: Ruteplanlægning for fly

Vejleder: Anders Nicolai Knudsen, andersnk@imada.sdu.dk
Nøgleord: Flyruter, Algoritmer, Grafer, Korteste vej
Beskrivelse
Dette projekt handler om at finde optimale
ruter for flyrejser og derved minimere både
tid og brændstof brugt. Flyrejser er en af
nutidens mest anvendte transportformer.
Hver dag flyver over 100.000 fly verden over
med mange forskellige formål som for
eksempel turisme, erhverv og militær. Der
bruges over 250 milliarder liter brændstof
som både er dyrt og en anseelig del af
verdens samlede CO2-udslip. Ud over
brændstof har luftfartsselskaber også mange
andre udgifter som er forbundet med hvor
længe flyet er i luften. Det er derfor i
flyindustriens interesse at minimere den
samlede flyvetid for deres flyvninger.
Flyruter er ikke så nemme at lave som man

skulle tro. Hvis man fx. skal flyve fra
København til Paris er det ikke tilladt blot at
flyve den direkte vej, da sammenstød i så fald
ville være svære at forhindre. I stedet har man opdelt luftrum rundt omkring i verden i netværk af
punkter, også kaldet waypoints. Disse waypoints danner en 3D-graf som man så skal finde den
billigste vej igennem. Netværket er underlagt af en række regler og gebyrer som besværliggør
rutegenereringen. Desuden varierer et flys ydeevne baseret på betingelserne i luften omkring det,
hvilket yderligere komplicerer problemstillingen.
Målet for projektet er at udvikle et program som givet et netværk af waypoints og data for et flys
ydeevne kan generere en optimal rute fra én lufthavn til en anden. Problemet er af den velkendte
type, korteste-vej, men de unikke betingelser som netværket samt flyets ydeevne spiller ind med,
gør at de studerende også vil stifte bekendtskab med heuristikker, constraints, samt udnyttelse af
datastrukturer.
Minikurser
Posterfremstilling
Litteratur
Anders Knudsen (2015). Introduction to Flight Route Optimization. URL:
www.imada.sdu.dk/~andersnk/FF501_Introduction.pdf
Side 77 / 96
Projekt 78: Sequence Structure Prediction in Java

Vejleder: Philipp Weber, pweber@imada.sdu.dk
Praktisk del: Programming, no need for biological background
Nøgleord: Bioinformatics, RNA folding, User Interface Design
Beskrivelse
RNA, DNA and proteins are the
basic molecules of life on Earth.
DNA is used to store and replicate
information, proteins are the basic
building blocks and machinery in a
cell and RNA plays a number of
important roles in the production of
proteins and signaling in the cell.
One of the fundamental problems
in bioinformatics is to predict the
structure of a molecule only from a
given sequence of DNA or RNA.
This structure in combination with
chemical properties of the exposed
regions will be responsible for the
function of a molecule. Therefore
we can say, that the nucleotide sequences in our cells are truly the code of life.
In this project you will build a tool to read in a nucleotide sequence, predict a 2D or 3D structure
using a folding algorithm of your choice and visualize the resulting molecule.
Goal of this project is to gain more insight into the intricate details of RNA and DNA structure
prediction, compare algorithms and work with tools used to build user interfaces by thousands of
Java developers (decide between Swing and JavaFx). The group will need to discuss and decide on
features and functionalities needed in the project and work together to achieve their goal.
Minikurser
Posterfremstilling
Litteratur
- R Nussinov, G Pieczenik, JG Griggs, DJ Kleitman (1978) Algorithms for Loop Matching. SIAM J Appl
Math 35, 68-81.
- JavaFx, http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/overview/javafx-overview-2158620.html,
Accessed December 2017
- Swing, https://docs.oracle.com/javase/tutorial/uiswing/start/index.html, Accessed December 2017
Side 78 / 96
Projekt 79: Smågnavernes populationsbiologi i Svanninge Bjerge

Vejleder: Thomas Bjørneboe G. Berg, thomas@naturama.dk
Praktisk del: Svanninge Bjerge
Kommentar: Feltarbejde i Svanninge Bjerge i perioden: uge 18
Nøgleord: Smågnavere, artskendskab, fangst-genfangst, bestandsestimater
Beskrivelse
I de forgangne år har vi fået testet
forskellige metoder til mærkning af
smågnavere. Med de høstede erfaringer er
vi nu klar til at opstarte et
moniteringsprogram over smågnavere i
Svanninge Bjerge. Målet er over en lang
årrække at følge bestandsdemografi af mus
inden for fire permanente
områder. Smågnavere kan inddeles i
studsmus og ægte mus. Til studsmusene
hører bl.a. markmus og rødmus, mens fx
halsbåndmus og skovmus hører til de ægte
mus. De to grupper har forskellige levevis
og tilpasninger til føde. Smågnavere spiller
en helt central rolle i økosystemet, og
betegnes i visse sammenhænge som
nøglearter. Deres antal og
bestandsfluktuationer har dermed stor
indflydelse på andre trofiske niveauer i
økosystemet. Kendskab til
populationsstørrelser og trofiske
interaktioner omkring en given art, er
grundlaget for udarbejdelse af
matematiske modeller, der kan
anskueliggøre, hvilke parametre der bedst
forklare de variationer man registrere i
naturen.
Svanninge Bjerge rummer en mosaik af forskellige skovtyper. Projektet vil fokusere på hvorvidt der
er forskel på smågnavernes artssammensætning og bestandstæthed i de forskellige skovhabitater.
Metoder, som forventes anvendt til løsning af problemstilling: Fangst-genfangst, statistik.
Minikurser
Litteratur
Sinclair Anthony. R.E., John M. Fryxell., and Graeme Caughley 2006. Chapter 13. Counting animals In:
Wildlife Ecology, Conservation, and Management (Secondedition), Blackwell Publishing. Pp. 217-244
Jensen, T. S., 1982 Seed Production andOutbreaks of Non-Cyclic Rodent Populations in Deciduous
Forests. Oecologia (Berl) 54: 184-192.
Boonstra, R et al. 2001.Voles and Mice. In: Krebs, C.J., S. Boutin & R. Boonstra (eds.) Ecosystem
Dynamicsof the Boreal Forest – The Kluane Project. Oxford University Press. Pp.:215-239
Side 79 / 96
Projekt 80: Solsystemets mekanik

Vejleder: Thomas Ryttov, ryttov@cp3.dias.sdu.dk
Esben Mølgaard, molgaard@cp3-origins.net
Praktisk del: Teoretisk projekt
Kommentar: Projektvejledning kan foregå på engelsk hvis det ønskes.
Nøgleord: Klassisk mekanik, matematisk fysik, planetfysik, simulation
Beskrivelse
Siden antikken har videnskabsfolk forsøgt at
forstå og forudsige solen, månen og planeternes
bevægelse. Med Newtons tyngdelov blev der
taget et overordenligt vigtigt skridt på vejen til
denne forståelse. Newtons love stiller dog ligeså
mange spørgsmål som de besvarer. Kan vi med
dem forklare solsystemets fladhed, forudsige tre
himmellegemers bevægelse og forstå
precessionen af alle planeternes baner?
Inden computerens indførsel i fysikken blev
disse problemer studeret nøje, og førte til store
teoretiske opdagelser der den dag i dag former
vores måde at tænke på fysik. Den Newtonske
og analytiske mekanik med deres abstrakte
matematiske natur er grundstene i den moderne teoretiske fysik. Med computere er det til gengæld
muligt at lave utroligt præcise modeller for solsystemets opførsel uden at man behøver at kaste sig
ud i lange udregninger. På den måde kan man også tage højde for mange flere komplikationer end
det er muligt at gøre analytisk.
I dette projekt skal de studerende analysere mere komplicerede fysiske systemer end de tidligere er
blevet udsat for. Hvilken vej projektet følger er op til de studerendes ønsker og interesser. Nogle
emner der kan blive en del af projektet er:
Keplers love og trelegemeproblemet

N-legeme simulation
Bevægelse i roterende koordinatsystemer (herunder Coriolis- og centrifugalkrafter)
Tidevandseffekter (The Dark Side of the Moon, Saturns ringe)
Alment relativistiske korrektioner til Newtons love (Merkurs precession, lysets bøjning)
Eksperimenter på jorden eller observationer af himmellegemerne.
Dette projekt vil være meget udfordrende for studerende der ikke har fulgt FY529.
Minikurser
Litteratur
Det vil afhænge af hvilke emner de studerende er interesserede i, men det kan indeholde:
Knudsen & Hjort - Elements of Newtonian Mechanics

Richard Fitzpatrick - Introduction to Celestial Mechanics
Side 80 / 96
Projekt 81: Spilteori

Vejleder: Christian Kudahl, kudahl@imada.sdu.dk
Praktisk del: Projektet forventes at indeholde programmering.
Gruppestørrelse: Mindst 3 og maks 5 deltagere. Tre grupper kan arbejde med projektet.
Kommentar: Projektet er særligt velegnet til studieordningen i datalogi.
Nøgleord: Spilteori, diskret matematik, beviser, programmering
Beskrivelse
Spil er sjove at spille, og de kan også være
spændende at analysere. Da mange virkelige
problemstillinger kan opfattes som spil, er
analysen også yderst relevant i praksis. I dette
projekt vil de studerende få mulighed for at
beskæftige sig med en række spil. Spillene
analyseres teoretisk med henblik på at finde
strategier og bevise at disse er optimale. Der
bliver rig mulighed for at anvende et bredt
spektrum af bevisteknikker som induktion og
modstrid. I nogle tilfælde vil det være muligt at
vise ikke-konstruktive beviser for vindende
strategier.
Projektet indeholder forventeligt også en

programmeringsdel. I denne vil det være muligt at
implementere de vindende strategier, man har
fundet i den teoretiske analyse. Alternativt kan
computeren bruges som værktøj til at finde
vindende strategier i lidt mere komplekse spil.
Der er stor frihed til, at hver gruppe trækker

projektet i en spændende og unik retning.
Minikurser
Posterfremstilling
Litteratur
Winning Ways for your Mathematical Plays, Berlekamp et al.
Side 81 / 96
Projekt 82: Streptokokken og den usynlige kappe

Vejleder: Mikkel Girke Jørgensen, mikkelj@bmb.sdu.dk
Praktisk del: Forskningsgruppens laboratorium
Kommentar: Bemærk at projektarbejdet omhandler sygdomsfremkaldende bakterier og
foregår derfor i et klasse 2 certificeret laboratorium
Nøgleord: Virulens, infektion, genudtryk, molekylær mikrobiologi
Beskrivelse
Streptococcus pneumoniae er en gram positiv bakterie der
ofte findes i næsesvælget hos raske personer (op til 25-40%
af befolkningen). Alligevel er S. pneumoniae årsag til en
række infektioner hos mennesker lige fra simpel
mellemøre-, hals- og lungebetændelse til mere alvorlige
sygdomsforløb som blodforgiftning og meningitis. Nogle
steder i verden er infektionerne så hyppige, at mere end 1
ud af 100 børn dør deraf. På verdensplan er pneumokokker
skyld i mere end 1 mio. årlige dødsfald hos børn og endnu
flere hos den ældre del af befolkningen. Det gør S.
penumoniae til den største bakterielle dræber på
verdensplan. Bakterien besidder et sandt arsenal afvirulensfaktorer der samlet gør det svært for det
humane immunforsvar at bekæmpe. Den vigtigste virulensfaktor for S.pneumoniae er en
overfladestruktur kaldet 'kapslen'. Kapslen dækker hele bakteriens overflade, og den består af lange
kæder af polysakkarider. Normalt genkender vores immunforsvar bakterier på bestemte
overfladestrukturer, som er fremmede for kroppen. Men for denne bakterie fungerer kapslen som en
usynlighedskappe. Vores immunforsvar genkender ikke polysakkaridkæderne i kapslen som noget
fremmed, og derfor kan bakterien bevæge sig frit i blodet og inficere forskellige organer, så længe
den er dækket af sin kapsel. Nyere forskning har vist en interessant detalje omkring kapslen:
Nemlig at bakterien ikke kan krydse barrierer i vores krop (for eksempel fra næsen til blodet eller fra
blodet til hjernen) uden kortvarigt at smide kapslen. Bakterien skal altså både være i stand til at
opbygge og smide sin usynlighedskappe under bestemte betingelser.
I dette projekt skal vi undersøge forholdet mellem kapslen og forskellige infektionsstadier.
En række problematikker kunne være interessant at undersøge eksperimentelt (men ikke begrænset
til):
Er kapselstrukturen nødvendig for bakteriens overlevelse i blodet eller i cerebrospinalvæsken

(hjernevæsken)?
Hvordan ændres bakteriens genudtryk under forskellige infektionsbetingelser så som
overgangen fra blodbanen til hjernen?
Er kapselstrukturen nødvendig for at starte et infektionsforløb?
I projektet kan vi benytte forskellige molekylær biologiske teknikker som f.eks. kvantitativ
bestemmelse af genekspression (qPCR) eller protein niveauer, konstruktion af gen knock-outs,
avanceret fluorescensmikroskopi samt infektionsforsøg af forskellige humane cellelinjer.
Minikurser
Litteratur
Baggrundslitteratur udleveres tilførste vejledermøde.
Side 82 / 96
Projekt 83: Støv og bakterier i lægemidler

Vejleder: Alexander Treusch, atreusch@biology.sdu.dk
Martin Brandl, mmb@ifk.sdu.dk
Praktisk del: Opsamling af prøver fra renrum, FKF; GMO-laboratorium, Biologisk Institut
Kommentar: En gruppe skal have 5 deltager.
Nøgleord: Bakterier, mikrobiologi, renrum, hygiejne, sterile lægemidler
Beskrivelse
Myndighederne stiller krav om renhed af
lægemidler.Særligt sterile lægemidler, som injektioner,
infusioner og øjendråber, skalvære fri for
mikroorganismer og derfor kræver fremstilling af
lægemidlerne højestandarder med hensyn til renhed.
Brug af renrum reducerer risikoen forkontaminering af et
lægemiddel. Formålet er først og fremmest at
beskytteproduktet (lægemidlet) fra potentiel
kontaminering. Kontaminering kan være altfra støv til
mikroorganismer. Et renrum kan aldrig være helt sterilt
ellerstøvfrit. Renrummene designes og arbejdsrutiner
oparbejdes for at reducereforureningerne. Normerne
sætter grænserne for både den partikulære ogmikrobielle
forurening der er acceptabel i de forskellige
renhedsniveauer, derer beregnet til forskellige
fremstillingsprocesser for lægemidler. Formålet med dette
projekt er at måle forureningsniveauet i detfarmaceutiske
renrum på FKF samt at forsøge at differentiere om de
observeredepartikler er af mikrobiel oprindelse eller støv.
Eksperimentelle forsøg kunneinkludere (men er ikke
begrænset til): partikeltælling under forskelligeforhold,
omklædningsrutiner der udføres af personalet, mikrobiel
vækst vha.agar plader, ”wipe tests” af overflader og sammenligning af de
forskelligerenrumsklassifikationer. Metoder der kan bruges er: in situ partikel tælling,
mikrobielopsamling og optælling, mikroskopi samt molekylærbiologiske metoder.
Minikurser
Litteratur
Bog: Pharmaceutical Practice, 2nd ed., A.J. Winfields,R.M.E. Richards, chapter 24 ”Clean rooms for
the production of pharmaceuticalproducts”. Bogen er ikke tilgængeligpå SDU-UB udlån; der kan dog
fås en elektronisk kopiaf kap 24 af Martin Brandl ved henvendelse.Bog: “Mikrobiologi”Herluf
Thougaard, Verner Varlund & Rene Møller MadsenEUGMP Annex 1:
http://ec.europa.eu/health/files/eudralex/vol-4/pdfs-en/2008_02_12_gmp_annex1_en.pdf
Side 83 / 96
Projekt 84: Supercomputing made easy with the Skandinavian

Online Kit For Nanoscale Modeling
Praktisk del: FKF (theory and simulations)
Kommentar: Ingen
Nøgleord: computer simulations, supercomputer, high performance computing, software
development, molecular modeling, quantum chemistry, molecular docking
Beskrivelse
VIKING (Scandinavian Online Kit
For Nanoscale Modeling) is a set of
modeling tools, tailored for
addressing specific biomedical
tasks through computer
simulations, and is available as an
online service at viking.sdu.dk.
VIKING targets a wide group of

users, from bench scientist to
computational scientist, from
student to expert. Our
development strategy seeks to
continuously balance the interests
of general users, intermediate
experts, and advanced users. Different user groups use different platforms, e.g., Windows, MacOS,
and Linux for the general user and the latest petaflop machines for the most advanced users. VIKING
works in an Internet browser, thus eliminating the cross-platform compatibility problem. It is
available on any computer, desktop or mobile, connected to the Internet, and in any modern
browser.
VIKING provides a convenient user-friendly interface for running various molecular simulations using
popular software packages for Molecular Dynamics (MD) or Quantum Chemistry (QM). The students
will be involved in development, testing and utilization of VIKING. Depending on the interest and
individual prior skills the students may be participating in coding a module for VIKING, or use already
availiable functionality for an individual research project, e.g., perform molecular dynamics or
quantum chemistry on a molecular system of interest, possibly utilizing a supercomputer ABACUS
2.0.
More information about the project available at the Quantum Biology and Computational Physics
website: www.quantbiolab.com
Minikurser
Litteratur
Side 84 / 96
Projekt 85: The dark side of the Universe

Vejleder: Mads Toudal Frandsen, frandsen@cp3-origins.net
Esben Mølgaard, molgaard@cp3-origins.net
Praktisk del: teoretisk projekt
Kommentar: Projektvejledning kan foregå delvist på engelsk.
Nøgleord: Dark Matter, astroparticle physics, new research
Beskrivelse
Dark matter is an unknown form of matter which
makes up most of the mass in the Universe:
Nearly 5 times as much as the ordinary matter
we know. In this project we will examine the
existence of dark matter in the Universe -
currently completely unknown at the elementary
particle level! If time permits we will try to figure
out what it is using galactic rotation curve data
from the SPARC database
(http://astroweb.cwru.edu/SPARC/). This can
include a new type of DM analysis which the
advisors are working on
(https://arxiv.org/pdf/1710.03096.pdf).
1. We will predict the motion of galaxies

using classical mechanics and a model
for the known visible matter.
2. By comparing with observations we will show that either Newtonian mechanics is wrong on
galactic scales or galaxies and galaxy-clusters must be bathed in invisible dark matter!
3. Employing a model of dark matter we will show we can now describe the observations.
4. If time permits we will try to prove that DM exists - and that there is nothing wrong with
Newtonian Dynamics - using brand new analysis techniques on rotation curve data .
5. If time permits we will consider other indications of dark matter and challenges in directly
detecting it. E.g how dark matter allows us to explain the growth of structure (ultimately
becoming Galaxies) during the evolution of the Universe, starting from small density
fluctuations in the early universe.
6. Alternatively if time permits we might consider an alternative paradigm to dark matter,
Modified Newtonian Dynamics.
If you have not had FY529 or some equivalent course, then we advise you to contact the project
supervisors before making your final decision.
Minikurser
Litteratur
Introduction to cosmology, Barbara Ryden, Introduction & ch. 8

Additional lecture notes and research papers.
Side 85 / 96
Projekt 86: The mathematics of search engines: Google's

PageRank algorithm
Vejleder: Ralf Zimmermann, zimmermann@imada.sdu.dk
Praktisk del: muligvis programmering med Matlab/Python eller lignende
Gruppeplacering: institut
Kommentar: Projektet er velegnet for matematiker og dataloger
Nøgleord: Search engine, PageRank
Beskrivelse
Google's PageRank algorithm weights web pages
according to their 'importance'. The 'importance' of
a page is computed in a sophisticated way based
on the incoming and outgoing links and the
importance of the pages that these links point to.
When you google a certain keyword, then search
results are listed in order of their precomputed
page rank.
The objective of this project is to explore the
underlying mathematical/algorithmical aspects of
this procedure. It is also possible to demonstrate
the findings via numerical experiments, say,
implementing a prototypical PageRank algorithm
for toy problems in MATLAB/Python.
(The picture illustrated the ranking procedure and is

taken from wikipedia.org)
Minikurser
Posterfremstilling
Litteratur
J. Liesen, V. Mehrmann: Linear Algebra, Springer Undergraduate Mathematics Series, Springer, 2015
K. Bryan, T. Leise:The $25,000,000,000 eigenvector: the linear algebra behind google. SIAM Rev. 48,
569–581 (2006)
C. Moler: The World's Largest Matrix Computation, MathWorks,
https://se.mathworks.com/company/newsletters/articles/the-world-s-largest-matrix-computation.html
T. Sauer: Numerical Analysis, Pearson, 2012
Side 86 / 96
Projekt 87: The Quantum Compass of Migratory Birds

Praktisk del: FKF (theory and simulations)
Kommentar: Ingen
Nøgleord: quantum mechanics, spin chemistry, radicals, magnetic sense
Beskrivelse
Dozens of experiments have shown
that diverse animal species,
ranging from bees, salamanders,
sea turtles to birds, share a
magnetic sense. Some species
usethis sense as a compass to
navigate entire oceans or use it to
detectgeographic variations in the
Earth’s magnetic field to recognize
theirposition. Whereas the physical
mechanisms of nearly all other
senses in the animal kingdom has
been established, it is still largely
unknown how any animal perceives
magnetic fields.
Migratory birds’ magnetic sense

seems to rely on the photoreceptor
protein cryptochrome, found in the
retina, the light-sensitive part of the eyes. Internally, cryptochrome binds the chromophore flavin
adenine dinucleotide, which drives the biological function of the protein. The activation happens in
the course of light-induced electron transfer reaction involving flavin and a chain of several
tryptophan amino acid residues in its proximity. This, so-called, radical pair reaction is expected to
modulate the visual perception of a bird with respect to the geomagnetic field. The radical pair is
initiated in an electronically entangled singlet (S) or triplet (T) spin state which actchemically
different, and thus triggers different biological processes inside acell. Magnetic fields, in particular
the geomagnetic field, lead to S↔T interconvertion, such that the action of radical pairs in the cells
becomemagnetic field-dependent.
The students will examine the spin Hamiltonian H for the model radical pair states, associated with
cryptochrome, to determine the possible impact of magnetic field on the chemical yield and will
make qualitative predictions on what impact this result could have on avian magnetoreception.
More information aboutthe project available at the Quantum Biology and Computational Physics
website: www.quantbiolab.com.
Minikurser
informationskompetence, Rapportskrivning med LaTeX, Posterfremstilling
Litteratur
Side 87 / 96
Projekt 88: Thrombin-bindende aptamerer

Vejleder: Jesper Wengel, jwe@sdu.dk
Praktisk del: NAC Lab (FKF)
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Lægemiddeludvikling, molekylær biomedicin, DNA, aptamerer, proteiner
Beskrivelse
Aptamerer er enkeltstrengede nucleinsyrer, der
via binding til proteiner og andre biomolekyler kan
fungere som lægemidler. TBA er en aptamer, der
binder til proteinet thrombin. TBA, der er en
forkortelse for thrombin-bindende-aptamer, er en
15 nukleotider lang DNA streng, der folder til en
såkaldt quadruplex-struktur (se Figuren). Det er
denne quadruplex-form af TBA, der binder til
thrombin. Da thrombin er det vigtigste enzym i
blodkoaguleringen, har TBA en anti-koagulerende
effekt og derved en række spændende
farmaceutiske anvendelsesmuligheder.
Ved Nukleinsyrecentret (NAC) er der fremstillet en

række nye TBA-analoger ved at udskifte DNA
nucleotider med såkaldte UNA (unlocked nucleic
acid, se strukturen til højre) nucleotider på
strategisk vigtige positioner for dermed at øge
den anti-koagulerende effekt af aptameren.
Under projektet vil bl.a. aptamerer (specielt TBA),

kemisk modificeret TBA, unlocked nucleic acid,
thrombin og betydningen af antikoagulanter skulle
beskrives – specielt med fokus på medicinske
muligheder. Den praktiske del af projektet vil
indeholde design af nye kemiske varianter af
UNA-TBA indeholdende ”2'-UNA-U” – en UNA-U
analog (se strukturen til højre), syntese af disse
varianter samt bestemmelse af disses evne til at
danne quadruplex og til at binde thrombin.
Minikurser
Litteratur
O. Dahl, ”Kemisk DNA-syntese”, Dansk Kemi, 1987.
J. Wengel, ”Syntetisk DNA”, Aktuel Naturvidenskab, 2000.
J. K. Watts, G. F. Deleavey, M. J. Damha, Drug Discovery Today 2008, 13, 842.
M. Campbell, J. Wengel. Locked vs. unlocked nucleic acids (LNA vs. UNA): contrasting structures work
towards common therapeutic goals. Chemical Society Reviews 2011, 40(12), 5680.
Side 88 / 96
Projekt 89: Tungmetaller i landbrugsjord gødet med

spildevandsslam
Vejleder: Anne Boisen Petersen, annebp@biology.sdu.dk
Kasper Reitzel, reitzel@biology.sdu.dk
Praktisk del: 1 dags ekskursion til marker gødet med spildevandsslam
Gruppeplacering: Campus eller Biologisk Institut
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Tungmetaller, spildevandsslam, fosfor, jordanalyser.
Beskrivelse
Planter kræver forskellige næringsstoffer for at kunne vokse og et af de essentielle næringsstoffer
for plantevækst er fosfor (P). Fosfor til gødning udvindes primært fra mineraler, men eftersom
verdens fosforreserver er ved at blive udtømt, leder forskere verden over efter måder til at
genanvende fosfor. En af mulighederne er at anvende den fosfor, der findes i spildevandsslam fra
rensningsanlæg som gødning på landbrugsjorde. I spildevandsslam findes der dog også forskellige
tungmetaller, som potentielt kan have en uønsket effekt på plantevæksten.
Dette projekt vil undersøge indholdet af tungmetaller i jorde, der har været gødet med
spildevandsslam inden for de sidste tre år, samt i jorde der har været gødet med mineralsk gødning.
Projektet bliver en blanding af:
1) Feltarbejde (indsamling af jordprøver fra marker gødet med spildevandsslam)

2) Laboratoriearbejde (jordprøveanalyser)
3) Databearbejdning (sammenligning af jordprøveanalyserne fra de forskellige marker)
Minikurser
Litteratur
Der udleveres diverse relevant litteratur, ligesom de studerende selv skal søge efter relevant
litteratur.
Side 89 / 96
Projekt 90: Udvikling af knogleceller fra humane stamceller

Vejleder: Susanne Mandrup, s.mandrup@bmb.sdu.dk
Maria Stahl Madsen, msm@bmb.sdu.dk
Praktisk del: Mandrup Laboratoriet (BMB)
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Stamceller, genmanipulation, celledifferentiering, osteoporose
Beskrivelse
Knogler er et dynamisk væv som gennemgår en konstant
remodellering ved, at osteoclaster nedbryder gammel
knoglematrix og osteoblaster danner ny. Når processen er
korrekt reguleret, dannes der ligeså meget knoglematrix,
som der nedbrydes. Forstyrres denne regulering, således at
der resorberes mere knoglematrix, end der dannes, kan det
få dramatiske konsekvenser og føre til sygdommen
osteoporose, også kaldet knogleskørhed. Det anslås, at der
er mere end 500.000 danskere, som har osteoporose, og at
sygdommen er den underliggende årsag til op mod 20.000
knoglebrud hvert år. Osteoblaster udvikler sig (differentierer)
fra mesenkymale stamceller, som findes i knoglemarven. De
mesenkymale stamceller kan foruden osteoblaster
differentiere til mange andre celletyper, bl.a. til adipocytter
(fedtceller). Specielt interessant er det, at man har fundet ud
af, at der er en balance mellem udviklingen af osteoblaster
og adipocytter- så måske kunne man påvirke balancen
således, at folk med osteoporose danner flere osteoblaster
og færre adipocytter?
I dette projekt vil I komme til at arbejde med stamceller, som

I skal differentiere til osteoblaster ved at tilsætte nogle
specifikke vitaminer og hormoner til deres vækstmedie. I skal
undersøge, om forskellige påvirkninger af cellerne kan øge eller forringe cellernes evne til at danne
knoglematrix. Påvirkningerne kan eksempelvis omfatte behandling af cellerne med forskellige
stoffer, som er vist at spille en rolle i osteoblast- og adipocyt-differentieringen. I kan også komme til
at skulle nedregulere udtrykket af et gen, som vi formoder, er vigtigt for differentieringsprocesserne.
Efter at cellerne har differentieret i nogle dage i laboratoriet, skal I måle hvor meget knoglematrix
cellerne har dannet. Det kommer I til at gøre ved at farve cellekulturerne med et farvestof som
binder sig til de kalciumholdige mineraler som udgør knoglematrixen. I skal også undersøge
udtrykket af osteoblast-specifikke proteiner i cellerne ved hjælp af ’western blot’ teknikken, samt
udtrykket af osteoblast-specifikke gener via cDNA syntese efterfulgt af kvantitativ real-time PCR. Ud
fra disse tre analyser skal I vurdere, om I har påvirket differentieringsprocessen fra mesenkymal
stamcelle til osteoblast.
Minikurser
Litteratur
F. Long, Nat Rev Mol Cell Biol., 2012, 13:27-38
Side 90 / 96
Projekt 91: Udvikling af massespektrometrisk metode til

karakterisering af peptider indeholdende iso-aspartyl
Vejleder: Frank Kjeldsen, frankk@bmb.sdu.dk
Praktisk del: Afdeling for Protein Forskning
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Massespektrometri, peptidkarakterisering
Beskrivelse
Dannelseaf isoaspartyl
peptidbindinger (isoAsp) er en af
de mest almindelige former
forikke-enzymatisk degradering af
peptider og proteiner. IsoAsp
opstår, når par afAsn-Xaa og
Asp-Xaa aminosyrerester undergår
en spontan intramolekylær
omlejringtil et succinimid, der
efterfølgende hydrolyseres til en
blanding af isoAsp-Xaaog Asp-Xaa i
forholdet ~ 4:1 (se figuren). IsoAsp
kan reducere den
biologiskeaktivitet af proteiner og
ændre proteiners mulighed for
proteolytisknedbrydning. Analytisk
er det vanskeligt at karakterisere
IsoAsp i peptider ogproteiner. I
dette projekt vil I få til opgave at
forsøge udvikle
enmassespektrometrisk metode til
at karakterisere isoAsp
aminosyrerester imodelpeptider.
Med massespektrometri er det
muligt at udsætte
ioniseredemodelpeptider for
forskellige former for gasfase
reaktioner som resulterer
ipeptidfragmentation. Ved systematisk at studere unikke fragmentmasser kan detvære muligt at
bestemme de analytiske betingelser som er optimale for detektionaf peptider indeholdende isoAsp.
Minikurser
Litteratur
Deamidation andisoaspartate formation in proteins: unwanted alterations or surreptitioussignals?
K. J. Reissnera and D.W.Aswadb,
https://link.springer.com/content/pdf/10.1007/s00018-003-2287-5.pdfIon
ActivationMethods for Peptides and Proteins, Jennifer S.
Brodbelt,http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.analchem.5b04563
Side 91 / 96
Projekt 92: Uendelighed

Vejleder: Juhani Koivisto, koivisto@imada.sdu.dk
Praktisk del: Nej
Gruppeplacering: Odense Campus
Kommentar: Projektet er særligt egnet for studerende på matematik
Nøgleord: Uendelighed, kontinuums-hypotese
Beskrivelse
Det uendelige har fascineret menneskeheden lige så længe som vi har haft evnen til formulere dette
begreb, og afhængigt af hvem man spørger, vil man få mange forskellige svar på spørgsmålet om
hvad uendelighed egentligt er. Når man angriber fænomenet fra et matematisk synspunkt, viser det
sig, at man kan formalisere tingene ved hjælp af afbildninger (begreberne injektivitet og surjektivitet
er her essentielle), og dette er udgangspunktet for Cantors kardinalitets-teori. I projektet skal denne
teori studeres, og undervejs skal man blandt andet indse at visse uendelige mændger er ''lige store''
mens andre ikke er det --- faktisk viser det sig, at der findes uendeligt mange grader af uendelighed!
Projektet kan endvidere knytte an til matematikkens fundament (Zermelo-Fraenkel-aksiomerne) via
den såkaldte kontinuums-hypotese, der efter at have plaget matematikere i et halvt århundrede blev
bevist(!) uafgørlig.
Minikurser
Posterfremstilling
Litteratur
Introduktion til abstrakt matematik, Flemming Topsøe; Topologi, Christian Berg.
Side 92 / 96
Projekt 93: Undersøgelse af mikrokerner og hvordan de kan

forårsage chromothripsis og cancer
Vejleder: Jens S. Andersen, jens.andersen@bmb.sdu.dk
Praktisk del: BMB
Gruppeplacering: CEBI group
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Mikrokerner, chromothripsis, cancer, mikroskopi, proteomics
Beskrivelse
Hvis en celle deler sig med et kromosom som ikke
bliver adskilt korrekt ved mitosen kan det danne dets
egen mikrokerne. Denne mikrokerne er mere ustabil
end den primære kerner. Det har betydning for DNA
replikation og dermed i hvilken grad DNA i mikrokerner
bliver korrekt replikeret og påvirkes af DNA skader.
Reparation i den følgende mitose kan sætte DNA
sammen på kryds og tværs og give en mulig forklaring
på hvordan et enkelt kromosom er meget unormalt i
en celle hvor alle andre kromosomer er normale. Dette
fænomen kaldet chromothripsis blev første gang
observeret for få år siden ved DNA sekventering af
kræftpatienter. I forhold til en langsom akkumulering
af mutationer i protooncogener og tumorsuppressor
gener er der altså her tale om en enkelt kritisk
begivenhed som kan være den initierende årsag til
cancer. I 2017 blev det etableret en elegant
cellemodel til studier af mikrokerner og
chromothripsis. I denne cellemodel bliver centromere
proteinet CENP-A udskiftet med en modificeret version
som bevirker at mikrotubuli ikke kan binde til
Y-kromosomet under mitosen og trække dets
søsterkromatider til to nye datterceller. Y-kromosomet bliver derfor omsluttet af dens egen
mikrokernemembran. I dette projekt vil vi anvende mikroskopi til at undersøge dannelsen af
mikrokerner i denne cellemodel og til at undersøge de medfølgende cellulære fænotyper. Vi vil
ligeledes oprense promære- og mikrokerner og med proteomics metoder sammenligne deres protein
sammensætning for at belyse hvordan mikrokerner mister deres stabilitet og forårsager
chromothripsis og cancer.
Minikurser
Litteratur
Ly P, Cleveland DW (2017) Rebuilding Chromosomes After Catastrophe: Emerging Mechanisms of
Chromothripsis. Trends in cell biology 27: 917-930
Side 93 / 96
Projekt 94: Watching proteins on the move

Vejleder: Daniel Wüstner, wuestner@bmb.sdu.dk
Praktisk del: DW group
Gruppeplacering: DW group in Bioimaging area
Kommentar: Ingen
Nøgleord: green fluorescent protein, fluorescence microscopy, cells, protein aggregation,
aging, neurodegeneration, imaging
Beskrivelse
Proteins never stop moving in a
living cell. There is a continuous
exchange of proteins between
various intracellular organelles.
This dynamics is very important for
the function of cells and their
ability to adapt to changing
environments. Some proteins tend
to aggregate which can lead to
neurodegenerative disorders, like
Parkinson or Huntington disease. The discovery of green fluorescent protein (GFP) from the jellyfish
Aequorea Victoria has sparked a revolution in cell biology. GFP shines green light when illuminated
with blue light, and this ability in combination with molecular biological techniques allows one to link
GFP to almost any protein of interest and to follow transport of this fluorescent protein complex in
the cell. In fact, this discovery is so important that it won the Nobelprize in Chemistry in 2008.
In this project, we will transfect mammalian cells with GFP-tagged proteins. We will learn about
mammalian cell lines and how to culture them in an incubator. Students will transfect the cells
transiently and observe the GFP-tagged proteins under a fluorescence microscope. Particular focus
will be on proteins which show abnormal segregation and aggreation in the cell, as it takes place in
various neurodegnerative diseases, such as in Ataxia and Chorea Huntington disease. We will record
time-lapse video sequences of protein transport in cells and measure their dynamics using particle
tracking, photobleaching and related methods. For analysis of protein mobility we will use diffusion
models and simulations. The course is suitable for students with interests in biophysics and
biomedicine.
Minikurser
Litteratur
1. Li S-H, Li X-J: Huntingtin-protein interactions and the pathogenesis of Huntington's disease.
Trends Genetics 2004, 20:146-154.
2. Hatters DM: Protein Misfolding Inside Cells: The Case of Huntingtin and Huntington's Disease.
IUBMB Life 2008, 60:724-728.
3. http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2008/index.html.
Side 94 / 96
Projekt 95: Webtechnologies and Visualization of Breath Data

Vejleder: Philipp Weber, pweber@imada.sdu.dk
Praktisk del: Programming, no need for biological background
Nøgleord: Data Visualization, Data-Driven Documents, Bioinformatics
Beskrivelse
The world wide web is not only a
place for cat pictures and memes,
but also filled with tremendous
amounts of data. This data can be
used to govern decisions of public,
scientific and personal lives. But
what good is data, if we cannot
comprehend it? Here visualization
plays a pivotal role. The process of
visualization can be seen as the
joint between many different fields,
namely engineering, statistics and
graphics design. When applied to
large datasets, automatic
generation of visualizations and
plots becomes a necessity. Here,
the understanding of the data can
be facilitated by adding interactive views that allow for a better overview while also providing details
of the underlying data on demand. In this project you will build web-based visualizations from breath
measurements and their processed analysis files. The original data is retrieved with a MCC-IMS (Multi
Capillary Column – Ion Mobility Spectrometry)-device. This very sensitive technology is commonly
used in airports to detect explosives and by doctors to detect the substances exhaled by a patient.
Clinicians try to find patterns in their patients breath and correlate them to disease patterns such as
lung cancer or COPD.
The task of the group will be to create, compose and connect different visualizations to enable an
easy exploration of the data. In order to succeed in this task, the group will learn about classical
visualization techniques and recent technologies used to create such plots. Furthermore they will be
introduced to the Python based Flask framework and the basics of web-development. Then they will
build their own representations in HTML, CSS and JavaScript, which should be made available in web
browsers by serving them with Flask and D3 (Data-Driven Documents – a JavaScript library used to
create interactive and scalable vectorgraphics).
Minikurser
Posterfremstilling
Litteratur
- J. Heer and B. Shneiderman. "Interactive Dynamics for visual analysis" Commun ACM, 55(4), 2012
- Armin Ronacher, Flask a microframework for Python, http://flask.pocoo.org/, 2017
- Mike Bostock, Data-Driven Documents, https://d3js.org/, 2017
Side 95 / 96
Projekt 96: Zink signalering i kræft

Vejleder: Tine Engberg Thingholm, tthing@bmb.sdu.dk
Praktisk del: Institut for Biokemi og Molekylær Biologi
Kommentar: Ingen
Nøgleord: Zink, kræft, celle signaling, protein fosforylering
Beskrivelse
Zink er vigtig for alle kroppens celler. En fejlregulering af zink spiller en stor rolle i sygdomme som
kræft, diabetes og Alzheimers. For nyligt opdagede man, at zink har en central rolle i cellulær
signalering og at protein fosforylering, hvor proteiners aktivitet ændres ved tilsætning eller fjernelse
af fosfatgrupper, er involveret. Cellers niveau af zink reguleres nøje af såkaldte zink transport
proteiner, der kontrollerer hvor meget zink, der lukkes ind eller ud af de forskellige cellulære
”compartments”. Studier har påvist, at disse zink transport proteiners regulerering af cellulært zink
involverer protein fosforylering.
Projektdeltagere vil skulle studere et humant zink transport proteins rolle i en kræft cellelinje.
Projektdeltagere skal undersøge den tilgængelige litteratur for at klarlægge, hvad
forskningsresultater har vist om det givne protein. Forskningsgruppen har for nyligt identificeret nye
fosforyleringssites i forskellige zink transporter proteiner. Under projektet vil projektdeltagere skulle
undersøge den biologiske rolle for et af disse sites. Celler fra en kræftcellelinje behandles med zink
og udleveres efterfølgende til projektdeltagere. Under projektet skal proteiner oprenses og ved brug
af bla. western blotting skal projektdeltagere forsøge at belyse betydningen af fosforylering af zink
transporter proteinet.
Minikurser
Litteratur
Side 96 / 96
Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)

FF501 Projektkatalog Forår 2018 Final

Uploaded by

Document Information

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

FF501 Projektkatalog Forår 2018 Final

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

Projektkatalog

F3-Fag, Forskning og Fællesskab

Projekt 49: Kemisk Syntese i Nanoreaktorer 49

Projekt 1: Algorithms to identify clusters of similar objects in

Study the meathematical models and algorithms behind Clustering

Projekt 2: Alternative substrates: stand out from the crowd!

Projekt 3: Analyse og visualisering af 'next-generation

Som gruppe udgør de fibrotiske sygdomme den hyppigste

Projekt 4: Analysis of the dynamic properties in networks

Projekt 5: Behandling af ADHD-symptomer hos børn med

Autismespektrumforstyrrelser (ASF) er en samlet betegnelse for en række lidelser inden for

Kasper er 7 år og diagnosticeret med autismespektrumforstyrrelse. Han udviser, som mange andre

Projekt 6: Behandling af infantile hæmangiomer med propranolol

Jeres opgave består af følgende:

Projekt 7: Celler, proteiner og gener i udvikling af leverfibrose

De molekylære ændringer, der sammenkæder fedme

Isolering af stellate celler fra muselever

Projekt 8: Characterization of artificially cultured 3D skin models

Gokulakrishnan Srinivasan: Vibrational Spectroscopic Imagingfor Biomedical Applications.

Projekt 9: Characterization of the protein components in human

Projekt 11: Computer aided nanofractal formation

Within this project, a multipurpose software

Projekt 12: Concurrency Detectives

Infer relies on a kind on mathematical logic, called

Projekt 13: Data analysis for Monte Carlo simulations of the

In the course of this project, large amounts of data

Projekt 14: Data Science Competition on kaggle.com

Cleaning and preparing data

Check out kaggle.com to see if you find it interesting.

Projekt 15: Deep learning for DNA-sequence analysis

An overview of what this project could include is:

An introduction to the central dogma of molecular biology.

Projekt 16: Defrost- production of microbially produced

Projekt 17: DevOps, as Microservices DevOps

First and foremost, DevOps is a cultural

Projekt 18: Do humans have a diving response?

Projekt 19: DreamWork Studio on your desk: where physics,

Projekt 21: Electroactivity; the Microbial Superpower

In this project, we will be looking at two electroactive microbes of

Through this project, the students will

Projekt 22: EPO/erythropoietin: Proteinkemiske studier af et

Projekt 23: Er der liv i et regnvandsbassin?

Projektet bliver en blanding af:

1) feltarbejde (indsamling af smådyr fra de enkelte bassiner)

Projekt 24: Et liv med strøm på - på jagt efter kabelbakterier

Der er imidlertid stadig masser af ubesvarede spørgsmål om kabelbakterierne – hvor udbredte er

Post RY (2012) Levende elkabler opdaget i Aarhus Havn.

Projekt 25: Feeback loops & control theory

Projekt 26: Finding consensus in distributed systems

Projekt 27: Fixed points, fractals and the Mandelbrot set

Projekt 28: Forebyggelse af jet lag med melatonin

Projekt 29: Fremtidens Li-ion batterier — syntese af nye elektrode

Formålet med dette projekt er at undersøge hvordan Li-ion batterietsydeevne og kapacitet

Projekt 30: Functional analysis of a fish oil diet

Projekt 31: Funktionsbegrebet i og udenfor matematik

Projekt 33: Genindvinding af fosfat fra spildevand

1) Hvordan indbygges fosfat i LDH-strukturen?

Projekt 34: Graviditet og gabapentin

Denne case tager udgangspunkt i en konkret henvendelse fra en obstetriker (fødselslæge): En

På baggrund af en udtømmelig søgning af tilgængelig videnskabelig litteratur skal de studerende

Damkier P. Lægemidler og graviditet - generelle betragtninger om data, metoder,fortolkning. IRF

Klinisk forskningsmetode. Dirksen et al. Munksgård. København 1996

Projekt 35: Graviditet og methotrexat

Nedenstående case tager udgangspunkt i en konkret henvendelse fra en obstetriker (fødselslæge):